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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1081 | 2025-10-05 |
A Nitrate/Nitrite Biosensor Designed with an Antiterminator for In Vivo Diagnosis of Colitis Based on Bacteroides thetaiotaomicron
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00602
PMID:39801064
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研究论文 | 本研究基于Bacteroides thetaiotaomicron开发了一种抗终止子微生物全细胞生物传感器,用于通过检测硝酸盐/亚硝酸盐在小鼠体内诊断结肠炎 | 开发了基于抗终止子的新型生物传感元件,通过结合组成型启动子和诱导型终止子创建了硝酸盐/亚硝酸盐诱导型启动子 | NA | 开发基于Bacteroides thetaiotaomicron的诊断性工程益生菌用于结肠炎诊断 | Bacteroides thetaiotaomicron微生物和溃疡性结肠炎小鼠模型 | 合成生物学 | 溃疡性结肠炎 | 微生物全细胞生物传感器技术 | NA | 生物传感响应数据 | 化学诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型 | 合成生物学元件设计 | Bacteroides thetaiotaomicron | 抗终止子生物传感器,硝酸盐/亚硝酸盐响应型基因回路 | 医学诊断 |
| 1082 | 2025-10-05 |
Construction and Characterization of MoClo-Compatible Vectors for Modular Protein Expression in E. coli
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00564
PMID:39801078
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研究论文 | 本研究构建并表征了与MoClo系统兼容的低拷贝和中拷贝载体,扩展了模块化蛋白表达工具包 | 扩展了现有MoClo工具包,新增低拷贝(p15A)和中拷贝(pBR322)目标载体,实现500倍荧光输出差异的蛋白表达范围 | NA | 开发模块化蛋白表达系统,优化生长耦合酶表达条件 | 大肠杆菌(E. coli)蛋白表达系统 | 合成生物学 | NA | Golden Gate克隆,模块化克隆(MoClo) | NA | 荧光输出数据,生长曲线数据 | 28个载体(Addgene目录号217582-217609) | Golden Gate Assembly | 大肠杆菌(E. coli) | 模块化蛋白表达系统,包含不同拷贝数的表达载体 | 工业生物技术 |
| 1083 | 2025-10-05 |
Microbial Production of Ectoine: A Review
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00490
PMID:39834017
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综述 | 本文综述了微生物生产四氢嘧啶的策略,包括野生菌株筛选、诱变育种和模式菌株代谢工程 | 系统总结了利用合成生物学和代谢工程技术替代传统嗜盐菌生产四氢嘧啶的最新进展 | NA | 阐明四氢嘧啶微生物生产的当前研究现状并为工业化生产提供见解 | 四氢嘧啶及其微生物生产菌株 | NA | NA | 合成生物学、代谢工程、发酵优化 | NA | NA | NA | NA | 嗜盐细菌、非嗜盐工程菌株 | 四氢嘧啶合成途径 | 生物医学、化妆品、食品工业 |
| 1084 | 2025-10-05 |
Do the Shuffle: Expanding the Synthetic Biology Toolkit for Shufflon-like Recombination Systems
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00790
PMID:39869770
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研究论文 | 本研究通过鉴定新型shufflon倒置酶并建立单分子测序检测方法,扩展了合成生物学工具包中的DNA重组系统 | 鉴定了14种先前未经测试的shufflon倒置酶基因及其识别位点,建立了基于单分子测序的定量检测方法,发现了具有显著改善重组效率的酶 | NA | 扩展合成生物学工具包中的shufflon样重组系统 | shufflon倒置酶及其识别位点 | 合成生物学 | NA | 单分子测序 | NA | 基因组序列数据 | 14种shufflon倒置酶基因 | shufflon倒置酶 | 大肠杆菌 | 合成shufflon系统,用于产生数百万序列变体 | 工业生物技术 |
| 1085 | 2025-10-05 |
Cell-Free Systems to Mimic and Expand Metabolism
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00729
PMID:39878226
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综述 | 本文探讨无细胞合成生物学系统在代谢模拟与扩展中的应用 | 将无细胞系统从传统蛋白质合成扩展到代谢途径原型设计和非天然反应网络构建 | 目前仅探索了少量代谢可能性,且主要依赖模式生物提取物 | 通过无细胞系统理解和工程化生物基化学转化过程 | 无细胞合成生物学系统及其代谢组件 | 合成生物学 | NA | 无细胞系统、酶组合设计 | NA | NA | NA | NA | 模式生物提取物 | 代谢途径原型、非天然反应网络 | 工业生物技术 |
| 1086 | 2025-10-05 |
Considerations for Domestication of Novel Strains of Filamentous Fungi
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00672
PMID:39883596
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综述 | 本文探讨丝状真菌作为微生物细胞工厂的驯化挑战与应用前景 | 系统阐述利用合成生物学工具开发丝状真菌生物技术潜力的新视角 | NA | 探讨丝状真菌菌株驯化策略以促进其生物技术应用 | 丝状真菌及其遗传与代谢特性 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、系统生物学 | NA | NA | NA | NA | 丝状真菌 | 代谢通路、信号转导通路 | 工业生物技术, 能源, 食品 |
| 1087 | 2025-10-05 |
DRIMS: A Synthetic Biology Platform that Enables Deletion, Replacement, Insertion, Mutagenesis, and Synthesis of DNA
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00649
PMID:39902634
|
研究论文 | 开发了一种基于PCR的合成生物学平台DRIMS,能够实现DNA的删除、替换、插入、突变和合成 | 利用recA非依赖性重组途径,在单一扩增步骤中完成多种DNA操作,无需DNA模板即可合成DNA | 仅提供了概念验证,尚未在更广泛的应用场景中验证 | 开发高效、简单、低成本的DNA操作平台以加速合成生物学和疾病治疗研究 | DNA片段、DNA结合序列、嵌合抗原受体组件、人工microRNA、点突变 | 合成生物学 | 癌症 | PCR, DpnI消化, 转化 | NA | DNA序列 | 4个删除、64个替换、4个组件替换、51个插入、5种点突变、8个DNA合成 | PCR, DpnI | 感受态细胞 | DNA删除、替换、插入、突变和合成操作平台 | 医学, 工业生物技术 |
| 1088 | 2025-10-05 |
BioTRY: A Comprehensive Knowledge Base for Titer, Rate, and Yield of Biosynthesis
2025-01-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00347
PMID:39423319
|
研究论文 | 开发了一个包含生物合成关键经济指标(滴度、速率和产量)的综合知识库BioTRY | 首个专门收集生物合成TRY原始研究数据的数据库 | NA | 评估发酵过程的经济可行性 | 生物合成过程中的滴度、速率和产量数据 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 生物合成数据 | >5,000种生化物质、>3,800个菌株和52,000个TRY条目 | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 1089 | 2025-10-05 |
CRISPR/Cas-Based Gene Editing Tools for Large DNA Fragment Integration
2025-01-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00632
PMID:39680738
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综述 | 本文全面综述了过去五年开发的大片段DNA整合方法,特别关注新兴的CRISPR相关技术 | 重点关注新兴的CRISPR转座酶和CRISPR重组酶策略,及其革新复杂疾病基因疗法的潜力 | 现有大片段基因整合技术面临效率低、脱靶效应和高成本等挑战 | 开发能够精确插入千碱基大小DNA片段的高效工具,支持基因工程、基因治疗和合成生物学应用 | 大DNA片段的整合技术 | 合成生物学 | 遗传疾病 | CRISPR基因编辑, HDR, CRISPR转座酶, CRISPR重组酶 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas | 哺乳动物细胞 | 大片段DNA整合 | 医学, 工业生物技术 |
| 1090 | 2025-10-05 |
Fine-Tuning Genetic Circuits via Host Context and RBS Modulation
2025-01-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00551
PMID:39754601
|
研究论文 | 本研究通过调控核糖体结合位点和宿主环境来优化遗传开关电路性能 | 将宿主生物重新概念化为合成生物学工具箱中的重要组成部分,系统探索了底盘设计空间作为工程变量的价值 | 仅测试了9种RBS组合和3种宿主环境,设计空间探索仍有限 | 研究如何通过宿主环境和RBS调控来精细调节遗传电路特性 | 遗传开关电路及其在三种不同宿主环境中的表现 | 合成生物学 | NA | 遗传电路工程 | NA | 性能指标数据 | 27个电路变体(9种RBS组合×3种宿主环境) | NA | 三种不同的宿主生物(具体未指明) | 遗传开关电路,具有可调节的信号强度、诱导剂敏感性和耐受性 | 工业生物技术 |
| 1091 | 2025-10-05 |
ATP Regeneration from Pyruvate in the PURE System
2025-01-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00697
PMID:39754602
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研究论文 | 本研究通过在PURE系统中整合基于丙酮酸氧化酶、乙酸激酶和过氧化氢酶的ATP再生系统,扩展了无细胞蛋白质合成的能力 | 开发了基于丙酮酸的新ATP再生途径,可与现有肌酸系统协同工作,将mCherry蛋白产量提高78% | 需要高初始磷酸盐缓冲液浓度(约10 mM),但未明确说明对其他蛋白质合成的影响 | 工程化改造PURE系统以增强ATP再生能力和蛋白质合成效率 | PURE无细胞蛋白质合成系统 | 合成生物学 | NA | 无细胞蛋白质合成,ATP再生系统 | NA | 生化实验数据 | 多批次自制PURE系统和商业PURExpress系统 | Gibson Assembly | NA | 基于丙酮酸氧化酶、乙酸激酶和过氧化氢酶的ATP再生代谢途径 | 合成生物学,合成细胞构建 |
| 1092 | 2025-10-05 |
Long-Term Protein Synthesis with PURE in a Mesoscale Dialysis System
2025-01-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00618
PMID:39757539
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研究论文 | 本研究开发了一种易于组装的中尺度透析系统,用于延长无细胞系统中蛋白质合成的反应寿命和提高产量 | 使用商业组件构建简单易组装的中尺度透析系统,在PURE无细胞系统中实现了长达12.5天的连续蛋白质合成 | 未明确说明系统的可扩展性和成本效益分析 | 解决无细胞系统反应寿命短和产量低的问题 | PURE无细胞系统和绿色荧光蛋白(GFP) | 合成生物学 | NA | 透析技术、周期性补料交换 | NA | 蛋白质产量数据 | NA | PURE无细胞系统 | NA | NA | 工业生物技术 |
| 1093 | 2025-10-05 |
Microfluidics-driven templating preparation of polymer vesicles with tailorable dimensions and rapid cellular internalization
2025-May-27, Biomaterials science
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/d5bm00377f
PMID:40237355
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研究论文 | 提出一种微球模板策略,结合微流控技术和嵌段共聚物自组装制备尺寸可调的聚合物囊泡 | 首次报道的微球模板策略,通过微流控精确控制实现按需尺寸调节(70-170纳米)和快速细胞摄取 | NA | 开发精确控制聚合物囊泡尺寸和性能的制备方法 | 聚合物囊泡的制备与性能研究 | 纳米技术 | NA | 微流控技术、动态光散射、光学显微镜、扫描电镜、透射电镜 | NA | 图像数据、性能测试数据 | 使用HUVECs和4T1细胞进行测试 | 微流控 | NA | NA | 药物递送、纳米反应器、合成生物学 |
| 1094 | 2025-10-05 |
Ponceau S as a Targeted Modulator for Protein Liquid-Liquid Phase Separation
2025-May-27, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.4c06432
PMID:40353860
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研究论文 | 本研究引入丽春红S作为选择性调节剂,用于调控和监测牛血清白蛋白和溶菌酶的液液相分离过程 | 首次发现丽春红S可作为小分子调节剂精确调控蛋白质液液相分离,并利用其荧光特性实时监测相分离过程 | 研究仅针对牛血清白蛋白和溶菌酶两种模型蛋白,尚未在其他蛋白体系中验证 | 开发能够精确调控蛋白质液液相分离的小分子工具 | 牛血清白蛋白和溶菌酶 | 生物分子工程 | NA | 荧光监测、液液相分离分析 | NA | 荧光数据、显微镜图像 | 两种模型蛋白(牛血清白蛋白和溶菌酶) | NA | NA | NA | 生物分子工程, 药物递送, 合成生物学 |
| 1095 | 2025-10-05 |
Mitigating Uricase Immunogenicity through Zwitterionic Peptide Fusion for Enhanced Gout Therapy
2025-May-27, Langmuir : the ACS journal of surfaces and colloids
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acs.langmuir.5c00829
PMID:40374583
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研究论文 | 通过融合两性离子肽降低尿酸氧化酶的免疫原性,以增强痛风治疗效果 | 首次采用不同长度的两性离子肽(重复VPKEG序列)融合策略系统性降低尿酸氧化酶免疫原性,并发现肽段长度与保护效果正相关 | 研究仅在大鼠痛风模型中进行验证,尚未进行临床实验 | 开发低免疫原性尿酸氧化酶用于痛风治疗 | 尿酸氧化酶与两性离子肽融合蛋白 | 合成生物学 | 痛风 | 蛋白质工程、免疫原性评估 | NA | 酶活性数据、免疫反应数据、药代动力学数据 | 大鼠痛风模型 | 合成生物学 | NA | 两性离子肽-尿酸氧化酶融合蛋白设计 | 医药 |
| 1096 | 2025-10-05 |
Assembly of ascovirus HvAV-3h long DNA fragment using the Transformation-Associated Recombination (TAR) approach in yeast cells
2025-May-22, BMC biotechnology
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12896-025-00964-8
PMID:40405135
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研究论文 | 本研究利用酵母转化相关重组(TAR)技术成功组装了昆虫病毒HvAV-3h的长DNA片段(>44.6 Kb) | 首次将TAR方法应用于昆虫病毒长DNA片段的组装,为该病毒家族的基因组工程研究提供了新方案 | 在初始合成阶段已存在特定核苷酸突变和缺失区域 | 探索TAR方法在昆虫病毒长DNA片段组装中的适用性 | Heliothesis virescens ascovirus 3h (HvAV-3h)双链DNA基因组 | 合成生物学 | 昆虫病毒 | TAR, PCR, 下一代测序(NGS), Sanger测序 | NA | DNA序列数据 | 15个2.9-3.2 Kb的DNA片段 | TAR | 酵母细胞 | 长DNA片段组装 | 工业生物技术 |
| 1097 | 2025-10-05 |
Mapping the Edges of Mass Spectral Prediction: Evaluation of Machine Learning EIMS Prediction for Xeno Amino Acids
2025-May-20, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.5c00286
PMID:40329886
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研究论文 | 评估NEIMS算法对非天然氨基酸的电子电离质谱预测准确性 | 首次系统评估机器学习质谱预测算法在训练数据范围外分子(特别是非天然氨基酸)的预测性能 | 预测准确性在算法训练数据范围外的氨基酸中显著下降,且误差无法通过物理化学差异或衍生化状态解释 | 评估机器学习质谱预测算法的准确性,为未知生物分子检测提供参考 | 单取代α-氨基酸 | 机器学习 | NA | 电子电离质谱(EIMS), 机器学习 | NEIMS算法 | 质谱数据 | NA | NA | NA | NA | 天体生物学, 合成生物学, 生物医学 |
| 1098 | 2025-10-05 |
Genetic encoding and expression of RNA origami cytoskeletons in synthetic cells
2025-May, Nature nanotechnology
IF:38.1Q1
DOI:10.1038/s41565-025-01879-3
PMID:40097648
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研究论文 | 本研究开发了在合成细胞中通过遗传编码表达RNA折纸细胞骨架的方法 | 首次在合成细胞中直接表达自组装RNA折纸纳米管,替代传统DNA纳米结构 | NA | 探索基于RNA的合成细胞分子硬件开发 | RNA折纸纳米管在合成细胞中的表达与自组装 | 合成生物学 | NA | RNA折纸技术,分子动力学模拟 | NA | 实验数据,模拟数据 | NA | DNA纳米技术 | 合成细胞(巨型单层脂质囊泡GUVs) | RNA折纸纳米管自组装系统,适配体功能化皮层形成 | 合成生物学,生物技术 |
| 1099 | 2025-10-05 |
Direct Quantification of Protein-Protein Interactions in Living Bacterial Cells
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202414777
PMID:40125621
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研究论文 | 开发了一种在活细菌细胞内直接定量蛋白质-蛋白质相互作用的方法KD-FRET | 首次实现在活体大肠杆菌细胞内直接测量蛋白质-蛋白质相互作用的解离常数,解决了传统体外测量方法的假阳性问题 | 未明确说明方法在其他细菌物种中的适用性及测量精度范围 | 开发能够在活细胞环境中直接定量蛋白质-相互作用的测量技术 | 活体大肠杆菌细胞中的蛋白质-蛋白质相互作用 | 合成生物学 | NA | 荧光共振能量转移(FRET) | NA | 荧光光谱数据 | 多种异源和同源蛋白质相互作用对 | NA | E. coli, S. cerevisiae | 代谢途径工程 | 医学, 工业生物技术 |
| 1100 | 2025-10-05 |
ProteoSeeker: A Feature-Rich Metagenomic Analysis Tool for Accessible and Comprehensive Metagenomic Exploration
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202414877
PMID:40130725
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研究论文 | 开发了一个名为ProteoSeeker的命令行工具,用于简化宏基因组蛋白质识别和注释 | 通过两种主要模式(Seek模式和Taxonomy模式)实现自动化关键步骤,降低计算复杂度,使专业和非专业用户都能进行高效全面的宏基因组分析 | NA | 解决目标蛋白质发现在宏基因组学中的挑战,促进新型生物技术资源的发现 | 微生物群落中的蛋白质和酶 | 生物信息学 | NA | 宏基因组学分析 | NA | 宏基因组数据 | NA | NA | 微生物群落 | NA | 生物技术,合成生物学,生物医学 |