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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-10-05 |
Engineering Nicotinamide Adenine Dinucleotide Oxidase for Regeneration of Oxidized Non-natural Cofactor
2025-Sep-12, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.202500254
PMID:40400447
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研究论文 | 本研究通过工程化改造NADH氧化酶,实现了非天然辅因子NCDH向NCD的高效转化 | 首次开发了能够高效氧化非天然辅因子NCDH的工程化酶,解决了氧化反应中NCD生成的技术瓶颈 | NA | 开发非天然辅因子NCD的再生工具,拓展合成生物学中氧化还原反应的应用能力 | NADH氧化酶及其突变体、非天然辅因子NCD/NCDH | 合成生物学 | NA | 酶工程、分子对接分析 | NA | 酶活性数据、分子对接模拟数据 | NA | 酶定向进化 | 大肠杆菌Escherichia coli BW14329 | NCDH氧化再生系统,与磷酸脱氢酶偶联的代谢通路 | 工业生物技术, 化学生物学 |
| 82 | 2025-10-05 |
Engineering and Functional Expression of the Type III Secretion System in Xenorhabdus: Enhancing Insecticidal Efficacy and Expanding T3SE Libraries
2025-Sep-24, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c08269
PMID:40928961
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研究论文 | 本研究通过合成生物学方法在昆虫病原线虫共生细菌中构建并功能表达了III型分泌系统,显著增强了其杀虫效果 | 首次使用Red/ET重组工程技术克隆完整32-kb T3SS基因簇并在T3SS缺陷菌株中实现功能性表达,发现新型效应蛋白XopA | 研究主要基于实验室模型,尚未在真实田间环境中验证工程菌株的实际应用效果 | 通过合成生物学方法增强昆虫病原细菌的杀虫能力并扩展T3SS效应蛋白库 | 昆虫病原线虫共生细菌Xenorhabdus spp.及其III型分泌系统 | 合成生物学 | 昆虫病害控制 | Red/ET重组工程, 基因克隆, 异源表达 | NA | 分子生物学数据, 细胞实验数据, 生物测定数据 | CF-203细胞系和昆虫模型 | Red/ET recombineering | Xenorhabdus | 完整的32-kb III型分泌系统基因簇,包含新型效应蛋白XopA的递送机制 | 农业, 生物防治 |
| 83 | 2025-10-05 |
Microbial mineralization for remediating heavy metal-contaminated groundwater: mechanisms, applications, advances, and perspectives
2025-Sep-23, Environmental geochemistry and health
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10653-025-02753-w
PMID:40986195
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综述 | 本文系统综述了微生物矿化修复重金属污染地下水的机制、应用、进展与前景 | 结合文献计量学分析与工程案例,阐明了碳酸盐、硫化物和磷酸盐矿物形成驱动重金属固定的机制,并识别了当前研究前沿 | 极端环境中微生物活性受抑制,复杂污染系统处理效率低,矿化产物长期稳定性监测不足 | 探讨微生物矿化修复重金属污染地下水的机制与应用 | 重金属污染地下水及参与矿化修复的微生物 | 环境生物技术 | NA | 微生物矿化,文献计量分析 | NA | 文献数据,工程案例 | NA | 合成生物学 | NA | NA | 环境 |
| 84 | 2025-10-05 |
CloneFast: A simple plasmid design and construction guide for labs venturing into synthetic biology
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104025
PMID:40773353
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研究论文 | 介绍CloneFast指南,一种简化的质粒设计构建方法 | 采用可重复使用的修饰寡核苷酸(CompetePCR)和快速碘介导切割技术实现高效质粒组装 | NA | 开发简单高效的质粒构建方法 | 质粒设计和构建流程 | 合成生物学 | NA | CompetePCR, 碘介导切割 | NA | NA | NA | CloneFast | NA | 质粒组装 | 工业生物技术 |
| 85 | 2025-10-05 |
Protocol for fabricating a reusable plate-well insert with a 3D-printed mounter and hydrogel scaffolds for 3D cell culture and functional assays
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104014
PMID:40782348
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研究论文 | 介绍了一种用于标准24孔板的可重复使用插入件的制造方案,包含3D打印支架和水凝胶支架 | 开发了结合3D打印支架和水凝胶支架的可重复使用插入件系统,简化水凝胶制备过程并减少批次差异 | NA | 为3D细胞培养和功能分析提供标准化、可重复使用的实验平台 | 细胞培养插入件和水凝胶支架 | 组织工程 | NA | 3D打印、水凝胶合成、冻干、qPCR | NA | NA | NA | 3D打印 | NA | NA | 医学研究、合成生物学 |
| 86 | 2025-10-05 |
Creating a designer cyanobacterial ecosystem for the sustainable production of biomass rich in sun-protecting compounds: mycosporine-like amino acids and scytonemin
2025-Sep-04, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-025-04450-9
PMID:40906293
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综述 | 探讨通过合成生物学方法构建特殊蓝藻生态系统以可持续生产富含紫外线防护化合物生物质的研究 | 提出通过基因和代谢工程优化蓝藻代谢途径的创新生物技术策略,提高紫外线防护化合物的产量 | 蓝藻中有益代谢物浓度通常很低,工业化生产经济可行性不足 | 开发可持续生产富含紫外线防护化合物生物质的蓝藻生态系统 | 蓝藻及其产生的甾醇霉素和类菌孢素氨基酸 | 合成生物学 | NA | 基因工程、代谢工程 | NA | NA | NA | NA | 蓝藻 | 代谢途径优化 | 工业生物技术,材料,医药 |
| 87 | 2025-10-05 |
Multiview Deep Learning Framework for Precise Prediction of Transcription Factor Binding Sites
2025-Sep-22, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.5c01054
PMID:40914877
|
研究论文 | 提出一种多视图深度学习框架MDNet-TFP,用于精确预测转录因子结合位点 | 开发了双向反向互补模块(BiRC-Mamba)和多尺度卷积循环注意力网络(MCRAN),能够有效建模DNA序列的双向特性和多维度特征 | NA | 提高转录因子结合位点预测的准确性 | DNA序列中的转录因子结合位点 | 生物信息学 | NA | ChIP-seq | 多视图深度学习, 双向反向互补模块, 多尺度卷积循环注意力网络 | DNA序列数据 | 165个ChIP-seq数据集(验证集)和690个ChIP-seq数据集(扩展测试集) | NA | NA | NA | 生物医学研究, 合成生物学 |
| 88 | 2025-10-05 |
Evo-Inspired Engineering of Radical Phenotypes and Emergent Traits
2025-Sep-13, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icaf107
PMID:40795044
|
综述 | 探讨如何整合进化生物学见解与合成生物学技术来设计超越自然限制的全新细胞功能 | 提出将进化启示与高通量平台、人工智能工具结合,突破现有性状改造局限,开创合成生物学新前沿 | NA | 推动合成生物学从改造现有性状向设计全新细胞功能发展 | 极端适应表型、人工细胞、基因型-表型关系 | 合成生物学 | NA | 高通量平台、人工智能驱动设计工具 | NA | NA | NA | NA | 非传统模式系统 | 激进表型、涌现性状 | 生物经济 |
| 89 | 2025-10-05 |
DNA Flipping as Facile Mechanism for Transmembrane Signaling in Synthetic Cells
2025-Sep-17, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c09188
PMID:40923324
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研究论文 | 本文报道了一种基于胆固醇修饰单链DNA的跨膜信号传导机制,可在合成细胞中实现高效的内部信号处理和下游转录激活 | 首次发现胆固醇修饰单链DNA能通过成核驱动的缺陷介导过程自发翻转跨越脂质膜,并揭示了该过程由瞬时膜孔主导的机制 | NA | 开发合成细胞中简单可靠的跨膜信号传导机制 | 胆固醇修饰单链DNA和巨型单层脂质体 | 合成生物学 | NA | 荧光显微镜、核酸酶降解实验、膜通透性实验 | NA | NA | NA | NA | 合成细胞/巨型单层脂质体 | DNA翻转介导的信号传导系统,包含跨膜信号输入和内部转录激活的输出通路 | 合成生物学 |
| 90 | 2025-10-05 |
Mechanisms, detection, and impact of horizontal gene transfer in plant functional evolution
2025-Sep-09, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koaf195
PMID:40834228
|
综述 | 探讨水平基因转移在植物功能进化中的机制、检测方法及其影响 | 系统揭示植物界微生物-植物和植物-植物间水平基因转移的普遍性,并提出结合合成生物学与实验进化的未来研究方向 | 依赖现有植物基因组数据,尚未完全揭示水平基因转移的全貌 | 阐明水平基因转移在植物进化中的机制与适应性意义 | 植物界的水平基因转移事件 | 进化生物学 | NA | 系统发育基因组学方法、原位测序 | NA | 基因组序列数据 | 数百个近期测序的植物基因组 | 合成生物学 | 植物 | NA | NA |
| 91 | 2025-10-05 |
The Rise of Mechanobiology for Advanced Cell Engineering and Manufacturing
2025-Sep, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202501640
PMID:40576525
|
综述 | 探讨力学生物学在细胞工程和制造中的最新进展及其应用潜力 | 强调机械信号作为关键工具增强或替代传统可溶性因子的创新理念 | 当前制造路线在生产效率、安全性、监管、成本效益和可扩展性方面存在局限 | 推动细胞工程和制造技术的发展以满足细胞治疗和再生医学需求 | 诱导多能干细胞、嵌合抗原受体T细胞等治疗性细胞 | 合成生物学 | NA | 微纳米技术、生物材料设计、机械限制 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞 | NA | 医学 |
| 92 | 2025-10-05 |
Microbial therapeutics for cancer: emerging strategies and biomedical applications
2025-Sep-18, Chemical communications (Cambridge, England)
DOI:10.1039/d5cc03618f
PMID:40891348
|
综述 | 系统阐述工程化微生物在癌症治疗中的设计策略、功能优化及生物医学应用 | 整合合成生物学与纳米技术实现微生物的精准药物递送和时空调控功能 | 临床转化面临挑战,需要跨学科整合 | 开发基于工程微生物的下一代癌症治疗方法 | 工程化微生物及其在肿瘤治疗中的应用 | 合成生物学 | 癌症 | 基因编辑、表面修饰 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物 | 药物释放系统、免疫调节回路 | 医学 |
| 93 | 2025-10-05 |
Probiotic Bacteria as Therapeutics and Biohybrid Drug Carriers: Advances, Design Strategies, and Future Outlook
2025-Sep-15, ACS applied bio materials
IF:4.6Q2
DOI:10.1021/acsabm.5c00959
PMID:40888536
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综述 | 探讨益生菌作为药物递送平台的多样化策略及其在精准医疗中的应用前景 | 系统整合了益生菌作为生物杂交药物载体的多种工程化策略(包括细菌幽灵、外膜囊泡等),并重点探讨了与纳米颗粒系统的整合方法 | NA | 分析益生菌在靶向药物递送领域的最新进展和未来发展方向 | 益生菌及其工程化衍生物(细菌幽灵、外膜囊泡、孢子等) | 合成生物学 | 癌症, 胃肠道疾病 | 基因工程, 纳米技术, 合成生物学 | NA | NA | NA | 质粒表达, 基因组整合 | 益生菌 | 靶向治疗系统, 免疫调节系统, 刺激响应机制 | 医药 |
| 94 | 2025-10-05 |
Cephalotaxus-Derived Homoharringtonine: Biosynthesis, Mechanism of Action, and Role in Modern Cancer Therapy
2025-Sep, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.70122
PMID:40970823
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综述 | 本文系统评述三尖杉属植物来源的高三尖杉酯碱的生物合成、作用机制及其在现代癌症治疗中的应用 | 首次全面评估三尖杉生物碱在实体瘤中的未充分研究机制,并探讨合成生物学和精准医疗等创新策略 | 存在化学复杂性、监管障碍和毒性特征等挑战,相关代谢物的生物活性知识仍存在空白 | 探讨三尖杉生物碱作为抗癌药物的潜力及其在精准肿瘤学中的应用 | 三尖杉属植物及其生物活性代谢物(特别是高三尖杉酯碱) | NA | 白血病, 实体瘤 | 合成生物学, 先进药物递送系统 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 95 | 2025-10-05 |
Developmental regulatory factors promote the efficiency of crop genetic transformation
2025-Sep, Yi chuan = Hereditas
DOI:10.16288/j.yczz.24-345
PMID:40962472
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综述 | 系统探讨发育调控因子在提高作物遗传转化效率中的应用与前景 | 首次系统梳理发育调控因子在克服遗传转化技术瓶颈中的多重作用机制 | NA | 探讨发育调控因子如何提升作物遗传转化技术的效率和应用范围 | 主要农作物及其遗传转化技术体系 | 农业生物技术 | NA | 农杆菌介导转化、基因枪技术 | NA | NA | NA | NA | 农作物 | NA | 农业 |
| 96 | 2025-10-05 |
Synthetic C1 metabolism in Pseudomonas putida enables strict formatotrophy and methylotrophy via the reductive glycine pathway
2025-Sep-10, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01976-25
PMID:40824035
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研究论文 | 本研究通过代谢工程改造恶臭假单胞菌,使其能够通过还原甘氨酸途径利用甲酸盐和甲醇作为唯一碳源和能源 | 首次在任何假单胞菌物种中实现严格的合成甲酸营养和甲醇营养,通过途径重连和适应性实验室进化实现高效C1同化 | NA | 扩展微生物宿主范围以实现高效C1原料利用,开发碳效率生物制造工艺 | 恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida) | 合成生物学 | NA | 适应性实验室进化(ALE),代谢工程,途径工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 质粒整合, 转座子模块 | 恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida) | 还原甘氨酸途径,甲酸脱氢酶途径,甲醇脱氢酶途径 | 工业生物技术, 环境 |
| 97 | 2025-10-05 |
Engineering chimeric polyhydroxyalkanoate synthases for enhanced copolymerization of poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyhexanoate): A promising biotechnological approach
2025-Sep-10, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2025.133307
PMID:40939657
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研究论文 | 通过交换PHA合酶的N端结构域构建嵌合酶,提高聚羟基脂肪酸酯共聚物中3-羟基己酸酯的掺入效率并优化颗粒形态 | 通过结构域交换构建嵌合PHA合酶,解决了传统嵌合酶设计中的β链干扰问题,实现了3HHx掺入量和颗粒形态的同步优化 | NA | 开发高性能生物可降解塑料的合成生物学策略 | 聚羟基脂肪酸酯合酶(PhaCs) | 合成生物学 | NA | 结构预测、嵌合酶构建 | NA | NA | NA | 结构域交换 | NA | 嵌合酶设计 | 材料, 工业生物技术 |
| 98 | 2025-10-05 |
DNA Vaccines in the Post-mRNA Era: Engineering, Applications, and Emerging Innovations
2025-Sep-07, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26178716
PMID:40943636
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综述 | 本文全面探讨DNA疫苗在mRNA疫苗时代的技术进展、工程原理、临床应用及创新方向 | 系统阐述DNA疫苗通过合成基因电路、自扩增DNA和DNA编码单克隆抗体等技术实现的免疫原性突破 | NA | 评估DNA疫苗在精准免疫治疗中的技术优势和发展路线 | DNA疫苗技术平台及其临床应用 | 合成生物学 | 传染病、癌症、免疫介导疾病 | 合成基因电路、自扩增DNA、DNA编码单克隆抗体、电穿孔、冻干技术 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 哺乳动物细胞 | 合成基因电路、自扩增DNA系统、DNA编码单克隆抗体表达系统 | 医学 |
| 99 | 2025-10-05 |
Development and Recent Advances in SLIPT-PM: A Chemogenetic Platform for Manipulating Signaling at the Plasma Membrane
2025-Sep-12, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.202500327
PMID:40400158
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综述 | 本文回顾了SLIPT-PM化学遗传平台的发展历程、主要特性及其在细胞信号操控中的应用 | 开发了基于自定位配体的蛋白质易位技术,能够可逆且重复地操控细胞内膜信号传导 | NA | 开发用于解析细胞信号网络和工程化细胞功能的化学遗传工具 | 细胞信号蛋白和脂质 | 合成生物学 | NA | SLIPT(自定位配体诱导蛋白易位) | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 哺乳动物细胞, 大肠杆菌 | 蛋白质易位系统,光诱导空间调控蛋白招募,多重信号操控 | 医学 |
| 100 | 2025-10-05 |
Engineering Proteinosomes with Cellular-Like Functionalities
2025-Sep-12, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.202500448
PMID:40810682
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综述 | 本文综述了蛋白质体作为仿生结构在模拟细胞功能方面的研究进展,包括构建方法、功能化策略及其在人工细胞模型和生物医学应用中的潜力 | 详细阐述了通过界面自组装、聚合物膜模板和混合脂质-聚合物系统构建具有可调渗透性、机械稳定性和刺激响应行为的蛋白质体,并强调了其在构建原型组织方面的创新 | NA | 探索蛋白质体作为人工细胞模型的构建方法和功能化策略 | 蛋白质体及其仿生结构 | 合成生物学 | 癌症 | 界面自组装、聚合物膜模板、混合脂质-聚合物系统 | NA | NA | NA | NA | NA | 刺激响应材料、多室结构、原型组织构建 | 医学 |