合成生物学相关文章
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当前共找到 94 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-06-29 |
GenomeOcean: An Efficient Genome Foundation Model Trained on Large-Scale Metagenomic Assemblies
2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.635558
PMID:39975405
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研究论文 | 介绍了一种名为GenomeOcean的高效基因组基础模型，该模型基于大规模宏基因组组装数据训练 | 直接在大规模宏基因组样本的共组装上进行训练，增强了对稀有微生物物种的表征，并提高了超越基因组中心方法的泛化能力 | NA | 开发一个高效的基因组基础模型，以推动精准医学、药物发现和对复杂生物系统的理解 | 宏基因组数据集中的高质量contigs | 机器学习 | NA | byte-pair encoding (BPE) tokenization策略 | 生成式基因组基础模型 | 宏基因组数据 | 220 TB的宏基因组数据集，包含600 Gbp的高质量contigs |
| 2 | 2025-06-13 |
Bridging the gap: pathway programs for inclusion and persistence in microbiology
2025-Feb, Trends in microbiology
IF:14.0Q1
DOI:10.1016/j.tim.2024.12.007
PMID:39814665
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研究论文 | 本文概述了一个旨在为微生物学领域提供公平的高影响力研究经验和课程指导的途径项目 | 提出了一个途径项目，旨在通过噬菌体发现、合成生物学和数据科学/AI等微生物学新兴领域的培训，促进多样化的劳动力发展 | NA | 促进微生物学领域的多样化劳动力发展 | 微生物学领域的学生和研究人员 | 微生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3 | 2025-06-12 |
Engineering the future of medicine: Natural products, synthetic biology and artificial intelligence for next-generation therapeutics
2025-Feb, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70146
PMID:39856487
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research paper | 探讨利用天然产物、合成生物学和人工智能技术开发下一代治疗方法 | 结合eXchange Unit between Thiolation domains方法和AI驱动工具（如Synthetic Intelligence）改造非核糖体肽合成酶和聚酮合酶工程，创造新型生物活性化合物 | NA | 解决抗生素耐药性和癌症等关键挑战，扩展化学空间并优化生物合成途径 | 非核糖体肽合成酶和聚酮合酶工程 | synthetic biology, artificial intelligence | antibiotic resistance, cancer | eXchange Unit between Thiolation domains approach, Synthetic Intelligence | NA | NA | NA |
| 4 | 2025-06-02 |
Crosslinking intermodular condensation in non-ribosomal peptide biosynthesis
2025-Feb, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08306-y
PMID:39663458
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research paper | 该研究开发了位点选择性交联探针，用于构象约束和解析非核糖体肽合成酶中载体蛋白与其伴侣酶域之间的相互作用 | 利用四嗪点击化学捕获载体蛋白底物在缩合域活性位点的缩合过程，并报告了该复合物的高分辨率冷冻电镜结构 | 研究主要关注于酪氨酸生物合成前两个模块的载体蛋白与缩合域的相互作用，可能未涵盖其他模块的类似过程 | 理解非核糖体肽合成酶的分子细节，为未来合成生物学设计提供关键信息 | 非核糖体肽合成酶中的载体蛋白及其伴侣酶域 | 生物化学 | NA | 四嗪点击化学, 冷冻电镜, X射线晶体学 | NA | 结构数据 | NA |
| 5 | 2025-06-02 |
Cleavable donor-assisted CRISPR/Cas9 system significantly improves the efficiency of large DNA insertion in Physcomitrium patens
2025-Feb, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70020
PMID:39981890
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研究论文 | 本研究开发了一种体内可切割供体辅助的CRISPR/Cas9系统，显著提高了大型DNA片段在小立碗藓中的插入效率 | 开发了含有两个Cas9核酸酶识别位点的IVC供体，能够在体内释放线性模板，从而提高大片段DNA的插入效率 | 该方法目前仅适用于能够进行原生质体转化和再生的作物 | 提高CRISPR/Cas9介导的大片段DNA插入效率 | 小立碗藓（Physcomitrium patens） | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | DNA序列数据 | 评估了两种不同的sgRNA和四种不同的DNA插入片段 |
| 6 | 2025-05-29 |
A Nitrate/Nitrite Biosensor Designed with an Antiterminator for In Vivo Diagnosis of Colitis Based on Bacteroides thetaiotaomicron
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00602
PMID:39801064
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research paper | 本研究开发了一种基于Bacteroides thetaiotaomicron的抗终止微生物全细胞生物传感器，用于检测小鼠结肠炎 | 利用抗终止元件设计硝酸盐/亚硝酸盐诱导型启动子，优化了生物传感器对炎症环境中硝酸盐和亚硝酸盐的敏感性和特异性响应 | 研究仅在小鼠模型中进行初步评估，尚未在人体中进行验证 | 开发一种基于Bacteroides thetaiotaomicron的生物传感器，用于体内诊断结肠炎 | Bacteroides thetaiotaomicron和小鼠溃疡性结肠炎模型 | 合成生物学 | 结肠炎 | 合成生物学技术、微生物全细胞生物传感器 | 微生物全细胞生物传感器(MWCB) | 生物传感器响应数据 | 化学诱导的小鼠溃疡性结肠炎模型 |
| 7 | 2025-05-29 |
Construction and Characterization of MoClo-Compatible Vectors for Modular Protein Expression in E. coli
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00564
PMID:39801078
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研究论文 | 本研究构建并表征了与MoClo兼容的低拷贝和中拷贝载体，扩展了现有的MoClo工具包，用于在大肠杆菌中实现模块化蛋白质表达 | 扩展了现有的MoClo工具包，增加了低拷贝(p15A)和中拷贝(pBR322)载体，实现了蛋白质表达范围覆盖500倍的荧光输出差异 | 研究仅限于大肠杆菌系统，未在其他宿主中验证载体的适用性 | 开发兼容MoClo的载体系统，优化蛋白质表达水平 | 大肠杆菌中的蛋白质表达 | 合成生物学 | NA | Golden Gate克隆, MoClo技术 | NA | DNA构建体, 荧光输出数据 | NA |
| 8 | 2025-05-29 |
Microbial Production of Ectoine: A Review
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00490
PMID:39834017
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review | 本文综述了微生物生产四氢嘧啶的策略，包括野生菌株筛选、突变育种和模型菌株的代谢工程 | 综述了利用合成生物学和代谢工程技术替代传统嗜盐细菌生产四氢嘧啶的方法，提高产量且环保 | NA | 探讨更经济高效的四氢嘧啶生产方法以满足市场需求 | 四氢嘧啶及其微生物生产 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA |
| 9 | 2025-05-29 |
Do the Shuffle: Expanding the Synthetic Biology Toolkit for Shufflon-like Recombination Systems
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00790
PMID:39869770
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研究论文 | 本文研究了天然DNA倒位系统在合成生物学中的应用，特别是Shufflon倒位酶（SI）的改进和扩展 | 鉴定了14个先前未经测试的SI基因及其位点，并开发了一种基于单分子测序的测定方法，以量化这些酶的倒位速率并确定正交SI/位点对 | 研究中仅使用了公开数据库中的SI基因，可能未涵盖所有潜在的SI基因 | 扩展合成生物学工具箱，改进Shufflon倒位酶的应用 | Shufflon倒位酶（SI）基因及其识别位点 | 合成生物学 | NA | 单分子测序 | NA | DNA序列数据 | 14个SI基因 |
| 10 | 2025-05-29 |
Cell-Free Systems to Mimic and Expand Metabolism
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00729
PMID:39878226
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research paper | 该文章探讨了无细胞合成生物学在代谢和遗传程序中的应用及其扩展潜力 | 将无细胞系统用于原型化代谢路径和设计新型反应网络，以探索非自然化学反应和替代代谢路径 | 目前仅探索了无细胞系统中代谢可能性的一小部分，且主要依赖模式生物的提取物 | 理解和工程化基于生物的化学转化 | 无细胞系统及其在代谢和遗传程序中的应用 | 合成生物学 | NA | 无细胞合成生物学技术 | NA | NA | NA |
| 11 | 2025-05-29 |
Considerations for Domestication of Novel Strains of Filamentous Fungi
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00672
PMID:39883596
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综述 | 本文探讨了丝状真菌作为生物技术资源的潜力及其驯化新菌株的考虑因素 | 综述了利用合成生物学和系统生物学工具开发丝状真菌作为微生物细胞工厂的新方法 | 未提及具体实验数据或案例研究 | 探讨丝状真菌在生物技术应用中的潜力和挑战 | 丝状真菌 | 生物技术 | NA | 合成生物学、系统生物学 | NA | NA | NA |
| 12 | 2025-05-29 |
Characterization of Rationally Designed CRISPR/Cas9-Based DNA Methyltransferases with Distinct Methyltransferase and Gene Silencing Activities in Human Cell Lines and Primary Human T Cells
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00569
PMID:39898483
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研究论文 | 本文描述了通过合理设计CRISPR/Cas9基础的DNA甲基转移酶，在人类细胞系和原代人类T细胞中实现不同的甲基化和基因沉默活性 | 通过突变DNMT3A的催化核心，稳定了dCas9-DNMT3A/3L融合蛋白在Jurkat T细胞中的表达，同时保持了DNA甲基化和基因沉默性能 | 研究主要局限于细胞系和原代T细胞，可能限制了在其他细胞类型中的适用性 | 扩展表观遗传编辑工具包，为工程化dCas基础的DNMTs在原代哺乳动物细胞类型中的应用提供路线图 | 人类细胞系和原代人类T细胞 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9, DNA甲基化 | dCas9-DNMT3A/3L | 基因表达和DNA甲基化数据 | 多种人类细胞系和供体来源的人类T细胞 |
| 13 | 2025-05-29 |
DRIMS: A Synthetic Biology Platform that Enables Deletion, Replacement, Insertion, Mutagenesis, and Synthesis of DNA
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00649
PMID:39902634
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研究论文 | 介绍了一种名为DRIMS的合成生物学平台，该平台能够高效地进行DNA的删除、替换、插入、突变和合成 | DRIMS平台通过PCR技术实现DNA的多种修改和合成，无需依赖recA重组途径，且操作简单、成本低、速度快 | 未提及平台在大规模或复杂DNA序列处理中的表现 | 开发一种高效、简单、经济的DNA修改和合成平台，以加速合成生物学领域的发展及治疗策略的开发 | DNA序列 | 合成生物学 | 癌症 | PCR | NA | DNA序列数据 | 进行了多种DNA修改和合成实验，包括4次删除、64次替换、4次嵌合抗原受体组件替换、51次人工microRNA插入、5种点突变及8段DNA序列合成 |
| 14 | 2025-05-24 |
A meta-analysis of the gut microbiome in inflammatory bowel disease patients identifies disease-associated small molecules
2025-Feb-12, Cell host & microbe
IF:20.6Q1
DOI:10.1016/j.chom.2025.01.002
PMID:39947133
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meta-analysis | 通过对炎症性肠病(IBD)患者肠道微生物组中小分子生物合成基因簇(BGCs)的荟萃分析，发现与克罗恩病(CD)相关的两种梭菌衍生BGCs，并鉴定了六种脂肪酸酰胺作为其产物，这些分子可能影响肠道通透性并加剧疾病 | 首次通过合成生物学方法发现并解析了与克罗恩病相关的微生物组衍生小分子结构，并验证了这些分子在疾病模型中的作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本中的验证仍需进一步研究 | 探索肠道微生物组小分子在炎症性肠病发病机制中的作用 | 炎症性肠病患者的肠道微生物组及衍生小分子 | 微生物组学 | 炎症性肠病(克罗恩病) | 宏基因组测序，合成生物学 | NA | 宏基因组数据 | IBD患者和健康对照的肠道微生物组样本 |
| 15 | 2025-05-22 |
Engineered receptors for soluble cellular communication and disease sensing
2025-Feb, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08366-0
PMID:39542025
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SNIPR的合成受体平台，能够响应可溶性配体并激活定制细胞功能，应用于工程化治疗细胞的调控 | 开发了一种新型合成受体SNIPR，能够通过内吞和pH依赖性切割机制响应可溶性配体，具有低基线活性和高激活倍数 | NA | 开发模块化合成受体以调控工程化治疗细胞的活性 | 合成受体SNIPR及其在CAR T细胞中的应用 | 合成生物学 | 实体瘤 | 合成生物学技术 | SNIPR | NA | NA |
| 16 | 2025-05-20 |
The Future of Microbiome Therapeutics
2025-Feb, Drugs
IF:13.0Q1
DOI:10.1007/s40265-024-02107-3
PMID:39843757
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review | 本文综述了微生物组治疗的最新进展，探讨了各种技术的优势和局限性 | 综述了从粪便衍生产品到活体生物治疗、噬菌体疗法和合成生物学等多种微生物组治疗技术的最新进展 | 现有商业微生物组产品的疗效较低 | 探讨微生物组治疗的未来发展方向 | 人类微生物组及其治疗技术 | 微生物组学 | NA | 粪便衍生产品、活体生物治疗、噬菌体疗法、合成生物学 | NA | NA | NA |
| 17 | 2025-05-14 |
The mutational landscape of Bacillus subtilis conditional hypermutators shows how proofreading skews DNA polymerase error rates
2025-Feb-27, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf147
PMID:40057377
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研究论文 | 本文研究了枯草芽孢杆菌条件性超突变体的突变景观，揭示了校对如何影响DNA聚合酶的错配率 | 通过构建条件性超突变体并利用数学模型，揭示了校对在防止错配修复饱和中的作用及其对聚合酶错配率的固有影响 | 研究中的突变计数可能聚合了异质性突变，且野生型突变途径存在未知因素 | 解析DNA聚合酶初始核苷酸选择性、校对及错配修复对突变率的贡献 | 枯草芽孢杆菌 | 合成生物学 | NA | 突变积累实验、数学模型分析 | NA | 基因组数据 | 多个条件性超突变体 |
| 18 | 2025-05-14 |
Systematic Characterization and Analysis of the Freeze-Thaw Tolerance Gene Set in the Budding Yeast, Saccharomyces cerevisiae
2025-Feb-27, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26052149
PMID:40076774
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研究论文 | 本文对芽殖酵母（Saccharomyces cerevisiae）中的冻融耐受基因集进行了系统表征和分析 | 在统一的遗传背景（BY4741实验室菌株）下，采用标准化协议对冻融基因家族的热耐受性和存活率进行了完整表征，揭示了五个基因与冻融应激和热休克应激下的存活率增加相关 | 研究仅限于BY4741实验室菌株，可能无法完全代表野生型背景下的基因行为 | 探究能够提高冷冻后存活率的基因修饰，以优化低温培养条件下的生物合成产量 | 芽殖酵母（Saccharomyces cerevisiae）中的冻融耐受基因集 | 合成生物学 | NA | 基因修饰、热休克应激测试 | NA | 基因表达数据 | BY4741实验室菌株中的六个冻融耐受基因 |
| 19 | 2025-05-14 |
Structural Features of 5' Untranslated Region in Translational Control of Eukaryotes
2025-Feb-25, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26051979
PMID:40076602
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综述 | 本文综述了真核生物mRNA的5'非翻译区（5' UTR）在翻译调控中的关键作用及其结构特征 | 总结了5' UTR结构特征如何独立或通过反式作用因子调控翻译，并探讨了其在合成生物学和mRNA靶向治疗中的潜在应用 | NA | 探讨真核生物基因表达调控中5' UTR的结构特征及其在翻译起始中的功能影响 | 真核生物mRNA的5'非翻译区（5' UTR） | 分子生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2025-05-13 |
Decoding and reengineering the promoter specificity of T7-like RNA polymerases based on phage genome sequences
2025-Feb-27, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf140
PMID:40042813
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研究论文 | 本文通过噬菌体基因组序列解码和重新设计T7样RNA聚合酶的启动子特异性 | 揭示了T7样RNA聚合酶与启动子之间相互作用的特异性主要由少数关键位置的氨基酸和核苷酸残基编码，并设计了一组正交性更强的T7 RNAP-启动子变体 | 研究主要关注T7样RNA聚合酶，其他类型的ssRNAPs可能具有不同的特异性规则 | 揭示RNA聚合酶与启动子之间的特异性相互作用规则，并设计新型RNAP-启动子对 | 噬菌体基因组中的T7样RNA聚合酶及其启动子 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、序列共变分析 | NA | 基因组序列 | 多种噬菌体基因组中的T7样RNA聚合酶及其启动子 |