合成生物学相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 工程工具 宿主生物 回路设计 应用领域
1 2026-09-21
Systemic engineering and global regulation enabling high-level bilirubin biosynthesis
2025-Dec-23, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文报道了一种全体外生物合成途径,将血红素转化为胆红素,滴度达到1.7 g/L,转化率为95.8% 首次实现全体外高效胆红素生物合成,揭示了Fe²⁺诱导中间体氧化降解的隐藏瓶颈,并通过竞争性铁螯合和质子化状态调节缓解降解,同时引入一氧化碳脱氢酶消除CO抑制,结合NADPH再生系统,使产量提高20倍 摘要中未明确提及研究局限性 实现胆红素的高水平生物合成并解析其瓶颈 胆红素生物合成途径中的酶和中间体 合成生物学 NA 体外酶催化、DFT计算、NADPH再生 NA NA NA NA NA 体外多酶级联反应途径 医药
2 2026-09-21
The marine diatom Phaeodactylum tricornutum as a versatile bioproduction chassis: Current progress, challenges, and perspectives
2025-11-10, Plant communications IF:9.4Q1
综述 本文综述了海洋硅藻三角褐指藻作为通用型生物生产底盘的研究进展、挑战与前景,涵盖遗传工具开发、产物合成及规模化生产策略 系统整合了三角褐指藻在合成生物学工具(如CRISPR-Cas基因组编辑、叶绿体基因表达、DNA定点整合)和营养方式改造等方面的最新进展,并首次全面探讨了从模型硅藻到可规模化生物制造平台的转化路径,包括技术经济分析和监管政策 未涉及具体实验验证,主要基于现有文献的归纳分析;对某些新兴策略的实际可行性和经济性缺乏定量评估 总结三角褐指藻作为光合生物生产底盘的研究现状,分析关键瓶颈,并提出加速其工业化应用的潜在策略 海洋硅藻三角褐指藻(Phaeodactylum tricornutum) 合成生物学 NA CRISPR-Cas基因组编辑、转基因元件优化、高效转化系统、叶绿体基因表达、DNA定点整合 NA 文本 NA CRISPR-Cas9 三角褐指藻 NA 医药、材料、工业生物技术、能源
3 2026-09-20
Predictive design of tissue-specific mammalian enhancers that function in vivo in the mouse embryo
2025-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究提出了一种利用深度学习设计在活体小鼠胚胎中可靠发挥功能的组织特异性增强子的通用策略 首次证明深度学习设计的组织特异性增强子能够在哺乳动物活体组织的复杂调控环境中可靠发挥作用,并通过迁移学习在已验证的增强子上微调紧凑型CNN模型 研究仅在三种组织(心脏、肢体和中枢神经系统)中验证了十五个合成增强子,未涵盖更广泛的组织类型,且未评估长期稳定性和潜在的脱靶效应 开发一种能够在哺乳动物活体组织中可靠设计组织特异性增强子的通用策略 小鼠胚胎中的心脏、肢体和中枢神经系统组织特异性增强子 机器学习 NA 全基因组染色质可及性测序、深度学习、迁移学习 CNN 基因组序列、染色质可及性数据 十五个合成增强子,在心脏、肢体和中枢神经系统中验证 NA 小鼠 NA 医学, 合成生物学
4 2026-09-20
New chlorophylls designed by theoretical spectroscopy and machine learning
2025-Dec-11, Photosynthesis research IF:2.9Q2
研究论文 该文章通过理论光谱学和机器学习方法,计算探索了超过25万种叶绿素变体的光学性质,以寻找合成生物学的潜在靶点 利用机器学习结合TD-DFT和DFT/MRCI验证,大规模探索了超过25万种叶绿素变体的光学性质,发现Chl f是最佳单取代红移叶绿素,Chl b并非绿色区域光子捕获的最佳选择,且叶绿素T1能量可被微调 研究为纯计算预测,未进行实验验证,且叶绿素变体的实际应用需要找到合适的合成途径 计算探索扩展的叶绿素变体集合,寻找合成生物学中可用于调控产氧光合作用的潜在靶点 超过25万种叶绿素变体,包括Chl b、Chl d、Chl f及二乙烯基叶绿素a和b 机器学习 NA 机器学习、时变密度泛函理论(TD-DFT)、多参考密度泛函理论(DFT/MRCI) 机器学习模型 分子结构及光学性质数据 超过250,000种叶绿素变体 NA NA NA 能源、合成生物学
5 2026-09-20
Bacillus velezensis LoaP promotes antitermination by antagonizing NusA
2025-12-10, mBio IF:5.1Q1
研究论文 本研究通过纯化RNA聚合酶和转录因子,体外重构了Bacillus velezensis中difficidin操纵子的抗终止活性,发现LoaP通过特异性拮抗NusA来促进抗终止 首次证明LoaP类NusG旁系同源物的抗终止机制不同于RfaH范式,LoaP通过特异性拮抗NusA实现抗终止,且不需要其他因子参与;首次在革兰氏阳性菌中研究抗终止复合物 研究主要在体外重构系统中进行,体内验证可能有限;仅针对difficidin操纵子进行了研究,未验证其他LoaP调控的操纵子 探究LoaP蛋白的抗终止机制及其与NusA的相互作用 Bacillus velezensis中的LoaP蛋白、NusA蛋白、RNA聚合酶及difficidin操纵子 分子生物学 NA 体外转录重构、RNA聚合酶和转录因子纯化 NA NA NA NA Bacillus velezensis NA 医药, 工业生物技术
6 2026-09-20
Overcoming the eIF2α Brake in Human Cell-Derived Translation Systems
2025-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究系统探索了克服人细胞翻译系统中eIF2α磷酸化抑制瓶颈的互补策略,包括基因组编辑和表达型拯救 系统性比较了精准基因组编辑(eIF2α-S52A和PKR敲除)与piggyBac介导的GADD34/K3L表达型拯救策略,并首次在iPSC分化的心肌细胞和原代人成纤维细胞中验证了表达型拯救的可行性 表达型拯救策略的翻译提升效果可能不如基因组编辑优化,且Tet诱导表达系统需要持续添加诱导剂;研究主要基于Expi293F、iPSC和原代成纤维细胞,未在其他人类细胞类型中广泛验证 系统探索克服人细胞无细胞翻译系统中eIF2α磷酸化抑制瓶颈的互补策略,以提高翻译产量 Expi293F悬浮细胞、KOLF2.1J iPSC及其分化的心肌细胞、原代人成纤维细胞 合成生物学 NA 基因组编辑、piggyBac转座子系统、Tet诱导表达系统、无细胞翻译系统 NA NA NA CRISPR-Cas9, piggyBac 人细胞(Expi293F、iPSC、原代成纤维细胞) Tet诱导型GADD34和K3L表达盒 医学, 工业生物技术
7 2026-09-20
Artificial polysaccharide-binding protein mediates co-assembly of nanodrug and probiotics against drug-resistant infectious enteritis
2025-Dec, Asian journal of pharmaceutical sciences IF:10.7Q1
研究论文 该研究通过将负载蜂毒肽的介孔二氧化硅纳米颗粒与人工多糖结合蛋白组装,再与益生菌共组装,形成纳米药物-益生菌复合体,用于治疗耐药性感染性肠炎 利用合成生物学技术构建人工多糖结合蛋白,实现无机纳米药物与益生菌的共组装,形成非生物/生物杂合体系,增强对耐药病原体的清除能力和益生菌的肠道定植效果 研究仅在小鼠模型中进行验证,尚未开展临床试验;共组装体系的长期安全性和稳定性有待进一步评估 开发一种基于纳米药物与益生菌共组装的新型治疗策略,用于高效治疗耐药病原体引起的感染性肠炎 耐药性肠道病原体(如鼠伤寒沙门氏菌、致病性大肠杆菌)、益生菌(乳酸菌、双歧杆菌)、感染性肠炎小鼠模型 合成生物学、纳米医学 感染性肠炎 纳米药物递送、益生菌共组装、合成生物学技术 小鼠模型 NA NA NA 乳酸菌、双歧杆菌、小鼠 非生物/生物共组装体系(纳米药物-益生菌复合体) 医学
8 2026-09-20
codonGPT: reinforcement learning on a generative language model enables scalable mRNA design
2025-11-26, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 该文章构建了首个基于生成式语言模型的mRNA设计工具codonGPT,并利用强化学习在多种生物约束下优化mRNA序列 首次将强化学习与生成式语言模型结合用于mRNA设计,提出了推理时掩码方法,并训练了首个仅基于mRNA序列的生成式语言模型 未明确说明模型泛化能力、计算资源需求以及实验验证的局限性 实现可扩展的mRNA设计,用于治疗、合成生物学和蛋白质工程 mRNA序列,具体基因包括HLA-A、ACTB,以及GFP、β-内酰胺酶、促红细胞生成素等报告基因 机器学习 NA NA 生成式语言模型,强化学习 文本(mRNA序列) 338,417条来自模式生物的mRNA序列 NA NA NA 医学,合成生物学,工业生物技术
9 2026-09-20
Cellulase secretion by engineered Pseudomonas putida enables growth on cellulose oligomers
2025-Nov-25, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2
研究论文 该研究将纤维素酶分泌到工程化恶臭假单胞菌的培养上清液中,使其能够以纤维三糖或纤维四糖作为唯一碳源和能源生长 鉴定了适用于恶臭假单胞菌的优选双精氨酸转运分泌信号肽,并证明了大型多结构域酶能够功能性分泌到培养上清液中以支持纤维素寡糖的胞外降解和利用 目前仅验证了以纤维三糖或纤维四糖等纤维素寡糖为碳源的生长,尚未证明能够直接在聚合纤维素或复杂木质纤维素原料上生长,且适用于革兰氏阴性菌的分子工具仍然有限 工程化恶臭假单胞菌使其能够分泌非天然酶以降解胞外聚合物,从而实现从纤维素类原料进行化学合成 恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida),纤维素酶(外切纤维素酶和内切纤维素酶),纤维素寡糖(纤维三糖和纤维四糖) 合成生物学 NA 蛋白质分泌工程,双精氨酸转运(Tat)途径信号肽筛选 NA NA NA NA 恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida) NA 工业生物技术,能源,环境
10 2026-09-20
Magneto-Photonic Gene Circuit for Minimally Invasive Control of Gene Expression in Mammalian Cells
2025-Nov-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 开发了一种磁光基因电路,通过生物发光和磁刺激在哺乳动物细胞中微创控制基因表达 结合生物发光和磁敏感蛋白,构建了首个同时由光和磁刺激激活的完全遗传编码的光遗传学电路 仅使用50mT磁刺激,未进行体内实验,磁敏感蛋白的拆分重建效率可能有限 实现对哺乳动物细胞中基因表达的微创控制,解决光遗传学系统中光传递效率低的问题 哺乳动物细胞 合成生物学 NA 光遗传学,生物发光,磁遗传学 NA NA NA NA 哺乳动物细胞 光遗传学基因电路,由光敏转录因子和磁敏感蛋白驱动的荧光素酶拆分重建组成 医学
11 2026-09-20
MULTIMODAL CELL CONTEXT INSTRUCTION TUNING FOR CONDITIONAL DNA REGULATORY SEQUENCE GENERATION WITH LARGE LANGUAGE MODELS
2025-Sep, Proceedings. International Conference on Image Processing
研究论文 提出Leonine框架,将增强子序列设计重新定义为多模态问答任务,利用大语言模型整合DNA序列、启动子、基因表达谱和细胞类型信息,生成细胞类型特异性的调控序列 首次将增强子序列设计重新定义为细胞上下文中的多模态问答任务,整合多模态细胞数据(启动子序列、基因表达谱、细胞类型信息)来优化增强子序列,并构建了超过150万个细胞类型特异性启动子-增强子对的大规模数据集和评估基准 摘要中未明确提及研究的局限性 设计生物学上合理的调控序列(如增强子),实现细胞类型特异性的多转录因子招募以有效激活转录 增强子序列、启动子序列、基因表达谱、细胞类型信息 自然语言处理, 合成生物学, 基因调控 NA 大语言模型, 多模态学习 大语言模型(LLM) DNA序列, 文本, 基因表达谱 超过150万个细胞类型特异性启动子-增强子对,涵盖7种细胞类型 NA NA NA 医学, 合成生物学
12 2026-09-19
Synthetic bacterium-facilitated colonization of nitrogen-fixing bacteria for remodeling the rhizosphere microbiome and improving plant yield
2025-11-29, Microbiome IF:13.8Q1
研究论文 该研究通过基因工程改造合成细菌EcCMC表达表面展示的多糖识别蛋白Cmc,以增强固氮菌在豆科植物根部的定殖,从而重塑根际微生物组并提高植物产量 首次利用合成生物学方法,通过工程化细菌表达表面展示的多糖识别蛋白来增强固氮菌的根部定殖,进而调控根际微生物组以促进植物生长 研究仅在两种豆科植物中验证,未在其他作物或田间大规模试验中验证其广适性和长期生态安全性 探究合成细菌EcCMC是否能够提高固氮菌在豆科植物根部的定殖效率,并评估其对根际微生物组、生化指标和植物产量的影响 紫云英(Astragalus sinicus)和紫花苜蓿(Medicago sativa)及其根际微生物组 合成生物学 NA 16S rRNA基因扩增子测序、代谢组学分析、遗传工程 NA 序列数据、代谢物数据、生化指标数据 3个处理组,每组3个重复(n=3) NA 大肠杆菌(E. coli) 表达表面展示的人工多糖识别蛋白Cmc的工程化细菌 农业
13 2026-09-19
A membrane-driven biochemical oscillator tunable by the volume to surface area ratio
2025-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出并建模了一种基于膜磷脂浓度动态变化驱动蛋白质在膜上结合与解离的质量守恒生化振荡器,其振荡受体积与表面积比(V/A)调控 利用膜磷脂浓度变化和维度降低实现振荡,振荡可被体积与表面积比调控,且不依赖蛋白质翻译后修饰,可与自组装三聚体耦合影响三聚体产量 研究主要基于计算模拟,缺乏实验验证;振荡所需的酶动力学设计规则在低V/A时较为严格 设计并建模一种膜定位生化振荡器,探索其可调控性和潜在应用 膜驱动的生化振荡器系统,包含膜磷脂和受其调控的蛋白质 合成生物学 NA 质量作用反应动力学建模、反应-扩散模拟、随机模拟 确定性模型、随机模型 模拟数据 NA NA NA 膜定位生化振荡器、自组装三聚体耦合 医学、工业生物技术
14 2026-09-19
Engineered natural killer cells for cancer therapy
2025-Nov-10, Cancer cell IF:48.8Q1
综述 该综述总结了早期临床试验中CAR-NK细胞疗法的安全性和疗效,并讨论了合成生物学和基因编辑方法以增强NK细胞功能,以及高通量发现平台识别可操作基因靶点,为设计多工程化CAR-NK细胞克服实体瘤挑战提供路径 整合了早期临床试验结果、合成生物学和基因编辑技术、高通量发现平台,提出多工程化CAR-NK细胞的设计路径以克服实体瘤挑战 未涉及具体实验数据或原始研究,主要基于现有文献的总结和展望 总结NK细胞免疫疗法的临床进展,探讨工程化改造策略以提升NK细胞效力并拓展至实体瘤治疗 NK细胞、CAR-NK细胞、肿瘤患者 癌症免疫治疗 淋巴恶性肿瘤、实体瘤 嵌合抗原受体(CAR)、基因编辑、合成生物学、高通量发现平台 NA 文本 NA CRISPR-Cas9 人类NK细胞 嵌合抗原受体(CAR) 医学
15 2026-09-19
PIONEER: A Periplasmic Display Platform for Synthetic Biology-Based Screening of Genetically Encoded Protein Regulators
2025-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一个名为PIONEER的模块化平台,用于在酵母周质空间展示肽、蛋白质和纳米抗体,以实现对遗传编码的蛋白质调节剂的功能筛选 PIONEER平台通过优化分泌信号和展示支架,实现了稳定的配体保留和稳健的自分泌信号传导,能够通过信号传导而非仅结合来评估配体活性,实现了功能优先的筛选 目前仅在人类G蛋白偶联受体上进行了验证,尚未在其他膜蛋白或可溶性蛋白靶点上广泛测试 开发一个基于合成生物学的周质展示平台,用于筛选和研究遗传编码的蛋白质调节剂 肽、蛋白质、纳米抗体、人类G蛋白偶联受体 合成生物学 NA 周质展示 NA NA NA NA 酵母 NA 医学
16 2026-09-19
Synthetic multicolor antigen-stabilizable nanobody platform for intersectional labelling and functional imaging
2025-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该文章介绍了一种合成多色抗原稳定化纳米抗体平台(VIS-Fbs),可在450 nm至660 nm可见光谱范围内实现无背景荧光成像,用于细胞内蛋白追踪、多抗原检测及功能成像 通过将二十多种荧光蛋白和生物传感器工程化到八种纳米抗体中,建立了通用型VIS-Fbs设计,仅在与同源抗原结合时才发出明亮荧光,并实现了组成型、光激活和光转换荧光蛋白及基于荧光蛋白的生物传感器的整合 摘要中未明确提及该研究的局限性 开发一种合成多色抗原稳定化纳米抗体平台,用于交叉标记和功能成像,以实现对蛋白质动态、细胞过程及复杂生物系统的高特异性、低背景研究 纳米抗体、荧光蛋白、生物传感器、小鼠脑组织、斑马鱼胚胎、β-catenin蛋白、Wnt/β-catenin信号通路 合成生物学、荧光成像、细胞生物学 NA 荧光蛋白工程、纳米抗体工程、生物传感器构建、荧光成像、光激活、光转换 NA 图像 NA NA 小鼠、斑马鱼 抗原稳定化荧光纳米抗体(VIS-Fbs),包含组成型、光激活和光转换荧光蛋白,以及基于荧光蛋白的生物传感器 医学、基础生物学研究
17 2026-09-19
Protocol for the generation and purification of minicells from Lactiplantibacillus plantarum
2025-May, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
研究方法论文 该方案描述了通过敲除minD基因并利用差异离心、过滤和药物处理从植物乳杆菌中生成和纯化无核小细胞的方法 首次在益生菌植物乳杆菌中建立小细胞生产平台,拓展了小细胞技术 beyond 传统模型细菌 仅通过显微镜和流式细胞术验证了小细胞的纯度,未进行体内递送实验验证其功能 建立从植物乳杆菌中生成和纯化小细胞的标准化方案,为治疗剂递送提供新平台 植物乳杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)小细胞 合成生物学 NA 质粒介导的同源重组、差异离心、过滤、DAPI染色、显微镜、流式细胞术 NA 图像、流式细胞数据 NA 质粒介导的同源重组 植物乳杆菌 NA 医学
18 2026-09-19
Recent advances in the Design-Build-Test-Learn (DBTL) cycle for systems metabolic engineering of Corynebacterium glutamicum
2025-Mar, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
综述 本文综述了谷氨酸棒杆菌在系统代谢工程中基于设计-构建-测试-学习(DBTL)循环的最新进展,重点关注L-赖氨酸衍生的C5平台化学品 系统总结了DBTL循环框架下谷氨酸棒杆菌从传统代谢工程到先进系统代谢工程的多种策略进展,并聚焦于C5平台化学品的生物合成 作为综述文章,未涉及原始实验数据,可能缺乏对具体技术细节的深入分析 总结谷氨酸棒杆菌系统代谢工程中DBTL循环的应用进展,特别是C5平台化学品的生物合成 谷氨酸棒杆菌及其代谢工程改造策略 机器学习 NA NA NA 文本 NA NA 谷氨酸棒杆菌 NA 工业生物技术
19 2026-09-19
Synthetic biology strategies for sustainable bioplastic production by yeasts
2025-Mar, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
综述 本文综述了利用合成生物学策略改造酵母细胞工厂(酿酒酵母和解脂耶氏酵母)以可持续生产生物塑料(如聚乳酸、聚羟基脂肪酸酯和聚己二酸/对苯二甲酸丁二酯)的研究进展 系统总结了在基因、通路和细胞系统水平上整合新遗传元件、代谢工程、蛋白质工程、适应性进化以及计算工具和机器学习到设计-构建-测试-学习循环中的最新策略,以提升酵母菌株效率和产量 在提高菌株鲁棒性和扩大工业规模生产过程方面仍存在挑战 探讨利用合成生物学方法开发酵母细胞工厂以生产关键可生物降解塑料,推动可持续和可扩展的生物塑料生产 酵母细胞工厂,特别是酿酒酵母和解脂耶氏酵母 合成生物学 NA 代谢工程,蛋白质工程,适应性进化,机器学习 NA 文本 NA NA 酿酒酵母,解脂耶氏酵母 代谢通路 材料,工业生物技术
20 2026-09-19
Untranslated region engineering strategies for gene overexpression, fine-tuning, and dynamic regulation
2025-Mar, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
综述 本文综述了利用mRNA非翻译区(UTR)工程策略优化细菌基因表达的研究进展,涵盖增强蛋白表达、精细调控和动态调控等方面 系统整合了UTR工程在基因过表达、精细调控和动态调控中的最新策略,提出了模块化调控框架 综述主要聚焦于细菌系统,对其他宿主如真核生物或哺乳动物细胞的UTR工程讨论有限 总结UTR工程策略用于细菌基因表达优化,包括蛋白过表达、代谢途径精细调控和动态基因调控 细菌基因表达中的mRNA非翻译区(UTR),包括AU富集元件、RG4结构、合成双UTR、ProQC系统、UTR文库、合成终止子、核糖开关和toehold开关 合成生物学 NA UTR工程,包括AU富集元件、RG4结构、合成双UTR、ProQC系统、UTR文库、合成终止子、核糖开关、toehold开关 NA 文本 NA NA 细菌 核糖开关和toehold开关用于动态基因调控 医学,工业生物技术
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