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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1501 | 2025-10-05 |
Rapid Multi-Well Evaluation of Assorted Materials for Hydrogel-Assisted Giant Unilamellar Vesicle Production: Empowering Bottom-Up Synthetic Biology
2025-Jan-02, Gels (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/gels11010029
PMID:39852000
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研究论文 | 开发了一种快速评估多种水凝胶材料用于辅助生产巨型单层囊泡的高通量方法 | 用可控滴铸法替代手动涂布试剂,可在多孔板中同时筛选96种GUV生产配方,并开发了水凝胶回收利用方法和新型PLE-GUVs标记技术 | 未明确说明筛选的水凝胶材料数量上限及长期稳定性数据 | 开发改进巨型单层囊泡生产方法的高通量筛选平台 | 多种水凝胶材料(PEG-DA、交联透明质酸、基质胶、交联DNA等)和巨型单层囊泡 | 合成生物学 | NA | 水凝胶辅助GUV生产、可控滴铸法、酶封装技术 | NA | 实验数据 | 最多96种GUV生产配方同时筛选 | NA | NA | NA | 生物医学,环境 |
| 1502 | 2025-10-05 |
MoCloro: an extension of the Chlamydomonas reinhardtii modular cloning toolkit for microalgal chloroplast engineering
2025 Jan-Feb, Physiologia plantarum
IF:5.4Q1
DOI:10.1111/ppl.70088
PMID:39871102
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研究论文 | 本文开发了用于微藻叶绿体工程的模块化克隆工具包MoCloro,扩展了现有MoClo系统 | 创建了首个基于Golden Gate组装的叶绿体基因组工程标准化工具包,支持多基因组合构建 | 目前主要针对莱茵衣藻叶绿体工程,在其他微藻中的适用性有待验证 | 开发标准化叶绿体工程工具以促进微藻合成生物学应用 | 莱茵衣藻叶绿体基因组 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装 | NA | NA | NA | Golden Gate Assembly, BioBrick | Chlamydomonas reinhardtii | 多基因表达盒,叶绿体整合系统 | 工业生物技术, 能源, 环境 |
| 1503 | 2025-10-06 |
Deciphering the biosynthetic pathway of triterpene saponins in Prunella vulgaris
2025-Jan, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.17220
PMID:39868644
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研究论文 | 本研究通过综合筛选方法鉴定了夏枯草中三萜皂苷生物合成途径的关键基因 | 首次在夏枯草中精确鉴定出参与三萜皂苷生物合成的9个候选基因,并揭示了这些基因源于全基因组复制事件 | NA | 解析夏枯草中三萜皂苷的生物合成途径 | 夏枯草(Prunella vulgaris)及其三萜皂苷代谢物 | 合成生物学 | NA | 系统发育分析、基因表达评估、代谢组-转录组关联分析、共表达分析、异源表达、酶活性测定 | NA | 基因组数据、转录组数据、代谢组数据 | NA | 异源表达 | NA | 三萜皂苷生物合成途径 | 医药、工业生物技术 |
| 1504 | 2025-10-06 |
Long oligos: direct chemical synthesis of genes with up to 1728 nucleotides
2025-Jan-22, Chemical science
IF:7.6Q1
DOI:10.1039/d4sc06958g
PMID:39759933
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研究论文 | 开发了直接化学合成长达1728个核苷酸基因的新方法 | 在光滑表面进行合成而非传统多孔载体,结合捕获聚合纯化方法,突破200个核苷酸的合成限制 | NA | 实现长链寡核苷酸的高效化学合成 | 绿色荧光蛋白基因(800-mer)和29 DNA聚合酶基因(1728-mer) | 合成生物学 | NA | 化学合成、捕获聚合纯化 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学,基因编辑,蛋白质工程 |
| 1505 | 2025-10-06 |
Exchange, promiscuity, and orthogonality in de novo designed coiled-coil peptide assemblies
2025-Jan-22, Chemical science
IF:7.6Q1
DOI:10.1039/d4sc06329e
PMID:39720134
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研究论文 | 本研究探索从头设计的卷曲螺旋肽组装体的动态特性,重点关注不同寡聚态之间的肽交换行为 | 开发了荧光报告检测方法研究肽交换动力学,发现设计肽存在同型交换忠实性和异型交换混杂性,并提出两种提高正交性的设计策略 | NA | 研究从头设计卷曲螺旋肽组装体的动态交换特性 | 系列卷曲螺旋肽组装体(从二聚体到七聚体) | 合成生物学 | NA | 荧光报告检测、肽设计 | NA | 荧光数据、动力学数据 | NA | NA | NA | 卷曲螺旋肽组装体 | 化学生物学, 合成生物学 |
| 1506 | 2025-10-06 |
Environment signal dependent biocontainment systems for engineered organisms: Leveraging triggered responses and combinatorial systems
2025-Jun, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2024.12.005
PMID:39830078
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综述 | 评估基于环境信号触发响应和组合系统的工程生物安全防护策略 | 系统分析多种环境触发因子(化学、光、温度、pH)与组合式生物防护系统的协同应用 | NA | 评估工程生物的环境信号依赖性生物防护系统 | 基因工程生物(GEOs)的生物防护系统 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 环境信号响应系统、组合式生物防护系统 | 环境, 工业生物技术 |
| 1507 | 2025-10-06 |
A Rapid and Reversible Molecular "Switch" Regulating Protein Expression in Chlamydomonas reinhardtii
2025-Jan-22, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.15360
PMID:39838873
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研究论文 | 本研究利用DD/Shield-1系统在莱茵衣藻中实现了外源蛋白表达的快速、可逆调控 | 首次将哺乳动物来源的DD/Shield-1系统成功应用于微藻系统,实现了外源基因的快速可逆调控 | 未明确说明该系统在不同外源蛋白中的普适性及长期稳定性 | 开发莱茵衣藻中外源基因表达调控的新方法 | 莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii) | 合成生物学 | NA | DD/Shield-1系统、基因编辑 | NA | 分子生物学数据 | NA | CRISPR-Cas12a | 莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii) | 分子开关系统,基于配体依赖的蛋白稳定性调控 | 工业生物技术 |
| 1508 | 2025-10-06 |
Constructing mechanosensitive signalling pathways de novo in synthetic cells
2025-Jan-21, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20231285
PMID:39838922
|
综述 | 本文讨论在合成细胞中构建从头开始的机械敏感信号通路的研究进展 | 将机械敏感通道整合到合成细胞中创建全新的机械敏感信号通路 | NA | 通过合成生物学方法研究机械转导机制并开发新型生物技术 | 合成细胞和机械敏感信号通路 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成细胞 | 机械敏感信号通路 | 医学诊断, 微反应器, 治疗 |
| 1509 | 2025-10-06 |
A parallel bioreactor strategy to rapidly determine growth-coupling relationships for bioproduction: a mevalonate case study
2025-Jan-17, Biotechnology for biofuels and bioproducts
IF:3.3Q3
DOI:10.1186/s13068-024-02599-x
PMID:39825460
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研究论文 | 本研究开发了一种利用平行生物反应器快速确定生物生产过程中生长-产物耦合关系的方法,并以甲羟戊酸生产为例进行验证 | 采用平行生物反应器策略快速绘制产物形成速率、底物利用速率与生长速率之间的耦合关系,并通过基因编辑消除有毒副产物乙酸盐的形成 | 研究仅以甲羟戊酸为例进行验证,方法在其他生物生产系统中的普适性需要进一步验证 | 开发快速评估生物生产过程中生长-产物耦合关系的方法,提高生物制造的经济可行性 | 甲羟戊酸生物生产过程中的生长-产物耦合关系 | 合成生物学 | NA | 平行生物反应器技术、基因编辑 | NA | 生物过程数据、代谢产物数据 | 使用大肠杆菌BW25113菌株及其基因编辑变体 | 基因编辑 | 大肠杆菌 | 通过敲除ackA-pta操纵子和poxB基因重构代谢通路 | 工业生物技术,能源,材料 |
| 1510 | 2025-10-06 |
Directed evolution of an orthogonal transcription engine for programmable gene expression in eukaryotes
2025-Jan-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111541
PMID:39811667
|
研究论文 | 本研究通过定向进化开发了一种适用于真核生物的正交转录引擎,用于程序化基因表达控制 | 将T7 RNA聚合酶与非洲猪瘟病毒单亚基加帽酶融合,并通过定向进化获得高活性变体,解决了T7 RNAP在真核系统中缺乏5'甲基鸟苷帽的局限性 | NA | 开发适用于真核生物的正交基因调控系统 | T7 RNA聚合酶与非洲猪瘟病毒加帽酶的融合酶 | 合成生物学 | NA | 定向进化 | NA | NA | NA | 定向进化 | 酵母, 哺乳动物细胞 | T7 RNAP-based遗传电路 | 工业生物技术 |
| 1511 | 2025-10-06 |
RDBSB: a database for catalytic bioparts with experimental evidence
2025-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae844
PMID:39360609
|
研究论文 | 开发了一个包含实验证据的催化生物元件数据库RDBSB | 整合了83,193个经过人工整理的催化生物元件,提供详细的定性和定量催化信息及分析工具 | NA | 为合成生物学中的代谢途径设计提供全面的催化生物元件资源 | 催化生物元件及其功能特性 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 生物元件功能数据 | 83,193个催化生物元件,其中超过1000个通过社区提交系统贡献 | NA | NA | 代谢途径设计工具 | 工业生物技术 |
| 1512 | 2025-10-06 |
Synthetic biology for the food industry: advances and challenges
2025-Feb, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2024.2340530
PMID:38797660
|
综述 | 本文综述了合成生物学在食品工业中的最新进展、应用及未来前景 | 系统总结了合成生物学在传统食品替代品、功能性食品和绿色食品三大领域的创新应用 | 作为综述文章,未涉及原始实验研究和具体技术细节 | 探讨合成生物学技术解决食品工业面临挑战的潜力 | 食品工业中的合成生物学应用 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | 细胞工厂 | NA | 食品工业 |
| 1513 | 2025-10-06 |
Recent advances in genome mining and synthetic biology for discovery and biosynthesis of natural products
2025-Feb, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2024.2383754
PMID:39134459
|
综述 | 本文综述了基因组挖掘和合成生物学在天然产物发现与生物合成中的最新进展 | 整合基因组挖掘与合成生物学技术解决天然产物多样性不足、效率低下和产量低的问题 | NA | 探索基因组挖掘和合成生物学在天然产物生产中的应用前景 | 天然产物的发现与生物合成 | 合成生物学 | NA | 基因组测序、生物信息学工具、大数据分析、基因工程、代谢工程、系统生物学 | NA | 基因组数据 | NA | 基因工程、代谢工程 | NA | NA | 医药、工业生物技术 |
| 1514 | 2025-10-06 |
Discovery, Biomanufacture, and Derivatization of Licorice Triterpenoids
2025-Jan-08, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.4c08110
PMID:39644261
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综述 | 本文全面综述甘草三萜类化合物的结构、来源、药理活性、生物制造及结构修饰研究进展 | 首次系统总结甘草三萜类化合物整体特征(而非仅关注甘草酸和甘草次酸),并应用drugCIPHER算法预测其药理活性 | NA | 探索甘草三萜类化合物的发现、生物制造和结构修饰策略 | 甘草三萜类化合物(以甘草酸和甘草次酸为代表) | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法、drugCIPHER算法 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 1515 | 2025-10-06 |
Golden Gate Cloning of Multigene Constructs Using the Modular Cloning System MoClo
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_2
PMID:39363064
|
研究论文 | 介绍使用模块化克隆系统MoClo进行多基因构建体组装的实验方案 | 利用类型IIS酶进行DNA组装的模块化克隆系统,通过一系列一锅法组装步骤实现多基因构建体的高效组装 | NA | 开发高效的多基因构建体组装方法 | 多基因构建体的组装策略和实验流程 | 合成生物学 | NA | Golden Gate克隆 | NA | NA | NA | Golden Gate Assembly, MoClo | NA | 多基因构建体 | 生物研究, 合成生物学 |
| 1516 | 2025-10-06 |
Standardized Golden Gate Assembly Metadata Representation Using SBOL
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_6
PMID:39363068
|
研究论文 | 开发了一种用于创建SBOL表示构建计划的软件工具,以模拟IIS型介导的组装反应并存储相关元数据 | 首次实现了使用SBOL标准化表示Golden Gate组装元数据的软件工具 | NA | 为合成生物学领域提供标准化的DNA组装元数据表示方法 | DNA组装构建计划 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装 | NA | 元数据 | NA | Golden Gate Assembly, SBOL | NA | DNA组装构建计划 | 工业生物技术 |
| 1517 | 2025-10-06 |
Golden Gate Cloning of MoClo Standard Parts
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_1
PMID:39363063
|
研究论文 | 本文详细介绍了MoClo系统标准部件的Golden Gate克隆方案 | 提供了标准部件克隆的详细步骤方案,包括大片段标准部件的中间构建策略 | NA | 开发合成生物学中DNA组装的高效方法 | MoClo系统的标准部件(level 0模块) | 合成生物学 | NA | Golden Gate克隆,PCR,DNA测序 | NA | DNA序列 | NA | Golden Gate Assembly | NA | 标准部件(启动子、编码序列、终止子等遗传元件) | 工业生物技术 |
| 1518 | 2025-10-06 |
Automation and Miniaturization of Golden Gate DNA Assembly Reactions Using Acoustic Dispensers
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_9
PMID:39363071
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研究论文 | 本文提供了使用声波分配器在1μL总体积中执行和并行化Golden Gate克隆反应的逐步方案 | 首次将声波分配技术应用于Golden Gate DNA组装反应,实现反应体积从10-25μL缩小至1μL的微型化 | NA | 开发自动化和小型化的DNA组装方法 | Golden Gate DNA组装反应 | 合成生物学 | NA | Golden Gate克隆 | NA | NA | NA | Golden Gate Assembly, 声波分配器 | NA | 模块化分层DNA片段组装 | 工业生物技术 |
| 1519 | 2025-10-06 |
Validation of Golden Gate Assemblies Using Highly Multiplexed Nanopore Amplicon Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_10
PMID:39363072
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研究论文 | 本文提出了一种使用纳米孔测序平台进行高度多重双条形码扩增子测序的详细方案,用于验证Golden Gate组装结果 | 开发了名为DuBA.flow的完整工作流程,实现从单菌落到最终易解读测序报告的一站式解决方案 | NA | 为Golden Gate组装提供高效可靠的序列验证方法 | Golden Gate组装产物 | 合成生物学 | NA | 纳米孔测序, 双条形码扩增子测序, PCR | NA | DNA测序数据 | NA | Golden Gate Assembly | NA | 转录单元组装, 多基因构建体 | 工业生物技术 |
| 1520 | 2025-10-06 |
Biofoundry-Assisted Golden Gate Cloning with AssemblyTron
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_8
PMID:39363070
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研究论文 | 介绍开源Python软件包AssemblyTron如何通过低成本开源机器人实现Golden Gate克隆的自动化 | 开发了AssemblyTron的升级功能,包括模块化克隆载体组装、易错PCR组合突变库组装和索引质粒库组装 | NA | 为合成生物学提供经济高效的Golden Gate组装自动化解决方案 | DNA构建体和组合文库 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装、易错PCR | NA | NA | NA | Golden Gate Assembly, OpenTrons OT-2 | NA | 模块化克隆系统、组合突变库、索引质粒库 | 工业生物技术 |