合成生物学相关文章
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当前共找到 167 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
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| 61 | 2025-10-05 |
Microbial mineralization for remediating heavy metal-contaminated groundwater: mechanisms, applications, advances, and perspectives
2025-Sep-23, Environmental geochemistry and health
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10653-025-02753-w
PMID:40986195
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综述 | 本文系统综述了微生物矿化修复重金属污染地下水的机制、应用、进展与前景 | 结合文献计量学分析与工程案例，阐明了碳酸盐、硫化物和磷酸盐矿物形成驱动重金属固定的机制，并识别了当前研究前沿 | 极端环境中微生物活性受抑制，复杂污染系统处理效率低，矿化产物长期稳定性监测不足 | 探讨微生物矿化修复重金属污染地下水的机制与应用 | 重金属污染地下水及参与矿化修复的微生物 | 环境生物技术 | NA | 微生物矿化，文献计量分析 | NA | 文献数据，工程案例 | NA | 合成生物学 | NA | NA | 环境 |
| 62 | 2025-10-05 |
Programmable DNA Nanocages Enable Adaptive Spatiotemporal Organization of Biomimetic Organelle Networks
2025-Sep-22, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202511909
PMID:40776809
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研究论文 | 提出一种基于DNA纳米笼的模块化策略，用于构建稳定且具有自适应反馈调控的人工细胞器网络 | 首次利用四面体DNA框架和回文杂交链式反应在细胞外囊泡表面构建机械强化的仿生DNA纳米笼，并集成逻辑门控DNA元件实现环境响应性空间重构 | 未明确说明该系统的长期稳定性及在复杂生物环境中的实际应用效果 | 开发具有自适应反馈调控能力的人工细胞器网络构建平台 | 细胞外囊泡和DNA纳米结构 | 合成生物学 | NA | DNA纳米技术、回文杂交链式反应 | NA | NA | NA | DNA纳米组装 | 细胞外囊泡 | 逻辑门控DNA元件、自适应信号传导网络 | 合成生物学, 生物医学应用, 智能材料设计 |
| 63 | 2025-10-05 |
CloneFast: A simple plasmid design and construction guide for labs venturing into synthetic biology
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104025
PMID:40773353
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研究论文 | 介绍CloneFast指南，一种简化的质粒设计构建方法 | 采用可重复使用的修饰寡核苷酸(CompetePCR)和快速碘介导切割技术实现高效质粒组装 | NA | 开发简单高效的质粒构建方法 | 质粒设计和构建流程 | 合成生物学 | NA | CompetePCR, 碘介导切割 | NA | NA | NA | CloneFast | NA | 质粒组装 | 工业生物技术 |
| 64 | 2025-10-05 |
Protocol for fabricating a reusable plate-well insert with a 3D-printed mounter and hydrogel scaffolds for 3D cell culture and functional assays
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104014
PMID:40782348
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研究论文 | 介绍了一种用于标准24孔板的可重复使用插入件的制造方案，包含3D打印支架和水凝胶支架 | 开发了结合3D打印支架和水凝胶支架的可重复使用插入件系统，简化水凝胶制备过程并减少批次差异 | NA | 为3D细胞培养和功能分析提供标准化、可重复使用的实验平台 | 细胞培养插入件和水凝胶支架 | 组织工程 | NA | 3D打印、水凝胶合成、冻干、qPCR | NA | NA | NA | 3D打印 | NA | NA | 医学研究、合成生物学 |
| 65 | 2025-10-05 |
Creating a designer cyanobacterial ecosystem for the sustainable production of biomass rich in sun-protecting compounds: mycosporine-like amino acids and scytonemin
2025-Sep-04, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-025-04450-9
PMID:40906293
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综述 | 探讨通过合成生物学方法构建特殊蓝藻生态系统以可持续生产富含紫外线防护化合物生物质的研究 | 提出通过基因和代谢工程优化蓝藻代谢途径的创新生物技术策略，提高紫外线防护化合物的产量 | 蓝藻中有益代谢物浓度通常很低，工业化生产经济可行性不足 | 开发可持续生产富含紫外线防护化合物生物质的蓝藻生态系统 | 蓝藻及其产生的甾醇霉素和类菌孢素氨基酸 | 合成生物学 | NA | 基因工程、代谢工程 | NA | NA | NA | NA | 蓝藻 | 代谢途径优化 | 工业生物技术,材料,医药 |
| 66 | 2025-10-05 |
Multiview Deep Learning Framework for Precise Prediction of Transcription Factor Binding Sites
2025-Sep-22, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.5c01054
PMID:40914877
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研究论文 | 提出一种多视图深度学习框架MDNet-TFP，用于精确预测转录因子结合位点 | 开发了双向反向互补模块(BiRC-Mamba)和多尺度卷积循环注意力网络(MCRAN)，能够有效建模DNA序列的双向特性和多维度特征 | NA | 提高转录因子结合位点预测的准确性 | DNA序列中的转录因子结合位点 | 生物信息学 | NA | ChIP-seq | 多视图深度学习, 双向反向互补模块, 多尺度卷积循环注意力网络 | DNA序列数据 | 165个ChIP-seq数据集（验证集）和690个ChIP-seq数据集（扩展测试集） | NA | NA | NA | 生物医学研究, 合成生物学 |
| 67 | 2025-10-05 |
Precision in Predicting Protein-Nucleic Acid Complexes: Establishing a Benchmark Data Set and Comparative Metrics
2025-Sep-22, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.5c01372
PMID:40932245
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研究论文 | 本研究建立了蛋白质-核酸复合物结构预测的基准数据集ProNASet，并系统评估了多种计算方法的表现 | 首次构建了包含100个实验解析结构的蛋白质-核酸复合物基准数据集，并建立了多维评估框架 | 数据集规模相对有限，仅评估了当前主流的六种计算方法 | 评估蛋白质-核酸复合物结构预测的计算方法性能 | 蛋白质-核酸复合物结构 | 计算生物学 | NA | 深度学习算法，物理驱动对接方法 | AlphaFold3, Chai-1, HelixFold3, Protenix, HDOCK, HDOCK_NT | 蛋白质-核酸复合物三维结构数据 | 100个实验解析的蛋白质-核酸复合物结构 | NA | NA | NA | 基因组编辑，合成生物学 |
| 68 | 2025-10-05 |
Evo-Inspired Engineering of Radical Phenotypes and Emergent Traits
2025-Sep-13, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icaf107
PMID:40795044
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综述 | 探讨如何整合进化生物学见解与合成生物学技术来设计超越自然限制的全新细胞功能 | 提出将进化启示与高通量平台、人工智能工具结合，突破现有性状改造局限，开创合成生物学新前沿 | NA | 推动合成生物学从改造现有性状向设计全新细胞功能发展 | 极端适应表型、人工细胞、基因型-表型关系 | 合成生物学 | NA | 高通量平台、人工智能驱动设计工具 | NA | NA | NA | NA | 非传统模式系统 | 激进表型、涌现性状 | 生物经济 |
| 69 | 2025-10-05 |
Are amyloid-based materials conducive to tissue engineering?
2025-Sep-19, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.08.009
PMID:40975651
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综述 | 探讨淀粉样原纤维作为组织工程生物材料的潜力与应用 | 系统阐述淀粉样原纤维从病理蛋白到功能生物材料的范式转变，突出其结构特性与组织工程应用的交叉创新 | NA | 评估淀粉样原纤维在组织工程领域的应用前景 | 淀粉样原纤维及其生物材料 | 组织工程 | 阿尔茨海默病, 帕金森病 | 结构生物学, 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 生物技术 |
| 70 | 2025-10-05 |
DNA Flipping as Facile Mechanism for Transmembrane Signaling in Synthetic Cells
2025-Sep-17, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c09188
PMID:40923324
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研究论文 | 本文报道了一种基于胆固醇修饰单链DNA的跨膜信号传导机制，可在合成细胞中实现高效的内部信号处理和下游转录激活 | 首次发现胆固醇修饰单链DNA能通过成核驱动的缺陷介导过程自发翻转跨越脂质膜，并揭示了该过程由瞬时膜孔主导的机制 | NA | 开发合成细胞中简单可靠的跨膜信号传导机制 | 胆固醇修饰单链DNA和巨型单层脂质体 | 合成生物学 | NA | 荧光显微镜、核酸酶降解实验、膜通透性实验 | NA | NA | NA | NA | 合成细胞/巨型单层脂质体 | DNA翻转介导的信号传导系统，包含跨膜信号输入和内部转录激活的输出通路 | 合成生物学 |
| 71 | 2025-10-05 |
Mechanisms, detection, and impact of horizontal gene transfer in plant functional evolution
2025-Sep-09, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koaf195
PMID:40834228
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综述 | 探讨水平基因转移在植物功能进化中的机制、检测方法及其影响 | 系统揭示植物界微生物-植物和植物-植物间水平基因转移的普遍性，并提出结合合成生物学与实验进化的未来研究方向 | 依赖现有植物基因组数据，尚未完全揭示水平基因转移的全貌 | 阐明水平基因转移在植物进化中的机制与适应性意义 | 植物界的水平基因转移事件 | 进化生物学 | NA | 系统发育基因组学方法、原位测序 | NA | 基因组序列数据 | 数百个近期测序的植物基因组 | 合成生物学 | 植物 | NA | NA |
| 72 | 2025-10-05 |
The Rise of Mechanobiology for Advanced Cell Engineering and Manufacturing
2025-Sep, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202501640
PMID:40576525
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综述 | 探讨力学生物学在细胞工程和制造中的最新进展及其应用潜力 | 强调机械信号作为关键工具增强或替代传统可溶性因子的创新理念 | 当前制造路线在生产效率、安全性、监管、成本效益和可扩展性方面存在局限 | 推动细胞工程和制造技术的发展以满足细胞治疗和再生医学需求 | 诱导多能干细胞、嵌合抗原受体T细胞等治疗性细胞 | 合成生物学 | NA | 微纳米技术、生物材料设计、机械限制 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞 | NA | 医学 |
| 73 | 2025-10-05 |
Next-generation oncology: integrative therapeutic frontiers at the crossroads of precision genomics, immuno-engineering, and tumor microenvironment modulation
2025-Sep-20, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-03042-3
PMID:40974488
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综述 | 探讨肿瘤学从传统细胞毒性疗法向整合精准基因组学、免疫工程和肿瘤微环境调控的智能驱动框架转变 | 提出将癌症视为复杂适应系统，整合AI引导自适应给药、合成生物学增强CAR-T细胞、代谢重编程等协同治疗方法 | 存在治疗耐药性、毒性、可及性和伦理问题等挑战 | 推动肿瘤治疗向精准化、系统化和个性化方向发展 | 癌症作为复杂适应系统的多维度治疗策略 | 计算肿瘤学 | 癌症 | 多组学分析、分子图谱、量子生物学、合成肿瘤学 | 数字孪生 | 基因组学数据、微环境数据 | NA | CRISPR-Cas9, 合成生物学工具 | 哺乳动物细胞 | 逻辑门控CAR-T细胞、生物传感器 | 医学 |
| 74 | 2025-10-05 |
Engineered Bacteria Convert a 3-Bit Binary Code to a 3-Bit Gray Code by Multicellular Artificial-Neural-Network-Type Architecture
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00145
PMID:40333022
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研究论文 | 本研究利用基因工程细菌构建了能够将3位二进制码转换为3位格雷码的单层人工神经网络 | 首次在基因工程细菌中实现人工神经网络架构，完成二进制码到格雷码的转换功能 | 仅实现3位码转换，系统复杂度有限，处于技术发展初期阶段 | 开发基于基因工程细胞的神经形态计算系统 | 基因工程细菌群体构建的人工神经网络 | 合成生物学 | NA | 基因工程技术 | 人工神经网络(ANN) | 化学信号输入，荧光蛋白输出 | 五个工程化细菌群体 | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 细菌 | 单层人工神经网络架构，逻辑转换电路 | 生物计算机技术 |
| 75 | 2025-10-05 |
CELLM: Bridging Natural Language Processing and Synthetic Genetic Circuit Design with AI
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00391
PMID:40905372
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研究论文 | 本研究开发了一个结合Cello软件与大语言模型的集成系统，能够通过自然语言指令创建、分析和优化遗传电路 | 首个将语言模型与合成生物学设计工具Cello集成的系统，实现了自然语言到功能性生物设计的转化 | NA | 通过AI技术降低遗传电路设计的复杂性，提高合成生物学的可及性和效率 | 遗传电路设计系统 | 自然语言处理, 合成生物学 | NA | 自然语言处理, 遗传电路设计 | 大语言模型(DeepSeek-R1, Phi-4) | 文本 | NA | Cello v2.1 | NA | 遗传电路设计与优化 | 合成生物学, 生物技术 |
| 76 | 2025-10-05 |
Intelligent Design of Escherichia coli Terminators by Coupling Prediction and Generation Models
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00429
PMID:40905909
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研究论文 | 本研究通过结合预测模型和生成模型实现了大肠杆菌终止子的智能设计 | 首次将序列特征与热力学特征结合构建终止子强度预测模型，并应用生成对抗网络(GAN)生成可靠的终止子序列 | 预测模型性能仍有提升空间(R²=0.72)，实验验证样本量较小(18个终止子) | 开发计算工具准确预测和设计终止子序列，提高基因电路设计的精确度 | 大肠杆菌内在终止子 | 合成生物学 | NA | 机器学习，生成对抗网络(GAN) | GAN，机器学习模型 | DNA序列数据 | 18个实验验证的终止子 | NA | 大肠杆菌 | 基因电路中的终止子元件设计 | 工业生物技术 |
| 77 | 2025-10-05 |
Genome-Wide Simplification of the AcMNPV Genome Using Synthetic Biology
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00156
PMID:40910264
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研究论文 | 本研究利用合成生物学方法对AcMNPV病毒基因组进行系统性简化，获得了能够产生芽生病毒的简化功能基因组 | 开发了通过共转染线性化基因组片段快速拯救病毒的策略，加速了基因组删除的迭代评估，获得了删除28kb非必需基因的最小功能基因组 | NA | 实现杆状病毒基因组的大规模简化，为开发高容量杆状病毒载体奠定基础 | 苜蓿银纹夜蛾多核多角体病毒(AcMNPV)基因组 | 合成生物学 | NA | 合成生物学设计-构建-测试-学习框架，基因组简化策略 | NA | 基因组数据 | 合成了35个不同大小的简化基因组 | Gibson Assembly | 昆虫细胞 | 基因组简化设计，删除非必需基因区域 | 工业生物技术 |
| 78 | 2025-10-05 |
Engineering Noncanonical Cofactors To Expand Cellular Functions
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00473
PMID:40923492
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综述 | 探讨利用非经典辅因子扩展细胞功能的方法与前景 | 提出通过非经典辅因子隔离代谢途径的创新策略，突破传统共因子共享的热力学限制 | NA | 研究非经典辅因子在合成生物学中的应用潜力 | 非经典辅因子及其依赖酶 | 合成生物学 | NA | 异源酶反应、代谢工程 | NA | NA | NA | NA | NA | 隔离代谢途径、非经典辅因子依赖型生物传感器 | 工业生物技术、医药 |
| 79 | 2025-10-05 |
Engineering of a Complex of the DNase Domain of Colicin E9 with the Immunity Protein Im9 Activated by the Protease pS273R of African Swine Fever Virus
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00398
PMID:40925015
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研究论文 | 设计了一种由非洲猪瘟病毒蛋白酶激活的DNase E9/Im9-1.4复合物蛋白开关 | 开发了首个通过ASFV蛋白酶特异性激活的DNA酶杀伤开关系统 | 目前仅完成体外验证，尚未进行体内动物实验 | 开发针对非洲猪瘟病毒的新型抗病毒策略 | 非洲猪瘟病毒蛋白酶pS273R及其底物复合物 | 合成生物学 | 非洲猪瘟 | 蛋白质工程、蛋白酶切分析、体外酶活检测 | NA | 蛋白质活性数据 | 多个Im9变体构建及优化 | 蛋白质工程 | NA | 病毒蛋白酶激活的DNA酶杀伤开关 | 医学,农业 |
| 80 | 2025-10-05 |
Innovations in Yeast Synthetic Biology: Engineered Discovery Systems for Immunotherapy
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00321
PMID:40802971
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综述 | 本文综述酵母合成生物学平台在免疫治疗蛋白发现中的创新应用 | 整合高通量表面展示技术、自动化进化系统和计算设计策略，建立新型设计-构建-测试-学习工作流程 | NA | 探讨酵母合成生物学平台在免疫治疗蛋白发现中的应用 | 酵母表面展示的蛋白质（如纳米抗体）和免疫受体（如GPCRs、TCRs）的潜在抗原 | 合成生物学 | NA | 高通量表面展示技术、自动化进化系统、计算设计策略 | NA | NA | NA | OrthoRep | 酵母 | 蛋白质表面展示系统、免疫受体筛选平台 | 医药 |