合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-03-28	Prevention of ribozyme catalysis through cDNA synthesis enables accurate RT-qPCR measurements of context-dependent ribozyme activity 2025-Mar-06, RNA (New York, N.Y.) DOI:10.1261/rna.080243.124 PMID:40050070	研究论文	本文开发并验证了一种RT-qPCR方法，用于测量依赖于环境的核酶活性，通过引入寡核苷酸抑制核酶活性来提高测量的准确性	提出了一种新的RT-qPCR方法，通过抑制核酶活性来准确测量依赖于环境的核酶活性	该方法在RNA提取和反转录过程中可能诱导核酶切割，导致活性测量不准确	验证新的核酶序列和基于核酶的生物技术	自切割核酶	合成生物学	NA	RT-qPCR	NA	RNA	一组已知在体外具有环境依赖性切割的自切割RNA
142	2025-03-27	Introduction: Synthetic Biology 2025-Mar-26, Chemical reviews IF:51.4Q1 DOI:10.1021/acs.chemrev.5c00158 PMID:40134283	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
143	2025-03-27	Promiscuity of an Alcohol-Dependent Hemiterpene Pathway for the In Vivo Production of a Non-Natural Alkylated Tryptophan Derivative 2025-Mar-26, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00865 PMID:40134314	research paper	该研究揭示了酒精依赖性半萜途径的广泛特异性，并展示了其在体内生产非天然烷基化色氨酸衍生物的能力	揭示了酒精依赖性半萜途径中第一个酶PhoN的广泛特异性，以及芳香族异戊二烯基转移酶的宽泛底物特异性，成功在体内生产非天然烷基化色氨酸衍生物	NA	拓展异戊二烯类化合物的化学空间，推动合成生物学发展	酒精依赖性半萜途径及其相关酶	合成生物学	NA	体内生物合成	NA	NA	NA
144	2025-03-27	Efficient De Novo Assembly of 100 kb-Scale Human Functional Immunoglobulin Heavy Variable (IGHV) Gene Fragments In Vitro 2025-Mar-26, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00011 PMID:40135783	research paper	该研究提出了一种高效的无疤痕体外组装方法，用于构建功能性人类免疫球蛋白重链可变区（IGHV）基因片段	开发了一种基于Gibson等温组装的迭代体外组装方法，能够无疤痕地组装复杂且高度重复的百kb级IGHV基因片段	未提及该方法在其他类型基因组片段组装中的适用性	开发大规模人类基因组片段的高效体外组装技术	人类免疫球蛋白重链可变区（IGHV）基因片段	合成生物学	NA	Gibson等温组装	NA	DNA序列	百kb级的IGHV基因片段
145	2025-03-26	Synthetic biology approaches to improve Rubisco carboxylation efficiency in C3 Plants: Direct and Indirect Strategies 2025-Apr, Journal of plant physiology IF:4.0Q1 DOI:10.1016/j.jplph.2025.154470 PMID:40056853	综述	本文综述了合成生物学方法在提高C3植物中Rubisco羧化效率方面的直接和间接策略	介绍了最新的合成生物学和基因转化技术，以及通过工程化Rubisco亚基、修饰Rubisco相互作用蛋白和调整Rubisco环境等方法来优化Rubisco羧化效率	NA	提高C3植物中Rubisco的羧化效率，以改善光合作用性能	C3植物中的Rubisco酶	合成生物学	NA	基因转化技术	NA	NA	NA
146	2025-03-26	Temporal Loss of Genome-Wide and Immunogenetic Diversity in a Near-Extinct Parrot 2025-Mar-25, Molecular ecology IF:4.5Q1 DOI:10.1111/mec.17746 PMID:40130423	research paper	该研究通过基因组测序分析了极度濒危的橙腹鹦鹉在历史和当代样本中的遗传多样性丧失情况	首次使用长读长参考基因组和历史样本追踪该物种的长期基因组侵蚀和免疫遗传多样性下降	样本量相对较小（历史样本16个，当代样本19个）	评估橙腹鹦鹉的遗传多样性丧失情况及其对物种生存的影响	橙腹鹦鹉（Neophema chrysogaster）	基因组学	病毒/细菌/真菌感染	长读长基因组测序、重测序	NA	基因组数据	历史样本16个（最早1829年），当代样本19个
147	2025-03-26	ProteoSeeker: A Feature-Rich Metagenomic Analysis Tool for Accessible and Comprehensive Metagenomic Exploration 2025-Mar-25, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414877 PMID:40130725	研究论文	介绍了一款名为ProteoSeeker的命令行工具，用于简化宏基因组蛋白质的识别和注释	ProteoSeeker通过自动化关键步骤，降低了计算复杂性，使专业和非专业用户都能进行高效且全面的宏基因组分析	未提及具体的技术限制或性能瓶颈	加速生物技术、合成生物学和生物医学研究与创新	微生物群落中的蛋白质	生物信息学	NA	宏基因组学	NA	宏基因组数据	NA
148	2025-03-26	Reprogramming Komagataella phaffii for a Robust Chassis toward Efficient De Novo Biosynthesis of (-)-α-Bisabolol 2025-Mar-25, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c11904 PMID:40131269	研究论文	本研究通过优化MVA途径和融合法尼基二磷酸合酶与比沙波醇合酶，成功在Komagataella phaffii中实现了高效生产(-)-α-比沙波醇	通过工程化辅因子NADPH、分子伴侣和转录因子，构建了强健的(-)-α-比沙波醇生产菌株KB-30，并在5 L补料分批发酵罐中实现了32.8 g/L的最高产量	未明确提及研究的局限性	开发一种高效、可持续的微生物细胞工厂生产(-)-α-比沙波醇	Komagataella phaffii菌株	合成生物学	NA	微生物发酵、代谢工程	NA	NA	5 L补料分批发酵罐
149	2025-03-26	A novel MoClo-mediated intron insertion system facilitates enhanced transgene expression in Chlamydomonas reinhardtii 2025, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2025.1544873 PMID:40123955	研究论文	本文介绍了一种新型的MoClo介导的内含子插入系统，用于增强莱茵衣藻中转基因的表达	开发了一种与当前MoClo标准兼容的新型内含子插入策略，显著提高了转基因在莱茵衣藻中的表达效率	NA	提高莱茵衣藻中转基因的表达效率，推动藻类生物技术的发展	莱茵衣藻	合成生物学	NA	Modular Cloning (MoClo)	NA	NA	NA
150	2025-03-25	Remediation of wastewater by using CdS-based biohybrids: Challenges and enhancement strategies 2025-Jun, Bioresource technology IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.biortech.2025.132379 PMID:40064454	review	本文综述了基于CdS的光催化剂-微生物生物杂化系统在废水修复中的应用、机制及优化策略	整合了全细胞生物催化剂和半导体纳米材料的优势，实现重金属离子回收、提高修复效率及同步去除复合污染物	未具体提及现有系统的实际应用限制或性能瓶颈	探讨CdS基生物杂化系统在废水污染物同步去除中的潜力与优化方向	含重金属和有机化合物的废水污染物	环境工程	NA	CdS基光催化-微生物杂化技术	NA	NA	NA
151	2025-03-25	Direct Quantification of Protein-Protein Interactions in Living Bacterial Cells 2025-Mar-24, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414777 PMID:40125621	research paper	提出了一种名为KD-FRET的方法，用于在活细菌细胞中定量测量蛋白质-蛋白质相互作用（PPIs）的解离常数（K）	开发了KD-FRET方法，首次实现了在活细菌细胞中直接定量测量PPIs的解离常数，并解决了传统方法中因光谱串扰导致的假阳性信号问题	未提及该方法在其他类型细胞（如真核细胞）中的适用性	开发一种在活细胞中定量测量蛋白质-蛋白质相互作用强度的新方法	活大肠杆菌细胞中的蛋白质-蛋白质相互作用	合成生物学	NA	荧光共振能量转移（FRET）	NA	荧光信号数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多种异源和同源蛋白质对
152	2025-03-24	Bacteria-Mediated Intracellular Radical Polymerizations 2025-Mar-19, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.4c17257 PMID:40036043	研究论文	本文展示了细菌细胞通过自然存在的生物分子活性触发原子转移自由基反应，从而启动多种丙烯酰胺、丙烯酸和甲基丙烯酸单体的聚合反应	揭示了细菌细胞作为活体催化剂用于聚合物生产的未开发潜力，并展示了基于原子转移自由基聚合引发剂的细胞内聚合作为一种生物正交工具在细胞工程和合成生物学中的应用	NA	研究细菌细胞内自由基聚合反应的机制及其在细胞工程和合成生物学中的应用	细菌细胞	合成生物学	NA	核磁共振光谱、凝胶渗透色谱、荧光显微镜、流式细胞术	NA	化学数据、荧光数据	NA
153	2025-03-23	Machine learning reveals novel compound for the improved production of chitooligosaccharides in Escherichia coli 2025-May-25, New biotechnology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.nbt.2025.01.005 PMID:39827984	研究论文	本文利用机器学习模型和特征重要性分析，发现了一种新化合物，可显著提高大肠杆菌中壳寡糖的产量	通过机器学习模型和特征重要性分析，发现了铁这一新化合物，可将壳寡糖产量提高两倍，并揭示了未来工程步骤的重要线索	尽管发现了铁对壳寡糖产量的提升作用，但具体机制仍需进一步研究	提高大肠杆菌中壳寡糖的产量	大肠杆菌中的壳寡糖合成途径	合成生物学	NA	机器学习	NA	代谢数据	大肠杆菌工程转录调节因子库
154	2025-03-23	Engineering highly active nuclease enzymes with machine learning and high-throughput screening 2025-Mar-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101236 PMID:40081373	研究论文	本文介绍了一种名为TeleProt的机器学习框架，该框架结合进化和实验数据来设计多样化的蛋白质库，并用于提高降解慢性伤口生物膜的核酸酶的催化活性	TeleProt框架在无需先验实验数据的情况下，能够设计出高性能的初始库，并在多轮高通量实验后，找到了比定向进化（DE）显著更好的顶级酶	NA	优化酶在新型化学环境中的功能，以提高其催化活性	核酸酶	机器学习	慢性伤口	高通量筛选	机器学习框架	基因型-表型酶活性数据	55,000种核酸酶变体
155	2025-03-23	Cell-free synthetic biology for natural product biosynthesis and discovery 2025-Mar-19, Chemical Society reviews IF:40.4Q1 DOI:10.1039/d4cs01198h PMID:40104998	综述	本文综述了无细胞合成生物学在天然产物生物合成和发现中的应用	探讨了无细胞合成生物学在天然产物生物合成中的创新应用，包括快速原型设计和新型抗菌剂的发现	讨论了无细胞合成生物学与全细胞和化学生产路线相比的优缺点	研究无细胞合成生物学在天然产物生物合成和发现中的应用	天然产物，包括核糖体肽、非核糖体肽、聚酮化合物和萜类化合物	合成生物学	NA	无细胞合成生物学	NA	NA	NA
156	2025-03-23	AI-driven high-throughput droplet screening of cell-free gene expression 2025-Mar-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58139-0 PMID:40108186	研究论文	本文介绍了一种名为DropAI的基于液滴和AI驱动的高通量筛选策略，用于优化无细胞基因表达系统	DropAI结合微流控技术和荧光颜色编码系统，实现了高通量、经济高效的化学组合筛选，并通过机器学习模型进行优化预测	研究主要基于大肠杆菌和枯草芽孢杆菌的无细胞系统，尚未验证在其他生物系统中的适用性	优化无细胞基因表达系统的组成，降低成本并提高产量	无细胞基因表达系统	合成生物学	NA	微流控技术、荧光颜色编码系统、机器学习	机器学习模型	化学组合数据、荧光信号数据	12种不同蛋白质
157	2025-03-23	Bioengineered therapeutic systems for improving antitumor immunity 2025-Jan, National science review IF:16.3Q1 DOI:10.1093/nsr/nwae404 PMID:40114728	综述	本文综述了通过基因编辑、合成生物学和表面工程技术创建生物工程系统以增强免疫治疗的策略	提出了通过生物工程技术增强免疫治疗的新策略，包括导航和识别系统的改进、可控组件的引入、免疫调节组件的添加以及毒性因子的去除	生物工程系统的临床转化仍面临挑战，具体效果和安全性需进一步验证	提高抗肿瘤免疫治疗的疗效和安全性	细胞、细菌和病毒来源的治疗系统	生物工程	肿瘤	基因编辑、合成生物学、表面工程	NA	NA	NA
158	2025-03-22	MultiCRISPR-EGA: Optimizing Guide RNA Array Design for Multiplexed CRISPR Using the Elitist Genetic Algorithm 2025-Mar-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00860 PMID:39976310	研究论文	本文介绍了一种名为MultiCRISPR-EGA的图形用户界面工具，该工具使用精英遗传算法（EGA）来设计优化的单启动子驱动的多路CRISPR引导RNA（gRNA）阵列	MultiCRISPR-EGA工具通过使用精英遗传算法（EGA）优化多路gRNA阵列设计，显著提高了CRISPR干扰（CRISPRi）应用的效率和特异性	工具的性能仅在计算实验中进行了验证，尚未在实际生物实验中进行广泛测试	优化多路CRISPR引导RNA（gRNA）阵列设计，以提高基因组编辑的效率和成本效益	多路CRISPR引导RNA（gRNA）阵列	合成生物学	NA	CRISPR-Cas系统	精英遗传算法（EGA）	基因目标数据	NA
159	2025-03-22	Cell-Free Multistep Gene Regulatory Cascades Using Eukaryotic ON-Riboswitches Responsive to in Situ Expressed Protein Ligands 2025-Mar-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00840 PMID:39991792	研究论文	本文开发了在麦胚提取物中起作用的蛋白质响应性上调核糖开关（ON-核糖开关），用于创建多步基因调控级联	首次在真核细胞无细胞系统中构建了复杂的基因调控级联，并成功开发了高效的蛋白质响应性ON-核糖开关	初始设计的两种ON-核糖开关效率较低，且多步级联的切换效率受限于其中最差的一步	构建真核细胞无细胞系统中的复杂基因调控级联	蛋白质响应性ON-核糖开关及其在基因调控级联中的应用	合成生物学	NA	核糖开关技术	NA	基因表达数据	NA
160	2025-03-22	Improving Bacillus subtilis as Biological Chassis Performance by the CRISPR Genetic Toolkit 2025-Mar-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00844 PMID:40040244	review	本文讨论了CRISPR基因工具包在提高枯草芽孢杆菌作为生物底盘性能方面的应用	介绍了CRISPR技术在枯草芽孢杆菌中的最新进展，包括基因编辑、转录调控和酶调节	未具体提及研究的局限性	提高枯草芽孢杆菌作为工业底盘菌的性能	枯草芽孢杆菌	合成生物学	NA	CRISPR	NA	NA	NA