合成生物学相关文章
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当前共找到 1525 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2025-12-21 |
A Modular and Customizable CRISPR/Cas Toolkit for Epigenome Editing of Cis-regulatory Modules
2025-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202503917
PMID:41024337
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研究论文 | 本文开发了一种模块化CRISPR/Cas工具包，用于表观基因组编辑，以解析和工程化顺式调控模块的功能 | 开发了基于dead Cas9的DNA去甲基化（dCd）和DNA甲基化（dCm）平台，实现了对顺式调控模块的可编程编辑和跨物种移植性研究 | NA | 研究表观遗传标记如何因果影响顺式调控模块功能，并开发工具进行工程化调控 | 顺式调控元件和模块，包括植物和酵母中的表观遗传调控 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas表观基因组编辑，包括DNA甲基化和去甲基化技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 植物，酿酒酵母 | 逻辑门控基因调控，输入响应型合成表观基因组编辑器 | 合成生物学，性状设计 |
| 202 | 2025-12-21 |
Engineering the Link: From Genome Interaction Maps to Functional Insight
2025-Dec, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202500525
PMID:41221676
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综述 | 本文探讨了如何利用基因组工程方法（如锌指蛋白、TALEs和CRISPR-Cas9）来靶向操控3D染色质结构，以揭示基因组结构与功能之间的因果联系 | 通过合成策略重新布线增强子-启动子通信，利用可编程DNA结合平台进行3D基因组工程，作为合成生物学的新支柱 | 当前方法在效率、可扩展性和特异性方面存在限制 | 理解并最终重编程基因组功能，特别是通过操控染色质结构来建立因果联系 | 3D染色质架构，特别是DNA环，以及增强子-启动子相互作用 | 合成生物学 | NA | 染色体构象捕获测序，基因组工程 | NA | 基因组相互作用数据 | NA | 锌指蛋白, TALEs, CRISPR-Cas9 | NA | 增强子-启动子通信的重布线，工程化染色质环 | 医学, 工业生物技术 |
| 203 | 2025-12-20 |
Patchoulol: Bioactive Properties, Synthase Catalytic Mechanisms, and Biosynthetic Progress ── a Review
2025-Dec-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00552
PMID:41311191
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综述 | 本文综述了广藿香醇的生物活性、其合酶的催化机制以及生物合成研究进展 | 系统总结了广藿香醇合酶的环化机制假说，并讨论了利用合成生物学和代谢工程提高其生物合成产量的可行策略 | NA | 探讨广藿香醇的生物活性、生物合成机制及其大规模生产的潜在应用前景 | 广藿香醇（一种三环倍半萜醇） | 合成生物学 | NA | 合成生物学，代谢工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 香水，化妆品，医药 |
| 204 | 2025-12-20 |
Environmental Census: Modeling Synthetic Biology Ecological Risk with Metagenomic Enzymatic Data and High-Performance Computing
2025-Dec-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00618
PMID:41335476
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研究论文 | 本研究开发了一个名为Environmental Census的Python软件包，用于预测工程微生物的环境范围，通过功能注释相似性评估其生态风险 | 利用公开可用的复合宏基因组数据，结合高性能计算，开发了一种新的风险评估工具，能预测工程微生物在农业-水循环等环境中的潜在定殖风险 | 工具依赖于公开的宏基因组数据，可能无法覆盖所有环境；风险评估基于相似性，可能忽略其他生态因素 | 评估合成生物学中工程微生物的生态风险，辅助其安全设计和管理 | 工程微生物，特别是细菌生物农药，以及农业-水循环环境中的微生物群落 | 计算生物学 | NA | 宏基因组测序，高性能计算 | NA | 宏基因组数据 | 基于公开的复合宏基因组数据库，具体样本数量未指定 | NA | 工程微生物（如细菌生物农药） | NA | 环境，农业 |
| 205 | 2025-12-20 |
Construction and Functional Characterization of a Heterologous Quorum Sensing Circuit in Clostridium sporogenes
2025-Dec-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00628
PMID:41359820
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研究论文 | 本研究在严格厌氧的革兰氏阳性菌Clostridium sporogenes中构建并功能表征了一个异源群体感应（QS）电路，利用agr-QS系统实现密度依赖性基因调控 | 首次在严格厌氧菌中成功工程化agr群体感应系统，扩展了合成生物学工具包，为细菌疗法和代谢工程提供了新机会 | NA | 工程化革兰氏阳性菌中的群体感应系统，以实现密度依赖性基因调控 | 严格厌氧的革兰氏阳性菌Clostridium sporogenes | 合成生物学 | NA | LC-MS/MS | NA | NA | NA | agr-QS系统 | Clostridium sporogenes | 异源群体感应电路，基于agr-QS系统，包括自诱导肽（AIP）生产和QS调控的GFP报告基因 | 医学, 工业生物技术 |
| 206 | 2025-12-20 |
Unveiling the landscape of prokaryotic global regulators through deep protein language models
2025-Dec-17, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/msystems.00950-25
PMID:41283681
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研究论文 | 本研究利用深度蛋白质语言模型，系统性地揭示了原核生物全局调节因子的多样性及其进化结构 | 开发了一个基于深度学习的大规模框架，能够识别远程同源物和新型全局调节因子，超越了传统基于相似性或结构域的方法 | NA | 系统性绘制原核生物全局调节因子的调控景观，以理解其多样性和进化动力学 | 14,800个细菌和古菌类型菌株基因组中的全局调节因子样蛋白质 | 自然语言处理 | NA | 深度蛋白质语言模型 | 深度学习模型 | 蛋白质序列 | 14,800个细菌和古菌类型菌株基因组，包含超过270,000个全局调节因子样蛋白质 | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 207 | 2025-12-20 |
High-throughput chemical genomic screening: a step-by-step workflow from plate to phenotype
2025-Dec-17, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/msystems.00885-25
PMID:41313179
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研究论文 | 本文提供了一个从开始到结束进行化学基因组筛选的逐步指南 | 引入了一个可扩展的端到端协议，将实验、成像和计算步骤整合到一个统一的框架中，用于高通量筛选多种微生物物种 | NA | 开发标准化、可重复的工作流程，以促进化学基因组筛选在微生物研究中的广泛应用 | 微生物物种，包括菌株库和基因-环境相互作用 | 系统生物学 | NA | 高通量化学基因组筛选 | NA | 表型数据 | NA | NA | 微生物物种 | NA | 微生物系统生物学，包括微生物组研究、合成生物学和微生物群落研究 |
| 208 | 2025-12-20 |
Harnessing heterogeneity for the rational design of cell manufacturing
2025-Dec-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101458
PMID:41412112
|
研究论文 | 本文提出利用细胞异质性作为设计特征，通过系统与合成生物学工具优化细胞疗法生产的产量和质量 | 将细胞异质性视为设计优势而非挑战，提出一个从输入细胞状态映射到输出细胞命运的框架，以提升生物工艺稳健性 | NA | 优化干细胞衍生细胞疗法的生产产量和质量，提高生物工艺的稳健性 | 多细胞系统中的细胞异质性（包括宏观和微观层面） | 合成生物学 | NA | 系统与合成生物学工具 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 209 | 2025-12-20 |
What do you most hope we will achieve with mammalian synthetic biology within the next decade?
2025-Dec-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101485
PMID:41412111
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 210 | 2025-12-20 |
Nanobody CAR-T cells in cancer: From molecular design to clinical translation
2025-Dec, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2025.118819
PMID:41319516
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综述 | 本文综述了基于纳米抗体的嵌合抗原受体T细胞（CAR-T）疗法，从分子设计到临床转化的全过程 | 利用单域抗体（VHH）的结构优势，开发出更紧凑、选择性更高、可模块化设计的纳米抗体CAR-T细胞，以克服传统ScFv CAR-T在折叠、信号传导和免疫原性等方面的问题 | 面临肿瘤异质性、免疫逃逸和T细胞耗竭等挑战 | 探讨纳米抗体CAR-T细胞在癌症治疗中的分子设计、功能优势及临床转化潜力 | 纳米抗体CAR-T细胞 | NA | 血液系统恶性肿瘤，实体瘤 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 双特异性、三价及逻辑门控形式的CAR设计 | 医学 |
| 211 | 2025-12-20 |
On the Choice of the Right Plasmid Vector(s) in the Times of Synthetic Biology
2025-Dec, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.70273
PMID:41395802
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综述 | 本文回顾了合成生物学时代质粒载体的关键结构与功能特性，并探讨了其选择标准与未来发展方向 | 系统分析了质粒载体在合成生物学背景下的性能决定因素，并讨论了标准化与定制化融合、AI辅助设计等新兴趋势 | 未提供具体的实验数据验证，主要基于文献综述与理论分析 | 探讨合成生物学时代质粒载体的选择标准与设计原则 | 质粒载体的结构与功能特性 | 合成生物学 | NA | DNA合成、CRISPR相关转座酶、重组酶辅助平台 | NA | NA | NA | SEVA、CRISPR-Cas9 | 非模式细菌、多种微生物底盘 | 毒素-抗毒素系统、微型转座子染色体整合、生物传感器、代谢通路 | 工业生物技术、环境 |
| 212 | 2025-12-20 |
Engineering artificial 5' regulatory sequences for thermostable protein expression in the extremophile Thermus thermophilus
2025, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysaf016
PMID:41404420
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研究论文 | 本研究通过开发新型人工5'调控序列（ARES），扩展了嗜热菌Thermus thermophilus的遗传工具包，用于热稳定蛋白的高水平异源表达 | 首次在Thermus thermophilus中应用基因表达工程平台，设计了53个人工ARES，这些序列包含启动子和5'非翻译区，并显示出宿主特异性表达模式，且GC含量显著低于天然启动子 | NA | 扩展嗜热菌Thermus thermophilus的标准化遗传工具，以优化热稳定蛋白的异源表达 | 嗜热菌Thermus thermophilus和Escherichia coli中的人工5'调控序列（ARES）及其对热稳定蛋白表达的影响 | 合成生物学 | NA | 基因表达工程平台、生物信息学分析 | NA | 序列数据、表达数据 | 53个人工ARES序列，涉及β-半乳糖苷酶、超折叠柠檬荧光蛋白和八氢番茄红素合酶等热稳定蛋白 | Gene Expression Engineering平台 | Thermus thermophilus, Escherichia coli | 人工5'调控序列（ARES），包含启动子和5'非翻译区，用于调控基因表达 | 工业生物技术 |
| 213 | 2025-12-19 |
Bio-hybrid 6G networks with synthetic biology-enabled base stations for energy-autonomous telecommunications
2025-Dec-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-27597-3
PMID:41398187
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研究论文 | 本研究开发了一个全面的数学建模框架，用于评估由合成生物学驱动的生物混合基站（重点利用微生物燃料电池和酶介导的生物能源收集）在6G网络中的可行性、韧性和可持续性 | 首次将电信工程与合成生物学通过一个统一的定量框架联系起来，评估生物混合基站在现实运行条件下的能源自主性、碳排放和系统韧性 | 研究基于模拟结果，需要未来的实验验证、现场试验和大规模部署来证实其实际可行性 | 解决6G网络超密集小基站部署带来的高能耗和碳足迹问题，探索可持续的能源自主通信方案 | 生物混合基站（由合成生物学技术供能） | NA | NA | 合成生物学、微生物燃料电池、酶介导生物能源收集 | 数学建模框架 | 模拟数据 | NA | NA | NA | NA | 电信、能源 |
| 214 | 2025-12-19 |
Recent Advances in Bio-Based Production of Free Heme Using Microbial Metabolic Engineering
2025-Dec, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202500434
PMID:41324255
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综述 | 本文综述了利用微生物代谢工程生物基生产游离血红素的最新进展 | 系统总结了利用代谢工程和合成生物学策略实现血红素微生物生产的可持续替代方案，并讨论了当前挑战与未来机遇 | NA | 探讨血红素的生物基生产方法，以替代传统的高成本、有伦理和环境问题的生产途径 | 血红素及其卟啉中间体 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | 血红素生物合成途径 | 医药、食品添加剂、生物技术 |
| 215 | 2025-12-19 |
Precision in Predicting Protein-Nucleic Acid Complexes: Establishing a Benchmark Data Set and Comparative Metrics
2025-Sep-22, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.5c01372
PMID:40932245
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研究论文 | 本研究建立了蛋白质-核酸复合物结构预测的基准数据集ProNASet，并系统评估了多种深度学习和物理驱动对接方法的性能 | 首次创建了包含100个实验解析结构的蛋白质-核酸复合物基准数据集，并建立了多维评估框架 | 基准数据集规模有限（100个结构），且当前深度学习方法在该任务上表现显著落后 | 评估和比较蛋白质-核酸复合物结构预测的计算方法 | 蛋白质-核酸复合物结构 | 计算生物学 | NA | 深度学习算法、分子对接方法 | AlphaFold3, Chai-1, HelixFold3, Protenix | 蛋白质-核酸复合物三维结构数据 | 100个实验解析的蛋白质-核酸复合物结构 | NA | NA | NA | 基因组编辑、合成生物学 |
| 216 | 2025-12-19 |
Guns 'N Roses: Fungal Volatile Warfare in Postharvest Disease Control
2025-09, Annual review of phytopathology
IF:9.1Q1
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综述 | 本文综述了真菌挥发性有机化合物在采后病害控制中的应用，包括其化学多样性、作用机制以及作为生物熏蒸剂的潜力 | 聚焦于真菌挥发性有机化合物在生物防治中的关键作用，并探讨了通过定向诱变、合成生物学和人工智能提升其效率的未来研究方向 | 作为一篇综述，未涉及原始实验数据，且具体应用案例和效果可能因物种和环境条件而异 | 探索真菌挥发性有机化合物作为环保替代品，用于控制采后病害和食品腐败微生物 | 真菌挥发性有机化合物、微生物生物防治剂、病原真菌以及处理后的农产品 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业, 食品 |
| 217 | 2025-12-19 |
Opto-p53: A light-controllable activation of p53 signaling pathway
2025-Jul-04, Cell structure and function
IF:2.0Q4
DOI:10.1247/csf.25017
PMID:40500178
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研究论文 | 本研究开发了一种光遗传学工具Opto-p53，用于通过光控制p53信号通路的激活 | 首次将光诱导二聚化系统与p53蛋白片段结合，创建了可光控激活的内源性转录因子工具 | 未在动物模型中进行验证，且光控效率可能受细胞类型和表达水平影响 | 开发选择性激活p53信号通路的实验系统，以解析其在细胞过程中的复杂功能 | p53蛋白及其信号通路在细胞应激反应中的作用 | 合成生物学 | NA | 光遗传学、光诱导二聚化系统 | NA | 细胞实验数据 | NA | 光诱导二聚化系统 | 哺乳动物细胞 | 通过光控二聚化系统重构p53蛋白N端和C端片段，形成光控转录激活开关 | 医学 |
| 218 | 2025-12-18 |
Advances and Potential of Aspergillus niger in Industrial Biomanufacturing
2025-Dec-17, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c07467
PMID:41347444
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综述 | 本文综述了黑曲霉在工业生物制造中的进展与潜力，重点关注其作为细胞工厂生产高价值代谢产物的工程策略 | 总结了利用基因编辑、基因组学和合成生物学技术增强黑曲霉作为高效细胞工厂的最新突破，并强调了共培养诱导和沉默基因簇激活等新兴方法 | NA | 概述黑曲霉在工业生物制造中的最新进展与未来潜力 | 黑曲霉及其作为细胞工厂生产代谢产物的工程策略 | 合成生物学 | NA | 基因编辑、基因组学、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 黑曲霉 | 改善碳源利用、调控代谢途径、增强转运系统、促进产物分泌的工程策略 | 食品、制药、可持续制造 |
| 219 | 2025-12-18 |
Deciphering guanidine assimilation and riboswitch-based gene regulation in cyanobacteria for synthetic biology applications
2025-Dec-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2519335122
PMID:41343670
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研究论文 | 本研究揭示了蓝藻中肌基的代谢途径及其核糖开关调控机制，并开发了基于肌基核糖开关的合成生物学工具 | 首次在蓝藻中系统阐明肌基通过GdmH酶的同化途径，发现并验证了肌基-I核糖开关的高亲和力结合特性，并成功将其应用于蓝藻异源基因表达的精确可调控系统 | 未完全阐明蓝藻在>1 mM肌基浓度下的其他摄取机制，且研究主要基于模式蓝藻PCC 6803，在其他蓝藻中的普适性需进一步验证 | 解析蓝藻中肌基代谢的分子机制并开发合成生物学调控工具 | 蓝藻（特别是集胞藻PCC 6803）的肌基代谢基因簇、转运系统及核糖开关 | 合成生物学 | NA | 基因敲除、启动子融合、体内基因表达调控 | NA | 分子生物学实验数据、生长表型数据 | 集胞藻PCC 6803野生型及突变株 | 核糖开关工程、启动子组合设计 | 蓝藻（集胞藻PCC 6803） | 基于肌基-I核糖开关的基因表达调控回路，实现异源基因的剂量依赖性精确控制 | 工业生物技术 |
| 220 | 2025-12-18 |
Synthetic biology approaches to generate temperature-sensitive alleles for the Sterile Insect Technique
2025-Nov-03, Insect science
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/1744-7917.70186
PMID:41178318
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综述 | 本文综述了利用合成生物学方法开发温度敏感等位基因以改进昆虫不育技术中雄性品系培育的策略 | 提出结合CRISPR/Cas基因组编辑、理性蛋白质设计及合成生物学工具（如温度诱导型N端降解子、温度敏感内含肽）创建非转基因温度敏感品系的新范式 | 在雄性决定染色体或基因座上整合和表达外源基因的技术尚未完全成熟，需要开发更多将温度敏感表型与雌性发育关联的策略 | 开发适用于昆虫不育技术的温度敏感遗传性别品系，实现环境友好的害虫防控 | 昆虫不育技术目标物种的遗传性别品系 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas基因组编辑、蛋白质理性设计、温度诱导型N端降解子、温度敏感内含肽 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 昆虫（SIT目标物种） | 温度敏感等位基因系统、性别特异性致死/转换通路 | 农业 |