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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2025-10-05 |
CRISPR/dCas-mediated counter-silencing: reprogramming dCas proteins into antagonists of xenogeneic silencers
2025-Jul-09, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00382-25
PMID:40434115
|
研究论文 | 开发了一种基于CRISPR/dCas的反沉默技术,通过重编程dCas蛋白对抗异源沉默蛋白的抑制作用 | 首次利用CRISPR/dCas系统开发反沉默策略,无需启动子工程即可解除异源沉默蛋白的转录抑制 | NA | 开发精确上调异源沉默蛋白靶基因表达的新方法 | 放线菌中的Lsr2样异源沉默蛋白及其靶基因 | 合成生物学 | NA | CRISPR/dCas系统,转录组分析 | NA | 基因组转录组数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 放线菌 | 反沉默基因回路 | 生物技术,合成生物学 |
| 502 | 2025-10-05 |
An artificial intelligence-based approach for identifying the proteins regulating liquid-liquid phase separation
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf313
PMID:40632496
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研究论文 | 本研究开发了一种基于人工智能的方法来识别调控液液相分离的蛋白质 | 使用ESM2预训练蛋白质语言模型提取蛋白质序列语义信息,结合多层感知机分类器,在识别LLPS调控蛋白方面优于传统序列分析方法 | 数据集规模相对有限(913个阳性样本和6584个阴性样本) | 开发准确识别液液相分离调控蛋白的计算方法 | 调控液液相分离的蛋白质 | 机器学习 | NA | 蛋白质语言模型,多层感知机分类器 | ESM2_t36, MLP | 蛋白质序列 | 913个阳性蛋白质序列和6584个阴性蛋白质序列 | NA | NA | NA | 生物技术, 材料科学, 医学, 合成生物学 |
| 503 | 2025-10-05 |
Genomically integrated cassettes swapping: bringing modularity to the strain level in Saccharomyces cerevisiae
2025-Jan-30, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foaf032
PMID:40577080
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研究论文 | 开发了一种在酿酒酵母中实现基因组整合表达盒互换的CRISPR介导系统 | 首次实现了在基因组水平对已整合表达盒进行标准化交换或移除,将模块化原则延伸至菌株水平 | NA | 解决微生物细胞工厂构建过程中表达盒修改的标准化和模块化问题 | 酿酒酵母 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12a, PCR, 流式细胞术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12a | 酿酒酵母 | 基于特定条形码标记的表达盒交换系统,可实现构建体从基因组切除并替换 | 工业生物技术 |
| 504 | 2025-10-05 |
High-yield bioproduction of virus-free virus-like P4-EKORhE multi-lysin transducing particles as an antimicrobial gene therapeutic
2025, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2025.1561443
PMID:40636261
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研究论文 | 构建生物工程化P4-EKORhE病毒样颗粒并开发高产率生产方法,用于递送基因编码抗菌剂 | 开发了极高产率(每毫升高达10个颗粒)的无病毒污染病毒样颗粒生产方法,并利用P4和P2噬菌体病毒学建立生物生产过程 | 仅在纯细菌培养物和与A549永生化人类上皮细胞共培养的噬菌体感染模型中测试了抗菌活性 | 建立高产率无病毒污染的病毒样颗粒生物生产过程,用于抗菌基因治疗 | P4-EKORhE病毒样颗粒和多溶菌素盒抗菌剂 | 合成生物学 | 细菌感染 | 合成生物学、上下游工艺优化 | NA | NA | NA | NA | A549人类上皮细胞 | 多溶菌素盒抗菌基因电路 | 医学 |
| 505 | 2025-10-05 |
Myxobacteria: Versatile cell factories of novel commercial enzymes for bio-manufacturing
2025-Sep, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108594
PMID:40345460
|
综述 | 本文综述了黏细菌作为新型商业酶生产细胞工厂的潜力及其在生物制造中的应用 | 系统阐述了黏细菌这一未被充分开发的微生物资源在工业酶生产中的独特优势和应用前景 | 黏细菌存在遗传工程困难、生长缓慢、代谢改造和表达策略受限等技术挑战 | 探讨黏细菌作为工业细胞工厂的开发潜力和生物制造应用 | 黏细菌及其产生的天然产物和裂解酶 | 工业生物技术 | NA | 生物勘探、计算方法、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 黏细菌 | NA | 农业,工业 |
| 506 | 2025-10-05 |
Cell-Penetrating Peptide-Based Triple Nanocomplex Enables Efficient Nuclear Gene Delivery in Chlamydomonas reinhardtii
2025-Aug, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.29019
PMID:40342143
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研究论文 | 开发了一种基于细胞穿透肽的三重纳米复合物系统,用于实现莱茵衣藻细胞核内基因的高效递送 | 整合细胞穿透肽(CPPs)、核定位信号(NLS)肽和质粒DNA的新型三重纳米复合物系统,能够有效穿透微藻厚细胞壁并实现核内定位 | NA | 开发高效的基因递送系统以推进微藻合成生物学应用 | 莱茵衣藻野生型细胞 | 合成生物学 | NA | 基因递送技术 | NA | 实验数据 | NA | 细胞穿透肽,核定位信号肽 | 莱茵衣藻 | 基因递送系统 | 环境,能源,工业生物技术 |
| 507 | 2025-10-05 |
Research progress in high-throughput DNA synthesis and its applications
2025-Jul-10, Journal of materials chemistry. B
DOI:10.1039/d5tb00869g
PMID:40530447
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综述 | 本文系统回顾了高通量DNA合成技术的发展历程、技术分类及其在多个领域的应用前景 | 首次以微阵列芯片合成技术为分界点对高通量DNA合成技术进行代际划分,并系统比较了三代技术的优劣 | 作为综述文章,主要基于现有文献分析,缺乏原始实验数据验证 | 探讨高通量DNA合成技术的发展现状、技术瓶颈及未来发展方向 | 高通量DNA合成技术及其应用 | 合成生物学 | NA | 光刻法、喷墨法、电化学法、温控合成技术、酶法合成 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生命科学, 医学 |
| 508 | 2025-10-05 |
Magnetic metal-organic frameworks as an antisense delivery platform and their performance in a cell-free protein expression system
2025-Jul-10, Nanoscale
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/d5nr00788g
PMID:40552643
|
研究论文 | 本研究开发了一种磁性金属有机框架作为反义寡核苷酸递送平台,并在无细胞蛋白表达系统中评估其性能 | 开发了具有磁铁矿核心和MIL-100(Fe)外壳的磁性nMOFs,证明其在降解时不抑制蛋白质翻译,并能通过远程磁场控制实现基因表达的精细调控 | 仅使用无细胞蛋白表达系统进行评估,未在完整细胞系统中验证毒性和效果 | 评估磁性金属有机框架作为基因调控递送平台的性能 | 磁性纳米金属有机框架(nMOFs)及其在基因表达调控中的应用 | 合成生物学 | NA | 无细胞蛋白表达系统(CFPS) | NA | 蛋白质表达数据 | NA | NA | 无细胞系统 | 基因表达调控系统 | 生物医学,合成生物学 |
| 509 | 2025-10-05 |
Data-driven synthetic microbes for sustainable future
2025-Jul-07, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-025-00556-4
PMID:40624030
|
观点文章 | 提出数据驱动合成微生物(DDSM)作为应对环境危机的生物技术解决方案 | 整合组学、机器学习和系统生物学设计工程微生物的创新方法 | NA | 开发可持续且可扩展的生物技术解决方案应对环境挑战 | 工程微生物 | 合成生物学 | NA | 组学技术, 机器学习, 系统生物学 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | NA | 环境, 工业生物技术 |
| 510 | 2025-10-05 |
Research progress and development prospects of microbial synthesis of ergothioneine
2025-May-26, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-025-04415-6
PMID:40415044
|
综述 | 系统综述微生物合成麦角硫因的研究进展与发展前景 | 系统整合麦角硫因应用、代谢途径和微生物合成策略,展望未来研究方向 | NA | 提升麦角硫因生物合成效率以满足市场需求 | 麦角硫因的微生物合成 | 合成生物学 | NA | 基因工程、发酵优化 | NA | NA | NA | NA | 微生物底盘细胞 | 麦角硫因代谢途径 | 食品, 制药, 化妆品 |
| 511 | 2025-10-05 |
Molecular mechanisms and applications of natural transformation in bacteria
2025, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2025.1578813
PMID:40630188
|
综述 | 本文系统概述了细菌自然转化的分子机制及其在基因编辑中的应用 | 全面比较了革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的自然转化机制,并深入探讨了其在合成生物学中的新兴应用 | NA | 阐明细菌自然转化的基本原理以增强其生物技术应用 | 细菌自然转化过程及其分子机制 | 合成生物学 | NA | 自然转化 | NA | NA | NA | 自然转化 | 革兰氏阳性菌, 革兰氏阴性菌 | NA | 工业生物技术 |
| 512 | 2025-10-05 |
Magnesium-Free Assembly of Cationic Peptide/DNA Nanostructures with Defined Geometries for Anticancer Drug Delivery
2025-Jul-09, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.5c07816
PMID:40560802
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研究论文 | 本研究开发了一种无镁离子条件下通过阳离子肽组装DNA纳米结构的新方法,用于抗癌药物递送 | 采用RGD-TAT阳离子肽替代传统镁离子促进DNA纳米结构自组装,提高了结构稳定性和靶向递送效率 | 仅在免疫缺陷小鼠肿瘤模型中验证,缺乏其他动物模型验证 | 开发新型DNA纳米结构药物递送系统以提高抗癌治疗效果 | DNA纳米结构、阳离子肽、抗癌药物(多柔比星和KRAS siRNA) | 合成生物学 | 癌症 | DNA纳米技术、肽自组装 | NA | 实验数据 | 免疫缺陷小鼠肿瘤模型 | NA | NA | DNA纳米管结构 | 医药 |
| 513 | 2025-10-05 |
Application of Sensor Based on Circularly Permuted Fluorescent Protein in Molecular Biology, Metabolism, and Cellular Imaging
2025-Jul, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.70071
PMID:40630016
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综述 | 本文综述了基于环状置换荧光蛋白的传感器在分子生物学、代谢和细胞成像中的应用 | 系统总结了环状置换荧光蛋白通过改变末端相对位置来增强环境信号敏感度的创新传感机制 | NA | 总结环状置换荧光蛋白传感器的形成机制、结构优化及生物医学应用 | 环状置换荧光蛋白及其传感器 | 分子生物学 | NA | 环状置换技术、荧光成像 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生物医学、合成生物学 |
| 514 | 2025-10-05 |
Microbial production of torulene and its potential applications: a review
2025-Jul, Food science and biotechnology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s10068-024-01780-0
PMID:40492047
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综述 | 本文综述了圆红酵母素(torulene)的微生物生产策略、生物特性及其在食品、化妆品和医药领域的应用潜力 | 系统总结了通过上游和下游工艺提高圆红酵母素产量的策略,并探讨了其在多领域的应用前景 | 圆红酵母素研究仍有限,商业化潜力尚未充分开发,微生物生产面临技术挑战 | 评估圆红酵母素的微生物生产方法和应用前景 | 圆红酵母素及其生产菌株(红酵母) | 工业生物技术 | NA | 系统生物学、合成生物学 | NA | 文献数据 | NA | NA | 红酵母 | NA | 食品,化妆品,医药 |
| 515 | 2025-10-05 |
A roadmap to understanding and anticipating microbial gene transfer in soil communities
2025-Jun-25, Microbiology and molecular biology reviews : MMBR
IF:8.0Q1
DOI:10.1128/mmbr.00225-24
PMID:40197024
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综述 | 提出理解土壤微生物群落中基因转移过程的路线图,以评估合成生物学技术应用时的生物安全风险 | 首次系统阐述土壤微生物基因转移的知识缺口,提出建立土壤标准体系和利用新兴技术测量基因转移宿主范围的新策略 | 目前无法预测土壤中基因转移频率,土壤复杂异质性增加了评估难度 | 提高对土壤微生物群落基因转移过程的理解,设计更安全的生物技术 | 土壤微生物群落和工程微生物 | 合成生物学 | NA | 基因转移测量技术 | 群落尺度环境特异性模型 | NA | 多种土壤类型 | 合成DNA | 环境微生物 | 生物防护措施 | 环境, 农业, 能源 |
| 516 | 2025-10-05 |
FoldMark: Safeguarding Protein Structure Generative Models with Distributional and Evolutionary Watermarking
2025-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.23.619960
PMID:39554012
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研究论文 | 提出一种名为FoldMark的蛋白质结构生成模型水印策略,用于保护AI驱动的蛋白质研究安全 | 首个利用分布和进化原理的蛋白质生成模型水印策略,平衡水印容量和结构质量 | NA | 开发蛋白质生成模型的安全保护方法,防止恶意使用 | 蛋白质结构生成模型 | 计算生物学 | NA | 分布和进化水印技术 | AlphaFold3, ESMFold, RFDiffusion, RFDiffusionAA | 蛋白质结构数据 | NA | CRISPR-Cas13 | NA | NA | 生物安全, 药物发现, 合成生物学 |
| 517 | 2025-10-05 |
Emerging ultrafast technologies in biotechnology
2025-May, 3 Biotech
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s13205-025-04309-2
PMID:40292246
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综述 | 本综述探讨超快技术在生物技术中的变革性应用,重点关注其实时可视化和精确操控生物分子过程的能力 | 整合飞秒激光与阿秒光谱技术实现基因编辑精确定位和电子动力学观测,结合人工智能与纳米技术推动诊断和合成生物学发展 | 存在光损伤风险、与复杂生物系统整合困难及伦理考量等挑战 | 探索超快技术在生物分子过程研究和医疗应用中的潜力 | 生物分子过程(蛋白质折叠、酶催化、能量转移)、细胞动力学、基因编辑系统 | 生物技术 | 错误折叠疾病 | 飞秒激光、超快光谱、阿秒光谱、泵浦-探测显微镜、相干反斯托克斯拉曼散射 | NA | 光谱数据、显微图像 | NA | CRISPR | NA | NA | 医学、合成生物学 |
| 518 | 2025-10-05 |
A comprehensive review on electrically modulated transport of soft, multiphase systems in microflow: Perspectives on drops and vesicles
2025-May, Biomicrofluidics
IF:2.6Q2
DOI:10.1063/5.0254950
PMID:40488123
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综述 | 系统回顾电场调控微流控系统中软物质多相体系(液滴和囊泡)输运行为的研究进展 | 深入分析囊泡双层脂膜特有的膜张力与弯曲刚度等动力学特性对电流体动力学行为的独特影响 | NA | 研究电场调控下软物质多相体系在微流控系统中的输运动力学 | 液滴和囊泡等软物质多相体系 | 微流控技术 | NA | 高精度成像、微操作、计算建模 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 药物递送、合成生物学、材料制造、芯片实验室、生物分析工具 |
| 519 | 2025-10-05 |
Prevention of ribozyme catalysis through cDNA synthesis enables accurate RT-qPCR measurements of context-dependent ribozyme activity
2025-Apr-16, RNA (New York, N.Y.)
DOI:10.1261/rna.080243.124
PMID:40050070
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研究论文 | 开发了一种通过抑制核酶催化作用来准确测量环境依赖性核酶活性的RT-qPCR方法 | 在样品制备流程中引入寡核苷酸抑制剂来防止RNA提取和逆转录过程中的核酶切割,从而恢复RT-qPCR测量的准确性 | 方法主要针对已知体外环境依赖性切割的自切割RNA进行验证,在其他核酶类型中的适用性需进一步验证 | 开发能够准确测量不同环境中核酶活性的方法 | 自切割核酶 | 合成生物学 | NA | RT-qPCR, RNA提取, 逆转录 | NA | RNA, DNA | NA | NA | NA | 自切割核酶 | 合成生物学, 生物制造, 核酸治疗 |
| 520 | 2025-10-05 |
Examining interactions of animal cells with chloroplasts and their light-induced responses in in vitro cell culture systems
2025-04-12, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151622
PMID:40117974
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研究论文 | 本研究通过体外实验系统探究动物细胞与叶绿体的相互作用及其光诱导反应 | 首次系统比较人类癌细胞、小鼠巨噬细胞和天然含叶绿体海蛞蝓细胞与叶绿体的相互作用模式 | 仅使用特定细胞系进行研究,未涵盖更广泛的动物细胞类型 | 探究动物细胞与叶绿体相互作用的机制及光诱导反应 | 人类宫颈癌HeLa细胞、小鼠巨噬样J774.1细胞和Elysia marginata海蛞蝓分离细胞 | 合成生物学 | NA | 体外细胞培养、叶绿体共孵育、光照射实验 | NA | 细胞行为观察、细胞死亡率、活性氧检测 | 三种不同类型细胞系(HeLa、J774.1、E. marginata分离细胞) | NA | 人类细胞, 小鼠细胞, 海蛞蝓细胞 | NA | 医学, 基础研究 |