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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1121 | 2025-10-05 |
Machine learning for synthetic gene circuit engineering
2025-Apr, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103263
PMID:39874719
|
综述 | 探讨机器学习在合成基因电路工程中的新兴作用及其与机理建模结合的潜力 | 提出机器学习与机理建模结合的混合方法,利用数据驱动模型的优势与基于机理模型的规范性能力 | 需要克服相关挑战才能充分发挥这些方法的潜力 | 提升合成基因电路工程从单个组件到电路层面的设计能力 | 合成基因电路及其与宿主细胞机器的相互作用 | 合成生物学 | NA | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | 能够执行操作、检测信号和调节细胞功能的工程生物电路 | 医学,能源,食品,环境 |
| 1122 | 2025-03-01 |
Next-generation biotechnology inspired by extremes : The potential of extremophile organisms for synthetic biology and for more efficient and sustainable biotechnology
2025-Feb-27, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-025-00389-6
PMID:40016427
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1123 | 2025-10-05 |
Discovery of Cortinarius O-methyltransferases for the heterologous production of dermolutein and physcion
2025-Feb-25, Biotechnology for biofuels and bioproducts
IF:3.3Q3
DOI:10.1186/s13068-025-02625-6
PMID:40001086
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研究论文 | 本研究通过基因组学、转录组学和合成生物学方法揭示了Cortinarius蘑菇中蒽醌类化合物dermolutein和physcion的生物合成途径 | 发现了与子囊菌非直系同源的nrPKS和OMT酶,表明担子菌中该途径的平行进化起源 | NA | 开发异源生产Cortinarius蒽醌类色素的方法 | Cortinarius semisanguineus和C. sp. KIS-3蘑菇中的蒽醌生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 基因组学, 转录组学, 合成生物学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 两种Cortinarius蘑菇物种 | NA | 酿酒酵母 | 蒽醌支架化合物emodin和endocrocin的生物合成及其甲基化途径 | 纺织, 涂料, 电子, 化妆品, 农业 |
| 1124 | 2025-10-05 |
Microbiome Engineering for Sustainable Rice Production: Strategies for Biofertilization, Stress Tolerance, and Climate Resilience
2025-Jan-22, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms13020233
PMID:40005600
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综述 | 本文综述了水稻微生物组的多样性、功能作用及微生物组工程策略,旨在通过微生物组工程实现可持续水稻生产 | 系统探讨微生物组工程从传统接种剂到合成生物学的发展,并提出通过微生物组塑造基因(M基因)培育抗病性状的新途径 | 微生物制剂的商业化成功受土壤特性、田间环境条件和植物基因型等多种因素限制,需要进一步探索 | 通过微生物组工程增强水稻的生物施肥、胁迫耐受性和气候适应性,实现可持续水稻生产 | 水稻微生物组(根际、叶际和内共生微生物)及其功能 | 农业生物技术 | NA | 分子生物学、合成生物学 | NA | 文献资料 | NA | NA | 水稻 | NA | 农业 |
| 1125 | 2025-10-05 |
Identification and Characterization of Two Se6OMTs from Stephania epigaea Offer Novel Insights into the Biosynthetic Pathway of Cepharanthine
2025-Feb-03, Metabolites
IF:3.4Q2
DOI:10.3390/metabo15020092
PMID:39997717
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研究论文 | 本研究从金线吊乌龟中鉴定并表征了两个参与头花千金藤素生物合成途径的6-O-甲基转移酶Se6OMT1和Se6OMT3 | 首次发现Se6OMT3对(R)和(S)构型的1-苄基异喹啉生物碱均具有C6、C7和C4'位点的催化活性,揭示了酶在立体异构体底物上的底物混杂性 | 未在体内验证这些酶的生物学功能,且对(R)立体异构体底物的研究仍较初步 | 阐明头花千金藤素生物合成途径中负责(R)和(S)立体异构体生产的O-甲基转移酶 | 金线吊乌龟中的三个O-甲基转移酶及其对九种(R)和(S)构型1-苄基异喹啉生物碱的催化活性 | 合成生物学 | NA | 基因克隆、酶功能表征 | NA | 生化实验数据 | 三个OMT基因,九种1-BIA底物 | 代谢工程 | 金线吊乌龟 | 头花千金藤素生物合成途径 | 医药 |
| 1126 | 2025-10-05 |
Harnessing Gut Microbiota for Biomimetic Innovations in Health and Biotechnology
2025-Jan-24, Biomimetics (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/biomimetics10020073
PMID:39997096
|
综述 | 探讨肠道微生物群作为仿生创新灵感来源在医疗和生物技术领域的应用潜力 | 系统阐述微生物群仿生学的创新潜力,包括个性化益生菌、人工微生物组和仿生生物传感器等应用 | 人工环境中微生物复杂性复制的困难、基因工程微生物的伦理问题以及先进疗法的公平获取 | 探索基于微生物群的仿生创新在医疗和生物技术领域的应用前景 | 肠道微生物群及其仿生应用 | 生物技术 | NA | 人工智能、生物工程、多组学方法、合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 医疗, 环境 |
| 1127 | 2025-10-05 |
DNAdesign: feature-aware in silico design of synthetic DNA through mutation
2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf052
PMID:39891349
|
研究论文 | 介绍了一个基于网络的DNA突变设计工具DNAdesign,可同时考虑DNA序列和形状特征进行突变设计 | 首次实现了同时考虑DNA序列和形状特征的突变设计,提供交互式可视化比较突变候选与野生型DNA分子 | NA | 开发能够同时考虑DNA序列和形状特征的突变设计工具 | DNA序列和形状特征 | 合成生物学 | NA | Deep DNAshape预测,扩展k-mers,物理化学编码 | NA | DNA序列数据 | NA | DNAdesign | NA | 合成增强子和转录因子结合位点设计 | 合成生物学,基因调控研究 |
| 1128 | 2025-10-05 |
Cell-free systems: A synthetic biology tool for rapid prototyping in metabolic engineering
2025 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108522
PMID:39863189
|
综述 | 本文综述了无细胞系统作为合成生物学工具在代谢工程快速原型设计中的应用 | 强调无细胞系统通过体外区室化策略实现超高通量筛选,显著提高原型设计效率 | NA | 评估无细胞系统作为多功能原型设计平台的潜力 | 基因调控、酶和多酶反应系统 | 合成生物学 | NA | 无细胞系统、体外区室化 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 基因回路、代谢途径、酶功能原型设计 | 工业生物技术、医药 |
| 1129 | 2025-10-05 |
On Emergence of Spontaneous Oscillations in Kombucha and Proteinoids
2025, BioNanoScience
IF:3.0Q3
DOI:10.1007/s12668-024-01678-5
PMID:39980746
|
研究论文 | 本研究探讨康普茶和类蛋白体中的自发振荡现象及其与生命起源的潜在联系 | 首次系统比较康普茶和类蛋白体中的自发振荡现象,揭示其作为从无序到有序转变的关键机制 | 未明确说明实验样本数量和具体实验条件 | 探索生物系统中从混沌到有序的自发振荡机制及其在生命起源中的作用 | 康普茶(细菌和酵母群落)和类蛋白体(原始蛋白质形式) | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 细菌, 酵母 | 自发振荡系统, 自组织网络 | 合成生物学, 生物技术 |
| 1130 | 2025-10-05 |
DAPE cloning with modified primers for producing designated lengths of 3' single-stranded ends in PCR products
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0318015
PMID:39946422
|
研究论文 | 介绍一种名为DAPE的新型DNA克隆方法,通过修饰引物在PCR产物中产生特定长度的3'单链末端 | 开发了能够精确控制3'突出端长度的DNA组装方法,克服传统SLIC技术无法克隆小片段DNA的限制 | NA | 开发更高效的DNA组装技术用于合成生物学 | DNA片段组装方法 | 合成生物学 | NA | PCR, 磷酸硫酯修饰, T5核酸外切酶 | NA | DNA序列数据 | NA | DAPE克隆 | NA | 多基因电路构建 | 工业生物技术 |
| 1131 | 2025-10-05 |
Questions and Consequences of Omics in Genetically Engineered Crop Regulation
2025-Feb, Plant-environment interactions (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/pei3.70033
PMID:39967832
|
评论 | 探讨组学技术在转基因作物监管中应用的问题与影响 | 首次系统提出将组学技术整合到作物监管体系需要解决的关键问题框架 | 未提供具体实验数据验证组学技术在监管中的实际效果 | 分析组学技术应用于基因编辑和合成生物学作物监管的可行性及挑战 | 转基因作物监管政策与技术体系 | 生物技术监管 | NA | 组学技术 | NA | 监管政策数据 | NA | 基因编辑, 合成生物学 | 作物 | NA | 农业, 监管科学 |
| 1132 | 2025-10-05 |
Systematic molecular dissection of key intermediates in xanthones biosynthesis in Cudrania tricuspidata and establishment of a viable heterologous expression system
2025-Mar, Plant physiology and biochemistry : PPB
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.plaphy.2025.109524
PMID:39869995
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研究论文 | 本研究系统解析了柘树中呫吨酮生物合成的关键中间体,并建立了可行的异源表达系统 | 首次克隆并鉴定了柘树中参与呫吨酮生物合成的三个关键酶基因,建立了在酿酒酵母和本氏烟草中的异源表达系统 | 呫吨酮生物合成途径尚未完全解析,限制了通过合成生物学进行规模化生产 | 解析柘树中呫吨酮类化合物的生物合成途径并建立异源生产系统 | 柘树根部的异戊烯基呫吨酮类化合物及其生物合成关键酶 | 合成生物学 | NA | 基因克隆、异源表达、酶功能表征 | NA | 分子生物学数据、酶活性数据 | NA | 异源表达系统 | 酿酒酵母, 本氏烟草 | 呫吨酮生物合成途径,包括苯甲酰辅酶A连接酶、二苯甲酮合酶和羟基化酶的级联反应 | 医药, 工业生物技术 |
| 1133 | 2025-10-05 |
Multiscale Mathematical Modeling in Systems Biology: A Framework to Boost Plant Synthetic Biology
2025-Feb-05, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants14030470
PMID:39943032
|
综述 | 本文探讨多尺度数学建模在植物合成生物学中评估和降低风险的潜力 | 提出将多尺度数学建模与农业数据分析技术相结合,建立综合模型以增强植物合成生物学的安全性 | 多尺度数学建模在植物研究中的应用仍然不足 | 通过多尺度数学建模提升植物合成生物学的安全性和有效性 | 玉米作物及其对病原菌和干旱的耐受性 | 系统生物学 | 植物病害 | 参数估计、分岔分析、敏感性分析 | 多尺度数学模型 | 农业数据 | NA | 合成生物学 | 玉米 | 增强对病原菌和干旱耐受性的基因工程 | 农业 |
| 1134 | 2025-10-06 |
The Establishment of Artificial RNA Cascade Circuits for Gene Regulation Based on Doxycycline-Induced Pre-mRNA Alternative Splicing
2025-Jan-29, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26031163
PMID:39940931
|
研究论文 | 本研究开发了基于多西环素诱导的前mRNA选择性剪接的人工RNA级联电路用于基因调控 | 开发了具有相反调控功能的开关模块(CTM和C2ITetR>4A),并构建了内含子剪接双开关RNA级联系统,能够使用相同配体同时激活和抑制剪接机制 | NA | 建立人工RNA级联电路用于基因调控 | 肿瘤细胞、基因表达调控 | 合成生物学 | 肿瘤 | RNA剪接调控、基因电路设计 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞 | 人工嵌合内含子模块、RNA核糖开关、TetR适体、内含子剪接双开关RNA级联系统、L7Ae/k-turn模块 | 医学 |
| 1135 | 2025-10-05 |
Synthetic biology in Mexico: Brief history, current landscape, and perspectives towards a bio-based economy
2025 Jan-Dec, Engineering biology
DOI:10.1049/enb2.12037
PMID:39950160
|
综述 | 概述墨西哥合成生物学的发展历程、现状及其在生物经济中的潜力 | 首次系统梳理墨西哥合成生物学发展脉络,强调iGEM竞赛对本国合成生物学发展的推动作用 | 未提供具体研究数据支撑,主要基于宏观现状描述 | 分析墨西哥合成生物学发展现状及向生物经济转型的潜力 | 墨西哥合成生物学教育、科研、产业及政策体系 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 文本资料 | NA | iGEM | NA | NA | 工业生物技术, 环境 |
| 1136 | 2025-10-05 |
Modular plasmid design for autonomous multi-protein expression in Escherichia coli
2025-Feb-10, Journal of biological engineering
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13036-025-00483-2
PMID:39930458
|
研究论文 | 本研究开发了一套用于大肠杆菌中多蛋白自主表达的模块化质粒系统 | 设计了包含四种不同表达盒的质粒系统,可实现最多三个基因的单顺反子自主表达 | 研究中发现了表达盒之间的串扰可能影响异源表达 | 开发独立可控的多基因共表达系统 | 大肠杆菌表达系统 | 合成生物学 | NA | 分子克隆 | NA | NA | NA | Golden Standard Molecular Cloning | Escherichia coli | 多基因表达系统,包含RhaS/RhaBAD、LacI/Trc、AraC/AraBAD和XylS/Pm四种表达盒 | 工业生物技术 |
| 1137 | 2025-10-05 |
Synthetic tunable promoters for flexible control of multi-gene expression in mammalian cells
2025-Feb-10, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.02.008
PMID:39938795
|
研究论文 | 本研究构建了一个合成可调启动子库,用于在哺乳动物细胞中实现多基因表达的灵活调控 | 开发了同时包含通用激活位点和特异性激活位点的合成启动子设计,通过CRISPRa系统实现多层级基因表达控制 | NA | 构建合成可调启动子库以实现哺乳动物细胞中多基因表达的灵活控制 | 哺乳动物细胞中的多基因表达系统 | 合成生物学 | NA | CRISPR激活系统, 大规模平行报告基因检测 | NA | 基因表达数据 | 24,960个非冗余启动子 | CRISPR-Cas9 | 哺乳动物细胞 | 合成启动子设计,包含通用激活位点和特异性激活位点,实现多层级基因表达控制 | 医学, 生物技术 |
| 1138 | 2025-10-05 |
Effectors of the Future: Universal Chimeric Antigen Receptor
2025-Feb, Transfusion medicine and hemotherapy : offizielles Organ der Deutschen Gesellschaft fur Transfusionsmedizin und Immunhamatologie
IF:1.9Q4
DOI:10.1159/000539609
PMID:39944409
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综述 | 阐述通用适配器嵌合抗原受体技术如何解决肿瘤抗原异质性和免疫逃逸问题 | 提出抗原识别与信号传导解耦的通用CAR技术,可结合现货抗体实现多靶向免疫治疗 | NA | 开发新一代免疫效应细胞疗法以克服当前肿瘤治疗挑战 | 通用嵌合抗原受体技术及其在肿瘤免疫治疗中的应用 | 合成生物学 | B系恶性肿瘤 | 基因组编辑、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 免疫效应细胞 | 通用适配器CAR系统(抗原识别与信号传导分离设计) | 医学 |
| 1139 | 2025-10-05 |
Elucidation of the key flavonol biosynthetic pathway in golden Camellia and its application in genetic modification of tomato fruit metabolism
2025-Feb, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhae308
PMID:39944987
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研究论文 | 本研究阐明了金花茶中黄酮醇生物合成的关键途径,并通过基因工程成功改良了番茄果实代谢 | 首次发现黄酮醇是金花茶金色花瓣的主要色素成分,鉴定出CnFLS1为关键基因,并成功将该途径应用于番茄果实代谢工程 | NA | 解析金花茶金色花瓣色素生物合成机制并应用于作物改良 | 23种金花茶物种和转基因番茄 | 合成生物学 | NA | 转录组学、共表达网络分析、酶活性测定、瞬时表达 | NA | 代谢组数据、转录组数据 | 23种金花茶物种 | 遗传转化 | 烟草, 番茄 | 黄酮醇生物合成途径 | 农业, 食品 |
| 1140 | 2025-10-05 |
Challenges in observing transcription-translation for bottom-up synthetic biology
2025, QRB discovery
DOI:10.1017/qrd.2024.27
PMID:39944880
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综述 | 本文详细讨论了体外重构转录-翻译系统的挑战与方法,并展望了合成生物学的前景 | 系统评估PURE系统和细胞裂解液在重构转录-翻译过程中的应用,并提出解耦这两个系统的解决方案 | NA | 实现合成细胞的构建,深入理解细胞系统的重构与功能追踪 | 转录-翻译系统、PURE系统、细胞裂解液、GUVs(巨型单层囊泡) | 合成生物学 | NA | 荧光显微镜技术、探针标记 | NA | NA | NA | PURE系统 | NA | 转录-翻译系统重构 | 医学, 工业生物技术 |