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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2025-12-16 |
Cellulase secretion by engineered Pseudomonas putida enables growth on cellulose oligomers
2025-Nov-25, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-025-13617-9
PMID:41291027
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研究论文 | 本研究通过工程化改造恶臭假单胞菌,使其分泌纤维素酶,从而能够利用纤维素寡聚物作为唯一碳源和能量来源生长 | 首次在恶臭假单胞菌中实现非天然纤维素酶的功能性分泌,并鉴定了高效的双精氨酸转运酶分泌信号肽 | 研究仅针对纤维素寡聚物(纤维三糖和纤维四糖),未验证对完整纤维素聚合物的降解能力 | 开发恶臭假单胞菌作为合成生物学平台,用于从低品位原料进行化学合成 | 恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida) | 合成生物学 | NA | 分子工程、分泌信号肽筛选 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida) | 纤维素酶分泌系统(包括外切和内切纤维素酶) | 工业生物技术、能源 |
| 202 | 2025-12-16 |
Degradation mechanisms and microbial remediation of micro- and nanoplastics: A comprehensive review
2025-Nov-18, Ying yong sheng tai xue bao = The journal of applied ecology
DOI:10.13287/j.1001-9332.202511.034
PMID:41392686
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综述 | 本文全面综述了微/纳塑料的生成途径、微生物降解机制,并评估了微生物修复技术的应用潜力 | 系统整合了微/纳塑料的非生物与生物降解过程,并重点探讨了基于合成生物学的降解酶系统改造与优化这一未来研究方向 | 现有微生物处理技术存在降解效率低、环境适应性差以及工程化放大困难等瓶颈 | 为微/纳塑料污染的有效控制提供技术支撑 | 微塑料和纳米塑料 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 环境 |
| 203 | 2025-12-16 |
Synthetic multicolor antigen-stabilizable nanobody platform for intersectional labelling and functional imaging
2025-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.27.684934
PMID:41278670
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研究论文 | 本文介绍了一种合成多色抗原稳定化纳米抗体平台,用于交叉标记和功能成像 | 开发了覆盖可见光谱(450-660 nm)的抗原稳定化荧光纳米抗体工具包,通过工程化荧光蛋白和生物传感器实现通用设计,支持背景自由可视化、多色检测和选择性靶向 | NA | 开发一种合成生物学驱动的平台,用于精确研究蛋白质动力学、细胞过程和复杂生物系统 | 荧光纳米抗体、荧光蛋白、生物传感器、小鼠大脑、斑马鱼胚胎 | 合成生物学 | NA | 荧光成像、生物传感器工程 | NA | 图像数据 | NA | 合成生物学工具 | NA | 抗原稳定化荧光纳米抗体设计,包括组成型、光激活和光切换荧光蛋白,以及基于荧光蛋白的生物传感器 | 医学 |
| 204 | 2025-12-16 |
Engineered Bacteriophages: Advances in Phage Genome Redesign Strategies for Therapeutic and Environmental Applications
2025, Protein and peptide letters
IF:1.0Q4
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综述 | 本文综述了噬菌体基因组重设计策略在治疗和环境应用中的进展 | 整合了CRISPR-Cas系统、噬菌体展示、逆转录子等多种前沿技术,展示了定制化噬菌体在扩展宿主范围、生物膜降解和靶向治疗方面的创新潜力 | 面临噬菌体抗性、免疫反应和当前工程方法的局限性等挑战 | 探索噬菌体工程化策略以应对治疗和环境可持续性挑战 | 噬菌体及其基因组重设计技术 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统、噬菌体展示、随机和定点诱变、逆转录子、同源重组 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas, TALEN, ZFN | 噬菌体 | 生物传感器、逻辑门 | 医药, 环境 |
| 205 | 2025-12-15 |
Adaptive laboratory evolution optimizes an engineered phosphite utilization pathway in Synechococcus elongatus PCC 7942
2025-Dec-12, Journal of bioscience and bioengineering
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.jbiosc.2025.11.006
PMID:41390308
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研究论文 | 本研究通过适应性实验室进化优化了集胞藻PCC 7942中工程化的亚磷酸盐利用途径,提高了菌株的生长和亚磷酸盐消耗速率 | 首次在集胞藻中通过长期传代培养实现了工程化亚磷酸盐利用途径的优化,并鉴定出htxBCDE转运蛋白基因的点突变是表型改善的关键 | 研究仅针对单一菌株和特定培养条件,突变对长期遗传稳定性和实际应用环境的影响尚未评估 | 优化工程化微生物的代谢途径以减轻代谢负担并维持生物防护能力 | 集胞藻Synechococcus elongatus PCC 7942工程菌株RH714及其传代进化群体 | 合成生物学 | NA | 适应性实验室进化、长期传代培养、基因测序分析、基因工程改造 | NA | 生长曲线数据、基因序列数据、表型数据 | 原始工程菌株RH714及其传代进化群体 | 基因工程、适应性进化 | Synechococcus elongatus PCC 7942(集胞藻) | 亚磷酸盐依赖型代谢系统,包含htxBCDE转运蛋白基因和ptxD基因簇 | 环境、工业生物技术 |
| 206 | 2025-12-15 |
Bacterial Cellulose for Sustainable Food Packaging: Production Pathways, Structural Design, and Functional Modification Strategies
2025-Nov-28, Polymers
IF:4.7Q1
DOI:10.3390/polym17233165
PMID:41374852
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综述 | 本文综述了细菌纤维素在可持续食品包装领域的生产途径、结构设计及功能改性策略 | 系统总结了通过合成生物学、绿色化学和材料工程等方法对细菌纤维素进行原位和异位功能化的最新进展,以增强其机械、阻隔、抗氧化和抗菌性能 | 面临生产成本高、发酵周期长以及监管不确定性等挑战 | 探讨细菌纤维素作为石油基塑料替代品,在可持续食品包装中的应用潜力 | 细菌纤维素及其复合材料 | 材料科学 | NA | 微生物发酵、合成生物学、绿色化学、材料工程 | NA | 文献数据 | NA | NA | Komagataeibacter属及相关菌属 | NA | 食品包装 |
| 207 | 2025-12-15 |
From pandemics to preparedness: harnessing AI, CRISPR, and synthetic biology to counter biosecurity threats
2025, Frontiers in public health
IF:3.0Q2
DOI:10.3389/fpubh.2025.1711344
PMID:41383331
|
综述 | 本文综述了如何整合人工智能、CRISPR和合成生物学等新兴技术,以应对生物安全威胁并增强全球卫生安全准备 | 提出了一个整合多种前沿技术(AI、CRISPR、合成生物学、数字流行病学等)与公平政策、国际合作相结合的综合框架,以构建面向未来的弹性生物安全防御系统 | 文中提及的创新技术存在伦理、法律和公平性方面的挑战,且其大规模应用和可及性仍需解决 | 探讨如何利用新兴科技提升对生物安全威胁(包括自然暴发、实验室事故和生物恐怖主义)的预防、检测和响应能力 | 生物安全威胁及其应对技术 | NA | NA | 人工智能、下一代测序、CRISPR诊断、数字流行病学、mRNA/DNA疫苗平台、单克隆抗体、纳米抗体疗法 | NA | NA | NA | CRISPR | NA | NA | 医学 |
| 208 | 2025-12-14 |
Advancing Africa's bioeconomy and biosolutions through microbial natural product discovery: unlocking indigenous microbe potential for sustainability
2025-Dec-12, Microbiology and molecular biology reviews : MMBR
IF:8.0Q1
DOI:10.1128/mmbr.00174-25
PMID:41384918
|
综述 | 本文综述了如何通过发掘非洲本土微生物天然产物来推动非洲生物经济发展和可持续生物解决方案 | 整合了BV-BRC数据库分析与文献证据,首次系统梳理了非洲本土传统模型及新兴非模型细菌底盘资源的基因组分布,并提出了利用本土微生物资源促进可持续创新的路线图 | 调查仅限于BV-BRC数据库的数据,未能涵盖所有非洲微生物资源 | 推动非洲生物经济发展,通过微生物天然产物发现促进医疗、农业和工业生物技术创新 | 非洲本土微生物资源,特别是细菌和病毒生物信息学资源中心(BV-BRC)数据库中的传统模型及新兴非模型细菌底盘 | 工业生物技术 | NA | 基因组测序、功能组学、合成生物学 | NA | 基因组数据、文献数据 | NA | NA | 非洲本土微生物(细菌) | NA | 医疗, 农业, 工业生物技术 |
| 209 | 2025-12-14 |
Over-Expression of a Phycocyanin-Interferon Fusion and Differential Cleaving Efficiency in Cyanobacteria (Synechocystis sp. PCC 6803)
2025-Dec-12, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.70126
PMID:41388596
|
研究论文 | 本研究在蓝藻Synechocystis sp. PCC 6803中稳定过表达藻蓝蛋白-人干扰素α-2融合蛋白,并比较了TEV和HRV蛋白酶在分离干扰素时的切割效率 | 首次在蓝藻中构建藻蓝蛋白-干扰素融合表达系统,并证明HRV蛋白酶在切割效率上优于TEV蛋白酶及其他近期测试的蛋白酶 | NA | 开发蓝藻作为低成本重组蛋白生产平台,优化融合蛋白的切割和分离方法 | 蓝藻Synechocystis sp. PCC 6803作为宿主,表达藻蓝蛋白CpcB β亚基与人干扰素α-2的融合蛋白 | 合成生物学 | NA | 重组蛋白表达、融合蛋白构建、蛋白酶切割分析 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | Synechocystis sp. PCC 6803(蓝藻) | 藻蓝蛋白-干扰素融合蛋白,包含TEV或HRV蛋白酶切割位点的合成生物电路 | 工业生物技术 |
| 210 | 2025-12-14 |
Bacillus velezensis LoaP promotes antitermination by antagonizing NusA
2025-Dec-10, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01429-25
PMID:41147751
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研究论文 | 本研究揭示了芽孢杆菌NusG同源蛋白LoaP通过特异性拮抗转录因子NusA来促进转录抗终止的分子机制 | 首次在革兰氏阳性细菌中解析了LoaP类NusG同源蛋白的抗终止复合物机制,证明其仅需拮抗NusA即可发挥作用,无需其他因子,这与已知的RfaH范式显著不同 | 研究主要基于体外重建实验,体内生理环境下的调控网络可能更为复杂 | 探究NusG同源蛋白LoaP在细菌转录抗终止中的分子机制 | Bacillus velezensis LoaP蛋白及其调控的difficidin抗生素合成操纵子 | 分子生物学 | NA | RNA聚合酶纯化、转录因子重建、体外转录分析 | NA | 生化实验数据 | NA | NA | Bacillus velezensis(作为研究对象的来源菌) | NA | 合成生物学、天然产物发现 |
| 211 | 2025-12-14 |
Building an expanded bio-based economy through synthetic biology
2025-Dec-06, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108775
PMID:41360191
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综述 | 本文探讨了合成生物学在扩展生物基经济中的作用,包括资源利用、生物转化和未来底盘生物的开发 | 系统性地概述了合成生物学在生物基经济中的近期和长期资源、输出分子以及未来底盘生物的需求,并详细分析了微生物和植物合成生物学的进展与挑战 | NA | 探讨合成生物学如何推动生物基经济的发展,包括资源转化和可持续原料的创建 | 生物基经济中的资源、生物转化过程、微生物和植物合成生物学技术 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 微生物, 植物 | NA | 能源, 工业生物技术, 环境 |
| 212 | 2025-12-14 |
An Engineered Probiotic Consortium Based on Quorum-Sensing for Colorectal Cancer Immunotherapy
2025-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202512744
PMID:40999885
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研究论文 | 本研究设计了一种基于群体感应的工程化益生菌联合体,用于结直肠癌免疫治疗 | 开发了能够整合多种肿瘤微环境信号并通过正交群体感应系统协调多治疗载荷释放的工程化益生菌联合体 | NA | 开发用于癌症治疗的工程化活体生物治疗产品 | 工程化益生菌联合体及其在结直肠癌免疫治疗中的应用 | 合成生物学 | 结直肠癌 | 合成生物学、群体感应系统 | NA | NA | 使用hPD-L1 MC38肿瘤的人源化PD-1小鼠模型和HT-29肿瘤的人源化外周血单个核细胞小鼠模型 | 合成生物学 | 益生菌 | 正交群体感应系统,能够响应pH值、缺氧和高乳酸水平三种肿瘤微环境参数,控制乳酸消耗酶和PD-L1纳米抗体的释放 | 医学 |
| 213 | 2025-12-14 |
Investigating DNA words and their distributions across the tree of life
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.11.040
PMID:41377119
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研究论文 | 本研究系统分析了超过22.5万个跨越生命三域及病毒基因组的k-mer频率分布,发现Zipf定律在建模k-mer分布时表现不佳,并提出截断幂律和Zipf-Mandelbrot分布作为更优的替代模型 | 首次在大规模跨物种基因组数据中系统验证Zipf定律的适用性,并提出更优的统计分布模型;开发了基于k-mer分布评估人工基因组生物学合理性的新方法 | 未深入探讨特定生物过程(如选择压力、突变偏好)对k-mer分布的具体影响机制 | 探究DNA k-mer在生命之树中的分布规律及其演化意义 | 225,000+个涵盖生命三域(细菌、古菌、真核生物)及病毒的基因组组装 | 计算生物学 | NA | k-mer频谱分析、统计建模、基因组模拟 | 截断幂律分布、Zipf-Mandelbrot分布、Heaps定律、深度生成语言模型 | 基因组序列数据 | 超过225,000个基因组组装 | NA | NA | NA | 合成生物学、进化序列分析 |
| 214 | 2025-12-13 |
Human Synthetic Biology and Programmable Gene Regulation Control
2025-08, Annual review of genomics and human genetics
IF:7.7Q1
|
综述 | 本文回顾了人类合成生物学领域的最新进展,重点关注可编程基因表达控制工具的开发与应用 | 整合了高通量方法,开发了在DNA、RNA和蛋白质水平上模块化调控的多层次基因表达控制工具,并应用于治疗领域 | NA | 探讨人类合成生物学中可编程基因调控控制的发展,以操纵细胞表型和功能 | 人类细胞中的合成基因系统和可编程遗传工具 | 合成生物学 | NA | 高通量合成生物学方法 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN | 人类细胞 | 合成基因电路、逻辑门、生物传感器 | 医学 |
| 215 | 2025-12-12 |
Advancements in photosynthetic efficiency: Pathways, regulation, and biotechnological applications for enhancing crop productivity
2025-Dec-31, Plant signaling & behavior
IF:2.8Q2
DOI:10.1080/15592324.2025.2596483
PMID:41346023
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综述 | 本文综述了通过分子、生化和生物物理策略提高光合作用效率的最新进展,重点讨论了调控过程、基因编辑和合成生物学等生物技术应用,以增强作物生产力和气候适应性 | 系统整合了光合作用调控的关键过程与新兴生物技术(如CRISPR/Cas9和合成生物学),提出了通过优化光能利用、改造光呼吸和光保护途径以及工程化C₄和CAM性状来克服长期生化与解剖学限制的创新策略 | NA | 提高作物光合作用效率以增强农业生产力并应对未来全球粮食需求 | 光合作用过程及其调控机制,以及相关的作物改良策略 | NA | NA | 基因组编辑(特别是CRISPR/Cas9)、合成生物学、系统建模、高通量表型分析、多组学分析、计算建模 | NA | NA | NA | CRISPR/Cas9 | C₃作物、C₄作物、CAM作物 | 光合作用途径的理性重设计、C₄和CAM性状工程化、光保护与光呼吸途径改造 | 农业 |
| 216 | 2025-12-12 |
A modular two-component protein cage for spatially organized enzymatic assembly and enhanced metabolic flux
2025-Dec-10, Journal of materials chemistry. B
DOI:10.1039/d5tb01129a
PMID:41250881
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研究论文 | 本文提出了一种模块化的双组分蛋白质笼支架,用于空间组织酶组装并增强代谢通量 | 开发了首个基于正交SpyTag/SpyCatcher和SnoopTag/SnoopCatcher系统的双组分蛋白质笼支架,实现了活细胞内可编程的蛋白质共定位与组装时序控制 | 未在更复杂的代谢途径或多细胞系统中验证支架性能,长期稳定性与规模化应用潜力有待进一步研究 | 构建空间组织化的多酶组装体以增强代谢工程效率 | 双组分蛋白质笼支架I5232及其酶复合物 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程、正交生物共轭系统 | NA | 荧光成像数据、代谢产物定量数据 | NA | SpyTag/SpyCatcher, SnoopTag/SnoopCatcher | 活细胞(未指定具体物种) | 膜靶向肽引导的酶空间定位系统,用于构建类胡萝卜素代谢途径的底物通道 | 代谢工程、工业生物技术 |
| 217 | 2025-12-12 |
Fluoride-Triggered Protein Activation via a Genetically Encoded Tyrosine Analogue
2025-Dec-10, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c13604
PMID:41296558
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研究论文 | 本文提出了一种基于基因编码的氟化物响应非经典氨基酸的蛋白质激活平台,用于在活细胞中实现蛋白质活性的时空调控 | 开发了基于二甲基硫代膦酰酪氨酸(DTPY)的基因编码执行器平台,首次实现氟化物触发的蛋白质特异性激活 | NA | 开发一种通用的蛋白质活性时空调控策略 | 超折叠绿色荧光蛋白和Cre重组酶 | 合成生物学 | NA | 基因编码非经典氨基酸技术 | NA | NA | NA | 基因编码技术 | 活细胞 | 氟化物响应型蛋白质开关 | 合成生物学, 细胞工程 |
| 218 | 2025-12-12 |
InsiliCoil: An Integrated Software Suite for Coiled Coil Design, Prediction, and Therapeutic Engineering
2025-Dec-10, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00678
PMID:41370672
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研究论文 | 介绍了一个名为InsiliCoil的集成软件套件,用于卷曲螺旋的设计、预测和治疗性工程 | 将预测建模、选择性肽抑制剂发现和正交相互作用组设计统一到一个可访问的框架中,提供比基于结构方法快几个数量级的通量 | NA | 开发一个用于控制螺旋介导的蛋白质-蛋白质相互作用的软件平台,以加速治疗发现和可编程生物系统的理性工程 | 卷曲螺旋(CCs)作为合成生物学中的模块化、可编程构建块和治疗靶点 | 合成生物学 | NA | 预测建模、高通量筛选、计算设计 | NA | 蛋白质序列数据、实验数据集 | NA | InsiliCoil软件套件 | NA | 正交卷曲螺旋网络,用于合成生物电路和生物材料 | 医学, 工业生物技术 |
| 219 | 2025-12-12 |
Rna triplet repeats: improved algorithms for structure prediction and interactions
2025-Dec-10, Algorithms for molecular biology : AMB
IF:1.5Q3
DOI:10.1186/s13015-025-00292-8
PMID:41372930
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研究论文 | 本文研究了由三核苷酸重复序列构成的RNA的最小自由能二级结构预测及RNA间相互作用,提出了改进的计算算法 | 针对三核苷酸重复RNA,改进了最小自由能和配分函数的计算算法,并为RNA-RNA相互作用设计了新算法,将阶乘时间复杂度降低至指数级 | 对于三核苷酸重复序列的情况,计算上存在困难,仅能获得参数化算法 | 开发更高效的算法来预测三核苷酸重复RNA的二级结构及其相互作用 | 由三核苷酸重复序列构成的RNA分子 | 计算生物学 | NA | RNA二级结构预测算法 | 最小自由能模型 | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 220 | 2025-12-12 |
Synthetic tunable promoters for flexible control of multi-gene expression in mammalian cells
2025-Dec, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.02.008
PMID:39938795
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研究论文 | 本研究构建了一个多样化的合成可调启动子库,用于在哺乳动物细胞中灵活控制多基因表达 | 设计了同时包含通用激活位点和特异性激活位点的合成可调启动子,结合CRISPRa系统实现多层级表达控制,并通过大规模平行报告基因检测验证了其正交性和可调性 | NA | 构建合成可调启动子库以实现哺乳动物细胞中多基因表达的灵活控制 | 合成可调启动子及其在哺乳动物细胞多基因系统中的应用 | 合成生物学 | NA | CRISPR激活系统、大规模平行报告基因检测 | NA | 基因表达数据 | 24,960个独特的非冗余启动子 | CRISPR-Cas9 | 哺乳动物细胞 | 包含通用激活位点和特异性激活位点的合成启动子,用于构建多基因表达系统 | 基因治疗、生物技术 |