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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-10-05 |
A fragment in the 5' untranslated region of alcohol oxidase 1 promoter significantly influencing gene expression of Komagataella phaffii
2025-Oct-15, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149745
PMID:40902693
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研究论文 | 本研究在Komagataella phaffii的醇氧化酶1启动子5'非翻译区鉴定出一个13bp的负调控元件D3,敲除该片段可使异源蛋白表达提高3.5倍 | 首次在K. phaffii醇氧化酶1启动子5'UTR区鉴定出具有负调控功能的13bp顺式作用元件D3 | NA | 解析K. phaffii醇氧化酶1启动子调控机制并提高异源蛋白表达效率 | Komagataella phaffii醇氧化酶1启动子的5'非翻译区 | 合成生物学 | NA | 基因片段敲除、转录组分析、电泳迁移率变动分析、DNA pull-down、液相色谱-质谱联用 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | NA | 基因敲除 | Komagataella phaffii | 启动子工程改造 | 工业生物技术 |
| 82 | 2025-10-05 |
Glyceollin biosynthesis in a plant chassis engineered for isoflavone production
2025-Oct, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-025-01914-3
PMID:40437134
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研究论文 | 本研究通过代谢工程在烟草叶片中重建了glyceollin的生物合成途径,实现了异黄酮类化合物的高效生产 | 成功鉴定了6种glyceollin合成酶,完成了15步生物合成途径的解析,并在植物底盘细胞中实现了glyceollin的从头全合成 | NA | 解析glyceollin生物合成途径并建立合成生物学生产平台 | 大豆glyceollin生物合成途径及相关酶 | 合成生物学 | 植物病害 | 代谢工程、酶筛选、体外抑菌实验 | NA | 代谢物分析、酶活性数据 | NA | 代谢工程 | 本氏烟草 | 15步glyceollin生物合成途径,包含异黄酮前体daidzein生产模块和glyceollin合成模块 | 农业,医药 |
| 83 | 2025-10-05 |
Bacterial exopolysaccharides and live biotherapeutics: Orchestrating immune modulation and therapeutic potential in the gut microbiome era
2025-Oct, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2025.118510
PMID:40902409
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综述 | 本文综述了肠道微生物产生的胞外多糖在免疫调节中的关键作用及其治疗潜力 | 重点关注肠道共生菌和益生菌产生的免疫调节性胞外多糖,提出了通过合成生物学设计下一代免疫疗法的路线图 | 存在结构-功能知识空白,在连接特定结构基序与可预测免疫结果方面存在挑战,规模化生产方法仍需改进 | 探讨细菌胞外多糖的免疫调节功能及其在肠道微生物组时代的治疗应用 | 肠道共生菌和益生菌产生的微生物胞外多糖 | 合成生物学 | 免疫相关疾病 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 肠道共生菌, 益生菌 | 定制化胞外多糖原位生产系统 | 医学 |
| 84 | 2025-10-05 |
Recent advances in microbially derived chlorinated antiparasitic compounds
2025-Oct, Molecular diversity
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s11030-024-11018-0
PMID:39476277
|
综述 | 系统回顾微生物来源的氯化抗寄生虫化合物研究进展及其药物开发潜力 | 首次对1963年至今微生物来源的氯化抗寄生虫化合物进行全面梳理,发现28种具有明确抗寄生虫活性的氯化化合物 | 微生物来源的氯化抗寄生虫化合物相关文献资料有限 | 开发更安全、选择性更高、环境友好且疗效增强的抗寄生虫药物 | 微生物来源的氯化天然代谢产物 | 药物化学与合成生物学 | 寄生虫病 | PKS、NRPS、PKS-NRPS生物合成途径 | NA | 文献数据 | 28种氯化化合物 | 合成生物学、组合化学、有机合成 | 微生物 | NA | 医药 |
| 85 | 2025-10-05 |
Identification and application of bioparts for plant synthetic biology
2025-Oct, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.mocell.2025.100273
PMID:40902856
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综述 | 本文综述植物合成生物学中生物元件的鉴定与应用,重点关注启动子和终止子在基因表达调控中的作用 | 系统阐述双向启动子在基因叠加中的应用价值,以及启动子与终止子组合平衡对转基因表达稳定性的重要性 | NA | 探讨植物合成生物学中生物元件的鉴定方法和应用策略 | 植物合成生物学中的生物元件(启动子、终止子等) | 合成生物学 | NA | ATAC-seq, STARR-seq, 深度学习 | 深度学习模型 | 基因组序列数据 | NA | NA | 植物 | 基因回路设计,基因表达调控系统 | 医药,疫苗,生物燃料,生物材料 |
| 86 | 2025-10-05 |
Integrating kinetic models, gene circuits, and biofilm dynamics for enhanced exopolysaccharide production in nitrifying bacterial consortia
2025-Oct, Journal of microbiological methods
IF:1.7Q4
DOI:10.1016/j.mimet.2025.107237
PMID:40850333
|
研究论文 | 本研究通过动力学模型和合成生物学方法优化硝化细菌群落胞外多糖生产和氮去除性能 | 整合动力学模型与基因电路设计来优化细菌群落的胞外多糖生产和氮去除效率 | NA | 优化硝化细菌群落的胞外多糖生产和氮去除性能 | 从生活废水中富集的细菌群落 | 合成生物学 | NA | 动力学模型, 基因电路设计, 扫描电子显微镜, PCR | Monod模型, Verhulst模型 | 生物量浓度, 多糖产量, 氮浓度数据, 显微镜图像 | 生活废水中富集的细菌群落 | 基因电路设计 | 硝化细菌群落 | BUFFER门逻辑基因电路用于控制琥珀聚糖生产 | 环境, 废水处理 |
| 87 | 2025-10-05 |
Engineered implementations of spatial computation in biological systems
2025-Oct, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2025.103631
PMID:40712326
|
综述 | 探讨工程化生物系统中空间计算实现的原理与应用 | 提出超越传统单细胞逻辑系统的空间分布式计算框架,模拟形态发生梯度等自然现象 | NA | 研究如何通过空间和适应性计算解决复杂计算挑战 | 工程化生物计算系统 | 合成生物学 | NA | 空间计算框架 | NA | NA | NA | NA | NA | 空间计算系统、形态发生梯度模拟、细胞区室化 | 医疗,环境,诊断 |
| 88 | 2025-10-05 |
Integrated study on the genome, transcriptome, and metabolome of Gelsemium elegans and mining of related enzyme genes involved in koumine biosynthesis
2025-Oct, Plant physiology and biochemistry : PPB
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.plaphy.2025.110069
PMID:40450816
|
研究论文 | 本研究通过整合基因组、转录组和代谢组分析,探索钩吻中钩吻素甲生物合成途径及相关酶基因 | 首次完成钩吻基因组测序组装,结合多组学数据鉴定出20个钩吻素甲生物合成候选基因,并对其中两个基因进行了功能验证 | 仅对两个候选基因进行了初步功能验证,完整的生物合成途径仍需进一步研究 | 解析钩吻中钩吻素甲生物合成途径,挖掘相关酶基因 | 钩吻植物及其生物活性成分钩吻素甲 | 合成生物学 | 炎症和焦虑症 | PacBio测序, 液相色谱-质谱联用技术 | NA | 基因组, 转录组, 代谢组数据 | 不同组织和激素处理的钩吻样本 | NA | 钩吻植物 | 钩吻素甲生物合成途径 | 医药 |
| 89 | 2025-10-05 |
Synthetic Biology for Designing Allostery and Its Potential Biomedical Applications
2025-Oct-15, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.169225
PMID:40409706
|
综述 | 本文探讨利用合成生物学原理设计蛋白质变构调控及其在生物医学领域的应用潜力 | 整合人工智能生成式蛋白质设计方法开发新型变构调控系统,实现对外部信号响应的精准蛋白质功能调控 | NA | 通过合成生物学方法设计蛋白质变构调控机制,开发新型治疗策略 | 蛋白质变构调控系统 | 合成生物学 | NA | 结构域插入、从头蛋白质开关设计、工程化变构机制 | AI生成式蛋白质设计 | NA | NA | NA | NA | 变构蛋白质开关、变构调节剂、配体结合响应系统 | 医学 |
| 90 | 2025-10-05 |
Modular RNAi Pathway Engineering Enhances Plasmid Copy Number Control in Yeast Bioproduction System
2025-Oct, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.70014
PMID:40583249
|
研究论文 | 通过构建正交RNA干扰系统开发了酿酒酵母中可动态调控质粒拷贝数的合成生物学平台 | 发现RNAi系统重建意外导致质粒拷贝数扩增,并据此开发了化学诱导型基因剂量控制平台 | NA | 优化微生物细胞工厂的代谢通量并减少细胞负担 | 酿酒酵母 | 合成生物学 | NA | RNA干扰 | NA | NA | NA | RNAi | 酿酒酵母 | 靶向质粒编码选择标记的序列特异性siRNA设计,类胡萝卜素生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 91 | 2025-10-05 |
Engineered Coenzyme A Biosynthesis and Butyrate Transporter Drives High-Efficient Butyrate Synthesis in Escherichia coli
2025-Oct, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.70018
PMID:40641096
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研究论文 | 本研究通过工程化大肠杆菌的辅酶A生物合成和丁酸转运系统,实现了高效丁酸合成 | 通过解除辅酶A介导的抑制和优化TolC相关的MdtEF外排泵,协同提高了丁酸产量 | NA | 提高大肠杆菌中丁酸的合成效率和产量 | 大肠杆菌JH016菌株 | 合成生物学 | NA | 代谢工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 大肠杆菌 | 异源丁酸生物合成途径,辅酶A生物合成途径优化,丁酸转运系统 | 化学工业, 食品工业, 制药工业 |
| 92 | 2025-10-05 |
Synthetic approaches to enhance biological carbon capture
2025-Oct, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103350
PMID:40882447
|
综述 | 本文综述了通过合成生物学和生物工程方法增强生物碳捕获效率的最新研究进展 | 超越传统卡尔文循环改造,探索为CBB循环提供能量的新方法、开发体内自养合成途径以及构建全新碳固定途径 | NA | 开发提高碳捕获效率、生物质生产力和可持续能源整合的生物工程框架 | 卡尔文-本森-巴沙姆循环、RuBisCO酶、合成碳固定途径 | 合成生物学 | NA | 生物工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | 卡尔文-本森-巴沙姆循环增强、新型碳固定途径、自养合成途径 | 环境 |
| 93 | 2025-10-05 |
Potentials of RNA biosensors in developmental biology
2025-Oct, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2025.07.011
PMID:40721002
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综述 | 探讨RNA生物传感器在发育生物学中的应用潜力及前景 | 首次系统阐述RNA生物传感器在发育生物学领域的跨学科应用潜力,强调其对RNA时空动态监测的独特优势 | NA | 推动RNA生物传感器在发育生物学分子机制研究中的应用 | RNA生物传感器(荧光RNA适配体、CRISPR-Cas系统、核糖开关、催化RNA传感器) | 合成生物学 | NA | RNA生物传感技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas | 模式生物 | 生物传感器(包括核糖开关、逻辑门等) | 医学, 环境科学 |
| 94 | 2025-10-05 |
Development of a DNA endonuclease I-SceI-based scarless genome editing system for Cupriavidus necator
2025-Oct, Journal of biotechnology
IF:4.1Q2
DOI:10.1016/j.jbiotec.2025.07.020
PMID:40721107
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研究论文 | 开发了一种基于DNA内切酶I-SceI的无疤痕基因组编辑系统,用于Cupriavidus necator的高效基因操作 | 构建了双质粒I-SceI同源重组系统,通过优化复制起点和诱导系统实现了无需大型数据库的精确无疤痕编辑,并开发了高温消除质粒的方法 | 未与其他基因组编辑工具进行系统性效率比较 | 开发高效、精确的Cupriavidus necator基因组编辑工具 | Cupriavidus necator细菌 | 合成生物学 | NA | DNA内切酶I-SceI介导的同源重组 | NA | NA | NA | I-SceI, 同源重组 | Cupriavidus necator | 双质粒系统:pOUO-1用于接合介导的基因组整合(第一次HR),pOH-4用于表达I-SceI诱导第二次HR | 工业生物技术 |
| 95 | 2025-10-05 |
Synthetic biology approaches for restoring gut microbial balance and engineering disease-specific microbiome therapeutics
2025-Oct, Microbial pathogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.micpath.2025.107931
PMID:40716471
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综述 | 探讨利用合成生物学方法恢复肠道微生物平衡及开发疾病特异性微生物组疗法的前沿进展 | 提出整合区域微生物组生态型、饮食响应模块化设计和适应性代谢建模的生态精准工程框架 | NA | 开发精准调控肠道微生物组的下一代策略 | 人工微生物群落(AMCs)与肠道微生物组 | 合成生物学 | 炎症性肠病、肥胖、糖尿病、神经退行性疾病 | CRISPR基因组编辑、代谢工程、多组学整合 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 人工微生物群落 | 疾病特异性微生物功能障碍的理性设计 | 医学 |
| 96 | 2025-10-05 |
Engineering microbial carbon metabolism for sustainable resource utilization
2025-Oct, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108622
PMID:40467014
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综述 | 本文综述了通过合成生物学方法改造微生物碳代谢以实现可持续资源利用的研究进展 | 重点探讨了利用多组学测序、机器学习和人工智能指导菌株工程以提高可持续碳源利用率的新策略 | NA | 开发绿色节能资源以替代化石燃料 | 微生物碳代谢途径 | 合成生物学 | NA | 多组学测序、机器学习、人工智能 | NA | NA | NA | 代谢工程、合成生物学 | 微生物 | 碳代谢途径工程 | 能源, 工业生物技术 |
| 97 | 2025-10-05 |
Methanol metabolism in synthetic methylotrophic microorganisms
2025-Oct, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108623
PMID:40499848
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综述 | 本文深入探讨合成甲基营养微生物中的甲醇代谢途径,并概述代谢工程最新进展 | 重点介绍人工甲基营养中创新的C1同化途径,拓展甲醇代谢的应用场景 | NA | 增强对甲醇代谢的理解并开发合成甲基营养菌的工业潜力 | 天然甲基营养微生物(如Komagataella phaffii、Methylobacterium extorquens)及工程化微生物 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学工具箱 | Komagataella phaffii, Methylobacterium extorquens, Bacillus methanolicus, Escherichia coli, 酵母, 细菌 | 甲醇利用途径、C1同化途径、甲醛代谢途径、甲酸代谢途径 | 工业生物技术 |
| 98 | 2025-10-05 |
Fungal bioconversion of lignin-derived aromatics: Pathways, enzymes, and biotechnological potential
2025-Oct, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108624
PMID:40505753
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综述 | 系统整合真菌对木质素衍生芳香化合物的代谢途径、关键酶及其生物技术潜力 | 首次系统整合真菌芳香化合物分解代谢途径,强调转运蛋白系统作用并提出合成生物学整合新方向 | 目前真菌芳香族分解代谢途径的系统性整合研究仍较为零散 | 开发基于真菌的木质素增值化生物技术平台 | 木质素衍生芳香化合物(肉桂酸、没食子酸、阿魏酸、香兰素等) | 合成生物学 | NA | 合成生物学、计算建模、系统生物学 | NA | NA | NA | NA | 真菌 | 芳香化合物分解代谢途径 | 能源, 工业生物技术 |
| 99 | 2025-10-05 |
Revolutionizing lignin valorization: Key advances in demethylation, methylation, and methyl metabolism
2025-Oct, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108634
PMID:40588043
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综述 | 系统综述了木质素生物增值化过程中的脱甲基化、甲基化和甲基代谢过程及其关键酶机制 | 提出了微生物木质素增值化的甲基循环路线,并强调机器学习辅助酶工程、合成生物学和代谢工程等新型策略 | NA | 促进木质素的高效生物转化和可持续增值利用 | 木质素衍生物及其芳香族分解代谢过程 | 工业生物技术 | NA | 机器学习辅助酶工程、合成生物学、代谢工程 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 微生物 | 甲基循环代谢路线 | 能源, 工业生物技术 |
| 100 | 2025-10-05 |
Beyond nature's clock: Accelerating genomic diversity through hypermutation
2025-Oct, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108638
PMID:40614910
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综述 | 系统评述超突变技术在加速基因组多样性方面的进展及其在生物技术领域的应用 | 通过多维度比较不同超突变工具,为选择最佳诱变工具提供指导,并提出AI驱动预测模型等未来方向 | NA | 突破自然突变限制,满足生物技术应用对遗传多样性的需求 | 超突变技术(包括靶向、多靶点和全基因组方法) | 合成生物学 | NA | 超突变技术 | AI驱动预测模型 | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 进化研究, 工业生物技术 |