合成生物学相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['synthetic biology']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价9.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 1531 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2026-08-27 |
Creating a Halotolerant Degrader for Efficient Mineralization of p-Nitrophenol-Substituted Organophosphorus Pesticides in High-Saline Wastewater
2025-04, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.28923
PMID:39821562
|
研究论文 | 本研究通过合成生物学方法，将异源生物降解途径整合至耐盐菌Halomonas cupida J9基因组，构建了能高效矿化对硝基苯酚取代有机磷农药的耐盐降解菌J9U-MP | 首次在耐盐底盘菌中整合包含七个基因的异源降解途径和报告基因，实现了在高盐低氧环境下对有机磷农药的完全矿化，并利用GFP进行实时监测 | 未提及 | 开发适用于高盐有机磷农药废水的耐盐降解菌，实现有机磷农药的高效生物修复 | 耐盐菌Halomonas cupida J9，构建的工程菌J9U-MP，甲基对硫磷及其降解中间体 | 合成生物学 | NA | PCR, RT-PCR, 气相色谱, 稳定同位素分析 | NA | 实验数据 | 50 mg/L甲基对硫磷和25 mg/L C-PNP样本，在含60 g/L NaCl废水中培养 | 基因组整合 | Halomonas cupida J9 | 异源降解途径（mpd/pnpABCDEF基因）和报告基因（VHb和GFP）整合至基因组 | 环境修复，工业废水处理 |
| 142 | 2026-08-27 |
Cleavable donor-assisted CRISPR/Cas9 system significantly improves the efficiency of large DNA insertion in Physcomitrium patens
2025-02, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70020
PMID:39981890
|
研究论文 | 本研究开发了一种可切割供体辅助的CRISPR/Cas9系统，显著提高了苔藓植物Physcomitrium patens中大DNA片段的插入效率 | 开发了体内可切割（IVC）供体系统，通过供体两端含有Cas9核酸酶识别位点，实现体内线性模板的释放，相比标准环状供体显著提高大片段（5.8-11.1 kb）的敲入效率 | 研究局限于特定苔藓物种和特定基因组位点，尚未在作物中验证其适用性 | 提高CRISPR/Cas9介导的大DNA片段精确插入效率 | 苔藓植物Physcomitrium patens | 基因组编辑 | NA | CRISPR/Cas9基因组编辑 | NA | 基因序列数据 | 涉及4种DNA插入片段（5.8, 7.5, 11.1和7.4 kb）及2个sgRNA靶位点 | CRISPR-Cas9 | Physcomitrium patens（小立碗藓） | 体内可切割供体系统，包含两个Cas9核酸酶识别位点侧翼的同源模板 | 基础研究, 合成生物学, 农业 |
| 143 | 2026-08-27 |
Toward Increasing the Credibility of RNA Design
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4079-1_9
PMID:39312141
|
研究论文 | 本文提出了一种扩展的RNA设计协议，通过加入3D结构预测和分析步骤来提高RNA设计的准确性。 | 在RNA设计过程中引入3D结构评估，作为序列优化后的关键验证步骤，以提升设计序列的可靠性。 | 未提及具体的局限性，可能包括计算成本和3D预测的准确性限制。 | 提高RNA设计（逆折叠）的可靠性和准确性，通过使用3D结构进行序列评估。 | RNA序列及其对应的二级结构。 | 生物信息学 | NA | RNA逆折叠，3D结构预测 | NA | RNA序列和结构数据 | 未明确指出样本数量。 | NA | NA | NA | 合成生物学，RNA纳米技术 |
| 144 | 2026-08-27 |
A Computational Approach for Designing Synthetic Riboswitches for Next-Generation RNA Therapeutics
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4079-1_13
PMID:39312145
|
综述 | 本文介绍了一种用于设计合成核糖开关以应用于下一代RNA疗法的计算方法，并探讨了其在合成生物学和RNA治疗中的潜力 | 利用先进的计算技术设计合成核糖开关，以实现对疾病特异性代谢物的精准响应，从而推动RNA疗法的创新 | 摘要中未提及具体局限性 | 开发计算方法以设计合成核糖开关，用于下一代RNA治疗 | 合成核糖开关 | 计算生物学 | NA | 计算方法 | NA | 序列数据 | NA | NA | NA | 核糖开关 | 医学, 合成生物学 |
| 145 | 2026-08-27 |
SHAPE Probing to Screen Computationally Designed RNA
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4079-1_12
PMID:39312144
|
研究论文 | 提出一种结合SHAPE-MaP化学探测和定制软件流程的方法，用于高效筛选计算设计的RNA序列 | 开发了定制的软件套件shapemap tools，简化了大规模RNA设计序列的筛选流程，并解决了设计序列间可能仅有一个核苷酸差异带来的挑战 | 未明确提及具体限制，但可能包括对实验条件的要求和数据分析的复杂性 | 开发高效、准确的RNA设计筛选方法，以支持合成生物学和RNA疗法的发展 | 计算设计的RNA序列 | 合成生物学 | NA | SHAPE-MaP | NA | RNA结构探测数据 | 数千条RNA序列 | NA | NA | NA | 合成生物学, 医学 |
| 146 | 2026-08-26 |
Reprogramming the SARS-CoV-1 Neutralizing Antibody S230 to SARS-CoV-2 via Directed Evolution and Molecular Docking-Based Binding Mode Analysis
2025-12-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00425
PMID:41236374
|
研究论文 | 通过定向进化和分子对接分析，将SARS-CoV-1中和抗体S230重新编程为针对SARS-CoV-2的抗体，并验证其功能与机制 | 结合定向进化与分子对接分析，仅通过少量协同突变（R56W和N57Y）成功将抗体特异性从SARS-CoV-1重定向至SARS-CoV-2，同时保留原有交叉反应性，展示了基于合成生物学原理的模块化抗体重编程平台 | 未提及抗体在体内模型中的中和效果及潜在免疫原性评估 | 开发一种基于合成生物学的模块化抗体重编程方法，以快速适应新出现的病原体 | SARS-CoV-1中和抗体S230及其变体IJ36和IJ36-V | 合成生物学 | COVID-19 | 定向进化、分子对接模拟、细菌表面展示、噬菌体展示 | NA | 蛋白质序列和结构数据 | 未明确样本数量，使用抗体克隆库筛选 | 易错PCR | 大肠杆菌 | 抗体工程改造，非典型合成基因线路 | 医学 |
| 147 | 2026-08-26 |
Expression of Viral DNA Polymerase in Synthetic Recombinant Adeno-Associated Virus Producer Cell Line Enhances Full Particle Productivity
2025-02, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.28885
PMID:39578398
|
研究论文 | 本文开发了一种合成生物学策略，通过在HEK293细胞系中诱导表达HSV-1 DNA聚合酶复合物，提高重组腺相关病毒（rAAV）的全颗粒产量。 | 首次在合成rAAV生产细胞系中整合并诱导表达HSV-1 DNA聚合酶（UL30/UL42），显著提高病毒基因组滴度和全颗粒含量，而不影响衣壳产量。 | 未提及具体的局限性，如长期稳定性、规模化生产的潜在问题等。 | 提高rAAV生产细胞系的全颗粒产量，以满足基因治疗的临床需求。 | 重组腺相关病毒（rAAV）生产细胞系（HEK293来源）及其产生的病毒颗粒。 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、基因整合、诱导表达 | NA | 实验数据（病毒滴度、基因组拷贝数等） | 涉及多个克隆细胞系，具体数量未在摘要中提及。 | NA | HEK293细胞 | 诱导型启动子控制HSV-1 DNA聚合酶复合物（UL30/UL42）的表达回路 | 医学（基因治疗） |
| 148 | 2026-08-26 |
Blue-Purple evaluation: Chromoproteins facilitate the identification of BioBrick compatibility
2025-01, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.28862
PMID:39402779
|
research paper | 本文提出了一种利用色素蛋白（chromoproteins）评估BioBrick兼容性的方法，命名为BP评估，通过观察和量化大肠杆菌菌落的蓝紫比例来验证构建的兼容性。 | 首次采用色素蛋白作为可视化和量化工具，在一锅反应中快速、简便地评估BioBrick兼容性，无需复杂设备。 | 该方法依赖于LB-agar板上菌落颜色的可视化和量化，可能受限于菌落计数的主观性，且尚未广泛验证于多种宿主或复杂构建。 | 开发一种简单、快速且可靠的方法来评估合成BioBrick的兼容性，以避免组装DNA片段在宿主细胞中引起负面影响。 | 大肠杆菌（E. coli）中的BioBrick组装，包括抗毒素-毒素对ccdA-ccdB、裂解蛋白E和异源蛋白sfGFP。 | synthetic biology | NA | NA | NA | image | NA | BioBrick | E. coli | NA | industrial biotechnology |
| 149 | 2026-08-25 |
Dendritic Membranized Coacervate Microdroplets: A Robust Platform for Synthetic-Living Cell Consortia
2025-08-13, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c09772
PMID:40751679
|
研究论文 | 该研究构建了由树状大分子和肽组成的膜化凝聚物微滴，作为稳健的合成细胞平台，用于模拟细胞行为和构建合成-天然细胞联合体 | 利用树状大分子的球形刚性结构，使膜化凝聚物微滴在生理离子强度下表现出超过两倍的临界盐浓度，显著增强了稳定性，并支持酶封装和化学通讯等类细胞功能 | 摘要中未明确提及局限性，可能包含对生理环境下长期稳定性和体内应用的进一步验证需求 | 开发稳健的合成细胞平台，以模拟细胞功能并用于药物递送和组织工程等生物医学应用 | 膜化凝聚物微滴，由带相反电荷的小树状大分子和多肽组成，并带有PEG-树状共聚物膜 | 合成生物学 | NA | 自组装 | NA | 实验数据 | NA | NA | NA | 信号转导通路 | 医学, 组织工程, 再生医学 |
| 150 | 2026-08-25 |
Iterative deep learning design of human enhancers exploits condensed sequence grammar to achieve cell-type specificity
2025-07-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101302
PMID:40472848
|
研究论文 | 本文应用迭代深度学习设计合成增强子，通过结合实验验证和模型再优化，实现对两种人类细胞系的细胞类型特异性表达。 | 通过迭代深度学习结合实验数据，设计出具有强差异活性的合成增强子，并发现短至50bp的增强子仍能维持特异性，且嵌入的转录因子结合位点基序频率更高、词汇更选择性。 | 文章未明确讨论泛化性，依赖特定细胞系初步训练，可能限制在其他细胞类型或体内应用的推广。 | 解决合成生物学中如何将基因表达靶向特定细胞类型的问题，设计具有高度特异性的合成增强子。 | 人类细胞系中的合成增强子序列。 | 深度学习、合成生物学 | 无 | NGS（染色质可及性测序等）、深度学习模型 | 深度学习模型（如CNN） | DNA序列数据、染色质可及性数据、增强子活性数据 | 两种人类细胞系（未具体说明数量） | 无 | 人类细胞系 | 合成增强子 | 医学 |
| 151 | 2026-08-25 |
Integrase enables synthetic intercellular logic via bacterial conjugation
2025-06-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101268
PMID:40300599
|
研究论文 | 本文介绍了一种通过细菌接合实现整合酶介导的细胞间DNA信息传递的策略，并构建了分层逻辑门系统。 | 首次利用整合酶通过细菌接合实现细胞间DNA信息传递，并建立了分层框架来管理层级化的大肠杆菌菌株间的相互作用，实现了布尔逻辑门的功能。 | 摘要中未提及明显的局限性，但可能包括对特定菌株和质粒的依赖性以及系统规模的复杂度限制。 | 开发一种基于整合酶和细菌接合的通用策略，用于细胞间DNA信息传递和层级信号处理，扩展合成生物学的应用。 | 大肠杆菌菌株及接合质粒。 | 合成生物学 | NA | 细菌接合、DNA重组（整合酶介导） | NA | 基因型数据（如DNA序列） | 多种大肠杆菌菌株和接合质粒（具体数量未提及） | 整合酶 | 大肠杆菌 | 布尔逻辑门（双层层叠逻辑门）以及分层信号处理通路 | 合成生物学 |
| 152 | 2026-08-25 |
A systems view of cellular heterogeneity: Unlocking the "wheel of fate"
2025-06-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101300
PMID:40472847
|
综述 | 本文通过系统生物学视角探讨细胞异质性，提出将细胞视为输入-输出设备的框架，并总结了捕捉异质性的系统和合成生物学工具 | 提出从细胞视角概念化异质性的框架，并引入“命运之轮”的随机性比喻，结合人类多能干细胞培养和β细胞分化两个案例研究 | 未提供实验验证，仅为理论框架和文献综述 | 探讨细胞异质性的生物学意义，并推动系统方法在干细胞研究和再生医学中的应用 | 人类多能干细胞和β细胞 | 系统生物学 | NA | 单细胞技术 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 人类 | NA | 再生医学, 发育生物学 |
| 153 | 2026-08-25 |
Model-guided gene circuit design for engineering genetically stable cell populations in diverse applications
2025-02, Journal of the Royal Society, Interface
DOI:10.1098/rsif.2024.0602
PMID:39933591
|
研究论文 | 本文开发并分析了一种生物分子控制器，旨在独立于突变合成基因的身份来抑制突变细胞生长，从而维持工程化细胞群的遗传稳定性 | 提出了一种与合成基因身份无关的通用控制器设计，无需针对特定基因回路进行重新工程，并通过资源感知细胞建模的新模拟方法直接关联电路设计参数与群体行为 | 未在实验中验证控制器性能，仅基于建模和模拟分析，可能受限于模型假设的准确性 | 开发一种通用生物分子控制器以抑制突变细胞生长，减少合成基因丢失，增强工程化细胞群的遗传稳定性 | 工程化细胞群及其突变体，涉及合成基因回路和宿主细胞 | 合成生物学 | NA | 资源感知细胞建模、仿真 | 生物分子控制器模型、群体行为模型 | 仿真数据 | NA | NA | NA | 生物分子控制器，广义上涉及抑制突变细胞生长的调控回路 | 生物技术、医学 |
| 154 | 2026-08-25 |
Molecular insights into the elevator-type mechanism of the cyanobacterial bicarbonate transporter BicA
2025-01-21, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2024.12.013
PMID:39674889
|
研究论文 | 该研究通过全原子分子动力学模拟，揭示了蓝藻碳酸氢盐转运蛋白BicA的电梯式转运机制。 | 首次通过超过1毫秒的分子动力学模拟数据，动态解析BicA二聚体的结构重排和底物转运过程，并识别出降低构象转变自由能垒的潜在突变。 | 研究主要基于计算模拟，缺乏实验验证；模拟结果可能受限于力场参数和采样时间。 | 阐明蓝藻碳酸氢盐转运蛋白BicA的转运机制，并为工程化改造以提高光合作用产量提供原子级见解。 | 蓝藻碳酸氢盐转运蛋白BicA二聚体。 | 分子动力学模拟 | NA | 全原子分子动力学模拟 | NA | 模拟轨迹数据 | 超过1毫秒的模拟数据 | NA | 蓝藻 | NA | 生物技术、能源、环境 |
| 155 | 2026-08-23 |
Biosensor-driven strain engineering reveals key cellular processes for maximizing isoprenol production in Pseudomonas putida
2025-10-24, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ady2677
PMID:41134890
|
research paper | 本研究开发了一种基于生物传感器的生长偶联筛选策略，在恶臭假单胞菌中优化异戊烯醇的生产，通过迭代组合菌株工程实现了36倍的滴度提升，并揭示了关键的宿主代谢过程 | 发现并表征了一个非经典信号通路，涉及杂合组氨酸激酶与醇脱氢酶的功能和物理复合物，其活性受异源二聚化调节；利用该生物传感器在CRISPRi文库筛选中识别宿主限制因素，并通过整合组学分析揭示了氨基酸分解代谢的重塑对产量提升的关键作用 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 开发一种生物传感器驱动的菌株工程策略，以优化恶臭假单胞菌中异戊烯醇的生产，并揭示宿主细胞的关键限制因素 | 恶臭假单胞菌菌株及其代谢途径 | 合成生物学、代谢工程 | NA | CRISPRi筛选、组学分析 | NA | 组学数据、生物传感器信号 | 使用CRISPRi文库进行筛选，具体样本数量未提及 | CRISPRi | 恶臭假单胞菌 | 生物传感器驱动的生长偶联选择系统 | 工业生物技术 |
| 156 | 2026-08-23 |
Monodisperse Giant Unilamellar Niosomes as Minimal Synthetic Cells
2025-07-30, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c09950
PMID:40670353
|
研究论文 | 本文介绍了基于非离子表面活性剂的巨型单层囊泡（GUNs）作为合成细胞模型的平台，利用液滴微流控生成单分散的Span 80基GUNs，展示其膜流动性和选择性通透性，并通过诱导相分离和代谢级联反应验证功能。 | 提出巨型单层囊泡（GUNs）作为合成细胞新平台，具有高膜流动性、固有选择性通透性及成本效益，无需嵌入转运蛋白即可实现小分子和质子通透，并成功重建糖酵解-线粒体级联驱动肌动蛋白聚合。 | 未在摘要中明确提及。 | 开发一种稳健且成本效益高的合成细胞模型，以克服现有囊泡（如脂质体、聚合物囊泡和脂肪酸囊泡）的局限性，并展示其功能性应用。 | 基于Span 80的非离子表面活性剂巨型单层囊泡（GUNs）。 | 合成生物学 | NA | 液滴微流控 | NA | NA | NA | 液滴微流控 | NA | pH响应性液-液相分离和糖酵解-线粒体级联反应 | 合成生物学、药物递送 |
| 157 | 2026-08-22 |
Minimal logic gates for probiotic Escherichia coli Nissle 1917 sensing and treatment of dual-bacteria intestinal infection
2025-12, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2025.2530156
PMID:40619672
|
研究论文 | 本研究设计了针对益生菌大肠杆菌Nissle 1917的最小逻辑门，用于感知并治疗由两种细菌引起的肠道双重感染 | 设计并实现了针对双重细菌感染的“AND”逻辑门，使益生菌能够同时检测并杀死两种病原体，并在小鼠模型中验证了预防和治疗效果 | 尚未提及具体的局限性 | 开发一种能够感知并治疗双重细菌感染的工程益生菌策略 | 益生菌大肠杆菌Nissle 1917以及两种病原菌 | 合成生物学 | 肠道感染 | 基因工程 | 逻辑门 | 实验数据 | 小鼠模型 | NA | 大肠杆菌 | AND逻辑门 | 医学 |
| 158 | 2026-08-22 |
Research progress on gut microbiota in colorectal cancer immunotherapy
2025-11, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189476
PMID:41130540
|
综述 | 系统综述肠道微生物及其代谢产物在结直肠癌免疫治疗中调节免疫检查点抑制剂疗效的关键进展 | 全面总结特定菌群及代谢产物调控ICIs疗效的机制，并探讨基于合成生物学的工程菌疗法等新干预策略 | 综述基于现有文献，未包含最新未发表数据，且机制结论可能受研究异质性影响 | 为通过调节肠道微生物组优化结直肠癌免疫治疗提供理论依据 | 结直肠癌患者及肠道微生物群 | 微生物组学、肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | NA | NA | 文献数据 | NA | 合成生物学 | 肠道微生物 | 基于菌群的免疫调节通路 | 医学 |
| 159 | 2026-08-21 |
AlphaDesign: a de novo protein design framework based on AlphaFold
2025-Sep, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-025-00119-z
PMID:40527958
|
研究论文 | 介绍了一个基于AlphaFold的从头蛋白质设计框架AlphaDesign，结合自回归扩散模型，实现可控制交互、构象和寡聚状态的快速蛋白质生成与计算验证，并成功设计了针对细菌噬菌体防御系统retrons的活性抑制剂 | 提出一种无需类别特定模型重训练或微调的通用从头蛋白质设计框架，结合AlphaFold与自回归扩散模型，支持快速生成和计算验证具有可控特性的蛋白质 | 本文未明确讨论限制，但可能涉及计算验证的准确性依赖以及体内活性的系统性验证范围有限 | 开发一个通用且易用的从头蛋白质设计框架，以加速新型蛋白质药物的理性设计 | 从头设计的蛋白质，特别是针对细菌噬菌体防御系统retrons的抑制剂 | 蛋白质设计 | 不适用 | AlphaFold | 扩散模型 | 蛋白质序列 | 未提供具体样本数量 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 医学 |
| 160 | 2026-08-20 |
A parts list of promoters and gRNA scaffolds for mammalian genome engineering and molecular recording
2025-Nov-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02896-2
PMID:41219485
|
研究论文 | 本文设计了用于哺乳动物基因组编辑和分子记录的启动子及gRNA支架的标准化部件库，并通过多重引导编辑定量其活性。 | 提供了大量现存的、祖先的、诱变的或小型化的pol III启动子和gRNA支架变体，并鉴定出数百个活性高于常用序列的部件，同时通过饱和诱变筛选增加序列多样性，并展示了在分子记录中的应用。 | 未明确提及限制，但可能涉及哺乳动物细胞中某些部件的活性差异或设计选择的局限性。 | 建立哺乳动物遗传工程的标准化部件库，以支持可预测的多重编辑和分子记录。 | 哺乳动物细胞（人类和小鼠细胞系）中的pol III启动子和gRNA支架。 | 合成生物学 | NA | 多重引导编辑 | NA | 序列数据 | 人类和小鼠细胞系中的数千个部件 | NA | 人类细胞、小鼠细胞 | 基因表达部件（启动子和gRNA支架） | 医学、工业生物技术 |