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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2025-10-05 |
Development of precise genome editing and multi-copy integration tools in Hansenula polymorpha DL-1
2025-Dec, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2025.06.009
PMID:40735059
|
研究论文 | 开发了针对多形汉逊酵母DL-1菌株的精确基因组编辑和多拷贝整合工具包 | 建立了高效CRISPR-Cas9基因组编辑系统,部分抑制NHEJ通路增强同源重组效率,鉴定了36个中性位点用于单拷贝整合,开发了靶向rDNA和Ty元件的多拷贝整合工具 | NA | 解决多形汉逊酵母DL-1菌株因强NHEJ机制和有限遗传工具而受限的代谢工程问题 | 多形汉逊酵母DL-1菌株 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因组编辑,同源重组,多拷贝整合 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | Hansenula polymorpha DL-1 | 代谢途径工程 | 工业生物技术 |
| 402 | 2025-10-05 |
Light-Responsive DNA Droplets for Controlling Enzyme Cascade Pathways by Dynamic Phase Separation
2025-Jul-28, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202505316
PMID:40410127
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研究论文 | 本研究开发了一种通过光响应DNA液滴动态调控酶级联途径的新方法 | 利用偶氮苯修饰的Y型DNA序列构建光响应液滴,首次实现了通过光控相分离动态调控酶级联反应 | 仅验证了两种酶级联系统,需要进一步测试更复杂的代谢途径 | 开发动态调控酶级联途径的新方法 | 酶级联反应系统(GOx/HRP/CAT和GAO/MPO/CAT) | 合成生物学 | NA | 液-液相分离,光控技术 | NA | 生化实验数据 | 两种酶级联系统 | DNA纳米技术 | NA | 光响应DNA液滴系统,酶隔离与释放机制 | 合成生物学, 生物工程, 微反应器设计 |
| 403 | 2025-10-05 |
Computational biology meets oncology: designing custom protein and peptide binders to outsmart cancer
2025-Jul-22, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-02936-6
PMID:40694144
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综述 | 本文探讨计算生物学在癌症治疗中的应用,重点介绍从头设计蛋白质和多肽结合剂的方法与前景 | 整合计算设计、定向进化和人工智能技术,突破天然蛋白质支架限制,开发高特异性癌症靶向分子 | 计算工具(如Rosetta和AlphaFold)对无序区域和构象动力学的预测准确性仍存在局限 | 开发新型蛋白质和多肽结合剂以改善癌症精准治疗 | 从头设计的蛋白质和多肽结合剂(如DARPins、PD-1/PD-L1微型蛋白抑制剂) | 计算生物学 | 癌症 | 计算设计、定向进化、人工智能 | Rosetta、AlphaFold | 蛋白质结构数据 | NA | NA | NA | 合成生物学回路 | 医学 |
| 404 | 2025-10-05 |
A phage transcription factor displaces the host σ factor and stabilizes its own σ factor
2025-Jul-19, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf683
PMID:40682819
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研究论文 | 本研究通过冷冻电镜结构揭示了噬菌体蛋白gp79如何取代宿主σ因子并稳定自身σ因子gp36的转录调控机制 | 首次解析了gp79通过N端侵入RNA通道取代σ4,并在遇到gp36时改变构象稳定RNAP-启动子开放复合物的分子机制 | NA | 阐明噬菌体phiEco32蛋白gp79同时抑制宿主转录和激活自身转录的双重调控机制 | 大肠杆菌RNA聚合酶、噬菌体phiEco32蛋白gp79和gp36、同源启动子 | 结构生物学 | NA | 冷冻电镜(cryo-EM)、结构分析、生化分析 | NA | 结构数据、生化数据 | NA | NA | 大肠杆菌 | NA | 合成生物学 |
| 405 | 2025-10-05 |
Deciphering plasmid replication dynamics: a computational approach to predict ColE1-like plasmid copy number
2025-Jul, Journal of the Royal Society, Interface
DOI:10.1098/rsif.2024.0783
PMID:40664234
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研究论文 | 开发了一种基于机器学习的计算工具,用于从复制起点序列预测ColE1类质粒的拷贝数 | 首个能够从复制起点序列计算预测质粒拷贝数的软件工具,强调了启动子强度和RNA折叠动力学的重要性 | NA | 简化质粒拷贝数设计,重新定义质粒工程工作流程 | ColE1类质粒的复制起点序列 | 机器学习 | NA | 机器学习 | 机器学习模型 | DNA序列数据 | NA | 质粒工程 | NA | 质粒复制起点设计 | 工业生物技术,医学 |
| 406 | 2025-10-05 |
Pattern recognition in living cells through the lens of machine learning
2025-Jul, Open biology
IF:4.5Q1
DOI:10.1098/rsob.240377
PMID:40664239
|
综述 | 本文通过机器学习视角探讨细胞内的模式识别机制,分析人工神经网络与生物信号通路之间的相似性 | 将机器学习概念框架应用于生物学系统,提出信号通路和基因调控网络具有内在计算能力的新观点 | NA | 探索人工神经网络与生物信号通路在结构和功能上的相似性与差异 | 细胞信号通路、基因调控网络、人工神经网络 | 机器学习 | NA | NA | 神经网络 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 407 | 2025-10-05 |
A Portable Arsenic Sensor Integrating Bacillus megaterium with CMOS Technology
2025-05-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00895
PMID:40211918
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研究论文 | 本研究开发了一种基于巨大芽孢杆菌和CMOS技术的便携式砷传感器 | 首次将基因改造的巨大芽孢杆菌活细胞和孢子与CMOS芯片集成,创建可现场部署的砷检测传感器 | 作为概念验证研究,传感器在实际环境中的大规模应用仍需进一步验证 | 开发用于资源有限环境的实时砷检测技术 | 砷污染检测 | 合成生物学 | NA | 合成生物学, CMOS技术 | NA | 生物传感器数据 | NA | 合成生物学工具 | 巨大芽孢杆菌 | 砷生物传感器 | 环境 |
| 408 | 2025-10-05 |
High-Throughput 19F NMR Chiral Analysis for Screening and Directed Evolution of Imine Reductases
2025-Jul-23, ACS central science
IF:12.7Q1
DOI:10.1021/acscentsci.5c00498
PMID:40726787
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研究论文 | 开发了一种基于19F NMR的高通量手性分析方法,用于亚胺还原酶的筛选和定向进化 | 首次将19F NMR技术应用于高通量手性分析,能够同时评估对映选择性、立体偏好性和反应产率 | NA | 开发高效快速的手性分析方法以推动生物催化和合成生物学发展 | 亚胺还原酶及其在合成抗帕金森药物罗替戈汀中间体中的应用 | 合成生物学 | 帕金森病 | 19F NMR | NA | NMR光谱数据 | NA | 定向进化 | NA | NA | 医药 |
| 409 | 2025-10-05 |
Unraveling the Complexity of Plant Trichomes: Models, Mechanisms, and Bioengineering Strategies
2025-Jul-21, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26147008
PMID:40725255
|
综述 | 本文综述了植物表皮毛的发育、结构和功能研究进展,重点探讨腺毛在植物合成生物学中的应用潜力 | 整合分子机制与新兴技术,提出了利用表皮毛进行可持续农业和生物制造的前瞻性框架 | NA | 探讨植物表皮毛的发育机制及其在合成生物学中的应用策略 | 植物表皮毛,特别是关键物种的腺毛分泌毛(GSTs) | 植物合成生物学 | NA | 模块化基因工程、代谢通道策略 | NA | NA | NA | NA | 植物 | NA | 可持续农业,天然产物发现,生物制造 |
| 410 | 2025-10-05 |
The V5-Epitope Tag for Cell Engineering and Its Use in Immunohistochemistry and Quantitative Flow Cytometry
2025-Jul-20, Biology
DOI:10.3390/biology14070890
PMID:40723447
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研究论文 | 系统评估V5表位标签及其抗体在细胞工程中的应用,包括免疫组织化学和定量流式细胞术 | 首次系统评估鼠源和人源化抗V5标签抗体在不同实验条件下的性能,并优化免疫组织化学方法以减少非特异性信号 | V5标签信号受特定固定剂和分离试剂影响,可能限制其在某些实验条件下的应用 | 开发用于合成生物学应用的V5标签检测工具箱 | V5标签融合蛋白、鼠源和人源化抗V5抗体、体外和体内实验样本 | 合成生物学 | NA | 免疫组织化学、流式细胞术、抗体人源化 | NA | 组织样本图像、流式细胞数据 | 46种人类正常或癌组织样本 | 表位标签技术 | 哺乳动物细胞 | 异源融合蛋白组装 | 医学 |
| 411 | 2025-10-05 |
Natural CCD2 Variants and RNA Interference for Boosting Crocin Biosynthesis in Tomato
2025-Jul-12, Biology
DOI:10.3390/biology14070850
PMID:40723408
|
研究论文 | 本研究通过引入不同来源的CCD2酶等位基因和RNA干扰技术,成功提高了番茄中藏花素的生物合成水平 | 首次在番茄中同时表达藏红花和雄黄兰来源的CCD2等位基因,并结合RNA干扰技术调控类胡萝卜素代谢通路 | 研究仅针对番茄模型,未在其他作物中验证;转基因作物的生物安全性需要进一步评估 | 通过合成生物学方法提高番茄中藏花素的生物合成效率 | 番茄果实及其类胡萝卜素代谢途径 | 合成生物学 | NA | RNA干扰,基因工程,转基因技术 | NA | 生物化学数据,基因表达数据 | 转基因番茄植株 | RNA干扰,基因导入 | 番茄 | 藏花素生物合成途径,包括CCD2酶催化的玉米黄质转化为藏红花酸,以及后续的醛脱氢酶和葡萄糖基转移酶修饰步骤 | 农业,食品,医药 |
| 412 | 2025-10-05 |
Integrating chemical artificial intelligence and cognitive computing for predictive analysis of biological pathways: a case for intrinsically disordered proteins
2025-Jun, Biophysical reviews
IF:4.9Q1
DOI:10.1007/s12551-025-01286-x
PMID:40727659
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研究论文 | 探讨将化学人工智能与认知计算相结合用于生物通路预测分析的方法,特别关注内在无序蛋白 | 提出将化学人工智能与认知计算整合的新方法,利用内在无序蛋白特性构建更精确的生物过程计算模型 | 生物数据的复杂性和规模仍然是整合过程中的主要挑战 | 弥合生物过程与其计算模拟之间的差距,开发更精确的预测模型 | 内在无序蛋白、蛋白质相互作用、基因调控、代谢通路 | 生物信息学 | NA | 机器学习、自然语言处理、语音识别 | 认知计算模型、神经形态芯片 | 生物分子相互作用数据 | NA | NA | NA | NA | 医学、药物发现、合成生物学、非常规计算 |
| 413 | 2025-10-05 |
Enhancing ELISA Sensitivity: From Surface Engineering to Synthetic Biology
2025-Jul-06, Biosensors
DOI:10.3390/bios15070434
PMID:40710084
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综述 | 本综述系统总结了提升ELISA检测灵敏度的策略,重点介绍了合成生物学在改进传统免疫检测方法中的应用 | 强调无细胞合成生物学技术在ELISA灵敏度提升中的新兴作用,包括表达免疫分析、CRISPR联用免疫分析(CLISA)和T7 RNA聚合酶联用免疫传感分析(TLISA)等创新方法 | NA | 提升酶联免疫吸附测定(ELISA)的检测灵敏度,缩小与核酸检测方法之间的灵敏度差距 | 蛋白质生物标志物检测技术 | 合成生物学 | NA | ELISA, 无细胞合成生物学, CRISPR, T7 RNA聚合酶系统 | NA | NA | NA | CRISPR, T7 RNA聚合酶系统 | 无细胞系统 | 可编程核酸和蛋白质合成系统 | 医学诊断 |
| 414 | 2025-10-05 |
Core biological principles and tools stemming from basic Arabidopsis research
2025-Jul-01, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koaf141
PMID:40479512
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综述 | 本文探讨拟南芥基础研究在免疫机制、基因组学、合成生物学和工具开发等领域的核心贡献 | 系统阐述拟南芥研究在跨物种生物学原理探索和技术工具开发中的桥梁作用 | NA | 总结拟南芥基础研究对生物学各领域的原理性贡献和工具开发 | 拟南芥及其衍生研究工具 | 植物生物学 | 弗里德赖希共济失调 | 泛基因组学、重复序列扩展分析、生长素诱导降解技术 | NA | NA | NA | NA | 拟南芥 | NA | 医学、生物技术 |
| 415 | 2025-10-05 |
Edible and Medicinal Fungi as Candidate Natural Antidepressants: Mechanisms and Nutritional Implications
2025-Jun, Molecular nutrition & food research
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/mnfr.70080
PMID:40289452
|
系统综述 | 本文系统评估食用药用真菌作为天然抗抑郁候选物的潜力,重点分析其生物活性成分和作用机制 | 首次系统整合食用药用真菌通过多种神经生物学途径(神经递质系统、色氨酸-犬尿氨酸通路、HPA轴、神经炎症和肠脑轴)发挥抗抑郁作用的机制,并探讨3D食品打印和合成生物学等创新技术在抗抑郁功能食品开发中的应用 | 缺乏临床验证和标准化问题 | 探索食用药用真菌作为天然抗抑郁剂的潜力及其营养学意义 | 食用药用真菌及其生物活性成分 | 营养学与神经科学交叉领域 | 抑郁症 | 系统综述方法、人工智能建模 | NA | 文献数据 | NA | 合成生物学 | NA | NA | 医药, 食品 |
| 416 | 2025-10-05 |
The people behind the papers - Sarah Soliman and Zara Weinberg
2025-Jun-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204920
PMID:40493005
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研究论文 | 开发用于控制小鼠胚胎干细胞基因表达和分化的化学小分子及细胞接触诱导系统 | 提出一套新型化学小分子和细胞接触诱导系统,能够通过时空控制细胞行为重现发育过程 | NA | 研究发育生物学原理并通过合成生物学工具控制细胞行为 | 小鼠胚胎干细胞 | 合成生物学 | NA | 基因表达控制系统 | NA | NA | NA | NA | 小鼠胚胎干细胞 | 化学小分子和细胞接触诱导的基因表达控制系统 | 医学研究 |
| 417 | 2025-10-05 |
[Advances in the regulation of microbial cell metabolism and environmental adaptation]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240937
PMID:40170316
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综述 | 本文系统综述了细胞感知代谢与环境变化及适应性调控的机制与应用前景 | 首次从跨膜/传感器蛋白、适应性调控机制和应用场景三个维度对细胞代谢与环境适应调控进行系统梳理 | NA | 探讨细胞感知代谢变化和环境适应的调控机制及其在合成生物学中的应用 | 微生物细胞的代谢调控与环境适应机制 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 418 | 2025-10-05 |
Marine bioactives: Pioneering sustainable solutions for advanced cosmetics and therapeutics
2025-Aug, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2025.107868
PMID:40684894
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综述 | 本文综述海洋生物活性化合物在化妆品和药物领域的应用潜力及可持续发展解决方案 | 系统阐述海洋生物活性化合物的创新提取方法(酶辅助和超临界流体提取)、合成生物学可持续生产稀有化合物、以及海洋细胞培养实现50倍产量提升等技术突破 | NA | 探索海洋来源生物活性化合物在化妆品和制药领域的应用前景及可持续发展路径 | 海洋来源的多糖、肽类、脂质和色素等生物活性化合物 | NA | NA | 酶辅助提取、超临界流体提取、合成生物学、海洋细胞培养、生命周期评估 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 海洋藻类、无脊椎动物、微生物 | NA | 医药, 化妆品 |
| 419 | 2025-10-05 |
Protein-glycan engineering in vaccine design: merging immune mechanisms with biotechnological innovation
2025-Jul-24, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.06.022
PMID:40713219
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综述 | 本文综述了蛋白质-聚糖工程技术在疫苗设计中的应用及其免疫机制 | 整合CRISPR糖基编辑、合成生物学和糖修饰纳米颗粒等前沿生物技术实现聚糖结构的精准控制 | NA | 探讨蛋白质-聚糖工程如何提升疫苗效力并推动下一代糖工程疫苗开发 | 聚糖介导的免疫识别机制及其在疫苗设计中的应用 | 合成生物学 | 传染病、癌症、自身免疫性疾病 | CRISPR糖基编辑、合成生物学、纳米颗粒技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 医学 |
| 420 | 2025-10-05 |
A Review of DNA Restriction-Free Overlapping Sequence Cloning Techniques for Synthetic Biology
2025-Jul, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.70084
PMID:40713804
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综述 | 系统总结合成生物学中主要使用的无限制性酶重叠序列克隆技术及其发展与应用 | 首次系统比较各类RFOSC技术的效率、实用性和应用场景,提出方法选择应基于项目规模与需求的创新观点 | 未涉及传统限制性内切酶克隆方法的对比分析 | 评估合成生物学中DNA无酶克隆技术的发展现状与未来趋势 | 体外组装方法(Gibson Assembly、CPEC等)和体内重组方法(YHR、TAR等) | 合成生物学 | NA | DNA克隆技术 | NA | NA | NA | Gibson Assembly, In-Fusion, LIC, SLIC, TEDA, YHR, IVA, TAR, PEDA | 酵母, 大肠杆菌 | NA | 工业生物技术 |