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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2026-05-17 |
Genetic Toggle Switch in Plants
2025-06-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00777
PMID:40387045
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研究论文 | 本文利用定量表征的植物遗传元件和计算机模型,设计并验证了一种在稳定转基因植物中功能可预测的遗传双稳态开关 | 首次在稳定遗传工程化植物中实现可预测的遗传双稳态开关,并通过计算模型指导元件选择和电路迭代优化,克服了植物生命周期长、环境影响大的挑战 | 未讨论该遗传开关在不同植物物种或环境条件下的通用性,且长期稳定性尚未验证 | 开发可编程、可预测的植物遗传电路,特别是双稳态开关,以推动植物合成生物学应用 | 植物遗传元件(如启动子、转录因子)及其组装成的双稳态开关电路 | 合成生物学 | NA | NA | 计算机模型(in silico model) | 定量功能数据 | 稳定转基因植物(具体数量未提及) | NA | 植物(具体种类未提及) | 双稳态开关(mutually inhibitory gene-regulatory device) | 农业、环境 |
| 282 | 2026-05-17 |
Synthetic Phosphorylation Networks with Fluorescence and Luminescence Expansion
2025-06-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00814
PMID:40476587
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研究论文 | 提出一种名为SPN-FLUX的合成磷酸化网络平台,集成分裂荧光素酶或发光蛋白,实现快速可调的细胞过程报告 | 首次实现完全翻译后水平的合成磷酸化网络,能够在1小时内响应胞外刺激,克服了传统转录介导报告过程无法快速实时监测的局限 | 目前仅基于哺乳动物细胞模型验证,可能在其他系统(如细菌或植物)中的效果未知;且局限于缺氧等少数环境刺激的检测 | 开发一种基于翻译后修饰的快速、可调控的合成受体平台,用于实时监测细胞信号事件 | 哺乳动物细胞(如HEK293细胞) | 合成生物学 | NA | 合成生物学、分裂荧光素酶/发光蛋白、配体诱导二聚化 | NA | 荧光/发光信号 | NA | NA | 哺乳动物细胞 | 合成磷酸化网络,包括膜结合受体(配体诱导二聚化激活)和组成型活性细胞内生物传感器 | 生物医学研究,环境监测 |
| 283 | 2026-05-17 |
Standardized Quorum Sensing Tools for Gram-Negative Bacteria
2025-06-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00036
PMID:40476774
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研究论文 | 开发了一套标准化的群体感应工具,用于革兰氏阴性菌的合成生物学应用 | 基于SEVA载体库构建标准化、可互换的群体感应收发模块,并提供数学模型和参数以支持工程设计 | NA | 为革兰氏阴性菌提供标准化的群体感应工具,实现可预测的多细胞功能工程 | 群体感应系统及其收发模块 | 合成生物学 | NA | 群体感应系统的标准化构建与表征 | 数学模型 | NA | NA | SEVA载体库 | 革兰氏阴性菌 | 群体感应收发模块 | 工业生物技术, 合成生物学 |
| 284 | 2026-05-17 |
Robust Synthetic Biology Toolkit to Advance Carboxysome Study and Redesign
2025-06-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00144
PMID:40488673
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研究论文 | 设计和验证了pXpressome工具包,用于稳健表达和重新设计α-羧酶体 | 开发了pXpressome工具包,实现α-羧酶体的稳健表达、纯化后保持完整和功能,并通过基因缺失实验揭示蛋白质比例可理性影响形态 | 未提及,但可能涉及工具包在复杂环境或不同宿主中的适用性限制 | 促进羧酶体的研究和重新设计,以增强碳固定或作为纳米封装平台 | α-羧酶体及其组成蛋白(Rubisco、碳酸酐酶、顶点蛋白、面形成蛋白) | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | pXpressome工具包,Gibson Assembly | 大肠杆菌(E. coli) | 羧酶体表达系统,包括荧光标记构建体 | 环境,工业生物技术 |
| 285 | 2026-05-16 |
Genetically Reprogramming Crops and Rhizobacteria for Nutritional Iron Biofortification
2025-12-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00614
PMID:41252749
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综述 | 本文综述了利用植物和根际细菌合成生物学方法实现作物营养铁生物强化的策略 | 提出将植物-微生物-金属效应器作为基因回路设计的模块化组件,通过跨宿主途径转移和表达调控优化铁吸收 | 未涉及具体实验验证或田间试验数据,主要基于现有文献分析潜在靶点 | 探讨通过合成生物学手段提高作物铁含量的可行性及关键靶点 | 作物与根际细菌 | 合成生物学 | 贫血 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 植物,根际细菌 | 植物-微生物-金属效应器模块化基因回路 | 农业,食品,医疗 |
| 286 | 2026-05-16 |
The Japan-UK Synthetic Biology Conference, Spring 2025: Strengthening Global Links to Engineer Biology
2025-06-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00232
PMID:40538270
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评论 | 总结2025年春季日英合成生物学会议,探讨国际合作如何推动工程生物学发展 | 强调通过跨国合作促进合成生物学从研究向可持续生物经济转型的视角 | 未深入分析具体技术瓶颈,仅概述会议讨论的挑战与趋势 | 促进合成生物学领域的全球协作,推动生物基经济转型 | 合成生物学研究者及国际合作机制 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 环境, 能源, 材料, 工业生物技术 |
| 287 | 2026-05-16 |
Engineered Biomolecular Condensates Limit Tobacco Mosaic Virus Accumulation and Symptom Development
2025-06, Molecular plant pathology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/mpp.70113
PMID:40544335
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研究论文 | 本文通过工程化生物分子凝聚体限制烟草花叶病毒积累和症状发展 | 首次利用液-液相分离形成的工程化人工凝聚体作为靶向抗病毒策略,限制植物病毒积累 | NA | 开发工程化生物分子凝聚体以减轻植物病毒积累和疾病严重程度 | 烟草花叶病毒(TMV)和本氏烟草 | 合成生物学 | 植物病毒病 | 液-液相分离(LLPS) | NA | 生物分子数据 | NA | MS2噬菌体发夹、MS2外壳蛋白(MCP) | 本氏烟草 | 人工生物分子凝聚体(基于TDP-43的凝聚体) | 农业 |
| 288 | 2026-05-16 |
p-Hydroxycinnamic Acids: Advancements in Synthetic Biology, Emerging Regulatory Targets in Gut Microbiota Interactions, and Implications for Animal Health
2025-04, The Journal of nutrition
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.tjnut.2025.01.034
PMID:39900184
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综述 | 本文综述了对羟基肉桂酸在合成生物学中的进展、与肠道微生物群的相互作用及其对动物健康的影响 | 强调了对羟基肉桂酸与肠道微生物群相互作用的复杂机制,并探讨了合成生物学的最新进展 | NA | 阐明对羟基肉桂酸的生物活性及其对动物健康的影响机制 | 对羟基肉桂酸、肠道微生物群、动物健康 | NA | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | 植物资源 | NA | 食品、动物饲料 |
| 289 | 2026-05-15 |
Delivery of Encapsulated Intelligent Engineered Probiotic for Inflammatory Bowel Disease Therapy
2025-01, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202403704
PMID:39629555
|
研究论文 | 开发了一种黏液包封微球凝胶递送系统,用于封装基因工程益生菌,实现对炎症性肠病的诊断和治疗 | 设计了外部黏膜涂层(透明质酸和表没食子儿茶素没食子酸酯)与内部高生物相容性聚丝氨酸改性藻酸盐微球结合的双层递送系统,有效保护工程菌免受胃部恶劣环境影响并延长肠道定殖时间至24小时 | 实验仅基于炎症性肠病模型,未提及在人类患者中的验证结果 | 解决工程菌递送至病变部位并实现持续定殖的挑战,推动活体生物治疗产品的临床转化 | 基因工程益生菌(用于检测和治疗肠炎) | 合成生物学, 生物医学工程 | 炎症性肠病 | 合成生物学, 微球凝胶封装 | NA | 体内动物模型数据 | NA | 基因工程 | 益生菌(具体种类未说明) | 生物标志物检测与Avcystatin释放回路 | 医学 |
| 290 | 2026-05-15 |
Revolutionizing structural biology: AI-driven protein structure prediction from AlphaFold to next-generation innovations
2025, Advances in protein chemistry and structural biology
DOI:10.1016/bs.apcsb.2025.04.002
PMID:40973394
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综述 | 探讨从AlphaFold到下一代创新中人工智能驱动的蛋白质结构预测如何革命化结构生物学 | 系统回顾蛋白质结构预测从传统方法到AlphaFold及后续模型(如RoseTTAFold和OmegaFold)的演变,并重点分析AlphaFold的设计、方法论和性能,同时指出其局限性及未来方向 | 模型在预测蛋白质复合体和动态变化方面存在不足,且对计算资源要求较高 | 综述人工智能在蛋白质结构预测中的进展与应用,并展望未来发展方向 | 蛋白质结构预测方法及其在生物医学中的应用 | 机器学习, 结构生物学 | NA | AlphaFold, RoseTTAFold, OmegaFold, 同源建模, 从头预测 | 人工智能模型(如AlphaFold) | 蛋白质序列与结构数据 | NA | NA | NA | NA | 医学, 合成生物学, 药物发现 |
| 291 | 2026-05-12 |
Repurposing the bacterial surface display technology for drug delivery
2025-12, Advanced drug delivery reviews
IF:15.2Q1
DOI:10.1016/j.addr.2025.115701
PMID:41046872
|
综述 | 探讨细菌表面展示技术在药物递送中的进化与应用,并从合成生物学、免疫工程和转化医学角度提出未来路线图 | 系统阐述了细菌表面展示技术在药物递送中的独特优势(增强定位、延长治疗活性、降低全身毒性),并首次提出利用AlphaFold和计算机筛选等计算工具理性设计最佳外膜锚的路线图 | 监管障碍和微生物稳定性等挑战仍需克服 | 将细菌表面展示技术定位为靶向药物递送的一种强大且尚未充分开发的模式,桥接合成生物学、免疫工程和转化医学 | 细菌(革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌)及其表面展示系统,包括外膜蛋白、分选酶介导的锚定和孢子基系统 | 合成生物学 | 癌症 | 细菌表面展示技术、AlphaFold、计算机筛选 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 革兰氏阴性菌, 革兰氏阳性菌 | 表面展示系统(外膜蛋白锚定、分选酶介导锚定、孢子基系统) | 医学, 农业, 工业生物技术 |
| 292 | 2026-05-12 |
Precision therapeutics for inflammatory bowel disease using engineered probiotics: Strategies and optimization
2025-11, Acta biomaterialia
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.actbio.2025.10.012
PMID:41083038
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综述 | 本综述总结了工程化益生菌在炎症性肠病治疗中的研究进展,涵盖底盘菌株基因编辑、微生物多维作用、生物工程改造、递送系统优化及人工智能驱动菌株筛选与设计 | 通过基因修饰和合成生物学实现微环境响应和精准靶向治疗,突破传统益生菌功能单一和非靶向作用的局限,在肠道黏膜修复和免疫调节中展现显著疗效 | NA | 综述工程化益生菌在炎症性肠病治疗中的精度疗法策略与优化方法 | 工程化益生菌,包括底盘菌株、微生物群落、递送系统及人工智能筛选设计 | 合成生物学 | 炎症性肠病 | 基因编辑、合成生物学、生物工程改造、人工智能 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick | 肠道益生菌(如乳酸菌、双歧杆菌等) | 微环境响应电路、精准靶向治疗回路(如生物传感器、代谢通路) | 医学 |
| 293 | 2026-05-12 |
Multivalent engineering of bio interfaces with DNA-based nanomaterials
2025-10, Advanced drug delivery reviews
IF:15.2Q1
DOI:10.1016/j.addr.2025.115681
PMID:40865643
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综述 | 综述了利用DNA纳米材料进行生物界面多价工程的基本原理、设计策略及其在诊断、治疗和合成生物学中的应用 | 提出从传统多价结合向多价工程的范式转变,即通过精确的DNA纳米结构空间组织配体,实现对受体分布、密度及局部微环境的可控靶向 | 多价工程系统在复杂体内环境中仍面临稳定性、递送效率及脱靶效应等重大挑战 | 探讨DNA纳米材料用于生物界面多价工程的基本原理、设计策略及应用进展 | 生物界面上的多价相互作用(如细胞信号、免疫识别、粘附等)及DNA纳米材料 | 合成生物学 | NA | DNA纳米技术 | NA | NA | NA | DNA纳米结构自组装 | NA | 多价配体空间排列(如纳米尺度几何调控) | 诊断, 治疗, 合成生物学 |
| 294 | 2026-05-12 |
Understanding carboxysomes to enhance carbon fixation in crops
2025-06-30, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20253072
PMID:40570186
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综述 | 本文综述了羧酶体在提高农作物光合固碳效率方面的潜在应用及当前理解 | 系统总结羧酶体生物发生、Rubisco组织和外壳功能的最新进展,并提出将其与碳酸氢盐转运蛋白共同移植到叶绿体中以增强光合作用的新思路 | 仍存在关键问题未解决,如外壳精确作用机制尚不明确,以及需要识别合适的碳酸氢盐转运体和调控表达水平 | 探讨利用羧酶体和蓝藻CO2浓缩机制提高农作物光合效率的可行性与挑战 | 羧酶体、Rubisco、碳酸氢盐转运蛋白、农作物 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 295 | 2026-05-12 |
Elucidation and de novo reconstitution of glyceollin biosynthesis
2025-05-05, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.04.003
PMID:40211535
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研究论文 | 揭示了甘草素完全生物合成途径,并通过合成生物学方法在酵母中实现从简单碳源的从头重建 | 首次完整阐明甘草素生物合成途径,特别是氧化环化步骤,并鉴定出之前未表征的还原酶和五个P450酶基因 | 未提及具体局限性 | 阐明甘草素生物合成途径并实现其可持续生产 | 甘草素生物合成途径及相关酶基因 | 合成生物学 | NA | 瞬时表达、体外酶表征、酵母喂养实验、合成生物学、代谢工程 | NA | NA | NA | NA | 本氏烟草、酿酒酵母 | 甘草素从头生物合成途径 | 农业、生物学 |
| 296 | 2026-05-12 |
Maize2035: A decadal vision for intelligent maize breeding
2025-02-03, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.01.012
PMID:39827366
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综述论文 | 概述玉米育种的历史成功、当前挑战及未来十年智能育种的愿景与前沿解决方案 | 提出集成单细胞分析、全生物组、智能育种算法和合成生物的理性设计等跨学科方法,推动数据驱动的精准农业变革 | 未详细讨论各技术路线的实际验证数据或潜在实施障碍 | 提出面向2035年玉米智能育种的发展愿景和协同目标 | 玉米育种体系及其相关技术策略 | 农业科技 | NA | 多组学分析、单细胞分析、智能育种算法、合成生物学 | NA | 多组学数据、农业大数据 | NA | 合成生物学 | 玉米 | 理性设计合成生物回路 | 农业 |
| 297 | 2026-05-10 |
Myxobacteria: Versatile cell factories of novel commercial enzymes for bio-manufacturing
2025-Sep, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108594
PMID:40345460
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综述 | 综述了粘细菌作为新型商业酶多功能细胞工厂在生物制造中的应用潜力 | 系统总结了粘细菌基因组多样性和裂解酶挖掘的最新进展,强调了粘细菌作为工业细胞工厂的未充分利用潜力 | 基因工程改造困难、生长缓慢、代谢重塑和表达策略限制等挑战尚未解决 | 探讨粘细菌及其酶在农业和工业生物制造中的应用前景 | 粘细菌及其裂解酶 | 机器学习 | NA | NA | NA | 基因组数据 | NA | 合成生物学策略 | 粘细菌 | NA | 农业, 工业生物技术 |
| 298 | 2026-05-10 |
Beyond pigments and perfumes: engineering in the carotenoid and apocarotenoid spectrum, novel enzymes, and synthetic biology strategies
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1716709
PMID:41625067
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综述 | 探讨类胡萝卜素与脱辅基类胡萝卜素代谢途径的工程化策略,涵盖酶工程、合成生物学工具及宿主范围,并展望未来研究方向 | 采用通路模块化视角,系统梳理从前体供应到氧化裂解的每个酶促步骤,重点突出新发现酶变体、诱变研究、融合策略及区室化方法对代谢调控的贡献 | 仅聚焦近期文献,未对工业放大和具体产量指标进行量化比较,缺乏对经济性与规模化瓶颈的深入分析 | 为推进类胡萝卜素与脱辅基类胡萝卜素生物合成提供层次化路径理解与工程策略整合 | 类胡萝卜素与脱辅基类胡萝卜素代谢途径中的酶、宿主(植物、真菌、藻类、酵母、细菌)及合成生物学工具 | NA | NA | NGS、RNA-seq、CRISPR-Cas9、Golden Gate Assembly | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Golden Gate Assembly | 植物、真菌、藻类、酵母、细菌 | 类胡萝卜素生物合成通路(前体供应→GGPP→八氢番茄红素→脱饱和/异构化→环化→羟基化→酮基化→环氧化→氧化裂解) | 医学、农业、食品、工业生物技术 |
| 299 | 2026-05-09 |
Interchromosomal contacts between regulatory regions trigger stable transgenerational epigenetic inheritance in Drosophila
2025-Feb-20, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2024.11.021
PMID:39667935
|
研究论文 | 本研究揭示了果蝇中调控区域间的染色体间接触如何触发稳定的跨代表观遗传,并鉴定了关键的蛋白因子及其作用机制 | 首次证明染色质接触本身足以建立跨代表观遗传,并阐明了Pleiohomeotic和GAGA因子在招募Polycomb抑制复合体2及介导染色体间接触中的具体作用 | 未在体内直接观察染色体间接触的动态过程,且研究仅限于果蝇模型,其跨代表观遗传机制在哺乳动物中的普适性尚待验证 | 阐明果蝇中Fab-7调控元件半合子状态如何通过染色体间接触触发稳定的跨代表观遗传 | 果蝇(Drosophila)Fab-7调控元件及其同源基因座 | 分子生物学 | NA | 突变分析, 体内合成生物学系统诱导 | NA | 表观遗传数据 | NA | NA | 果蝇 | NA | NA |
| 300 | 2026-05-08 |
Molecular circuits for genomic recording of cellular events
2025-Aug, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2025.04.004
PMID:40335327
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综述 | 本文综述了用于基因组记录细胞事件的分子电路的发展策略 | 提出了构建能忠实将过去细胞状态编码到基因组DNA记录中的新传感模块和遗传电路架构的需求 | 直接记录和重建过去细胞事件的方法仍然有限,其揭示细胞命运决定新见解的潜力尚未实现 | 探索构建用于基因组记录多种细胞事件的分子电路 | 基于CRISPR的基因组编辑技术和合成生物学工具 | 合成生物学 | NA | CRISPR基因组编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 传感模块和遗传电路架构 | NA |