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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-10-05 |
DNA Flipping as Facile Mechanism for Transmembrane Signaling in Synthetic Cells
2025-Sep-17, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c09188
PMID:40923324
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研究论文 | 本文报道了一种基于胆固醇修饰单链DNA的跨膜信号传导机制,可在合成细胞中实现高效的内部信号处理和下游转录激活 | 首次发现胆固醇修饰单链DNA能通过成核驱动的缺陷介导过程自发翻转跨越脂质膜,并揭示了该过程由瞬时膜孔主导的机制 | NA | 开发合成细胞中简单可靠的跨膜信号传导机制 | 胆固醇修饰单链DNA和巨型单层脂质体 | 合成生物学 | NA | 荧光显微镜、核酸酶降解实验、膜通透性实验 | NA | NA | NA | NA | 合成细胞/巨型单层脂质体 | DNA翻转介导的信号传导系统,包含跨膜信号输入和内部转录激活的输出通路 | 合成生物学 |
| 62 | 2025-10-05 |
Mechanisms, detection, and impact of horizontal gene transfer in plant functional evolution
2025-Sep-09, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koaf195
PMID:40834228
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综述 | 探讨水平基因转移在植物功能进化中的机制、检测方法及其影响 | 系统揭示植物界微生物-植物和植物-植物间水平基因转移的普遍性,并提出结合合成生物学与实验进化的未来研究方向 | 依赖现有植物基因组数据,尚未完全揭示水平基因转移的全貌 | 阐明水平基因转移在植物进化中的机制与适应性意义 | 植物界的水平基因转移事件 | 进化生物学 | NA | 系统发育基因组学方法、原位测序 | NA | 基因组序列数据 | 数百个近期测序的植物基因组 | 合成生物学 | 植物 | NA | NA |
| 63 | 2025-10-05 |
The Rise of Mechanobiology for Advanced Cell Engineering and Manufacturing
2025-Sep, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202501640
PMID:40576525
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综述 | 探讨力学生物学在细胞工程和制造中的最新进展及其应用潜力 | 强调机械信号作为关键工具增强或替代传统可溶性因子的创新理念 | 当前制造路线在生产效率、安全性、监管、成本效益和可扩展性方面存在局限 | 推动细胞工程和制造技术的发展以满足细胞治疗和再生医学需求 | 诱导多能干细胞、嵌合抗原受体T细胞等治疗性细胞 | 合成生物学 | NA | 微纳米技术、生物材料设计、机械限制 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞 | NA | 医学 |
| 64 | 2025-10-05 |
Engineered Bacteria Convert a 3-Bit Binary Code to a 3-Bit Gray Code by Multicellular Artificial-Neural-Network-Type Architecture
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00145
PMID:40333022
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研究论文 | 本研究利用基因工程细菌构建了能够将3位二进制码转换为3位格雷码的单层人工神经网络 | 首次在基因工程细菌中实现人工神经网络架构,完成二进制码到格雷码的转换功能 | 仅实现3位码转换,系统复杂度有限,处于技术发展初期阶段 | 开发基于基因工程细胞的神经形态计算系统 | 基因工程细菌群体构建的人工神经网络 | 合成生物学 | NA | 基因工程技术 | 人工神经网络(ANN) | 化学信号输入,荧光蛋白输出 | 五个工程化细菌群体 | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 细菌 | 单层人工神经网络架构,逻辑转换电路 | 生物计算机技术 |
| 65 | 2025-10-05 |
CELLM: Bridging Natural Language Processing and Synthetic Genetic Circuit Design with AI
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00391
PMID:40905372
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研究论文 | 本研究开发了一个结合Cello软件与大语言模型的集成系统,能够通过自然语言指令创建、分析和优化遗传电路 | 首个将语言模型与合成生物学设计工具Cello集成的系统,实现了自然语言到功能性生物设计的转化 | NA | 通过AI技术降低遗传电路设计的复杂性,提高合成生物学的可及性和效率 | 遗传电路设计系统 | 自然语言处理, 合成生物学 | NA | 自然语言处理, 遗传电路设计 | 大语言模型(DeepSeek-R1, Phi-4) | 文本 | NA | Cello v2.1 | NA | 遗传电路设计与优化 | 合成生物学, 生物技术 |
| 66 | 2025-10-05 |
Intelligent Design of Escherichia coli Terminators by Coupling Prediction and Generation Models
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00429
PMID:40905909
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研究论文 | 本研究通过结合预测模型和生成模型实现了大肠杆菌终止子的智能设计 | 首次将序列特征与热力学特征结合构建终止子强度预测模型,并应用生成对抗网络(GAN)生成可靠的终止子序列 | 预测模型性能仍有提升空间(R²=0.72),实验验证样本量较小(18个终止子) | 开发计算工具准确预测和设计终止子序列,提高基因电路设计的精确度 | 大肠杆菌内在终止子 | 合成生物学 | NA | 机器学习,生成对抗网络(GAN) | GAN,机器学习模型 | DNA序列数据 | 18个实验验证的终止子 | NA | 大肠杆菌 | 基因电路中的终止子元件设计 | 工业生物技术 |
| 67 | 2025-10-05 |
Genome-Wide Simplification of the AcMNPV Genome Using Synthetic Biology
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00156
PMID:40910264
|
研究论文 | 本研究利用合成生物学方法对AcMNPV病毒基因组进行系统性简化,获得了能够产生芽生病毒的简化功能基因组 | 开发了通过共转染线性化基因组片段快速拯救病毒的策略,加速了基因组删除的迭代评估,获得了删除28kb非必需基因的最小功能基因组 | NA | 实现杆状病毒基因组的大规模简化,为开发高容量杆状病毒载体奠定基础 | 苜蓿银纹夜蛾多核多角体病毒(AcMNPV)基因组 | 合成生物学 | NA | 合成生物学设计-构建-测试-学习框架,基因组简化策略 | NA | 基因组数据 | 合成了35个不同大小的简化基因组 | Gibson Assembly | 昆虫细胞 | 基因组简化设计,删除非必需基因区域 | 工业生物技术 |
| 68 | 2025-10-05 |
Engineering Noncanonical Cofactors To Expand Cellular Functions
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00473
PMID:40923492
|
综述 | 探讨利用非经典辅因子扩展细胞功能的方法与前景 | 提出通过非经典辅因子隔离代谢途径的创新策略,突破传统共因子共享的热力学限制 | NA | 研究非经典辅因子在合成生物学中的应用潜力 | 非经典辅因子及其依赖酶 | 合成生物学 | NA | 异源酶反应、代谢工程 | NA | NA | NA | NA | NA | 隔离代谢途径、非经典辅因子依赖型生物传感器 | 工业生物技术、医药 |
| 69 | 2025-10-05 |
Engineering of a Complex of the DNase Domain of Colicin E9 with the Immunity Protein Im9 Activated by the Protease pS273R of African Swine Fever Virus
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00398
PMID:40925015
|
研究论文 | 设计了一种由非洲猪瘟病毒蛋白酶激活的DNase E9/Im9-1.4复合物蛋白开关 | 开发了首个通过ASFV蛋白酶特异性激活的DNA酶杀伤开关系统 | 目前仅完成体外验证,尚未进行体内动物实验 | 开发针对非洲猪瘟病毒的新型抗病毒策略 | 非洲猪瘟病毒蛋白酶pS273R及其底物复合物 | 合成生物学 | 非洲猪瘟 | 蛋白质工程、蛋白酶切分析、体外酶活检测 | NA | 蛋白质活性数据 | 多个Im9变体构建及优化 | 蛋白质工程 | NA | 病毒蛋白酶激活的DNA酶杀伤开关 | 医学,农业 |
| 70 | 2025-10-05 |
Innovations in Yeast Synthetic Biology: Engineered Discovery Systems for Immunotherapy
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00321
PMID:40802971
|
综述 | 本文综述酵母合成生物学平台在免疫治疗蛋白发现中的创新应用 | 整合高通量表面展示技术、自动化进化系统和计算设计策略,建立新型设计-构建-测试-学习工作流程 | NA | 探讨酵母合成生物学平台在免疫治疗蛋白发现中的应用 | 酵母表面展示的蛋白质(如纳米抗体)和免疫受体(如GPCRs、TCRs)的潜在抗原 | 合成生物学 | NA | 高通量表面展示技术、自动化进化系统、计算设计策略 | NA | NA | NA | OrthoRep | 酵母 | 蛋白质表面展示系统、免疫受体筛选平台 | 医药 |
| 71 | 2025-10-05 |
Unraveling the Constrained Cell Growth in Engineered Living Materials
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00378
PMID:40808544
|
研究论文 | 本研究探讨了工程活性材料中空间限制对蓝藻细胞生长和功能的动态影响 | 揭示了封装细胞在受限空间中异常高活性氧水平和受损光合作用的新现象,阐明了细胞生长与空间限制的动态相互作用 | 主要关注蓝藻类工程活性材料,其他微生物系统的普适性有待验证 | 探究空间限制对工程活性材料中细胞行为的影响机制 | 封装在工程活性材料中的工程改造蓝藻 | 合成生物学 | NA | 细胞封装技术、光合作用分析、活性氧检测 | NA | 生长动态数据、生理指标数据、形态观察数据 | NA | 合成生物学工具 | 蓝藻 | 定制化产物合成途径 | 材料科学, 工业生物技术 |
| 72 | 2025-10-05 |
Multiplexed Genome Editing and Transcriptional Knockdown in Yarrowia lipolytica by CRISPR-Cpf1 and an Orthogonal T7 System
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00104
PMID:40810600
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研究论文 | 本研究开发了一种结合CRISPR-Cpf1和正交T7系统的工具包,用于解脂耶氏酵母的多重基因组编辑和转录敲低 | 首次在解脂耶氏酵母中结合CRISPR-AsCpf1与正交T7系统,实现高达四基因的多重编辑和高效转录敲低 | 同源定向重组效率仅观察到轻微改善,工具在解脂耶氏酵母中的应用仍不如面包酵母成熟 | 开发解脂耶氏酵母的高效基因工程工具 | 解脂耶氏酵母的基因组编辑和转录调控 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cpf1, T7转录系统, 同源定向重组 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, T7系统 | 解脂耶氏酵母 | 多重基因组编辑系统, 转录敲低系统 | 工业生物技术 |
| 73 | 2025-10-05 |
Bioengineering of Probiotic Yeast Saccharomyces boulardii for Advanced Biotherapeutics
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00236
PMID:40811432
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综述 | 本文综述了布拉酵母菌在基因修饰、代谢工程和合成生物学策略方面的最新进展,重点介绍其作为工程化活体生物治疗平台的潜力 | 首次系统整合了布拉酵母菌在基因改造、代谢工程和合成生物学领域的治疗应用进展,区别于以往侧重临床应用和安全性的综述 | NA | 探讨布拉酵母菌作为工程化活体生物治疗平台和微生物组疗法的发展前景 | 布拉酵母菌(Saccharomyces boulardii) | 合成生物学 | NA | 基因修饰、代谢工程、合成生物学策略 | NA | NA | NA | NA | 布拉酵母菌(Saccharomyces boulardii) | 疾病响应型生物传感器、生物防护菌株设计 | 医学, 食品生物技术 |
| 74 | 2025-10-05 |
Recent Advances in the Biological Synthesis of l-Tyrosine Derivatives by Genetically Engineered Microbes
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00475
PMID:40833382
|
综述 | 本文总结了基因工程微生物生物合成l-酪氨酸衍生物的最新研究进展 | 系统归纳了通过合成生物学策略克服传统生产方法局限性的微生物发酵合成途径 | NA | 提高l-酪氨酸衍生物的微生物合成效率 | 酪醇、左旋多巴、对香豆酸及相关l-酪氨酸衍生物 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、酶修饰、菌种选育 | NA | NA | NA | NA | 多种微生物 | 代谢通路工程 | 食品,化妆品,制药 |
| 75 | 2025-10-05 |
Progress in the Synthesis of Sterols and Related Natural Products by Manipulating the Ergosterol Biosynthetic Pathway in Saccharomyces cerevisiae
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00438
PMID:40859817
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综述 | 本文系统评述了通过代谢工程改造酿酒酵母麦角固醇合成途径生产甾醇及相关天然产物的研究进展 | 通过整合异源途径和系统增强代谢通量,实现了多种高价值甾体化合物的从头合成 | NA | 探讨利用酿酒酵母作为微生物底盘合成甾醇及相关天然产物的代谢工程策略 | 酿酒酵母的麦角固醇生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 代谢工程 | NA | NA | NA | NA | 酿酒酵母 | 麦角固醇生物合成途径 | 农业, 制药工业 |
| 76 | 2025-10-05 |
Microbial therapeutics for cancer: emerging strategies and biomedical applications
2025-Sep-18, Chemical communications (Cambridge, England)
DOI:10.1039/d5cc03618f
PMID:40891348
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综述 | 系统阐述工程化微生物在癌症治疗中的设计策略、功能优化及生物医学应用 | 整合合成生物学与纳米技术实现微生物的精准药物递送和时空调控功能 | 临床转化面临挑战,需要跨学科整合 | 开发基于工程微生物的下一代癌症治疗方法 | 工程化微生物及其在肿瘤治疗中的应用 | 合成生物学 | 癌症 | 基因编辑、表面修饰 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物 | 药物释放系统、免疫调节回路 | 医学 |
| 77 | 2025-10-05 |
Pathway crosstalk enables degradation of aromatic compounds in marine Roseobacter clade bacteria
2025-Sep-17, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00978-25
PMID:40793766
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研究论文 | 本研究解析了海洋玫瑰杆菌类群细菌中芳香族化合物的完整降解途径,发现了不同代谢途径间的交叉作用 | 发现了芳香化合物降解途径与β-氧化途径在最终硫醇化步骤的交叉作用,建立了新型海洋平台用于系统水平研究和生物勘探 | NA | 解析海洋细菌中芳香化合物的降解途径,为生物修复和生物碳循环利用提供基础 | 海洋玫瑰杆菌类群细菌及其芳香化合物降解代谢途径 | 合成生物学 | NA | 多组学分析,CRISPR-Cas基因组编辑 | NA | 基因组数据,代谢组数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 海洋玫瑰杆菌类群细菌 | 芳香化合物降解途径,β-酮己二酸途径,β-氧化途径 | 环境,工业生物技术 |
| 78 | 2025-10-05 |
Probiotic Bacteria as Therapeutics and Biohybrid Drug Carriers: Advances, Design Strategies, and Future Outlook
2025-Sep-15, ACS applied bio materials
IF:4.6Q2
DOI:10.1021/acsabm.5c00959
PMID:40888536
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综述 | 探讨益生菌作为药物递送平台的多样化策略及其在精准医疗中的应用前景 | 系统整合了益生菌作为生物杂交药物载体的多种工程化策略(包括细菌幽灵、外膜囊泡等),并重点探讨了与纳米颗粒系统的整合方法 | NA | 分析益生菌在靶向药物递送领域的最新进展和未来发展方向 | 益生菌及其工程化衍生物(细菌幽灵、外膜囊泡、孢子等) | 合成生物学 | 癌症, 胃肠道疾病 | 基因工程, 纳米技术, 合成生物学 | NA | NA | NA | 质粒表达, 基因组整合 | 益生菌 | 靶向治疗系统, 免疫调节系统, 刺激响应机制 | 医药 |
| 79 | 2025-10-05 |
Cephalotaxus-Derived Homoharringtonine: Biosynthesis, Mechanism of Action, and Role in Modern Cancer Therapy
2025-Sep, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.70122
PMID:40970823
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综述 | 本文系统评述三尖杉属植物来源的高三尖杉酯碱的生物合成、作用机制及其在现代癌症治疗中的应用 | 首次全面评估三尖杉生物碱在实体瘤中的未充分研究机制,并探讨合成生物学和精准医疗等创新策略 | 存在化学复杂性、监管障碍和毒性特征等挑战,相关代谢物的生物活性知识仍存在空白 | 探讨三尖杉生物碱作为抗癌药物的潜力及其在精准肿瘤学中的应用 | 三尖杉属植物及其生物活性代谢物(特别是高三尖杉酯碱) | NA | 白血病, 实体瘤 | 合成生物学, 先进药物递送系统 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 80 | 2025-10-05 |
Using transcription and translation regulators to improve recombinant protein expression in CHO cells
2025-Sep-18, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2025160
PMID:40963405
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综述 | 总结通过转录和翻译调控因子提高CHO细胞中重组治疗蛋白表达的策略 | 系统整合转录因子工程与翻译调控策略,结合合成生物学和基因组学新进展优化蛋白表达 | NA | 提高CHO细胞中重组治疗蛋白的表达水平和质量 | 中国仓鼠卵巢(CHO)细胞和重组治疗蛋白(RTPs) | 合成生物学 | NA | 转录因子工程、翻译调控 | NA | NA | NA | 合成生物学方法 | CHO细胞 | 定制转录因子和启动子设计 | 医药 |