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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2025-11-23 |
Next-generation perspectives on microbially synthesized siderophores: molecular engineering, multi-omics insights, and applications for smart climate-resilient crops
2025-Oct-16, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-025-04575-5
PMID:41099996
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综述 | 本文综述微生物合成铁载体的生物合成、调控机制及其在智能气候韧性作物中的应用前景 | 整合合成生物学与多组学技术揭示铁载体合成调控网络,开发纳米制剂和智能递送系统增强田间应用效果 | NA | 探讨微生物铁载体在可持续农业中的分子机制与应用策略 | 微生物铁载体及其合成基因簇,植物根际促生菌(PGPR) | 合成生物学 | NA | 多组学(基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学),CRISPR/Cas基因组编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 植物根际促生菌(PGPR) | 铁载体生物合成基因簇 | 农业 |
| 342 | 2025-11-23 |
Application progress and biosafety challenges of gene editing and synthetic biotechnology in diagnosis, treatment and prevention of infectious diseases
2025-Oct, Biosafety and health
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.bsheal.2025.09.002
PMID:41262458
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综述 | 本文系统综述了基因编辑和合成生物技术在传染病防治中的应用进展与生物安全挑战 | 系统分析了2015-2025年间CRISPR诊断技术、合成疫苗和工程益生菌在传染病防治中的最新应用,并首次全面评估其生物安全风险 | 基于文献综述,缺乏原始实验数据验证;主要关注技术层面,社会接受度和经济可行性分析不足 | 评估合成生物技术在传染病诊断、治疗和预防中的应用进展及相关的生物安全挑战 | CRISPR诊断系统、合成疫苗平台和工程益生菌等合成生物技术产品 | 合成生物学 | 传染病 | CRISPR/Cas系统(DETECTR、SHERLOCK)、mRNA疫苗技术、病毒载体疫苗技术、工程益生菌技术 | NA | 文献数据 | NA | CRISPR-Cas9, Cas12a, Cas13a | 工程益生菌 | 病原体检测生物传感器、免疫调节回路 | 医学 |
| 343 | 2025-11-23 |
Beyond evolution: De novo designed protein toolkit rewriting the rules of synthetic biology
2025-Oct, Biosafety and health
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.bsheal.2025.09.004
PMID:41262455
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综述 | 本文探讨人工智能驱动的蛋白质设计如何通过超越进化约束的全新蛋白质工具包革新合成生物学 | 提出超越已知结构模板和进化约束的全新蛋白质设计范式,建立从蛋白质设计到系统级实施的层次化框架 | 新型蛋白质在细胞系统中表达存在功能不可预测性,需要更完善的风险评估体系 | 系统分析AI驱动蛋白质设计的计算框架及其在合成生物学中的应用前景 | 从头设计的蛋白质工具包及其在合成生物学系统中的应用 | 合成生物学 | NA | 人工智能蛋白质设计、多组学分析 | NA | NA | NA | NA | NA | 结构导向的理性基因电路设计 | 工业生物技术 |
| 344 | 2025-11-22 |
Dissecting native plasmid functions in Lactococcus lactis: Synergistic regulation of metabolism and industrially relevant traits
2025-Dec, Journal of dairy science
IF:3.7Q2
DOI:10.3168/jds.2025-27053
PMID:41130394
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研究论文 | 本研究解析了乳酸乳球菌C20中3个天然质粒的功能及其对代谢和工业性状的协同调控作用 | 首次系统揭示了乳酸乳球菌C20中天然质粒的协同调控网络及其对工业性状的关键影响 | 研究仅针对C20菌株的3个质粒,未在其他乳酸乳球菌菌株中验证普适性 | 阐明乳酸乳球菌天然质粒的生物学功能及其在工业应用中的潜力 | 乳酸乳球菌C20菌株及其3个天然质粒(pLL1, pLL2, pLL3) | 合成生物学 | NA | 基因组分析、组合消除、功能表征 | NA | 基因组数据、代谢数据 | 乳酸乳球菌C20菌株及其质粒变异株 | 基因编辑、合成生物学 | 乳酸乳球菌 | 天然质粒调控网络 | 食品,制药,工业生物技术 |
| 345 | 2025-11-22 |
CTRL Enables Gene-Specific RNA Regulation Using CRISPR-Cas7-11
2025-Nov-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00658
PMID:41202215
|
研究论文 | 开发了一种基于CRISPR-Cas7-11的新型基因调控工具CTRL,用于实现基因特异性RNA调控 | 利用新发现的CRISPR-Cas7-11效应子的直接重复序列处理活性,首次开发出能够位点特异性靶向合成mRNA分子的基因调控工具 | NA | 开发精确的基因表达调控技术,用于生物和生化网络的全面研究 | 合成mRNA分子和基因表达调控 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas7-11基因编辑技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas7-11 | NA | 基因表达调控系统 | 医学,工业生物技术 |
| 346 | 2025-11-22 |
Harnessing Fungal Secretion Systems for Precision Fermentation of Food Proteins
2025-Nov-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00521
PMID:41220338
|
观点文章 | 探讨利用真菌分泌系统提高精密发酵生产食品蛋白质效率的策略 | 提出通过数据驱动的分泌途径工程化改造来提高蛋白质分泌效率的创新方法 | NA | 提高精密发酵生产食品蛋白质的商业可行性和规模化生产能力 | 真菌分泌系统和食品蛋白质生产 | 合成生物学 | NA | 蛋白质分泌技术 | NA | NA | NA | 合成生物学, 蛋白质工程 | 酵母, 丝状真菌 | 蛋白质分泌途径 | 食品, 工业生物技术 |
| 347 | 2025-11-22 |
Advanced Large DNA Manipulation Technologies for Constructing Microbial Cell Factories
2025-Nov-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00539
PMID:41105858
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综述 | 系统总结大片段DNA操作技术的核心原理与最新进展及其在构建微生物细胞工厂中的应用 | 首次系统归纳四类大片段DNA操作技术,并阐述其在获取复杂生物合成基因簇、构建多基因生物合成途径等领域的创新应用 | NA | 推动大片段DNA操作技术发展并扩展其在构建高性能微生物细胞工厂中的应用 | 大片段DNA操作技术及其在微生物细胞工厂构建中的应用 | 合成生物学 | NA | 大片段DNA克隆、组装、递送和重排技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick | 微生物细胞 | 多基因生物合成途径、复杂遗传模块、代谢网络结构重连与模块化重建 | 工业生物技术 |
| 348 | 2025-11-22 |
Application of Rational and Irrational Strategies in the Construction of Prokaryotic Cell Factories for the Bioproduction of Aromatic Amino Acid-Derived Chemicals
2025-Nov-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00711
PMID:41137187
|
综述 | 总结原核细胞工厂生产芳香族氨基酸衍生化学品的挑战、构建策略及最新技术 | 重点关注理性与非理性策略在原核细胞工厂构建中的应用,并探讨未来发展方向 | NA | 改进芳香族氨基酸衍生化学品的发酵生产工艺 | 原核细胞工厂 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 代谢工程工具 | 原核生物 | 芳香族氨基酸生物合成途径 | 工业生物技术, 医药 |
| 349 | 2025-11-22 |
An efficient system for plastid transformation in an edible medicinal herb
2025-Nov-20, Transgenic research
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s11248-025-00469-2
PMID:41266676
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研究论文 | 本文开发了一种针对药用植物龙葵的高效质体转化系统 | 首次为茄科重要药用植物龙葵建立了稳定可靠的质体转化体系,突破了质体转化技术主要局限于烟草等少数植物的限制 | NA | 开发适用于龙葵的质体转化技术,拓展质体工程在药用植物研究中的应用 | 龙葵(Solanum nigrum)植物叶片外植体 | 合成生物学 | NA | 质体转化、基因枪轰击、PCR、Southern印迹、共聚焦激光扫描显微镜 | NA | 分子生物学数据、荧光成像数据 | NA | 基因枪 | 龙葵 | 质体转化载体,包含壮观霉素抗性基因(aadA)和绿色荧光蛋白报告基因(gfp),整合于trnfM和trnG基因之间 | 医药、农业 |
| 350 | 2025-11-22 |
Enhancing Escherichia coli production of material proteins using circular mRNAs
2025-Nov-19, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.01579-25
PMID:41055377
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研究论文 | 本研究开发了一种环状mRNA表达系统,用于提高大肠杆菌中材料蛋白的产量 | 利用自切割核酶构建环状mRNA结构,结合绝缘RNA环提高蛋白翻译效率,显著增强重复序列蛋白的表达稳定性 | NA | 解决高分子量重复序列蛋白在微生物宿主中表达不稳定和产量低的问题 | 材料蛋白(包括蛛丝蛋白、肌联蛋白重复序列、贻贝足蛋白寡聚体和丝蛋白-淀粉样重复序列) | 合成生物学 | NA | 环状mRNA技术,逆转录DNA扩增测序 | NA | 蛋白质表达数据,质粒稳定性数据 | 多种材料蛋白(包括96-mer重复的牵引丝蛋白等) | 自切割核酶,绝缘RNA环 | 大肠杆菌 | 环状mRNA表达系统 | 工业生物技术,材料 |
| 351 | 2025-11-22 |
Illuminating the dark majority: photobiology of nonphotosynthetic bacteria
2025-Nov, Photochemical & photobiological sciences : Official journal of the European Photochemistry Association and the European Society for Photobiology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s43630-025-00789-6
PMID:41114917
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综述 | 综述非光合细菌的光生物学研究,揭示其通过光感受器介导的膜电位调节、应激反应和趋光性等生理过程 | 首次系统阐述非光合细菌利用光作为环境信号的分子机制,打破传统认为光仅与光合作用相关的认知局限 | 主要基于现有研究综述,缺乏原始实验数据支持 | 阐明非光合细菌的光感应机制及其生物学意义 | 非光合细菌及其光感受器系统 | 微生物学 | NA | NA | NA | 文献数据 | NA | NA | NA | NA | 抗菌治疗, 合成生物学, 环境生物技术 |
| 352 | 2025-11-22 |
A modular high-throughput approach for advancing synthetic biology in the chloroplast of Chlamydomonas
2025-Nov, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-025-02126-2
PMID:41184475
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研究论文 | 本研究建立了莱茵衣藻作为叶绿体合成生物学的原型平台,开发了高通量自动化工作流程和标准化遗传元件 | 建立了首个叶绿体合成生物学高通量原型平台,开发了自动化工作流程可并行处理数千个转基因株系,并扩展了选择标记和调控元件的工具箱 | 研究主要基于模式生物莱茵衣藻,在高等植物中的直接应用仍需进一步验证 | 推进叶绿体合成生物学发展,克服叶绿体工程中遗传工具稀缺和通量低的限制 | 莱茵衣藻叶绿体 | 合成生物学 | NA | 分子克隆、自动化工作流程、转基因技术 | NA | 生物分子数据、表型数据 | 数千个转基因株系,140多个调控元件 | Gibson Assembly, 分子克隆标准 | Chlamydomonas reinhardtii(莱茵衣藻) | 合成光呼吸途径、启动子设计库、调控元件 | 农业, 能源, 环境 |
| 353 | 2025-11-22 |
SpatialPPIv2: Enhancing protein-protein interaction prediction through graph neural networks with protein language models
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.01.022
PMID:41255828
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研究论文 | 提出了一种基于图神经网络和蛋白质语言模型的蛋白质-蛋白质相互作用预测方法SpatialPPIv2 | 不再依赖蛋白质结构预测算法,能够独立预测蛋白质相互作用,结合大型语言模型和图注意力网络 | NA | 提高蛋白质-蛋白质相互作用预测的特异性和鲁棒性 | 蛋白质-蛋白质相互作用 | 生物信息学 | NA | 图神经网络,蛋白质语言模型 | 图注意力网络 | 蛋白质序列和结构数据 | PINDER数据集(包含RCSB PDB和AlphaFold数据库的相互作用数据) | NA | NA | NA | 药物发现,合成生物学 |
| 354 | 2025-11-21 |
Microbial Remediation of Agrochemical-Contaminated Soils: Enzymatic Mechanisms, Quorum Sensing, and Emerging Opportunities
2025-Nov-19, Integrated environmental assessment and management
IF:3.0Q2
DOI:10.1093/inteam/vjaf167
PMID:41259652
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综述 | 本文综述了微生物修复农用化学品污染土壤的酶学机制、群体感应调控及新兴生物修复策略 | 系统整合了酶降解机制与群体感应调控网络,并探讨了合成生物学和人工智能在生物修复中的新兴应用 | 面临土壤异质性、QS信号非生物抑制、酶不稳定性、工程菌株生物安全风险等挑战 | 开发生态友好且可持续的农用化学品污染土壤生物修复方法 | 土壤微生物组及其酶系统 | 环境生物技术 | NA | 酶工程、合成生物学、人工智能建模 | NA | NA | NA | 合成QS电路 | 工程菌株 | 合成群体感应电路、QS生物传感器 | 环境 |
| 355 | 2025-11-21 |
The role of extremophile microbiomes in terraforming Mars
2025-Nov-17, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08973-1
PMID:41249546
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综述 | 探讨极端微生物在火星地球化改造中的潜在作用及合成生物学应用 | 提出从单一物种研究转向复杂微生物群落协同作用的新视角,强调合成生物学在增强微生物适应性中的应用 | 缺乏对复杂微生物群落相互作用的系统研究,伦理和行星保护问题尚未完全解决 | 探索利用极端微生物实现火星地球化改造的生物策略 | 极端微生物及其群落 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法 | NA | 实验证据 | NA | NA | 极端微生物 | NA | 环境, 太空探索 |
| 356 | 2025-11-21 |
Design and pharmacodynamic study of live biotherapeutic products with efficient degradation of branched-chain amino acids
2025-Nov, Bioengineering & translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/btm2.70075
PMID:41244347
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研究论文 | 本研究利用合成生物学方法设计两种能够高效代谢支链氨基酸的工程菌株,用于治疗支链氨基酸代谢相关疾病 | 成功构建了两种具有不同支链氨基酸代谢途径的工程菌株ECN-Deg和ECN-Tra,并验证了其在体内外的治疗效果 | NA | 开发能够降解或转化过量支链氨基酸的活体生物治疗产品 | 工程改造的大肠杆菌Nissle 1917菌株 | 合成生物学 | 枫糖尿症 | 合成生物学方法 | NA | 体内外实验数据 | 高支链氨基酸小鼠模型 | 代谢途径工程 | 大肠杆菌Nissle 1917 | 支链氨基酸降解代谢模块和转化代谢模块 | 医药 |
| 357 | 2025-11-21 |
Advancing Genetically Encoded Lysine (GEK) Chemistry: From Precision Modulation to Therapeutic Innovation
2025-Oct-07, Accounts of chemical research
IF:16.4Q1
DOI:10.1021/acs.accounts.5c00401
PMID:41004624
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研究论文 | 本文系统介绍了基因编码赖氨酸化学的发展及其在蛋白质工程和精准治疗中的应用 | 开发了工程化的吡咯赖氨酰-tRNA合成酶变体,能够高效整合具有定制化学反应性的多样化赖氨酸衍生物 | NA | 推进基因编码赖氨酸化学技术,实现蛋白质精确修饰和功能调控 | 赖氨酸衍生物、蛋白质工程工具、治疗性分子 | 化学生物学 | NA | 基因编码赖氨酸化学、蛋白质工程、生物正交化学 | NA | NA | NA | PylRS变体 | NA | NA | 医学、生物技术 |
| 358 | 2025-11-21 |
Before LUCA: unearthing the chemical roots of metabolism
2025-Oct-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0292
PMID:41035332
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研究论文 | 探索从地球化学到生物化学过渡过程中原始代谢系统的演化,提出连接非生物化学与早期生命的潜在途径 | 将LUCA代谢反应规则映射到前生物反应,建立综合建模框架测试非生物化学与早期生命的连接假说 | 连接原始地球化学与LUCA复杂代谢能力仍存在挑战,模型需要进一步验证 | 研究生命起源过程中代谢系统的演化机制和化学根源 | 最后共同祖先(LUCA)的代谢系统、前生物化学反应 | 系统化学、计算生物学 | NA | 生成模型、计算建模 | 生成模型 | 化学反应数据、热力学数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 359 | 2025-11-20 |
Engineered microbial sensors: providing a new paradigm for disease detection
2025-Nov-19, Journal of materials chemistry. B
DOI:10.1039/d5tb01468a
PMID:41114525
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综述 | 本文系统阐述了工程微生物传感器在疾病检测中的设计原理、研究进展和应用前景 | 提出了工程微生物传感器作为疾病检测新范式,总结了最新的封装策略和临床转化潜力 | 存在生物安全问题、信号稳定性问题以及缺乏标准化临床评估方案 | 探讨工程微生物传感器在疾病检测领域的设计原理和应用进展 | 工程微生物传感器及其封装策略 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, BioBrick, iGEM | 微生物 | 生物传感器、逻辑门 | 医学 |
| 360 | 2025-11-20 |
Development of a modified RNA circularization system to improve circRNA-based protein expression in mammalian cells
2025-Nov-17, RNA (New York, N.Y.)
DOI:10.1261/rna.080733.125
PMID:40935594
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研究论文 | 开发了一种改进的RNA环化系统,通过优化IRES与CMV启动子间距显著提高哺乳动物细胞中circRNA的蛋白表达效率 | 揭示了HRV-B3 IRES在哺乳动物细胞中的双重调控作用,并整合HIV-1 LTR截短体和WPRE元件增强转录效率 | 未明确说明改进系统对超大型RNA插入片段的环化效率提升程度 | 提高circRNA在哺乳动物细胞中的环化效率和蛋白表达水平 | circRNA环化系统和哺乳动物细胞 | 合成生物学 | NA | RNA环化技术 | NA | 分子生物学数据 | NA | Tornado系统 | 哺乳动物细胞 | 改进的RNA环化系统,包含HRV-B3 IRES、HIV-1 LTR截短体和WPRE调控元件 | 医学 |