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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 541 | 2025-10-05 |
Comprehensive datasets for RNA design, machine learning, and beyond
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-07041-2
PMID:40594473
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研究论文 | 本研究创建了一个包含超过32万实验验证实例的综合性RNA数据集,为RNA设计和建模算法建立了新的社区基准 | 提供了首个来自实验验证来源的大规模标准化RNA设计基准数据集,包含许多对现有RNA逆向折叠工具具有挑战性的结构 | NA | 解决RNA二级结构预测和序列设计中的挑战,推动计算生物学在医学、合成生物学和生物技术领域的应用 | RNA分子及其二级结构 | 计算生物学 | NA | 机器学习 | NA | RNA序列和结构数据 | 超过320,000个实验验证实例 | NA | NA | NA | 医学,合成生物学,生物技术 |
| 542 | 2025-10-05 |
Divergent multifunctional P450s-empowered biosynthesis of bioactive tripterifordin and cryptic atiserenoids in Aconitum implies convergent evolution
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61188-0
PMID:40595667
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研究论文 | 本研究通过挖掘乌头属植物转录组发现多个萜类合酶和细胞色素P450单加氧酶,揭示了它们在三萜类化合物生物合成中的多功能催化作用 | 发现了14种功能分化的P450酶,其中8种具有多功能催化特性,能够在支架的七个不同位点进行氧化反应,并揭示了雷公藤甲素在乌头属植物中的趋同生物合成 | NA | 探究乌头属植物中P450酶如何驱动二萜类化合物的结构和功能多样化 | 乌头属植物(Aconitum carmichaelii和Aconitum coreanum)中的萜类合酶和细胞色素P450单加氧酶 | 合成生物学 | NA | 转录组挖掘、功能验证、蛋白质分析、定点突变 | NA | 转录组数据、酶活性数据 | NA | NA | 乌头属植物 | 组合生物合成途径,用于生产雷公藤甲素、冠芙二萜A和14种新型阿替瑟类化合物 | 医药 |
| 543 | 2025-10-05 |
Genetic characteristics of novel extreme alkaline-inducible promoter located in five prime upstream region of peptidyl-prolyl cis/trans isomerase from Vibrio anguillarum
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-98559-y
PMID:40596401
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研究论文 | 本研究鉴定并表征了鳗弧菌NB10中一个新型极端碱性诱导启动子,该启动子能显著增强FK506结合蛋白型肽酰脯氨酰顺反异构酶的表达 | 发现了一个位于鳗弧菌肽酰脯氨酰顺反异构酶五端上游区域的新型极端碱性诱导启动子,在pH 10条件下能实现2.88倍的基因表达上调 | 研究目前仅在大肠杆菌中验证了启动子功能,尚未在原宿主鳗弧菌或其他微生物系统中进行广泛测试 | 鉴定和表征鳗弧菌NB10中响应极端碱性条件的启动子区域 | 鳗弧菌NB10的FK506结合蛋白型肽酰脯氨酰顺反异构酶及其上游启动子区域 | 合成生物学 | NA | 蛋白质组学分析、β-半乳糖苷酶报告基因系统 | NA | 基因表达数据、酶活性数据 | NA | 报告基因构建 | 大肠杆菌 | 碱性诱导启动子系统 | 工业生物技术 |
| 544 | 2025-10-05 |
Identification of Thermoregulatory Factors Involved in Validamycin Biosynthesis and Reconstitution of a Thermoregulated Expression System
2025-Jul, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.70068
PMID:40611707
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研究论文 | 本研究在链霉菌中鉴定到参与有效霉素生物合成的温度调控因子,并重建了一个温度调控表达系统 | 首次在链霉菌中发现P启动子的温度调控机制,并成功构建了更高效的短启动子温度调控系统 | 研究仅限于两种链霉菌宿主,未在其他微生物中验证系统的普适性 | 研究链霉菌中温度调控系统在有效霉素生物合成中的作用 | 吸水链霉菌TL01和白色链霉菌J1074 | 合成生物学 | NA | DNA亲和层析,启动子工程,基因过表达 | NA | 基因表达数据,代谢产物产量数据 | 多种工程化链霉菌菌株 | 启动子工程,基因过表达 | Streptomyces albus J1074, Streptomyces hygroscopicus TL01 | 温度调控表达系统,包含改造的短启动子和调控蛋白SHJG_5852、SHJG_6392 | 工业生物技术 |
| 545 | 2025-10-05 |
Bridging BioSciences and technology: The impact of AI & GenAI in life sciences and agribusiness
2025-Jun-16, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149623
PMID:40516836
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综述 | 探讨生成式人工智能在生命科学和农业综合企业中的多层面影响 | 系统阐述生成式AI在药物发现、蛋白质结构预测、作物育种及合成生物学等前沿领域的创新应用 | 未具体说明数据隐私、算法偏见和利益公平分配等伦理问题的解决方案 | 分析生成式AI与生物科学交叉融合的技术影响与发展前景 | 生成式人工智能技术在生命科学和农业领域的应用场景 | 机器学习 | NA | 生成式人工智能 | 大型语言模型(LLM) | 基因组数据、生态数据、分子数据 | NA | NA | NA | NA | 医药, 农业, 环境, 能源, 工业生物技术 |
| 546 | 2025-10-05 |
The horizontally transferred gene, CsMTAN, rewired purine traffic to build caffeine factories in tea leaves
2025-Jul-03, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.13957
PMID:40607640
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研究论文 | 本研究通过代谢组学和全基因组关联分析鉴定出茶树中调控嘌呤代谢的关键基因CsMTAN,并揭示其通过水平基因转移演化而来 | 首次发现CsMTAN基因通过水平基因转移进入植物基因组,并证实其F179Y突变会显著改变酶活性,从而影响茶树嘌呤代谢流向 | 研究主要基于体外酶活实验和瞬时过表达验证,缺乏稳定的转基因植物系统验证 | 解析茶树嘌呤代谢和嘌呤生物碱生物合成的遗传与分子机制 | 183个遗传多样性茶树品种的嫩叶和成熟叶 | 植物代谢组学 | NA | 代谢组学分析、全基因组关联分析(GWAS)、系统发育分析、蛋白结构建模、瞬时过表达 | NA | 代谢物数据、基因组数据 | 183个茶树品种的两种组织(嫩叶和成熟叶) | NA | 本氏烟(Nicotiana benthamiana) | NA | 农业、合成生物学 |
| 547 | 2025-10-05 |
Three-dimensional robotic structures fabricated and powered entirely with proteins
2025-Jul-02, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01186-0
PMID:40604266
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研究论文 | 开发了完全由蛋白质构成的3D打印微机器人结构,并通过肌动球蛋白皮层实现驱动 | 首次实现完全基于蛋白质的3D打印机器人结构,采用最小肌动球蛋白皮层进行驱动 | 需要生物材料专业背景,完成过程需15天时间 | 将生物分子活性组装并放大至人造设备中执行工作 | 蛋白质基3D打印结构和肌动球蛋白活性涂层 | 合成生物学 | NA | 3D打印、生物分子组装 | NA | NA | NA | NA | NA | 肌动球蛋白活性涂层系统 | 工业生物技术, 材料 |
| 548 | 2025-10-05 |
Expanding salivary biomarker detection by creating a synthetic neuraminic acid sensor via chimeragenesis
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.13.598939
PMID:38915506
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研究论文 | 本研究通过合成生物学技术开发了一种用于检测口腔鳞状细胞癌唾液生物标志物的全细胞生物传感器 | 创建了新型嵌合转录因子Sphnx用于检测N-乙酰-D-神经氨酸(Neu5Ac),拓展了唾液生物标志物检测能力 | 目前仅为概念验证阶段,尚未应用于临床筛查 | 开发能够早期无创诊断口腔鳞状细胞癌的生物传感器 | N-乙酰-D-神经氨酸(Neu5Ac)唾液生物分子 | 合成生物学 | 口腔鳞状细胞癌 | 合成生物学技术、嵌合转录因子工程 | 全细胞生物传感器(WCB) | 生物分子检测数据 | NA | 嵌合转录因子工程 | 工程细菌 | 可溶性分子检测后触发可观察效应子表达的生物传感器电路 | 医学 |
| 549 | 2025-10-05 |
Bioremediation of complex organic pollutants by engineered Vibrio natriegens
2025-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08947-7
PMID:40335686
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研究论文 | 本研究利用合成生物学技术改造Vibrio natriegens,使其能够在含盐废水和土壤中生物修复复杂有机污染物 | 开发了基于tfoX扩增效应的迭代自然转化基因组工程方法,成功将五个降解基因簇(总43kb)转入V natriegens菌株Vmax | NA | 开发能够耐受盐胁迫并降解复杂有机污染物的工程微生物 | 工程化改造的Vibrio natriegens菌株 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、基因组工程、化学合成 | NA | NA | NA | 合成生物学方法 | Vibrio natriegens, 酵母 | 插入tfoX主调控基因增强DNA摄取和整合能力,构建五个有机污染物降解基因簇 | 环境 |
| 550 | 2025-10-05 |
Advancing sustainable practices with Paenibacillus polymyxa: From soil health to medical applications and molecular engineering
2025, AIMS microbiology
IF:2.7Q3
DOI:10.3934/microbiol.2025016
PMID:40600215
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综述 | 本文全面分析了多粘类芽孢杆菌在农业、环境、医学和工业等领域的可持续应用潜力 | 强调该细菌作为蛋白质表达、代谢工程和合成生物学多功能平台的潜力,并指出针对该菌的特异性基因编辑技术开发需求 | 天然多粘类芽孢杆菌生物资源的广泛利用受到遗传操作能力和工具的限制 | 深入理解多粘类芽孢杆菌的特性、遗传资源和代谢能力,推动可持续实践发展 | 多粘类芽孢杆菌(Paenibacillus polymyxa) | 合成生物学 | NA | 遗传编辑技术、代谢工程 | NA | NA | NA | NA | 多粘类芽孢杆菌 | NA | 农业,环境,医学,工业生物技术 |
| 551 | 2025-10-05 |
Synthetic Forms Most Beautiful: Engineering Insights into Self-Organization
2025-Jul-01, Physiology (Bethesda, Md.)
DOI:10.1152/physiol.00064.2024
PMID:39938118
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综述 | 探讨合成生物学如何通过构建新生命系统来理解生物自组织的基本设计原则 | 提出将长度或时间尺度强加于生物活动是自组织的基本策略,并展示如何在合成系统中实现这一设计目标 | NA | 扩展对生命自组织设计原则的理解 | 生物自组织系统,从细胞到有机体水平 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 自组织系统设计 | 医学, 农业, 环境, 能源, 材料, 食品, 工业生物技术 |
| 552 | 2025-10-05 |
Evaluating the Potential of Co-supplementation of Zinc and Ferrous Iron Ion for Itaconic Acid Fermentation of Aspergillus terreus
2025-Jul-01, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-025-05317-x
PMID:40591109
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研究论文 | 评估锌和亚铁离子共补充对土曲霉衣康酸发酵的影响 | 首次系统评估锌和亚铁离子共补充对土曲霉衣康酸发酵的协同促进作用,并通过转录组分析揭示其分子机制 | 仅使用纯葡萄糖和木糖作为碳源,未涉及更复杂的发酵基质 | 探究微量元素锌和铁对土曲霉衣康酸发酵的影响机制 | 土曲霉(Aspergillus terreus)及其衣康酸发酵过程 | 工业生物技术 | NA | 发酵技术,转录组测序 | NA | 发酵数据,基因表达数据 | NA | 合成生物学工具 | 土曲霉(Aspergillus terreus) | 衣康酸生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 553 | 2025-10-05 |
Design principle of successful genome editing applications using CRISPR-based toolkits
2025-Jul-01, Journal of applied genetics
IF:2.0Q3
DOI:10.1007/s13353-025-00979-z
PMID:40591237
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综述 | 探讨基于CRISPR工具包的成功基因组编辑应用设计原则 | 提出构建一体化平台的策略,开发用于微生物宿主(如酵母)的CRISPR基因编辑系统,并讨论减少脱靶切割的方法 | NA | 开发稳健的CRISPR组件设计策略以简化未来基因组编辑应用 | CRISPR-Cas系统及其在微生物宿主中的应用 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9, Cpf1, dCas9 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酵母 | 一体化质粒系统 | 工业生物技术 |
| 554 | 2025-10-05 |
The Japan-UK Synthetic Biology Conference, Spring 2025: Strengthening Global Links to Engineer Biology
2025-Jun-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00232
PMID:40538270
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观点文章 | 总结2025年春季日本-英国合成生物学会议的核心内容,旨在加强两国在合成生物学领域的国际合作 | 通过国际会议促进合成生物学领域的全球合作网络建设,强调专业知识、国家基础设施和资金协调的共享机制 | 仅基于会议讨论内容进行分析,缺乏具体研究数据和实证支持 | 促进日本与英国在合成生物学领域的国际合作与知识交流 | 合成生物学研究社区和国际合作机制 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 会议讨论内容 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术, 环境, 能源 |
| 555 | 2025-10-05 |
Engineering artificial microbial consortia for personalized gut microbiome modulation and disease treatment
2025-Jun, Annals of the New York Academy of Sciences
IF:4.1Q1
DOI:10.1111/nyas.15352
PMID:40320966
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综述 | 提出通过工程化人工微生物群落实现个性化肠道微生物组调控和疾病治疗的新方法 | 整合合成生物学、系统生物学和先进培养技术,设计具有特定功能的人工微生物群落 | 需要开展严格的临床试验评估安全性和长期影响 | 通过精确调控肠道微生物组治疗疾病 | 人工微生物群落和肠道微生物组 | 合成生物学 | 代谢紊乱、炎症性疾病、胃肠道感染 | 合成生物学、系统生物学、先进培养技术 | NA | NA | NA | NA | 微生物群落 | 具有治疗分子生产、免疫调节和病原菌竞争等功能的工程化群落 | 医学 |
| 556 | 2025-10-05 |
Design Principles Of Inorganic-Protein Hybrid Materials for Biomedicine
2025-Jun, Exploration (Beijing, China)
DOI:10.1002/EXP.20240182
PMID:40585774
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综述 | 本文系统综述了无机-蛋白质杂化材料在生物医学领域的设计原理、结构基础及应用前景 | 提出原位杂化材料合成新思路,从合成生物学角度分析杂化材料反应体系构建策略 | NA | 探讨无机-蛋白质杂化材料的设计原理及其在生物医学领域的应用 | 无机-蛋白质杂化材料(IPHMs) | 材料科学 | NA | 生物医学光学成像、多模式治疗 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生物医学 |
| 557 | 2025-10-05 |
Expressing exogenous gene in Chlamydomonas reinhardtii chloroplast with viral replication elements
2025-Oct, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2025.132784
PMID:40490158
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研究论文 | 开发了一种基于双生病毒的莱茵衣藻叶绿体表达平台,用于提高外源基因表达效率和化合物产量 | 首次在莱茵衣藻叶绿体中应用甜菜曲顶病毒的复制机制,建立了病毒启发的表达平台,实现长期稳定高表达 | NA | 解决莱茵衣藻叶绿体合成生物学中产物产量低的问题 | 莱茵衣藻叶绿体 | 合成生物学 | NA | 病毒复制元件技术 | NA | NA | NA | 病毒复制元件 | Chlamydomonas reinhardtii(莱茵衣藻) | 病毒启发的表达平台,包含细菌类胡萝卜素生成基因 | 工业生物技术 |
| 558 | 2025-10-05 |
Switchable RNA motifs for dynamic transcriptional control of RNA condensates
2025-Jun-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf497
PMID:40539511
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研究论文 | 本研究开发了可通过RNA入侵链动态调控的RNA凝聚体系统 | 首次实现了通过RNA入侵链和反入侵链对星形RNA基序形成的凝聚体进行可逆调控 | 目前仅在体外实验中验证了系统功能,尚未在活细胞环境中测试 | 开发可动态调控的RNA相分离系统 | 星形RNA基序(纳米星)形成的生物分子凝聚体 | 合成生物学 | NA | 体外转录 | NA | 实验数据 | NA | NA | NA | 基于RNA入侵链和反入侵链的可逆调控开关 | 合成生物学, 生物材料 |
| 559 | 2025-10-05 |
Plant Microbiomes Alleviate Abiotic Stress-Associated Damage in Crops and Enhance Climate-Resilient Agriculture
2025-Jun-19, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants14121890
PMID:40573878
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综述 | 探讨植物微生物组在缓解非生物胁迫中的作用及其在气候智慧农业中的应用前景 | 系统阐述微生物组工程策略(合成生物学、微生物群落设计等)在增强农业气候韧性的创新应用 | 实验室研究成果向田间实际应用的转化仍面临植物-微生物互作复杂性的挑战 | 研究植物微生物组如何增强作物对非生物胁迫的抵抗能力并推动可持续农业发展 | 植物微生物组(细菌、真菌、古菌、微藻等)及其与作物的互作关系 | 农业生物技术 | NA | 宏基因组学, CRISPR-Cas | NA | NA | NA | CRISPR-Cas, 合成生物学工具 | 作物相关微生物 | 微生物群落设计 | 农业 |
| 560 | 2025-10-05 |
Next-Generation Vaccine Platforms: Integrating Synthetic Biology, Nanotechnology, and Systems Immunology for Improved Immunogenicity
2025-May-30, Vaccines
IF:5.2Q1
DOI:10.3390/vaccines13060588
PMID:40573919
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综述 | 探讨整合合成生物学、纳米技术和系统免疫学的下一代疫苗平台技术 | 将合成生物学、纳米技术和系统免疫学三大前沿领域整合应用于疫苗开发 | 存在可扩展性、安全性评估和数据驱动疫苗设计的伦理问题等挑战 | 开发具有改进免疫原性的下一代疫苗平台 | SARS-CoV-2、EB病毒等病原体及癌症免疫治疗 | 生物医学工程 | 传染病、癌症 | 多组学数据分析、计算建模、纳米工程 | NA | 多组学数据 | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 哺乳动物细胞 | 自扩增结构、抗原递送系统、免疫激活回路 | 医学 |