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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2025-12-05 |
Integrative Multi-Omics and Artificial Intelligence: A New Paradigm for Systems Biology
2025-Dec, Omics : a journal of integrative biology
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/15578100251392371
PMID:41203247
|
综述 | 本文综述了整合多组学与人工智能在系统生物学中的应用,强调其在癌症生物学、微生物工程和合成生物学中的原理、方法及案例 | 提出整合多组学与人工智能作为系统生物学的新范式,克服高维度、异质性和上下文限制的挑战 | 存在数据异质性和可解释性等当前限制 | 评估多组学整合的原理、方法及应用,以推动生物系统预测模型和生物技术应用 | 基因组、转录组、蛋白质组和代谢组等多组学数据 | 系统生物学 | 癌症 | 高通量组学技术、单细胞组学 | 机器学习 | 多组学数据 | NA | NA | NA | NA | 医学、工业生物技术 |
| 262 | 2025-12-05 |
Plant-derived peptides: From identification to agronomic applications
2025-Dec-01, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.11.004
PMID:41243283
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综述 | 本文综述了植物源肽作为生物农药和生物刺激剂的潜力,并提出了一个整合肽鉴定、分子设计、生物制造和生态评估的框架 | 提出结合人工智能、纳米技术和合成生物学等新兴技术,以克服植物源肽商业化中的瓶颈 | 商业化受限,包括多样性探索不足、生产成本高、生态风险评估不完整和应用场景未定义 | 探索植物源肽作为环保型生物农药和生物刺激剂在农业中的应用潜力 | 植物源肽及其在农业中的鉴定、设计和应用 | 农业生物技术 | NA | 人工智能、纳米技术、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 263 | 2025-12-05 |
PyFuRNAce: an integrated design engine for RNA origami
2025-Dec-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66290-x
PMID:41326357
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研究论文 | 介绍了一个名为pyFuRNAce的开源、基于Python的RNA纳米结构设计软件包,专注于共转录RNA折纸设计 | 开发了首个将RNA折纸完整工作流程(从基序定义到序列生成)集成到单一用户友好平台的集成设计引擎 | NA | 开发用户友好的RNA纳米结构设计工具以推动RNA纳米技术发展 | RNA纳米结构,特别是共转录RNA折纸 | 合成生物学 | NA | 原子力显微镜,共聚焦荧光成像 | NA | NA | NA | NA | NA | RNA折纸纳米结构(包括自组装RNA丝、RNA液滴和大型共转录RNA折纸) | 医学,生物技术,合成生物学 |
| 264 | 2025-12-05 |
Geminivirus vectors: From gene silencing to synthetic biology
2025-Nov-29, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108771
PMID:41325825
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综述 | 本文综述了双生病毒载体从基因沉默到合成生物学的应用发展 | 强调双生病毒载体在病毒诱导基因沉默和合成生物学中的突出作用,包括作为质粒样DNA支持植物合成生物学设计,以及跨王国应用的潜力 | NA | 探讨双生病毒载体在作物改良、生物制造和合成生物学中的创新应用 | 双生病毒及其衍生的功能复制子 | 合成生物学 | NA | 病毒诱导基因沉默、CRISPR/Cas基因组编辑 | NA | NA | NA | CRISPR/Cas | 植物 | 基因调控元件,如组织特异性启动子和基因表达增强序列 | 农业, 工业生物技术 |
| 265 | 2025-12-05 |
Modeling of Phage-Mediated CRISPRi System to Inhibit Antibiotic Resistances in Bacteria
2025-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference
DOI:10.1109/EMBC58623.2025.11253443
PMID:41337296
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研究论文 | 本文提出了一种基于工程化噬菌体递送CRISPR干扰系统以抑制细菌抗生素耐药性的创新策略,并开发了数学模型来模拟其动态过程 | 利用工程化噬菌体递送CRISPRi系统来精确沉默耐药基因,并结合数学模型评估系统性能及长期疗效潜力 | NA | 开发合成生物学方法以对抗抗菌素耐药性 | 抗生素耐药性病原体 | 合成生物学 | 细菌感染 | CRISPR干扰系统 | 数学模型 | 模拟数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 细菌 | CRISPRi递送系统 | 医学 |
| 266 | 2025-12-05 |
Strength in diversity: unlocking the full potential of engineered living materials with multistrain collaboration
2025-Jan-14, FEMS microbiology reviews
IF:10.1Q1
DOI:10.1093/femsre/fuaf055
PMID:41206547
|
研究论文 | 本文探讨了工程活材料中多菌株协作的潜力,以提升其功能和适用性 | 提出利用多菌株协作来克服单菌株在代谢负担和工程化方面的限制,从而扩展ELMs的功能 | 多菌株ELMs技术尚处于早期阶段,具体应用和稳定性有待进一步研究 | 研究如何通过多菌株协作优化工程活材料的设计和性能 | 工程活材料,特别是包含细菌、真菌、植物或藻类等生物的材料 | 合成生物学与材料科学交叉领域 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | 细菌、真菌、植物、藻类 | 多菌株协作系统,旨在实现自组装、驱动和动态交互等功能 | 医疗保健、建筑、农业 |
| 267 | 2025-12-04 |
Engineered Commensals as Next-Generation Drug Delivery Agents for Nose-to-Brain Therapeutics in Neurological Disorders
2025-Dec-03, ACS chemical neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.1021/acschemneuro.5c00874
PMID:41268975
|
综述 | 本文探讨了利用合成生物学和材料工程开发的工程化共生菌作为鼻-脑给药系统,用于治疗中枢神经系统疾病 | 提出将工程化共生菌与鼻内给药途径相结合,绕过血脑屏障,实现中枢神经系统药物的靶向递送 | NA | 开发一种基于工程化共生菌的鼻-脑给药系统,以改善中枢神经系统疾病的治疗 | 中枢神经系统疾病(如阿尔茨海默病、帕金森病、中风、胶质瘤) | 合成生物学 | 神经系统疾病 | 合成生物学、材料工程 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞、细菌、病毒 | 疾病靶向迁移、局部治疗生产、适应性递送、免疫激活、代谢调节 | 医学 |
| 268 | 2025-12-04 |
Techno-economic assessment-guided biofoundry for microbial strain development
2025-Dec-02, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.11.002
PMID:41330850
|
研究论文 | 本文提出了一种结合机器人辅助模块和实验价格指数来优化合成生物学工作流程及生物铸造厂经济效益的方法 | 定义了机器人辅助模块作为即插即用单元,并引入实验价格指数这一结合时间和成本的标准化指标来评估和优化合成生物学工作流程 | 未提及具体实验验证的样本规模或实际应用案例的详细数据 | 开发一种用于评估和优化生物铸造厂自动化流程经济效益的方法 | 微生物菌株开发工作流程 | 合成生物学 | NA | 机器人自动化、DBTL工作流程 | NA | 实验流程数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物 | NA | 工业生物技术 |
| 269 | 2025-12-04 |
Fighting citrus Huanglongbing with evolutionary principles
2025-Dec-01, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2025.11.004
PMID:41330792
|
综述 | 本文综述了利用进化原理和先进技术(如人工智能与合成生物学)开发可持续农业害虫管理策略,并以柑橘黄龙病为例进行了案例研究 | 提出将进化原理与人工智能、合成生物学相结合,设计精准的生物防治工具,突破传统防治方法加速害虫抗性进化的局限 | NA | 开发基于进化原理的可持续害虫管理策略,以应对农业病虫害 | 柑橘黄龙病(HLB)及其防治 | 农业生物技术 | 柑橘黄龙病 | 人工智能(AI)、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 270 | 2025-12-04 |
Discovery, characterization, and application of chromosomal integration sites in the hyperthermophilic archaeon Sulfolobus islandicus
2025-Dec-01, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.11.003
PMID:41330849
|
研究论文 | 本研究系统鉴定并表征了嗜热古菌Sulfolobus islandicus中的染色体整合位点,并利用CRISPR-Cas系统实现了外源基因整合与代谢工程应用 | 首次系统鉴定S. islandicus的8个染色体整合位点,开发了基于CRISPR-COPIES和多组学计算流程的整合策略,并成功应用于脂质代谢工程 | 研究揭示了整合位点对基因表达存在显著位置效应,可能影响外源基因表达效率 | 开发适用于极端环境古菌的遗传操作工具,拓展其在合成生物学和工业生物技术中的应用潜力 | 嗜热古菌Sulfolobus islandicus | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统、多组学分析、β-半乳糖苷酶活性检测 | NA | 基因组数据、酶活性数据 | 13个人工CRISPR RNA靶向8个整合位点 | CRISPR-Cas系统, CRISPR-COPIES | Sulfolobus islandicus | 报告基因lacS整合系统、GDGT环合酶B(GrsB)过表达代谢通路 | 工业生物技术 |
| 271 | 2025-12-04 |
A deep dive into plant metabolomics: Milestones, technologies, and translational impact
2025-Nov-26, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiaf408
PMID:40991682
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综述 | 本文综述了植物代谢组学的发展历程、技术进展及其在植物生物学和农业应用中的翻译影响 | 总结了超过500个开源计算工具,并探讨了成像质谱、单细胞代谢组学、AI驱动的代谢物识别等新兴技术 | NA | 评估植物代谢组学在功能基因组学、作物改良和合成生物学中的作用 | 植物代谢组学数据、工具和应用 | NA | NA | 代谢组学、成像质谱、单细胞代谢组学、转录组-代谢组联合分析 | NA | 代谢组学数据集 | NA | NA | NA | NA | 农业、医学、生物技术 |
| 272 | 2025-12-04 |
Intergenerational justice, the impending sixth mass extinction, reproduction and advanced biotechnologies, and humanity's future
2025, Cambridge prisms. Extinction
DOI:10.1017/ext.2025.10005
PMID:41322091
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综述 | 本文探讨了代际正义、第六次大规模灭绝威胁以及生殖与先进生物技术在物种保护和生物圈可持续性中的作用 | 提出将生殖生物技术和合成生物学应用于物种复活、遗传多样性保存及生物圈管理,作为应对灭绝危机的新策略 | 伦理和法律框架仍在演变中,涉及基因工程、超人类主义和古代物种复活等问题 | 研究如何利用先进生物技术促进物种保护、遗传多样性维护和生物圈可持续性,以支持代际正义 | 濒危物种、遗传多样性、生物圈可持续性以及人类和动物健康 | NA | NA | 基因工程、合成生物学、野生动物生物库 | NA | NA | 超过3000种极度濒危的陆地/淡水物种 | NA | NA | NA | 环境、医学、农业 |
| 273 | 2025-12-04 |
Genetic engineering frontiers in cell manipulation-based tissue engineering: A comprehensive review
2025, BioImpacts : BI
IF:2.2Q3
DOI:10.34172/bi.30973
PMID:41322390
|
综述 | 本文综述了基于细胞操作的基因工程前沿技术在组织工程中的应用,探讨了其变革潜力 | 整合CRISPR-Cas9、TALENs和合成生物学等先进基因工程技术,结合3D生物打印、微流控和智能生物材料,推动复杂组织构建 | 存在长期遗传稳定性、可扩展性和脱靶效应等挑战,以及伦理和监管问题 | 探索基因工程在细胞操作组织工程中的前沿应用,以应对功能性组织替代的需求 | 软骨、骨骼、心脏、神经、皮肤和血管等多种工程化组织 | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALENs, 合成生物学, 碱基编辑, 合成遗传电路 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 哺乳动物细胞 | 合成遗传电路 | 医学 |
| 274 | 2025-12-03 |
Facts and hopes in harnessing macrophage-mediated antibody-dependent cellular phagocytosis for cancer immunotherapy
2025-Dec-02, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0434
PMID:41329478
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综述 | 本文综述了巨噬细胞介导的抗体依赖性细胞吞噬作用在癌症免疫治疗中的作用、挑战与前景 | 系统性地聚焦于巨噬细胞介导的ADCP这一相对未被充分开发的免疫治疗轴心,并探讨了通过FcγR分析、抗体工程和合成生物学等新兴策略来选择性增强ADCP的潜力 | 肿瘤相关巨噬细胞的异质性以及对不同肿瘤类型中FcγR表达模式的认知有限,限制了ADCP的治疗应用 | 探讨如何利用巨噬细胞介导的抗体依赖性细胞吞噬作用来改善癌症免疫治疗 | 肿瘤相关巨噬细胞,特别是单核细胞来源的亚群,及其介导的抗体依赖性细胞吞噬作用 | NA | 癌症 | 抗体工程,FcγR分析,合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 275 | 2025-12-03 |
Versatile Applications of CRISPR-Based Programmable T-DNA Integration in Plants
2025-Dec, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70353
PMID:40905066
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研究论文 | 本文探索了CRISPR辅助的靶向T-DNA整合技术在植物中的应用,旨在提高转基因表达的精确性和效率 | 开发了CRISTTIN技术,利用CRISPR诱导的双链断裂实现精确T-DNA插入,相比传统Cas9,优化了基因功能研究和转基因表达控制 | NA | 研究植物中靶向T-DNA整合策略,以克服随机整合的缺点,提升转基因表达的精确性和应用范围 | 拟南芥和水稻 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9, Agrobacterium介导的T-DNA整合 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 拟南芥, 水稻 | 靶向T-DNA整合系统,用于基因敲除、原位互补、报告基因插入和转录增强 | 农业, 合成生物学 |
| 276 | 2025-12-03 |
From marsh to market: taming Vibrio natriegens for sustainable bioproduction
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103353
PMID:40945411
|
综述 | 本文探讨了利用已知最快生长的细菌——Vibrio natriegens作为生物技术底盘,开发可持续生物生产的过程 | 提出采用系统生物技术方法,结合菌株与工艺工程,指导Vibrio natriegens的理性优化,以实现可扩展的新一代生物制造 | 目前仍存在重要限制,特别是在实现高产品产量和处理难降解底物方面 | 开发Vibrio natriegens作为可持续生物生产的底盘微生物 | Vibrio natriegens细菌及其在生物生产中的应用 | 合成生物学 | NA | 基因组工程、合成生物学工具、系统水平分析 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | Vibrio natriegens | 生物传感器、代谢途径 | 工业生物技术、能源、环境 |
| 277 | 2025-12-03 |
Unearth hidden terpenoids in plants by genome mining and synthetic biology
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103365
PMID:41016367
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综述 | 本文综述了如何通过基因组挖掘与合成生物学相结合的方法,系统性发现和表征植物中隐藏的萜类化合物 | 整合基因组挖掘与合成生物学,系统性挖掘所有主要萜类(包括三萜、二萜、倍半萜等)中隐藏的新颖骨架,显著扩展了药物开发的化学空间 | NA | 探索植物中隐藏萜类化合物的发现与表征方法 | 植物萜类化合物 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘,组合生物合成 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 278 | 2025-12-03 |
Building a lignin biofoundry: a review
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103377
PMID:41172615
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综述 | 本文综述了合成生物学和生物铸造厂在木质素生物转化中的应用潜力,探讨了如何通过自动化设计-构建-测试-学习循环来开发木质素降解酶 | 提出了聚焦木质素的生物铸造厂概念,整合机器人技术、数据驱动生物学和人工智能,为木质素的高效生物转化提供创新框架 | NA | 探索利用合成生物学和生物铸造厂技术克服木质素生物转化工业应用限制的途径 | 木质素生物转化技术、生物铸造厂平台 | 合成生物学 | NA | 高通量筛选、定向进化、生物传感器引导选择 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术、环境、能源 |
| 279 | 2025-12-03 |
Architectures of emerging biofoundry platforms for synthetic biology
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103379
PMID:41177134
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综述 | 本文综述了新兴生物铸造平台的架构,这些平台通过自动化加速合成生物学应用 | 强调了机器人辅助模块(RAMs)的灵活配置,以及人工智能集成以实现预测建模和迭代学习,为自驱动实验室奠定基础 | NA | 概述生物铸造平台的架构基础,以促进高通量和可重复的生物工程 | 生物铸造平台,包括机器人系统、分析仪器和软件 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | E. coli, S. cerevisiae, B. subtilis, 哺乳动物细胞 | 切换开关、振荡器、逻辑门、生物传感器、代谢途径 | 医学、农业、环境、能源、材料、食品、工业生物技术 |
| 280 | 2025-12-03 |
Programmable probiotics as next-generation living therapeutics: bridging synthetic biology and precision medicine
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103375
PMID:41187701
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综述 | 本文综述了可编程益生菌作为下一代活体治疗剂的发展,探讨了合成生物学如何将其改造为能够靶向疾病部位、感知信号并原位递送治疗的智能药物 | 提出将合成生物学与精准医学结合,通过模块化遗传电路将益生菌改造为可编程的活体治疗剂,实现疾病原位靶向治疗 | 存在生物安全性、监管复杂性及微生物组变异性等转化瓶颈 | 探讨可编程益生菌作为活体治疗剂的开发策略与临床转化前景 | 工程化益生菌(活体治疗剂) | 合成生物学 | 炎症性肠病、代谢性疾病、癌症 | 模块化遗传电路设计 | NA | NA | NA | 合成生物学工具(未具体说明) | 益生菌(原共生细菌) | 感知-响应型遗传电路(具备疾病部位归巢、信号感知与治疗递送功能) | 医药 |