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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-10-05 |
Unlocking Casein Bioactivity: Lactic Acid Bacteria and Molecular Strategies for Peptide Release
2025-Aug-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26178119
PMID:40943047
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综述 | 本文综述了利用乳酸菌和分子生物学策略释放牛β-酪蛋白中生物活性肽的方法 | 系统整合合成生物学、分子生物技术和系统生物学方法增强β-酪蛋白源生物活性肽的靶向发现与生产 | NA | 提高β-酪蛋白源生物活性肽的靶向发现和生产效率 | 牛β-酪蛋白中的生物活性肽 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas系统、多组学方法(基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学) | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 乳酸菌 | 诱导型表达平台、无细胞系统 | 食品, 医药 |
| 22 | 2025-10-05 |
The Dawn of High-Throughput and Genome-Scale Kinetic Modeling: Recent Advances and Future Directions
2025-Aug-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00868
PMID:40262025
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综述 | 本文综述了高通量和基因组规模动力学建模的最新进展与未来发展方向 | 整合机器学习与机制性代谢模型、开发新型动力学参数数据库、使用定制化参数化策略 | NA | 推动动力学建模在系统和合成生物学、代谢工程及医学研究中的应用 | 动力学建模方法 | 机器学习 | NA | 动力学建模、机器学习 | 机制性代谢模型 | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 23 | 2025-10-05 |
Reinforcement Learning-Based Target-Specific De Novo Design of Cyclic Peptide Binders
2025-Aug-28, Journal of medicinal chemistry
IF:6.8Q1
DOI:10.1021/acs.jmedchem.5c00789
PMID:40824037
|
研究论文 | 提出基于强化学习的环肽结合剂从头设计框架CYC_BUILDER | 采用蒙特卡洛树搜索指导片段选择、肽链生长和结构优化,实现高效环化 | 仅实验验证了9个设计肽中的4个具有活性 | 开发计算设计环肽结合剂的新方法 | 环肽-蛋白质复合物 | 机器学习 | NA | 强化学习,蒙特卡洛树搜索 | 强化学习 | 蛋白质结构数据 | 9个设计肽的实验验证 | NA | NA | NA | 医药,合成生物学 |
| 24 | 2025-10-05 |
Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for de novo biosynthesis of hydroxytyrosol and salidroside
2025-Aug-20, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00712-25
PMID:40668011
|
研究论文 | 通过代谢工程改造酿酒酵母实现羟基酪醇和红景天苷的从头生物合成 | 构建了高效生产羟基酪醇和红景天苷的酵母工程菌株,通过优化前体供应和糖基化效率实现了规模化生产 | NA | 开发羟基酪醇和红景天苷的高效生物合成方法 | 酿酒酵母工程菌株及其代谢途径 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、发酵工程 | NA | 发酵数据、代谢产物分析 | 多个工程菌株(ZYT1、ZYHT1、ZYSAL1、ZYSAL9+3) | 代谢工程、途径优化 | 酿酒酵母 | 羟基酪醇和红景天苷生物合成途径,包括酪醇合成、羟基化修饰和糖基化反应 | 工业生物技术、医药 |
| 25 | 2025-10-05 |
Multiactivity of Nanozyme Liposome Regulates the Homeostasis of Biochemical Microenvironment
2025-Aug-18, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202501918
PMID:40545445
|
研究论文 | 开发具有多酶活性的仿生脂质体纳米酶,用于调节外源性植入物引起的炎症反应并促进组织再生 | 通过在人造膜上自组装CeO纳米颗粒构建仿生脂质体,同时具备内皮细胞膜特性和多酶催化活性 | 未提及具体的临床前或临床试验数据 | 设计能够模拟天然细胞功能的治疗性脂质体以调控生化微环境稳态 | 仿生脂质体纳米酶及其对炎症因子和血小板聚集的调控作用 | 合成生物学 | 组织工程相关疾病 | 纳米酶技术、自组装技术 | NA | 实验数据 | NA | 自组装 | NA | 仿生信号调节系统 | 医学 |
| 26 | 2025-10-05 |
Hydrogel-Immobilized Multienzyme Systems for Cell-Free Chemical Bioproduction
2025-Aug-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00234
PMID:40689784
|
研究论文 | 本研究开发了一种将无细胞表达的多酶系统共固定于聚乙二醇二丙烯酸酯-甘油水凝胶中的方法,用于提高生物催化系统的稳定性和可重复使用性 | 通过水凝胶固定化技术显著提高了无细胞表达酶系统的长期稳定性、可重复使用性和活性,实现了比游离酶高1.6倍的活性和2倍的使用寿命 | NA | 开发稳定、可重复使用的无细胞多酶系统用于化学生物生产 | 无细胞基因表达系统、多酶固定化水凝胶 | 合成生物学 | NA | 小角X射线散射、直接荧光测量、光交联固定 | NA | 实验数据 | NA | 无细胞表达系统 | 细菌裂解物 | 多酶生物合成途径(丙酮酸到苹果酸的生物转化) | 工业生物技术 |
| 27 | 2025-10-05 |
Remodeling of ribosomally synthesized peptide backbones based on posttranslational modifications
2025-Aug-13, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d5np00018a
PMID:40392103
|
综述 | 本文综述了2013-2024年间通过翻译后修饰重塑核糖体合成肽骨架的研究进展 | 重点关注导致肽骨架重构的非常规翻译后修饰酶及其催化机制 | NA | 深化对RiPP生物合成的理解,增强功能肽制剂理性设计与合成生物学生产能力 | 核糖体合成和翻译后修饰肽(RiPP)天然产物 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘,合成生物学策略 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 28 | 2025-10-05 |
Dendritic Membranized Coacervate Microdroplets: A Robust Platform for Synthetic-Living Cell Consortia
2025-Aug-13, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c09772
PMID:40751679
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于树枝状聚合物的膜包被凝聚微滴平台,用于构建合成-天然细胞联合体 | 利用树枝状聚合物的球状刚性结构,显著提高了凝聚微滴在生理盐浓度下的稳定性,临界盐浓度比传统多肽或支链聚电解质形成的凝聚体提高两倍以上 | NA | 构建结构稳定且具有细胞样功能的合成细胞平台,用于生物医学应用 | 树枝状聚合物膜包被凝聚微滴 | 合成生物学 | NA | 共凝聚技术、聚合物组装 | NA | NA | NA | NA | NA | 具有酶封装、内部快速动力学和化学通讯功能的合成细胞平台 | 医学, 组织工程, 再生医学 |
| 29 | 2025-10-05 |
An old dog with new tricks-the value of photorespiration as a central metabolic hub with implications for environmental acclimation
2025-Aug-04, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiaf258
PMID:40515676
|
综述 | 探讨光呼吸作为中心代谢枢纽在环境适应中的新功能与价值 | 揭示光呼吸与气孔代谢调控的新联系,发现新型代谢参与者及细胞器间互作网络 | NA | 阐明光呼吸在光合作用和环境适应中的核心作用 | 光养生物的光呼吸代谢途径 | 植物代谢工程 | NA | 同位素标记、反向遗传学、合成生物学 | NA | 代谢通量数据 | NA | 合成生物学方法 | 植物 | 旁路途径整合、天然酶优化 | 农业 |
| 30 | 2025-10-05 |
Human Synthetic Biology and Programmable Gene Regulation Control
2025-Aug, Annual review of genomics and human genetics
IF:7.7Q1
|
综述 | 本文综述了人类合成生物学领域在可编程基因调控系统方面的最新进展 | 开发了多层次基因表达控制工具,能够同时提供细胞行为信息并操纵细胞功能 | NA | 开发可编程遗传系统以控制细胞表型和功能 | 人类细胞中的基因调控系统 | 合成生物学 | NA | 高通量合成生物学方法 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN | 人类细胞 | 合成基因回路、基因表达控制系统、DNA/RNA/蛋白质水平调控模块 | 医学 |
| 31 | 2025-10-05 |
5'-O-P-N Linkages of Phosphoramidate Nucleotides: Chemical Construction and Biological Impact
2025-Aug, Chemical record (New York, N.Y.)
DOI:10.1002/tcr.202500056
PMID:40442970
|
综述 | 本文系统综述了5'-O-P-N磷酰胺核苷酸的化学合成方法及其生物学影响 | 重点关注5'-羟基位置磷酰胺(P-N)连接这一新兴核苷酸类似物的合成策略与生物功能研究 | NA | 探讨磷酰胺核苷酸的合成方法、生物学功能及其在医药和生物技术中的应用前景 | 5'-O-P-N磷酰胺核苷酸及其化学修饰 | 生物化学与合成生物学 | NA | 磷酰胺化策略、催化方法、绿色化学技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药化学、生物技术 |
| 32 | 2025-10-05 |
Microbial strategies on polyhydroxyalkanoates production from food waste to support the circular bioeconomy
2025-Aug, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146023
PMID:40669653
|
综述 | 本文重点探讨利用餐厨垃圾生产聚羟基脂肪酸酯的微生物策略及其在循环生物经济中的应用前景 | 系统总结了代谢工程和合成生物学在餐厨垃圾生物转化生产聚羟基脂肪酸酯中的最新微生物策略 | NA | 促进餐厨垃圾资源化利用和循环生物经济发展 | 餐厨垃圾和聚羟基脂肪酸酯 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 微生物底盘细胞 | NA | 环境,工业生物技术 |
| 33 | 2025-10-05 |
Combing Directed Enzyme Evolution with Metabolic Engineering to Develop Efficient Microbial Cell Factories
2025-Aug-28, Chem & bio engineering
DOI:10.1021/cbe.5c00002
PMID:40901576
|
综述 | 本文综述了将定向酶进化与代谢工程相结合开发高效微生物细胞工厂的策略与方法 | 系统整合传统与数据驱动的定向进化策略(包括随机文库设计、半理性设计、智能文库设计和连续进化)与代谢工程方法,突破经典代谢工程仅关注基因表达水平的局限 | 未具体说明应用案例的详细实验数据,主要聚焦于方法论层面的讨论 | 开发高效微生物细胞工厂以实现可再生原料的可持续化学生产 | 微生物细胞工厂中的酶蛋白和代谢途径 | 合成生物学 | NA | 定向进化、蛋白质工程、代谢工程 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | 代谢途径优化 | 工业生物技术 |
| 34 | 2025-10-05 |
Active learning-guided optimization of cell-free biosensors for lead testing in drinking water
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.20.671382
PMID:40894645
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研究论文 | 开发了一种基于机器学习的细胞游离生物传感器优化方法,用于饮用水铅检测 | 采用多目标机器学习引导的细胞游离基因表达工作流程,通过定向标记捕获aTF突变对性能的影响 | NA | 优化基于变构转录因子的生物传感器性能,用于环境监测和人类健康 | PbrR变构转录因子及其在铅检测中的应用 | 合成生物学 | 重金属污染相关健康风险 | 机器学习,细胞游离基因表达,定向进化 | 机器学习模型 | 序列到功能数据 | NA | 细胞游离系统 | 无细胞表达系统 | 基于aTF的生物传感器,铅检测电路 | 环境,医疗诊断 |
| 35 | 2025-10-05 |
Toward a monocot SynBio toolkit: assessing regulatory element performance and eudicot compatibility
2025-Aug-08, Plant cell reports
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s00299-025-03583-x
PMID:40779074
|
研究论文 | 本研究构建并评估了一个包含80个遗传调控元件的组合库,用于单子叶植物的合成生物学应用 | 开发了新颖的CaMV 35S启动子与病毒5'UTR序列组合,其表达水平接近强病毒启动子融合;新发现的植物小热休克蛋白3'UTR序列能显著增强报告基因表达 | 研究主要基于玉米原生质体和本氏烟的瞬时表达系统,尚未在完整植株中进行长期验证 | 解决禾谷类作物和禾草遗传工程中合适调控元件相对缺乏的问题 | 玉米原生质体和本氏烟叶片 | 合成生物学 | NA | 原生质体转化、农杆菌浸润、荧光测定 | NA | 荧光表达数据 | 80个遗传调控元件组合,在两种植物系统中测试 | 农杆菌浸润 | 玉米, 本氏烟 | 遗传调控元件组合库,包括启动子、5'UTR、启动子-5'UTR融合和3'UTR序列 | 农业, 工业生物技术 |
| 36 | 2025-10-05 |
Advancements in DNA-Driven Precision Modulation of Cell Surface Receptor for Programmable Cellular Functions
2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202505073
PMID:40588818
|
综述 | 本文系统总结了基于DNA的受体工程策略在精确调控细胞表面受体功能方面的最新进展 | 整合遗传和非遗传DNA工程策略,利用DNA纳米结构、功能性核酸和可编程动态DNA反应实现受体功能的多维调控 | NA | 开发精确调控细胞表面受体的DNA工程策略,推动智能细胞系统发展 | 细胞表面受体及其信号传导机制 | 合成生物学 | NA | DNA纳米技术、DNA折纸、功能性核酸 | NA | NA | NA | DNA纳米结构、DNA逻辑电路、DNA纳米机器人 | 哺乳动物细胞 | DNA逻辑电路、DNA纳米机器人、受体二聚化和寡聚化调控 | 医学 |
| 37 | 2025-10-05 |
Iterative recombinase technologies for efficient and precise genome engineering across kilobase to megabase scales
2025-Aug-21, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.07.011
PMID:40763736
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研究论文 | 开发了两种可编程染色体编辑系统PCE和RePCE,实现植物和人类细胞中无痕的千碱基到兆碱基尺度DNA操作 | 通过高通量工程获得逆转性降低10倍的Lox位点,利用AI辅助重组酶工程方法生成重组效率提高3.5倍的Cre变体,结合Re-pegRNA介导的无痕策略增强编辑精度 | NA | 解决基因组编辑技术在高等生物中实现精确、大规模DNA操作面临的挑战 | 植物和人类细胞 | 合成生物学 | NA | 可编程染色体编辑系统,AI辅助重组酶工程,Re-pegRNA介导的无痕策略 | NA | 基因组数据 | NA | CRISPR-Cas9, 重组酶技术 | 水稻, 人类细胞 | 染色体水平编辑系统,支持插入、删除、替换、倒位和易位操作 | 分子育种, 治疗开发, 合成生物学 |
| 38 | 2025-10-05 |
Development of CRISPRi Orthogonal Repression Systems in Plant Cells Using Synthetic Variants of the Figwort Mosaic Virus 34S Promoter with Two Identical sgRNA Binding Sites
2025-Aug-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00356
PMID:40643567
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研究论文 | 本研究开发了基于FMV 34S启动子变体的CRISPRi正交抑制系统,用于植物细胞中基因表达的精确调控 | 首次系统评估33种34S启动子变体在CRISPRi中的抑制效率,发现相同sgRNA结合位点比异质位点具有更高抑制效率,并成功构建了与Cre/loxP RNA支架正交系统组合的遗传开关 | 研究采用农杆菌浸润叶片的瞬时转基因表达系统,尚未在稳定转基因植物中进行验证 | 开发植物合成生物学工具箱中的逻辑门元件,实现基因表达的精确调控 | FMV 34S启动子变体库、CRISPRi系统、植物细胞 | 合成生物学 | NA | CRISPRi、农杆菌浸润、瞬时转基因表达 | NA | 基因表达数据 | 33种启动子变体 | CRISPR-Cas9 | 植物细胞 | 遗传开关、正交抑制系统、逻辑门 | 农业 |
| 39 | 2025-10-05 |
Progress in the Biosynthesis of Cosmetic Ingredients through Engineering of Saccharomyces cerevisiae
2025-Aug-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00199
PMID:40670299
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综述 | 本文综述了通过工程化酿酒酵母生物合成化妆品成分的最新进展 | 探索了人工智能和机器学习在菌株设计与过程控制中的整合应用,为克服代谢瓶颈和扩大生产提供新方案 | 面临代谢负担等挑战 | 开发可持续和可扩展的化妆品成分生物合成方法 | 酿酒酵母工程菌株 | 合成生物学 | NA | 基因工程、代谢工程、途径模块化、发酵优化 | 机器学习 | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母 | 代谢途径工程 | 化妆品工业 |
| 40 | 2025-10-05 |
Metabolic Engineering of Yarrowia lipolytica with Massive Gene Assembly and Genomic Integration
2025-Aug-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00333
PMID:40676857
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研究论文 | 开发了一种在解脂耶氏酵母中实现大规模基因组装和基因组整合的新策略 | 实现了数十个基因(超过30kb)的稳定组装和整合,突破了目前最多只能组装整合5个外源基因(约13kb)的限制 | NA | 提高解脂耶氏酵母的遗传操作和代谢工程能力 | 解脂耶氏酵母 | 合成生物学 | NA | 大规模基因组装和基因组整合 | NA | NA | 构建了包含35个外源基因(总计93.5kb)的底盘细胞,优化菌株包含15个外源基因 | NA | 解脂耶氏酵母 | 代谢工程途径,用于调控番茄红素的异源合成 | 工业生物技术 |