合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-25	In silico encounters: Harnessing metabolic modelling to understand plant-microbe interactions 2025-Jul-24, FEMS microbiology reviews IF:10.1Q1 DOI:10.1093/femsre/fuaf030 PMID:40705360	综述	本文综述了利用基因组尺度代谢模型研究植物与微生物相互作用的研究进展	展示了代谢模型如何整合异质数据集并作为剖析和量化潜在机制的有价值工具，以及如何将其用作具有预定义特征的合成微生物群落的计算机设计测试平台	未提及具体的技术限制或数据局限性	理解植物与微生物相互作用以开发可持续农业实践并减轻气候变化对粮食安全的影响	植物宿主及其相关微生物组成的全生物体	合成生物学	NA	基因组尺度代谢建模	NA	基因组、宏基因组、表型数据	NA
42	2025-07-25	Identification of cognate recombination directionality factors for large serine recombinases by virtual pulldown 2025-Jul-19, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf691 PMID:40701553	研究论文	本研究利用AlphaFold2-multimer技术识别大型丝氨酸重组酶的共源重组方向性因子（RDFs），并通过实验验证了部分预测结果	首次使用AlphaFold2-multimer技术大规模预测RDFs，并验证了这些预测的准确性，显著扩展了可用的整合酶-RDF对遗传工具包	仅验证了9个测试案例中的6个整合酶的预测RDFs，且RDFs缺乏序列保守性和与噬菌体整合酶基因的共线性	识别大型丝氨酸重组酶的共源重组方向性因子（RDFs），以扩展合成生物学和基因组编辑工具	大型丝氨酸重组酶及其共源重组方向性因子（RDFs）	合成生物学	NA	AlphaFold2-multimer	NA	DNA序列数据	98个大型丝氨酸重组酶中的部分作为测试集，其中9个作为测试案例
43	2025-07-25	In Vivo Multicellular Feedback Control in Synthetic Microbial Consortia 2025-Jul-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00862 PMID:40499137	研究论文	本文提出了一种能够保证基因表达稳定和精确调控的生物分子控制架构	通过构建包含两个菌株的微生物联合体，实现了分布式多细胞反馈回路，克服了传统单细胞生物分子控制策略的复杂性和适应性限制	实验仅针对特定微生物联合体进行，可能不适用于其他类型的细胞或更复杂的系统	开发一种能够在合成微生物联合体中实现稳定和精确基因表达调控的生物分子控制架构	合成微生物联合体中的两个菌株	合成生物学	NA	生物分子控制技术	分布式多细胞反馈回路	基因表达数据	特定微生物联合体实验
44	2025-07-25	Investigating the Potential of Division of Labor in Synthetic Bacterial Communities for the Production of Violacein 2025-Jul-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00120 PMID:40525226	research paper	研究合成细菌群落中分工对紫胶色素生产的潜在影响	通过将紫胶色素生物合成途径分配到两个亚群中，实现了生产效率的显著提升	研究仅基于特定细菌群落，可能不适用于其他微生物系统	探索分工策略在合成微生物群落中提高代谢效率和产物产量的潜力	合成细菌群落和紫胶色素生产途径	合成生物学	NA	代谢工程和合成生物学技术	NA	实验数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个亚群比例测试
45	2025-07-25	Strategy for Generating Giant Unilamellar Vesicles with Tunable Size Using the Modified cDICE Method 2025-Jul-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00026 PMID:40536055	research paper	本研究探讨了一种优化策略，通过使用改良的连续液滴界面交叉封装方法（cDICE），从水包油（W/O）乳液滴中生成大小可调的巨型单层囊泡（GUVs）	通过系统改变关键参数（如腔室旋转时间、角频率和内溶液密度）来优化GUVs的尺寸分布，并提出了一个物理模型来解释观察到的尺寸选择现象	该方法虽然快速、成本效益高且封装效率高，但囊泡尺寸分布广泛且难以控制，这是构建人工细胞的一个显著缺点	优化GUVs的尺寸分布，以便为合成生物学应用创建具有生物相关特性的细胞大小隔室	巨型单层囊泡（GUVs）	合成生物学	NA	改良的连续液滴界面交叉封装方法（cDICE）	物理模型	实验数据	NA
46	2025-07-25	Engineered Membrane Vesicle Production via oprF or oprI Deletion Has Distinct Phenotypic Effects in Pseudomonas putida 2025-Jul-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00171 PMID:40607986	research paper	研究通过删除oprF或oprI基因在Pseudomonas putida KT2440中诱导高囊泡化的遗传工程策略及其表型效应	首次比较了删除oprF或oprI基因对膜囊泡(MV)生产的不同影响，并展示了MV作为蛋白质分泌机制的潜力	研究仅针对Pseudomonas putida KT2440菌株，结果可能不适用于其他细菌	开发用于工业生物过程的膜囊泡合成生物学工具	Pseudomonas putida KT2440菌株及其膜囊泡	合成生物学	NA	基因删除、膜囊泡分析	NA	实验数据	野生型和基因工程改造的Pseudomonas putida KT2440菌株
47	2025-07-24	Engineering Cell Fate with Adaptive Feedback Control 2025-Jul-23, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00299 PMID:40698642	研究论文	本文提出了一种生物分子自适应控制器，旨在优化基于干细胞的治疗，通过引导干细胞分化朝向特定细胞命运	设计了一种类似于非相干前馈环（IFFL）拓扑结构的生物分子自适应控制器，无需深入了解内源性网络机制即可实现细胞命运的定向控制	需要进一步实验验证控制器的实际应用效果以及在更复杂生物系统中的适用性	优化基于干细胞的治疗方法，提高特定细胞类型的产量	干细胞分化过程	合成生物学	NA	生物分子自适应控制技术	Incoherent Feedforward Loop (IFFL)	理论分析和计算模拟数据	NA
48	2025-07-24	Computational biology meets oncology: designing custom protein and peptide binders to outsmart cancer 2025-Jul-22, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02936-6 PMID:40694144	综述	本文探讨了计算生物学与肿瘤学的结合，特别是通过设计定制蛋白质和肽结合物来克服癌症治疗中的障碍	利用计算设计、定向进化和人工智能，设计具有高特异性、稳定性和治疗潜力的结合分子，突破了天然蛋白质支架的限制	计算算法如Rosetta和AlphaFold在无序区域和构象动力学方面的准确性存在局限	探索从头设计蛋白质和肽结合物的方法，以改善癌症的诊断和治疗	蛋白质和肽结合物	计算生物学	癌症	计算设计、定向进化、人工智能	Rosetta、AlphaFold	NA	NA
49	2025-07-24	Protein design of two-component tubular assemblies similar to cytoskeletons 2025-Jul-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62076-3 PMID:40695817	研究论文	本文开发了一种受自然启发的蛋白质设计方法，利用两种不同的蛋白质单元在精心设计的条件下创建独特的管状结构	通过模仿肌动蛋白丝，将螺旋构象融入管状组装体，从而丰富了其结构多样性，并且这些组装体可以响应环境刺激可逆地解离和重组	NA	深化对蛋白质组装设计和复杂生物结构的理解，同时拓宽合成生物学和材料科学的视野	两种不同的蛋白质单元	合成生物学	NA	冷冻电子显微镜	NA	蛋白质结构数据	NA
50	2025-07-24	The biosynthesis and diversity of taxanes: From pathway elucidation, engineering to synthetic biology 2025-Jul-21, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2025.101460 PMID:40696759	研究论文	本文探讨了紫杉醇类化合物的生物合成途径多样性，提出了通过工程化关键酶和利用合成生物学策略来可持续生产紫杉醇类化合物的方法	提出了AI引导的CYP450s定向进化策略，用于设计具有所需特性的酶，促进新型紫杉醇衍生物的生产	目前仅对导致紫杉醇的一型紫杉烷骨架的生物合成途径接近完全阐明，其他类型紫杉烷骨架的途径尚不明确	扩大紫杉醇类化合物库并开发可持续的生产方法	紫杉醇类化合物及其生物合成途径	合成生物学	癌症	CRISPRi-dCas9基因电路、AI引导的定向进化	NA	NA	NA
51	2025-07-24	Construction and phenotypic classification of synthetic dual-pole Escherichia coli cells 2025-Jul-20, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08495-w PMID:40684034	研究论文	本文介绍了一种第二代合成基因电路，使两种不同的支架蛋白能够在大肠杆菌的相反极定位	通过工程化PodJ片段作为第二个支架，并将SpmX与PopZ直接嵌合，有效将PopZ和PodJ限制在大肠杆菌的相反极	NA	研究合成生物学中可编程细胞分化的工具	大肠杆菌细胞	合成生物学	NA	合成基因电路	神经网络	NA	NA
52	2025-07-24	A phage transcription factor displaces the host σ factor and stabilizes its own σ factor 2025-Jul-19, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf683 PMID:40682819	研究论文	本研究揭示了噬菌体转录因子gp79如何取代宿主σ因子并稳定自身σ因子gp36的机制	首次通过冷冻电镜结构解析了gp79如何取代宿主σ70并激活自身σ因子gp36的转录	研究仅针对大肠杆菌噬菌体phiEco32的转录调控机制，其他噬菌体可能存在不同机制	阐明噬菌体转录因子gp79的双重调控作用机制	大肠杆菌噬菌体phiEco32的转录因子gp79和σ因子gp36	分子生物学	NA	冷冻电镜(cryo-EM)	NA	结构生物学数据	NA
53	2025-07-24	A quorum sensing-controlled type I CRISPRi toolkit for dynamically regulating metabolic flux 2025-Jul-19, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf693 PMID:40682826	研究论文	开发了一种基于群体感应和CRISPR干扰的动态代谢调控工具包QICi，用于优化微生物代谢通路	首次将群体感应系统与I型CRISPR干扰系统整合，实现细胞密度响应的动态基因调控	目前仅在枯草芽孢杆菌中验证，尚未在其他微生物系统中测试	开发动态代谢调控工具以促进可持续生物制造	枯草芽孢杆菌的代谢通路	合成生物学	NA	群体感应系统、I型CRISPR干扰系统	NA	NA	5升补料分批发酵规模
54	2025-07-24	Quantum bioelectrochemical (QBIOL) software based on point stochastic processes 2025-Jul-19, Communications chemistry IF:5.9Q1 DOI:10.1038/s42004-025-01603-1 PMID:40683983	研究论文	介绍了一种名为QBIOL的量子生物电化学软件，该软件结合分子动力学、应用数学、GPU编程和量子电荷传输，用于模拟生物电化学过程中的随机电子转移	QBIOL软件首次整合了分子动力学、应用数学、GPU编程和量子电荷传输，能够模拟生物电化学过程中的随机电子转移，填补了现有模拟方法在捕捉分子运动和电子转移随机性方面的不足	论文未明确提及QBIOL软件在实际应用中的具体限制，如计算资源需求或模拟精度等	开发一种能够模拟生物电化学过程中随机电子转移的软件工具，以推动合成生物学、医疗保健和催化领域的研究	生物电化学过程，特别是电极附着的氧化还原标记DNA或纳米限制的氧化还原物种在电激励下的电流生成	生物电化学	NA	分子动力学、量子电荷传输、GPU编程	NA	模拟数据	NA
55	2025-07-24	Engineering bi-directional chemically-modulated synthetic condensates for cellular control 2025-Jul-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61877-w PMID:40675979	研究论文	本文提出了一种基于雄激素受体（AR）及其临床药物的理性工程方法，创建了一个名为ARDrop的化学遗传平台，用于调控相分离凝聚体的形成与溶解	开发了一种可逆操控生物分子凝聚体的强大工具包，为合成生物学应用中的设计凝聚体工程奠定了基础	未明确提及具体局限性	开发精确操控相分离凝聚体的工具，实现复杂细胞信号传导的解析	雄激素受体（AR）及其临床药物	合成生物学	NA	化学遗传平台	NA	NA	NA
56	2025-07-24	Iterative deep learning design of human enhancers exploits condensed sequence grammar to achieve cell-type specificity 2025-Jul-16, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101302 PMID:40472848	研究论文	本研究应用迭代深度学习设计具有强细胞类型特异性的人类合成增强子	采用迭代深度学习优化模型，设计出比内源增强子更具选择性的合成增强子，并验证了其细胞类型特异性	研究仅针对两种人类细胞系，未涉及更广泛的细胞类型或体内环境	解决合成生物学中如何靶向特定细胞类型进行基因表达的问题	人类合成增强子	合成生物学	NA	迭代深度学习	深度学习模型	增强子活性和染色质可及性数据	两种人类细胞系
57	2025-07-24	Synthetic Biology-Based Strategy for Nanomedicine Design 2025-Jul, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401969 PMID:40025899	综述	本文介绍了合成生物学与纳米医学结合的新概念——合成生物纳米医学，并探讨了其与传统和仿生纳米医学的关系与差异	提出了合成生物纳米医学这一新概念，整合了合成生物学的基因工程策略与纳米医学	未提及具体实验数据或案例研究，主要停留在概念层面	探索合成生物学在纳米医学设计中的应用潜力	合成生物纳米医学的设计原理与方法	合成生物学	NA	基因工程	NA	NA	NA
58	2025-07-24	Microbial Biosensor for Sensing and Treatment of Intestinal Inflammation 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504364 PMID:40323169	研究论文	开发了一种用于检测和治疗肠道炎症的微生物生物传感器	利用锌摄取调节器(Zur)控制的启动子与记忆电路结合，开发了一种能够检测和记录体内肠道炎症的生物传感器，并具有诊断和治疗功能	目前仅在两种独立的小鼠结肠炎模型中进行了验证	开发用于肠道疾病诊断和治疗的合成生物体	肠道炎症	合成生物学	肠道炎症	合成生物学技术	NA	生物标志物数据	两种独立的小鼠结肠炎模型
59	2025-07-24	Living Biotherapeutics Using Nanoparticles-Armed Cyanobacteria for Boosting Photodynamic-Immunotherapy of Cancer 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202502746 PMID:40344505	研究论文	本研究开发了一种结合氧气自供蓝藻与多功能前药纳米颗粒的生物治疗平台，用于增强光动力免疫治疗癌症的效果	创新点在于将蓝藻与多功能前药纳米颗粒结合，形成自供氧和纳米颗粒的生物治疗平台，同时实现光动力治疗和免疫调节	未提及具体的临床前或临床试验结果，可能缺乏实际应用验证	开发新型生物治疗平台以增强癌症的光动力免疫治疗效果	癌症治疗	纳米医学	癌症	光动力疗法、免疫疗法	NA	NA	NA
60	2025-07-23	Transformative protein scaffold designs for dual-modality cancer applications: Advances in therapeutic delivery and molecular imaging of tumor microenvironments 2025-Jul, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144881 PMID:40473172	综述	本文全面分析了基于支架的递送系统在癌症免疫治疗中的最新创新，重点关注工程化蛋白质支架作为多功能平台的设计原则、合成方法和治疗应用	探讨了能够同时解决系统性毒性、肿瘤穿透不足和免疫抑制性肿瘤微环境治疗不足等挑战的多功能蛋白质支架平台，并整合了AI驱动的生成模型和强化学习算法等先进技术	未提及具体的临床转化障碍或人体试验数据	开发能够同时实现治疗递送和肿瘤微环境分子成像的双模态癌症应用平台	工程化蛋白质支架及其在癌症免疫治疗中的应用	合成生物学	癌症	AI驱动的生成模型、强化学习算法、无细胞蛋白质合成系统、正交翻译机制	NA	NA	NA