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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-05 |
The Matter/Life Nexus in Biological Cells
2025-06, Annual review of chemical and biomolecular engineering
IF:7.6Q1
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综述 | 探讨物理学与细胞生物化学的深度耦合如何揭示物质与生命界限的研究进展 | 整合过去十年实验与计算进展,聚焦空间组织和区室化对生命特征形成的作用 | 目前仍无法从原子和分子成分从头构建活细胞 | 探索物质与生命界限的本质特征 | 生物细胞及其物理化学特性 | 系统生物学与合成生物学 | NA | 全细胞建模与合成 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 基础科学研究 |
| 2 | 2025-10-05 |
Pepper RNA variants reveal decoupling of HBC530 binding thermodynamics and fluorescence activation
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.660466
PMID:40667133
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研究论文 | 通过分析Pepper RNA变体揭示了HBC530结合热力学与荧光激活之间的解耦关系 | 发现配体识别与荧光强度之间存在解耦现象,并证明远端结构元件对结合热力学和荧光强度的重要影响 | 仅研究了53种变体,可能未覆盖所有关键序列变异 | 理解RNA适配体配体识别和荧光激活的序列-结构-功能关系,为理性设计荧光RNA适配体提供框架 | Pepper RNA适配体及其53种变体 | 合成生物学 | NA | RNA变体库构建、结合亲和力测定、荧光强度测量 | NA | 生物化学数据、荧光数据 | 53种Pepper变体 | NA | NA | 荧光RNA适配体 | 医学, 合成生物学 |
| 3 | 2025-10-05 |
A quantitative analysis of biosafety and biosecurity using attack trees in low-to-moderate risk scenarios: Evidence from iGEM
2025-06, Risk analysis : an official publication of the Society for Risk Analysis
IF:3.0Q1
DOI:10.1111/risa.17678
PMID:39552172
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研究论文 | 本研究通过攻击树方法对iGEM竞赛中的生物安全和生物安保风险进行定量分析 | 将传统定性风险分析扩展为定量评估,构建了针对iGEM项目的攻击树模型 | 主要针对中低风险场景,且参与者经验相对不足可能影响评估准确性 | 评估合成生物学项目中的生物安全和生物安保风险 | 2022年iGEM竞赛项目 | 合成生物学 | NA | 攻击树分析 | 攻击树模型 | 项目风险评估数据 | 2022年iGEM项目 | iGEM | NA | NA | 生物安全 |
| 4 | 2025-10-05 |
Purification of post-transcriptionally modified tRNAs for enhanced cell-free translation systems
2025-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.658963
PMID:40661628
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研究论文 | 开发了一种通过DNA杂交纯化方法获得具有天然转录后修饰的tRNA,用于增强无细胞翻译系统 | 首次开发了结合tRNA过表达和DNA杂交纯化的方法,能够高产率获得保留天然修饰的tRNA,并首次提供了特定tRNA的完整修饰谱 | NA | 解决传统体外转录方法无法获得具有天然修饰tRNA的问题,提高无细胞翻译系统的效率和保真度 | 转移RNA(tRNA)及其转录后修饰 | 合成生物学 | NA | DNA杂交纯化、tRNA过表达、无细胞翻译反应 | NA | 生化分析数据、修饰谱数据 | NA | NA | 大肠杆菌(基于上下文推断) | NA | 工业生物技术、医学研究 |
| 5 | 2025-10-05 |
Unlocking hidden bioactive compounds: from indolocarbazole and RiPP biosynthesis to the activation of cryptic secondary metabolism via microbial interactions
2025-06, The Journal of antibiotics
IF:2.1Q3
DOI:10.1038/s41429-025-00828-5
PMID:40379949
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综述 | 本文综述了放线菌次级代谢产物的三大研究方向:吲哚咔唑和RiPPs的生物合成机制,以及通过微生物相互作用激活隐性次级代谢途径 | 开发了无细胞一锅合成平台用于RiPPs类似物生产,并通过放线菌与含分枝杆菌的共培养策略发现了42种新化合物 | NA | 探索放线菌次级代谢产物的生物合成机制及其在药物发现中的应用潜力 | 放线菌(特别是链霉菌)及其产生的次级代谢产物 | 合成生物学 | 癌症 | 共培养策略、无细胞一锅合成、基因修饰 | NA | NA | NA | NA | 放线菌、链霉菌、含分枝杆菌的细菌 | 隐性生物合成途径激活、肽类天然产物生物合成途径 | 医药 |
| 6 | 2025-10-05 |
Understanding carboxysomes to enhance carbon fixation in crops
2025-Jun-30, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20253072
PMID:40570186
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综述 | 探讨如何通过理解羧酶体特性将其移植到作物叶绿体中以提高光合作用效率 | 提出将羧酶体与功能性碳酸氢盐转运蛋白共同移植到植物叶绿体的合成生物学策略 | 对羧酶体壳层机制认识不足,缺乏合适的碳酸氢盐转运蛋白,表达水平需优化 | 利用羧酶体和蓝藻CO2浓缩机制提高作物光合作用效率 | 羧酶体、Rubisco酶、碳酸氢盐转运蛋白、植物叶绿体 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 植物叶绿体 | 羧酶体移植系统 | 农业 |
| 7 | 2025-10-05 |
Armed Phages: A New Weapon in the Battle Against Antimicrobial Resistance
2025-Jun-27, Viruses
DOI:10.3390/v17070911
PMID:40733529
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综述 | 本文探讨了细菌防御系统对噬菌体疗法的限制,并重点介绍了通过合成生物学技术改造的'武装噬菌体'在对抗耐药菌感染中的潜力 | 提出'武装噬菌体'概念,通过基因工程改造使其能够规避细菌免疫系统,并携带抗菌肽、CRISPR基因编辑工具等增强治疗功能 | NA | 探索替代性抗菌策略以应对多重耐药菌感染 | 噬菌体及其与细菌防御系统的相互作用 | 合成生物学 | 细菌感染 | 合成生物学、基因工程、CRISPR基因编辑 | NA | NA | 涉及SNIPR001一期临床试验和LBP-EC01二期临床试验 | CRISPR-Cas, 合成生物学工具 | 噬菌体 | 受体结合蛋白工程、抗CRISPR基因整合、甲基化模式改变、酶降解细菌保护屏障 | 医学 |
| 8 | 2025-10-05 |
Advances in engineered models of peri-gastrulation
2025-Jun-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112659
PMID:40510116
|
综述 | 本文讨论工程化模型在研究生殖层形成前后阶段的应用进展 | 整合干细胞技术与工程工具研究人类早期发育,提供前所未有的发育机制见解 | NA | 研究哺乳动物生殖层形成前后阶段的发育过程 | 胚泡样结构、二维微图案系统、三维原肠胚样结构、体节样结构等工程化模型 | 发育生物学 | NA | 干细胞技术、微图案基底、微流体系统、合成生物学工具 | NA | NA | NA | 微图案基底、微流体系统、合成生物学工具 | 人类干细胞 | NA | 医学 |
| 9 | 2025-10-05 |
Integrating chemical artificial intelligence and cognitive computing for predictive analysis of biological pathways: a case for intrinsically disordered proteins
2025-Jun, Biophysical reviews
IF:4.9Q1
DOI:10.1007/s12551-025-01286-x
PMID:40727659
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研究论文 | 探讨将化学人工智能与认知计算相结合用于生物通路预测分析的方法,特别关注内在无序蛋白 | 提出将化学人工智能与认知计算整合的新方法,利用内在无序蛋白特性构建更精确的生物过程计算模型 | 生物数据的复杂性和规模仍然是整合过程中的主要挑战 | 弥合生物过程与其计算模拟之间的差距,开发更精确的预测模型 | 内在无序蛋白、蛋白质相互作用、基因调控、代谢通路 | 生物信息学 | NA | 机器学习、自然语言处理、语音识别 | 认知计算模型、神经形态芯片 | 生物分子相互作用数据 | NA | NA | NA | NA | 医学、药物发现、合成生物学、非常规计算 |
| 10 | 2025-10-05 |
Edible and Medicinal Fungi as Candidate Natural Antidepressants: Mechanisms and Nutritional Implications
2025-Jun, Molecular nutrition & food research
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/mnfr.70080
PMID:40289452
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系统综述 | 本文系统评估食用药用真菌作为天然抗抑郁候选物的潜力,重点分析其生物活性成分和作用机制 | 首次系统整合食用药用真菌通过多种神经生物学途径(神经递质系统、色氨酸-犬尿氨酸通路、HPA轴、神经炎症和肠脑轴)发挥抗抑郁作用的机制,并探讨3D食品打印和合成生物学等创新技术在抗抑郁功能食品开发中的应用 | 缺乏临床验证和标准化问题 | 探索食用药用真菌作为天然抗抑郁剂的潜力及其营养学意义 | 食用药用真菌及其生物活性成分 | 营养学与神经科学交叉领域 | 抑郁症 | 系统综述方法、人工智能建模 | NA | 文献数据 | NA | 合成生物学 | NA | NA | 医药, 食品 |
| 11 | 2025-10-05 |
The people behind the papers - Sarah Soliman and Zara Weinberg
2025-Jun-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204920
PMID:40493005
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研究论文 | 开发用于控制小鼠胚胎干细胞基因表达和分化的化学小分子及细胞接触诱导系统 | 提出一套新型化学小分子和细胞接触诱导系统,能够通过时空控制细胞行为重现发育过程 | NA | 研究发育生物学原理并通过合成生物学工具控制细胞行为 | 小鼠胚胎干细胞 | 合成生物学 | NA | 基因表达控制系统 | NA | NA | NA | NA | 小鼠胚胎干细胞 | 化学小分子和细胞接触诱导的基因表达控制系统 | 医学研究 |
| 12 | 2025-10-05 |
Exploring pigment-producing Streptomyces as an alternative source to synthetic pigments: diversity, biosynthesis, and biotechnological applications. A review
2025-Jun-25, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-025-04379-7
PMID:40555885
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综述 | 探讨色素产生链霉菌作为合成色素替代来源的多样性、生物合成途径及生物技术应用 | 系统整合链霉菌色素研究的生态多样性、生物合成机制及CRISPR/Cas基因编辑技术在激活沉默基因簇中的应用 | 存在毒理学评估不足、工业条件下色素稳定性问题、未探索菌株高通量筛选缺乏以及AI预测工具整合不充分等研究缺口 | 开发链霉菌天然色素作为合成色素的可持续替代品 | 色素产生链霉菌及其次级代谢产物 | 工业生物技术 | NA | CRISPR/Cas基因编辑、发酵优化、高通量筛选 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 链霉菌 | 沉默生物合成基因簇激活 | 食品,制药,化妆品,纺织,环境 |
| 13 | 2025-10-05 |
Innovation in Swine Nutrition in China over the Past Decade
2025-Jun-24, The Journal of nutrition
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.tjnut.2025.06.009
PMID:40571101
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综述 | 系统回顾中国过去十年在猪营养领域的研究进展与创新策略 | 首次系统总结中国现代化猪营养标准体系,提出低碳高效国际化生产模式及精准饲喂等针对性解决方案 | NA | 应对猪产业面临的饲料短缺、肉质下降、抗生素滥用等挑战,推动可持续畜牧业发展 | 猪营养标准、饲料质量控制、养殖环境管理 | NA | NA | 合成生物学、分子技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 14 | 2025-10-05 |
Biodegradation of Neonicotinoid Insecticides Thiacloprid and Thiamethoxam by Microorganisms: Metabolic Process, Metabolic Enzymes and Toxicity Assessments of their Metabolites
2025-Jun-25, Current microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00284-025-04326-7
PMID:40555881
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综述 | 系统综述新烟碱类杀虫剂噻虫啉和噻虫胺的微生物降解机制、代谢途径及代谢产物毒性评估 | 重点关注微生物群落通过互补代谢途径的协同降解潜力,以及多组学技术、计算生物学和合成生物学在生物修复中的整合应用 | NA | 阐明新烟碱类杀虫剂的微生物降解机制及代谢产物生态毒性 | 噻虫啉(THI)和噻虫胺(THIA)两种新烟碱类杀虫剂 | 环境微生物学 | NA | 多组学技术、计算生物学、合成生物学、代谢工程 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | NA | 环境 |
| 15 | 2025-10-05 |
Light-orchestrated multi-step solid-phase picodroplet reactors
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.23.660884
PMID:40666841
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研究论文 | 开发了一种光控固相皮升液滴反应器平台,用于实现多步生化反应 | 利用光镊技术操控皮升液滴和微珠,首次实现了八步点击化学DNA连接合成循环 | NA | 克服现有皮升液滴微流控技术无法执行多步反应的局限性 | 皮升液滴反应器和微珠 | 微流控技术 | NA | 光电子镊子技术、实时原位荧光检测 | NA | 荧光检测数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、药物发现 |
| 16 | 2025-10-05 |
Temporal gene regulation enables controlled expression of gas vesicles and preserves bacterial viability
2025-Jun-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.20.660610
PMID:40667317
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研究论文 | 本研究开发了一种时序基因调控系统,通过控制气囊蛋白的异源表达顺序来维持细菌活力 | 开发了双诱导剂转录调控系统,实现了气囊组装因子和壳蛋白的时序表达控制 | NA | 解决气囊在非天然宿主中表达时引起的细胞毒性问题 | 气囊蛋白在细菌中的异源表达 | 合成生物学 | NA | 双诱导剂转录调控系统 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 时序诱导的基因调控回路,分别控制气囊组装因子和壳蛋白的表达 | 生物医学工程, 合成生物学 |
| 17 | 2025-10-05 |
Reprogramming Hairy Root Cultures: A Synthetic Biology Framework for Precision Metabolite Biosynthesis
2025-Jun-23, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants14131928
PMID:40647937
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综述 | 探讨发根培养物在可持续生产植物源高价值化合物中的合成生物学框架与应用潜力 | 提出整合发根系统与转录组学、CRISPR技术等先进基因组工具的合成生物学框架,用于加速途径特异性代谢工程 | 未涉及具体实验验证数据,主要基于文献综述提出理论框架 | 优化发根培养物规模化生产高价值植物源化合物 | 发根培养物及其代谢产物 | 合成生物学 | NA | 转录组学, CRISPR技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 植物发根组织 | 代谢途径工程, 生物合成通路优化 | 工业生物技术, 制药, 农业 |
| 18 | 2025-10-05 |
Reviving the Dire Wolf? A Case Study in Welfare Ethics, Legal Gaps, and Ontological Ambiguity
2025-Jun-21, Animals : an open access journal from MDPI
IF:2.7Q1
DOI:10.3390/ani15131839
PMID:40646738
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研究论文 | 通过基因编辑和克隆技术复活灭绝物种的案例研究,分析其涉及的动物福利、伦理问题和法律监管空白 | 首次使用五领域模型框架评估工程动物福利风险,并从多种伦理角度分析功能性灭绝复活项目 | 基于单个案例研究,缺乏长期观察数据,法律分析主要针对欧盟框架 | 评估基因工程复活灭绝物种项目的伦理正当性、动物福利风险和监管需求 | 基因改造犬科动物(表型类似灭绝的恐狼)、代孕母狼和可能受影响的生态系统动物 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑、克隆技术 | 五领域模型框架 | 案例研究数据、伦理分析框架 | 3只基因改造犬科动物及相关代孕母体 | CRISPR-Cas9 | 灰狼细胞 | 功能性灭绝复活工程 | 生物技术 |
| 19 | 2025-10-05 |
Unveiling the Diversity of Culturable Microbes from the Underexplored Mingyong Glacier Landscape: A Roadmap for Leveraging the Potential of Actinomycetota
2025-Jun, Indian journal of microbiology
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s12088-025-01449-0
PMID:40655354
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研究论文 | 本研究从明永冰川景观分离并表征了73株土壤放线菌,揭示了该极端环境中放线菌的多样性和生物技术潜力 | 首次系统探索明永冰川景观的放线菌多样性,发现多个放线菌目下的不同属,为新型生物活性化合物发现提供新资源 | 仅基于培养方法分离微生物,可能低估真实多样性;样本数量有限(6个样本) | 探索极端环境微生物多样性以发现新型生物活性化合物 | 明永冰川景观土壤中的放线菌 | 微生物学 | NA | 16S rRNA基因测序,微生物分离培养 | NA | 基因序列数据,微生物培养数据 | 6个土壤样本,73株放线菌分离株 | NA | NA | NA | 医药,生物技术 |
| 20 | 2025-10-05 |
Glycosyltransferases in human milk oligosaccharide synthesis: structural mechanisms and rational design
2025-Jun, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103315
PMID:40347686
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综述 | 系统分析糖基转移酶在母乳寡糖合成中的结构机制与理性设计策略 | 整合结构生物学与深度学习算法实现糖基转移酶的理性设计与从头设计 | NA | 阐明糖基转移酶的结构机制并建立碳水化合物活性酶的精准工程框架 | 糖基转移酶及其在母乳寡糖生物合成中的应用 | 合成生物学 | NA | 晶体学研究、深度学习算法 | NA | 结构生物学数据 | NA | 结构引导理性设计 | 微生物平台 | 酶催化乳糖糖基化途径 | 医药, 食品 |