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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2025-10-05 |
Exploring pigment-producing Streptomyces as an alternative source to synthetic pigments: diversity, biosynthesis, and biotechnological applications. A review
2025-Jun-25, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-025-04379-7
PMID:40555885
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综述 | 探讨色素产生链霉菌作为合成色素替代来源的多样性、生物合成途径及生物技术应用 | 系统整合链霉菌色素研究的生态多样性、生物合成机制及CRISPR/Cas基因编辑技术在激活沉默基因簇中的应用 | 存在毒理学评估不足、工业条件下色素稳定性问题、未探索菌株高通量筛选缺乏以及AI预测工具整合不充分等研究缺口 | 开发链霉菌天然色素作为合成色素的可持续替代品 | 色素产生链霉菌及其次级代谢产物 | 工业生物技术 | NA | CRISPR/Cas基因编辑、发酵优化、高通量筛选 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 链霉菌 | 沉默生物合成基因簇激活 | 食品,制药,化妆品,纺织,环境 |
| 422 | 2025-10-05 |
Leveraging a synthetic biology approach to enhance BCG-mediated expansion of Vγ9Vδ2 T cells
2025-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.05.651767
PMID:40654943
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研究论文 | 本研究利用合成生物学方法改造BCG疫苗,通过增强HMBPP产量来激活Vγ9Vδ2 T细胞 | 首次尝试在BCG中重新设计MEP途径以改善疫苗效力,通过HMBPP感知利用宿主自我-非我识别机制 | 表达多个MEP基因可能导致途径反馈抑制,仍需进一步开发更有效的疫苗 | 测试提高BCG免疫原性是否能改善疫苗有效性同时保持其安全性 | BCG疫苗菌株和Vγ9Vδ2 T细胞 | 合成生物学 | 结核病 | 合成生物学方法,同线性分析,刺激试验 | NA | 基因组数据,实验数据 | 356个调查基因组,63种分枝杆菌物种 | 合成生物学方法 | BCG(牛分枝杆菌) | 合成MEP基因座,HMBPP合成酶GcpE过表达 | 医学 |
| 423 | 2025-10-05 |
Active learning of enhancers and silencers in the developing neural retina
2025-Jan-15, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.12.004
PMID:39778579
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研究论文 | 本研究开发了一种主动学习方法,用于训练能够区分增强子和沉默子的深度学习模型 | 结合合成生物学和不确定性采样,通过多轮大规模平行报告实验迭代训练模型 | 模型主要针对CRX结合位点,可能不适用于其他转录因子 | 解决相同转录因子在不同背景下激活或抑制转录的机制问题 | 光感受器转录因子锥杆同源框(CRX)的结合位点 | 机器学习 | NA | 深度学习, 大规模平行报告实验 | 深度学习模型 | 基因组序列 | 几乎所有基因组中结合的CRX位点 | 合成生物学 | NA | NA | 基础研究 |
| 424 | 2025-10-05 |
Crucial roles of intracellular cyclic di-GMP in impacting the genes important for extracellular electron transfer by Geobacter metallireducens
2025-Jul-23, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00727-25
PMID:40464557
|
研究论文 | 本研究通过合成生物学方法构建不同c-di-GMP水平的菌株,探究该分子对地杆菌胞外电子传递的调控机制 | 首次系统揭示c-di-GMP通过调控多血红素c型细胞色素和菌毛蛋白基因表达影响地杆菌胞外电子传递全过程 | c-di-GMP如何调控这些基因表达的具体机制尚不明确 | 探究细胞内c-di-GMP在细菌胞外电子传递中的调控作用 | Geobacter metallireducens细菌及其胞外电子传递相关基因 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法、基因表达分析、基因敲除 | NA | 基因表达数据、电化学数据、生物膜形成数据 | 三种工程菌株(Gme-H、Gme-C、Gme-L) | 合成生物学方法 | Geobacter metallireducens | 通过调控c-di-GMP水平构建不同表型菌株 | 环境,能源 |
| 425 | 2025-10-05 |
Extracellular Peptide-Ligand Dimerization Actuator Receptor Design for Reversible and Spatially Dosed 3D Cell-Material Communication
2025-Jul-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00482
PMID:39705005
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研究论文 | 本研究开发了一种可逆响应生物材料配体的合成跨膜受体平台EPDA,实现三维细胞-材料通讯 | 开发了新型EPDA受体平台,通过胞外肽配体二聚化可逆激活细胞响应,并创建了计算算法PETEI筛选配体-受体对 | NA | 连接合成生物学与生物材料领域,开发可感知和响应生物材料结合配体的跨膜受体 | 哺乳动物细胞、合成受体、肽配体 | 合成生物学 | NA | 硫醇-降冰片烯化学、肽配体图案化、计算算法设计 | NA | 荧光成像数据、结合亲和力预测数据 | 测试了基于预测结合亲和力排名前30的单体抗体 | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 哺乳动物细胞 | 刺激性和抑制性受体对、肽配体二聚化激活系统、可逆蛋白合并/分离开关 | 医学, 再生医学 |
| 426 | 2025-10-05 |
Bacterial Therapeutics: Addressing the Affordability Gap in Cancer Therapy
2025-Jul-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0870
PMID:40660814
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综述 | 探讨细菌疗法作为低成本癌症免疫治疗替代方案的潜力 | 提出利用合成生物学和人工智能开发下一代细菌疗法,实现超过3万倍的成本节约 | NA | 解决癌症治疗中日益增长的经济负担问题 | 细菌免疫疗法 | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学、人工智能 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | NA | 医学 |
| 427 | 2025-10-05 |
Three cytochrome P450 88A subfamily enzymes, CYP88A108, CYP88A164, and CYP88A222, act as β-amyrin 11-oxidases involved in triterpenoid biosynthesis in Melia azedarach L
2025-Jul, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145362
PMID:40541870
|
研究论文 | 本研究鉴定并功能表征了苦楝中三个CYP88A亚家族细胞色素P450基因作为β-香树脂醇11-氧化酶参与三萜类化合物生物合成 | 发现CYP88A108和CYP88A164具有双重功能,既能参与五环三萜合成也能参与柠檬苦素类合成,揭示了植物CYP88A P450s独特的催化多功能性 | NA | 阐明苦楝中五环三萜类化合物生物合成的酶学机制 | 苦楝(Melia azedarach L)中的CYP88A亚家族细胞色素P450基因 | 合成生物学 | NA | 转录组挖掘、瞬时表达系统、酵母微粒体功能表征、系统发育重建、结构建模 | NA | 基因序列、蛋白质结构、酶活性数据 | NA | NA | 本氏烟(Nicotiana benthamiana)、酵母 | 三萜类化合物生物合成途径 | 医药、工业生物技术 |
| 428 | 2025-10-05 |
Plant-Derived Natural Products Ameliorating Hypertension via Signaling Pathways: A Review
2025, The American journal of Chinese medicine
DOI:10.1142/S0192415X2550051X
PMID:40626404
|
综述 | 本文综述了2019-2024年间具有降压潜力的植物源天然产物及其通过信号通路改善高血压的作用机制 | 系统评估了70种具有降压活性的天然产物,并按黄酮类、萜类、生物碱和植物提取物进行分类,提出未来应优先研究兼具抗氧化/抗炎双重特性的天然产物 | 仅涵盖2019-2024年间的文献,未包括更早期的研究,且为综述性分析而非原始实验研究 | 评估植物源天然产物通过信号通路改善高血压的治疗潜力 | 70种植物源天然产物,包括20种黄酮类、24种萜类、17种生物碱和9种植物提取物 | 药理学 | 心血管疾病 | 文献检索分析 | NA | 文献数据 | 70种天然产物 | NA | NA | NA | 医药 |
| 429 | 2025-10-05 |
In Vivo Multicellular Feedback Control in Synthetic Microbial Consortia
2025-Jul-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00862
PMID:40499137
|
研究论文 | 本文提出了一种能够在合成微生物群落中实现稳定精确基因表达调控的生物分子控制架构 | 通过两个菌株间的分布式多细胞反馈回路实现分工合作,突破了传统单细胞生物分子控制的局限性 | NA | 开发能够保证基因表达稳定精确调控的生物分子控制架构 | 合成微生物群落中的两个细胞群体 | 合成生物学 | NA | 生物分子工程 | NA | 实验数据 | NA | NA | 微生物 | 分布式多细胞反馈回路 | 工业生物技术 |
| 430 | 2025-10-05 |
Investigating the Potential of Division of Labor in Synthetic Bacterial Communities for the Production of Violacein
2025-Jul-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00120
PMID:40525226
|
研究论文 | 本研究探索了在合成细菌群落中采用分工策略提高紫色杆菌素产量的潜力 | 通过将紫色杆菌素生物合成途径拆分到两个大肠杆菌亚群中,实现了2.5倍的产量提升 | 需要两个亚群具有相似的代谢负担水平和足够高的比例才能发挥优势 | 研究分工策略在合成微生物群落中提高代谢产物产量的效果 | 合成细菌群落和紫色杆菌素生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 代谢工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 大肠杆菌 | 代谢途径分工设计,将紫色杆菌素合成途径拆分为VioABE和VioDC两个模块 | 工业生物技术, 医药 |
| 431 | 2025-10-05 |
Strategy for Generating Giant Unilamellar Vesicles with Tunable Size Using the Modified cDICE Method
2025-Jul-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00026
PMID:40536055
|
研究论文 | 本研究通过改进的连续液滴界面交叉封装方法,开发了一种可调控尺寸的巨型单层囊泡生成策略 | 通过系统调控腔室旋转时间、角频率和内溶液密度等关键参数,实现了对巨型单层囊泡尺寸分布的精确控制 | NA | 优化巨型单层囊泡的尺寸分布控制,为人工细胞构建提供技术支持 | 水包油乳液液滴生成的巨型单层囊泡 | 合成生物学 | NA | 改进的连续液滴界面交叉封装方法 | 物理模型 | 实验数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 432 | 2025-10-05 |
Engineered Membrane Vesicle Production via oprF or oprI Deletion Has Distinct Phenotypic Effects in Pseudomonas putida
2025-Jul-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00171
PMID:40607986
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研究论文 | 本研究通过删除oprF或oprI基因在恶臭假单胞菌中诱导高囊泡化,评估了不同基因工程策略对膜囊泡产量和菌株表型的影响 | 首次系统比较oprF和oprI基因缺失在恶臭假单胞菌中产生的高囊泡化表型差异,并发现plsB过表达可改善膜完整性 | 研究仅限于恶臭假单胞菌KT2440平台,未在其他细菌系统中验证 | 开发用于工业生物过程的膜囊泡合成生物学工具 | 恶臭假单胞菌KT2440及其膜囊泡 | 合成生物学 | NA | 基因敲除、膜囊泡分析 | NA | 生物学实验数据 | 恶臭假单胞菌野生型和基因工程菌株 | 基因敲除 | 恶臭假单胞菌 | 高囊泡化表型工程 | 工业生物技术 |
| 433 | 2025-10-05 |
Innovation in Swine Nutrition in China over the Past Decade
2025-Jun-24, The Journal of nutrition
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.tjnut.2025.06.009
PMID:40571101
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综述 | 系统回顾中国过去十年在猪营养领域的研究进展与创新策略 | 首次系统总结中国现代化猪营养标准体系,提出低碳高效国际化生产模式及精准饲喂等针对性解决方案 | NA | 应对猪产业面临的饲料短缺、肉质下降、抗生素滥用等挑战,推动可持续畜牧业发展 | 猪营养标准、饲料质量控制、养殖环境管理 | NA | NA | 合成生物学、分子技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 434 | 2025-10-05 |
From consultors to collaborators - An SOP for advancing ethics engagement in science
2025-Dec, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2025.06.006
PMID:40689230
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研究论文 | 提出一种结构化标准操作程序,用于系统地将伦理学融入科学研究过程 | 开发了分阶段的标准操作程序框架,将伦理学从外部咨询角色转变为科学探究核心的协作伙伴 | NA | 解决合成生物学等领域的伦理关切,促进伦理学在科学研究中的系统整合 | 早期职业研究人员和伦理学家 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医疗保健, 可持续性, 食品生产 |
| 435 | 2025-10-05 |
Construction and phenotypic classification of synthetic dual-pole Escherichia coli cells
2025-Jul-20, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08495-w
PMID:40684034
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研究论文 | 本研究构建了能够实现双极定位的合成大肠杆菌细胞,并开发了基于神经网络的表型分类方法 | 首次设计出能够在E. coli中实现两个不同支架蛋白在相对极定位的第二代合成遗传电路,并整合了PodJ片段和SpmX作为PopZ的直接嵌合体 | NA | 开发合成生物学工具包以实现可编程细胞分化 | 合成双极大肠杆菌细胞 | 合成生物学 | NA | 合成生物学工程、神经网络分类 | 神经网络 | 细胞图像 | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | E. coli | 双极定位遗传电路,包含PodJ支架蛋白和PopZ-SpmX嵌合体 | 工业生物技术 |
| 436 | 2025-10-05 |
A quorum sensing-controlled type I CRISPRi toolkit for dynamically regulating metabolic flux
2025-Jul-19, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf693
PMID:40682826
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研究论文 | 开发了一种群体感应控制的I型CRISPRi工具包,用于动态调控代谢通量 | 首次将群体感应系统与I型CRISPR干扰技术整合,实现细胞密度响应的动态基因调控 | NA | 开发动态代谢调控工具以促进可持续生物制造 | 枯草芽孢杆菌的代谢工程改造 | 合成生物学 | NA | CRISPR干扰、群体感应、代谢工程 | NA | NA | NA | CRISPRi, QS系统 | 枯草芽孢杆菌 | 群体感应控制的CRISPR干扰系统,用于动态调控代谢通路 | 工业生物技术 |
| 437 | 2025-10-05 |
Quantum bioelectrochemical (QBIOL) software based on point stochastic processes
2025-Jul-19, Communications chemistry
IF:5.9Q1
DOI:10.1038/s42004-025-01603-1
PMID:40683983
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研究论文 | 开发了基于点随机过程的量子生物电化学软件QBIOL,用于模拟生物电化学过程中的随机电子转移 | 首次整合分子动力学、应用数学、GPU编程和量子电荷传输,能够在皮秒到分钟时间尺度上模拟随机分子运动和电子转移 | NA | 解决当前模拟方法无法同时捕捉分子运动随机性和电子转移的问题 | 电极附着氧化还原标记DNA和纳米限制氧化还原物种产生的电流 | 计算生物学 | NA | 分子动力学、量子电荷传输、GPU编程 | 点随机过程模型 | 实验电流数据、电激励波形数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、医疗保健、催化、生物传感 |
| 438 | 2025-10-05 |
Engineering bi-directional chemically-modulated synthetic condensates for cellular control
2025-Jul-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61877-w
PMID:40675979
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研究论文 | 开发了一种名为ARDrop的化学遗传平台,通过工程化雄激素受体及其药物实现生物分子凝聚物的可逆调控 | 首次利用雄激素受体和临床药物构建了能够双向化学调控合成凝聚物的平台,实现了凝聚物的形成与溶解的可逆控制 | 未明确说明该平台在所有蛋白质类型中的普适性及长期稳定性的具体数据 | 开发精确操控相分离凝聚物的工具,为合成生物学应用设计工程化凝聚物 | 雄激素受体(AR)及其配体药物,多种蛋白质的相分离行为 | 合成生物学 | NA | 理性工程方法,化学遗传平台 | NA | NA | NA | ARDrop平台 | 哺乳动物细胞 | 双向化学调控合成凝聚物系统,具有稳定液体样性质的相分离模块 | 医学, 合成生物学 |
| 439 | 2025-10-05 |
Iterative deep learning design of human enhancers exploits condensed sequence grammar to achieve cell-type specificity
2025-Jul-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101302
PMID:40472848
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研究论文 | 本研究应用迭代深度学习设计具有细胞类型特异性的人类合成增强子 | 采用迭代深度学习策略设计合成增强子,在两种人类细胞系中实现强差异活性,并通过单细胞水平验证增强子活性与转录因子表达的相关性 | NA | 解决合成生物学中如何实现细胞类型特异性基因表达靶向的重要问题 | 人类合成增强子序列 | 机器学习 | NA | 深度学习,染色质可及性分析,转录因子结合位点分析,扰动实验 | 深度学习模型 | 基因组序列数据,增强子活性测量数据,染色质可及性数据 | NA | NA | 人类细胞系 | 合成增强子设计,具有细胞类型特异性调控功能 | 医学,合成生物学 |
| 440 | 2025-10-05 |
Synthetic Biology-Based Strategy for Nanomedicine Design
2025-Jul, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401969
PMID:40025899
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综述 | 介绍合成生物学纳米医学的基本概念及其与传统和仿生纳米医学的区别,综述合成生物学在纳米医学中的应用进展 | 提出合成生物学纳米医学新概念,采用基因工程策略设计纳米药物,融合自上而下和自下而上两种策略 | NA | 探讨合成生物学与纳米医学的融合及其在疾病诊断和治疗中的应用潜力 | 合成生物学纳米药物 | 合成生物学 | NA | 基因工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |