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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 541 | 2025-10-05 |
Catalytic Residue Reprogramming Enhances Enzyme Activity at Alkaline pH via Phenolate-Mediated Proton Transfer
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00379
PMID:40891340
|
研究论文 | 提出一种通过催化残基重编程增强酶在碱性pH下活性的工程策略 | 将保守的催化残基替换为更高pKa的可电离残基,实现从羧酸盐介导到酚盐介导的质子转移机制转变 | NA | 开发在极端pH条件下保持高效酶催化活性的方法 | TEM β-内酰胺酶及其工程变体 | 合成生物学 | NA | 理性设计、定向进化、分子动力学模拟 | NA | 动力学数据、模拟数据 | NA | 定向进化 | 大肠杆菌 | NA | 工业生物催化, 环境生物催化 |
| 542 | 2025-10-05 |
Engineering Nicotinamide Adenine Dinucleotide Oxidase for Regeneration of Oxidized Non-natural Cofactor
2025-Sep-12, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.202500254
PMID:40400447
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研究论文 | 本研究通过工程化改造NADH氧化酶,实现了非天然辅因子NCDH向NCD的高效转化 | 首次开发了能够高效氧化非天然辅因子NCDH的工程化酶,解决了氧化反应中NCD生成的技术瓶颈 | NA | 开发非天然辅因子NCD的再生工具,拓展合成生物学中氧化还原反应的应用能力 | NADH氧化酶及其突变体、非天然辅因子NCD/NCDH | 合成生物学 | NA | 酶工程、分子对接分析 | NA | 酶活性数据、分子对接模拟数据 | NA | 酶定向进化 | 大肠杆菌Escherichia coli BW14329 | NCDH氧化再生系统,与磷酸脱氢酶偶联的代谢通路 | 工业生物技术, 化学生物学 |
| 543 | 2025-10-05 |
Metagenomic analysis of metal(loid)s resistance genes and its environmental applications
2025, Advances in applied microbiology
DOI:10.1016/bs.aambs.2025.08.001
PMID:40992856
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研究论文 | 通过宏基因组分析探讨金属(类)抗性基因及其在环境修复中的应用 | 采用宏基因组方法系统探索微生物金属抗性基因的功能多样性和作用机制 | NA | 研究微生物金属抗性基因的机制及其环境应用价值 | 微生物金属抗性基因及其代谢产物 | 环境微生物学 | NA | 宏基因组分析 | NA | 宏基因组数据 | NA | NA | 细菌 | NA | 环境 |
| 544 | 2025-10-05 |
Bacterial exopolysaccharides and live biotherapeutics: Orchestrating immune modulation and therapeutic potential in the gut microbiome era
2025-Oct, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2025.118510
PMID:40902409
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综述 | 本文综述了肠道微生物产生的胞外多糖在免疫调节中的关键作用及其治疗潜力 | 重点关注肠道共生菌和益生菌产生的免疫调节性胞外多糖,提出了通过合成生物学设计下一代免疫疗法的路线图 | 存在结构-功能知识空白,在连接特定结构基序与可预测免疫结果方面存在挑战,规模化生产方法仍需改进 | 探讨细菌胞外多糖的免疫调节功能及其在肠道微生物组时代的治疗应用 | 肠道共生菌和益生菌产生的微生物胞外多糖 | 合成生物学 | 免疫相关疾病 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 肠道共生菌, 益生菌 | 定制化胞外多糖原位生产系统 | 医学 |
| 545 | 2025-10-05 |
Engineering and Functional Expression of the Type III Secretion System in Xenorhabdus: Enhancing Insecticidal Efficacy and Expanding T3SE Libraries
2025-Sep-24, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c08269
PMID:40928961
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研究论文 | 本研究通过合成生物学方法在昆虫病原线虫共生细菌中构建并功能表达了III型分泌系统,显著增强了其杀虫效果 | 首次使用Red/ET重组工程技术克隆完整32-kb T3SS基因簇并在T3SS缺陷菌株中实现功能性表达,发现新型效应蛋白XopA | 研究主要基于实验室模型,尚未在真实田间环境中验证工程菌株的实际应用效果 | 通过合成生物学方法增强昆虫病原细菌的杀虫能力并扩展T3SS效应蛋白库 | 昆虫病原线虫共生细菌Xenorhabdus spp.及其III型分泌系统 | 合成生物学 | 昆虫病害控制 | Red/ET重组工程, 基因克隆, 异源表达 | NA | 分子生物学数据, 细胞实验数据, 生物测定数据 | CF-203细胞系和昆虫模型 | Red/ET recombineering | Xenorhabdus | 完整的32-kb III型分泌系统基因簇,包含新型效应蛋白XopA的递送机制 | 农业, 生物防治 |
| 546 | 2025-10-05 |
On-Demand Nanoliter Delivering Platform via Electrical-Activated Microdroplet Assembling
2025-Sep-24, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.5c02928
PMID:40929287
|
研究论文 | 开发了一种通过电激活微滴组装实现按需纳升级试剂输送的平台 | 将电传感、触发式液滴融合和被动分选集成在单一连续流中,实现基于阻抗检测的选择性液滴融合 | NA | 开发高精度纳升级试剂输送平台 | 微滴和细菌样品 | 微流控技术 | NA | 阻抗检测、电聚结融合、流体动力学分选 | NA | 电信号数据 | 每分钟超过6000个事件 | NA | 细菌 | NA | 药物发现,合成生物学,单细胞分析 |
| 547 | 2025-10-05 |
Mathematical models and computational approaches in CAR-T therapeutics
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1581210
PMID:40821789
|
综述 | 探讨数学模型和计算方法在CAR-T细胞疗法中的应用与优化 | 提出整合数学模型与计算技术的综合框架,以提升CAR-T疗法设计并预测临床效果 | 现有模型时空分辨率有限,影响疗法安全性及成本效益,尤其针对实体瘤 | 通过计算手段优化CAR-T疗法设计并预测治疗效果 | CAR-T细胞动力学及抗原结合机制 | 计算生物学 | 癌症 | 数学模型与计算模拟 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | T细胞 | CAR(嵌合抗原受体)工程化改造 | 医学 |
| 548 | 2025-10-05 |
Integrative strategies against multidrug-resistant bacteria: Synthesizing novel antimicrobial frontiers for global health
2025-Nov, Microbial pathogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.micpath.2025.108018
PMID:40914328
|
综述 | 本文综述了对抗多重耐药菌的综合策略,包括新型抗菌方法的研究进展和协同治疗潜力 | 提出了结合病原体靶向和宿主导向策略的多层次治疗范式,探讨了多种新型抗菌方法的协同应用 | 存在生产规模化、监管审批、安全性和临床疗效验证等方面的挑战 | 评估各种治疗方法对抗多重耐药菌的协同潜力,重新思考未来抗菌药物管理 | 多重耐药细菌及其感染治疗策略 | NA | 传染病 | CRISPR-Cas系统、纳米技术、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas | NA | NA | 医学 |
| 549 | 2025-10-05 |
Recent advances in microbially derived chlorinated antiparasitic compounds
2025-Oct, Molecular diversity
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s11030-024-11018-0
PMID:39476277
|
综述 | 系统回顾微生物来源的氯化抗寄生虫化合物研究进展及其药物开发潜力 | 首次对1963年至今微生物来源的氯化抗寄生虫化合物进行全面梳理,发现28种具有明确抗寄生虫活性的氯化化合物 | 微生物来源的氯化抗寄生虫化合物相关文献资料有限 | 开发更安全、选择性更高、环境友好且疗效增强的抗寄生虫药物 | 微生物来源的氯化天然代谢产物 | 药物化学与合成生物学 | 寄生虫病 | PKS、NRPS、PKS-NRPS生物合成途径 | NA | 文献数据 | 28种氯化化合物 | 合成生物学、组合化学、有机合成 | 微生物 | NA | 医药 |
| 550 | 2025-10-05 |
Microbial mineralization for remediating heavy metal-contaminated groundwater: mechanisms, applications, advances, and perspectives
2025-Sep-23, Environmental geochemistry and health
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10653-025-02753-w
PMID:40986195
|
综述 | 本文系统综述了微生物矿化修复重金属污染地下水的机制、应用、进展与前景 | 结合文献计量学分析与工程案例,阐明了碳酸盐、硫化物和磷酸盐矿物形成驱动重金属固定的机制,并识别了当前研究前沿 | 极端环境中微生物活性受抑制,复杂污染系统处理效率低,矿化产物长期稳定性监测不足 | 探讨微生物矿化修复重金属污染地下水的机制与应用 | 重金属污染地下水及参与矿化修复的微生物 | 环境生物技术 | NA | 微生物矿化,文献计量分析 | NA | 文献数据,工程案例 | NA | 合成生物学 | NA | NA | 环境 |
| 551 | 2025-10-05 |
Programmable DNA Nanocages Enable Adaptive Spatiotemporal Organization of Biomimetic Organelle Networks
2025-Sep-22, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202511909
PMID:40776809
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研究论文 | 提出一种基于DNA纳米笼的模块化策略,用于构建稳定且具有自适应反馈调控的人工细胞器网络 | 首次利用四面体DNA框架和回文杂交链式反应在细胞外囊泡表面构建机械强化的仿生DNA纳米笼,并集成逻辑门控DNA元件实现环境响应性空间重构 | 未明确说明该系统的长期稳定性及在复杂生物环境中的实际应用效果 | 开发具有自适应反馈调控能力的人工细胞器网络构建平台 | 细胞外囊泡和DNA纳米结构 | 合成生物学 | NA | DNA纳米技术、回文杂交链式反应 | NA | NA | NA | DNA纳米组装 | 细胞外囊泡 | 逻辑门控DNA元件、自适应信号传导网络 | 合成生物学, 生物医学应用, 智能材料设计 |
| 552 | 2025-10-05 |
CloneFast: A simple plasmid design and construction guide for labs venturing into synthetic biology
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104025
PMID:40773353
|
研究论文 | 介绍CloneFast指南,一种简化的质粒设计构建方法 | 采用可重复使用的修饰寡核苷酸(CompetePCR)和快速碘介导切割技术实现高效质粒组装 | NA | 开发简单高效的质粒构建方法 | 质粒设计和构建流程 | 合成生物学 | NA | CompetePCR, 碘介导切割 | NA | NA | NA | CloneFast | NA | 质粒组装 | 工业生物技术 |
| 553 | 2025-10-05 |
Protocol for fabricating a reusable plate-well insert with a 3D-printed mounter and hydrogel scaffolds for 3D cell culture and functional assays
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104014
PMID:40782348
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研究论文 | 介绍了一种用于标准24孔板的可重复使用插入件的制造方案,包含3D打印支架和水凝胶支架 | 开发了结合3D打印支架和水凝胶支架的可重复使用插入件系统,简化水凝胶制备过程并减少批次差异 | NA | 为3D细胞培养和功能分析提供标准化、可重复使用的实验平台 | 细胞培养插入件和水凝胶支架 | 组织工程 | NA | 3D打印、水凝胶合成、冻干、qPCR | NA | NA | NA | 3D打印 | NA | NA | 医学研究、合成生物学 |
| 554 | 2025-10-05 |
Creating a designer cyanobacterial ecosystem for the sustainable production of biomass rich in sun-protecting compounds: mycosporine-like amino acids and scytonemin
2025-Sep-04, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-025-04450-9
PMID:40906293
|
综述 | 探讨通过合成生物学方法构建特殊蓝藻生态系统以可持续生产富含紫外线防护化合物生物质的研究 | 提出通过基因和代谢工程优化蓝藻代谢途径的创新生物技术策略,提高紫外线防护化合物的产量 | 蓝藻中有益代谢物浓度通常很低,工业化生产经济可行性不足 | 开发可持续生产富含紫外线防护化合物生物质的蓝藻生态系统 | 蓝藻及其产生的甾醇霉素和类菌孢素氨基酸 | 合成生物学 | NA | 基因工程、代谢工程 | NA | NA | NA | NA | 蓝藻 | 代谢途径优化 | 工业生物技术,材料,医药 |
| 555 | 2025-10-05 |
Multiview Deep Learning Framework for Precise Prediction of Transcription Factor Binding Sites
2025-Sep-22, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.5c01054
PMID:40914877
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研究论文 | 提出一种多视图深度学习框架MDNet-TFP,用于精确预测转录因子结合位点 | 开发了双向反向互补模块(BiRC-Mamba)和多尺度卷积循环注意力网络(MCRAN),能够有效建模DNA序列的双向特性和多维度特征 | NA | 提高转录因子结合位点预测的准确性 | DNA序列中的转录因子结合位点 | 生物信息学 | NA | ChIP-seq | 多视图深度学习, 双向反向互补模块, 多尺度卷积循环注意力网络 | DNA序列数据 | 165个ChIP-seq数据集(验证集)和690个ChIP-seq数据集(扩展测试集) | NA | NA | NA | 生物医学研究, 合成生物学 |
| 556 | 2025-10-05 |
Evo-Inspired Engineering of Radical Phenotypes and Emergent Traits
2025-Sep-13, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icaf107
PMID:40795044
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综述 | 探讨如何整合进化生物学见解与合成生物学技术来设计超越自然限制的全新细胞功能 | 提出将进化启示与高通量平台、人工智能工具结合,突破现有性状改造局限,开创合成生物学新前沿 | NA | 推动合成生物学从改造现有性状向设计全新细胞功能发展 | 极端适应表型、人工细胞、基因型-表型关系 | 合成生物学 | NA | 高通量平台、人工智能驱动设计工具 | NA | NA | NA | NA | 非传统模式系统 | 激进表型、涌现性状 | 生物经济 |
| 557 | 2025-10-05 |
Identification and application of bioparts for plant synthetic biology
2025-Oct, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.mocell.2025.100273
PMID:40902856
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综述 | 本文综述植物合成生物学中生物元件的鉴定与应用,重点关注启动子和终止子在基因表达调控中的作用 | 系统阐述双向启动子在基因叠加中的应用价值,以及启动子与终止子组合平衡对转基因表达稳定性的重要性 | NA | 探讨植物合成生物学中生物元件的鉴定方法和应用策略 | 植物合成生物学中的生物元件(启动子、终止子等) | 合成生物学 | NA | ATAC-seq, STARR-seq, 深度学习 | 深度学习模型 | 基因组序列数据 | NA | NA | 植物 | 基因回路设计,基因表达调控系统 | 医药,疫苗,生物燃料,生物材料 |
| 558 | 2025-10-05 |
Are amyloid-based materials conducive to tissue engineering?
2025-Sep-19, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.08.009
PMID:40975651
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综述 | 探讨淀粉样原纤维作为组织工程生物材料的潜力与应用 | 系统阐述淀粉样原纤维从病理蛋白到功能生物材料的范式转变,突出其结构特性与组织工程应用的交叉创新 | NA | 评估淀粉样原纤维在组织工程领域的应用前景 | 淀粉样原纤维及其生物材料 | 组织工程 | 阿尔茨海默病, 帕金森病 | 结构生物学, 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 生物技术 |
| 559 | 2025-10-05 |
DNA Flipping as Facile Mechanism for Transmembrane Signaling in Synthetic Cells
2025-Sep-17, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c09188
PMID:40923324
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研究论文 | 本文报道了一种基于胆固醇修饰单链DNA的跨膜信号传导机制,可在合成细胞中实现高效的内部信号处理和下游转录激活 | 首次发现胆固醇修饰单链DNA能通过成核驱动的缺陷介导过程自发翻转跨越脂质膜,并揭示了该过程由瞬时膜孔主导的机制 | NA | 开发合成细胞中简单可靠的跨膜信号传导机制 | 胆固醇修饰单链DNA和巨型单层脂质体 | 合成生物学 | NA | 荧光显微镜、核酸酶降解实验、膜通透性实验 | NA | NA | NA | NA | 合成细胞/巨型单层脂质体 | DNA翻转介导的信号传导系统,包含跨膜信号输入和内部转录激活的输出通路 | 合成生物学 |
| 560 | 2025-10-05 |
Mechanisms, detection, and impact of horizontal gene transfer in plant functional evolution
2025-Sep-09, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koaf195
PMID:40834228
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综述 | 探讨水平基因转移在植物功能进化中的机制、检测方法及其影响 | 系统揭示植物界微生物-植物和植物-植物间水平基因转移的普遍性,并提出结合合成生物学与实验进化的未来研究方向 | 依赖现有植物基因组数据,尚未完全揭示水平基因转移的全貌 | 阐明水平基因转移在植物进化中的机制与适应性意义 | 植物界的水平基因转移事件 | 进化生物学 | NA | 系统发育基因组学方法、原位测序 | NA | 基因组序列数据 | 数百个近期测序的植物基因组 | 合成生物学 | 植物 | NA | NA |