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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 861 | 2025-10-05 |
Silaffins as functional biomacromolecules in regulating frustule morphogenesis and biosilica properties
2025-May, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143105
PMID:40222518
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研究论文 | 本研究通过基因过表达和CRISPR/Cas9介导的敲除方法,揭示了硅藻中silaffin蛋白TpSil1和TpSil3在硅质细胞壁形态发生和生物硅特性调控中的具体功能 | 首次系统阐明不同silaffin蛋白在硅藻细胞壁形态发生中的特异性功能,并发现其对硅藻生理和硅质材料物理化学性质的调控作用 | 由于TpSil1和TpSil2序列高度同源,无法单独敲除TpSil1;TpSil3完全敲除可能导致致死性,无法获得双等位基因敲除突变体 | 探究silaffin蛋白在硅藻硅质细胞壁形态发生和生物硅特性调控中的具体功能 | 模型生物假微型海链藻(Thalassiosira pseudonana)及其silaffin蛋白TpSil1和TpSil3 | 合成生物学 | NA | 基因过表达、CRISPR/Cas9介导的基因敲除、形态学分析 | NA | 形态学数据、生理学数据、材料特性数据 | 假微型海链藻野生型和基因工程改造菌株 | CRISPR-Cas9 | 假微型海链藻 | 基因过表达和敲除系统 | 材料,医药,能源,工业生物技术 |
| 862 | 2025-10-05 |
The CpG Landscape of Protein Coding DNA in Vertebrates
2025-May, Evolutionary applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/eva.70101
PMID:40330995
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研究论文 | 通过理论分析和六种脊椎动物的全基因组数据,研究蛋白质编码DNA中CpG含量的形成机制和进化意义 | 首次系统揭示蛋白质编码序列中CpG含量显著高于非编码区,并发现CpG位点在调控功能和应激反应基因中富集 | 研究仅涵盖六种脊椎动物物种,可能无法完全代表所有脊椎动物的多样性 | 探究脊椎动物蛋白质编码基因中CpG含量的形成和维持机制 | 人类、小鼠、鸡、大山雀、青蛙和刺鱼六种脊椎动物的基因组数据 | 基因组学 | NA | 全基因组分析、DNA甲基化分析 | NA | 基因组序列数据 | 六种脊椎动物物种的全基因组数据 | NA | NA | NA | 进化生物学、育种学、合成生物学 |
| 863 | 2025-10-05 |
The structure of the Vibrio natriegens 70S ribosome in complex with the proline-rich antimicrobial peptide Bac5(1-17)
2025-Apr-22, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf324
PMID:40331629
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研究论文 | 通过冷冻电镜解析了富含脯氨酸的抗菌肽Bac5与Vibrio natriegens细菌70S核糖体的复合物结构 | 首次揭示了Bac5与核糖体的结合模式,发现其与同类肽Bac7具有完全不同的核糖体出口隧道相互作用方式 | NA | 阐明富含脯氨酸抗菌肽Bac5抑制细菌蛋白质合成的分子机制 | Vibrio natriegens细菌的70S核糖体与Bac5抗菌肽复合物 | 结构生物学 | 细菌感染 | 冷冻电镜 | NA | 结构数据 | NA | NA | Vibrio natriegens | NA | 医学 |
| 864 | 2025-10-05 |
Recombinant human collagen XVII protects skin basement membrane integrity by inhibiting the MAPK and Wnt signaling pathways
2025-Apr, Molecular medicine reports
IF:3.4Q2
DOI:10.3892/mmr.2025.13465
PMID:39981899
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研究论文 | 本研究探讨重组人胶原XVII通过抑制MAPK和Wnt信号通路保护皮肤基底膜完整性的机制 | 首次阐明重组人胶原XVII通过调控MAPK和Wnt信号通路保护皮肤基底膜完整性的分子机制 | 研究仅使用HaCaT角质形成细胞系,缺乏体内实验验证 | 阐明重组人胶原XVII保护皮肤基底膜完整性的功效和作用机制 | 人HaCaT角质形成细胞 | 合成生物学 | 皮肤损伤 | UVB照射、伤口愈合实验、HE染色、RT-qPCR、Western blotting、磷酸化抗体芯片 | NA | 基因表达数据、蛋白表达数据、细胞功能数据 | 人HaCaT角质形成细胞系 | 重组DNA技术 | NA | NA | 医学, 化妆品 |
| 865 | 2025-10-05 |
MultiCRISPR-EGA: Optimizing Guide RNA Array Design for Multiplexed CRISPR Using the Elitist Genetic Algorithm
2025-Mar-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00860
PMID:39976310
|
研究论文 | 开发基于精英遗传算法的图形界面工具MultiCRISPR-EGA,用于优化多路CRISPR引导RNA阵列设计 | 首次将精英遗传算法应用于多路gRNA阵列优化设计,通过最小自由能特征筛选更稳定的gRNA | 仅通过计算实验验证,缺乏体内实验验证 | 优化多路CRISPR引导RNA阵列设计流程,提高基因组编辑效率 | 多路引导RNA阵列 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统,CRISPR干扰(CRISPRi) | 精英遗传算法(EGA) | 基因组序列数据 | NA | CRISPR-Cas | NA | 单启动子驱动的多路gRNA阵列 | 工业生物技术 |
| 866 | 2025-10-05 |
Intracellular protein ligation and polyprotein synthesis using an asparaginyl endopeptidase core
2025-Mar-11, Chemical communications (Cambridge, England)
DOI:10.1039/d4cc06617k
PMID:39981834
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研究论文 | 开发基于AEP1核心结构域的细胞内蛋白质连接系统,实现无需酶激活和外部连接的实时多蛋白合成 | 利用截短型AEP1核心结构域在细胞内直接连接和聚合Ig结构域,实现实时多蛋白合成 | NA | 开发新型细胞内蛋白质连接技术 | AEP1酶核心结构域和Ig结构域 | 合成生物学 | NA | 蛋白质连接技术 | NA | NA | NA | AEP1 | NA | 蛋白质连接和多聚化系统 | 生物材料,合成生物学 |
| 867 | 2025-10-05 |
Use and dual use of synthetic biology
2025-03-07, Comptes rendus biologies
IF:0.7Q4
DOI:10.5802/crbiol.173
PMID:40052950
|
综述 | 本文回顾了合成生物学领域的历史,并分析了其双重用途风险 | 指出合成生物学的新颖性印象源于对其创建历史的快速遗忘,并强调程序(合成DNA)而非机器(底盘)是大多数工作的焦点和风险所在 | 未提出具体的风险管理方案或解决双重用途问题的具体措施 | 分析合成生物学的历史发展和双重用途风险 | 合成生物学领域及其安全风险 | 合成生物学 | NA | DNA合成 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 868 | 2025-10-05 |
Peptide-mediated liquid-liquid phase separation and biomolecular condensates
2025-Mar-05, Soft matter
IF:2.9Q2
DOI:10.1039/d4sm01477d
PMID:39964249
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综述 | 本文探讨肽介导的液液相分离在生物分子凝聚物形成中的分子机制及其在生物技术和医学中的应用 | 系统阐述肽介导相分离的分子机制及其可调控特性,突出肽凝聚物在生物工程领域的转化潜力 | NA | 探讨肽介导液液相分离的分子机制及其在生物技术和医学中的应用前景 | 肽介导的液液相分离过程及生物分子凝聚物 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 生物技术 |
| 869 | 2025-10-05 |
Innovative applications and research advances of bacterial biosensors in medicine
2025, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2025.1507491
PMID:40336836
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综述 | 本文综述了细菌生物传感器在医学领域的应用进展与挑战 | 系统总结了合成生物学和基因工程在细菌生物传感器设计中的突破性进展 | 讨论了细菌生物传感器在研究和应用中仍存在的挑战与障碍 | 探讨细菌生物传感器在医学诊断和治疗监测中的应用 | 细菌生物传感器 | 合成生物学 | NA | 基因工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, BioBrick | 细菌 | 生物传感器,基因表达调控回路 | 医学 |
| 870 | 2025-10-05 |
Elucidation and de novo reconstitution of glyceollin biosynthesis
2025-May-05, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.04.003
PMID:40211535
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研究论文 | 本研究阐明了大豆抗毒素甘氨酸素的完整生物合成途径,并通过合成生物学方法在酵母中实现了从头合成 | 发现了甘氨酸素生物合成中未表征的还原酶基因和五个介导氧化环化的P450酶,首次实现了甘氨酸素在酵母中的从头合成 | NA | 阐明甘氨酸素的完整生物合成途径并实现其可持续生产 | 甘氨酸素生物合成途径及相关酶基因 | 合成生物学 | NA | 瞬时表达、体外酶表征、酵母喂养研究 | NA | NA | NA | 代谢工程 | 本氏烟草, 酿酒酵母 | 甘氨酸素生物合成途径 | 农业, 生物学 |
| 871 | 2025-10-05 |
Engineering a newly identified alcohol dehydrogenase from Sphingobium Sp. for efficient utilization of nicotinamide cofactors biomimetics
2025-May-05, Bioresources and bioprocessing
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s40643-025-00870-z
PMID:40325297
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研究论文 | 本研究鉴定并改造了鞘氨醇菌来源的醇脱氢酶SpADH2,使其能高效利用烟酰胺辅因子仿生物作为辅因子 | 首次发现能利用全合成烟酰胺辅因子仿生物(tsNCBs)的天然醇脱氢酶,并通过半理性工程显著提升其催化效率和辅因子特异性 | NA | 开发能够高效利用低成本烟酰胺辅因子仿生物的醇脱氢酶 | 鞘氨醇菌来源的醇脱氢酶SpADH2及其突变体 | 合成生物学 | NA | 酶工程、半理性设计、酶催化表征 | NA | 酶活性数据、相互作用分析 | 野生型SpADH2及三个关键突变体(H43L、A290I、H43L/A290I) | 酶工程 | Sphingobium sp. SYK-6 | NA | 工业生物技术 |
| 872 | 2025-10-05 |
Directed evolution of hydroxylase XcP4H for enhanced 5-HTP production in engineered probiotics to treat depression
2025-May, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142250
PMID:40113000
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研究论文 | 通过定向进化羟化酶XcP4H并改造大肠杆菌Nissle 1917,开发能生物合成5-HTP的工程益生菌用于治疗抑郁症 | 首次将基于遗传密码扩展的高通量筛选方法应用于XcP4H的定向进化,创建了5-HTP产量提高22倍的酶变体,并构建了能同时改善肠道和大脑功能的活体治疗剂 | 研究目前仅在小鼠模型中验证效果,尚未进行人体临床试验 | 开发能有效生产5-HTP的工程益生菌,克服5-HTP药代动力学差的限制,为抑郁症治疗提供新策略 | 羟化酶XcP4H、大肠杆菌Nissle 1917、抑郁症小鼠模型 | 合成生物学 | 抑郁症 | 酶定向进化、分子动力学模拟、基因编辑、高通量筛选 | NA | 生物化学数据、行为学数据、微生物组数据 | 小鼠模型 | CRISPR-Cas9, 基因编辑 | 大肠杆菌 | 5-HTP生物合成途径 | 医药 |
| 873 | 2025-10-05 |
A novel NAC36-MYB18-TAT2 model regulates the synthesis of phenolic acid in Salvia miltiorrhiza Bunge
2025-Apr, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140987
PMID:39952526
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研究论文 | 本研究揭示了丹参中NAC36-MYB18-TAT2分子模块调控酚酸生物合成的分子机制 | 首次发现SmTAT2正向调控酚酸积累,并解析了SmNAC36通过激活SmMYB18间接调控及直接激活SmTAT2的双重调控通路 | NA | 探究丹参酚酸生物合成的分子调控机制 | 丹参(Salvia miltiorrhiza Bunge)中的酚酸合成关键酶基因SmTAT2及其转录调控因子 | 合成生物学 | NA | 转基因技术(过表达和CRISPR/Cas9)、酵母单杂交、双荧光素酶报告基因检测、EMSA | NAC36-MYB18-TAT2调控模型 | 分子生物学实验数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 丹参 | 酚酸生物合成调控通路 | 医药 |
| 874 | 2025-10-05 |
Advancing cellulose utilization and engineering consolidated bioprocessing yeasts: current state and perspectives
2025-Feb-13, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-025-13426-0
PMID:39939397
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综述 | 本文综述了酿酒酵母中纤维素酶表达策略及理性设计优化CBP菌株的最新进展 | 系统总结了通过现代合成生物学工具优化CBP酵母菌株的理性设计策略 | 目前一步法转化纤维素底物为乙醇的滴度和生产率远低于工业要求 | 开发能够将木质纤维素生物质转化为生物燃料和绿色化学品的CBP酵母菌株 | 酿酒酵母及其纤维素酶表达系统 | 合成生物学 | NA | 组学策略、理性菌株设计 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 酿酒酵母 | 纤维素酶表达系统、核心纤维素酶组合 | 能源, 工业生物技术 |
| 875 | 2025-10-05 |
Analysis of the Alkaline Resistance Mechanism of Halomonas alkalicola CICC 11012 s by Proteomics and Metabolomics
2025-Feb-13, Current microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00284-024-04056-2
PMID:39945829
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研究论文 | 通过蛋白质组学和代谢组学联合分析探究嗜碱盐单胞菌CICC 11012s的碱性抗性分子机制 | 首次结合蛋白质组学和代谢组学技术系统揭示嗜碱盐单胞菌应对碱性胁迫的多层次适应策略 | NA | 研究嗜碱盐单胞菌对极端碱性环境的耐受机制 | 嗜碱盐单胞菌CICC 11012s野生型及tonb基因突变株 | 合成生物学 | NA | 蛋白质组学,代谢组学,CRISPR | NA | 蛋白质组数据,代谢组数据 | 野生型和突变株菌株 | CRISPR-Cas9 | Halomonas alkalicola | tonb基因突变体 | 工业生物技术,环境治理 |
| 876 | 2025-10-05 |
Oligonucleotide subsets selection by single nucleotide resolution barcode identification
2025-Feb-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56856-0
PMID:39939320
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研究论文 | 提出一种基于单核苷酸分辨率条形码识别的寡核苷酸子集选择方法 | 采用序列特异性循环核苷酸合成和模板寡核苷酸阻断技术,无需引物即可实现选择性杂交,且能用少于五个核苷酸的条形码编码选择数百个子集 | NA | 开发可扩展且经济高效的复杂寡核苷酸文库处理方法 | 寡核苷酸文库 | 合成生物学 | NA | 循环核苷酸合成、模板阻断技术 | NA | DNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | 基因组学, 合成生物学, DNA数据存储 |
| 877 | 2025-10-05 |
Efficient Site-Directed Mutagenesis Mediated by Primer Pairs with 3'-Overhangs
2025-Feb, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.70104
PMID:39945594
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研究论文 | 提出一种通过3'-突出末端引物对介导的优化定点诱变方法 | 利用部分互补的3'-突出末端引物对提高诱变效率并降低错误率 | NA | 开发更高效可靠的定点诱变方法 | 质粒DNA | 合成生物学 | NA | 定点诱变 | NA | NA | 每个诱变反应仅需分析3个菌落 | Gibson Assembly | DH5α大肠杆菌 | NA | 工业生物技术 |
| 878 | 2025-10-05 |
Colored Proteins Act as Biocolorants in Escherichia coli
2025-Jan-21, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules30030432
PMID:39942539
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研究论文 | 本研究评估了多种彩色蛋白在大肠杆菌中作为生物着色剂的性能,重点发现GfasPurple蛋白在恶劣条件下的出色稳定性 | 系统比较了多种彩色蛋白的着色性能,首次详细评估了GfasPurple蛋白在热、乙醇、氧化剂等恶劣条件下的稳定性,并通过诱变技术扩展了色蛋白的彩色库 | 研究主要集中在大肠杆菌系统中,对其他宿主生物的适用性未充分验证 | 探索彩色蛋白作为生物着色剂的应用潜力 | 绿色荧光蛋白(eGFP和sfGFP)、红色荧光蛋白(mKate2)和三种色蛋白(GfasPurple、AmilCP、AeBlue) | 合成生物学 | NA | 诱变技术、吸收光谱分析 | NA | 光谱数据、视觉观察数据 | 6种彩色蛋白在大肠杆菌中的表达 | NA | 大肠杆菌 | 生物着色系统 | 工业生物技术 |
| 879 | 2025-10-05 |
Challenges and limitations in using bacterial metabolites as immunomodulators
2025, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2025.1535394
PMID:39944722
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综述 | 探讨利用细菌代谢物作为免疫调节剂面临的挑战与限制 | 系统梳理细菌代谢物免疫调节应用中从发现到临床转化的全链条限制因素 | 代谢物生物利用度有限、脱靶效应风险、个体差异性及微生物组复杂相互作用 | 分析细菌代谢物作为免疫调节剂的转化医学挑战 | 细菌代谢物及其免疫调节机制 | 免疫学与微生物组研究 | 免疫相关疾病 | 宏基因组学、代谢组学、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 880 | 2025-10-05 |
Enhancing active ingredient biosynthesis in Chinese herbal medicine: biotechnological strategies and molecular mechanisms
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.18914
PMID:39950047
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综述 | 探讨现代生物技术增强中草药活性成分生物合成的策略与分子机制 | 整合生物合成、分子调控和合成生物学策略,建立增强中草药活性成分生产的理论框架 | NA | 通过生物技术手段解决中草药活性成分稀缺和提取困难的问题 | 中草药活性成分及其生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学工具 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |