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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2025-11-22 |
An efficient system for plastid transformation in an edible medicinal herb
2025-Nov-20, Transgenic research
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s11248-025-00469-2
PMID:41266676
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研究论文 | 本文开发了一种针对药用植物龙葵的高效质体转化系统 | 首次为茄科重要药用植物龙葵建立了稳定可靠的质体转化体系,突破了质体转化技术主要局限于烟草等少数植物的限制 | NA | 开发适用于龙葵的质体转化技术,拓展质体工程在药用植物研究中的应用 | 龙葵(Solanum nigrum)植物叶片外植体 | 合成生物学 | NA | 质体转化、基因枪轰击、PCR、Southern印迹、共聚焦激光扫描显微镜 | NA | 分子生物学数据、荧光成像数据 | NA | 基因枪 | 龙葵 | 质体转化载体,包含壮观霉素抗性基因(aadA)和绿色荧光蛋白报告基因(gfp),整合于trnfM和trnG基因之间 | 医药、农业 |
| 482 | 2025-11-22 |
Enhancing Escherichia coli production of material proteins using circular mRNAs
2025-Nov-19, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.01579-25
PMID:41055377
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研究论文 | 本研究开发了一种环状mRNA表达系统,用于提高大肠杆菌中材料蛋白的产量 | 利用自切割核酶构建环状mRNA结构,结合绝缘RNA环提高蛋白翻译效率,显著增强重复序列蛋白的表达稳定性 | NA | 解决高分子量重复序列蛋白在微生物宿主中表达不稳定和产量低的问题 | 材料蛋白(包括蛛丝蛋白、肌联蛋白重复序列、贻贝足蛋白寡聚体和丝蛋白-淀粉样重复序列) | 合成生物学 | NA | 环状mRNA技术,逆转录DNA扩增测序 | NA | 蛋白质表达数据,质粒稳定性数据 | 多种材料蛋白(包括96-mer重复的牵引丝蛋白等) | 自切割核酶,绝缘RNA环 | 大肠杆菌 | 环状mRNA表达系统 | 工业生物技术,材料 |
| 483 | 2025-11-22 |
Illuminating the dark majority: photobiology of nonphotosynthetic bacteria
2025-Nov, Photochemical & photobiological sciences : Official journal of the European Photochemistry Association and the European Society for Photobiology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s43630-025-00789-6
PMID:41114917
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综述 | 综述非光合细菌的光生物学研究,揭示其通过光感受器介导的膜电位调节、应激反应和趋光性等生理过程 | 首次系统阐述非光合细菌利用光作为环境信号的分子机制,打破传统认为光仅与光合作用相关的认知局限 | 主要基于现有研究综述,缺乏原始实验数据支持 | 阐明非光合细菌的光感应机制及其生物学意义 | 非光合细菌及其光感受器系统 | 微生物学 | NA | NA | NA | 文献数据 | NA | NA | NA | NA | 抗菌治疗, 合成生物学, 环境生物技术 |
| 484 | 2025-11-22 |
A modular high-throughput approach for advancing synthetic biology in the chloroplast of Chlamydomonas
2025-Nov, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-025-02126-2
PMID:41184475
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研究论文 | 本研究建立了莱茵衣藻作为叶绿体合成生物学的原型平台,开发了高通量自动化工作流程和标准化遗传元件 | 建立了首个叶绿体合成生物学高通量原型平台,开发了自动化工作流程可并行处理数千个转基因株系,并扩展了选择标记和调控元件的工具箱 | 研究主要基于模式生物莱茵衣藻,在高等植物中的直接应用仍需进一步验证 | 推进叶绿体合成生物学发展,克服叶绿体工程中遗传工具稀缺和通量低的限制 | 莱茵衣藻叶绿体 | 合成生物学 | NA | 分子克隆、自动化工作流程、转基因技术 | NA | 生物分子数据、表型数据 | 数千个转基因株系,140多个调控元件 | Gibson Assembly, 分子克隆标准 | Chlamydomonas reinhardtii(莱茵衣藻) | 合成光呼吸途径、启动子设计库、调控元件 | 农业, 能源, 环境 |
| 485 | 2025-11-22 |
SpatialPPIv2: Enhancing protein-protein interaction prediction through graph neural networks with protein language models
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.01.022
PMID:41255828
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研究论文 | 提出了一种基于图神经网络和蛋白质语言模型的蛋白质-蛋白质相互作用预测方法SpatialPPIv2 | 不再依赖蛋白质结构预测算法,能够独立预测蛋白质相互作用,结合大型语言模型和图注意力网络 | NA | 提高蛋白质-蛋白质相互作用预测的特异性和鲁棒性 | 蛋白质-蛋白质相互作用 | 生物信息学 | NA | 图神经网络,蛋白质语言模型 | 图注意力网络 | 蛋白质序列和结构数据 | PINDER数据集(包含RCSB PDB和AlphaFold数据库的相互作用数据) | NA | NA | NA | 药物发现,合成生物学 |
| 486 | 2025-11-21 |
Microbial Remediation of Agrochemical-Contaminated Soils: Enzymatic Mechanisms, Quorum Sensing, and Emerging Opportunities
2025-Nov-19, Integrated environmental assessment and management
IF:3.0Q2
DOI:10.1093/inteam/vjaf167
PMID:41259652
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综述 | 本文综述了微生物修复农用化学品污染土壤的酶学机制、群体感应调控及新兴生物修复策略 | 系统整合了酶降解机制与群体感应调控网络,并探讨了合成生物学和人工智能在生物修复中的新兴应用 | 面临土壤异质性、QS信号非生物抑制、酶不稳定性、工程菌株生物安全风险等挑战 | 开发生态友好且可持续的农用化学品污染土壤生物修复方法 | 土壤微生物组及其酶系统 | 环境生物技术 | NA | 酶工程、合成生物学、人工智能建模 | NA | NA | NA | 合成QS电路 | 工程菌株 | 合成群体感应电路、QS生物传感器 | 环境 |
| 487 | 2025-11-21 |
The role of extremophile microbiomes in terraforming Mars
2025-Nov-17, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08973-1
PMID:41249546
|
综述 | 探讨极端微生物在火星地球化改造中的潜在作用及合成生物学应用 | 提出从单一物种研究转向复杂微生物群落协同作用的新视角,强调合成生物学在增强微生物适应性中的应用 | 缺乏对复杂微生物群落相互作用的系统研究,伦理和行星保护问题尚未完全解决 | 探索利用极端微生物实现火星地球化改造的生物策略 | 极端微生物及其群落 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法 | NA | 实验证据 | NA | NA | 极端微生物 | NA | 环境, 太空探索 |
| 488 | 2025-11-21 |
Design and pharmacodynamic study of live biotherapeutic products with efficient degradation of branched-chain amino acids
2025-Nov, Bioengineering & translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/btm2.70075
PMID:41244347
|
研究论文 | 本研究利用合成生物学方法设计两种能够高效代谢支链氨基酸的工程菌株,用于治疗支链氨基酸代谢相关疾病 | 成功构建了两种具有不同支链氨基酸代谢途径的工程菌株ECN-Deg和ECN-Tra,并验证了其在体内外的治疗效果 | NA | 开发能够降解或转化过量支链氨基酸的活体生物治疗产品 | 工程改造的大肠杆菌Nissle 1917菌株 | 合成生物学 | 枫糖尿症 | 合成生物学方法 | NA | 体内外实验数据 | 高支链氨基酸小鼠模型 | 代谢途径工程 | 大肠杆菌Nissle 1917 | 支链氨基酸降解代谢模块和转化代谢模块 | 医药 |
| 489 | 2025-11-20 |
Engineered microbial sensors: providing a new paradigm for disease detection
2025-Nov-19, Journal of materials chemistry. B
DOI:10.1039/d5tb01468a
PMID:41114525
|
综述 | 本文系统阐述了工程微生物传感器在疾病检测中的设计原理、研究进展和应用前景 | 提出了工程微生物传感器作为疾病检测新范式,总结了最新的封装策略和临床转化潜力 | 存在生物安全问题、信号稳定性问题以及缺乏标准化临床评估方案 | 探讨工程微生物传感器在疾病检测领域的设计原理和应用进展 | 工程微生物传感器及其封装策略 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, BioBrick, iGEM | 微生物 | 生物传感器、逻辑门 | 医学 |
| 490 | 2025-11-20 |
Development of a modified RNA circularization system to improve circRNA-based protein expression in mammalian cells
2025-Nov-17, RNA (New York, N.Y.)
DOI:10.1261/rna.080733.125
PMID:40935594
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研究论文 | 开发了一种改进的RNA环化系统,通过优化IRES与CMV启动子间距显著提高哺乳动物细胞中circRNA的蛋白表达效率 | 揭示了HRV-B3 IRES在哺乳动物细胞中的双重调控作用,并整合HIV-1 LTR截短体和WPRE元件增强转录效率 | 未明确说明改进系统对超大型RNA插入片段的环化效率提升程度 | 提高circRNA在哺乳动物细胞中的环化效率和蛋白表达水平 | circRNA环化系统和哺乳动物细胞 | 合成生物学 | NA | RNA环化技术 | NA | 分子生物学数据 | NA | Tornado系统 | 哺乳动物细胞 | 改进的RNA环化系统,包含HRV-B3 IRES、HIV-1 LTR截短体和WPRE调控元件 | 医学 |
| 491 | 2025-11-20 |
Engineering Bacteria as Living Therapeutics in Cancer Therapy
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202507820
PMID:40878391
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综述 | 本文综述了利用合成生物学技术改造细菌作为活体疗法在癌症治疗中的应用 | 将工程化细菌重新定位为能够靶向肿瘤、调节肿瘤微环境和释放抗癌药物的活体治疗剂 | NA | 探讨工程细菌在癌症治疗中的潜力和挑战 | 工程化细菌作为活体治疗剂 | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 肿瘤靶向、肿瘤微环境调节和抗癌药物释放的遗传回路 | 医学 |
| 492 | 2025-11-19 |
In silico evolutionary origin, structural properties, molecular docking, following expression analysis of the nitrate transporters in maize to explore their roles in abiotic stress tolerance
2025-Nov, Physiology and molecular biology of plants : an international journal of functional plant biology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s12298-025-01669-0
PMID:41245216
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研究论文 | 通过生物信息学分析和实验验证研究玉米硝酸盐转运蛋白的进化起源、结构特性及其在非生物胁迫耐受中的作用 | 首次系统分析玉米硝酸盐转运蛋白的进化起源、结构特性,并通过分子对接和表达分析揭示其在热胁迫、盐胁迫和干旱胁迫中的功能 | 研究主要基于生物信息学预测,实验验证相对有限,需要更多功能验证实验 | 探索玉米硝酸盐转运蛋白在养分平衡、氮积累和非生物胁迫耐受中的关键作用 | 玉米硝酸盐转运蛋白家族成员 | 生物信息学 | NA | 系统发育分析、分子对接、qRT-PCR、RNA-Seq、亚细胞定位 | NA | 基因组数据、表达数据、蛋白质结构数据 | 83个转运蛋白 | GFP标记、合成生物学方法 | 玉米 | 基于NRT的遗传回路,用于改善氮吸收、转运、动员和积累 | 农业 |
| 493 | 2025-11-19 |
Reprogramming encapsulins into modular carbon-fixing nanocompartments
2025-Oct-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65307-9
PMID:41168233
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研究论文 | 本研究开发了一种基于封装蛋白纳米隔室的模块化固碳系统,为在C3作物中引入二氧化碳浓缩机制提供了新方法 | 利用来自嗜热拟杆菌的封装蛋白纳米隔室,通过融合短肽实现多种Rubisco同工型的靶向封装,建立了植物兼容的合成羧酶体模拟系统 | 碳酸酐酶尚未整合到系统中 | 开发模块化固碳纳米隔室系统以增强作物光合效率 | 封装蛋白纳米隔室和Rubisco酶 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程、纳米隔室技术 | NA | 实验数据 | NA | 蛋白质融合技术 | 嗜热拟杆菌 | 固碳纳米隔室系统、合成羧酶体模拟 | 农业 |
| 494 | 2025-11-18 |
Harnessing CRISPR-Cas9 for Lactobacillus improvement in silage production: current knowledge and future perspectives
2025-Nov-15, Journal of animal science and biotechnology
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s40104-025-01282-x
PMID:41239469
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综述 | 系统回顾CRISPR-Cas9基因编辑技术在乳酸杆菌改良及其在青贮饲料生产中应用的现状与前景 | 首次系统探讨如何利用CRISPR-Cas9技术定向优化乳酸杆菌特性以开发新一代青贮微生物接种剂 | 主要基于现有研究进展进行综述,缺乏实际工程化应用的详细验证数据 | 探讨合成生物学技术在青贮饲料乳酸杆菌改良中的应用潜力 | 乳酸杆菌及其在青贮发酵中的功能特性 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | 文献资料 | NA | CRISPR-Cas9 | 乳酸杆菌 | NA | 农业, 工业生物技术 |
| 495 | 2025-11-18 |
Recent advances and perspectives in biosynthesis of paclitaxel: key enzymes and intermediates
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148049
PMID:41043740
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综述 | 本文综述了紫杉醇生物合成的最新进展,重点关注关键酶和中间体的研究 | 强调合成生物学策略在紫杉醇关键中间体生物合成中的新兴趋势 | NA | 探索紫杉醇的可持续生产策略以满足市场需求 | 紫杉醇生物合成途径中的关键酶和中间体 | 合成生物学 | 癌症 | 基因工程、微生物发酵技术、生物信息学 | NA | NA | NA | NA | 异源表达系统 | 紫杉醇生物合成途径 | 医药 |
| 496 | 2025-11-18 |
Innovative approaches in bioremediation: the role of halophilic microorganisms in mitigating hydrocarbons, toxic metals, and microplastics in hypersaline environments
2025-Aug-14, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-025-02817-7
PMID:40804729
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综述 | 本文综述了嗜盐微生物在高盐环境中修复碳氢化合物、有毒金属和微塑料污染的作用及生物技术应用 | 系统探讨了工程化嗜盐微生物在极端环境生物修复中的创新应用,结合基因编辑和合成生物学技术提升污染物降解效率 | 存在基因工程菌株优化难度大、生物安全性保障不足、微生物生态理解不深以及规模化应用成本较高等挑战 | 研究嗜盐微生物在高盐环境污染物生物修复中的应用潜力 | 嗜盐和耐盐微生物及其在高盐环境中的生物修复功能 | 环境生物技术 | NA | 基因编辑、重组DNA技术、组学方法 | NA | NA | NA | 基因编辑, 重组DNA | 嗜盐微生物 | 污染物降解代谢通路 | 环境 |
| 497 | 2025-11-17 |
Synthetic peptide vaccines targeting SVA elicit robust protective immune responses in swine
2025-Dec, Veterinary microbiology
IF:2.4Q1
DOI:10.1016/j.vetmic.2025.110763
PMID:41106188
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研究论文 | 本研究基于合成生物学原理设计合成针对塞内卡病毒A(SVA)的合成肽疫苗,并在猪体内验证其免疫保护效果 | 首次基于SVA衣壳蛋白VP2的B细胞中和表位和荨麻疹病毒F蛋白的辅助T细胞表位设计合成肽疫苗,并筛选出最佳佐剂组合 | 研究样本量有限,未进行大规模田间试验验证疫苗的长期保护效果 | 开发安全有效的塞内卡病毒A(SVA)合成肽疫苗 | 小鼠和猪的免疫反应及保护效果 | 合成生物学 | 猪水疱病 | 固相肽合成(SPPS) | NA | 免疫学数据 | 小鼠和猪的免疫实验样本 | NA | 小鼠,猪 | 基于B细胞中和表位和T细胞表位的合成肽设计 | 兽医学 |
| 498 | 2025-11-17 |
In Vivo and In Vitro Mechanisms of Equol Synthesis and Key Influencing Factors: A Critical Review
2025-Oct-31, Nutrients
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/nu17213449
PMID:41228520
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综述 | 本文系统综述了雌马酚的体内外合成机制、关键影响因素及其潜在分子机制 | 重点探讨了基于合成生物学和基因编辑技术的雌马酚高效体外合成突破路径 | 传统合成技术存在效率低、副产物生成和环境问题等限制因素 | 阐明雌马酚的合成机制及影响因素,推动其高效合成技术发展 | 雌马酚(S-雌马酚和R-雌马酚)及其合成微生物 | 合成生物学 | 更年期症状、衰老、心血管疾病 | 合成生物学、基因编辑技术 | NA | NA | NA | 基因编辑 | 肠道细菌 | NA | 医药 |
| 499 | 2025-11-16 |
M3Site: multiclass multimodal learning for protein active site identification and classification
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf590
PMID:41222559
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研究论文 | 提出一种多模态多类别学习框架M3Site,用于蛋白质活性位点的识别与分类 | 整合蛋白质序列嵌入、结构图表示和功能文本注释进行残基级多类别活性位点预测,采用功能感知交叉注意力模块和自适应加权融合机制 | NA | 开发更准确的蛋白质活性位点识别与分类方法 | 蛋白质活性位点 | 生物信息学 | NA | 蛋白质语言模型、等变图神经网络、生物医学语言模型 | 多模态深度学习框架 | 蛋白质序列、结构图、功能文本注释 | 25,883个蛋白质(来自UniProt和AlphaFold2) | NA | NA | NA | 药物设计、合成生物学 |
| 500 | 2025-11-16 |
Harnessing Lactobacillus-derived SCFAs for food and health: Pathways, genes, and functional implications
2025, Current research in microbial sciences
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.crmicr.2025.100496
PMID:41230178
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综述 | 本文综述了乳酸杆菌产生短链脂肪酸的生物合成能力、代谢工程策略及其在食品与健康领域的应用前景 | 系统评估乳酸杆菌作为短链脂肪酸生产菌的潜力,并整合合成生物学和代谢工程策略提高产量 | 菌株变异性、递送策略和监管障碍限制了临床和食品系统的转化应用 | 探讨乳酸杆菌产生短链脂肪酸的机制及其在健康和食品领域的应用 | 乳酸杆菌及其产生的短链脂肪酸(特别是乙酸盐和乳酸盐) | 合成生物学 | 炎症性疾病、代谢疾病、神经免疫疾病 | CRISPR编辑、共培养优化 | NA | NA | NA | CRISPR | 乳酸杆菌 | 基因回路设计 | 食品, 医药 |