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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2025-10-05 |
Translation efficiency covariation identifies conserved coordination patterns across cell types
2025-Jul-25, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02718-5
PMID:40715459
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研究论文 | 通过分析人类和小鼠的核糖体分析数据集,提出翻译效率协变概念并揭示跨细胞类型的协调翻译模式 | 首次提出翻译效率协变概念,发现不依赖于RNA或蛋白质共表达的基因功能协调机制 | NA | 探索跨细胞类型的翻译协调模式及其在基因调控中的作用 | 人类117种和小鼠94种组织与细胞系的3,819个核糖体分析数据集 | 生物信息学 | NA | 核糖体分析 | NA | 基因组学数据 | 3,819个数据集(涵盖人类117种、小鼠94种组织与细胞系) | NA | 人类, 小鼠 | NA | 合成生物学, 生物技术 |
| 322 | 2025-10-05 |
Regulatory helix plays a key role in genetic ON-OFF switching for the 2'-deoxyguanosine-sensing mRNA element
2025-Jul, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110282
PMID:40412519
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研究论文 | 本研究通过化学探针分析揭示了2'-脱氧鸟苷感应核糖开关在转录过程中的动态调控机制 | 发现核糖开关并非简单的二元开关,而是通过关键中间态在RNA合成过程中精细调控下游基因转录 | 研究主要关注特定核糖开关,其机制在其他类型核糖开关中的普适性仍需验证 | 阐明2'-脱氧鸟苷感应核糖开关的转录调控机制 | 2'-脱氧鸟苷感应核糖开关及其转录中间体 | 合成生物学 | NA | 化学探针分析、荧光淬灭检测 | NA | 生物化学数据 | NA | NA | NA | 核糖开关调控电路、转录终止/抗终止机制 | 医学, 合成生物学 |
| 323 | 2025-10-05 |
Unlocking expanded flagellin perception through rational receptor engineering
2025-Aug, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-025-02049-y
PMID:40721669
|
研究论文 | 通过理性受体工程拓展植物对细菌鞭毛蛋白的识别范围 | 首次系统鉴定FLS2受体中决定广谱识别能力的关键残基,并成功通过合成生物学方法将广谱识别特性在不同植物FLS2同源物间转移 | 研究主要聚焦于FLS2受体,尚未验证其他植物免疫受体的类似工程化潜力 | 增强植物对病原菌的识别能力以改善病原菌限制 | 植物模式识别受体FLS2及其与细菌鞭毛蛋白flg22的相互作用 | 合成生物学 | 植物细菌性病害 | 多样性分析、AlphaFold建模、氨基酸特性分析、合成生物学 | AlphaFold | 蛋白质序列、结构模拟数据 | 跨三个植物目的FLS2同源物 | 合成生物学 | 植物细胞 | FLS2受体工程改造以增强病原识别 | 农业 |
| 324 | 2025-10-05 |
Intelligent Design of Microbial Carbohydrate Factories: Integrated Chassis-Tools-Strategies Frameworks
2025-Aug-20, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c05803
PMID:40788265
|
综述 | 本文综述了微生物碳水化合物工厂的智能设计方法,提出了集底盘-工具-策略于一体的综合框架 | 建立了多维度的碳水化合物生物合成系统智能设计理论框架,整合了底盘生物特性、计算与实验工具以及代谢工程策略 | NA | 开发工程化碳水化合物合成微生物工厂的综合方法 | 工业底盘生物及其碳水化合物合成代谢途径 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、计算建模 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 大肠杆菌, 酿酒酵母, 枯草芽孢杆菌 | 代谢途径优化、途径重建、动态控制机制 | 食品, 制药, 农业, 化学工业 |
| 325 | 2025-10-05 |
Biotechnological advances in algae-based foods: applications in nutrition and microbiome health
2025-Aug, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103335
PMID:40628054
|
综述 | 本文综述藻类在食品生物技术中的进展,重点关注其在营养和肠道微生物健康方面的应用 | 系统阐述合成生物学和发酵技术在藻类营养强化及新型功能食品开发中的应用创新 | NA | 探讨藻类作为可持续食品资源的生物技术应用潜力 | 藻类及其生物活性成分 | 食品生物技术 | NA | 合成生物学、发酵技术、酶水解 | NA | NA | NA | NA | 工程微生物系统 | NA | 食品、营养 |
| 326 | 2025-10-05 |
Live-cell synthesis of biocompatible quantum dots
2025-07, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01133-5
PMID:40097832
|
研究论文 | 开发了一种在活细胞内合成生物相容性量子点的新方法 | 通过精确时空序列耦合细胞内代谢途径实现活细胞合成量子点,并建立仿细胞内环境的无细胞合成系统 | NA | 开发生物相容性量子点的合成方法 | 量子点 | 合成生物学 | NA | 活细胞合成,无细胞合成系统 | NA | NA | 酵母、金黄色葡萄球菌、MCF-7细胞、MDCK细胞 | 代谢工程 | 酿酒酵母、金黄色葡萄球菌、MCF-7细胞、MDCK细胞 | 代谢途径耦合 | 医学 |
| 327 | 2025-10-05 |
Molecular logic gates based on programmable self-assembly of DNA origami triangles for the detection of nucleic acid molecules
2025-Aug-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-15119-0
PMID:40783588
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于DNA折纸三角形自组装的分子逻辑门平台,用于检测核酸分子 | 将DNA折纸纳米结构与分子逻辑门集成,实现了目标驱动的层次自组装和布尔逻辑运算 | NA | 开发可编程核酸检测平台,推动动态分子计算领域发展 | DNA折纸三角形结构、核酸分子生物标志物 | 分子纳米技术 | 肺癌 | DNA折纸、原子力显微镜(AFM)、链置换技术 | 布尔逻辑门(YES、AND、OR) | 纳米尺度图像数据 | NA | DNA折纸 | NA | 基于DNA折纸三角形的分子逻辑门(YES、AND、OR)、可重置自适应反馈系统 | 医学诊断、合成生物学、纳米医学 |
| 328 | 2025-10-05 |
Integrating metagenomics and high-throughput screening for bioprospecting marine producers of polyhydroxyalkanoates
2025-Aug-04, Letters in applied microbiology
IF:2.0Q4
DOI:10.1093/lambio/ovaf096
PMID:40674061
|
研究论文 | 本研究通过宏基因组分析和定向培养基开发,从海洋环境中筛选出102株PHA生产菌株,并建立了高通量筛选平台 | 开发了结合尼罗红荧光强度与PHA含量定量关联的高通量筛选方法,有效解决荧光筛选假阳性问题,并发现一株高性能新菌株Halomonas olivaria | NA | 开发可持续生产生物可降解材料聚羟基脂肪酸酯的微生物资源和生产技术 | 海洋环境微生物群落和PHA生产菌株 | 工业生物技术 | NA | 宏基因组分析, 气相色谱, 荧光定量, 高通量筛选 | NA | 基因组数据, 化学分析数据 | 102株PHA生产菌株,来自不同海洋栖息地包括咸淡水界面和深海沉积物 | NA | Halomonas olivaria | NA | 材料, 环境, 工业生物技术 |
| 329 | 2025-10-05 |
Framing synthetic biology as an innovation-driven market
2025-Aug, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.02.003
PMID:39984349
|
研究论文 | 提出了一个合成生物学市场框架以统一对其商业潜力的理解 | 区分专业合成生物学市场与更广泛的产品市场,并提出专门的市场框架 | NA | 构建合成生物学市场框架以明确其商业潜力 | 合成生物学市场及其商业潜力 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 330 | 2025-10-05 |
The XNA alphabet
2025-Jul-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf635
PMID:40650979
|
综述 | 本文系统综述了糖修饰的异源核酸(XNA)的结构分类、构象特性及其在生物技术和合成生物学中的应用前景 | 提出了XNA字母表的概念,系统分类了能与天然核酸相互作用和正交的两类XNA系统,阐明了糖组分对XNA构象空间和杂交特性的决定性作用 | NA | 总结糖修饰XNA系统的构象行为原理及其在合成遗传学、核酸治疗等领域的应用潜力 | 糖修饰的异源核酸(XNA)系统 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生物技术, 医学诊断, 纳米技术 |
| 331 | 2025-10-05 |
Direct and quantitative analysis of tRNA acylation using intact tRNA liquid chromatography-mass spectrometry
2025-05, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01086-9
PMID:39762443
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研究论文 | 开发了一种基于完整tRNA液相色谱-质谱联用技术的直接定量分析tRNA酰化方法 | 首次使用完整tRNA的LC-MS方法直接监测aaRS活性,可检测低至0.23%的反应产率,并能检测传统方法无法检测的flexizyme酰化产物 | 需要分子生物学、液相色谱-质谱和无RNase技术的基础专业知识,完成实验至少需要5小时 | 开发定量分析tRNA酰化的新方法 | 氨基酰-tRNA合成酶(aaRSs)催化的tRNA酰化反应 | 分析化学 | NA | 液相色谱-质谱联用(LC-MS),离子对反相色谱,高分辨率飞行时间质谱 | NA | 质谱数据 | NA | flexizyme | NA | NA | 合成生物学,基础研究 |
| 332 | 2025-10-05 |
Deciphering and Predicting Thermal and pH Stabilities of Triplex DNA Under Multifactorial Conditions
2025-Aug-11, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202507190
PMID:40498537
|
研究论文 | 本研究通过开发高通量5DFRETMA方法,系统解析了环境因素和序列特征对三链DNA稳定性的影响 | 开发了高通量5D荧光共振能量转移熔解退火方法,首次实现了多因素条件下三链DNA热稳定性和pH稳定性的预测 | NA | 揭示环境和序列因素如何调控三链DNA稳定性 | 三链DNA | 合成生物学 | NA | 5D荧光共振能量转移熔解退火 | 预测模型 | 荧光共振能量转移数据 | 测试了414组缓冲条件 | NA | NA | NA | 医学, 合成生物学 |
| 333 | 2025-10-05 |
Chemistry and biology of natural stilbenes: an update
2025-02-19, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d4np00033a
PMID:39711130
|
综述 | 系统回顾2009-2023年间发现的409种天然二苯乙烯类化合物,重点分析寡聚二苯乙烯的结构分类、仿生合成及生物活性 | 首次系统梳理近15年新发现的二苯乙烯类化合物,特别关注具有独特骨架的寡聚二苯乙烯及其绝对立体化学研究 | 仅涵盖2009-2023年间报道的化合物,未涉及更早期的研究成果 | 总结天然二苯乙烯类化合物的化学结构与生物活性研究进展 | 天然二苯乙烯类化合物,特别是寡聚二苯乙烯 | 天然产物化学 | NA | 合成生物学方法 | NA | 文献数据 | 409种新二苯乙烯化合物 | NA | NA | NA | 医药 |
| 334 | 2025-10-05 |
Synthetic biology approaches for restoring gut microbial balance and engineering disease-specific microbiome therapeutics
2025-Oct, Microbial pathogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.micpath.2025.107931
PMID:40716471
|
综述 | 探讨利用合成生物学方法恢复肠道微生物平衡及开发疾病特异性微生物组疗法的前沿进展 | 提出整合区域微生物组生态型、饮食响应模块化设计和适应性代谢建模的生态精准工程框架 | NA | 开发精准调控肠道微生物组的下一代策略 | 人工微生物群落(AMCs)与肠道微生物组 | 合成生物学 | 炎症性肠病、肥胖、糖尿病、神经退行性疾病 | CRISPR基因组编辑、代谢工程、多组学整合 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 人工微生物群落 | 疾病特异性微生物功能障碍的理性设计 | 医学 |
| 335 | 2025-10-05 |
Exploring lipid diversity and minimalism to define membrane requirements for synthetic cells
2025-Aug-11, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.70131
PMID:40787853
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综述 | 探讨合成细胞膜系统的脂质多样性与最小化要求 | 通过对比自下而上和自上而下的合成细胞构建方法,强调膜蛋白与脂质环境的关键相互作用 | NA | 定义自繁殖合成细胞所需的最小脂质组要求 | 合成细胞的脂质膜系统 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 生物技术, 环境科学 |
| 336 | 2025-10-05 |
Enhancing the β-Oxidation-Like Pathway for the Optimal Production of the Immunosuppressant Mycophenolic Acid
2025-Aug-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202508826
PMID:40788096
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研究论文 | 本研究首次在真菌中重构了负责合成免疫抑制剂霉酚酸的β-氧化样酶级联反应 | 首次实现真菌β-氧化级联反应的功能性重构,揭示了将分解代谢模块重新用于生物合成的新策略 | NA | 优化免疫抑制剂霉酚酸的生产途径 | 真菌β-氧化酶级联反应和霉酚酸生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 体外酶活性测定、途径优化 | NA | 酶活性数据、代谢产物产量数据 | 短密青霉NRRL864菌株 | 基因过表达 | Penicillium brevicompactum | β-氧化样代谢途径,包含氧化、脱氢、水合、还原、异构化和逆克莱森缩合反应 | 医药 |
| 337 | 2025-10-05 |
A Strictly Inducible and Orthogonal Dre-rox System for Precise and Markerless Genome Editing in Bacillus subtilis
2025-Jul-25, Journal of microbiology and biotechnology
IF:2.5Q3
DOI:10.4014/jmb.2505.05006
PMID:40730489
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研究论文 | 本研究在枯草芽孢杆菌中建立了一种严格诱导且正交的Dre-rox系统,用于精确无标记基因组编辑 | 开发了茶碱诱导型核糖开关严格控制Dre表达以减少渗漏重组,首次证明Dre与Cre在各自识别位点上无串扰正交工作,支持单次诱导同步多位点切除 | NA | 扩展微生物基因组工程工具包,开发与Cre性能相当且能正交功能的位点特异性重组酶系统 | 枯草芽孢杆菌基因组编辑系统 | 合成生物学 | NA | 位点特异性重组,基因组编辑 | NA | NA | NA | Dre-rox系统,Cre-lox系统 | 枯草芽孢杆菌 | 茶碱诱导型核糖开关控制的Dre表达系统,正交重组系统 | 工业生物技术 |
| 338 | 2025-10-05 |
CRISPR.BOT an autonomous platform for streamlined genetic engineering and molecular biology applications
2025-Aug-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-01655-2
PMID:40770192
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研究论文 | 介绍CRISPR.BOT自主基因工程平台,旨在革新分子生物学实验流程 | 开发了基于乐高机器人的低成本自主基因工程平台,实现单细胞亚克隆纯度达90-100% | 未提及平台在复杂实验环境中的稳定性和长期运行可靠性 | 开发低成本自动化基因工程平台以提升实验效率和安全性 | 细菌宿主、人类细胞系、SARS CoV-2病毒 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因编辑、慢病毒转导、质粒DNA转移 | NA | 实验数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 细菌, 人类细胞系 | GFP报告基因系统、CRISPR-gRNA编辑系统 | 医学, 工业生物技术 |
| 339 | 2025-10-05 |
Cancer stem cells: landscape, challenges and emerging therapeutic innovations
2025-Aug-05, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02360-2
PMID:40759634
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综述 | 本文综述癌症干细胞(CSCs)的生物学特性、代谢可塑性及其在肿瘤治疗抵抗中的作用,并探讨新兴治疗策略 | 整合单细胞测序、空间转录组学与多组学数据揭示CSCs异质性,提出代谢重编程与免疫调节相结合的精准靶向治疗新范式 | 缺乏普适性CSCs生物标志物,难以实现针对CSCs的特异性靶向而不影响正常干细胞 | 探索癌症干细胞的治疗抵抗机制并开发创新治疗策略 | 癌症干细胞及其与肿瘤微环境的相互作用 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞测序, 空间转录组学, 多组学整合, CRISPR筛选, AI驱动分析 | 3D类器官模型 | 多组学数据 | NA | CRISPR | NA | NA | 医学 |
| 340 | 2025-10-05 |
Large language model for knowledge synthesis and AI-enhanced biomanufacturing
2025-Aug, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.02.008
PMID:40050157
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综述 | 探讨大型语言模型在合成生物学教育和生物制造领域的应用前景与影响 | 系统分析LLMs在生物制造中的知识图谱构建、DBTL周期优化及自动驾驶实验室等创新应用 | NA | 评估大型语言模型在合成生物学和生物制造领域的应用潜力与发展方向 | 大型语言模型及其在合成生物学中的应用场景 | 自然语言处理 | NA | 检索增强生成、知识图谱构建 | LLM | 非结构化数据 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |