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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-10-05 |
Development of a Transposon-Based Genome Engineering Toolkit for Efficient and Adaptable Genetic Modifications in Wolfiporia cocos
2025-04-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00766
PMID:40173021
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研究论文 | 开发了一种基于转座子的基因组工程工具包,用于在茯苓中实现高效且适应性强的遗传修饰 | 创建了专门针对茯苓优化的转座子工程工具包,通过鸡尾酒式组装多基因转座子实现高效多重基因整合,无需复杂遗传电路组装 | NA | 开发适用于真菌系统的高效基因组工程工具 | 茯苓(Wolfiporia cocos)真菌 | 合成生物学 | NA | 转座子工程、转录组分析 | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA | 转座子 | 茯苓(Wolfiporia cocos) | 多重基因整合系统 | 工业生物技术 |
| 22 | 2025-10-05 |
Fundamental Trade-Offs in the Robustness of Biological Systems with Feedback Regulation
2025-04-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00704
PMID:40198741
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研究论文 | 本研究通过分析五种生物反馈电路,探讨生物系统中反馈调节的鲁棒性及其基本性能权衡 | 首次系统量化生物反馈回路的灵敏度,并提出多目标优化框架研究其性能权衡 | 仅分析了五种典型反馈电路,未覆盖所有可能的生物反馈机制 | 建立研究生物反馈调节的理论框架,提高对生物系统鲁棒性的理解 | 五种生物反馈电路:正自调节、负自调节、双正反馈、正负反馈和双负反馈(切换开关) | 系统生物学 | NA | 多目标优化 | NA | 理论分析 | NA | NA | NA | 正自调节、负自调节、双正反馈、正负反馈、双负反馈(切换开关) | 合成生物学, 系统生物学 |
| 23 | 2025-10-05 |
Concentration-Dependent CsrA Regulation of the uxuB Transcript Leads to Development of a Post-Transcriptional Bandpass Filter
2025-04-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00668
PMID:40202123
|
研究论文 | 本研究利用CsrA蛋白与uxuB mRNA的浓度依赖性相互作用开发了一种合成生物学中的转录后带通滤波器 | 首次利用CsrA蛋白对uxuB mRNA的异质性调控特性(浓度依赖性激活和抑制)设计生物带通滤波器,采用5' UTR + 100 nt CDS序列作为支架实现分级结合策略 | NA | 开发基于RNA-蛋白质相互作用的合成生物学电路 | uxuB mRNA转录本(5' UTR + 100 nt CDS)与CsrA蛋白的相互作用 | 合成生物学 | NA | 转录后调控技术 | NA | NA | NA | NA | NA | 转录后带通滤波器,基于mRNA 5' UTR支架的分级结合策略,可根据CsrA浓度在ON/OFF状态间切换 | 合成生物学 |
| 24 | 2025-10-05 |
Establishing a High-Yield Bacillus subtilis-Based Cell-Free Protein Synthesis System for In Vitro Prototyping and Natural Product Biosynthesis
2025-04-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00021
PMID:40203238
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研究论文 | 本研究开发了一种基于枯草芽孢杆菌的高产无细胞蛋白质合成系统 | 通过基因组整合T7 RNA聚合酶基因的工程菌株开发高产CFPS系统,无需额外添加T7 RNA聚合酶 | NA | 建立高产无细胞蛋白质合成系统用于体外原型设计和天然产物生物合成 | 枯草芽孢杆菌无细胞系统、核糖体结合位点元件、天然产物生物合成酶 | 合成生物学 | NA | 无细胞蛋白质合成、基因组工程 | NA | 蛋白质产量数据、酶活性数据 | NA | 基因组整合 | 枯草芽孢杆菌 | T7启动子系统、核糖体结合位点原型设计、天然产物生物合成途径 | 工业生物技术, 医药 |
| 25 | 2025-10-05 |
Synthetic Biology-Based Engineering Cells for Drug Delivery
2025-Apr, Exploration (Beijing, China)
DOI:10.1002/EXP.20240095
PMID:40395752
|
综述 | 本文综述了基于合成生物学的工程化细胞在药物递送领域的新兴应用 | 聚焦合成生物学与纳米技术交叉融合的前沿进展,提出工程化细胞向模块化、标准化和智能化发展的新方向 | NA | 探讨合成生物学策略在生物药物递送系统开发中的应用 | 基于合成生物学的工程化细胞 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | 工程化细胞 | NA | 医药 |
| 26 | 2025-10-05 |
Development and application of an interbacterial DNA delivery system based on M13 bacteriophage
2025-Apr-05, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-025-04309-z
PMID:40186660
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于M13噬菌体的工程细菌DNA递送系统,用于研究细菌间的协同响应机制 | 利用M13噬菌体构建动态噬菌粒补充系统,首次实现工程细菌间DNA介导的信息传递和协同响应 | 未提及具体应用场景下的效率验证和安全性评估 | 开发工程细菌间DNA递送系统并研究细菌协同响应机制 | 工程细菌和M13噬菌体 | 合成生物学 | NA | 噬菌体递送系统、基因电路模块化 | NA | NA | NA | M13噬菌体 | 工程细菌 | 动态噬菌粒补充系统、模块化基因电路 | 医学 |
| 27 | 2025-10-05 |
Sustainable regeneration of 20 aminoacyl-tRNA synthetases in a reconstituted system toward self-synthesizing artificial systems
2025-Apr-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adt6269
PMID:40173221
|
研究论文 | 开发了一种能够持续再生全部20种氨酰-tRNA合成酶的重构系统,推动自合成人工系统的实现 | 首次实现了在重构系统中持续再生全部20种AARS,通过五项关键改进突破了翻译系统的自我再生难题 | 未提及在更复杂系统或体内环境中的应用验证 | 构建可自我复制的人工系统,推动合成生物学发展 | 20种氨酰-tRNA合成酶(AARS)及其再生系统 | 合成生物学 | NA | 体外重构系统、序列优化、翻译系统优化、密码子优化 | NA | 实验数据 | 20种AARS蛋白的再生系统 | 体外重构系统 | 无细胞系统 | AARS再生系统,包含20种酶的协同表达和功能维持 | 合成生物学、基础研究 |
| 28 | 2025-10-05 |
Introduction of human m6Am methyltransferase PCIF1 facilitates the biosynthesis of terpenoids in Saccharomyces cerevisiae
2025-Apr-02, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-025-02701-4
PMID:40176045
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研究论文 | 本研究通过在酿酒酵母中引入人类m6Am甲基转移酶PCIF1,显著提高了萜类化合物的生物合成效率 | 首次发现人类m6Am甲基转移酶PCIF1在酵母中能促进萜类化合物生物合成,并揭示其通过上调糖酵解和乙酰辅酶A生物合成途径基因以及激活细胞壁完整性MAPK通路发挥作用 | NA | 开发更高效的代谢途径优化策略以提高微生物细胞工厂的生产潜力 | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae) | 合成生物学 | NA | 代谢工程、转录组分析 | NA | 基因表达数据、代谢产物数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae) | 萜类化合物生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 29 | 2025-10-05 |
Machine learning-led semi-automated medium optimization reveals salt as key for flaviolin production in Pseudomonas putida
2025-Apr-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08039-2
PMID:40251395
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于机器学习的半自动化培养基优化方法,显著提高了恶臭假单胞菌中黄青霉素的产量 | 开发了分子和宿主无关的主动学习培养基优化流程,通过可解释AI技术意外发现盐浓度是影响黄青霉素生产的关键因素 | NA | 通过机器学习和自动化技术优化微生物发酵培养基,提高目标化学品的产量和产率 | 恶臭假单胞菌KT2440菌株的黄青霉素生产 | 机器学习 | NA | 主动学习、可解释人工智能 | 机器学习 | 发酵过程数据 | 三个不同的黄青霉素生产实验批次 | DBTL循环 | 恶臭假单胞菌 | NA | 工业生物技术 |
| 30 | 2025-10-05 |
Long-Term Yeast Cultivation Coupled with In Situ Extraction for High Triterpenoid Production
2025-Apr-02, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c00273
PMID:40129278
|
研究论文 | 本研究通过结合长期酵母培养与原位提取技术,显著提高了工程酵母中人参皂苷的产量和分泌效率 | 将长期酵母培养与原位提取技术相结合,实现了3.4 g/L的高产量人参皂苷生产,且酵母可重复使用10次 | NA | 提高三萜类化合物(人参皂苷)的生产效率和工业化潜力 | 工程酵母生产的人参皂苷 | 合成生物学 | NA | 酵母培养、原位提取 | NA | NA | NA | 合成生物学技术 | 酵母 | 三萜类化合物合成途径 | 医药、工业生物技术 |
| 31 | 2025-10-05 |
Phase Separation-Mediated Multienzyme Assembly In Vivo
2025-Apr-02, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.4c09585
PMID:40107849
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于相分离蛋白RGGRGG和ReverseTag/ReverseCatcher标签系统的多酶组装策略,显著提高了番茄红素的生物合成效率 | 首次将相分离蛋白RGGRGG与ReverseTag/ReverseCatcher标签系统整合,实现了多酶复合物的体内组装和催化效率的显著提升 | NA | 开发高效的多酶组装催化系统 | 相分离蛋白RGGRGG、ReverseTag/ReverseCatcher标签系统、番茄红素生物合成途径中的六种酶 | 合成生物学 | NA | 粗粒度模拟、酶固定化技术 | NA | 模拟数据、实验数据 | NA | ReverseTag/ReverseCatcher系统 | 细胞系统 | 多酶复合物组装系统,通过相分离形成酶凝聚体 | 工业生物技术 |
| 32 | 2025-10-05 |
Synthetic biology approaches to improve Rubisco carboxylation efficiency in C3 Plants: Direct and Indirect Strategies
2025-Apr, Journal of plant physiology
IF:4.0Q1
DOI:10.1016/j.jplph.2025.154470
PMID:40056853
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综述 | 本文综述了通过合成生物学方法提高C3植物中Rubisco羧化效率的直接和间接策略 | 系统总结了基于合成生物学的最新Rubisco优化策略,包括直接工程化改造、间接环境调控及CO浓缩机制的应用 | NA | 提高C3植物的光合作用效率以应对全球粮食安全挑战 | C3植物中的Rubisco酶及其相关蛋白 | 合成生物学 | NA | 基因转化技术 | NA | NA | NA | NA | C3植物 | CO浓缩机制(CCMs)、光呼吸旁路、蛋白工程改造 | 农业 |
| 33 | 2025-10-05 |
Advances in engineering substrate scope of Pseudomonas cell factories
2025-Apr, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103270
PMID:39978295
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综述 | 本文综述了通过代谢工程、合成生物学和实验室进化技术扩展假单胞菌细胞工厂底物利用范围的最新进展 | 提出将假单胞菌作为新一代工业生物技术平台,通过工程化改造增强其对木质纤维素残渣、合成塑料、C1化合物等废弃底物的降解和利用能力 | NA | 探索具有理想特性的新型微生物宿主,开发利用废弃底物的生物工艺 | 假单胞菌物种 | 工业生物技术 | NA | 代谢工程, 合成生物学, 实验室进化 | NA | NA | NA | NA | 假单胞菌 | NA | 工业生物技术, 环境 |
| 34 | 2025-10-05 |
Toward an integrated omics approach for plant biosynthetic pathway discovery in the age of AI
2025-Apr, Trends in biochemical sciences
IF:11.6Q1
DOI:10.1016/j.tibs.2025.01.010
PMID:40000312
|
综述 | 本文探讨了整合多组学数据与人工智能技术加速植物生物合成途径发现的策略 | 提出结合分子网络、反应对分析和基因表达模式的整合工作流程,并引入AI驱动方法革新途径发现 | NA | 促进可持续生物经济发展,通过合成生物学实现对复杂天然产物的高效获取 | 植物生物合成途径 | 计算生物学 | NA | 基因组学、转录组学、代谢组学、分子网络、反应对分析 | AI | 多组学数据 | NA | NA | 植物 | 生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 35 | 2025-10-05 |
The structure of the Vibrio natriegens 70S ribosome in complex with the proline-rich antimicrobial peptide Bac5(1-17)
2025-Apr-22, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf324
PMID:40331629
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研究论文 | 通过冷冻电镜解析了富含脯氨酸的抗菌肽Bac5与Vibrio natriegens细菌70S核糖体的复合物结构 | 首次揭示了Bac5与核糖体的结合模式,发现其与同类肽Bac7具有完全不同的核糖体出口隧道相互作用方式 | NA | 阐明富含脯氨酸抗菌肽Bac5抑制细菌蛋白质合成的分子机制 | Vibrio natriegens细菌的70S核糖体与Bac5抗菌肽复合物 | 结构生物学 | 细菌感染 | 冷冻电镜 | NA | 结构数据 | NA | NA | Vibrio natriegens | NA | 医学 |
| 36 | 2025-10-05 |
Recombinant human collagen XVII protects skin basement membrane integrity by inhibiting the MAPK and Wnt signaling pathways
2025-Apr, Molecular medicine reports
IF:3.4Q2
DOI:10.3892/mmr.2025.13465
PMID:39981899
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研究论文 | 本研究探讨重组人胶原XVII通过抑制MAPK和Wnt信号通路保护皮肤基底膜完整性的机制 | 首次阐明重组人胶原XVII通过调控MAPK和Wnt信号通路保护皮肤基底膜完整性的分子机制 | 研究仅使用HaCaT角质形成细胞系,缺乏体内实验验证 | 阐明重组人胶原XVII保护皮肤基底膜完整性的功效和作用机制 | 人HaCaT角质形成细胞 | 合成生物学 | 皮肤损伤 | UVB照射、伤口愈合实验、HE染色、RT-qPCR、Western blotting、磷酸化抗体芯片 | NA | 基因表达数据、蛋白表达数据、细胞功能数据 | 人HaCaT角质形成细胞系 | 重组DNA技术 | NA | NA | 医学, 化妆品 |
| 37 | 2025-10-05 |
A novel NAC36-MYB18-TAT2 model regulates the synthesis of phenolic acid in Salvia miltiorrhiza Bunge
2025-Apr, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140987
PMID:39952526
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研究论文 | 本研究揭示了丹参中NAC36-MYB18-TAT2分子模块调控酚酸生物合成的分子机制 | 首次发现SmTAT2正向调控酚酸积累,并解析了SmNAC36通过激活SmMYB18间接调控及直接激活SmTAT2的双重调控通路 | NA | 探究丹参酚酸生物合成的分子调控机制 | 丹参(Salvia miltiorrhiza Bunge)中的酚酸合成关键酶基因SmTAT2及其转录调控因子 | 合成生物学 | NA | 转基因技术(过表达和CRISPR/Cas9)、酵母单杂交、双荧光素酶报告基因检测、EMSA | NAC36-MYB18-TAT2调控模型 | 分子生物学实验数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 丹参 | 酚酸生物合成调控通路 | 医药 |
| 38 | 2025-10-05 |
Unraveling the hydroxylation and methylation mechanism in polymethoxylated flavones biosynthesis in Dracocephalum moldavica
2025-Apr, Plant physiology and biochemistry : PPB
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.plaphy.2025.109571
PMID:39919496
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研究论文 | 本研究解析了香青兰中多甲氧基黄酮生物合成的羟基化和甲基化机制 | 首次在香青兰中鉴定出三个黄酮羟基化酶和四个黄酮O-甲基转移酶,并揭示了它们在多甲氧基黄酮生物合成中的关键作用 | NA | 阐明香青兰中多甲氧基黄酮生物合成的羟基化和甲基化机制 | 香青兰中的黄酮羟基化酶和O-甲基转移酶 | 合成生物学 | NA | 转录组分析、异源表达 | NA | 转录组数据 | NA | 异源表达 | 本氏烟草 | 多甲氧基黄酮生物合成途径 | 医药 |
| 39 | 2025-10-05 |
Progress on production of malic acid and succinic acid by industrially-important engineered microorganisms
2025-Apr, Journal of biotechnology
IF:4.1Q2
DOI:10.1016/j.jbiotec.2025.02.001
PMID:39923900
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综述 | 总结通过代谢工程改造工业微生物提高L-苹果酸和琥珀酸生物合成的最新研究进展 | 聚焦合成生物学和高通量筛选新技术在有机酸生物合成中的应用 | 未明确说明具体菌株改造的局限性 | 提高微生物发酵生产有机酸的产量和效率 | 工业重要工程微生物(生产L-苹果酸和琥珀酸) | 合成生物学 | NA | 基因组学、转录组学、代谢工程、合成生物学、高通量筛选 | NA | NA | NA | 代谢工程 | 工业重要工程微生物 | 有机酸生物合成代谢途径 | 食品, 制药, 化工 |
| 40 | 2025-10-05 |
Creating a Halotolerant Degrader for Efficient Mineralization of p-Nitrophenol-Substituted Organophosphorus Pesticides in High-Saline Wastewater
2025-Apr, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.28923
PMID:39821562
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研究论文 | 本研究通过合成生物学方法构建了一种耐盐工程菌J9U-MP,用于高效降解高盐废水中的对硝基酚取代有机磷农药 | 首次将有机磷农药降解途径与血红蛋白基因整合至耐盐底盘菌,实现了高盐环境下农药的完全矿化 | 研究仅针对特定有机磷农药,未验证对其他污染物的降解能力 | 开发适用于高盐废水处理的生物强化技术 | 对硝基酚取代有机磷农药(如甲基对硫磷)及其降解中间体 | 环境生物技术 | NA | 基因工程、RT-PCR、气相色谱、稳定同位素分析 | NA | 基因表达数据、降解效率数据、稳定性数据 | 工程菌J9U-MP在60g/L NaCl废水中的降解实验 | 基因组整合 | Halomonas cupida J9 | 包含mpd/pnpABCDEF七个基因的异源降解途径,以及VHb和GFP基因 | 环境 |