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当前共找到 1530 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-09-03 |
RNAtranslator: Modeling protein-conditional RNA design as sequence-to-sequence natural language translation
2025-10, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013541
PMID:41042819
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研究论文 | RNAtranslator是一种生成式语言模型，首次将蛋白质条件下的RNA序列设计视为序列到序列的自然语言翻译问题，直接从给定蛋白质生成结合RNA序列。 | 首次将RNA设计问题转化为序列到序列的自然语言翻译，实现了直接从目标蛋白质生成RNA序列而无需后续优化。 | 可能对无RNA互作数据的蛋白质生成序列的特异性有限，未明确讨论。 | 开发一种新方法，从蛋白质序列直接高效生成结合RNA序列，以支持RNA治疗和合成生物学应用。 | RNA和蛋白质相互作用，特别是RNA结合蛋白的目标序列。 | 自然语言处理、生成模型适用于生物信息 | NA | 序列-到-序列翻译，生成语言模型（如Transformer） | 生成语言模型（seq2seq） | 序列数据（RNA和蛋白质序列） | 大规模数据集（具体样本量未在摘要中说明） | NA | NA | NA | 医学、合成生物学 |
| 62 | 2026-09-03 |
CloneFast: A simple plasmid design and construction guide for labs venturing into synthetic biology
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104025
PMID:40773353
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研究论文 | 本文介绍了一套名为CloneFast的简化质粒设计与构建指南，旨在通过经济高效的方法快速完成质粒组装。 | CloneFast指南结合了计算机模拟设计和实验步骤，利用可重复使用的修饰寡核苷酸实现磷酸硫代修饰，并通过快速碘介导切割产生精确黏端，实现无缝片段组装，使质粒组装可在3天内完成，克服了传统方法的成本和限制。 | 文中未提及具体局限性。 | 提供一种简单、经济、高效的质粒构建方法，供实验室使用，尤其是在合成生物学领域。 | 质粒组装流程及其关键步骤（如CompetePCR、碘介导切割和片段组装）。 | 合成生物学 | NA | 质粒组装、PCR、计算机模拟设计 | NA | 序列数据 | NA | NA | NA | 质粒构建 | 合成生物学、生物技术 |
| 63 | 2026-09-03 |
Promoting efficient synthesis and customization of sphingans based on metabolic engineering and synthetic biology strategies
2025-09-01, Carbohydrate polymers
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.carbpol.2025.123734
PMID:40441843
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综述 | 本文综述了基于代谢工程和合成生物学策略促进鞘氨醇胶高效合成与定制化的研究进展 | 提出利用基因组规模代谢网络模型和CRISPR等高效工具调控代谢途径，以及通过分子量调控和可控取代基修饰实现鞘氨醇胶定制化合成 | 主要挑战包括野生菌株研究背景不清晰及合成路径复杂，具体限制未详细说明 | 探讨如何基于代谢工程和合成生物学策略高效合成和定制鞘氨醇胶 | 鞘氨醇胶及其产生菌株 | 代谢工程、合成生物学 | NA | CRISPR、基因组规模代谢网络模型、高通量筛选、经典诱变 | 基因组规模代谢网络模型 | 文本 | NA | CRISPR | NA | 代谢途径调控 | 工业生物技术 |
| 64 | 2026-09-03 |
5'-O-P-N Linkages of Phosphoramidate Nucleotides: Chemical Construction and Biological Impact
2025-08, Chemical record (New York, N.Y.)
DOI:10.1002/tcr.202500056
PMID:40442970
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综述 | 本文综述了5'-O-P-N键连接的磷酸酰胺核苷酸的化学构建方法及其生物学影响 | 系统总结了5'-O-P-N键的合成策略，包括磷酰胺化、催化方法和新兴绿色化学技术，并探讨了其在代谢、酶相互作用及抗病毒和抗癌药物中的潜力 | 未提供具体实验数据，仅限于文献综述和理论分析 | 探讨5'-O-P-N磷酸酰胺核苷酸的化学合成方法及其在药物设计和生物技术中的应用前景 | 5'-O-P-N键连接的磷酸酰胺核苷酸 | 化学生物学 | 癌症, 病毒感染 | 化学合成 | NA | 文献数据 | NA | NA | NA | NA | 医学, 生物技术 |
| 65 | 2026-09-02 |
Systematic discovery and engineering of synthetic immune receptors in plants
2025-09-04, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adx2508
PMID:40906849
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研究论文 | 通过生物信息学和合成生物学方法，系统表征了285种植物中的LRR-RLK-XII受体家族，发现并工程化了一种感知冷休克蛋白肽的受体SCORE，扩展了植物免疫受体的识别谱。 | 首次通过功能系统发育学和蛋白质结构预测，系统性发现并工程化植物免疫受体，展示了通过关键氨基酸残基替换实现病原识别多态性的潜力。 | 论文摘要未明确提及局限性。 | 系统发现和工程化植物中的合成免疫受体，以增强植物对病原体的识别能力。 | 植物中的LRR-RLK-XII受体家族及其SCORE受体。 | 机器学习 | 植物病害 | 生物信息学、合成生物学、蛋白质结构预测 | NA | 基因组序列数据 | 285种植物物种 | 合成生物学工具 | 植物 | 植物免疫受体工程 | 农业 |
| 66 | 2026-09-02 |
A structure-oriented kinetics dataset of enzyme-substrate interactions
2025-08-26, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-05829-5
PMID:40858593
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研究论文 | 本文介绍了SKiD，一个整合酶-底物相互作用动力学参数（k和K）与三维结构数据的综合结构化数据集，通过自动化程序整合现有生物信息学资源并辅以计算预测，手动解决数据错误，保留文献与实验条件元数据，提供酶-底物复合物的三维坐标。 | 首次将酶动力学参数与三维结构数据系统性地关联起来，形成一个结构化数据集，填补了功能与结构数据之间的空白，并通过自动化整合与计算预测增强数据，且手动处理错误数据。 | 未明确提及。 | 建立一个链接酶动力学参数与三维结构的综合数据集，以增强对酶功能结构性基础的理解，支持酶设计、合成生物学和代谢工程的应用。 | 酶与底物相互作用，具体为酶动力学参数k和K以及酶-底物复合物的三维结构。 | 生物信息学 | NA | 计算预测 | NA | 结构化数据、三维结构数据、动力学参数、元数据 | 未明确提及具体样本数量。 | NA | NA | NA | 酶设计、合成生物学、代谢工程 |
| 67 | 2026-09-02 |
Single-Cell Nanoencapsulation: Chemical Synthesis of Artificial Cell-in-Shell Spores
2025-07-09, Chemical reviews
IF:51.4Q1
DOI:10.1021/acs.chemrev.4c00984
PMID:40403226
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综述 | 本文综述了通过单细胞纳米封装技术合成人工细胞-壳孢子的最新进展，重点介绍了有机、杂化及无机材料在保护细胞和增强功能方面的应用。 | 创新点在于系统分类和总结了单细胞纳米封装技术中不同材料类型（有机、杂化、无机）的应用，并强调了纳米壳在赋予细胞外源表型特性方面的多功能作用，为定制化人工孢子的设计提供了新方向。 | 本文未提及局限性，但可能因综述性质而缺乏对具体技术的深入实验验证。 | 旨在总结单细胞纳米封装技术的最新进展，并提出未来研究方向，以实现细胞内和周细胞水平的精细化学调控，构建定制化人工孢子。 | 人工细胞-壳结构，即通过化学合成方法制备的纳米封装细胞。 | 合成生物学、材料科学、生物医学工程 | NA | 单细胞纳米封装技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、生物化学、材料科学、生物医学工程 |
| 68 | 2026-09-02 |
Synthetic Biology in Natural Product Biosynthesis
2025-04-09, Chemical reviews
IF:51.4Q1
DOI:10.1021/acs.chemrev.4c00567
PMID:40116601
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综述 | 本文回顾了合成生物学在天然产物生物合成领域的最新进展，涵盖生物信息学工具、异源表达和途径工程三个方面。 | 综述了将生物信息学、实验和分析工具整合到天然产物发现流程中的新方法，并讨论了异源表达和组合生物合成等创新策略。 | 未提及具体局限性。 | 总结合成生物学在天然产物生物合成中的应用进展，包括工具开发、异源表达和途径工程。 | 天然产物及其生物合成基因簇（BGCs），涉及细菌、真菌和植物宿主。 | 合成生物学 | NA | 生物信息学工具、异源表达、组合生物合成 | NA | 基因组数据、代谢产物数据 | NA | NA | 细菌、真菌、植物 | NA | 医药、工业生物技术 |
| 69 | 2026-09-02 |
Engineering highly active nuclease enzymes with machine learning and high-throughput screening
2025-03-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101236
PMID:40081373
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研究论文 | 该论文介绍了一种名为TeleProt的机器学习框架，该框架结合进化数据和实验数据来设计蛋白质库，并成功提高了降解慢性伤口生物膜的核酸酶催化活性，通过多轮高通量筛选获得了性能优于定向进化的酶变体 | 首次将进化与实验数据融合于机器学习框架中，设计了无需先验实验数据即可生成高性能初始库的方法，并发布了包含55,000个核酸酶变体的广泛基因型-表型活性数据集 | 未明确讨论在更新颖化学环境或不同酶类中的适用性，且依赖高通量实验成本，可能限制了在其他系统中的应用 | 优化酶在新型化学环境中的功能，特别是提高核酸酶降解慢性伤口生物膜的催化活性 | 核酸酶酶变体，以及慢性伤口生物膜 | 机器学习 | 慢性伤口感染（相关生物膜） | 高通量筛选 | 机器学习框架（TeleProt） | 基因型-表型数据（酶活性数据） | 55,000个核酸酶变体 | NA | NA | NA | 医学 |
| 70 | 2026-09-02 |
Interfacing bacterial microcompartment shell proteins with genetically encoded condensates
2025-03, Protein science : a publication of the Protein Society
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/pro.70061
PMID:39969154
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研究论文 | 本研究展示了来自Haliangium ochraceum的细菌微区室壳蛋白（BMC-H）在串联RGG-RGG结构域形成的蛋白质凝聚体表面组装成涂层，这些涂层受pH和蛋白质浓度影响，并能稳定存在，防止液滴融合，同时可选择性地富集折叠蛋白，为合成生物学提供了一种新的控制液-液相分离区室特性的方法 | 创新之处在于将细菌微区室壳蛋白与基因编码的凝聚体相结合，通过设计RGG截短融合的BMC-H变体，在凝聚体表面形成稳定的涂层，从而控制液滴的融合行为，这是全新的一步 | 摘要未明确提及局限性，但可能包括涂层形成的条件依赖性（如pH和蛋白质浓度）以及对实际应用的环境敏感性 | 研究目的是利用基因编码的蛋白质涂层来调控液-液相分离凝聚体的表面特性，以应用于合成生物学中合成细胞或细胞器的构建 | 研究对象为Haliangium ochraceum的BMC-H壳蛋白、RGG-RGG结构域及其工程变体，以及TEV蛋白酶等折叠蛋白 | 合成生物学、蛋白质工程 | 不适用 | 蛋白质工程、液-液相分离、共聚焦显微镜 | 不适用 | 图像（显微镜图像） | 不适用（未提及样本数量） | 蛋白质融合 | 不适用（体外实验） | 设计了一种化学诱导二聚化系统，用于蛋白质凝聚体和涂层形成的调控 | 合成生物学、医学（潜在）、工业生物技术 |
| 71 | 2026-09-02 |
Synthetic Lipid Biology
2025-02-26, Chemical reviews
IF:51.4Q1
DOI:10.1021/acs.chemrev.4c00761
PMID:39805091
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综述 | 本文正式提出“合成脂质生物学”这一领域，整合了化学、生物学、物理学和工程学的研究方法，旨在通过构建、编辑、检测和分析脂质及生物膜来深入理解其性质和功能 | 首次将跨学科的脂质和膜研究统一为一个名为“合成脂质生物学”的新领域，强调理解与构建的紧密联系，并系统性地组织相关研究方法 | 作为综述，未提供具体的实验数据或验证结果，且该领域尚处于初期阶段，实际应用效果有待进一步验证 | 定义并推动合成脂质生物学领域的发展，通过构建和分析脂质及生物膜来增进对其生物学功能的理解 | 脂质分子及其形成的生物膜结构，包括其代谢、转运、相互作用和生物物理特性 | 合成生物学 | NA | 化学合成、化学酶合成、光遗传学、蛋白质工程、生物正交化学 | NA | 文献综述 | NA | 光遗传学、蛋白质工程 | NA | NA | 基础生物学、生物工程 |
| 72 | 2026-08-31 |
Engineering Motile Coacervate Droplets via Nanomotor Stabilization
2025-09-03, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c09366
PMID:40834351
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研究论文 | 本研究通过将金纳米颗粒包被的纳米马达锚定在凝聚液滴界面，并结合三元共聚物膜实现稳定，成功构建了具有运动能力的人工细胞模型，展示了光驱动的微马达平台。 | 首次将纳米马达与三元共聚物膜结合，稳定凝聚液滴并赋予其运动能力，实现光驱动的运动控制，填补了凝聚液滴人工细胞在运动功能上的空白。 | 运动性能依赖于激光刺激和纳米马达密度，且凝聚液滴的长期稳定性仍需进一步验证。 | 开发具有运动功能的凝聚液滴人工细胞，模拟自然细胞的运动特性。 | 凝聚液滴人工细胞系统，包含金纳米颗粒包被的纳米马达和三元共聚物膜。 | 合成生物学 | 不适用 | 纳米马达物理锚定、静电相互作用、表面等离激元热效应 | 不适用 | 图像、实验数据 | 不同浓度的纳米马达、不同尺寸的凝聚液滴 | 不适用 | 不适用 | 光驱动微马达平台（利用金纳米颗粒的等离激元热效应） | 生物医学、材料科学 |
| 73 | 2026-08-29 |
Golden Gate Cloning of Multigene Constructs Using the Modular Cloning System MoClo
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_2
PMID:39363064
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研究论文 | 本文描述了使用模块化克隆系统MoClo进行多基因构建体组装的实验方案 | 提供了一套标准化的MoClo系统组装多基因构建体的详细步骤，包括定义构建体结构、识别基本部件和载体，以及遵循标准规则进行单锅组装 | 未明确提及 | 介绍MoClo系统用于多基因构建体组装的方法，以促进合成生物学研究 | 多基因构建体及其组成部件和载体 | 合成生物学 | NA | 模块化克隆，类型IIS酶DNA组装 | NA | NA | NA | Golden Gate Assembly, MoClo | NA | 多基因构建体 | 生物研究, 合成生物学 |
| 74 | 2026-08-29 |
Standardized Golden Gate Assembly Metadata Representation Using SBOL
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_6
PMID:39363068
|
研究论文 | 本文介绍了一个软件工具，用于创建基于SBOL标准的构建计划表示，以模拟Type IIS介导的Golden Gate组装反应并存储相关元数据 | 提出了一个将Golden Gate组装构建计划标准化为SBOL表示的软件工具，支持模拟Type IIS介导的组装反应，并实现机器可读的元数据存储 | 未在摘要中明确提及局限性 | 实现Golden Gate组装构建计划的标准化表示，以促进合成生物学中的信息交流和自动化 | Golden Gate组装标准（如MoClo、Phytobricks、Loop）和SBOL表示 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装 | NA | 文本和元数据 | NA | Golden Gate Assembly | NA | Golden Gate组装反应 | 工业生物技术 |
| 75 | 2026-08-29 |
Golden Gate Cloning of MoClo Standard Parts
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_1
PMID:39363063
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研究论文 | 本文提供了克隆MoClo标准部件（level 0模块）的详细实验方案，包括引物设计、PCR扩增和Golden Gate克隆步骤 | 给出了用于MoClo系统的level 0模块克隆的标准化规程，特别涵盖了大片段部件的中间-1级克隆策略 | 未提及 | 为合成生物学研究者提供可复现的MoClo标准部件克隆方法 | MoClo标准部件（level 0模块）及其亚部件 | 合成生物学 | NA | PCR, Golden Gate克隆, DNA测序 | NA | DNA序列 | NA | Golden Gate Assembly | NA | 多基因构建体 | 工业生物技术 |
| 76 | 2026-08-29 |
Automation and Miniaturization of Golden Gate DNA Assembly Reactions Using Acoustic Dispensers
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_9
PMID:39363071
|
研究论文 | 本文介绍了一种利用声学分配器自动化和小型化Golden Gate DNA组装反应的方法，将反应体积从传统的10-25 μL减少到1 μL | 首次将声学液体处理技术应用于Golden Gate克隆反应的小型化，实现了无吸头、高通量、低成本的DNA组装自动化 | 摘要未提及具体局限性 | 开发并验证一种自动化、小型化的Golden Gate DNA组装反应协议，以减少试剂消耗和塑料废物 | Golden Gate克隆反应及其DNA组装过程 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装、声学液体处理 | NA | 实验数据 | NA | Golden Gate Assembly | NA | DNA组装反应（模块化克隆） | 工业生物技术 |
| 77 | 2026-08-29 |
Validation of Golden Gate Assemblies Using Highly Multiplexed Nanopore Amplicon Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_10
PMID:39363072
|
研究论文 | 本文介绍了一种使用高度多重纳米孔扩增子测序验证Golden Gate组装结果的方法，称为DuBA.flow工作流程。 | 提出了一种结合双条形码扩增子测序与纳米孔平台的DuBA.flow流程，实现了从单菌落到最终测序报告的全流程序列验证，适用于高组合复杂性的文库组装。 | 摘要未提及具体局限性。 | 提供一种详细、易操作的协议，用于对Golden Gate组装结果进行高效的序列验证，特别是在使用部分文库导致高组合复杂性的情况下。 | Golden Gate组装产物，包括转录单元和多基因构建体。 | 合成生物学 | NA | 纳米孔测序 | NA | 测序数据 | NA | Golden Gate Assembly | NA | 转录单元和多基因构建体的组装 | 工业生物技术 |
| 78 | 2026-08-29 |
Biofoundry-Assisted Golden Gate Cloning with AssemblyTron
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_8
PMID:39363070
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研究论文 | 本文介绍了AssemblyTron，一个开源Python包，用于在OpenTrons OT-2实验室机器人上自动化Golden Gate组装，并升级其功能以支持模块化克隆载体、突变文库和索引质粒文库的构建。 | 通过开源机器人自动化Golden Gate组装，提升了错误率、资源消耗和培训要求，适用于复杂DNA构建和组合文库，且成本低、易用。 | 未提及 | 提供低成本的自动化解决方案，以简化合成生物学中的Golden Gate克隆和文库构建。 | 自动化Golden Gate组装流程及升级能力 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装 | NA | 实验数据 | 未提及 | Golden Gate Assembly | NA | 模块化克隆载体、突变文库和索引质粒文库 | 工业生物技术 |
| 79 | 2026-08-29 |
Golden Gate Cloning of Expression Plasmids for Synthetic Small RNAs in Bacteria
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_17
PMID:39363079
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于Golden Gate组装技术的高效构建大肠杆菌合成小RNA表达质粒的方法，并提供了相关协议和设计工具G-GArden | 提出了一种基于Golden Gate组装的质粒系列和快速构建合成小RNA表达质粒的协议，并开发了G-GArden工具用于辅助设计寡核苷酸和悬突以实现无痕组装 | 文中未提及具体局限性 | 开发快速高效构建合成小RNA表达质粒的方法，应用于合成生物学领域 | 大肠杆菌中的合成小RNA表达质粒 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装 | NA | 质粒序列和寡核苷酸序列 | NA | Golden Gate Assembly | 大肠杆菌 | 合成小RNA表达质粒 | 工业生物技术 |
| 80 | 2026-08-29 |
Modular Golden Gate Assembly of Linear DNA Templates for Cell-Free Prototyping
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_11
PMID:39363073
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于模块化Golden Gate组装的无克隆工作流程，用于快速生成线性DNA模板，以实现细胞-free转录和翻译系统的快速原型测试 | 提出了一种结合Golden Gate组装和PCR扩增的无克隆工作流程，能够在体外快速生成由多个基因部件组成的线性DNA模板，避免耗时的细胞转化和克隆步骤，实现一天内完成大量新组装构建体的测试 | 本文未明确提及局限性，但可能受限于线性DNA模板在细胞-free系统中的稳定性和组装效率 | 开发一种快速、模块化的方法，用于细胞-free原型测试遗传调控元件和电路，加速合成生物学的设计-构建-测试-学习循环 | 遗传调控元件和电路，包括启动子、核糖体结合位点、编码序列和终止子等基因部件 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装、PCR扩增、细胞-free转录和翻译（TXTL） | NA | DNA序列 | NA | Golden Gate Assembly | NA | 转录单元由启动子、RBS、编码序列和终止子组成 | 工业生物技术 |