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当前共找到 1530 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-09-12 |
Engineering microorganisms for enhanced tolerance to toxic end-products and intermediates
2025-01-14, FEMS microbiology reviews
IF:10.1Q1
DOI:10.1093/femsre/fuaf053
PMID:41137716
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综述 | 本文系统综述了通过工程化细胞包膜、细胞内组分和细胞外环境来提高微生物对有毒终产物和中间体耐受性的合成生物学策略 | 系统整合了针对细胞包膜、转录因子与修复途径等细胞内组分以及生物膜与细胞间互作等细胞外工程三个层面的微生物耐受性增强策略，并强调了对有毒终产物和中间体工业转化的促进作用 | 作为综述，未提供新的实验数据，且未对各类工程策略进行定量比较或标准化评估 | 系统概述提高微生物对有毒化学品耐受性的工程化策略，推动有毒终产物和中间体微生物生产的工业转化与商业化 | 微生物细胞工厂及其对有毒终产物和中间体的耐受性 | 合成生物学 | NA | 合成生物学策略 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 42 | 2026-09-12 |
Modeling ncRNA-Mediated Circuits in Cell Fate Decision: From Systems Biology to Synthetic Biology
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4290-0_6
PMID:39702707
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综述 | 综述了非编码RNA介导的细胞命运决策回路从系统生物学到合成生物学的数学建模框架与应用 | 以教学方式总结ncRNA数学建模通用框架，整合mRNA、miRNA和ceRNA互调涌现特性，并探讨合成生物学方法理解细胞命运决策设计原理 | 未提供具体实验数据或新模型，仅为综述性总结 | 阐明ncRNA介导的细胞命运决策分子机制，并探索合成生物学方法理解基本设计原理 | 非编码RNA介导的细胞命运决策回路，包括mRNA、miRNA和竞争性内源RNA | 系统生物学，合成生物学 | NA | 数学建模，定量实验分析 | 数学建模框架 | NA | NA | NA | NA | 双稳态开关，正反馈回路，miRNA-mRNA互调回路 | 医学，工业生物技术 |
| 43 | 2026-09-11 |
FluxRETAP: a REaction TArget Prioritization genome-scale modeling technique for selecting genetic targets
2025-09-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf471
PMID:40848245
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研究论文 | 提出了一种基于基因组尺度模型的反应靶点优先级排序方法FluxRETAP，用于预测遗传过表达、下调和敲除靶点以提高目标代谢物产量 | FluxRETAP是一种简单且计算成本低的方法，利用基因组尺度模型中的先验机制知识来建议遗传靶点，可捕捉实验验证的靶点并可与机器学习流程结合 | 未明确提及局限性，可能依赖于基因组尺度模型的准确性 | 解决代谢工程中遗传工程靶点选择困难的问题，提高目标代谢物产量 | 大肠杆菌和恶臭假单胞菌的代谢网络及目标代谢物（异戊二烯醇、紫杉二烯） | 机器学习 | NA | 基因组尺度代谢建模 | NA | 代谢网络模型数据 | NA | NA | 大肠杆菌, 恶臭假单胞菌 | NA | 工业生物技术 |
| 44 | 2026-09-11 |
Robust and highly efficient transformation method for a minimal mycoplasma cell
2025-03-20, Journal of bacteriology
IF:2.7Q3
DOI:10.1128/jb.00415-24
PMID:39903184
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研究论文 | 本文报道了一种针对最小细胞JCVI-syn3B的高效转化方法，通过优化生长阶段和细胞状态，实现了高转化效率并开发了冷冻备用细胞转化流程 | 发现JCVI-syn3B生长滞后阶段后可细分为三个不同阶段，其中早期指数生长期转化效率最高；实现了高达4.4×10转化体/细胞/微克质粒DNA的转化效率；开发了使用少于0.2 mL培养物、约1×10-10个细胞和10 ng质粒DNA获得数百至数千转化体的方法；建立了使用冷冻转化备用细胞的转化方法 | 摘要未明确提及研究局限性 | 开发针对最小细胞JCVI-syn3B的稳健高效转化方法，以促进先进基因工程和生物学研究 | 最小细胞JCVI-syn3B（通过基因组精简创建） | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 少于0.2 mL培养物，约1×10-10个细胞，10 ng质粒DNA | NA | JCVI-syn3B（支原体） | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 45 | 2026-09-11 |
Metabolic engineering approaches for the biosynthesis of antibiotics
2025-Jan-31, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-024-02628-2
PMID:39891166
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综述 | 本文综述了代谢工程和合成生物学在抗生素发现及高效生产现有抗生素、衍生物和类似物中的最新工具与策略，并给出了代表性案例 | 系统总结了近期代谢工程与合成生物学工具和策略在抗生素发现与生产中的应用，强调其应对多重耐药菌危机的潜力 | 未涉及具体实验验证，主要基于已有研究的归纳与展望 | 探讨如何利用代谢工程和合成生物学策略促进新抗生素的发现以及现有抗生素、衍生物和类似物的高效生产 | 抗生素及其衍生物和类似物、工程酶、细胞工厂 | 代谢工程 | 传染病、多重耐药菌感染 | 代谢工程、合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 46 | 2026-09-11 |
Active learning of enhancers and silencers in the developing neural retina
2025-01-15, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.12.004
PMID:39778579
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研究论文 | 该研究开发了一种主动学习方法，通过结合合成生物学和不确定性采样，训练模型区分由CRX结合位点组成的增强子和沉默子。 | 将主动学习与合成生物学（大规模并行报告基因检测）相结合，通过不确定性采样迭代生成信息量大的训练数据，从而训练出能够区分序列相同但功能相反的CRX位点的模型。 | 模型仅针对CRX转录因子在发育中的神经视网膜中的调控元件，可能无法推广到其他转录因子或细胞类型。 | 解决深度学习模型在基因组序列上训练时无法解释同一转录因子在不同背景下激活或抑制转录的问题，并开发能够区分增强子和沉默子的模型。 | 由光感受器转录因子锥杆同源盒（CRX）结合位点组成的增强子和沉默子。 | 机器学习 | NA | 大规模并行报告基因检测（MPRA）、合成生物学、主动学习 | 深度学习模型 | 基因组序列、报告基因检测数据 | 近所有基因组结合的CRX位点，以及多轮MPRA数据 | NA | NA | NA | 医学 |
| 47 | 2026-09-10 |
Designing biological network motif-based controllers by reverse engineering Hill function-type models from linear models
2025-04, Journal of the Royal Society, Interface
DOI:10.1098/rsif.2024.0811
PMID:40262636
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研究论文 | 提出一种逆向工程方法，从线性模型分析中推断非线性Hill函数模型的动力学参数，并应用于设计实现完美适应的生物控制器，通过模拟验证了三种网络基序控制器的有效性 | 结合线性系统理论和非线性建模，提出从线性模型逆向推断非线性Hill函数模型参数的方法，以设计实现完美适应的合成基因电路 | 仅通过模拟验证，未进行实验验证 | 设计能够实现完美适应的生物控制器，以赋予工程生物系统强大的调节能力 | 基于生物网络基序的合成基因电路 | 合成生物学 | NA | NA | Hill函数模型、线性模型 | 仿真数据 | NA | NA | NA | 控制器电路（基于生物网络基序） | 合成生物学、生物医学 |
| 48 | 2026-09-09 |
Reprogramming Komagataella phaffii for a Robust Chassis toward Efficient De Novo Biosynthesis of (-)-α-Bisabolol
2025-Apr-09, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.4c11904
PMID:40131269
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研究论文 | 本研究通过优化 Komagataella phaffii 的 MVA 途径、融合 ERG20 与红没药醇合酶，并改造辅因子 NADPH、分子伴侣和转录因子，成功实现了 (-)-α-红没药醇的高效从头生物合成 | 首次在 Komagataella phaffii 中实现 (-)-α-红没药醇的高效生产，并通过系统代谢工程改造显著提高产量，获得的 32.8 g/L 滴度是目前报道的最高水平 | 未提及明显的局限性，但文中指出大肠杆菌存在噬菌体感染风险，而本研究未讨论 Komagataella phaffii 的潜在工业化挑战 | 开发一种稳健的微生物细胞工厂，用于高效从头合成 (-)-α-红没药醇，替代存在感染风险的大肠杆菌体系 | Komagataella phaffii 菌株，特别是改造后的菌株 KB-30 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、发酵工程 | NA | 实验数据 | 包括多个工程菌株和一个 5 L 发酵罐实验 | NA | Komagataella phaffii | MVA 途径优化和 ERG20-红没药醇合酶融合蛋白 | 食品、医药、生物燃料 |
| 49 | 2026-09-07 |
Kinetically Programmed Signaling Cascades for Molecular Detection
2025-10-29, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c12059
PMID:41094711
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研究论文 | 本文介绍了一种基于DNA化学的动力学编程信号级联系统，用于分子检测，并展示了其在提高检测速率、增益和灵敏度方面的优势。 | 首次系统探索了编程信号级联动力学对检测性能的影响，并开发了适用于多种分子检测和即时医疗诊断的模块化系统。 | 未提及明显的局限性，但可能对非专业用户的操作或特定环境下的稳定性存在挑战。 | 开发并优化基于DNA的信号级联系统，实现快速、灵敏的分子检测，并展示其在治疗药物监测中的潜在应用。 | DNA信号级联系统，包括四种不同的目标分子（小分子和蛋白质）和血液样本。 | 合成生物学 | NA | DNA化学，电化学传感 | 动力学模型（基于速率常数） | 模拟和实验数据 | 四种分子，血液样本（具体数量未提及） | DNA化学 | NA | 信号级联，包括输入、受体、处理器和输出模块 | 生物传感，医疗诊断，药物监测 |
| 50 | 2026-09-07 |
Ultrafast Conversion of CO2 into C3-C4 Diols in a Synergistic Electrochemical and AI-Assisted Biosynthesis System
2025-10-29, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c14039
PMID:41100764
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研究论文 | 本文介绍了一种结合电化学和人工智能辅助生物合成的协同系统，将二氧化碳超快速转化为C3-C4二醇，实现了高产量合成1,3-丙二醇和1,3-丁二醇 | 创新点在于将铜锌催化电化学还原与工程化DERA酶生物催化模块集成，并通过人工智能辅助理性设计提升酶活性，实现二氧化碳到C3-C4二醇的高效转化 | 摘要中未提及明确局限性，可能包括系统放大和实际应用中的挑战 | 实现从二氧化碳到高价值C3-C4二醇（如1,3-丙二醇和1,3-丁二醇）的可持续、高效合成 | 二氧化碳、乙醇、1,3-丙二醇、1,3-丁二醇、DERA酶变体（S233D/F43T） | 合成生物学 | NA | 电化学还原、生物催化、分子动力学模拟、原位光谱 | NA | 光谱数据、分子动力学模拟数据 | NA | 人工智能辅助设计 | NA | 电化学-生物合成级联系统 | 能源、工业生物技术 |
| 51 | 2026-09-06 |
Semi-automated workflow for high-throughput Agrobacterium-mediated plant transformation
2025-04, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70118
PMID:40220013
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研究论文 | 本文介绍了一种半自动化的农杆菌介导植物转化工作流程，旨在提高植物高通量实验的效率并降低成本。 | 该研究提出了一种优化的冻融农杆菌转化方法，可在六孔板中进行并可适应机器人自动化，同时简化了地钱（Marchantia polymorpha）的稳定转化和选择流程，减少了成本、时间和劳动力却保持转化效率。 | 文章中未明确说明局限性，但可能包括对特定植物物种（如地钱）的依赖以及需要特定组织培养设施。 | 开发一种可扩展且成本有效的半自动化植物转化协议，以加速植物合成生物学和其他应用中的高通量实验。 | 农杆菌（Agrobacterium tumefaciens）和地钱（Marchantia polymorpha）植物。 | 植物合成生物学 | NA | 农杆菌介导转化 | NA | 实验数据 | 每月约可测试100个构建体 | Opentrons自动化平台 | 农杆菌（Agrobacterium tumefaciens），地钱（Marchantia polymorpha） | NA | 农业，生物技术，植物科学 |
| 52 | 2026-09-06 |
Public attitudes to potential synthetic cells applications: Pragmatic support and ethical acceptance
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0319337
PMID:40014593
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研究论文 | 本研究通过调查13个欧洲国家的公众对合成细胞潜在应用的态度，发现公众对有益社会的应用（如医疗）持支持态度，并构建了决策树模型分析影响因素。 | 首次基于全国代表性样本在13个欧洲国家进行前瞻性合成细胞技术的公众态度调查，采用数据驱动方法建立决策树模型，识别影响公众态度的关键因素。 | 仅针对13个欧洲国家，可能无法代表其他地区或文化背景的公众态度。 | 探索公众对前瞻性合成细胞应用（如抗癌治疗、CO2转化、工业废物回收）的态度及相关因素。 | 来自13个欧洲国家的公众样本（N=8382）。 | 机器学习 | 癌症 | NA | 决策树 | 调查问卷数据 | 8382名参与者（来自13个欧洲国家） | NA | NA | NA | 医学、环境、工业生物技术 |
| 53 | 2026-09-05 |
Fluoride-Triggered Protein Activation via a Genetically Encoded Tyrosine Analogue
2025-12-10, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c13604
PMID:41296558
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研究论文 | 本文介绍了一种基于遗传编码的非天然氨基酸二甲基硫代膦酰酪氨酸（DTPY）的氟化物触发蛋白激活平台，通过位点特异性掺入实现蛋白质活性的条件控制 | 首次利用氟化物响应性非天然氨基酸实现蛋白质活性的时空控制，提供了一种正交于细胞代谢的通用激活策略 | 未明确提及具体局限性 | 开发一种氟化物触发蛋白激活的通用策略，用于合成生物学和细胞工程中的蛋白质活性时空调控 | 超折叠绿色荧光蛋白（sfGFP）和Cre重组酶 | 合成生物学 | NA | 非天然氨基酸掺入、定点突变 | NA | 蛋白质序列、荧光和重组数据 | 包括两种蛋白质（sfGFP和Cre重组酶）的多个变体 | 遗传密码扩展 | 大肠杆菌、哺乳动物细胞 | 氟化物响应型蛋白质激活开关 | 合成生物学、细胞工程、生物技术 |
| 54 | 2026-09-05 |
Bio-Photo Dual Action of Intracellular Radical Polymerization
2025-10-01, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c10871
PMID:40977043
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研究论文 | 本文介绍了一种基于刺激响应性光催化剂的策略，通过生物标志物和光双重控制实现细胞内自由基聚合，从而选择性破坏内质网并诱导细胞死亡。 | 首次将光催化剂设计为受内源性活性氧/硫物种或酶调控的AND门控机制，实现了仅在目标细胞中聚合的时空控制，并利用该机制诱导内质网应激和paraptosis。 | 摘要未提及具体局限性。 | 实现细胞内聚合的时空控制，为精准细胞器干预和合成生物学应用提供新方法。 | 细胞内聚合反应及内质网完整性。 | 合成生物学 | NA | PET-RAFT聚合 | NA | NA | NA | NA | 细胞 | AND门控光催化聚合系统 | 医学 |
| 55 | 2026-09-05 |
A pectin acetyl-transferase facilitates secondary plasmodesmata formation and RNA silencing movement between plant cells
2025-05, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70194
PMID:40353833
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研究论文 | 本研究通过正向遗传筛选发现果胶乙酰转移酶突变影响拟南芥叶片次级胞间连丝的形成，进而调控小RNA和病毒在细胞间的移动 | 首次明确果胶乙酰转移酶在调控次级胞间连丝形成和小RNA移动中的功能，并揭示了果胶酯化修饰影响胞间连丝数量及小RNA移动的机制 | 研究主要在拟南芥中进行，尚需在其他植物物种中验证；此外对于小RNA移动的调控机制仍需进一步阐明 | 阐明植物细胞间小RNA移动的调控机制，特别是次级胞间连丝的形成和功能 | 拟南芥叶片表皮到叶肉组织的小RNA移动，涉及果胶乙酰转移酶突变体 | 植物生物学 | NA | 正向遗传筛选，抗体检测，原子力显微镜 | NA | 基因型数据、表型数据、显微图像 | 拟南芥突变体筛选和相关实验样本 | NA | 拟南芥 | NA | 农业 |
| 56 | 2026-09-05 |
Taxus NPF transporter involved in the uptake of 10-deacetylbaccatin III facilitates the biosynthesis of taxane compounds
2025-04, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70146
PMID:40287958
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研究论文 | 该论文发现紫杉中的NPF2.1转运蛋白参与10-脱乙酰巴卡亭III的吸收，促进紫杉烷化合物的生物合成，并利用酵母系统进行基因发现研究 | 首次鉴定紫杉中的NPF型转运蛋白NPF2.1，功能为10-脱乙酰巴卡亭III的质子共转运体，并在酵母中实现其介导的生物转化，促进新基因发现 | 研究仅限于酵母系统验证，未在植物体内进行功能验证，且未涵盖完整的紫杉醇合成途径 | 识别参与紫杉醇前体转运的转运蛋白，利用酵母系统促进紫杉醇生物合成基因的发现 | 紫杉细胞悬浮培养物、紫杉NPF2.1转运蛋白、酵母宿主中的10-脱乙酰巴卡亭III转化 | 合成生物学 | NA | 酵母生物转化系统 | NA | 培养液代谢物动态数据 | 紫杉细胞悬浮培养物和酵母培养物（具体数量未提及） | 酵母生物转化系统 | 酿酒酵母 | NPF2.1介导的10-脱乙酰巴卡亭III转运及乙酰化代谢通路 | 医药、合成生物学 |
| 57 | 2026-09-05 |
Yeast-secreted compounds with antifungal activity-screening, genetic parts, biosynthetic pathways, and regulation
2025-01-30, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foaf068
PMID:41258858
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综述 | 本文综述了酵母分泌的具有抗真菌活性的化合物，包括小分子和蛋白质，并讨论了其筛选方法、生物合成途径及调控机制，旨在促进其应用开发。 | 整合了酵母抗真菌化合物的分子知识，提出了针对不同分子类别的筛选方法，并探讨了通过合成生物学工具进行工程化改造的可能性。 | 缺乏对化合物化学结构、作用机制、生物合成及其调控的深入基础认识，且研究多停留在理论层面。 | 促进对酵母抗真菌化合物的理解，以支持其在生物防治、食品保存和人类健康等领域的应用开发。 | 酵母分泌的抗真菌化合物，包括小分子（如铁螯合剂、生物表面活性剂、挥发性有机化合物）和蛋白质（如霉菌素、水解酶）。 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 文献 | NA | 合成生物学工具 | 酵母 | NA | 农业, 食品, 人类健康 |
| 58 | 2026-09-05 |
Genome-based exploration of volatile flavor diversity from food yeast species
2025-01-30, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foaf067
PMID:41269214
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综述 | 本文综述了食品酵母物种中挥发性风味化合物形成的基因组学见解，涵盖酯类、苯环类、硫化合物和酚类衍生物等途径，并探讨了共发酵和组学分析对食品发酵创新的推动作用。 | 通过基因组规模技术解析酵母挥发性风味多样性，强调共发酵策略（如酿酒酵母与非传统酵母配对）替代单菌株优化，并展望合成生物学在工业应用中的潜力。 | 作为小型综述，可能未涵盖所有酵母物种或风味途径的详细实验数据，未来研究需结合更多组学验证。 | 总结基因组学对酵母挥发性风味化合物形成途径的洞见，并探讨共发酵和组学分析在食品发酵创新中的应用前景。 | 食品酵母物种，特别是酿酒酵母和非传统酵母菌种。 | 机器学习 | NA | 基因组分析、组学分析 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | 食品工业 |
| 59 | 2026-09-04 |
DNA Flipping as Facile Mechanism for Transmembrane Signaling in Synthetic Cells
2025-09-17, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c09188
PMID:40923324
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研究论文 | 本文报道了一种基于胆固醇修饰单链DNA的自发翻转机制，用于合成细胞中的跨膜信号传递，并展示了其在内部信号处理和转录激活中的应用 | 首次发现锚定的Chol-ssDNA可通过成核驱动的缺陷介导过程自发翻转穿过巨单层脂质囊泡膜，实现高效、通用的跨膜信号传递，无需复杂蛋白机制 | 机制依赖于瞬时膜孔，可能对膜完整性有一定影响；翻转效率受膜组成和甘油等条件影响，需进一步优化 | 开发一种简单、稳健的DNA-based跨膜信号传递机制，用于合成细胞的设计与应用 | 巨单层脂质囊泡和胆固醇修饰的单链DNA | 合成生物学 | NA | 荧光显微镜、核酸酶降解实验、膜通透性实验 | NA | 图像、实验数据 | NA | NA | NA | 跨膜信号传导机制，利用Chol-ssDNA翻转实现信号传递与RNA转录激活 | 合成生物学、生物技术 |
| 60 | 2026-09-04 |
Comparative genomics of three medicinal Glycyrrhiza species unveiled novel candidates for the production of important bioactive compounds
2025-05, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70223
PMID:40384636
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研究论文 | 该研究通过比较基因组学分析了三种药用甘草属植物的基因组，揭示了其生物活性化合物产生的遗传基础 | 首次对三种药用甘草进行了高质量基因组组装，并通过比较分析鉴定了关键转录因子和生物合成途径中的候选基因 | 未提及 | 阐明三种药用甘草中甘草酸等生物活性化合物的生物合成调控机制，为合成生物学和分子育种提供基因资源 | 三种药用甘草属植物（Glycyrrhiza uralensis、G. inflata 和 G. glabra） | 基因组学 | NA | 基因组测序、转录组测序、比较基因组学 | NA | 基因组序列数据、转录组数据 | 三种甘草的基因组分别约为425、447和423 Mb | NA | NA | NA | 医学、化妆品 |