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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-10-05 |
How hard is it to encapsulate life? The general constraints on encapsulation
2025-Oct-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0297
PMID:41035324
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研究论文 | 本文探讨了生命系统封装面临的一般性约束条件 | 通过分析现存生物化学系统和通用自催化系统,揭示了封装生命系统的速率和体积分数限制 | 基于地球现有生物系统的分析可能不具普适性 | 研究生命系统封装的基本约束条件 | 地球现存生物化学系统、通用自催化系统 | 合成生物学 | NA | 理论建模 | NA | 理论分析 | NA | NA | NA | NA | 生命起源研究, 天体生物学, 合成生物学 |
| 62 | 2025-10-05 |
Towards origins of virtual artificial life: an overview
2025-Oct-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0298
PMID:41035322
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综述 | 本文概述了人工生命领域特别是虚拟生命在定义、检测和起源机制方面的研究现状 | 提出了基于工程视角的人工生命定义框架,将生命系统分解为抽象需求、通用设计和具体实现机制三个层次 | 目前尚未展示出完全满足所有工程要求的虚拟人工生命系统 | 探讨人工生命特别是虚拟生命的起源机制和定义标准 | 人工生命系统,重点关注虚拟生命形式 | 人工生命 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 63 | 2025-10-05 |
Origins of life: the possible and the actual
2025-Oct-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0281
PMID:41035333
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综述 | 本文探讨生命起源的核心问题,包括生命形成的可能途径、必然性及多样性表现 | 整合多学科视角系统分析生命起源的理论框架与实验方法,强调原始细胞系统的关键作用 | NA | 理解生命起源的机制与约束条件 | 原始细胞系统与生命起源过程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 64 | 2025-10-05 |
Harnessing transposable elements for plant functional genomics and genome engineering
2025-Oct, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2025.03.007
PMID:40240259
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综述 | 本文系统阐述了植物转座元件的功能机制及其在功能基因组学和基因组工程中的前沿应用 | 整合转座元件的基础发现与前沿生物技术应用,提出将转座元件知识应用于作物育种和植物合成生物学的新视角 | NA | 系统梳理植物转座元件的综合知识与生物技术应用 | 植物转座元件 | 植物功能基因组学 | NA | 基因组工程 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 植物 | NA | 农业, 合成生物学 |
| 65 | 2025-10-05 |
Synthetic Biology and Biomaterials Strategies to Deceive the Tumor Microenvironment in CAR-T Immunotherapy
2025-Oct, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202506429
PMID:40888234
|
综述 | 探讨合成生物学和生物材料在改善CAR-T细胞免疫疗法对抗实体瘤效果中的创新策略 | 将生物材料作为精准递送载体、人工抗原呈递细胞和高通量筛选平台,结合合成生物学电路设计增强CAR-T细胞在肿瘤微环境中的功能 | NA | 通过合成生物学和生物材料技术克服CAR-T细胞在实体瘤治疗中的局限性 | CAR-T细胞免疫疗法和肿瘤微环境 | 合成生物学 | 实体瘤 | NA | NA | NA | NA | NA | T细胞 | 合成生物学电路设计用于增强CAR-T细胞功能 | 医学 |
| 66 | 2025-10-05 |
Mutation-induced filaments of folded proteins are inert and non-toxic in a cellular system
2025-Oct, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-025-00144-y
PMID:40954318
|
研究论文 | 本研究系统表征了由折叠蛋白质聚合形成的丝状组装体(聚集体),并揭示了其在细胞中的惰性和无毒性特征 | 首次明确定义并系统表征了区别于传统聚集体的蛋白质折叠态聚集体,开发了区分这两种组装体的细胞实验方法 | 研究仅基于特定细胞系统,尚未验证在其他生物体系中的普适性 | 探究突变诱导的折叠蛋白质丝状组装体的细胞生物学特性 | 蛋白质丝状组装体(聚集体) | 合成生物学 | NA | 定量蛋白质组学、细胞共定位分析 | NA | 蛋白质组数据、细胞成像数据 | NA | NA | 细胞系统 | NA | 合成生物学, 细胞内工程 |
| 67 | 2025-10-05 |
Advances in Metabolic Engineering for the Accumulation of Astaxanthin Biosynthesis
2025-Oct, Molecular biotechnology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12033-024-01289-1
PMID:39373956
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综述 | 本文全面综述了虾青素生物合成的研究进展,重点关注微生物发酵生产策略 | 系统比较了天然宿主Xanthophyllomyces dendrorhous与异源宿主Yarrowia lipolytica和Saccharomyces cerevisiae在虾青素生物合成中的应用 | NA | 探讨通过代谢工程和合成生物学方法实现虾青素的大规模微生物生产 | 虾青素生物合成途径及相关微生物宿主 | 代谢工程 | NA | 代谢工程、合成生物学、微生物发酵 | NA | NA | NA | NA | Xanthophyllomyces dendrorhous, Yarrowia lipolytica, Saccharomyces cerevisiae | 虾青素生物合成途径 | 饲料,食品,化妆品,医药 |
| 68 | 2025-10-05 |
Bio-Photo Dual Action of Intracellular Radical Polymerization
2025-Oct-01, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c10871
PMID:40977043
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研究论文 | 开发了一种生物标志物和光门控的细胞内自由基聚合策略,用于精确细胞器干预 | 首次提出刺激响应型光催化剂策略,通过AND门控机制实现生物标志物和光照双重控制的细胞内聚合 | NA | 实现细胞内聚合的时空控制,推进治疗发现和合成生物学应用 | 细胞内自由基聚合过程 | 合成生物学 | NA | 光诱导电子/能量转移-可逆加成-断裂链转移(PET-RAFT)聚合 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞 | AND门控生物传感器,响应内源性活性氧/硫物种(ROS/RSS)或酶 | 医学, 合成生物学 |
| 69 | 2025-10-05 |
Rubisco-Centric Strategies for Carbon Conservation in Synthetic Biology
2025-Oct-01, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c04813
PMID:41031513
|
综述 | 本文系统总结了Rubisco酶的基础研究及其在合成生物学中提升碳固定效率的策略与应用 | 首次系统整合了从经典定向进化到人工智能理性设计的五种酶效率提升策略,并提出了跨尺度的设计框架 | NA | 开发碳效率更高的生物制造技术以应对全球气候危机 | Rubisco酶及其在自养和异养微生物中的应用 | 合成生物学 | NA | 定向进化、人工智能理性设计 | NA | NA | NA | NA | 自养微生物,异养微生物 | 卡尔文循环碳固定途径 | 工业生物技术,环境 |
| 70 | 2025-10-05 |
A fragment in the 5' untranslated region of alcohol oxidase 1 promoter significantly influencing gene expression of Komagataella phaffii
2025-Oct-15, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149745
PMID:40902693
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研究论文 | 本研究在Komagataella phaffii的醇氧化酶1启动子5'非翻译区鉴定出一个13bp的负调控元件D3,敲除该片段可使异源蛋白表达提高3.5倍 | 首次在K. phaffii醇氧化酶1启动子5'UTR区鉴定出具有负调控功能的13bp顺式作用元件D3 | NA | 解析K. phaffii醇氧化酶1启动子调控机制并提高异源蛋白表达效率 | Komagataella phaffii醇氧化酶1启动子的5'非翻译区 | 合成生物学 | NA | 基因片段敲除、转录组分析、电泳迁移率变动分析、DNA pull-down、液相色谱-质谱联用 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | NA | 基因敲除 | Komagataella phaffii | 启动子工程改造 | 工业生物技术 |
| 71 | 2025-10-05 |
Glyceollin biosynthesis in a plant chassis engineered for isoflavone production
2025-Oct, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-025-01914-3
PMID:40437134
|
研究论文 | 本研究通过代谢工程在烟草叶片中重建了glyceollin的生物合成途径,实现了异黄酮类化合物的高效生产 | 成功鉴定了6种glyceollin合成酶,完成了15步生物合成途径的解析,并在植物底盘细胞中实现了glyceollin的从头全合成 | NA | 解析glyceollin生物合成途径并建立合成生物学生产平台 | 大豆glyceollin生物合成途径及相关酶 | 合成生物学 | 植物病害 | 代谢工程、酶筛选、体外抑菌实验 | NA | 代谢物分析、酶活性数据 | NA | 代谢工程 | 本氏烟草 | 15步glyceollin生物合成途径,包含异黄酮前体daidzein生产模块和glyceollin合成模块 | 农业,医药 |
| 72 | 2025-10-05 |
Bacterial exopolysaccharides and live biotherapeutics: Orchestrating immune modulation and therapeutic potential in the gut microbiome era
2025-Oct, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2025.118510
PMID:40902409
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综述 | 本文综述了肠道微生物产生的胞外多糖在免疫调节中的关键作用及其治疗潜力 | 重点关注肠道共生菌和益生菌产生的免疫调节性胞外多糖,提出了通过合成生物学设计下一代免疫疗法的路线图 | 存在结构-功能知识空白,在连接特定结构基序与可预测免疫结果方面存在挑战,规模化生产方法仍需改进 | 探讨细菌胞外多糖的免疫调节功能及其在肠道微生物组时代的治疗应用 | 肠道共生菌和益生菌产生的微生物胞外多糖 | 合成生物学 | 免疫相关疾病 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 肠道共生菌, 益生菌 | 定制化胞外多糖原位生产系统 | 医学 |
| 73 | 2025-10-05 |
Recent advances in microbially derived chlorinated antiparasitic compounds
2025-Oct, Molecular diversity
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s11030-024-11018-0
PMID:39476277
|
综述 | 系统回顾微生物来源的氯化抗寄生虫化合物研究进展及其药物开发潜力 | 首次对1963年至今微生物来源的氯化抗寄生虫化合物进行全面梳理,发现28种具有明确抗寄生虫活性的氯化化合物 | 微生物来源的氯化抗寄生虫化合物相关文献资料有限 | 开发更安全、选择性更高、环境友好且疗效增强的抗寄生虫药物 | 微生物来源的氯化天然代谢产物 | 药物化学与合成生物学 | 寄生虫病 | PKS、NRPS、PKS-NRPS生物合成途径 | NA | 文献数据 | 28种氯化化合物 | 合成生物学、组合化学、有机合成 | 微生物 | NA | 医药 |
| 74 | 2025-10-05 |
Identification and application of bioparts for plant synthetic biology
2025-Oct, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.mocell.2025.100273
PMID:40902856
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综述 | 本文综述植物合成生物学中生物元件的鉴定与应用,重点关注启动子和终止子在基因表达调控中的作用 | 系统阐述双向启动子在基因叠加中的应用价值,以及启动子与终止子组合平衡对转基因表达稳定性的重要性 | NA | 探讨植物合成生物学中生物元件的鉴定方法和应用策略 | 植物合成生物学中的生物元件(启动子、终止子等) | 合成生物学 | NA | ATAC-seq, STARR-seq, 深度学习 | 深度学习模型 | 基因组序列数据 | NA | NA | 植物 | 基因回路设计,基因表达调控系统 | 医药,疫苗,生物燃料,生物材料 |
| 75 | 2025-10-05 |
Integrating kinetic models, gene circuits, and biofilm dynamics for enhanced exopolysaccharide production in nitrifying bacterial consortia
2025-Oct, Journal of microbiological methods
IF:1.7Q4
DOI:10.1016/j.mimet.2025.107237
PMID:40850333
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研究论文 | 本研究通过动力学模型和合成生物学方法优化硝化细菌群落胞外多糖生产和氮去除性能 | 整合动力学模型与基因电路设计来优化细菌群落的胞外多糖生产和氮去除效率 | NA | 优化硝化细菌群落的胞外多糖生产和氮去除性能 | 从生活废水中富集的细菌群落 | 合成生物学 | NA | 动力学模型, 基因电路设计, 扫描电子显微镜, PCR | Monod模型, Verhulst模型 | 生物量浓度, 多糖产量, 氮浓度数据, 显微镜图像 | 生活废水中富集的细菌群落 | 基因电路设计 | 硝化细菌群落 | BUFFER门逻辑基因电路用于控制琥珀聚糖生产 | 环境, 废水处理 |
| 76 | 2025-10-05 |
Engineered implementations of spatial computation in biological systems
2025-Oct, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2025.103631
PMID:40712326
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综述 | 探讨工程化生物系统中空间计算实现的原理与应用 | 提出超越传统单细胞逻辑系统的空间分布式计算框架,模拟形态发生梯度等自然现象 | NA | 研究如何通过空间和适应性计算解决复杂计算挑战 | 工程化生物计算系统 | 合成生物学 | NA | 空间计算框架 | NA | NA | NA | NA | NA | 空间计算系统、形态发生梯度模拟、细胞区室化 | 医疗,环境,诊断 |
| 77 | 2025-10-05 |
Integrated study on the genome, transcriptome, and metabolome of Gelsemium elegans and mining of related enzyme genes involved in koumine biosynthesis
2025-Oct, Plant physiology and biochemistry : PPB
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.plaphy.2025.110069
PMID:40450816
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研究论文 | 本研究通过整合基因组、转录组和代谢组分析,探索钩吻中钩吻素甲生物合成途径及相关酶基因 | 首次完成钩吻基因组测序组装,结合多组学数据鉴定出20个钩吻素甲生物合成候选基因,并对其中两个基因进行了功能验证 | 仅对两个候选基因进行了初步功能验证,完整的生物合成途径仍需进一步研究 | 解析钩吻中钩吻素甲生物合成途径,挖掘相关酶基因 | 钩吻植物及其生物活性成分钩吻素甲 | 合成生物学 | 炎症和焦虑症 | PacBio测序, 液相色谱-质谱联用技术 | NA | 基因组, 转录组, 代谢组数据 | 不同组织和激素处理的钩吻样本 | NA | 钩吻植物 | 钩吻素甲生物合成途径 | 医药 |
| 78 | 2025-10-05 |
Accurate prediction of thermoresponsive phase behavior of disordered proteins
2025-Oct, Protein science : a publication of the Protein Society
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/pro.70284
PMID:40944421
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研究论文 | 开发了能够准确预测无序蛋白质热响应相行为的残基分辨率模型Mpipi-T | 通过整合原子尺度溶剂化自由能数据和实验浊点测量,参数化了短程非键相互作用,同时解析地标度长程静电相互作用随温度的变化 | NA | 定量预测蛋白质的LCST型相变行为 | 无序蛋白质的热响应相行为 | 计算生物学 | 阿尔茨海默病 | 原子尺度溶剂化自由能计算,实验浊点测量 | 残基分辨率模型Mpipi-T | 蛋白质序列数据,相变实验数据 | 三个关键蛋白质:hTau40、Pab1、ELF3 | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 79 | 2025-10-05 |
Synthetic Biology for Designing Allostery and Its Potential Biomedical Applications
2025-Oct-15, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.169225
PMID:40409706
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综述 | 本文探讨利用合成生物学原理设计蛋白质变构调控及其在生物医学领域的应用潜力 | 整合人工智能生成式蛋白质设计方法开发新型变构调控系统,实现对外部信号响应的精准蛋白质功能调控 | NA | 通过合成生物学方法设计蛋白质变构调控机制,开发新型治疗策略 | 蛋白质变构调控系统 | 合成生物学 | NA | 结构域插入、从头蛋白质开关设计、工程化变构机制 | AI生成式蛋白质设计 | NA | NA | NA | NA | 变构蛋白质开关、变构调节剂、配体结合响应系统 | 医学 |
| 80 | 2025-10-05 |
Multivalent engineering of bio interfaces with DNA-based nanomaterials
2025-Oct, Advanced drug delivery reviews
IF:15.2Q1
DOI:10.1016/j.addr.2025.115681
PMID:40865643
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综述 | 本文探讨了基于DNA的纳米材料在生物界面多价工程中的应用与进展 | 提出从传统多价结合向'多价工程'的概念转变,通过DNA纳米材料实现配体空间排列的精确编程 | 在复杂体内环境中实现系统全部潜力仍需解决重大挑战 | 开发生物界面多价工程系统以模拟或利用自然相互作用模式 | DNA纳米材料及其在生物界面工程中的应用 | 合成生物学 | NA | DNA纳米技术 | NA | NA | NA | DNA纳米材料 | NA | 配体空间组织、几何依赖型靶向策略 | 诊断, 治疗, 合成生物学 |