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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 921 | 2025-10-05 |
Development of a Komagataella phaffii cell factory for sustainable production of ( +)-valencene
2025-Jan-21, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-025-02649-5
PMID:39838465
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研究论文 | 本研究开发了一种利用Komagataella phaffii微生物细胞工厂可持续生产(+)-缬草烯的方法 | 首次在K. phaffii中通过CRISPR/Cas9系统引入(+)-缬草烯合酶,并通过多种代谢工程策略将产量提高82倍 | 研究仅在摇瓶水平进行验证,尚未进行大规模发酵优化 | 开发可持续生产(+)-缬草烯的微生物细胞工厂 | Komagataella phaffii工程菌株及其(+)-缬草烯生产能力 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑、代谢工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | Komagataella phaffii | 萜类化合物生物合成途径,包括MVA途径关键基因IDI1、tHMG1、ERG12、ERG19的过表达,ERG9启动子删除,法尼基焦磷酸合酶与(+)-缬草烯合酶融合蛋白 | 食品,饮料,化妆品 |
| 922 | 2025-10-05 |
Recent trends and advances in chloroplast engineering and transformation methods
2025, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2025.1526578
PMID:40313723
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综述 | 本文全面总结了叶绿体工程和转化方法的新兴技术,重点讨论了现代转化载体构建所需的合成生物学要素 | 聚焦叶绿体工程中的新兴技术和合成生物学方法,探讨多基因表达技术突破 | 该技术目前主要局限于模式物种,尚未实现商业化应用,需要扩展到更多重要农作物 | 总结叶绿体转化技术进展,探讨其在农业和医药领域的应用潜力 | 叶绿体基因组和转质体植物 | 合成生物学 | NA | 叶绿体转化技术 | NA | NA | NA | NA | 植物 | 多基因表达系统 | 农业, 医药 |
| 923 | 2025-10-05 |
Enhancing the physiological characteristics of chimeric antigen receptor natural killer cells by synthetic biology
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1592121
PMID:40313937
|
综述 | 本文综述了合成生物学在增强嵌合抗原受体自然杀伤细胞生理特性方面的最新进展 | 探讨了自然杀伤细胞与合成生物学工具包的协同作用,为开发能应对实体瘤挑战的新一代CAR-NK疗法提供路线图 | NA | 通过合成生物学方法增强CAR-NK细胞的生理特性,改善其在免疫抑制肿瘤微环境中的持久性和功能 | 嵌合抗原受体自然杀伤细胞 | 合成生物学 | 实体瘤 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 924 | 2025-10-05 |
Machine learning reveals novel compound for the improved production of chitooligosaccharides in Escherichia coli
2025-May-25, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2025.01.005
PMID:39827984
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研究论文 | 本研究利用机器学习模型和特征重要性分析,发现铁元素能显著提高大肠杆菌中壳寡糖的产量 | 首次将机器学习与特征分析相结合,从复杂代谢通路中识别出能提高壳寡糖产量的新化合物——铁 | 工程步骤可能无法带来足够改进,且代谢瓶颈可能隐藏在数百个代谢反应中 | 优化壳寡糖的生物合成途径,提高其在大肠杆菌中的产量 | 壳寡糖(COS)的生物合成途径 | 机器学习 | NA | 机器学习模型,特征重要性分析 | NA | 代谢生产数据 | 工程化转录调控因子库 | NA | 大肠杆菌 | 壳寡糖生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 925 | 2025-10-05 |
Creating a Halotolerant Degrader for Efficient Mineralization of p-Nitrophenol-Substituted Organophosphorus Pesticides in High-Saline Wastewater
2025-Apr, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.28923
PMID:39821562
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研究论文 | 本研究通过合成生物学方法构建了一种耐盐工程菌J9U-MP,用于高效降解高盐废水中的对硝基酚取代有机磷农药 | 首次将有机磷农药降解途径与血红蛋白基因整合至耐盐底盘菌,实现了高盐环境下农药的完全矿化 | 研究仅针对特定有机磷农药,未验证对其他污染物的降解能力 | 开发适用于高盐废水处理的生物强化技术 | 对硝基酚取代有机磷农药(如甲基对硫磷)及其降解中间体 | 环境生物技术 | NA | 基因工程、RT-PCR、气相色谱、稳定同位素分析 | NA | 基因表达数据、降解效率数据、稳定性数据 | 工程菌J9U-MP在60g/L NaCl废水中的降解实验 | 基因组整合 | Halomonas cupida J9 | 包含mpd/pnpABCDEF七个基因的异源降解途径,以及VHb和GFP基因 | 环境 |
| 926 | 2025-10-05 |
Next-generation metabolic models informed by biomolecular simulations
2025-Apr, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103259
PMID:39827498
|
综述 | 探讨如何将生物分子模拟与机器学习预测整合到代谢模型中,推动结构引导的合成生物学应用 | 首次系统提出将生物分子模拟与机器学习预测整合到代谢建模框架中,开创结构引导合成生物学新范式 | NA | 优化/理解代谢途径以改善蛋白质和小分子产品的生物生产 | 从微生物到人类的各种生物体的细胞代谢 | 计算生物学 | NA | 生物分子模拟、机器学习、通量平衡分析 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | 代谢途径优化 | 健康,环境,能源,可持续性 |
| 927 | 2025-10-05 |
Advances in designed bionanomolecular assemblies for biotechnological and biomedical applications
2025-Apr, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2024.103256
PMID:39827499
|
综述 | 本文综述了蛋白质工程在生物纳米分子组装体设计方面的最新进展及其在生物技术和生物医学领域的应用 | 整合人工智能工具(AlphaFold、RFDiffusion、ProteinMPNN)显著提升了从头设计的可扩展性和成功率 | NA | 探讨蛋白质工程在功能性治疗和生物技术应用中的生物纳米分子组装体设计进展 | 有限组装体(纳米笼、卷曲螺旋结构)和扩展组装体(丝状结构、2D/3D晶格) | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程、人工智能辅助设计 | AlphaFold、RFDiffusion、ProteinMPNN | NA | NA | NA | NA | 分子封装结构、功能蛋白域展示结构、细胞支架工程 | 生物技术, 生物医学, 材料科学 |
| 928 | 2025-10-05 |
Using synthetic biology to express nitrogenase biosynthesis pathway in rice and to overcome barriers of nitrogenase instability in plant cytosol
2025-Apr, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2024.12.002
PMID:39818476
|
研究论文 | 通过合成生物学方法将固氮酶生物合成途径导入水稻,并克服植物细胞质中固氮酶不稳定的障碍 | 首次成功将包含13个基因的固氮酶生物合成途径导入水稻,并鉴定出NifH-S18是导致蛋白降解的关键残基,获得了具有Fe蛋白活性且抗植物内切蛋白酶切割的NifH变体 | NA | 在谷物中实现生物固氮以减少化学氮肥使用 | 转基因水稻植株 | 合成生物学 | NA | 多基因载体转化、有性杂交、基因组测序分析 | NA | 基因组测序数据、蛋白质表达数据 | 两个F杂交水稻品系L12-13和L8-17 | 多基因载体 | 水稻 | 固氮酶生物合成途径(包含nifB、nifH、nifD、nifK、nifE、nifN、nifX、hesA、nifV、nifS、nifU、groES、groEL共13个基因) | 农业 |
| 929 | 2025-10-05 |
Artificial intelligence driven innovations in biochemistry: A review of emerging research frontiers
2025-Mar-07, Biomolecules & biomedicine
DOI:10.17305/bb.2024.11537
PMID:39819459
|
综述 | 本文综述了人工智能在生物化学领域的创新应用,重点关注数据分析、分子建模、酶工程和代谢通路研究 | 系统评估了AI在生物化学中的新兴研究前沿,包括蛋白质结构预测工具AlphaFold的应用以及AI在个性化医疗和合成生物学中的潜力 | 面临数据质量、模型可解释性和伦理问题等挑战 | 探索人工智能在生物化学领域的当前和潜在应用 | 生物化学研究中的复杂数据集、分子相互作用和药物发现过程 | 机器学习 | NA | 机器学习算法、自然语言处理、AI分子建模 | NA | 文献数据、分子数据、生物化学数据 | NA | NA | NA | NA | 医学、工业生物技术 |
| 930 | 2025-10-05 |
Mechanisms and applications of bacterial luciferase and its auxiliary enzymes
2025-Mar, Archives of biochemistry and biophysics
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.abb.2025.110307
PMID:39824239
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综述 | 本文综述了细菌荧光素酶(LuxAB)及其辅助酶的作用机制与应用进展 | 阐明了C4a-氢过氧黄素形成机制并鉴定出关键催化残基His44,通过蛋白质工程和合成生物学改善了LuxAB的发光特性 | 实现红移发射、优化信号强度和阐明发光物种生成机制等挑战性问题仍有待探索 | 深入理解LuxAB反应机制并拓展其生物技术应用 | 细菌荧光素酶(LuxAB)及其辅助酶系统 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程,合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 自给自足的发光系统,lux操纵子编码的酶系统 | 生物技术,生物医学,生物成像,生物传感,代谢工程,生物燃料生产 |
| 931 | 2025-10-05 |
Maize2035: A decadal vision for intelligent maize breeding
2025-Feb-03, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.01.012
PMID:39827366
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观点论文 | 提出面向2035年的智能玉米育种十年愿景,探讨通过多组学方法、智能育种和合成生物学等技术实现可持续农业目标 | 首次系统提出玉米智能育种的十年发展路线图,整合多组学、合成生物学和自主系统等前沿技术 | NA | 为全球玉米育种制定面向2035年的智能化发展愿景和实现路径 | 玉米育种技术体系 | 农业生物技术 | NA | 多组学方法、单细胞分析、全生物组分析 | NA | 多组学数据 | NA | 合成生物学方法 | NA | 理性设计 | 农业 |
| 932 | 2025-10-05 |
Bacillus methanolicus: an emerging chassis for low-carbon biomanufacturing
2025-Feb, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2024.06.013
PMID:39033040
|
综述 | 本文介绍了甲基营养型细菌Bacillus methanolicus作为甲醇基生物制造新兴底盘细胞的潜力 | 提出将嗜热甲基营养菌Bacillus methanolicus开发为低碳生物制造的新型底盘生物 | 当前工程化菌株的产业化效率仍需提升 | 探索利用合成生物学技术改造Bacillus methanolicus实现低碳生物制造 | Bacillus methanolicus细菌及其代谢工程改造 | 合成生物学 | NA | 代谢建模、基因组编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | Bacillus methanolicus | 代谢通路工程 | 工业生物技术,环境 |
| 933 | 2025-10-05 |
Recent advances in the synthesis and application of biomolecular condensates
2025-Feb, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.108188
PMID:39814227
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综述 | 本文综述了相分离诱导合成生物分子凝聚体(SBMCs)的最新进展及其在基础研究和应用领域的潜力 | 利用合成生物学方法从头合成生物分子凝聚体,模拟天然凝聚体的自组装和动力学特性 | 对生物分子凝聚体内部组织和外部调控机制的理解仍处于早期阶段 | 探讨合成生物分子凝聚体的构建原理、调控方法及其科学应用 | 合成生物分子凝聚体(SBMCs) | 合成生物学 | 肿瘤发生 | 相分离技术 | NA | NA | NA | NA | NA | 自组装系统 | 生物材料, 生物技术, 生物医学 |
| 934 | 2025-10-05 |
Rational Design of Dual-Targeted Nanomedicines for Enhanced Vascular Permeability in Low-Permeability Tumors
2025-01-28, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c12808
PMID:39797815
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研究论文 | 本研究通过合成生物学方法设计双靶向纳米药物,以增强低渗透性肿瘤中的血管渗透性 | 采用基因工程逻辑门控策略构建可调比例的双靶向铁蛋白纳米笼,并通过机器学习单血管分析揭示双受体表达谱在血管转运中的关键作用 | 研究主要基于患者来源的结肠癌模型,尚未在其他肿瘤类型中验证 | 开发双靶向纳米药物以增强肿瘤靶向递送效率 | 双靶向铁蛋白纳米笼(Dt-FTn)及其在低渗透性肿瘤中的血管转运机制 | 合成生物学 | 结肠癌 | 基因工程、机器学习单血管分析 | 机器学习 | 生物医学数据 | 患者来源的结肠癌模型 | 合成生物学方法 | NA | 逻辑门控策略,可调比例的RGD靶向和TfR1内在靶向配体共组装 | 医学 |
| 935 | 2025-10-05 |
S-layers: from a serendipitous discovery to a toolkit for nanobiotechnology
2025-Jan-17, Quarterly reviews of biophysics
IF:7.2Q1
DOI:10.1017/S0033583524000106
PMID:39819733
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综述 | 回顾S-layer蛋白的发现历程及其在纳米生物技术中的应用潜力 | 系统总结了S-layer蛋白从偶然发现到成为纳米生物技术工具包的发展历程,特别聚焦维也纳S-layer研究组的贡献 | NA | 探讨S-layer蛋白的结构特性及其在生物技术和纳米技术中的应用前景 | 原核微生物的表面层(S-layer)蛋白 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 原核微生物(细菌和古菌) | 自组装蛋白晶格结构 | 生物技术, 纳米技术, 合成生物学, 仿生学, 生物医学, 诊断学 |
| 936 | 2025-10-05 |
Heterologous Biosynthesis of Terpenoids in Saccharomyces cerevisiae
2025-Jan, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.202400712
PMID:39834096
|
综述 | 本文综述了在酿酒酵母中异源合成萜类化合物的策略与方法 | 系统阐述了利用细胞微区室技术、P450酶高效表达策略及宿主代谢调控来优化萜类合成途径 | NA | 构建高效的微生物细胞工厂以实现萜类化合物的大规模生产 | 萜类化合物的生物合成途径与酿酒酵母代谢工程 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、异源表达 | NA | NA | NA | NA | 酿酒酵母 | 萜类化合物生物合成途径 | 医药、保健品、香料 |
| 937 | 2025-10-05 |
SynNotch CAR-T cell, when synthetic biology and immunology meet again
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1545270
PMID:40308611
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综述 | 探讨合成Notch受体与CAR-T细胞疗法的革命性整合,以克服传统方法在实体瘤治疗中的局限性 | 引入合成Notch(synNotch)受体作为分子逻辑门,实现T细胞活化的多抗原精准调控 | NA | 通过合成生物学方法改进CAR-T细胞疗法在实体瘤治疗中的特异性、安全性和适应性 | 合成Notch受体工程化T细胞 | 合成生物学 | 实体瘤 | 合成受体工程 | 分子逻辑门 | NA | NA | synNotch | T细胞 | 基于天然受体-配体相互作用的可编程信号平台,实现时空控制基因表达 | 医学 |
| 938 | 2025-10-05 |
CYP98A monooxygenases: a key enzyme family in plant phenolic compound biosynthesis
2025-Jun, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhaf074
PMID:40303436
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综述 | 本文系统综述了CYP98A单加氧酶家族在植物酚类化合物生物合成中的分子特征与功能 | 首次对碎片化的CYP98A氧化酶家族研究进行系统性总结,提出通过代谢工程和合成生物学优化该酶的应用潜力 | 当前针对该氧化酶家族的研究仍较为分散,缺乏系统性的实验验证 | 阐明CYP98A单加氧酶在植物酚类化合物生物合成中的作用机制与应用前景 | CYP98A单加氧酶家族及其催化的酚类化合物生物合成途径 | 植物代谢工程 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | 文献数据 | NA | 代谢工程 | 园艺植物 | 酚类化合物生物合成途径 | 农业,医药,食品工业 |
| 939 | 2025-10-05 |
Elucidation of the Ultrafast Origin of Multiphasic Dynamics in a Far-Red-Sensing Cyanobacteriochrome
2025-May-01, The journal of physical chemistry letters
IF:4.8Q1
DOI:10.1021/acs.jpclett.5c00487
PMID:40256925
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研究论文 | 本研究通过飞秒分辨荧光和吸收方法揭示了远红光/橙光感知蓝细菌色素的光异构化动力学机制 | 首次在远红光吸收态中观察到独特的动态光谱调谐现象,并在橙光吸收态中发现明显的动态斯托克斯位移 | NA | 阐明蓝细菌色素的激发态光化学和结构动力学机制 | 新发现的远红光/橙光吸收蓝细菌色素 | 生物物理学 | NA | 飞秒分辨荧光光谱、飞秒分辨吸收光谱 | NA | 光谱数据 | NA | 合成生物学 | 蓝细菌 | 基于藻蓝胆素的光敏系统 | 生物技术 |
| 940 | 2025-10-05 |
Recent advances in synthetic biology toolkits and metabolic engineering of Ralstonia eutropha H16 for production of value-added chemicals
2025 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108516
PMID:39793936
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综述 | 本文综述了针对Ralstonia eutropha H16开发的合成生物学工具及其在代谢工程中生产高附加值化学品的应用 | 整合了多组学数据与完整基因组注释,为高效重编程代谢网络提供了强大遗传框架 | NA | 开发合成生物学工具并改造Ralstonia eutropha H16代谢途径以生产高附加值化学品 | Ralstonia eutropha H16细菌及其代谢工程改造 | 合成生物学 | NA | 转录组学、蛋白质组学、代谢组学、基因组工程 | NA | 多组学数据、基因组序列 | NA | 表达载体构建、调控元件设计、转化技术 | Ralstonia eutropha H16 | 代谢网络重编程、自养和异养生物合成途径 | 工业生物技术 |