合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-04-29	New Insight into Microbial Exploitation to Produce Bioactive Molecules from Agrifood and By-Products' Fermentation 2025-Apr-21, Foods (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/foods14081439 PMID:40282840	综述	探讨微生物在食品及其副产品发酵中生产具有生物活性分子的最新研究	综述了微生物在食品工业中生产高营养价值分子的最新应用，强调了合成生物学在这一领域的战略作用	NA	探索微生物在食品工业中生产具有促进健康效应的营养品	微生物及其在食品和副产品发酵中的应用	食品科学	NA	发酵技术、合成生物学	NA	NA	NA
42	2025-04-29	Light-Controlled Synthetic Communication Networks via Paired Connexon Nanopores 2025-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.11.648033 PMID:40291719	研究论文	本文通过工程化连接蛋白通道，在脂质体为基础的合成细胞中实现了光控的合成通信网络	设计了UV和近红外响应的连接蛋白43和32，实现了在合成细胞间的正交信号分子传递	研究仅展示了在合成细胞中的初步应用，尚未在真实生物系统中验证	模拟活细胞间的动态通信网络，推动自下而上的合成生物学发展	基于脂质体的合成细胞	合成生物学	NA	连接蛋白通道工程	NA	NA	NA
43	2025-04-29	Taxus NPF transporter involved in the uptake of 10-deacetylbaccatin III facilitates the biosynthesis of taxane compounds 2025-Apr, The Plant journal : for cell and molecular biology DOI:10.1111/tpj.70146 PMID:40287958	研究论文	该研究报道了一种紫杉属NPF型转运蛋白NPF2.1，它参与10-脱乙酰巴卡亭III的摄取，并促进紫杉烷类化合物的生物合成	发现了一种新的NPF型转运蛋白NPF2.1，并展示了其在酵母生物转化系统中的应用，用于发现新的紫杉醇生物合成基因	研究主要基于酵母模型，尚未在紫杉植物体内验证其功能	研究紫杉醇生物合成途径中转运蛋白的作用	紫杉属植物中的NPF2.1转运蛋白和10-脱乙酰巴卡亭III	合成生物学	癌症	酵母生物转化系统	酵母表达系统	生物化学数据	NA
44	2025-04-27	Human Synthetic Biology and Programmable Gene Regulation Control 2025-Apr-25, Annual review of genomics and human genetics IF:7.7Q1 DOI:10.1146/annurev-genom-120423-013542 PMID:40279643	review	本文综述了人类合成生物学领域的最新进展，特别是可编程基因调控控制工具的开发	强调了多层级基因表达控制工具的发展及其在治疗应用中的潜力	NA	探讨人类合成生物学在基因表达控制和细胞行为操纵方面的应用	人类细胞及其基因调控系统	合成生物学	NA	高通量合成生物学技术	NA	NA	NA
45	2025-04-26	Regulatory and retrograde signaling networks in the chlorophyll biosynthetic pathway 2025-Apr, Journal of integrative plant biology IF:9.3Q1 DOI:10.1111/jipb.13837 PMID:39853950	研究论文	本文综述了叶绿素生物合成途径中的调控和逆行信号网络	深入探讨了叶绿素合成中的调控机制，包括TBS酶的活性和稳定性控制、TBS途径的转录和翻译后调控，以及叶绿体到细胞质和细胞核的逆行信号传导	NA	研究叶绿素生物合成途径的调控机制及其在合成生物学和农业中的应用潜力	植物、藻类和光合细菌	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
46	2025-04-26	Leveraging the versatile properties of bacterial spores in materials 2025-Apr, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2024.09.018 PMID:39472253	综述	本文综述了基于细菌孢子的材料的最新进展，并讨论了开发高性能、时间和成本效益高的孢子基材料的未来挑战	利用细菌孢子的休眠和抗恶劣条件特性，克服了传统工程活材料（ELMs）寿命短和需要冷链物流的缺点	未提及具体的实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	探讨细菌孢子在材料科学中的应用及其未来发展方向	细菌孢子及其在材料中的应用	材料科学	NA	合成生物学工具	NA	NA	NA
47	2025-04-26	Designing biological network motif-based controllers by reverse engineering Hill function-type models from linear models 2025-Apr, Journal of the Royal Society, Interface DOI:10.1098/rsif.2024.0811 PMID:40262636	research paper	提出了一种通过从线性模型分析中推断非线性Hill函数型模型的动力学参数的反向工程方法，以设计实现完美适应的生物控制器	结合线性系统理论和非线性建模，设计能够实现完美适应的基因电路	理论分析在保证非线性模型（如Hill函数）的控制器特性方面仍具挑战性	为合成生物学设计具有完美适应能力的生物控制器	生物网络基序控制器	synthetic biology	NA	reverse engineering, Hill function-type models	linear models, nonlinear models	simulation data	three biological network motif-based controllers
48	2025-04-25	Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Maize Embryo Development 2025-Apr-23, Cold Spring Harbor protocols DOI:10.1101/pdb.top108468 PMID:40268305	综述	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学在玉米胚胎发育研究中的联合应用及其协同效果	结合单细胞RNA测序和空间转录组学两种技术研究玉米胚胎发育，提供单细胞分辨率和空间背景的基因表达模式	单细胞技术难以识别特定细胞簇，空间转录组学通常无法达到单细胞分辨率且检测到的转录本较少	理解玉米胚胎发育的基本机制，促进农业改良、体细胞胚胎发生条件的优化和植物合成生物学	玉米胚胎发育过程	植物发育生物学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
49	2025-04-25	Multi-Omics Analyses Reveal the Red and Far-Red Light Combination Enhancing Heterologous Protein and Metabolite Production in Nicotiana benthamiana 2025-Apr-23, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.15573 PMID:40269597	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了红光和远红光组合能够增强本氏烟草中异源蛋白和代谢物的生产	首次探索了光质对瞬时表达效率的影响，并发现红远光组合能显著提高异源蛋白和代谢物的产量	研究仅在本氏烟草中进行，未在其他植物中验证	探索光质对植物瞬时表达系统效率的影响	本氏烟草(Nicotiana benthamiana)	植物合成生物学	NA	转录组学、蛋白质组学、代谢组学	NA	多组学数据	未明确说明样本数量
50	2025-04-25	Combining diffusion and transformer models for enhanced promoter synthesis and strength prediction in deep learning 2025-Apr-22, mSystems IF:5.0Q1 DOI:10.1128/msystems.00183-25 PMID:40105319	research paper	该研究结合扩散模型和Transformer模型，用于增强合成启动子的设计和强度预测	首次将扩散模型应用于合成启动子设计，并结合Transformer模型进行强度预测，相比传统方法表现更优	研究仅针对模型细菌和蓝藻细菌进行验证，未在其他生物体中测试	优化外源基因表达和代谢途径效率，开发高性能合成启动子	合成启动子序列	synthetic biology	NA	deep learning	diffusion model, Transformer, CNN, variational autoencoder	biological sequence data	NA
51	2025-04-25	Microalgae-based vaccines for aquaculture 2025-Apr-22, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2025.04.001 PMID:40268646	research paper	本文介绍了基于微藻的口服疫苗在水产养殖中的应用及其对鱼类免疫力的提升作用	利用合成生物学和鱼类免疫代谢的进展推动基于微藻的疫苗创新	NA	探索和开发可持续的水产养殖疫苗以增强鱼类免疫力和减少疾病爆发	微藻基疫苗及其在水产养殖中的应用	生物技术	水产养殖疾病	合成生物学	NA	NA	NA
52	2025-04-25	Electron transfer engineering of artificially designed cell factory for complete biosynthesis of steroids 2025-Apr-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58926-9 PMID:40258825	research paper	该研究通过电子传递工程优化人工设计的细胞工厂，实现了胆固醇和孕烯醇酮的高效生物合成	阐明了NADPH依赖酶的电子传递机制，并系统性地改造了酿酒酵母的电子传递链，显著加速了去质子化和质子耦合电子传递过程	未提及具体实验规模的限制或潜在的应用障碍	提高类固醇生物合成的效率和产量	人工设计的细胞工厂（酿酒酵母）及其电子传递系统	合成生物学	NA	电子传递工程（ETE）	NA	NA	NA
53	2025-04-25	Characterization of a 4'-O-rhamnosyltransferase and de novo biosynthesis of bioactive steroidal triglycosides from Paris polyphylla 2025-Apr-14, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2025.101257 PMID:39844466	研究论文	本研究鉴定了一种来自重楼(Paris polyphylla)的4'-O-鼠李糖基转移酶(UGT73DY2)，并揭示了其在甾体皂苷生物合成中的作用	首次发现并表征了UGT73DY2酶，阐明了4'-O-鼠李糖基化过程，并通过合成生物学方法建立了重楼甾体皂苷的生物合成系统	酶催化效率仍有提升空间，生物合成系统产量相对较低	阐明重楼甾体皂苷糖链生物合成机制并开发其生物合成方法	重楼(Paris polyphylla)中的甾体皂苷及其生物合成酶	合成生物学	NA	酶催化、分子动力学模拟、代谢工程	NA	生物化学数据	NA
54	2025-04-25	Effect of Local Heterogeneities on Single-Layer DNA-Directed Protein Lattices Through Non-Averaged Single-Molecule 3D Structure Determination 2025-Apr-04, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6095207/v1 PMID:40235486	research paper	该研究通过非平均单分子3D结构确定，探讨了局部异质性对单层DNA导向蛋白质晶格的影响	利用个体粒子冷冻电子断层扫描（IPET）技术分析DNA折纸八面体笼子形成的2D晶格的3D结构，揭示了晶格缺陷的分子起源	研究主要关注DNA笼子的柔软性和粒子间连接对晶格缺陷的影响，未涉及其他可能的结构异质性来源	探究DNA导向蛋白质晶格的结构异质性及其改进方法	DNA折纸八面体笼子及其形成的2D蛋白质晶格	合成生物学	NA	冷冻电子断层扫描（cryo-ET），分子动力学模拟	NA	3D结构数据	不同铁蛋白负载百分比（100%、70%、0%）的DNA笼子
55	2025-04-24	Ultrasound-Energized OX40L-Expressing Biohybrid for Multidimensional Mobilization of Sustained T Cell-Mediated Antitumor Immunity and Potent Sono-Immunotherapy 2025-Apr-23, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.5c02025 PMID:40200836	research paper	开发了一种超声激活的生物杂交体，通过表达OX40L和聚合物声敏剂，实现T细胞介导的抗肿瘤免疫和声免疫治疗	结合合成生物学和超声技术，设计了一种新型生物杂交体，通过OX40L表达和声动力效应实现多维免疫激活	未提及临床前或临床试验的具体结果，可能尚处于实验室研究阶段	开发一种新型的癌症声免疫治疗策略，通过多维免疫激活实现持久的抗肿瘤效果	肿瘤模型和T细胞介导的免疫反应	生物医学工程	癌症	合成生物学、超声技术	生物杂交体	实验数据	NA
56	2025-04-24	The Dawn of High-Throughput and Genome-Scale Kinetic Modeling: Recent Advances and Future Directions 2025-Apr-22, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00868 PMID:40262025	综述	本文回顾了高通量和基因组规模动力学建模的最新进展，并探讨了未来发展方向	整合机器学习与机制代谢模型、开发新型动力学参数数据库以及定制参数化策略	NA	推动系统和合成生物学、代谢工程及医学研究的进步	动力学模型	系统生物学	NA	机器学习、动力学建模	机制代谢模型	NA	NA
57	2025-04-24	Bottom-up development of lipid-based synthetic cells for practical applications 2025-Apr-21, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2025.03.009 PMID:40263003	review	本文综述了自下而上开发的脂质基合成细胞（SCs）的当前技术状态及其潜在应用	强调了合成细胞在药物递送、生物传感器、生物生产、疫苗开发及环境修复等领域的创新应用	讨论了合成细胞在实施过程中面临的挑战	探索合成细胞的设计原理、材料及制造技术，以推动其从概念验证到实际应用的过渡	脂质基合成细胞（SCs）	合成生物学	NA	微流控技术	NA	NA	NA
58	2025-04-24	Comparative Analysis of Codon Optimization Tools: Advancing toward a Multi-Criteria Framework for Synthetic Gene Design 2025-Apr-10, Journal of microbiology and biotechnology IF:2.5Q3 DOI:10.4014/jmb.2411.11066 PMID:40223268	研究论文	本文对广泛使用的密码子优化工具进行了全面的比较分析，提出了一种多标准框架用于合成基因设计	揭示了不同密码子优化工具在序列设计和聚类模式上的显著差异，并提出了一个整合CAI、GC含量、mRNA折叠能量和密码子对考虑的多标准框架	研究仅评估了、和CHO细胞中的工业相关靶蛋白，可能不适用于其他宿主系统	比较不同密码子优化工具的性能，并推进合成基因设计的多标准框架	工业相关靶蛋白在、和CHO细胞中的表达	合成生物学	NA	密码子优化	NA	基因序列数据	多个工业相关靶蛋白在三种不同细胞系中的评估
59	2025-04-24	Engineering carbon assimilation in plants 2025-Apr, Journal of integrative plant biology IF:9.3Q1 DOI:10.1111/jipb.13825 PMID:39783795	review	本文综述了植物碳同化工程的最新进展，包括合成生物学、基因工程、代谢途径优化和人工智能在提高光合效率中的应用	探讨了通过改进RuBisCO或引入替代途径来提高碳固定效率的创新方法	RuBisCO的低动力学效率、低底物特异性和高温度敏感性限制了碳固定通量	优化植物碳同化过程以提高光合效率	植物、藻类和蓝细菌的碳同化机制	合成生物学	NA	合成生物学、基因工程、代谢途径优化、人工智能	NA	NA	NA
60	2025-04-23	Angle-controllable RNA tiles for programable array assembly and RNA sensing 2025-Apr-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58938-5 PMID:40253384	research paper	本文介绍了一种新型人工设计的RNA瓦片，通过整合反平行交叉和T型连接，实现了65度或90度的可控角度，并探索了22种不同的瓦片，显著扩展了人工设计多链RNA瓦片的集合	引入了一种新型RNA瓦片设计方法，通过整合反平行交叉和T型连接实现角度可控，并成功将split broccoli RNA适配体整合到多链单体瓦片中，实现了可编程RNA传感	NA	开发具有定制特性和功能性的RNA纳米结构生物材料	人工设计的RNA瓦片及其自组装阵列	分子工程	NA	RNA纳米技术	NA	NA	22种不同的RNA瓦片