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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-03-14 |
Biosynthesis of Two Types of Exogenous Antigenic Polysaccharides in a Single Escherichia coli Chassis Cell
2025-05-26, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life15060858
PMID:40566513
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研究论文 | 本研究在单个大肠杆菌底盘细胞中同时引入Wzy/Wzx依赖型和ABC转运蛋白依赖型两种抗原多糖生物合成途径,实现了两种结构不同多糖的共表达,为疫苗开发提供了一种简化且可扩展的策略 | 首次在单个宿主细胞中同时构建并表达两种不同生物合成途径的抗原多糖,并实现体内生物偶联生成糖蛋白,简化了多价结合疫苗的生产流程 | 共表达水平有所降低,诱导初期存在弱竞争相互作用,可能源于膜空间竞争或活化单糖前体的共享使用 | 开发一种合成生物学平台,用于在单个细菌宿主中共同表达多种多糖,以设计和生产针对耐药病原体的多价结合疫苗 | 大肠杆菌W3110细胞,两种抗原多糖(Wzy/Wzx依赖型和ABC转运蛋白依赖型) | 合成生物学 | 抗菌素耐药性感染 | Wzy/Wzx依赖型和ABC转运蛋白依赖型生物合成途径,体内生物偶联,全细胞蛋白质组学分析,MFUZZ聚类,基因本体分析 | NA | 蛋白质组学数据 | 工程化大肠杆菌菌株 | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 大肠杆菌 | 双途径生物合成系统,用于同时生产两种抗原多糖,并偶联至载体蛋白形成糖蛋白 | 医学 |
| 62 | 2026-03-14 |
Discovery of bacterial terpenoids by genome mining
2025, Methods in enzymology
DOI:10.1016/bs.mie.2025.01.078
PMID:40651831
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综述 | 本文概述了利用基因组挖掘方法从细菌中发现新型萜类合酶和萜类天然产物的策略 | 强调基因组挖掘作为传统天然产物发现方法的补充,专注于细菌中未开发的萜类合酶基因资源 | 未提及具体实验验证或数据限制,主要侧重于方法概述 | 探索细菌中萜类天然产物的发现潜力,以应用于药物和工业领域 | 细菌中的萜类合酶基因和萜类天然产物 | 合成生物学 | NA | 下一代测序,基因组挖掘 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 细菌 | NA | 药物,工业,商业 |
| 63 | 2026-03-13 |
Advanced microbial engineering approaches for biodegradation of pharmaceutical pollutants
2025-12-18, Biodegradation
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s10532-025-10238-x
PMID:41410736
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综述 | 本文综述了利用微生物工程策略高效降解药物污染物的最新进展 | 整合了CRISPR系统、适应性实验室进化、代谢工程、生物强化和生物反应器设计等多种先进技术,并探讨了合成生物学和宏基因组学在应对新兴污染物中的应用 | NA | 开发更有效和可持续的药物污染物生物修复策略 | 药物污染物(如抗癫痫药、抗生素、镇痛药、非甾体抗炎药、激素和防腐剂) | 环境生物技术 | NA | CRISPR系统、适应性实验室进化、代谢工程、生物强化、生物反应器设计、合成生物学、宏基因组学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物 | NA | 环境 |
| 64 | 2026-03-13 |
Bioremediation of polycyclic aromatic hydrocarbons contaminated soils/water for environmental remediation
2025-12-01, Biodegradation
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s10532-025-10229-y
PMID:41324725
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综述 | 本文综述了利用微生物进行多环芳烃(PAHs)污染土壤/水体的生物修复方法 | 系统总结了利用特定细菌(如假单胞菌、分枝杆菌等)及其酶系统降解PAHs的机制,并探讨了生物表面活性剂、生物膜、微生物群落以及基因工程、合成生物学和纳米技术等新兴工具在提升修复效率中的作用 | NA | 探讨可持续、环保的多环芳烃污染修复方法 | 多环芳烃(如萘、菲、蒽、芘)污染的土壤和水体 | NA | NA | 微生物降解、基因工程、合成生物学、纳米技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 环境 |
| 65 | 2026-03-10 |
DAPE cloning with modified primers for producing designated lengths of 3' single-stranded ends in PCR products
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0318015
PMID:39946422
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DAPE的DNA组装方法,通过修饰引物在PCR产物中产生指定长度的3'单链末端,用于高效精确的DNA克隆 | DAPE方法克服了传统SLIC技术对小DNA片段(如gRNA和表位标签)组装效率低的问题,能在单次反应中精确组装不同大小的DNA片段 | NA | 开发一种改进的DNA组装技术,以促进合成生物学中多基因电路的构建 | DNA片段,特别是小片段如gRNA和表位标签 | 合成生物学 | NA | PCR,DNA组装,磷酸硫酯修饰,T5外切酶处理 | NA | NA | NA | DAPE(DNA Assembly with Phosphorothioate and T5 Exonuclease) | NA | 多基因电路 | 工业生物技术 |
| 66 | 2026-03-07 |
[Biosynthesis and functions of human milk oligosaccharides]
2025-Oct-17, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.250490
PMID:41755593
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综述 | 本文综述了人乳寡糖的生理功能、应用潜力及其生物合成技术,重点关注通过合成生物学方法提高产量 | 结合代谢工程与合成生物学技术,利用不同底盘细胞显著提高人乳寡糖的产量,为食品和制药行业新产品开发提供新机遇 | NA | 探讨人乳寡糖的生物合成技术及其在食品和制药行业的应用潜力 | 人乳寡糖 | 合成生物学 | NA | 代谢工程,合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 底盘细胞 | NA | 食品,制药 |
| 67 | 2026-03-06 |
A parts list of promoters and gRNA scaffolds for mammalian genome engineering and molecular recording
2025-Nov-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02896-2
PMID:41219485
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研究论文 | 本文设计并量化了用于哺乳动物基因组工程和分子记录的启动子和gRNA支架变体库,以促进精确编辑和合成生物学应用 | 首次为哺乳动物系统开发了标准化的启动子和gRNA支架'部件列表',包括数千个变体,其中数百个比常用序列活性更高,并通过饱和诱变筛选增强了序列多样性 | NA | 开发用于哺乳动物基因组工程和分子记录的标准化遗传部件库,以提高编辑效率和可预测性 | 哺乳动物细胞系(人类和小鼠)中的启动子和gRNA支架变体 | 合成生物学 | NA | 多重prime editing、饱和诱变筛选 | NA | 序列数据、编辑活性数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 哺乳动物细胞 | gRNA阵列、'十键'阵列用于平衡pegRNA活性,适用于合成基因座、生物记录器和复杂遗传电路 | 医学、工业生物技术 |
| 68 | 2026-03-05 |
Transforming Crowded Coacervates into Multi-Compartmental Hybrid Microreactors for Practical Enzymatic Catalysis
2025-Oct-20, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202502479
PMID:40884011
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研究论文 | 本文提出了一种基于Pickering乳液的封装方法,将无膜凝聚层转化为多室杂化微反应器,用于高效酶催化 | 创新点包括将拥挤凝聚层转化为具有层次化分隔结构、分子拥挤环境、选择性渗透能力和机械增强稳定性的多室杂化微反应器 | NA | 研究目的是设计和构建具有组织复杂性、多样功能性和实际应用性的人工原细胞,以推动体外合成生物学和生物工程发展 | 研究对象为杂化微反应器,涉及生物和非生物催化物种的空间隔离 | 合成生物学 | NA | Pickering乳液封装 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 69 | 2026-03-04 |
A meta-analysis of the gut microbiome in inflammatory bowel disease patients identifies disease-associated small molecules
2025-Feb-12, Cell host & microbe
IF:20.6Q1
DOI:10.1016/j.chom.2025.01.002
PMID:39947133
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meta-analysis | 通过荟萃分析炎症性肠病患者肠道微生物组的小分子生物合成基因簇,鉴定出与克罗恩病相关的脂肪酸酰胺,并验证其破坏肠道通透性和加剧疾病的作用 | 首次通过合成生物学方法解析了克罗恩病相关基因簇产生的六种脂肪酸酰胺结构,并证实这些微生物来源小分子在疾病发生中的作用 | 研究主要基于小鼠模型验证,人类样本中的直接致病机制仍需进一步探究 | 探究肠道微生物组小分子代谢物在炎症性肠病发病机制中的作用 | 炎症性肠病患者和健康对照的肠道宏基因组样本、克罗恩病相关基因簇产物、结肠炎小鼠模型 | 宏基因组学 | 炎症性肠病(克罗恩病) | 宏基因组测序、合成生物学、结构解析 | NA | 宏基因组数据、质谱数据 | IBD患者与健康对照的粪便样本(具体数量未明确说明) | 合成生物学 | 梭菌属(Clostridia) | 小分子生物合成基因簇(BGCs) | 医学 |
| 70 | 2026-03-02 |
Bacterial Therapeutics: Addressing the Affordability Gap in Cancer Therapy
2025-Jul-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0870
PMID:40660814
|
综述 | 本文探讨了细菌疗法作为低成本替代方案,以应对癌症治疗中日益增长的经济负担 | 结合合成生物学和人工智能技术,开发下一代毒性更低、成本更低的细菌免疫疗法 | NA | 解决癌症治疗中的经济可及性问题,降低全球医疗成本 | 细菌免疫疗法及其在癌症治疗中的应用 | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学,人工智能 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | NA | 医学 |
| 71 | 2026-02-28 |
Microbiome-driven resistance in cervical cancer therapy: from mechanistic dissection to clinical translation
2025-Dec-29, Expert reviews in molecular medicine
IF:4.5Q2
DOI:10.1017/erm.2025.10029
PMID:41457383
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综述 | 本文综述了微生物组在宫颈癌治疗耐药性中的作用,从机制解析到临床转化的最新进展 | 系统性地将阴道微生物群失调与宫颈癌治疗耐药性联系起来,并提出了基于微生物组的干预策略,包括合成生物学驱动的精准微生物组疗法 | NA | 探讨微生物组如何驱动宫颈癌治疗耐药性,并评估基于微生物组的干预策略的临床转化潜力 | 宫颈癌患者及其相关的阴道微生物组 | NA | 宫颈癌 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 | 工程细菌 | NA | 医学 |
| 72 | 2026-02-28 |
STAGE: A compact and versatile TnpB-based genome editing toolkit for Streptomyces
2025-Sep-02, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2509146122
PMID:40857323
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研究论文 | 本研究开发了一种基于TnpB的紧凑型基因组编辑工具包STAGE,用于链霉菌的高效、精确基因编辑 | 首次在链霉菌中建立了基于ISDra2 TnpB的基因组编辑平台,其效应蛋白大小仅为Cas9的三分之一,并开发了单碱基编辑和多重编辑系统,通过AI辅助蛋白质工程将编辑效率提升至近100% | NA | 开发适用于链霉菌的高效、精确基因组编辑工具 | 链霉菌(Streptomyces) | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统、TnpB辅助基因组编辑、AI辅助蛋白质工程 | NA | NA | 两种工业重要链霉菌菌株 | CRISPR-Cas, TnpB | 链霉菌(Streptomyces) | 基因组编辑平台、单碱基编辑系统(C·G-to-T·A)、多重编辑系统 | 工业生物技术 |
| 73 | 2026-02-28 |
Potential and Optimization of Mammalian Splice Riboswitches for the Regulation of Exon Skipping-Dependent Gene Expression and Isoform Switching within the ALOX5 Gene
2025-03-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00731
PMID:40011207
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研究论文 | 本研究探讨了合成核糖开关在哺乳动物细胞中通过控制选择性剪接来调控基因表达的潜力,特别是在ALOX5基因中的应用 | 提出了通过基因特异性内含子和外显子序列的上下文适应来优化核糖开关功能,并开发了能够切换5-LO野生型与缺失外显子13的异构体表达的新型核糖开关剪接概念 | 合成核糖开关在真核系统中控制基因表达的功能通常限于特定基因或细胞类型 | 研究合成核糖开关在调控哺乳动物细胞中基因表达和异构体切换的潜力与优化方法 | 人工花生四烯酸5-脂氧合酶基因(ALOX5)在HEK293细胞中的表达调控 | 合成生物学 | NA | 选择性剪接调控、核糖开关技术 | NA | 基因表达数据 | 使用HEK293细胞系 | 合成核糖开关、基因编辑 | 哺乳动物细胞(HEK293) | 四环素核糖开关控制的盒式外显子系统,用于调控选择性剪接和异构体切换 | 医学、合成生物学 |
| 74 | 2026-02-28 |
Synthetic Lipid Biology
2025-Feb-26, Chemical reviews
IF:51.4Q1
DOI:10.1021/acs.chemrev.4c00761
PMID:39805091
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综述 | 本文正式提出“合成脂质生物学”这一新兴领域,整合化学、生物学、物理学和工程学方法,以合成和操纵脂质及生物膜来理解其复杂性质与功能 | 首次将跨学科研究系统化为“合成脂质生物学”框架,强调通过构建与分析脂质及膜系统来深化理解,类比合成生物学的核心理念 | NA | 通过合成、编辑和检测脂质及生物膜,揭示其性质、行为和功能,以应对脂质生物学复杂性 | 脂质分子、生物膜及其与蛋白质的相互作用 | 合成生物学 | NA | 化学合成、化学酶法合成、光遗传学、蛋白质工程、生物正交化学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 75 | 2026-02-27 |
Advances and Future Perspectives of Synechocystis sp. as a Microbial Cell Factory for Biomanufacturing
2025-Nov, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.70162
PMID:41311002
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综述 | 本文综述了集胞藻作为微生物细胞工厂在生物制造中的最新进展、面临的挑战及未来研究方向 | 整合了生物信息学概述与合成生物学应用的最新进展,并提出了规模化、工业化及组学策略整合的未来方向 | NA | 推动蓝藻在工业生物技术中的应用,促进可持续、低碳、高效的生物生产系统发展 | 集胞藻 | 工业生物技术 | NA | 组学策略 | NA | NA | NA | 合成生物学设计 | 集胞藻 | NA | 工业生物技术 |
| 76 | 2026-02-26 |
Structure and encapsulation of carbonic anhydrase within the α-carboxysome
2025-Nov-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2523723122
PMID:41223214
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研究论文 | 本研究解析了α-羧化体内部碳酸酐酶的结构及其封装机制 | 首次揭示了CsoSCA的六聚体三聚体结构,证明其封装不依赖锌离子和连接蛋白CsoS2,并阐明了其在羧化体内部连接Rubisco与外壳的桥梁作用 | 研究主要基于合成微型外壳和细菌模型,体内完整羧化体的动态组装过程仍需进一步验证 | 阐明α-羧化体中碳酸酐酶的结构特征及其在微区室内的封装机制 | 化能自养细菌Halothiobacillus neapolitanus的α-羧化体碳酸酐酶CsoSCA | 结构生物学 | NA | 分子结构解析、合成微型外壳技术 | NA | 结构数据、生化实验数据 | NA | 合成生物学技术 | Halothiobacillus neapolitanus(化能自养细菌) | 羧化体微区室封装系统(包含Rubisco和碳酸酐酶的半透性蛋白质外壳) | 合成生物学、生物技术 |
| 77 | 2026-02-26 |
Regulatory helix plays a key role in genetic ON-OFF switching for the 2'-deoxyguanosine-sensing mRNA element
2025-07, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110282
PMID:40412519
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研究论文 | 本文通过化学探测和荧光淬灭实验,揭示了2'-脱氧鸟苷感应核糖开关在转录过程中的动态调控机制 | 发现核糖开关并非简单的二元开关,而是通过关键中间态在RNA合成过程中精细调控下游基因转录 | 研究主要基于体外实验,需要进一步在体内验证调控机制 | 阐明2'-脱氧鸟苷感应核糖开关的转录调控机制 | 2'-脱氧鸟苷感应核糖开关及其转录中间体 | 合成生物学 | NA | 化学探测、荧光淬灭实验 | NA | 结构探测数据、荧光信号数据 | NA | NA | NA | 核糖开关调控元件 | 医学, 合成生物学 |
| 78 | 2026-02-25 |
Toehold-VISTA: A machine learning approach to decipher programmable RNA sensor-target interactions
2025-Aug-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.12.669990
PMID:40832290
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研究论文 | 本文提出了一种名为Toehold-VISTA的机器学习框架,用于快速设计高性能RNA传感器,并成功应用于针对SARS-CoV-2 RNA的传感器设计 | 结合生物物理建模与机器学习(PLS-DA框架),通过高通量实验数据训练预测模型,实现了对RNA传感器性能关键决定因素的捕捉与优化设计 | NA | 加速RNA传感器的设计与工程化,解决传统设计方法耗时长的挑战 | RNA传感器(以toehold switches为模型)与靶标RNA(如SARS-CoV-2 RNA)的相互作用 | 机器学习 | NA | 高通量实验测量、序列-结构特征提取、生物物理建模 | PLS-DA(偏最小二乘判别分析) | RNA序列与结构数据 | NA | NA | NA | RNA传感器(toehold switches) | 生物技术、诊断应用 |
| 79 | 2026-02-24 |
Synthetic transcription factors establish the function of nine amino acid transactivation domains of Komagataella phaffii Mxr1
2025-03, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.108211
PMID:39855340
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研究论文 | 本研究通过构建合成转录因子,系统表征了Komagataella phaffii中Mxr1转录因子的九个氨基酸反式激活结构域(9aaTADs)的功能与机制 | 首次在K. phaffii锌指转录因子中全面鉴定21个推测的9aaTADs,发现其中10个具有功能,并揭示其通过Gcn5介导的组蛋白乙酰化机制激活转录 | 研究主要基于Δmxr1突变株的体外功能验证,体内生理环境下的调控网络及与其他转录因子的相互作用尚未完全阐明 | 探究K. phaffii中Mxr1转录因子的9aaTADs结构域的功能特性与分子机制 | Komagataella phaffii(巴斯德毕赤酵母)的Mxr1转录因子及其9aaTADs结构域 | 合成生物学 | NA | 合成转录因子构建、基因敲除株功能互补、靶基因转录激活分析 | NA | 分子生物学实验数据 | 21个推测的9aaTADs结构域(包括TAD A-V) | 合成生物学设计(合成转录因子构建) | Komagataella phaffii(巴斯德毕赤酵母) | 由Mxr1ZF DNA结合域与串联9aaTADs组成的合成转录因子系统 | 工业生物技术 |
| 80 | 2026-02-22 |
Recent advances in the synthesis and application of biomolecular condensates
2025-02, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.108188
PMID:39814227
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综述 | 本文综述了通过相分离驱动的合成生物分子凝聚体(SBMCs)的最新进展,包括其构建原理、调控方法以及在基础与应用研究中的潜力 | 利用合成生物学方法从头合成生物分子凝聚体,并系统阐述其内在构建原理、调控方法及在染色体结构、疾病机制、生物制造等领域的应用 | 对生物分子凝聚体的内部组织和外部调控机制的理解仍处于早期阶段,未来在生物材料、生物技术和生物医学领域仍面临机遇与挑战 | 探讨合成生物分子凝聚体的构建方法、调控机制及其在基础科学与应用研究中的潜力 | 合成生物分子凝聚体(SBMCs) | 合成生物学 | 肿瘤发生、衰老 | 相分离、合成生物学方法 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生物材料、生物技术、生物医学、药物递送、人工细胞设计、生物制造 |