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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2025-12-19 |
Precision in Predicting Protein-Nucleic Acid Complexes: Establishing a Benchmark Data Set and Comparative Metrics
2025-Sep-22, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.5c01372
PMID:40932245
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研究论文 | 本研究建立了蛋白质-核酸复合物结构预测的基准数据集ProNASet,并系统评估了多种深度学习和物理驱动对接方法的性能 | 首次创建了包含100个实验解析结构的蛋白质-核酸复合物基准数据集,并建立了多维评估框架 | 基准数据集规模有限(100个结构),且当前深度学习方法在该任务上表现显著落后 | 评估和比较蛋白质-核酸复合物结构预测的计算方法 | 蛋白质-核酸复合物结构 | 计算生物学 | NA | 深度学习算法、分子对接方法 | AlphaFold3, Chai-1, HelixFold3, Protenix | 蛋白质-核酸复合物三维结构数据 | 100个实验解析的蛋白质-核酸复合物结构 | NA | NA | NA | 基因组编辑、合成生物学 |
| 262 | 2025-12-19 |
Guns 'N Roses: Fungal Volatile Warfare in Postharvest Disease Control
2025-09, Annual review of phytopathology
IF:9.1Q1
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综述 | 本文综述了真菌挥发性有机化合物在采后病害控制中的应用,包括其化学多样性、作用机制以及作为生物熏蒸剂的潜力 | 聚焦于真菌挥发性有机化合物在生物防治中的关键作用,并探讨了通过定向诱变、合成生物学和人工智能提升其效率的未来研究方向 | 作为一篇综述,未涉及原始实验数据,且具体应用案例和效果可能因物种和环境条件而异 | 探索真菌挥发性有机化合物作为环保替代品,用于控制采后病害和食品腐败微生物 | 真菌挥发性有机化合物、微生物生物防治剂、病原真菌以及处理后的农产品 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业, 食品 |
| 263 | 2025-12-19 |
Opto-p53: A light-controllable activation of p53 signaling pathway
2025-Jul-04, Cell structure and function
IF:2.0Q4
DOI:10.1247/csf.25017
PMID:40500178
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研究论文 | 本研究开发了一种光遗传学工具Opto-p53,用于通过光控制p53信号通路的激活 | 首次将光诱导二聚化系统与p53蛋白片段结合,创建了可光控激活的内源性转录因子工具 | 未在动物模型中进行验证,且光控效率可能受细胞类型和表达水平影响 | 开发选择性激活p53信号通路的实验系统,以解析其在细胞过程中的复杂功能 | p53蛋白及其信号通路在细胞应激反应中的作用 | 合成生物学 | NA | 光遗传学、光诱导二聚化系统 | NA | 细胞实验数据 | NA | 光诱导二聚化系统 | 哺乳动物细胞 | 通过光控二聚化系统重构p53蛋白N端和C端片段,形成光控转录激活开关 | 医学 |
| 264 | 2025-12-18 |
Advances and Potential of Aspergillus niger in Industrial Biomanufacturing
2025-Dec-17, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c07467
PMID:41347444
|
综述 | 本文综述了黑曲霉在工业生物制造中的进展与潜力,重点关注其作为细胞工厂生产高价值代谢产物的工程策略 | 总结了利用基因编辑、基因组学和合成生物学技术增强黑曲霉作为高效细胞工厂的最新突破,并强调了共培养诱导和沉默基因簇激活等新兴方法 | NA | 概述黑曲霉在工业生物制造中的最新进展与未来潜力 | 黑曲霉及其作为细胞工厂生产代谢产物的工程策略 | 合成生物学 | NA | 基因编辑、基因组学、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 黑曲霉 | 改善碳源利用、调控代谢途径、增强转运系统、促进产物分泌的工程策略 | 食品、制药、可持续制造 |
| 265 | 2025-12-18 |
Deciphering guanidine assimilation and riboswitch-based gene regulation in cyanobacteria for synthetic biology applications
2025-Dec-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2519335122
PMID:41343670
|
研究论文 | 本研究揭示了蓝藻中肌基的代谢途径及其核糖开关调控机制,并开发了基于肌基核糖开关的合成生物学工具 | 首次在蓝藻中系统阐明肌基通过GdmH酶的同化途径,发现并验证了肌基-I核糖开关的高亲和力结合特性,并成功将其应用于蓝藻异源基因表达的精确可调控系统 | 未完全阐明蓝藻在>1 mM肌基浓度下的其他摄取机制,且研究主要基于模式蓝藻PCC 6803,在其他蓝藻中的普适性需进一步验证 | 解析蓝藻中肌基代谢的分子机制并开发合成生物学调控工具 | 蓝藻(特别是集胞藻PCC 6803)的肌基代谢基因簇、转运系统及核糖开关 | 合成生物学 | NA | 基因敲除、启动子融合、体内基因表达调控 | NA | 分子生物学实验数据、生长表型数据 | 集胞藻PCC 6803野生型及突变株 | 核糖开关工程、启动子组合设计 | 蓝藻(集胞藻PCC 6803) | 基于肌基-I核糖开关的基因表达调控回路,实现异源基因的剂量依赖性精确控制 | 工业生物技术 |
| 266 | 2025-12-18 |
Synthetic biology approaches to enhance cancer immune responses
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1698158
PMID:41394856
|
综述 | 本文综述了合成生物学在增强癌症免疫应答方面的应用进展,重点介绍了基于微生物的疗法和CAR-T细胞工程的最新发展 | 整合了微生物疗法与CAR-T细胞工程,通过可编程基因电路实现布尔逻辑运算,仅在肿瘤特异性生物标志物存在时激活治疗,提供了前所未有的精准性、安全性和效力 | 临床转化面临重大障碍,包括安全性问题、免疫清除和制造复杂性 | 利用合成生物学方法增强癌症免疫应答,开发精准工程化免疫疗法 | 肿瘤免疫疗法,包括微生物疗法和CAR-T细胞 | 合成生物学 | 癌症 | 合成基因电路构建、CAR-T细胞工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 细菌、T细胞 | 逻辑门电路、布尔逻辑运算电路、生物传感器 | 医学 |
| 267 | 2025-12-17 |
Mapping human neurodevelopment-Brain organoids meet lineage tracing
2025-Dec-16, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.70250
PMID:41400133
|
综述 | 本文综述了脑类器官结合谱系追踪技术在研究人类神经发育中的应用现状与前景 | 整合组学技术的新型谱系追踪系统以空前分辨率解析复杂人类生物过程,为合成生物学工具在脑类器官研究中的应用创造新机遇 | 现有技术存在保真度、可扩展性和转化相关性方面的局限性,需要进一步改进 | 利用脑类器官研究人类发育过程中细胞谱系与时间进程相关的生物学过程 | 脑类器官(三维体外自组织系统) | 合成生物学 | NA | 谱系追踪系统、组学技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 268 | 2025-12-17 |
Abiotic stress-induced circular RNAs: Implications for plant stress tolerance
2025-Dec, Plant physiology and biochemistry : PPB
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.plaphy.2025.110688
PMID:41172760
|
综述 | 本文综述了非生物胁迫诱导的环状RNA在植物胁迫耐受中的作用及其潜在应用 | 系统总结了植物中环状RNA作为竞争性内源RNA调控胁迫响应的机制,并提出了工程化环状RNA作为作物改良的新方向 | 植物中环状RNA的miRNA海绵功能研究仍有限,工程化环状RNA的应用仍处于推测性阶段 | 探讨环状RNA在植物非生物胁迫响应中的功能及其在作物改良中的应用潜力 | 植物环状RNA及其在干旱、盐度、极端温度、金属毒性和营养胁迫中的作用 | 植物分子生物学 | NA | 测序技术 | NA | RNA序列数据 | 多种植物物种 | 合成生物学方法 | 植物 | 工程化环状RNA设计 | 农业 |
| 269 | 2025-12-17 |
A membrane-driven biochemical oscillator tunable by the volume to surface area ratio
2025-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.14.688573
PMID:41292784
|
研究论文 | 本文介绍并建模了一种基于膜磷脂浓度动态变化驱动的质量守恒生化振荡器,其振荡频率可通过系统的体积与表面积比(V/A)进行调节 | 提出了一种不依赖转录翻译机制、通过膜定位维度缩减放大反应的新型生化振荡器设计,首次实现通过几何参数(V/A比)直接调控振荡特性 | 模型验证主要依赖计算模拟,需要实验体系进一步验证实际生物系统的可行性 | 开发可编程的合成生物学定时模块,探索几何传感在工程化系统中的应用潜力 | 基于内存机制启发的膜驱动生化振荡系统 | 合成生物学 | NA | 质量作用反应动力学、反应-扩散模拟、随机模拟 | 确定性振荡器模型、随机整数拷贝数模型 | 计算模拟数据 | NA | NA | 无细胞系统 | 膜定位振荡器、自组装三聚体耦合系统 | 合成生物学、生物工程 |
| 270 | 2025-12-17 |
Harnessing the ocean's pharmacy: marine bioactive compounds as next-generation therapeutics
2025-Nov, Natural product research
IF:1.9Q3
DOI:10.1080/14786419.2024.2373965
PMID:38954510
|
综述 | 本文综述了海洋生物活性化合物作为下一代治疗药物的潜力、应用及挑战 | 强调海洋生物活性化合物在结构独特性和生物活性方面的突破性潜力,并指出合成生物学和代谢工程为可持续生产提供了解决方案 | 面临可持续采集和复杂提取工艺等挑战 | 探讨海洋生物活性化合物的临床潜力及其在现代医学中的应用 | 海洋生物活性化合物 | NA | 癌症、慢性疼痛、传染病 | 合成生物学、代谢工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 271 | 2025-12-16 |
CRISPR/Cas9-engineered Bacillus subtilis chassis for tailored chitooligosaccharide production from marine waste chitosan
2025-Dec-14, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-025-02881-z
PMID:41392248
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研究论文 | 本研究建立了一种可持续的生物工艺,利用CRISPR/Cas9工程化的枯草芽孢杆菌底盘,将海洋废弃物壳聚糖转化为高价值的壳寡糖 | 通过CRISPR/Cas9敲除枯草芽孢杆菌内源壳聚糖酶基因,构建工程化底盘菌株,并异源表达优化后的GH46壳聚糖酶,实现了从海洋废弃物到高价值壳寡糖的高效、环保转化 | NA | 开发一种可持续的生物工艺,将海洋废弃物壳聚糖转化为高价值的壳寡糖 | 枯草芽孢杆菌WB800N菌株、来自天蓝色链霉菌的GH46壳聚糖酶(CsnA)、海洋废弃物壳聚糖 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑、响应面方法学、MALDI-TOF MS分析、DO-stat控制补料分批发酵 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 枯草芽孢杆菌 | 通过敲除内源壳聚糖酶基因(BsCsn)并异源表达融合了AprE信号肽的优化壳聚糖酶(CsnA),构建用于生产壳寡糖的工程化菌株 | 环境, 工业生物技术 |
| 272 | 2025-12-16 |
Degradation mechanisms and microbial remediation of micro- and nanoplastics: A comprehensive review
2025-Nov-18, Ying yong sheng tai xue bao = The journal of applied ecology
DOI:10.13287/j.1001-9332.202511.034
PMID:41392686
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综述 | 本文全面综述了微/纳塑料的生成途径、微生物降解机制,并评估了微生物修复技术的应用潜力 | 系统整合了微/纳塑料的非生物与生物降解过程,并重点探讨了基于合成生物学的降解酶系统改造与优化这一未来研究方向 | 现有微生物处理技术存在降解效率低、环境适应性差以及工程化放大困难等瓶颈 | 为微/纳塑料污染的有效控制提供技术支撑 | 微塑料和纳米塑料 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 环境 |
| 273 | 2025-12-16 |
Engineered Bacteriophages: Advances in Phage Genome Redesign Strategies for Therapeutic and Environmental Applications
2025, Protein and peptide letters
IF:1.0Q4
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综述 | 本文综述了噬菌体基因组重设计策略在治疗和环境应用中的进展 | 整合了CRISPR-Cas系统、噬菌体展示、逆转录子等多种前沿技术,展示了定制化噬菌体在扩展宿主范围、生物膜降解和靶向治疗方面的创新潜力 | 面临噬菌体抗性、免疫反应和当前工程方法的局限性等挑战 | 探索噬菌体工程化策略以应对治疗和环境可持续性挑战 | 噬菌体及其基因组重设计技术 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统、噬菌体展示、随机和定点诱变、逆转录子、同源重组 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas, TALEN, ZFN | 噬菌体 | 生物传感器、逻辑门 | 医药, 环境 |
| 274 | 2025-12-15 |
Bacterial Cellulose for Sustainable Food Packaging: Production Pathways, Structural Design, and Functional Modification Strategies
2025-Nov-28, Polymers
IF:4.7Q1
DOI:10.3390/polym17233165
PMID:41374852
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综述 | 本文综述了细菌纤维素在可持续食品包装领域的生产途径、结构设计及功能改性策略 | 系统总结了通过合成生物学、绿色化学和材料工程等方法对细菌纤维素进行原位和异位功能化的最新进展,以增强其机械、阻隔、抗氧化和抗菌性能 | 面临生产成本高、发酵周期长以及监管不确定性等挑战 | 探讨细菌纤维素作为石油基塑料替代品,在可持续食品包装中的应用潜力 | 细菌纤维素及其复合材料 | 材料科学 | NA | 微生物发酵、合成生物学、绿色化学、材料工程 | NA | 文献数据 | NA | NA | Komagataeibacter属及相关菌属 | NA | 食品包装 |
| 275 | 2025-12-15 |
From pandemics to preparedness: harnessing AI, CRISPR, and synthetic biology to counter biosecurity threats
2025, Frontiers in public health
IF:3.0Q2
DOI:10.3389/fpubh.2025.1711344
PMID:41383331
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综述 | 本文综述了如何整合人工智能、CRISPR和合成生物学等新兴技术,以应对生物安全威胁并增强全球卫生安全准备 | 提出了一个整合多种前沿技术(AI、CRISPR、合成生物学、数字流行病学等)与公平政策、国际合作相结合的综合框架,以构建面向未来的弹性生物安全防御系统 | 文中提及的创新技术存在伦理、法律和公平性方面的挑战,且其大规模应用和可及性仍需解决 | 探讨如何利用新兴科技提升对生物安全威胁(包括自然暴发、实验室事故和生物恐怖主义)的预防、检测和响应能力 | 生物安全威胁及其应对技术 | NA | NA | 人工智能、下一代测序、CRISPR诊断、数字流行病学、mRNA/DNA疫苗平台、单克隆抗体、纳米抗体疗法 | NA | NA | NA | CRISPR | NA | NA | 医学 |
| 276 | 2025-12-14 |
Bacillus velezensis LoaP promotes antitermination by antagonizing NusA
2025-Dec-10, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01429-25
PMID:41147751
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研究论文 | 本研究揭示了芽孢杆菌NusG同源蛋白LoaP通过特异性拮抗转录因子NusA来促进转录抗终止的分子机制 | 首次在革兰氏阳性细菌中解析了LoaP类NusG同源蛋白的抗终止复合物机制,证明其仅需拮抗NusA即可发挥作用,无需其他因子,这与已知的RfaH范式显著不同 | 研究主要基于体外重建实验,体内生理环境下的调控网络可能更为复杂 | 探究NusG同源蛋白LoaP在细菌转录抗终止中的分子机制 | Bacillus velezensis LoaP蛋白及其调控的difficidin抗生素合成操纵子 | 分子生物学 | NA | RNA聚合酶纯化、转录因子重建、体外转录分析 | NA | 生化实验数据 | NA | NA | Bacillus velezensis(作为研究对象的来源菌) | NA | 合成生物学、天然产物发现 |
| 277 | 2025-12-14 |
An Engineered Probiotic Consortium Based on Quorum-Sensing for Colorectal Cancer Immunotherapy
2025-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202512744
PMID:40999885
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研究论文 | 本研究设计了一种基于群体感应的工程化益生菌联合体,用于结直肠癌免疫治疗 | 开发了能够整合多种肿瘤微环境信号并通过正交群体感应系统协调多治疗载荷释放的工程化益生菌联合体 | NA | 开发用于癌症治疗的工程化活体生物治疗产品 | 工程化益生菌联合体及其在结直肠癌免疫治疗中的应用 | 合成生物学 | 结直肠癌 | 合成生物学、群体感应系统 | NA | NA | 使用hPD-L1 MC38肿瘤的人源化PD-1小鼠模型和HT-29肿瘤的人源化外周血单个核细胞小鼠模型 | 合成生物学 | 益生菌 | 正交群体感应系统,能够响应pH值、缺氧和高乳酸水平三种肿瘤微环境参数,控制乳酸消耗酶和PD-L1纳米抗体的释放 | 医学 |
| 278 | 2025-12-14 |
Investigating DNA words and their distributions across the tree of life
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.11.040
PMID:41377119
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研究论文 | 本研究系统分析了超过22.5万个跨越生命三域及病毒基因组的k-mer频率分布,发现Zipf定律在建模k-mer分布时表现不佳,并提出截断幂律和Zipf-Mandelbrot分布作为更优的替代模型 | 首次在大规模跨物种基因组数据中系统验证Zipf定律的适用性,并提出更优的统计分布模型;开发了基于k-mer分布评估人工基因组生物学合理性的新方法 | 未深入探讨特定生物过程(如选择压力、突变偏好)对k-mer分布的具体影响机制 | 探究DNA k-mer在生命之树中的分布规律及其演化意义 | 225,000+个涵盖生命三域(细菌、古菌、真核生物)及病毒的基因组组装 | 计算生物学 | NA | k-mer频谱分析、统计建模、基因组模拟 | 截断幂律分布、Zipf-Mandelbrot分布、Heaps定律、深度生成语言模型 | 基因组序列数据 | 超过225,000个基因组组装 | NA | NA | NA | 合成生物学、进化序列分析 |
| 279 | 2025-12-12 |
Advancements in photosynthetic efficiency: Pathways, regulation, and biotechnological applications for enhancing crop productivity
2025-Dec-31, Plant signaling & behavior
IF:2.8Q2
DOI:10.1080/15592324.2025.2596483
PMID:41346023
|
综述 | 本文综述了通过分子、生化和生物物理策略提高光合作用效率的最新进展,重点讨论了调控过程、基因编辑和合成生物学等生物技术应用,以增强作物生产力和气候适应性 | 系统整合了光合作用调控的关键过程与新兴生物技术(如CRISPR/Cas9和合成生物学),提出了通过优化光能利用、改造光呼吸和光保护途径以及工程化C₄和CAM性状来克服长期生化与解剖学限制的创新策略 | NA | 提高作物光合作用效率以增强农业生产力并应对未来全球粮食需求 | 光合作用过程及其调控机制,以及相关的作物改良策略 | NA | NA | 基因组编辑(特别是CRISPR/Cas9)、合成生物学、系统建模、高通量表型分析、多组学分析、计算建模 | NA | NA | NA | CRISPR/Cas9 | C₃作物、C₄作物、CAM作物 | 光合作用途径的理性重设计、C₄和CAM性状工程化、光保护与光呼吸途径改造 | 农业 |
| 280 | 2025-12-12 |
A modular two-component protein cage for spatially organized enzymatic assembly and enhanced metabolic flux
2025-Dec-10, Journal of materials chemistry. B
DOI:10.1039/d5tb01129a
PMID:41250881
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研究论文 | 本文提出了一种模块化的双组分蛋白质笼支架,用于空间组织酶组装并增强代谢通量 | 开发了首个基于正交SpyTag/SpyCatcher和SnoopTag/SnoopCatcher系统的双组分蛋白质笼支架,实现了活细胞内可编程的蛋白质共定位与组装时序控制 | 未在更复杂的代谢途径或多细胞系统中验证支架性能,长期稳定性与规模化应用潜力有待进一步研究 | 构建空间组织化的多酶组装体以增强代谢工程效率 | 双组分蛋白质笼支架I5232及其酶复合物 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程、正交生物共轭系统 | NA | 荧光成像数据、代谢产物定量数据 | NA | SpyTag/SpyCatcher, SnoopTag/SnoopCatcher | 活细胞(未指定具体物种) | 膜靶向肽引导的酶空间定位系统,用于构建类胡萝卜素代谢途径的底物通道 | 代谢工程、工业生物技术 |