合成生物学相关文章
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当前共找到 103 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-10-24 |
Computational Pipeline for Targeted Integration and Variable Payload Expression in Bacteriophage Engineering
2025-Oct-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00450
PMID:40982657
|
研究论文 | 开发了一种结合计算工具和经典基因组分析的噬菌体工程方法，用于靶向基因组有效载荷整合 | 使用基于机器学习的启动子预测工具PhagePromoter识别具有有利表达特征的基因间位点，建立了计算辅助的工程流程 | 仅在严格裂解性噬菌体K中验证了该方法，尚未在其他噬菌体系统中测试 | 扩展可行的遗传插入位点范围，增强噬菌体的治疗潜力 | 噬菌体基因组和生物发光报告基因 | 机器学习 | NA | 同源重组，启动子预测 | 机器学习模型 | 基因组数据 | 三个重组噬菌体 | 同源重组 | 噬菌体K | 靶向基因组有效载荷整合系统 | 医药 |
| 42 | 2025-10-22 |
HUH endonuclease-mediated DNA-protein conjugates: sequence-specific tools and cellular applications
2025-Oct-21, Chemical communications (Cambridge, England)
DOI:10.1039/d5cc04628a
PMID:41032013
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综述 | 本文综述了HUH内切核酸酶作为自标记蛋白标签在序列特异性共价连接未修饰ssDNA方面的最新进展及其在细胞研究中的应用 | 利用HUH内切核酸酶实现序列特异性、生物正交且生理条件下稳健的DNA-蛋白质共价连接 | NA | 开发基于HUH内切核酸酶的DNA-蛋白质偶联工具及其在细胞研究中的应用 | HUH内切核酸酶及其DNA-蛋白质偶联物 | 合成生物学 | NA | HUH内切核酸酶技术、定向进化 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas | NA | DNA-蛋白质偶联系统 | 医学, 合成生物学 |
| 43 | 2025-10-18 |
HinZip: Combining Hin Recombinase and FosW to Mimic HD-Zip Plant Proteins
2025-Oct-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00386
PMID:40977316
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研究论文 | 本研究设计了一种名为HinZip的新型DNA结合蛋白，通过融合Hin重组酶DNA结合域和FosW亮氨酸拉链来模拟植物HD-Zip转录因子功能 | 首次成功将不相关的蛋白质模块（Hin重组酶DNA结合域和FosW亮氨酸拉链）整合设计出功能性的'融合蛋白'，能够高亲和力特异性结合24+碱基对的DNA序列 | 缺乏结构指导的蛋白质设计方法，可能限制设计的精确性和效率 | 开发定制化DNA结合蛋白用于合成生物学和疾病治疗应用 | HinZip融合蛋白及其DNA结合特性 | 合成生物学 | NA | 电泳迁移率变动分析、圆二色谱、动态光散射、细菌单杂交实验 | NA | 蛋白质-DNA相互作用数据、光谱数据 | NA | 蛋白质工程 | 细菌（用于单杂交实验） | DNA结合蛋白设计，模拟HD-Zip转录因子的DNA识别和二聚化功能 | 医学, 合成生物学 |
| 44 | 2025-10-18 |
Structure-Guided Design of Artificial Transcription Factor for a Progesterone Biosensor
2025-Oct-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00488
PMID:40977514
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研究论文 | 通过结构引导设计人工转录因子开发孕酮生物传感器 | 将真核生物转录因子逆向转移到原核生物，并通过MD模拟和连接子优化设计人工转录因子ProB | NA | 开发高灵敏度的孕酮生物传感器 | 人工转录因子ProB及其在合成启动子QT上的作用 | 合成生物学 | NA | MD模拟、细菌富集策略 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | 由QF、配体结合域、连接子和QF组装的人工转录因子ProB，作用于由QUAS、10-bp间隔区、T7和RBS组成的合成启动子QT | 医学 |
| 45 | 2025-10-18 |
Neural CRNs: A Natural Implementation of Learning in Chemical Reaction Networks
2025-Oct-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00099
PMID:40981009
|
研究论文 | 提出了一种基于化学动力学连续时间演化的神经网络计算方法，可实现合成生化系统中的自主学习 | 将神经网络计算建模为分子浓度的连续时间演化，与化学动力学计算自然契合，实现了仅需两个顺序阶段的端到端监督学习流程 | NA | 开发能够在合成生化系统中实现自主学习行为的分子电路 | 化学反应网络和分子电路 | 合成生物学 | NA | 化学动力学模拟 | 连续时间神经网络 | 分子浓度数据 | NA | NA | NA | 使用单分子和双分子反应实现线性和非线性建模电路 | 生物工程, 合成生物学 |
| 46 | 2025-10-18 |
Trusted Codon Fingerprint: A Streamlined Platform for Deep and Reversible Bacterial Cell Labeling
2025-Oct-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00263
PMID:40983931
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研究论文 | 开发了一种名为可信密码子指纹(TCF)的平台，通过同义密码子替换在质粒抗生素抗性基因中集成识别信息，实现细菌细胞的深度可逆标记 | 利用同义密码子替换在抗生素抗性基因中建立独特密码子指纹，结合抗生素选择和纠错码实现无需验证步骤的高效细胞标记 | NA | 开发高效精确的合成生物学细胞标记和识别平台 | 工程化细菌细胞 | 合成生物学 | NA | 长读长测序，同义密码子替换 | NA | 基因组测序数据 | 数千个克隆 | 温度敏感质粒，基因组修饰 | 细菌 | 密码子指纹标记系统，可逆细胞标签 | 工业生物技术 |
| 47 | 2025-10-18 |
Programmable Biointerfaces and Adaptive Functionality in Next-Generation Green Nanomaterials
2025-Oct-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00620
PMID:40999683
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综述 | 探讨合成生物学、DNA纳米技术、人工智能和先进制造等融合创新如何推动具有环境响应功能的可编程纳米材料发展 | 将生物相容性从静态属性重新定义为动态可编程特性，实现纳米材料像复杂生物实体一样自主响应生物信号 | 在稳定性、灵敏度和制造可扩展性方面仍存在重大挑战 | 开发具有动态生物界面和自适应功能的下一代绿色纳米材料 | 可编程纳米材料及其生物界面 | 纳米医学 | NA | 无细胞合成生物学、DNA纳米技术、代谢工程、4D生物打印 | 机器学习 | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 工程微生物系统 | 遗传电路驱动响应、刺激响应结构、分子计算、逻辑运算 | 医学 |
| 48 | 2025-10-18 |
A Decade of SBOL Visual: Growing Adoption of a Diagram Standard for Engineering Biology
2025-Oct-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00417
PMID:41016059
|
综述 | 回顾SBOL Visual标准在过去十年中的发展历程及其在合成生物学领域的应用 | 首次系统总结SBOL Visual标准从21个简单符号发展为完整图解语言的演进过程 | 尚未实现完全合规性和最佳实践的普遍采用 | 分析SBOL Visual标准的采用趋势和发展历程 | SBOL Visual标准及其在合成生物学中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 图解数据 | NA | SBOL Visual | NA | 遗传设计图解表示标准 | 工业生物技术 |
| 49 | 2025-10-18 |
Accelerated design of Escherichia coli reduced genomes using a whole-cell model and machine learning
2025-Oct-15, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101392
PMID:40997797
|
研究论文 | 本研究结合全细胞模型和机器学习加速大肠杆菌简化基因组的设计 | 使用机器学习代理模型将全细胞模型的计算时间减少95%，并成功设计出移除40%基因的简化大肠杆菌基因组 | 全细胞模型运行时间较长是主要限制因素 | 开发加速基因组设计的计算方法 | 大肠杆菌基因组 | 合成生物学 | NA | 全细胞建模、机器学习 | 机器学习代理模型 | 计算模拟数据 | NA | NA | 大肠杆菌 | 简化基因组设计 | 工业生物技术 |
| 50 | 2025-10-18 |
Biochemical and structural characterization of chlorite dismutase enzyme from Pseudomonas aeruginosa
2025-Oct, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.70151
PMID:40458033
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研究论文 | 本研究对铜绿假单胞菌的氯酸歧化酶进行了克隆、生化和结构表征 | 首次报道了二聚体氯酸歧化酶在原子分辨率(0.99Å)下的晶体结构，并对其催化机制提供了新见解 | NA | 表征铜绿假单胞菌氯酸歧化酶的生化特性和结构特征 | 铜绿假单胞菌的氯酸歧化酶 | 结构生物学 | NA | X射线晶体学、稳态动力学 | NA | 结构数据、动力学数据 | NA | 克隆 | 铜绿假单胞菌 | NA | 环境、生物医学、合成生物学 |
| 51 | 2025-10-12 |
A Photonastic Prototissue Capable of Photo-Mechano-Chemical Transduction
2025-Oct, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202502830
PMID:40350988
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研究论文 | 本研究通过自下而上的化学方法构建了具有光-力-化学转导能力的光敏原型组织 | 开发了包含金纳米颗粒光热转导原型细胞器和热响应聚合物原型皮层的先进原型细胞单元，首次实现了原型组织的光诱导可逆收缩与复杂运动 | NA | 构建能够模拟生物组织复杂能量转导过程的原型组织系统 | 原型细胞、原型组织、金纳米颗粒、热响应聚合物 | 合成生物学 | NA | 自下而上组装、光热转导 | NA | NA | NA | NA | NA | 光-力-化学转导系统，能够通过光控机械运动可逆开关内化酶代谢 | 材料科学、工业生物技术 |
| 52 | 2025-10-12 |
RNAtranslator: Modeling protein-conditional RNA design as sequence-to-sequence natural language translation
2025-Oct, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013541
PMID:41042819
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研究论文 | 提出RNAtranslator模型，将蛋白质条件性RNA设计建模为序列到序列的自然语言翻译问题 | 首次将蛋白质条件性RNA设计构建为序列到序列的自然语言翻译问题，无需后生成优化即可直接生成结合RNA序列 | NA | 开发能够为任意蛋白质靶标设计选择性结合RNA序列的计算方法 | 蛋白质-RNA相互作用 | 自然语言处理 | NA | 生成语言模型 | 序列到序列模型 | RNA和蛋白质序列数据 | NA | NA | NA | NA | 医学, 合成生物学 |
| 53 | 2025-10-11 |
Building climate-resilient crops: genetic, environmental, and technological strategies for heat and drought stress tolerance
2025-Oct-09, Journal of experimental botany
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/jxb/eraf111
PMID:40062368
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综述 | 探讨通过遗传、环境和技术策略构建耐热耐旱作物的综合方法 | 强调将基础研究与实际农业环境相结合，并评估新兴技术对作物抗逆性的提升潜力 | 现有育种计划受限于耐受机制的复杂性和农业环境的多变性 | 开发应对气候变化的热旱胁迫耐受型作物 | 小麦、水稻、大豆、玉米等主要粮食作物 | 农业生物技术 | NA | 合成生物学、先进育种技术、高通量表型分析 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 54 | 2025-10-11 |
Flippase-Mediated Hybrid Vesicle Division
2025-Oct, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202504519
PMID:40613217
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研究论文 | 本研究在聚合物-脂质杂化囊泡中重构活性脂质翻转酶，实现了蛋白质介导的囊泡分裂 | 首次在杂化囊泡中重构Drs2p-Cdc50p脂质翻转酶，通过诱导跨膜不对称性实现合成系统的分裂能力 | 仅验证了特定组成和浓度的杂化囊泡系统，尚未实现完全自复制的功能单元 | 在自下而上的合成生物学中构建具有蛋白质介导分裂能力的合成系统 | 聚合物-脂质杂化囊泡和Drs2p-Cdc50p脂质翻转酶复合物 | 合成生物学 | NA | 脂质翻转酶重构技术、杂化囊泡组装技术 | NA | 实验数据 | 使用不同摩尔百分比(1或2.5 mol%)的两亲性嵌段共聚物和多种疏水嵌段组合的杂化囊泡系统 | NA | NA | 基于脂质翻转酶的跨膜不对称性诱导系统，通过改变双层自发曲率实现囊泡收缩和分裂 | 合成生物学、基础研究 |
| 55 | 2025-10-10 |
Population-level bistability in Pseudomonas aeruginosa quorum sensing
2025-Oct-08, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01713-25
PMID:40928267
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研究论文 | 本研究通过实验证明了铜绿假单胞菌群体感应系统在群体水平上具有双稳态特性 | 首次实验证实天然群体感应系统具有群体水平的双稳态和滞后特性 | 仅研究了铜绿假单胞菌的LasI/LasR系统及部分QS控制基因 | 验证群体感应系统是否作为基因表达开关在群体水平同步响应 | 铜绿假单胞菌的LasI/LasR群体感应系统 | 合成生物学 | 机会性感染 | 单细胞水平表达测量、数学建模 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 铜绿假单胞菌 | 正自调控信号合酶基因回路、双稳态开关 | 医学、合成生物学 |
| 56 | 2025-10-10 |
Expanding horizons of CRISPR applications beyond genome editing
2025-Oct, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2025.06.003
PMID:40645879
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综述 | 本文系统综述了CRISPR技术在基因组编辑以外的多样化应用及其未来发展前景 | 全面总结了CRISPR技术在分子诊断、生物传感、转录调控等非编辑领域的创新应用 | NA | 探讨CRISPR技术超越基因组编辑的多元化应用场景 | CRISPR-Cas系统及其衍生技术 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas技术, 单细胞分析, 空间组学, 微流控 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 生物传感器, 合成生物学组件 | 医学诊断, 生物技术, 分子成像 |
| 57 | 2025-10-06 |
Design principles of gene circuits for longevity
2025-Oct, Trends in cell biology
IF:13.0Q1
DOI:10.1016/j.tcb.2025.02.006
PMID:40082090
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综述 | 探讨影响寿命的基因回路设计原则，重点关注反馈回路在维持细胞稳态中的作用 | 从基因回路层面系统分析衰老机制，提出通过工程化稳定固定点或振荡来延长寿命的合成生物学策略 | 主要基于酵母模型的研究，在高等生物中的适用性需要进一步验证 | 揭示基因回路在衰老过程中的调控机制并探索延长寿命的工程化方法 | 基因调控网络和反馈回路，特别是酵母中的SIR2-HAP回路 | 合成生物学 | 衰老相关疾病 | 系统生物学、合成生物学方法 | NA | NA | NA | NA | 酵母 | 反馈回路、相互抑制通路、稳定固定点、振荡电路 | 医学 |
| 58 | 2025-10-05 |
AI-directed gene fusing prolongs the evolutionary half-life of synthetic gene circuits
2025-Oct-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adx0796
PMID:41032600
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研究论文 | 提出一种名为STABLES的基因融合策略，通过机器学习优化基因配对和连接设计，显著提高合成基因电路的进化稳定性 | 开发了结合机器学习预测的基因融合策略，通过将目的基因与必需内源基因连接并在中间插入“渗漏”终止密码子，同时实现选择压力和高表达 | NA | 解决合成生物学中异源基因表达随时间丢失的进化不稳定性问题 | 合成基因电路、荧光蛋白、人胰岛素原 | 合成生物学 | NA | 机器学习、生物信息学分析、生物物理特征分析 | 机器学习框架 | 生物信息学数据、生物物理特征数据 | NA | 基因融合技术 | 大肠杆菌 | 基因融合电路，包含目的基因、必需内源基因和中间渗漏终止密码子 | 工业生物技术,合成生物学 |
| 59 | 2025-10-05 |
The mechanism of thioamide formation by the YcfA-YcfC system in 6-thioguanine biosynthesis
2025-Oct-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63937-7
PMID:41044055
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研究论文 | 本研究揭示了YcfA-YcfC系统在6-硫代鸟嘌呤生物合成中形成硫酰胺键的分子机制 | 首次通过生化与结构生物学方法阐明了YcfA的七聚体组装机制及其与GTP和PLP的相互作用，并成功合成具有抗菌活性的硒代类似物 | 未在完整细胞环境中验证该系统的功能，且对YcfC的具体催化机制仍需进一步研究 | 阐明6-硫代鸟嘌呤生物合成中关键硫酰胺基团形成的分子机制 | YcfA-YcfC酶系统及其在6-硫代鸟嘌呤生物合成中的作用 | 结构生物学与生物化学 | 儿童急性淋巴细胞白血病 | 晶体结构解析、冷冻电镜(cryo-EM)、功能分析、多组学分析 | NA | 结构数据、生化数据、组学数据 | NA | NA | NA | NA | 药物开发、合成生物学 |
| 60 | 2025-10-05 |
How hard is it to encapsulate life? The general constraints on encapsulation
2025-Oct-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0297
PMID:41035324
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研究论文 | 本文探讨了生命系统封装面临的一般性约束条件 | 通过分析现存生物化学系统和通用自催化系统，揭示了封装生命系统的速率和体积分数限制 | 基于地球现有生物系统的分析可能不具普适性 | 研究生命系统封装的基本约束条件 | 地球现存生物化学系统、通用自催化系统 | 合成生物学 | NA | 理论建模 | NA | 理论分析 | NA | NA | NA | NA | 生命起源研究, 天体生物学, 合成生物学 |