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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-02-06 |
Advancing cellulose utilization and engineering consolidated bioprocessing yeasts: current state and perspectives
2025-Feb-13, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-025-13426-0
PMID:39939397
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综述 | 本文综述了在酿酒酵母中表达纤维素酶以开发整合生物加工(CBP)酵母菌株的当前策略与进展,并探讨了利用合成生物学工具优化菌株的工业应用前景 | 系统总结了通过理性菌株设计和现代合成生物学工具优化CBP酵母的策略,并指出组学策略对未来菌株开发的指导作用 | 目前报道的一步法纤维素底物转化乙醇的滴度和产率远低于工业要求,CBP尚未实现工业化规模应用 | 开发能够高效利用纤维素、实现整合生物加工的酵母菌株,用于将木质纤维素生物质转化为生物燃料和绿色化学品 | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)及其工程化菌株 | 工业生物技术 | NA | 合成生物学工具、组学策略(omics strategies)、理性菌株设计 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae) | 纤维素酶表达系统、核心纤维素酶组合表达、分泌途径优化 | 能源、工业生物技术 |
| 102 | 2026-02-06 |
Study on the framework of ATP energy cycle system in Escherichia coli
2025-Feb-12, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-024-13350-9
PMID:39937288
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研究论文 | 本研究旨在开发一种用于大肠杆菌的快速、无标记、多位点、多拷贝基因组编辑系统,并探索构建AMP-ATP循环系统 | 鉴定出单个ppk基因(No.8)可完成AMP-ATP循环反应,并利用MUCICAT技术将其插入基因组不同位置和拷贝数,实现与质粒相当的表达水平 | 未明确说明实验规模或样本量,且研究主要聚焦于大肠杆菌,可能限制其直接应用于其他生物系统 | 开发高效的大肠杆菌基因组编辑系统,以降低ATP依赖反应的成本并推进合成生物学应用 | 大肠杆菌(Escherichia coli)及其ATP合成途径相关基因 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9, MUCICAT技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌(Escherichia coli) | AMP-ATP循环系统 | 工业生物技术 |
| 103 | 2026-02-06 |
Precision tumor treatment utilizing bacteria: principles and future perspectives
2025-Jan-04, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-024-13378-x
PMID:39754636
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综述 | 本文全面回顾了基于细菌的肿瘤治疗策略,包括其分类、机制、工程化方法以及临床转化挑战 | 系统整合了合成生物学与纳米医学于工程化细菌中,以增强治疗效果和可控性 | NA | 探讨利用细菌进行精准肿瘤治疗的原理和未来前景 | 工程化细菌及其与纳米材料的杂合系统 | NA | 肿瘤 | 基因工程、合成生物学、纳米医学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 细菌 | 肿瘤靶向、肿瘤细胞杀伤、抗肿瘤免疫激活的基因回路 | 医学 |
| 104 | 2026-02-05 |
Characterization of Rationally Designed CRISPR/Cas9-Based DNA Methyltransferases with Distinct Methyltransferase and Gene Silencing Activities in Human Cell Lines and Primary Human T Cells
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00569
PMID:39898483
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研究论文 | 本研究通过理性设计CRISPR/Cas9基础的DNA甲基转移酶,在人类细胞系和原代T细胞中实现了可编程的DNA甲基化和基因沉默 | 在DNMT3A催化核心引入突变,稳定了dCas9-DNMT3A/3L融合蛋白在Jurkat T细胞中的表达,同时保持DNA甲基化和基因沉默功能,并首次在原代人T细胞中验证了工程化dCas-DNMTs的功能 | 研究主要限于体外细胞实验,尚未在体内模型或更复杂的生理环境中验证 | 开发更稳定、高效的CRISPR/Cas9基础的表观遗传编辑工具,用于哺乳动物细胞的可编程DNA甲基化调控 | 人类细胞系(包括Jurkat T细胞)和供体来源的原代人T细胞 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9表观遗传编辑、DNA甲基化分析 | dCas9-DNMT3A/3L融合蛋白系统 | 表观遗传数据、基因表达数据 | 多种人类细胞系及供体来源的原代T细胞 | CRISPR-Cas9 | 人类细胞系、原代人T细胞 | dCas9与DNMT3A/3L甲基转移酶融合构建的表观遗传编辑系统 | 医学、基础研究 |
| 105 | 2026-02-05 |
Enhancing lipid production in plant cells through automated high-throughput genome engineering and phenotyping
2025-Feb-13, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koaf026
PMID:39899469
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研究论文 | 本文介绍了一种用于植物生物工程的快速、自动化、高通量管道FAST-PB,通过整合自动化生物铸造、基因组编辑和单细胞质谱分析,以增强玉米和本氏烟草中的脂质生产 | 开发了FAST-PB管道,整合了自动化生物铸造、Golden Gate克隆、CRISPR编辑和单细胞MALDI-MS分析,实现了高通量植物基因组工程和表型分析,显著提高了脂质产量 | NA | 开发一种自动化高通量管道,以加速植物生物工程过程,特别是增强脂质生产 | 玉米(Zea mays)和本氏烟草(Nicotiana benthamiana)的愈伤组织和原生质体细胞 | 合成生物学 | NA | CRISPR编辑、Golden Gate克隆、单细胞MALDI-MS、自动化生物铸造 | NA | 质谱数据、脂质组学数据 | NA | CRISPR-Cas9, Golden Gate Assembly | 玉米, 本氏烟草 | 通过CRISPR激活脂质控制基因来增强脂质生产,涉及多基因盒的引入 | 农业, 能源 |
| 106 | 2026-02-05 |
Beyond pigments and perfumes: engineering in the carotenoid and apocarotenoid spectrum, novel enzymes, and synthetic biology strategies
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1716709
PMID:41625067
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综述 | 本文通过模块化视角,综述了类胡萝卜素和脱辅基类胡萝卜素的生物合成途径,包括新型酶、合成生物学工具及代谢控制策略 | 采用途径模块中心视角,整合多种酶源、宿主范围及途径模块性,强调新发现和工程化酶以及合成生物学工具 | NA | 综述类胡萝卜素和脱辅基类胡萝卜素生物合成的最新进展,为研究人员提供层次化理解以推动该领域发展 | 类胡萝卜素和脱辅基类胡萝卜素的生物合成途径 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 植物, 真菌, 藻类, 酵母, 细菌 | NA | 生物医学, 农业, 环境, 食品 |
| 107 | 2026-02-05 |
A synthetic biology toolkit for rationally designing genetic circuits in Acinetobacter baumannii
2025, Frontiers in systems biology
DOI:10.3389/fsysb.2025.1668595
PMID:41626556
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研究论文 | 本研究开发了一个用于鲍曼不动杆菌的合成生物学工具包,包括BioBrick部件库和模块化CRISPRi平台,以对抗抗菌素耐药性 | 首次在鲍曼不动杆菌中系统表征BioBrick部件并开发模块化CRISPRi平台,为理性设计基因电路提供基础 | NA | 通过合成生物学方法对抗鲍曼不动杆菌的抗菌素耐药性 | 鲍曼不动杆菌及其基因电路 | 合成生物学 | 抗菌素耐药性感染 | CRISPR干扰 | NA | NA | NA | BioBrick, iGEM | 鲍曼不动杆菌 | 基因电路,包括诱导型和组成型启动子库以及CRISPRi介导的抑制系统 | 医学 |
| 108 | 2026-02-03 |
Wheat Plasma Membrane Receptors: Orchestrating Immunity and Bridging to Crop Improvement
2025-Dec-19, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb48010002
PMID:41614833
|
综述 | 本文综述了小麦质膜受体的多样性、分类、信号机制及其在植物免疫中的核心作用,并探讨了其在作物改良中的应用潜力 | 系统整合了小麦质膜受体在大型六倍体基因组背景下的功能特征化挑战,并首次详细阐述了其家族规模从10个到3424个成员的巨大差异,以及将基础研究与作物改良策略(如标记辅助选择、基因叠加和受体工程)相连接 | 小麦基因组庞大、基因重复和功能冗余阻碍了质膜受体的功能表征,且遗传冗余和多效性效应是主要障碍 | 阐明小麦质膜受体的功能、信号机制及其在免疫与作物抗病改良中的作用 | 小麦质膜受体,特别是受体样激酶家族 | 植物生物学/作物遗传改良 | 植物病害(如小麦叶锈病) | 多组学、系统生物学、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 小麦 | NA | 农业 |
| 109 | 2026-02-03 |
Cancer Reversion Therapy: Prospects, Progress and Future Directions
2025-Dec-15, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47121049
PMID:41614813
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综述 | 本文综述了癌症逆转疗法的前景、进展和未来方向,这是一种通过重编程恶性细胞使其恢复为非恶性状态而非摧毁它们的新型治疗范式 | 系统性地整合了癌症逆转疗法的生物学基础、现有策略、新兴技术,并提出了未来发展的关键方向,强调从“摧毁”到“重编程”的范式转变 | 许多报道的“逆转”现象可能只是刺激依赖的可塑性或短暂生长停滞,而非稳定的表型正常化;真正的癌症逆转需要持久、可遗传的表型改变,这在实现上仍面临重大挑战 | 探讨将恶性细胞重编程为非恶性状态的癌症治疗新策略 | 癌症细胞及其微环境 | NA | 癌症 | 单细胞分析、CRISPR基因编辑、患者来源类器官、人工智能 | NA | NA | NA | CRISPR | NA | NA | 医学 |
| 110 | 2026-02-03 |
From Knallgas Bacterium to Promising Biomanufacturing Host: The Evolution of Cupriavidus necator
2025, Advances in biochemical engineering/biotechnology
DOI:10.1007/10_2024_269
PMID:39363001
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综述 | 本文深入回顾了Cupriavidus necator在过去十年中在分子生物学工具、代谢工程和创新发酵策略方面的技术进步,并探讨了其作为可持续生物制造宿主的潜力 | 系统总结了C. necator从一种Knallgas细菌演变为有前景的生物制造宿主的过程,强调了其在推动可持续生物经济中的关键作用 | NA | 探讨C. necator作为多样化微生物底盘在合成生物学和可持续生物制造中的应用潜力 | Cupriavidus necator(一种多功能的微生物) | 合成生物学 | NA | 分子生物学工具、代谢工程、发酵策略 | NA | NA | NA | NA | Cupriavidus necator | NA | 工业生物技术 |
| 111 | 2026-02-03 |
Vibrio natriegens: Application of a Fast-Growing Halophilic Bacterium
2025, Advances in biochemical engineering/biotechnology
DOI:10.1007/10_2024_271
PMID:39527262
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综述 | 本文综述了快速生长的嗜盐细菌Vibrio natriegens在生物技术应用中的潜力,包括其生理学、合成生物学工具开发及代谢工程进展 | 总结了Vibrio natriegens作为非传统生物技术宿主的最新研究进展,包括其快速生长特性、遗传工程工具和代谢模型的应用 | NA | 探讨Vibrio natriegens在生物技术领域的应用潜力和未来挑战 | Vibrio natriegens细菌 | NA | NA | 遗传工程、代谢模型 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | Vibrio natriegens | 代谢途径、生物传感器 | 工业生物技术 |
| 112 | 2026-02-02 |
Intracellularly coupled oscillators for synthetic biology
2025-Dec-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67893-0
PMID:41423683
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研究论文 | 本文提出并建模了细胞内耦合振荡器作为合成生物学的高级构建模块,旨在指导未来细菌合成生物学实验 | 基于耦合强度对振荡器进行分类,并预测了包括混沌和同步在内的多种动态行为,为振荡器计算提供新方向 | NA | 工程化或重新设计生命系统以实现复杂功能 | 细胞内耦合振荡器 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 基于振荡器的电路设计,包括独立、弱耦合、强耦合和深度耦合振荡器 | 工业生物技术 |
| 113 | 2026-02-02 |
Intratumoral microorganisms and artificial antitumor bacteria
2025-Sep, Fundamental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.fmre.2023.06.002
PMID:41613448
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综述 | 本文综述了肿瘤内微生物在癌症进展和治疗中的作用,并探讨了基于合成生物学技术编程的人工抗肿瘤细菌在精准癌症诊断和治疗中的应用前景 | 强调了通过合成生物学技术编程细菌以增强时空可控性,结合免疫疗法或其他强效抗肿瘤剂,可能开启下一代精准癌症诊断和治疗 | NA | 探讨肿瘤内微生物在癌症发展和治疗中的角色,以及基于活菌的新型治疗和诊断方法 | 肿瘤内微生物和人工编程的抗肿瘤细菌 | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | NA | 医学 |
| 114 | 2026-02-02 |
Gene circuit-based sensors
2025-Sep, Fundamental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.fmre.2024.06.011
PMID:41613450
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综述 | 本文综述了基于合成生物学基因回路构建的生物传感器的设计原理、工程化方法及其在多个领域的应用,并重点探讨了基于无细胞系统的生物传感器的研究进展 | 整合合成生物学基本概念,全面描述了基因回路的设计与工程化,并重点聚焦于基于无细胞系统的生物传感器的设计理念、构建原则及其在生物检测领域的新前沿 | NA | 综述基于合成生物学基因回路的生物传感器的设计、构建与应用,并讨论该领域的新前沿与待解决的挑战 | 基于合成生物学基因回路的生物传感器,特别是基于无细胞系统的生物传感器 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | 微生物(泛指),无细胞系统 | 基因回路,包括具有不同响应机制、逻辑门和逻辑回路的传感器 | 生物制造过程监控, 环境监测, 食品安全, 医疗诊断与监测 |
| 115 | 2026-02-02 |
Nano-synthetic biology for disease diagnosis and treatment
2025-Sep, Fundamental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.fmre.2025.07.002
PMID:41613477
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 116 | 2026-02-02 |
Nanoscale synthetic biology with innovative medicinal applications
2025-Sep, Fundamental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.fmre.2024.11.006
PMID:41613444
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综述 | 本文综述了纳米尺度合成生物学(NSB)在生物医学领域的应用,包括常见纳米载体、纳米生物组装系统及具体应用 | 整合合成生物学与纳米科学,通过纳米尺度操控实现更高效可控的生物工程,促进疾病治疗、生物成像、生物催化和生物传感的创新 | NA | 探讨NSB在生物医学中的应用,以推动科学技术进步并应对重大社会挑战 | 包括细胞、细菌和病毒在内的各种生物体 | 合成生物学 | NA | 基因调控系统(如CRISPR、mRNA、siRNA、质粒)、纳米酶、药物和特定纳米探针的递送 | NA | NA | NA | CRISPR, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 细胞, 细菌, 病毒 | 生物传感器, 代谢途径 | 医学 |
| 117 | 2026-02-02 |
Intratumoral microbiota: synergistic reshaping of lung cancer microenvironment via inflammation and immunity
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1653727
PMID:41613126
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综述 | 本文综述了肺癌组织内微生物群的存在及其通过炎症和免疫途径重塑肿瘤微环境的机制,并探讨了其在临床预测和治疗中的应用前景 | 推翻了‘无菌肿瘤’的传统观念,系统阐述了肿瘤内微生物群主动调控肺癌进展的机制,并前瞻性地讨论了合成生物学工具(如工程菌和靶向纳米抗生素)在重塑免疫微环境中的应用潜力 | 肺癌组织微生物生物量低,测序数据易受试剂污染和批次效应影响;真菌、病毒等非细菌组分在肿瘤生态系统中的协同作用常被忽视 | 阐明肿瘤内微生物群影响肺癌细胞及肿瘤微环境的机制,探索其在肺癌进展中的作用及临床转化潜力 | 肺癌组织内的微生物群(包括细菌、真菌、病毒等)及其与肿瘤微环境的相互作用 | 肿瘤微生物组学 | 肺癌 | 高通量测序、多组学技术 | NA | 测序数据、多组学数据 | NA | 合成生物学(涉及工程菌、靶向纳米抗生素设计) | NA | NA | 医学(癌症精准诊断与治疗) |
| 118 | 2026-01-30 |
DNABERT2-CAMP: A Hybrid Transformer-CNN Model for E. coli Promoter Recognition
2025-Dec-28, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17010027
PMID:41595447
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研究论文 | 提出了一种名为DNABERT2-CAMP的混合深度学习模型,用于准确识别大肠杆菌的启动子序列 | 首次将预训练的DNABERT-2 Transformer与定制的CAMP模块(CNN-注意力-平均池化)相结合,以同时建模长距离基因组依赖性和细粒度局部基序 | NA | 开发一个强大的、可推广的基因组注释和合成生物学应用工具 | 大肠杆菌的启动子序列 | 自然语言处理 | NA | 深度学习 | Transformer, CNN | DNA序列 | 8720个经过实验验证的81-bp序列(正负样本) | NA | 大肠杆菌 | NA | 合成生物学 |
| 119 | 2026-01-30 |
Systemic engineering and global regulation enabling high-level bilirubin biosynthesis
2025-Dec-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67804-3
PMID:41436472
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研究论文 | 本研究通过系统工程和全局调控,开发了一种高效、可扩展的体外胆红素生物合成途径 | 揭示了Fe²⁺诱导中间体氧化降解的隐藏挑战,并通过竞争性铁螯合、质子化状态调控以及引入一氧化碳脱氢酶解决酶活性抑制问题,实现了胆红素合成效率的20倍提升 | 研究基于体外系统,其在体内应用的效果和稳定性仍需进一步验证 | 提高胆红素生物合成的产量和效率,解决合成生物学中血红素相关途径的稳定性问题 | 胆红素生物合成途径及其关键酶和中间体 | 合成生物学 | NA | DFT计算、酶筛选、机理分析 | NA | NA | NA | NA | NA | 体外胆红素生物合成途径,包含血红素加氧酶、一氧化碳脱氢酶和甲酸脱氢酶(用于NADPH循环) | 工业生物技术 |
| 120 | 2026-01-30 |
The marine diatom Phaeodactylum tricornutum as a versatile bioproduction chassis: Current progress, challenges, and perspectives
2025-Nov-10, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2025.101519
PMID:40994005
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综述 | 本文综述了海洋硅藻三角褐指藻作为多功能光合底盘在可持续生物生产中的应用进展、挑战与前景 | 系统总结了该藻类从模式生物向可扩展生物制造平台转型的整合策略,包括细胞器基因表达、DNA定点整合等新兴技术 | 当前仍存在产物产量不足、生物量限制和生产成本过高等工业化转化障碍 | 探讨三角褐指藻作为光合底盘在可持续生物生产中的潜力与优化路径 | 海洋硅藻三角褐指藻及其遗传改造菌株 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas基因组编辑、转基因元件优化、高效转化系统 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas | 三角褐指藻 | 代谢途径工程(岩藻黄质、脂肪酸、三酰甘油增产)、异源产物合成途径(萜类、治疗性肽类、可持续材料) | 工业生物技术, 医药, 材料 |