合成生物学相关文章
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当前共找到 107 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-08-06 |
Kappa(κ)Chip: a modular microfluidic device for analyte screening using parallelized assays and a multiple shear rate approach
2025-10-22, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d5lc00349k
PMID:40878128
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研究论文 | 本文介绍了一种新型微流控芯片κChip，通过并行化设计和多剪切率方法，实现对多种蛋白质粘附性能的高通量筛选。 | κChip芯片采用并行化设计，可从单一输入流同时进行24次粘附测试，大幅减少实验时间和试剂消耗，并首次结合微加工、微流控、材料科学、合成生物学、多物理场模拟和机器学习，实现对生物粘合剂的快速筛选。 | 摘要中未提及明确的局限性。 | 开发一种高通量微流控筛选平台，用于评估蛋白质（如疏水蛋白）对底物的粘附性能，并促进新型生物粘合剂的发现。 | 真菌疏水蛋白经工程化展示在细胞表面，用于评估粘附特性。 | 微流控、合成生物学 | NA | 微流控、细胞粘附测试 | 机器学习模型（具体类型未指定） | 粘附性能数据（图像或定量数据） | 24个并行测试（具体样本数量未说明） | NA | 真菌细胞（用于展示疏水蛋白） | 微流控芯片设计（包括微通道和剪切率控制） | 材料科学、生物医学、海洋防污 |
| 2 | 2026-07-29 |
Harnessing transposable elements for plant functional genomics and genome engineering
2025-10, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2025.03.007
PMID:40240259
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综述 | 全面概述转座因子在植物功能基因组学和基因组工程中的应用 | 系统整合了植物转座因子的功能机制与前沿生物技术应用，为作物育种和植物合成生物学提供新视角 | 未提及具体实验验证或定量比较不同转座子方法的优缺点 | 综述转座因子在植物功能基因组学和基因组工程中的发现、机制与技术应用 | 植物转座因子 | 基因组学 | NA | 功能基因组学、表观遗传调控 | NA | 基因组序列 | NA | NA | 植物 | NA | 农业, 工业生物技术 |
| 3 | 2025-10-05 |
Synthetic Biology and Biomaterials Strategies to Deceive the Tumor Microenvironment in CAR-T Immunotherapy
2025-10, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202506429
PMID:40888234
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综述 | 探讨合成生物学和生物材料在改善CAR-T细胞免疫疗法对抗实体瘤效果中的创新策略 | 将生物材料作为精准递送载体、人工抗原呈递细胞和高通量筛选平台，结合合成生物学电路设计增强CAR-T细胞在肿瘤微环境中的功能 | NA | 通过合成生物学和生物材料技术克服CAR-T细胞在实体瘤治疗中的局限性 | CAR-T细胞免疫疗法和肿瘤微环境 | 合成生物学 | 实体瘤 | NA | NA | NA | NA | NA | T细胞 | 合成生物学电路设计用于增强CAR-T细胞功能 | 医学 |
| 4 | 2026-07-20 |
The biosynthesis and diversity of taxanes: From pathway elucidation to engineering and synthetic biology
2025-10-13, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2025.101460
PMID:40696759
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综述 | 该文章综述了紫杉烷类化合物的生物合成途径、多样性及其在合成生物学和工程化生产方面的研究进展 | 提出了通过人工智能引导的定向进化改造细胞色素P450酶、利用植物或微生物底盘以及基因回路技术来扩大紫杉烷类化合物库和可持续生产的策略 | 论文未提供实验验证，仅为策略性综述，缺乏具体实施结果和实际产率数据 | 阐明紫杉烷类化合物的生物合成途径并开发可持续生产方法 | 紫杉烷类化合物及其生物合成途径中的关键酶，如二萜合酶、细胞色素P450酶、乙酰转移酶和BAHD酰基转移酶 | 合成生物学 | 癌症 | CRISPRi-dCas9基因调控、人工智能引导的定向进化、代谢工程 | NA | NA | NA | CRISPRi-dCas9基因回路、代谢分区化技术 | 本氏烟草、大肠杆菌、酿酒酵母 | 代谢通量调控回路、代谢分区化酶复合体 | 医学 |
| 5 | 2026-07-14 |
Expanding horizons of CRISPR applications beyond genome editing
2025-10, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2025.06.003
PMID:40645879
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综述 | 综述了CRISPR技术在基因组编辑之外的应用扩展，涵盖分子诊断、生物传感、转录调控、分子成像、蛋白质相互作用图谱和单细胞分析等领域 | 系统总结了CRISPR技术从基因组编辑向多领域拓展的最新进展，特别是结合合成生物学、AI和空间组学的交叉应用 | 当前CRISPR技术在临床转化中仍存在脱靶效应、递送效率低和特异性不足等限制，需进一步研究克服 | 全面阐述CRISPR技术在基因组编辑之外的多样化应用及其未来发展方向 | CRISPR-Cas系统及其相关技术（如dCas蛋白、侧切活性等） | 分子生物学、合成生物学 | NA | CRISPR, Cas酶, 侧切活性, 催化失活Cas蛋白, CRISPR引导邻近标记, 单细胞CRISPR筛选 | NA | 核酸、离子、代谢物、蛋白质、空间组学数据 | NA | CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12, CRISPR-Cas13, dCas9, dCas13 | NA | NA | 分子诊断、生物传感、转录调控、分子成像、蛋白质相互作用分析、单细胞分析 |
| 6 | 2026-06-26 |
Ensemble techniques for predictive modeling of leishmanial activity via molecular fingerprints
2025-10-14, BMC medical informatics and decision making
IF:3.3Q2
DOI:10.1186/s12911-025-03041-4
PMID:41088199
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研究论文 | 利用集成学习技术基于分子指纹预测利什曼病活性 | 首次引入集成模型方法用于利什曼病药物发现，结合三种分子指纹算法和多种机器学习模型，实现了83.65%的高精度预测 | 数据集仅来自PubChem数据库，且依赖Alamar Blue法评估，可能限制化合物的多样性；模型尚未经过体外或体内实验验证 | 开发基于机器学习和化学信息学的计算方法，预测化合物抗利什曼原虫前鞭毛体的活性 | 65,057个分子（来自PubChem数据库）以及其抗利什曼原虫活性数据 | 机器学习 | 利什曼病 | 分子指纹编码（Avalon、MACCS Key、Pharmacophore）、Alamar Blue法 | 随机森林、多层感知器、梯度提升、决策树、集成模型 | 分子结构数据（SMILES符号） | 65,057个分子 | NA | NA | NA | 医学 |
| 7 | 2026-06-19 |
Transforming Crowded Coacervates into Multi-Compartmental Hybrid Microreactors for Practical Enzymatic Catalysis
2025-10-20, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202502479
PMID:40884011
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研究论文 | 提出一种基于Pickering乳液的封装方法，将无膜凝聚层转化为多室混合微反应器，用于高效酶催化 | 首次利用Pickering乳液封装法将无膜凝聚层转化为具有层级分隔结构、分子拥挤环境、选择性渗透能力和机械增强稳定性的多室混合微反应器，实现空间有序调控生物和非生物催化反应，显著提升催化活性、热稳定性和长期耐久性 | 未提及限制，但可能涉及方法的普适性和规模化应用挑战 | 设计构建具有组织复杂性、功能多样性和实际应用性的人工原细胞，用于体外合成生物学和生物工程 | 无膜凝聚层（凝聚层室）和混合微反应器 | 合成生物学 | NA | Pickering乳液封装、脂肪酶催化动力学拆分 | NA | 实验数据 | NA | NA | NA | 多室混合微反应器（分级结构、分子拥挤环境、选择性渗透膜） | 医学、工业生物技术 |
| 8 | 2026-06-19 |
From Nano to Quantum: Ethics Through a Lens of Continuity
2025-10-13, Science and engineering ethics
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s11948-025-00557-w
PMID:41082020
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评论 | 文章通过连续性视角审视从纳米科技到量子技术的伦理讨论，强调避免重复造轮子 | 将纳米伦理的经验系统应用于量子技术伦理的早期讨论，提出连续性分析框架而非强调新兴技术的独特性 | NA | 探讨如何借鉴过往新兴科学技术的伦理研究经验，指导量子技术伦理讨论 | 纳米科技伦理讨论与量子技术伦理讨论 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9 | 2026-06-19 |
Topology-Engineered Guide RNAs for Programmable Control of CRISPR/Cas Activity
2025-10-06, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202511756
PMID:40905590
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综述 | 本文综述了拓扑工程引导RNA（TE-gRNA）在实现CRISPR/Cas系统可编程调控中的应用 | 通过设计聚合物、环状和树枝状等拓扑结构，TE-gRNA实现了CRISPR活性的精确空间控制、可逆性和可编程激活，优于传统线性gRNA | TE-gRNA在合成可行性、稳定性及降低脱靶效应方面仍面临挑战，其在大规模应用中表现有待进一步验证 | 探讨拓扑工程引导RNA如何实现对CRISPR/Cas活动的精准时序和条件控制 | 拓扑工程引导RNA（TE-gRNA）及其在CRISPR/Cas系统中的应用 | 合成生物学 | NA | RNA合成 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 功能基因组学, 治疗干预 |
| 10 | 2026-05-30 |
How hard is it to encapsulate life? The general constraints on encapsulation
2025-10-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0297
PMID:41035324
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研究论文 | 探讨封装生物系统所需克服的一般约束条件，包括现代生化系统及通用自催化系统的分析 | 首次系统性地量化封装生物系统的物理约束，包括核糖体速率与细胞大小阈值，并建立通用自催化系统的生长速率边界模型 | 基于地球现代生化系统作为测试案例，未验证该约束是否适用于所有可能的生物系统 | 研究封装生物系统时面临的一般性限制条件及其对生命起源、天体生物学和合成生物学的启示 | 现代生化系统（核糖体与细胞）及通用自催化系统 | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 天体生物学, 生命起源研究 |
| 11 | 2026-05-30 |
Before LUCA: unearthing the chemical roots of metabolism
2025-10-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0292
PMID:41035332
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研究论文 | 通过从LUCA代谢映射到原始反应规则，探讨生命起源中从地球化学向生物化学转变的关键过程，并建立综合建模框架进行假设验证 | 提出利用生成模型将LUCA代谢反应规则映射到原始生命反应，结合热力学、行星条件等因子构建综合建模框架，并首次探讨酶混杂性和代谢可进化性在生命起源中的驱动作用 | 尚未提供实验验证结果，仅停留在理论框架和假设层面，缺乏具体案例的定量分析 | 阐明从非生物化学到早期生命代谢的进化联系，为合成生物学应用提供理论基础 | LUCA（最后普遍共同祖先）的代谢网络与原始生命反应规则 | 系统化学，计算生物学 | NA | 生成模型，代谢反应规则映射，计算建模 | 生成模型 | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 12 | 2026-05-30 |
Towards origins of virtual artificial life: an overview
2025-10-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0298
PMID:41035322
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综述 | 综述虚拟人工生命的起源、定义、检测及工程实现现状 | 从工程视角综合多种生命定义，提出抽象需求、通用设计与具体实现机制的三层框架，并以此审视现有进展 | 尚未有完全满足所有定义要求的虚拟人工生命实例展示 | 探讨虚拟人工生命的定义、检测与起源机制，促进该领域发展 | 虚拟人工生命（计算机内存在） | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2026-05-30 |
Origins of life: the possible and the actual
2025-10-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0281
PMID:41035333
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评论 | 本文综述了生命起源研究中的关键理论框架与实验方法，探讨生命形成的必然性、替代生物化学可能性及从化学系统向信息演化实体的转变 | 跨学科整合了地球化学、统计物理、系统生物学、合成生物学等信息论视角，突出了原细胞系统在能量、物质与信息共演化研究中的核心地位 | 未深入探讨具体实验验证方案或量化模型，主要停留在理论框架与现存挑战的综述层面 | 调查生命起源研究的关键理论框架与实验方法，概述推动该领域发展的未解决挑战 | 生命起源的理论框架、原细胞系统及替代生物化学可能性 | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2026-05-20 |
MOSAIC: A Highly Efficient, One-Step Recombineering Approach to Plasmid Editing and Diversification
2025-10-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00657
PMID:40471122
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研究论文 | 建立一种高效的一步重组工程方法MOSAIC，用于质粒编辑和多样化 | 利用单链DNA退火蛋白CspRecT高效整合DNA寡核苷酸，实现高达90%的单靶点编辑效率，并在单次转化中生成覆盖四个靶区域的组合质粒文库，同时集成基于Nanopore测序的用户友好验证流程 | 未明确说明具体局限性，可能包括对寡核苷酸设计的依赖或某些质粒类型的适用性限制 | 开发一种简单、快速且资源高效的质粒编辑和文库构建方法 | 质粒的定向编辑和组合文库生成 | 合成生物学 | NA | 重组工程，Nanopore测序 | NA | 序列数据 | NA | CspRecT蛋白，重组工程 | 细菌（具体未指定） | 质粒编辑和组合文库构建系统 | 分子生物学，合成生物学 |
| 15 | 2026-05-18 |
Broad-Host-Range Synthetic Biology: Rethinking Microbial Chassis as a Design Variable
2025-10-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00308
PMID:40964802
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述评 | 探讨广宿主范围合成生物学将微生物底盘视为可调设计变量的新视角 | 突破传统局限于少数模式宿主的框架，提出宿主选择作为影响基因回路行为的主动设计参数 | NA | 阐明将微生物底盘从被动平台转变为可调组件的设计原理 | 广宿主范围合成生物学工具与微生物多样性 | 合成生物学 | NA | 模块化载体、宿主无关基因器件 | NA | NA | NA | NA | 多种微生物 | NA | 生物制造, 环境修复, 医疗 |
| 16 | 2026-05-18 |
HinZip: Combining Hin Recombinase and FosW to Mimic HD-Zip Plant Proteins
2025-10-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00386
PMID:40977316
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研究论文 | 设计了一种名为HinZip的嵌合蛋白，通过融合Hin重组酶DNA结合域与FosW亮氨酸拉链，模拟植物HD-Zip转录因子的功能，实现高亲和力和特异性结合DNA序列 | 首次将原核生物的Hin重组酶与真核生物的FosW亮氨酸拉链融合，构建出能模拟植物特异性HD-Zip转录因子功能的嵌合蛋白，无需结构指导即可设计功能性DNA结合蛋白 | 未提供结构指导，且仅在体外和细胞内验证了结合活性，尚未探索其在基因回路调控或治疗应用中的实际效果 | 开发一种能够高特异性和高亲和力结合特定DNA序列的定制化蛋白工具，用于合成生物学和精准治疗 | HinZip嵌合蛋白及其与29碱基对反向回文序列的相互作用 | 合成生物学 | NA | 电泳迁移率变动分析、圆二色谱、动态光散射、细菌单杂交检测 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | HinZip嵌合蛋白设计及其与特异性DNA序列的结合回路 | 合成生物学，医学 |
| 17 | 2026-05-18 |
Structure-Guided Design of Artificial Transcription Factor for a Progesterone Biosensor
2025-10-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00488
PMID:40977514
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研究论文 | 通过结构引导设计了一种响应孕酮的人工转录因子，并构建了全细胞孕酮生物传感器 | 首次将真核生物转录因子组件引入原核生物，通过分子动力学模拟设计人工转录因子ProB，并利用细菌富集策略优化生物传感器性能 | 未明确说明，摘要中无相关描述 | 设计非天然转录因子并构建在孕酮检测中具有高灵敏度和快速响应的生物传感器 | 人工转录因子ProB和孕酮生物传感器 | 合成生物学 | NA | 分子动力学模拟 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | 由QF、配体结合域、连接子及QF组成的人工转录因子ProB，结合合成启动子QT（含QUAS、10 bp间隔区、T7和RBS）控制GFP表达 | 医学 |
| 18 | 2026-05-18 |
Neural CRNs: A Natural Implementation of Learning in Chemical Reaction Networks
2025-10-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00099
PMID:40981009
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研究论文 | 提出一种基于连续时间浓度演化的神经CRN框架，实现化学反应网络中的自然学习 | 通过连续时间动力学模拟神经网络计算，避免离散层架构；仅用单分子和双分子反应实现线性和非线性模型；原生集成一阶梯度近似使非线性模型复杂度随输入维度线性增长 | 未提及实际实验验证，仅通过模拟验证电路设计 | 实现化学反应网络中嵌入式学习行为 | 神经化学反应用网络（Neural CRNs） | 合成生物学 | NA | NA | 神经网络 | NA | NA | NA | NA | 监督学习管道，线性与非线性建模电路，一阶梯度近似 | 生物工程，合成生物学 |
| 19 | 2026-05-18 |
Computational Pipeline for Targeted Integration and Variable Payload Expression in Bacteriophage Engineering
2025-10-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00450
PMID:40982657
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研究论文 | 开发一种基于机器学习的计算管线，用于在噬菌体工程中实现靶向整合和可变有效载荷表达 | 结合机器学习启动子预测工具PhagePromoter，识别具有有利表达谱的基因间位点，实现噬菌体基因组的合理设计和高通量自动化修饰 | 仅在裂性噬菌体K中验证三种位点，未探讨有毒有效载荷或更复杂宿主反应的影响 | 拓展噬菌体工程中可行的基因插入位点，提升个性化噬菌体治疗的开发效率 | 裂性噬菌体K及其基因组中的基因间位点 | 计算生物学 | NA | 同源重组、机器学习启动子预测 | 机器学习（PhagePromoter） | 基因组序列数据 | 三种重组噬菌体（每种携带不同报告基因位点） | 同源重组 | 噬菌体K | 靶向整合电路：将生物发光报告基因插入预测的基因间位点 | 医学 |
| 20 | 2026-05-18 |
Trusted Codon Fingerprint: A Streamlined Platform for Deep and Reversible Bacterial Cell Labeling
2025-10-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00263
PMID:40983931
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研究论文 | 介绍了一种称为信任密码指纹（TCF）的平台，利用同义密码子替换在质粒抗生素抗性基因开放阅读框中嵌入标识信息，实现深度可逆的细菌细胞标记 | 通过抗生素选择和纠错码的双重机制消除验证步骤，实现100%写入效率；利用温度敏感质粒实现循环写入和擦除细胞标签 | 未明确讨论标记系统对细胞生长或代谢的潜在影响 | 开发一种精简、可擦除且高效的细菌细胞标记工具，便于合成生物学中工程菌株的身份管理 | 大肠杆菌工程菌株 | 合成生物学 | NA | 同义密码子替换、长读长测序 | NA | 基因组序列数据 | 数千个克隆 | 温度敏感质粒 | 大肠杆菌 | 信任密码指纹（TCF）标记系统 | 工业生物技术 |