本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['synthetic biology']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价9.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 581 | 2025-12-07 |
Expanding the quorum sensing toolbox: Promoter libraries and hybrid promoter for dynamic genetic circuits
2025-Dec-25, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2025.09.004
PMID:40945582
|
研究论文 | 本文通过构建启动子库和设计新型混合启动子,扩展了群体感应工具箱,用于动态遗传电路的优化与应用 | 创建了P(LasI/LasR)和P(EsaI/EsaR)系统的启动子库,并设计了一种新型混合启动子,需要两种自诱导剂激活,实现了多阶段遗传开关的动态控制 | NA | 扩展群体感应工具箱,优化动态遗传电路的设计与调谐 | 群体感应系统、启动子库、混合启动子、遗传电路 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | NA | 多阶段遗传开关,包括生长阶段和两个顺序生产阶段,使用混合启动子实现动态控制 | 工业生物技术 |
| 582 | 2025-12-07 |
Characterization and orthogonality assessment of two quorum sensing systems for synthetic biology applications
2025-Dec-25, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2025.08.001
PMID:40835148
|
研究论文 | 本研究全面表征了LasI/LasR和EsaI/EsaR两种群体感应系统在大肠杆菌中的功能,并评估了它们的正交性以避免交叉干扰 | 首次在模型宿主大肠杆菌中全面表征这两种群体感应系统,并通过突变策略解决了系统间的交叉干扰问题,实现了功能正交 | 研究仅在大肠杆菌中进行,未在其他宿主中验证,且突变体可能影响系统在其他环境下的性能 | 优化和标准化群体感应系统以扩展合成生物学应用范围 | LasI/LasR和EsaI/EsaR两种群体感应系统 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 理性设计突变 | 大肠杆菌 | 群体感应系统,包括启动子、信号分子和合酶组件 | 工业生物技术 |
| 583 | 2025-12-07 |
Reengineering of ergosterol biosynthesis in Saccharomyces cerevisiae and its sustainable application in citrus peel processing industry
2025-Dec-25, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2025.10.002
PMID:41072655
|
研究论文 | 本研究通过合成生物学策略重新工程化酿酒酵母中的麦角固醇生物合成,并探索其在柑橘皮加工工业中的可持续应用 | 首次报道了在酿酒酵母中重新工程化麦角固醇生物合成以抵抗D-柠檬烯胁迫,为柑橘皮加工工业提供可持续生物能源解决方案 | NA | 重新工程化麦角固醇生物合成并应用于柑橘皮加工工业的可持续生物能源开发 | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae) | 合成生物学 | NA | 合成生物学策略,包括MVA途径模块、后角鲨烯途径模块和麦角固醇生物合成模块 | NA | NA | 摇瓶和5升生物反应器发酵实验 | 合成生物学策略 | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae) | 麦角固醇生物合成途径的重新工程化,涉及MVA途径、后角鲨烯途径和麦角固醇生物合成模块 | 能源, 工业生物技术 |
| 584 | 2025-12-07 |
Monoclonal antibodies production in microbial systems: Current status, challenges and perspectives
2025-Dec-25, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2025.10.005
PMID:41075867
|
综述 | 本文全面综述了微生物系统生产单克隆抗体的现状、挑战与前景,重点讨论了微生物表达平台的优势、基因编辑与合成生物学技术的应用,以及AI驱动的优化策略 | 系统整合了CRISPR/Cas9基因编辑、合成生物学重建哺乳动物糖基化通路、以及AI驱动的高通量优化等前沿技术,提出微生物平台作为哺乳动物细胞系统的高效替代方案 | 微生物系统在蛋白质正确折叠、翻译后修饰(如糖基化)的精确性方面仍存在局限性,可能影响某些治疗性抗体的功能与安全性 | 探索微生物系统作为单克隆抗体工业化生产的替代平台,以解决传统哺乳动物细胞系统成本高、周期长的问题 | 单克隆抗体(mAbs) | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑、合成生物学、AI优化、高通量筛选 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物系统(具体未指定,可能包括大肠杆菌、酵母等) | 哺乳动物糖基化通路重建 | 医药、生物医学研究 |
| 585 | 2025-12-07 |
Automated Genetic Manipulation for the Construction of Pichia pastoris Cell Factories
2025-Nov-27, Chem & bio engineering
DOI:10.1021/cbe.5c00033
PMID:41340629
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于BioFoundry的自动化遗传操作流程,用于快速构建毕赤酵母细胞工厂 | 首次报道了针对毕赤酵母的自动化高通量遗传操作系统,实现了高效的基于热激的转化和基因组编辑,并自动化表征了96个内源启动子 | 研究主要针对毕赤酵母,其他非模式酵母的适用性有待进一步验证 | 构建和优化微生物细胞工厂,特别是用于重组蛋白表达和天然产物生物合成 | 毕赤酵母(Pichia pastoris) | 合成生物学 | NA | 自动化遗传操作、基因组编辑、启动子表征 | NA | NA | 96个内源启动子 | BioFoundry | 毕赤酵母(Pichia pastoris) | 细胞工厂构建,用于生产倍半萜α-檀香烯和α-檀香醇 | 工业生物技术 |
| 586 | 2025-12-07 |
In silico approaches for discovering microbial antiviral defense systems
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf619
PMID:41348595
|
综述 | 本文综述了用于发现微生物抗病毒防御系统的计算策略,包括序列同源性、结构引导、基因组上下文和人工智能方法 | 将计算方法分为四大策略,并讨论了新兴工具如保守基因簇发现工具和基因组基础模型,以支持合成模块的生成设计 | 序列同源性方法在检测高度分化或新系统方面有限,结构引导方法计算成本高 | 系统探索微生物免疫系统,指导理性噬菌体疗法、微生物组工程和合成生物学应用 | 原核生物的多样化抗病毒防御系统 | 生物信息学 | NA | 高通量测序 | 人工智能方法 | 基因组数据 | NA | NA | 原核生物 | NA | 医学, 农业, 环境, 工业生物技术 |
| 587 | 2025-12-06 |
The evolving landscape of precise DNA insertion in plants
2025-Dec-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66715-7
PMID:41330932
|
综述 | 本文回顾了植物基因组中精确DNA插入技术的发展历程,从随机方法到基于CRISPR-Cas系统的工具,并分析了当前挑战与新兴解决方案 | 系统梳理了CRISPR-Cas系统在植物精确DNA插入中的应用演进,包括基因靶向、先导编辑及基于重组酶/转座酶的平台,并探讨了从理论到实践的转化路径 | 本文为综述性文章,未涉及原始实验数据,主要基于现有文献分析,可能未覆盖最新技术突破 | 探讨植物基因组精确DNA插入技术的演变、当前局限性与未来发展方向,以推动作物改良和合成生物学应用 | 植物基因组编辑技术,特别是CRISPR-Cas系统及相关工具 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统、基因靶向(GT)、先导编辑(PE)、重组酶/转座酶平台 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 植物 | NA | 农业, 工业生物技术 |
| 588 | 2025-12-06 |
Advances in trypsin research: sources, structural insights, applications and protein engineering for industrial use
2025-Dec, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148996
PMID:41232883
|
综述 | 本文综述了胰蛋白酶的研究进展,包括其来源、结构、应用以及为工业用途进行的蛋白质工程改造 | 系统总结了通过定点突变等蛋白质工程方法增强胰蛋白酶抗自降解能力和热稳定性的最新进展,并提出了整合AI驱动蛋白质设计与合成生物学工具的未来研究方向 | 在阐明动态酶-底物相互作用、利用天然序列多样性以及在工业规模条件下实现最佳产量方面仍存在挑战 | 综述胰蛋白酶的研究进展,并探讨通过蛋白质工程改进其工业应用性能 | 胰蛋白酶(一种丝氨酸蛋白酶) | NA | NA | 定点突变,蛋白质工程,重组蛋白表达 | NA | NA | NA | NA | 微生物重组表达系统 | NA | 工业生物技术 |
| 589 | 2025-12-06 |
Targeting and tracking mRNA lipid nanoparticles at the particle, transcript and protein level
2025-Oct, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-025-01511-8
PMID:41102346
|
综述 | 本文综述了用于监测RNA负载脂质纳米颗粒体内行为的现有及新兴技术,并讨论了改善组织与细胞靶向的策略,以扩展该技术的应用范围 | 系统整合了脂质纳米颗粒化学修饰、生物工程及合成生物学方法(如利用microRNA靶位点)来调控mRNA递送与表达,并探讨了通过修饰编码蛋白来控制有效载荷的稳定性与亚细胞定位 | NA | 扩展RNA负载脂质纳米颗粒在非肝脏疾病治疗中的应用,并加速其临床转化 | RNA负载脂质纳米颗粒 | NA | NA | 脂质纳米颗粒技术、合成生物学方法、microRNA靶向技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 590 | 2025-12-06 |
The AML immune paradox: decoding escape pathways and pioneering checkpoint, vaccine, and combination strategies
2025-Jul-09, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01795-9
PMID:40634759
|
综述 | 本文综述了急性髓系白血病(AML)免疫治疗的机制、挑战与未来方向,重点探讨了免疫检查点抑制剂和疫苗策略 | 系统解码AML的免疫逃逸途径,并整合检查点阻断、疫苗及联合策略等新兴免疫疗法,提出通过单细胞基因组学、人工智能和合成生物学识别新靶点及改善患者分层 | 面临肿瘤微环境异质性、耐药性白血病干细胞、治疗毒性(如贫血、细胞因子释放综合征)、克隆进化导致的复发以及缺乏预测性生物标志物等挑战 | 评估AML免疫治疗的机制、挑战与未来方向,旨在改善临床疗效 | 急性髓系白血病(AML)及其免疫抑制性肿瘤微环境 | NA | 急性髓系白血病 | 单细胞基因组学、人工智能、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 591 | 2025-12-05 |
Plant-derived peptides: From identification to agronomic applications
2025-Dec-01, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.11.004
PMID:41243283
|
综述 | 本文综述了植物源肽作为生物农药和生物刺激剂的潜力,并提出了一个整合肽鉴定、分子设计、生物制造和生态评估的框架 | 提出结合人工智能、纳米技术和合成生物学等新兴技术,以克服植物源肽商业化中的瓶颈 | 商业化受限,包括多样性探索不足、生产成本高、生态风险评估不完整和应用场景未定义 | 探索植物源肽作为环保型生物农药和生物刺激剂在农业中的应用潜力 | 植物源肽及其在农业中的鉴定、设计和应用 | 农业生物技术 | NA | 人工智能、纳米技术、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 592 | 2025-12-05 |
Modeling of Phage-Mediated CRISPRi System to Inhibit Antibiotic Resistances in Bacteria
2025-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference
DOI:10.1109/EMBC58623.2025.11253443
PMID:41337296
|
研究论文 | 本文提出了一种基于工程化噬菌体递送CRISPR干扰系统以抑制细菌抗生素耐药性的创新策略,并开发了数学模型来模拟其动态过程 | 利用工程化噬菌体递送CRISPRi系统来精确沉默耐药基因,并结合数学模型评估系统性能及长期疗效潜力 | NA | 开发合成生物学方法以对抗抗菌素耐药性 | 抗生素耐药性病原体 | 合成生物学 | 细菌感染 | CRISPR干扰系统 | 数学模型 | 模拟数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 细菌 | CRISPRi递送系统 | 医学 |
| 593 | 2025-12-04 |
Engineered Commensals as Next-Generation Drug Delivery Agents for Nose-to-Brain Therapeutics in Neurological Disorders
2025-Dec-03, ACS chemical neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.1021/acschemneuro.5c00874
PMID:41268975
|
综述 | 本文探讨了利用合成生物学和材料工程开发的工程化共生菌作为鼻-脑给药系统,用于治疗中枢神经系统疾病 | 提出将工程化共生菌与鼻内给药途径相结合,绕过血脑屏障,实现中枢神经系统药物的靶向递送 | NA | 开发一种基于工程化共生菌的鼻-脑给药系统,以改善中枢神经系统疾病的治疗 | 中枢神经系统疾病(如阿尔茨海默病、帕金森病、中风、胶质瘤) | 合成生物学 | 神经系统疾病 | 合成生物学、材料工程 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞、细菌、病毒 | 疾病靶向迁移、局部治疗生产、适应性递送、免疫激活、代谢调节 | 医学 |
| 594 | 2025-12-04 |
A deep dive into plant metabolomics: Milestones, technologies, and translational impact
2025-Nov-26, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiaf408
PMID:40991682
|
综述 | 本文综述了植物代谢组学的发展历程、技术进展及其在植物生物学和农业应用中的翻译影响 | 总结了超过500个开源计算工具,并探讨了成像质谱、单细胞代谢组学、AI驱动的代谢物识别等新兴技术 | NA | 评估植物代谢组学在功能基因组学、作物改良和合成生物学中的作用 | 植物代谢组学数据、工具和应用 | NA | NA | 代谢组学、成像质谱、单细胞代谢组学、转录组-代谢组联合分析 | NA | 代谢组学数据集 | NA | NA | NA | NA | 农业、医学、生物技术 |
| 595 | 2025-12-04 |
Genetic engineering frontiers in cell manipulation-based tissue engineering: A comprehensive review
2025, BioImpacts : BI
IF:2.2Q3
DOI:10.34172/bi.30973
PMID:41322390
|
综述 | 本文综述了基于细胞操作的基因工程前沿技术在组织工程中的应用,探讨了其变革潜力 | 整合CRISPR-Cas9、TALENs和合成生物学等先进基因工程技术,结合3D生物打印、微流控和智能生物材料,推动复杂组织构建 | 存在长期遗传稳定性、可扩展性和脱靶效应等挑战,以及伦理和监管问题 | 探索基因工程在细胞操作组织工程中的前沿应用,以应对功能性组织替代的需求 | 软骨、骨骼、心脏、神经、皮肤和血管等多种工程化组织 | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALENs, 合成生物学, 碱基编辑, 合成遗传电路 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 哺乳动物细胞 | 合成遗传电路 | 医学 |
| 596 | 2025-12-03 |
Versatile Applications of CRISPR-Based Programmable T-DNA Integration in Plants
2025-Dec, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70353
PMID:40905066
|
研究论文 | 本文探索了CRISPR辅助的靶向T-DNA整合技术在植物中的应用,旨在提高转基因表达的精确性和效率 | 开发了CRISTTIN技术,利用CRISPR诱导的双链断裂实现精确T-DNA插入,相比传统Cas9,优化了基因功能研究和转基因表达控制 | NA | 研究植物中靶向T-DNA整合策略,以克服随机整合的缺点,提升转基因表达的精确性和应用范围 | 拟南芥和水稻 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9, Agrobacterium介导的T-DNA整合 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 拟南芥, 水稻 | 靶向T-DNA整合系统,用于基因敲除、原位互补、报告基因插入和转录增强 | 农业, 合成生物学 |
| 597 | 2025-12-03 |
From marsh to market: taming Vibrio natriegens for sustainable bioproduction
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103353
PMID:40945411
|
综述 | 本文探讨了利用已知最快生长的细菌——Vibrio natriegens作为生物技术底盘,开发可持续生物生产的过程 | 提出采用系统生物技术方法,结合菌株与工艺工程,指导Vibrio natriegens的理性优化,以实现可扩展的新一代生物制造 | 目前仍存在重要限制,特别是在实现高产品产量和处理难降解底物方面 | 开发Vibrio natriegens作为可持续生物生产的底盘微生物 | Vibrio natriegens细菌及其在生物生产中的应用 | 合成生物学 | NA | 基因组工程、合成生物学工具、系统水平分析 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | Vibrio natriegens | 生物传感器、代谢途径 | 工业生物技术、能源、环境 |
| 598 | 2025-12-03 |
Unearth hidden terpenoids in plants by genome mining and synthetic biology
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103365
PMID:41016367
|
综述 | 本文综述了如何通过基因组挖掘与合成生物学相结合的方法,系统性发现和表征植物中隐藏的萜类化合物 | 整合基因组挖掘与合成生物学,系统性挖掘所有主要萜类(包括三萜、二萜、倍半萜等)中隐藏的新颖骨架,显著扩展了药物开发的化学空间 | NA | 探索植物中隐藏萜类化合物的发现与表征方法 | 植物萜类化合物 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘,组合生物合成 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 599 | 2025-12-03 |
Building a lignin biofoundry: a review
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103377
PMID:41172615
|
综述 | 本文综述了合成生物学和生物铸造厂在木质素生物转化中的应用潜力,探讨了如何通过自动化设计-构建-测试-学习循环来开发木质素降解酶 | 提出了聚焦木质素的生物铸造厂概念,整合机器人技术、数据驱动生物学和人工智能,为木质素的高效生物转化提供创新框架 | NA | 探索利用合成生物学和生物铸造厂技术克服木质素生物转化工业应用限制的途径 | 木质素生物转化技术、生物铸造厂平台 | 合成生物学 | NA | 高通量筛选、定向进化、生物传感器引导选择 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术、环境、能源 |
| 600 | 2025-12-03 |
Architectures of emerging biofoundry platforms for synthetic biology
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103379
PMID:41177134
|
综述 | 本文综述了新兴生物铸造平台的架构,这些平台通过自动化加速合成生物学应用 | 强调了机器人辅助模块(RAMs)的灵活配置,以及人工智能集成以实现预测建模和迭代学习,为自驱动实验室奠定基础 | NA | 概述生物铸造平台的架构基础,以促进高通量和可重复的生物工程 | 生物铸造平台,包括机器人系统、分析仪器和软件 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | E. coli, S. cerevisiae, B. subtilis, 哺乳动物细胞 | 切换开关、振荡器、逻辑门、生物传感器、代谢途径 | 医学、农业、环境、能源、材料、食品、工业生物技术 |