合成生物学相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['synthetic biology']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价9.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 1522 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-06-15 |
Integrative Multi-Omics and Artificial Intelligence: A New Paradigm for Systems Biology
2025-12, Omics : a journal of integrative biology
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/15578100251392371
PMID:41203247
|
综述 | 综合评价多组学整合的原则、方法及应用，强调其在系统生物学中的范式转变 | 利用人工智能与单细胞组学等前沿技术解决多组学数据的高维度、异质性和特定上下文扰动等挑战 | 数据异质性、可解释性不足等当前限制 | 系统生物学中多组学整合的原则、方法及应用 | 癌症生物学、微生物工程和合成生物学中的多组学数据 | 机器学习 | 癌症 | 多组学技术（基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学） | 机器学习模型 | 多组学数据 | NA | NA | NA | NA | 医学、农业、环境、能源、材料、食品、工业生物技术 |
| 2 | 2026-06-15 |
A roadmap to understanding and anticipating microbial gene transfer in soil communities
2025-Jun-25, Microbiology and molecular biology reviews : MMBR
IF:8.0Q1
DOI:10.1128/mmbr.00225-24
PMID:40197024
|
综述 | 提出理解和预测土壤微生物群落中基因转移的路线图 | 针对土壤复杂异质性环境下合成DNA工程菌的基因转移预测难题，提出构建土壤标准、利用新兴技术测量宿主范围等系统策略，并强调生物防控措施的责任性社区参与 | 未提供具体实验数据或验证结果，主要基于现有知识缺口提出理论框架 | 建立环境特异性模型以预测工程微生物在土壤中的基因转移风险，推动安全合成生物学应用 | 土壤微生物群落中的工程微生物及天然微生物 | 合成生物学 | NA | 合成DNA技术 | 群落尺度环境特异性模型 | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 土壤微生物 | NA | 环境, 农业, 能源, 食品 |
| 3 | 2026-06-13 |
Sticky enzymes: increased metabolic efficiency via substrate-dependent enzyme clustering
2025-Sep, PRX life
DOI:10.1103/99bt-4ss4
PMID:42281556
|
研究论文 | 提出通过底物依赖性酶聚集提高代谢效率的策略 | 提出一种基于相分离酶的自组织机制，利用局部底物可用性调节酶“粘性”，形成近乎最优尺寸和间距的酶簇，相比传统方法能显著提高代谢通量并降低毒性代谢物 | 主要基于数学模型分析，尚未在活细胞中实验验证；酶粘性的别构调控机制仅作讨论，缺乏具体实现方案 | 探索通过底物调控的酶自聚集提高代谢途径效率的策略 | 简单代谢途径中的相分离酶及其底物依赖性的聚集行为 | 合成生物学 | NA | NA | 数学模型 | 模拟数据 | NA | NA | NA | 底物依赖性酶簇自组织回路 | 合成生物学, 代谢工程 |
| 4 | 2026-06-06 |
DNABERT2-CAMP: A Hybrid Transformer-CNN Model for E. coli Promoter Recognition
2025-Dec-28, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17010027
PMID:41595447
|
研究论文 | 提出一种混合Transformer-CNN模型DNABERT2-CAMP用于大肠杆菌启动子识别 | 首次将预训练DNABERT-2 Transformer与CNN-Attention-Mean Pooling模块结合，同时捕获长程基因组依赖和局部基序特征，显著提升启动子识别准确性和可解释性 | 未提及模型在其他细菌物种或长序列上的泛化能力，以及处理多类型启动子（如σ38、σ54）的表现 | 开发一种高精度、可解释的混合深度学习框架，用于大肠杆菌σ70启动子识别 | 大肠杆菌K-12菌株的σ70启动子序列 | 机器学习 | NA | DNABERT-2, CNN, Attention机制 | 混合Transformer-CNN模型（DNABERT-2 + CAMP模块） | 81-bp核苷酸序列 | 8720条经实验验证的阳性和阴性81-bp序列 | NA | E. coli | NA | 合成生物学, 基因组注释 |
| 5 | 2026-06-04 |
Intratumoral microbiota: synergistic reshaping of lung cancer microenvironment via inflammation and immunity
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1653727
PMID:41613126
|
综述 | 探讨瘤内微生物群通过炎症和免疫机制重塑肺癌微环境，并展望基于合成生物学的工程菌和纳米抗生素在免疫治疗中的应用 | 首次系统阐述瘤内微生物群在肺癌微环境中通过分泌代谢物、激活信号通路、招募免疫抑制细胞及上调免疫检查点分子表达来主动诱导慢性炎症并促进肿瘤进展，并评估了基于合成生物学的工程菌和靶向纳米抗生素重塑免疫微环境的潜力 | 肺组织低生物量导致测序数据易受试剂污染和批次效应影响，且常忽视真菌和病毒等非细菌成分在肿瘤生态系统中的协同作用 | 阐明瘤内微生物群影响肺癌细胞和肿瘤微环境的机制，并探索其临床转化潜力 | 瘤内微生物群及其在肺癌微环境中的作用 | 微生物组学 | 肺癌 | 高通量测序, 多组学技术 | NA | 测序数据 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 6 | 2026-06-01 |
A tunable affinity fusion tag for protein self-assembly
2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.633037
PMID:39868245
|
研究论文 | 介绍了一种基于可调淀粉样蛋白的遗传编码工具，用于精确控制细胞内蛋白质浓度阈值 | 通过系统筛选二肽重复序列，发现聚苏氨酸-丙氨酸（poly-TA）能够形成具有可忽略成核屏障的淀粉样组装体，在任意选择的浓度阈值下实现蛋白质自组装，并通过调整TA重复长度精细调节饱和浓度 | 论文未明确讨论该工具在体内应用时的潜在毒性或脱靶效应，也未涉及在复杂生物环境中的长期稳定性 | 开发一种可调亲和融合标签，用于控制蛋白质自组装和研究蛋白质浓度与细胞功能的关系 | 聚苏氨酸-丙氨酸（poly-TA）二肽重复序列 | 合成生物学 | NA | 遗传编码工具、二肽重复序列筛选 | NA | 蛋白质组装数据 | NA | NA | 细胞（未具体说明） | 可调淀粉样蛋白融合标签 | 细胞生物学、发育生物学、合成生物学 |
| 7 | 2026-05-30 |
How hard is it to encapsulate life? The general constraints on encapsulation
2025-10-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0297
PMID:41035324
|
研究论文 | 探讨封装生物系统所需克服的一般约束条件，包括现代生化系统及通用自催化系统的分析 | 首次系统性地量化封装生物系统的物理约束，包括核糖体速率与细胞大小阈值，并建立通用自催化系统的生长速率边界模型 | 基于地球现代生化系统作为测试案例，未验证该约束是否适用于所有可能的生物系统 | 研究封装生物系统时面临的一般性限制条件及其对生命起源、天体生物学和合成生物学的启示 | 现代生化系统（核糖体与细胞）及通用自催化系统 | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 天体生物学, 生命起源研究 |
| 8 | 2026-05-30 |
Before LUCA: unearthing the chemical roots of metabolism
2025-10-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0292
PMID:41035332
|
研究论文 | 通过从LUCA代谢映射到原始反应规则，探讨生命起源中从地球化学向生物化学转变的关键过程，并建立综合建模框架进行假设验证 | 提出利用生成模型将LUCA代谢反应规则映射到原始生命反应，结合热力学、行星条件等因子构建综合建模框架，并首次探讨酶混杂性和代谢可进化性在生命起源中的驱动作用 | 尚未提供实验验证结果，仅停留在理论框架和假设层面，缺乏具体案例的定量分析 | 阐明从非生物化学到早期生命代谢的进化联系，为合成生物学应用提供理论基础 | LUCA（最后普遍共同祖先）的代谢网络与原始生命反应规则 | 系统化学，计算生物学 | NA | 生成模型，代谢反应规则映射，计算建模 | 生成模型 | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 9 | 2026-05-30 |
Towards origins of virtual artificial life: an overview
2025-10-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0298
PMID:41035322
|
综述 | 综述虚拟人工生命的起源、定义、检测及工程实现现状 | 从工程视角综合多种生命定义，提出抽象需求、通用设计与具体实现机制的三层框架，并以此审视现有进展 | 尚未有完全满足所有定义要求的虚拟人工生命实例展示 | 探讨虚拟人工生命的定义、检测与起源机制，促进该领域发展 | 虚拟人工生命（计算机内存在） | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10 | 2026-05-30 |
Origins of life: the possible and the actual
2025-10-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0281
PMID:41035333
|
评论 | 本文综述了生命起源研究中的关键理论框架与实验方法，探讨生命形成的必然性、替代生物化学可能性及从化学系统向信息演化实体的转变 | 跨学科整合了地球化学、统计物理、系统生物学、合成生物学等信息论视角，突出了原细胞系统在能量、物质与信息共演化研究中的核心地位 | 未深入探讨具体实验验证方案或量化模型，主要停留在理论框架与现存挑战的综述层面 | 调查生命起源研究的关键理论框架与实验方法，概述推动该领域发展的未解决挑战 | 生命起源的理论框架、原细胞系统及替代生物化学可能性 | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11 | 2026-05-30 |
Marine bioactives: Pioneering sustainable solutions for advanced cosmetics and therapeutics
2025-08, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2025.107868
PMID:40684894
|
综述 | 探讨海洋来源生物活性化合物在化妆品和医药领域的应用，并强调可持续发展和创新提取方法 | 系统评估海洋生物活性物在化妆品和医药中的潜力，提出创新提取方法如酶辅助和超临界流体萃取，并展示海洋细胞培养产量比传统提取高50倍，合成生物学可持续生产稀有化合物，纯化纯度达99.5%，环境影响降低60% | 监管挑战和可持续性问题被批判性审视，但未具体说明数据来源或研究限制 | 综述海洋生物活性物在化妆品和医药中的应用，并展望可持续发展方向 | 海洋来源的多糖、肽、脂质和色素等生物活性化合物 | 自然语言处理 | NA | 酶辅助提取、超临界流体萃取、海洋细胞培养、合成生物学、先进纯化技术 | NA | 文献数据 | 不适用 | 合成生物学 | 海藻、海洋无脊椎动物、微生物 | NA | 医药、化妆品 |
| 12 | 2026-05-30 |
Public attitudes to potential synthetic cells applications: Pragmatic support and ethical acceptance
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0319337
PMID:40014593
|
研究论文 | 通过来自13个欧洲国家的全国代表性样本调查，探究公众对合成细胞潜在应用（如抗癌治疗、CO2转化、工业废物回收）的态度 | 首次在大规模跨国样本中系统评估公众对自下而上构建的合成细胞技术的态度，并利用数据驱动决策树模型分析影响态度的因素 | NA | 绘制公众对新兴合成细胞技术的初步态度，以促进社会讨论和利益相关者参与 | 来自13个欧洲国家的8382名公众 | NA | 癌症 | NA | 决策树 | 调查问卷数据 | 13个欧洲国家，8382名参与者 | NA | NA | 合成细胞 | 医疗、环境、能源 |
| 13 | 2026-05-28 |
Engineering Spatial Control of Bacterial Organelles
2025-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.22.677801
PMID:41040230
|
研究论文 | 本文展示了一个双蛋白系统McdAB可被重新编程以实现对细菌多种细胞器的空间控制 | 首次证明McdAB系统可以重新编程以控制所有已知类型的细菌细胞器（包括类囊体、包囊体、生物分子凝聚体和膜结合细胞器）的空间组织，为合成生物学建立了新的设计原理 | 未明确说明局限性 | 研究细菌细胞器的空间组织是否可以被工程化控制 | McdAB双蛋白系统和细菌细胞器（羧酶体、包囊体、生物分子凝聚体、膜结合细胞器） | 合成生物学 | NA | 异源表达、蛋白重新编程 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | McdAB系统用于细胞器空间定位调控 | 工业生物技术 |
| 14 | 2026-05-27 |
Suppression of amber stop codons impairs pathogenicity in Salmonella
2025-02, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.15075
PMID:39666825
|
研究论文 | 研究表明抑制琥珀终止密码子会减弱沙门氏菌的致病性 | 首次揭示终止密码子抑制对细菌致病性的影响具有选择性，仅琥珀密码子抑制影响沙门氏菌毒力 | 未详细阐明琥珀抑制如何调控HilD活性的具体分子机制 | 探究终止密码子抑制对细菌致病性的影响及其机制 | 沙门氏菌的毒力基因表达及巨噬细胞感染过程 | 微生物学 | 沙门氏菌感染 | NA | NA | NA | NA | NA | 沙门氏菌 | NA | 医学 |
| 15 | 2026-05-27 |
Structural prediction of potent non-coding RNAs
2025, Progress in molecular biology and translational science
DOI:10.1016/bs.pmbts.2025.05.002
PMID:40543912
|
综述 | 探讨非编码RNA的结构预测及其在生物学和医学中的重要性 | 融合计算方法和实验技术，提升RNA结构预测准确度，并探讨多组学数据整合与伦理考量 | 复杂RNA结构建模和RNA折叠动态特性理解仍存在挑战 | 提高非编码RNA结构预测能力，推动其在诊断和治疗中的应用 | 非编码RNA，包括microRNA、siRNA和长链非编码RNA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 药物发现, 生物标志物, 合成生物学 |
| 16 | 2026-05-25 |
Pathway crosstalk enables degradation of aromatic compounds in marine Roseobacter clade bacteria
2025-09-17, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00978-25
PMID:40793766
|
研究论文 | 通过多组学分析和CRISPR-Cas基因编辑，破译海洋玫瑰杆菌分支菌中芳香化合物的降解途径，发现β-酮己二酸途径与β-氧化途径在硫解步骤的交叉对话 | 首次揭示海洋玫瑰杆菌分支菌中芳香化合物降解的完整途径，并发现途径交叉对话的新机制 | 研究主要基于模型化合物，对其他芳香化合物的适用性及海洋环境中的实际降解效率尚待验证 | 阐明海洋细菌中芳香化合物的生物转化途径，为环境修复和生物碳循环利用奠定基础 | 海洋玫瑰杆菌分支菌中的芳香化合物降解途径 | 合成生物学 | NA | 多组学分析, CRISPR-Cas基因编辑, NGS | NA | 基因组数据, 代谢组数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 海洋玫瑰杆菌分支菌 | β-酮己二酸途径与β-氧化途径的交叉对话 | 环境, 工业生物技术 |
| 17 | 2026-05-25 |
Enhanced phenanthrene degradation by a synthetically engineered E. coli consortium utilizing the SCRaMbLE for the evolution of key genes
2025-09-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.139152
PMID:40628214
|
研究论文 | 本研究利用SCRaMbLE方法对关键基因进行进化，构建了由三株工程化大肠杆菌组成的合成菌群，用于高效降解菲 | 首次将SCRaMbLE方法应用于多环芳烃降解菌群关键基因的定向进化，显著提升了菲的降解效率 | 研究仅测试了100 mg/L的菲浓度，未评估其他浓度或实际污染环境中菌群的降解性能 | 开发基于合成生物学和SCRaMbLE的微生物菌群策略，以增强菲的生物降解 | 菲，一种多环芳烃污染物 | 环境工程 | NA | SCRaMbLE | NA | 生物降解数据 | 三个工程化大肠杆菌菌株（E. coli SCRPHE033、E. coli SCRKA065、E. coli CRSA）在含有100 mg/L菲的MSM培养基中测试 | SCRaMbLE | 大肠杆菌BL21(DE3) | 菲完全矿化的三个分解代谢模块（上游、下游及辅助模块），整合17个关键基因 | 环境生物修复 |
| 18 | 2026-05-25 |
CTGCT, Centre of Excellence for the Technologies of Gene and Cell Therapy: Collaborative translation of scientific discoveries into advanced treatments for neurological rare genetic diseases and cancer
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.11.051
PMID:39760072
|
评论 | CTGCT卓越中心旨在将科学发现转化为针对神经系统罕见遗传病和癌症的先进基因与细胞疗法 | 斯洛文尼亚首个此类中心，整合合成生物学工具、基因编辑、RNA技术、免疫调控工程及新型递送系统，建立GMP设施推动临床转化 | 尚未提供具体实验数据或临床结果评估 | 推动基因与细胞疗法从基础研究向临床应用转化 | 神经系统罕见遗传病和癌症 | 数字病理学 | 神经系统罕见遗传病, 癌症 | 基因编辑, 剪接技术, RNA技术, 免疫调控工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN | 哺乳动物细胞 | NA | 医学 |
| 19 | 2026-05-23 |
Cancer-associated transporters: Molecular drivers and drug delivery gateways
2025-12, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2025.117376
PMID:41046076
|
综述 | 系统描述p53对膜转运蛋白的调控及其在癌症代谢、耐药和治疗中的角色 | 整合p53野生型、突变型和淀粉样构象对多种转运蛋白（糖、氨基酸、金属离子、脂质转运蛋白及ABC转运蛋白）的转录和转录后调控，并探索双重靶向p53异常和膜转运蛋白的合成生物学与精准递送策略 | p53调控转运蛋白的转录后机制和淀粉样构象的作用仍未被充分研究 | 阐明p53调控膜转运蛋白的分子机制，并探讨其在癌症代谢重编程和耐药中的治疗潜力 | p53野生型、突变型和淀粉样形式调控的膜转运蛋白（如GLUTs、MCTs、NIS、P-gp、LAT1等） | 癌症生物学 | 癌症 | CRISPR/Cas9, 小分子抑制剂, siRNA, 纳米颗粒共递送系统 | NA | 文献综述数据 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 合成生物学和精准递送途径（双靶向策略） | 医学 |
| 20 | 2026-05-23 |
Artificial cells with liquid-liquid phase separation-regulated cell-free protein synthesis
2025-Nov-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2511283122
PMID:41269793
|
研究论文 | 该论文展示了利用液-液相分离调控的工程聚合物，实现对细胞自由蛋白质合成活性的可逆调控，从而构建具有可控蛋白质表达功能的人工细胞 | 提出利用液-液相分离诱导蛋白质聚集的机制，实现批量酶的抑制效果，并开发了一种微流控平台制造封装CFPS系统的人工细胞，在体内胆汁结扎小鼠模型中验证了碱性条件下蛋白质表达的显著差异 | 体内实验仅针对胆汁结扎小鼠模型，可能限制了其普适性评估 | 构建具有可调蛋白质合成能力的人工细胞，实现精确的时空蛋白质表达控制 | 液-液相分离调控的聚合物、细胞自由蛋白质合成系统、巨大单层囊泡、胆汁结扎小鼠模型 | 合成生物学 | NA | 液-液相分离、微流控技术 | NA | 实验数据 | 胆汁结扎小鼠模型（样本量未明确说明） | NA | NA | 液-液相分离调控的蛋白质聚集回路 | 生物医学 |