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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-02-11 |
Engineering Plasmids with Synthetic Origins of Replication
2025-Feb-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.21.639468
PMID:40027650
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研究论文 | 本文通过重构天然pMB1复制起点,创建了具有可定制拷贝数的质粒,并利用合成RNA调控器实现独立拷贝控制,展示了合成复制起点(SynORI)的模块化工程应用 | 开发了合成复制起点(SynORI)技术,实现了质粒拷贝数的可定制化、兼容性和模块化调控,并创建了正交质粒库 | NA | 研究合成生物学中质粒复制起点的工程化改造,以提高其可调性、兼容性和模块化 | 质粒的复制起点和合成RNA调控器 | 合成生物学 | NA | 合成RNA调控器技术 | NA | NA | NA | 合成RNA调控器 | 大肠杆菌 | 合成复制起点(SynORI)和正交质粒库,用于实现可调拷贝数控制和环境信号的多重报告 | 工业生物技术 |
| 42 | 2026-02-10 |
Harnessing semiochemicals for parasitoid-based biological control: from laboratory identification to field applications
2025-Nov-30, Crop health
DOI:10.1007/s44297-025-00061-4
PMID:41649713
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综述 | 本文综述了信息化学物质在调控寄生蜂行为中的作用,评估了行为操纵方法,并探讨了合成生物学与信息化学物质结合在可持续害虫管理中的潜力和局限性 | 通过合成生物学手段,利用植物和酵母的遗传与代谢工程释放关键信息化学物质,以操纵寄生蜂行为,这是生物防治领域的前沿创新点 | 合成生物学与信息化学物质结合的应用仍处于探索阶段,存在技术实施复杂性和生态安全性等潜在限制 | 研究信息化学物质在寄生蜂行为调控中的作用,并探索通过合成生物学手段增强生物防治效果的可持续害虫管理策略 | 寄生蜂(如Campoletis chlorideae)及其相关的信息化学物质(如性信息素、植物源协同素和寄主源利他素) | 农业生物技术 | NA | 气相色谱-触角电位检测(GC-EAD)、异位表达系统、遗传工程、代谢工程 | NA | 化学数据、行为数据 | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 植物, 酵母 | 生物传感器、代谢途径 | 农业 |
| 43 | 2026-02-08 |
Cellulase secretion by engineered Pseudomonas putida enables growth on cellulose oligomers
2025-Nov-25, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-025-13617-9
PMID:41291027
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研究论文 | 本研究通过工程化改造恶臭假单胞菌,使其分泌纤维素酶,从而能够利用纤维素寡聚物作为碳源生长 | 首次在恶臭假单胞菌中实现非天然纤维素酶的功能性分泌,并鉴定出高效的双精氨酸转运酶分泌信号肽 | 仅测试了纤维素寡聚物(纤维三糖和纤维四糖)作为碳源,未验证对完整纤维素聚合物的降解能力 | 开发恶臭假单胞菌作为合成生物学平台,用于从低品位原料进行化学合成 | 恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida) | 合成生物学 | NA | 分子工程改造、酶分泌系统构建 | NA | NA | NA | 双精氨酸转运酶分泌系统 | 恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida) | 纤维素酶分泌通路 | 工业生物技术 |
| 44 | 2026-02-08 |
Ultra-high throughput mapping of genetic design space
2025-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.16.532704
PMID:36993481
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研究论文 | 介绍了一种名为CLASSIC的遗传筛选平台,用于高通量评估任意长度基因构建体的表达谱,并训练机器学习模型预测基因回路行为 | 结合长读长和短读长NGS技术,首次实现对多kb长度基因回路设计(>10^5种)的并行定量评估,建立了“组成-功能”映射关系 | NA | 加速合成生物学中基因回路的设计与优化,建立数据驱动的复杂遗传系统设计方法 | 包含多种遗传元件组合的基因回路设计(5-20 kb长度) | 合成生物学 | NA | 长读长与短读长下一代测序(NGS) | 机器学习模型 | 测序数据 | 单次实验可测量超过10^5种基因回路设计 | NA | 人类细胞 | 基因回路(包含多种遗传元件组合) | 工业生物技术 |
| 45 | 2026-02-08 |
Advances in promoter engineering strategies for enhanced recombinant protein expression in plants
2025, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2025.1747353
PMID:41635682
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综述 | 本文综述了针对植物系统、旨在增强重组蛋白表达的启动子工程策略的最新进展 | 重点介绍了利用CRISPR转录控制、高通量筛选和机器学习辅助启动子设计等新兴合成生物学工具,创建适用于复杂多基因表达的可调、正交启动子 | NA | 推进植物分子农业,扩展植物作为高价值重组蛋白多功能生物工厂的作用 | 用于植物系统的启动子(天然、合成、杂交、诱导型和组织特异性启动子) | 合成生物学 | NA | CRISPR转录控制,高通量筛选,机器学习辅助启动子设计 | NA | NA | NA | CRISPR | 植物,植物细胞培养物 | NA | 医药,工业生物技术,农业 |
| 46 | 2026-02-08 |
Engineered probiotics for inflammatory bowel disease therapy: mechanisms, delivery strategies, and precision medicine
2025, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2025.1696524
PMID:41640410
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综述 | 本文综述了工程化益生菌在炎症性肠病治疗中的应用,包括其作用机制、递送策略和精准医学前景 | 聚焦于工程化益生菌的设计,以克服传统益生菌在胃肠道环境中的存活、定植和靶向性不足等限制,并探讨了基于个体肠道微生物组谱的个性化干预 | 工程化益生菌在长期安全性、稳定性以及治疗反应准确预测方面仍面临关键挑战 | 探索工程化益生菌作为炎症性肠病治疗的新型替代方案 | 炎症性肠病,包括溃疡性结肠炎和克罗恩病 | NA | 炎症性肠病 | 基因工程、合成生物学、先进封装技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 益生菌 | NA | 医学 |
| 47 | 2026-02-07 |
Electron transfer engineering of artificially designed cell factory for complete biosynthesis of steroids
2025-Apr-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58926-9
PMID:40258825
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研究论文 | 本研究通过阐明NADPH依赖酶的电子转移机制,系统性地工程化酿酒酵母的电子转移过程,以高效生产胆固醇和孕烯醇酮 | 首次系统性地工程化电子转移链,包括DHCR7和P450酶的电子转移残基、电子转移组件以及NADPH再生途径,显著缩短并稳定电子转移链 | NA | 提高类固醇的生物合成效率 | 酿酒酵母细胞工厂 | 合成生物学 | NA | 电子转移工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 酿酒酵母 | 代谢途径工程,包括电子转移链和NADPH再生途径 | 医药,工业生物技术 |
| 48 | 2026-02-06 |
Psilocybin: clinical potential, mechanistic insights, and biotechnological advances for scalable production
2025-Dec-31, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-025-04758-0
PMID:41474478
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综述 | 本文综述了裸盖菇素的临床潜力、作用机制及生物技术进展,重点讨论了其作为精神健康治疗候选药物的前景以及通过微生物平台实现规模化生产的生物技术策略 | 整合了裸盖菇素的临床研究、作用机制和生物技术生产进展,强调了利用工程化微生物(如酿酒酵母、构巢曲霉和大肠杆菌)进行异源表达以提高产量(达2000 mg/L)的创新方法 | NA | 探讨裸盖菇素作为生物制药候选物的临床潜力、作用机制及通过生物技术实现可持续规模化生产的途径 | 裸盖菇素(一种来自裸盖菇属蘑菇的色胺衍生生物碱)及其生物合成 | NA | 精神健康疾病 | 异源表达、代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 酿酒酵母, 构巢曲霉, 大肠杆菌 | 裸盖菇素生物合成途径 | 医药 |
| 49 | 2026-02-06 |
Bacterial DNA methylases as novel molecular and synthetic biology tools: recent developments
2025-Mar-06, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-025-13442-0
PMID:40047928
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综述 | 本文综述了细菌DNA甲基化酶的类型、靶向甲基化或去甲基化的主要技术,以及这些酶在分子和合成生物学中的最新作用 | 系统总结了利用融合蛋白(如锌指蛋白、TALE或CRISPR/dCas9与甲基化酶结合)实现靶向甲基化的新兴技术,并展望了通过鉴定更多细菌甲基化酶特性来开发新工具的潜力 | NA | 探讨细菌DNA甲基化酶作为分子和合成生物学工具的最新发展与应用 | 细菌DNA甲基化酶及其相关技术 | 合成生物学 | NA | 靶向甲基化技术、DNA组装技术 | NA | NA | NA | CRISPR/dCas9, TALEN, 锌指蛋白 | 细菌, 作物植物 | NA | 遗传工程, 细菌学, 生物技术, 农业 |
| 50 | 2026-02-06 |
Advancing cellulose utilization and engineering consolidated bioprocessing yeasts: current state and perspectives
2025-Feb-13, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-025-13426-0
PMID:39939397
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综述 | 本文综述了在酿酒酵母中表达纤维素酶以开发整合生物加工(CBP)酵母菌株的当前策略与进展,并探讨了利用合成生物学工具优化菌株的工业应用前景 | 系统总结了通过理性菌株设计和现代合成生物学工具优化CBP酵母的策略,并指出组学策略对未来菌株开发的指导作用 | 目前报道的一步法纤维素底物转化乙醇的滴度和产率远低于工业要求,CBP尚未实现工业化规模应用 | 开发能够高效利用纤维素、实现整合生物加工的酵母菌株,用于将木质纤维素生物质转化为生物燃料和绿色化学品 | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)及其工程化菌株 | 工业生物技术 | NA | 合成生物学工具、组学策略(omics strategies)、理性菌株设计 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae) | 纤维素酶表达系统、核心纤维素酶组合表达、分泌途径优化 | 能源、工业生物技术 |
| 51 | 2026-02-06 |
Study on the framework of ATP energy cycle system in Escherichia coli
2025-Feb-12, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-024-13350-9
PMID:39937288
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研究论文 | 本研究旨在开发一种用于大肠杆菌的快速、无标记、多位点、多拷贝基因组编辑系统,并探索构建AMP-ATP循环系统 | 鉴定出单个ppk基因(No.8)可完成AMP-ATP循环反应,并利用MUCICAT技术将其插入基因组不同位置和拷贝数,实现与质粒相当的表达水平 | 未明确说明实验规模或样本量,且研究主要聚焦于大肠杆菌,可能限制其直接应用于其他生物系统 | 开发高效的大肠杆菌基因组编辑系统,以降低ATP依赖反应的成本并推进合成生物学应用 | 大肠杆菌(Escherichia coli)及其ATP合成途径相关基因 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9, MUCICAT技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌(Escherichia coli) | AMP-ATP循环系统 | 工业生物技术 |
| 52 | 2026-02-06 |
Precision tumor treatment utilizing bacteria: principles and future perspectives
2025-Jan-04, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-024-13378-x
PMID:39754636
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综述 | 本文全面回顾了基于细菌的肿瘤治疗策略,包括其分类、机制、工程化方法以及临床转化挑战 | 系统整合了合成生物学与纳米医学于工程化细菌中,以增强治疗效果和可控性 | NA | 探讨利用细菌进行精准肿瘤治疗的原理和未来前景 | 工程化细菌及其与纳米材料的杂合系统 | NA | 肿瘤 | 基因工程、合成生物学、纳米医学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 细菌 | 肿瘤靶向、肿瘤细胞杀伤、抗肿瘤免疫激活的基因回路 | 医学 |
| 53 | 2026-02-05 |
Characterization of Rationally Designed CRISPR/Cas9-Based DNA Methyltransferases with Distinct Methyltransferase and Gene Silencing Activities in Human Cell Lines and Primary Human T Cells
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00569
PMID:39898483
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研究论文 | 本研究通过理性设计CRISPR/Cas9基础的DNA甲基转移酶,在人类细胞系和原代T细胞中实现了可编程的DNA甲基化和基因沉默 | 在DNMT3A催化核心引入突变,稳定了dCas9-DNMT3A/3L融合蛋白在Jurkat T细胞中的表达,同时保持DNA甲基化和基因沉默功能,并首次在原代人T细胞中验证了工程化dCas-DNMTs的功能 | 研究主要限于体外细胞实验,尚未在体内模型或更复杂的生理环境中验证 | 开发更稳定、高效的CRISPR/Cas9基础的表观遗传编辑工具,用于哺乳动物细胞的可编程DNA甲基化调控 | 人类细胞系(包括Jurkat T细胞)和供体来源的原代人T细胞 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9表观遗传编辑、DNA甲基化分析 | dCas9-DNMT3A/3L融合蛋白系统 | 表观遗传数据、基因表达数据 | 多种人类细胞系及供体来源的原代T细胞 | CRISPR-Cas9 | 人类细胞系、原代人T细胞 | dCas9与DNMT3A/3L甲基转移酶融合构建的表观遗传编辑系统 | 医学、基础研究 |
| 54 | 2026-02-05 |
Enhancing lipid production in plant cells through automated high-throughput genome engineering and phenotyping
2025-Feb-13, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koaf026
PMID:39899469
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研究论文 | 本文介绍了一种用于植物生物工程的快速、自动化、高通量管道FAST-PB,通过整合自动化生物铸造、基因组编辑和单细胞质谱分析,以增强玉米和本氏烟草中的脂质生产 | 开发了FAST-PB管道,整合了自动化生物铸造、Golden Gate克隆、CRISPR编辑和单细胞MALDI-MS分析,实现了高通量植物基因组工程和表型分析,显著提高了脂质产量 | NA | 开发一种自动化高通量管道,以加速植物生物工程过程,特别是增强脂质生产 | 玉米(Zea mays)和本氏烟草(Nicotiana benthamiana)的愈伤组织和原生质体细胞 | 合成生物学 | NA | CRISPR编辑、Golden Gate克隆、单细胞MALDI-MS、自动化生物铸造 | NA | 质谱数据、脂质组学数据 | NA | CRISPR-Cas9, Golden Gate Assembly | 玉米, 本氏烟草 | 通过CRISPR激活脂质控制基因来增强脂质生产,涉及多基因盒的引入 | 农业, 能源 |
| 55 | 2026-02-05 |
Beyond pigments and perfumes: engineering in the carotenoid and apocarotenoid spectrum, novel enzymes, and synthetic biology strategies
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1716709
PMID:41625067
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综述 | 本文通过模块化视角,综述了类胡萝卜素和脱辅基类胡萝卜素的生物合成途径,包括新型酶、合成生物学工具及代谢控制策略 | 采用途径模块中心视角,整合多种酶源、宿主范围及途径模块性,强调新发现和工程化酶以及合成生物学工具 | NA | 综述类胡萝卜素和脱辅基类胡萝卜素生物合成的最新进展,为研究人员提供层次化理解以推动该领域发展 | 类胡萝卜素和脱辅基类胡萝卜素的生物合成途径 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 植物, 真菌, 藻类, 酵母, 细菌 | NA | 生物医学, 农业, 环境, 食品 |
| 56 | 2026-02-05 |
A synthetic biology toolkit for rationally designing genetic circuits in Acinetobacter baumannii
2025, Frontiers in systems biology
DOI:10.3389/fsysb.2025.1668595
PMID:41626556
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研究论文 | 本研究开发了一个用于鲍曼不动杆菌的合成生物学工具包,包括BioBrick部件库和模块化CRISPRi平台,以对抗抗菌素耐药性 | 首次在鲍曼不动杆菌中系统表征BioBrick部件并开发模块化CRISPRi平台,为理性设计基因电路提供基础 | NA | 通过合成生物学方法对抗鲍曼不动杆菌的抗菌素耐药性 | 鲍曼不动杆菌及其基因电路 | 合成生物学 | 抗菌素耐药性感染 | CRISPR干扰 | NA | NA | NA | BioBrick, iGEM | 鲍曼不动杆菌 | 基因电路,包括诱导型和组成型启动子库以及CRISPRi介导的抑制系统 | 医学 |
| 57 | 2026-02-03 |
Wheat Plasma Membrane Receptors: Orchestrating Immunity and Bridging to Crop Improvement
2025-Dec-19, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb48010002
PMID:41614833
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综述 | 本文综述了小麦质膜受体的多样性、分类、信号机制及其在植物免疫中的核心作用,并探讨了其在作物改良中的应用潜力 | 系统整合了小麦质膜受体在大型六倍体基因组背景下的功能特征化挑战,并首次详细阐述了其家族规模从10个到3424个成员的巨大差异,以及将基础研究与作物改良策略(如标记辅助选择、基因叠加和受体工程)相连接 | 小麦基因组庞大、基因重复和功能冗余阻碍了质膜受体的功能表征,且遗传冗余和多效性效应是主要障碍 | 阐明小麦质膜受体的功能、信号机制及其在免疫与作物抗病改良中的作用 | 小麦质膜受体,特别是受体样激酶家族 | 植物生物学/作物遗传改良 | 植物病害(如小麦叶锈病) | 多组学、系统生物学、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 小麦 | NA | 农业 |
| 58 | 2026-02-03 |
Cancer Reversion Therapy: Prospects, Progress and Future Directions
2025-Dec-15, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47121049
PMID:41614813
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综述 | 本文综述了癌症逆转疗法的前景、进展和未来方向,这是一种通过重编程恶性细胞使其恢复为非恶性状态而非摧毁它们的新型治疗范式 | 系统性地整合了癌症逆转疗法的生物学基础、现有策略、新兴技术,并提出了未来发展的关键方向,强调从“摧毁”到“重编程”的范式转变 | 许多报道的“逆转”现象可能只是刺激依赖的可塑性或短暂生长停滞,而非稳定的表型正常化;真正的癌症逆转需要持久、可遗传的表型改变,这在实现上仍面临重大挑战 | 探讨将恶性细胞重编程为非恶性状态的癌症治疗新策略 | 癌症细胞及其微环境 | NA | 癌症 | 单细胞分析、CRISPR基因编辑、患者来源类器官、人工智能 | NA | NA | NA | CRISPR | NA | NA | 医学 |
| 59 | 2026-02-03 |
Crosslinking intermodular condensation in non-ribosomal peptide biosynthesis
2025-Feb, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08306-y
PMID:39663458
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研究论文 | 本研究开发了位点选择性交联探针,用于解析非核糖体肽合成酶中载体蛋白与酶结构域间的相互作用,并报告了高分辨率冷冻电镜结构 | 首次应用四嗪点击化学捕获载体蛋白底物在缩合结构域活性位点的交联,揭示了模块间识别事件和载体蛋白的进程性移动机制 | 研究聚焦于酪氨酸生物合成前两个模块的相互作用,可能未完全反映完整合成酶的动态特性 | 阐明非核糖体肽合成酶的分子作用机制,为合成生物学设计提供结构基础 | 酪氨酸生物合成途径中的载体蛋白与缩合结构域/差向异构化结构域复合物 | 结构生物学 | NA | 位点选择性交联、四嗪点击化学、冷冻电镜、X射线晶体学 | NA | 结构数据 | NA | NA | NA | NA | 医药生物技术 |
| 60 | 2026-02-03 |
From Knallgas Bacterium to Promising Biomanufacturing Host: The Evolution of Cupriavidus necator
2025, Advances in biochemical engineering/biotechnology
DOI:10.1007/10_2024_269
PMID:39363001
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综述 | 本文深入回顾了Cupriavidus necator在过去十年中在分子生物学工具、代谢工程和创新发酵策略方面的技术进步,并探讨了其作为可持续生物制造宿主的潜力 | 系统总结了C. necator从一种Knallgas细菌演变为有前景的生物制造宿主的过程,强调了其在推动可持续生物经济中的关键作用 | NA | 探讨C. necator作为多样化微生物底盘在合成生物学和可持续生物制造中的应用潜力 | Cupriavidus necator(一种多功能的微生物) | 合成生物学 | NA | 分子生物学工具、代谢工程、发酵策略 | NA | NA | NA | NA | Cupriavidus necator | NA | 工业生物技术 |