合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-07-29	A Review of DNA Restriction-Free Overlapping Sequence Cloning Techniques for Synthetic Biology 2025-Jul, Biotechnology journal IF:3.2Q2 DOI:10.1002/biot.70084 PMID:40713804	综述	本文系统总结了合成生物学中当前使用的主要无限制重叠序列克隆（RFOSC）技术，并探讨了它们的发展、效率、实用性和具体应用	全面评估了多种RFOSC技术，包括体外和体内方法，并提出了未来技术发展的趋势	未明确指出每种技术的具体限制条件或适用范围	总结和评估合成生物学中的DNA克隆技术	DNA克隆技术，特别是无限制重叠序列克隆技术	合成生物学	NA	Gibson Assembly, CPEC, PIPE, OEC, UDG-Cloning, In-Fusion, LIC, SLIC, TEDA, YHR, IVA, TAR, PEDA	NA	NA	NA
102	2025-07-29	Exploring pigment-producing Streptomyces as an alternative source to synthetic pigments: diversity, biosynthesis, and biotechnological applications. A review 2025-Jun-25, World journal of microbiology & biotechnology IF:4.0Q2 DOI:10.1007/s11274-025-04379-7 PMID:40555885	综述	探讨产色素链霉菌作为合成色素替代来源的多样性、生物合成及生物技术应用	综述了CRISPR/Cas基因编辑技术在激活沉默生物合成基因簇以提高色素产量方面的最新进展	毒性评估、工业条件下色素稳定性、未探索链霉菌菌株的高通量筛选以及AI预测工具在途径优化中的整合等方面存在研究空白	寻找天然、环保的色素替代品以解决合成色素带来的健康和环保问题	产色素的链霉菌	生物技术	NA	CRISPR/Cas基因编辑	NA	NA	NA
103	2025-07-29	Development and Recent Advances in SLIPT-PM: A Chemogenetic Platform for Manipulating Signaling at the Plasma Membrane 2025-May-21, Chembiochem : a European journal of chemical biology IF:2.6Q3 DOI:10.1002/cbic.202500327 PMID:40400158	综述	本文综述了SLIPT-PM化学遗传学平台的开发、主要特点、当前应用及未来挑战，该平台用于在活细胞中操控质膜信号传导	开发了一种新型的化学遗传学平台SLIPT-PM，能够快速将目标蛋白从细胞质招募到质膜，并具有可控的可逆性和重复性	未明确提及具体限制，但提到未来挑战，可能涉及技术的进一步优化和应用扩展	开发并优化一种用于操控细胞信号传导网络的化学遗传学工具	哺乳动物细胞中的信号蛋白和脂质	化学生物学与合成生物学	NA	SLIPT（自定位配体诱导蛋白转位）技术	NA	NA	NA
104	2025-07-29	Leveraging a synthetic biology approach to enhance BCG-mediated expansion of Vγ9Vδ2 T cells 2025-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.05.651767 PMID:40654943	research paper	本研究利用合成生物学方法改造BCG疫苗，以增强其激活和扩增Vγ9Vδ2 T细胞的能力，从而提高抗结核疫苗的效果	首次尝试通过改造BCG中的MEP途径来积累HMBPP，利用宿主对HMBPP的自我-非我识别机制增强疫苗效果	虽然GcpE过表达成功诱导了Vγ9Vδ2 T细胞扩增，但MEP途径多个基因的异位表达可能导致反馈抑制，仍需进一步研究以开发更有效的疫苗	开发更有效的抗结核疫苗	BCG疫苗和Vγ9Vδ2 T细胞	合成生物学	结核病	合成生物学方法，基因工程	NA	基因组数据，细胞实验数据	356个调查基因组和人类Vγ9Vδ2 T细胞刺激实验
105	2025-07-29	Active learning of enhancers and silencers in the developing neural retina 2025-Jan-15, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.12.004 PMID:39778579	研究论文	本文提出了一种主动学习方法来训练模型，以区分由光感受器转录因子CRX结合位点组成的增强子和沉默子	采用主动学习策略结合合成生物学和不确定性采样，迭代训练模型以区分功能相反的CRX结合位点	模型可能仍无法完全解释转录因子在不同背景下激活或抑制转录的具体机制	开发能够区分增强子和沉默子的深度学习模型	光感受器转录因子CRX的结合位点	机器学习	NA	主动学习、合成生物学、大规模并行报告基因检测	深度学习模型	基因组序列	几乎所有基因组中结合的CRX位点
106	2025-07-26	Isoprenoids in eukaryotic phytoplankton: metabolic diversity, eco-physiology and biotechnological opportunities 2025-Jul-25, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiaf314 PMID:40707021	综述	本文全面评估了不同微藻类群中异戊二烯类化合物的生物合成与调控，并探讨了其生理生态意义和生物技术潜力	系统比较了叶绿体定位的MEP途径和胞质MVA途径的差异，揭示了藻类特有的酶适应和谱系特异性类胡萝卜素生物合成酶	对异戊二烯类生态功能的认识仍存在未解决的问题	阐明微藻中内源性异戊二烯类生物合成及其调控网络	真核浮游植物（微藻）中的异戊二烯类代谢	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
107	2025-07-26	Crucial roles of intracellular cyclic di-GMP in impacting the genes important for extracellular electron transfer by Geobacter metallireducens 2025-Jul-23, Applied and environmental microbiology IF:3.9Q2 DOI:10.1128/aem.00727-25 PMID:40464557	研究论文	研究细胞内c-di-GMP在Geobacter metallireducens细菌胞外电子传递(EET)中的作用	揭示了c-di-GMP通过调控多血红素细胞色素和菌毛蛋白PilA-N的基因表达，影响整个胞外电子传递过程	c-di-GMP如何影响这些基因表达的具体机制尚不清楚	探究c-di-GMP在细菌胞外电子传递中的调控作用	Geobacter metallireducens细菌	微生物学	NA	合成生物学方法	NA	基因表达数据	三种不同c-di-GMP水平的菌株(Gme-H, Gme-C, Gme-L)
108	2025-07-26	Genetic "expiry-date" circuits control lifespan of synthetic scavenger bacteria for safe bioremediation 2025-Jul-19, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf703 PMID:40705927	研究论文	本文设计了一种遗传'过期日期'电路，用于控制合成细菌的寿命，以实现安全的生物修复	通过前馈激活网络设计可调节寿命的遗传电路，结合合成小调控RNA和基于asd的辅助营养系统优化电路，降低基因表达泄漏	NA	开发一种生物控制策略，安全部署合成细菌于实际应用中	合成酚清除大肠杆菌	合成生物学	NA	遗传电路设计，合成小调控RNA	NA	NA	NA
109	2025-07-26	Extracellular Peptide-Ligand Dimerization Actuator Receptor Design for Reversible and Spatially Dosed 3D Cell-Material Communication 2025-Jul-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00482 PMID:39705005	研究论文	该研究设计了一种名为EPDA的合成受体平台，用于实现可逆和空间剂量控制的3D细胞-材料通信	开发了EPDA受体平台，通过肽配体二聚化实现可逆的细胞响应，并利用新型计算算法PETEI筛选最优单抗体	研究中仅测试了30种基于预测结合亲和力的单抗体，可能未涵盖所有潜在有效受体	桥接合成生物学和生物材料领域，开发能够感知和响应生物材料结合配体的跨膜受体	哺乳动物细胞和3D生物材料	合成生物学	NA	硫醇-降冰片烯化学，PETEI计算算法	EPDA受体平台	荧光信号（GFP）	超过2000种候选单抗体，最终测试了30种
110	2025-07-26	Integrating metagenomics and high-throughput screening for bioprospecting marine producers of Polyhydroxyalkanoates 2025-Jul-17, Letters in applied microbiology IF:2.0Q4 DOI:10.1093/lambio/ovaf096 PMID:40674061	研究论文	本研究通过宏基因组分析和高通量筛选技术，探索海洋环境中生产聚羟基脂肪酸酯（PHA）的微生物资源	结合宏基因组预测和荧光定量技术，有效解决了荧光筛选中的假阳性问题，并成功分离出高效PHA生产菌株	研究仅针对海洋环境，未涉及其他生态系统的PHA生产者	开发可持续生产生物降解材料PHA的微生物资源和技术平台	海洋环境中的微生物群落及其PHA合成潜力	生物技术	NA	宏基因组分析、气相色谱（GC）、高通量筛选	NA	宏基因组数据、荧光定量数据	从不同海洋生境中分离出102株PHA生产菌株
111	2025-07-26	Bacterial Therapeutics: Addressing the Affordability Gap in Cancer Therapy 2025-Jul-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0870 PMID:40660814	research paper	探讨细菌疗法作为低成本替代方案在癌症治疗中的应用及其潜力	提出利用合成生物学和人工智能开发下一代细菌疗法，显著降低成本并提高安全性	未提及细菌疗法在临床试验中的具体效果和潜在副作用	解决癌症治疗中高昂费用的问题，探索低成本替代方案	细菌疗法在癌症治疗中的应用	合成生物学	癌症	合成生物学, 人工智能	NA	NA	NA
112	2025-07-26	Enhancing ELISA Sensitivity: From Surface Engineering to Synthetic Biology 2025-Jul-06, Biosensors DOI:10.3390/bios15070434 PMID:40710084	综述	本文综述了提高ELISA敏感性的策略，包括表面修饰、混合与洗涤效率提升、信号生成与放大技术的最新进展，以及合成生物学在其中的新兴作用	强调了无细胞合成生物学在提升ELISA敏感性中的新兴作用，介绍了如表达免疫分析、CRISPR联免分析(CLISA)和T7 RNA聚合酶联免传感分析(TLISA)等新技术	NA	提高ELISA的敏感性，以改善体外诊断(IVD)的准确性	ELISA技术及其敏感性提升策略	生物技术	NA	ELISA, 合成生物学, CRISPR, T7 RNA聚合酶	NA	NA	NA
113	2025-07-26	Three cytochrome P450 88A subfamily enzymes, CYP88A108, CYP88A164, and CYP88A222, act as β-amyrin 11-oxidases involved in triterpenoid biosynthesis in Melia azedarach L 2025-Jul, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145362 PMID:40541870	研究论文	本研究鉴定了Melia azedarach L.中三个CYP88A亚家族细胞色素P450基因作为β-香树脂醇11-氧化酶，参与三萜类化合物的生物合成	揭示了CYP88A亚家族酶在五环三萜和柠檬苦素类化合物生物合成中的双重功能，支持了结构保守驱动的功能趋同范式	NA	阐明Melia azedarach L.中五环三萜类化合物生物合成的酶学机制	Melia azedarach L.中的CYP88A亚家族细胞色素P450基因	植物分子生物学	NA	转录组挖掘、烟草瞬时表达系统、酵母微粒体功能表征	NA	基因序列、酶活性数据	三个CYP88A亚家族基因(MaCYP88A108, MaCYP88A164, MaCYP88A222)和一个氧化角鲨烯环化酶(MaβAS1)
114	2025-07-26	Core biological principles and tools stemming from basic Arabidopsis research 2025-Jul-01, The Plant cell DOI:10.1093/plcell/koaf141 PMID:40479512	综述	本文探讨了拟南芥在植物生物学研究中的核心作用及其对基础生物学过程的贡献	展示了拟南芥研究在免疫机制、基因组变异性、合成生物学和生物生产等领域的突破性进展	主要聚焦于拟南芥的研究，可能未涵盖其他模型生物的最新进展	探讨拟南芥在基础生物学研究中的贡献及其对更广泛生物领域的启示	拟南芥及其在免疫机制、基因组学、合成生物学等领域的应用	植物生物学	弗里德赖希共济失调	泛基因组学、重复扩增研究、合成生物学、生长素诱导降解技术	NA	NA	NA
115	2025-07-26	Plant-Derived Natural Products Ameliorating Hypertension via Signaling Pathways: A Review 2025, The American journal of Chinese medicine DOI:10.1142/S0192415X2550051X PMID:40626404	综述	本文综述了2019年至2024年间发表的具有潜在抗高血压活性的植物源天然产物，探讨了它们通过靶向氧化应激、炎症、血管重塑和神经激素途径来预防高血压发展的机制	系统分类了70种独特的天然产物，并强调了具有双重抗氧化/抗炎特性的天然产物在临床实验中的优先研究价值	未涉及天然产物在人体内的具体药效学及药代动力学研究	探讨植物源天然产物作为抗高血压药物的潜力及其作用机制	70种植物源天然产物（包括黄酮类、萜类、生物碱类和植物提取物）	药理学	心血管疾病	文献综述	NA	文献数据	70种独特的天然产物
116	2025-07-25	Protease engineering: Approaches, tools, and emerging trends 2025-Sep, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108602 PMID:40368116	review	本文综述了蛋白酶工程的方法、工具和新兴趋势，重点介绍了定向进化和高通量策略在工程化蛋白酶底物特异性中的应用	讨论了新兴的蛋白酶工程策略，如抗体-蛋白酶融合实现邻近催化，以及外源蛋白-蛋白相互作用驱动的蛋白酶底物特异性转换	NA	探索蛋白酶工程的方法和策略，以实现对蛋白酶活性和特异性的精确控制	蛋白酶	合成生物学	NA	定向进化, 高通量策略	NA	NA	NA
117	2025-07-25	In silico encounters: Harnessing metabolic modelling to understand plant-microbe interactions 2025-Jul-24, FEMS microbiology reviews IF:10.1Q1 DOI:10.1093/femsre/fuaf030 PMID:40705360	综述	本文综述了利用基因组尺度代谢模型研究植物与微生物相互作用的研究进展	展示了代谢模型如何整合异质数据集并作为剖析和量化潜在机制的有价值工具，以及如何将其用作具有预定义特征的合成微生物群落的计算机设计测试平台	未提及具体的技术限制或数据局限性	理解植物与微生物相互作用以开发可持续农业实践并减轻气候变化对粮食安全的影响	植物宿主及其相关微生物组成的全生物体	合成生物学	NA	基因组尺度代谢建模	NA	基因组、宏基因组、表型数据	NA
118	2025-07-25	Identification of cognate recombination directionality factors for large serine recombinases by virtual pulldown 2025-Jul-19, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf691 PMID:40701553	研究论文	本研究利用AlphaFold2-multimer技术识别大型丝氨酸重组酶的共源重组方向性因子（RDFs），并通过实验验证了部分预测结果	首次使用AlphaFold2-multimer技术大规模预测RDFs，并验证了这些预测的准确性，显著扩展了可用的整合酶-RDF对遗传工具包	仅验证了9个测试案例中的6个整合酶的预测RDFs，且RDFs缺乏序列保守性和与噬菌体整合酶基因的共线性	识别大型丝氨酸重组酶的共源重组方向性因子（RDFs），以扩展合成生物学和基因组编辑工具	大型丝氨酸重组酶及其共源重组方向性因子（RDFs）	合成生物学	NA	AlphaFold2-multimer	NA	DNA序列数据	98个大型丝氨酸重组酶中的部分作为测试集，其中9个作为测试案例
119	2025-07-25	In Vivo Multicellular Feedback Control in Synthetic Microbial Consortia 2025-Jul-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00862 PMID:40499137	研究论文	本文提出了一种能够保证基因表达稳定和精确调控的生物分子控制架构	通过构建包含两个菌株的微生物联合体，实现了分布式多细胞反馈回路，克服了传统单细胞生物分子控制策略的复杂性和适应性限制	实验仅针对特定微生物联合体进行，可能不适用于其他类型的细胞或更复杂的系统	开发一种能够在合成微生物联合体中实现稳定和精确基因表达调控的生物分子控制架构	合成微生物联合体中的两个菌株	合成生物学	NA	生物分子控制技术	分布式多细胞反馈回路	基因表达数据	特定微生物联合体实验
120	2025-07-25	Investigating the Potential of Division of Labor in Synthetic Bacterial Communities for the Production of Violacein 2025-Jul-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00120 PMID:40525226	research paper	研究合成细菌群落中分工对紫胶色素生产的潜在影响	通过将紫胶色素生物合成途径分配到两个亚群中，实现了生产效率的显著提升	研究仅基于特定细菌群落，可能不适用于其他微生物系统	探索分工策略在合成微生物群落中提高代谢效率和产物产量的潜力	合成细菌群落和紫胶色素生产途径	合成生物学	NA	代谢工程和合成生物学技术	NA	实验数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个亚群比例测试