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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-13 |
Turing patterns in a morphogenetic model with single regulatory function
2025-Nov, Mathematical biosciences
IF:1.9Q3
DOI:10.1016/j.mbs.2025.109536
PMID:40972714
|
研究论文 | 本研究通过数学建模分析合成Nodal-Lefty系统中图灵模式的形成机制 | 首次在单调控函数控制的双形态素系统中证明亚临界图灵不稳定性对耗散结构形成的关键作用 | 理论分析基于简化模型,未考虑生物系统中复杂的多尺度相互作用 | 验证图灵形态发生理论在合成生物学系统中的应用 | 合成哺乳动物模式形成系统中的Nodal-Lefty反应扩散系统 | 合成生物学 | NA | 线性稳定性分析、弱非线性分析、多时间尺度方法 | 反应扩散模型 | 数学模型 | NA | NA | 哺乳动物细胞 | 基于短程激活因子Nodal和长程抑制因子Lefty的图灵模式生成系统 | 医学 |
| 2 | 2025-10-09 |
Recent advances in biological synthesis of food additive succinate
2025-Nov, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2025.2472636
PMID:40107767
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综述 | 本文综述了食品添加剂琥珀酸生物合成的最新进展,重点关注代谢工程策略的应用 | 系统总结了通过合成生物学技术开发稳健微生物细胞工厂的创新方法 | NA | 优化琥珀酸的生物合成过程以提高成本效益和环境友好性 | 琥珀酸生物合成微生物系统 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、发酵调控、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | 代谢通路工程 | 食品, 医药, 化学材料 |
| 3 | 2025-10-05 |
KDBI-RP: Kinetic Data of RNA-Protein Interactions Database
2025-Nov-01, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.169357
PMID:40716733
|
研究论文 | 介绍专门用于RNA-蛋白质相互作用动力学数据的数据库KDBI-RP | 首个专注于RNA-蛋白质相互作用动力学的专用数据库,扩展了原有的KDBI数据库 | NA | 建立RNA-蛋白质相互作用动力学数据的系统化数据库资源 | RNA-蛋白质相互作用动力学数据 | 生物信息学 | NA | NA | NA | 动力学数据、序列数据、结构数据 | 包含3657个结合速率常数条目、3761个解离速率常数条目和175,932个平衡解离常数条目 | NA | NA | NA | 医学、合成生物学 |
| 4 | 2025-10-05 |
Integrative strategies against multidrug-resistant bacteria: Synthesizing novel antimicrobial frontiers for global health
2025-Nov, Microbial pathogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.micpath.2025.108018
PMID:40914328
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综述 | 本文综述了对抗多重耐药菌的综合策略,包括新型抗菌方法的研究进展和协同治疗潜力 | 提出了结合病原体靶向和宿主导向策略的多层次治疗范式,探讨了多种新型抗菌方法的协同应用 | 存在生产规模化、监管审批、安全性和临床疗效验证等方面的挑战 | 评估各种治疗方法对抗多重耐药菌的协同潜力,重新思考未来抗菌药物管理 | 多重耐药细菌及其感染治疗策略 | NA | 传染病 | CRISPR-Cas系统、纳米技术、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas | NA | NA | 医学 |
| 5 | 2025-10-05 |
Utilizing the SacB-mediated gene editing system in Komagataeibacter xylinus to explore the function of bacterial cellulose synthase
2025-Nov, Journal of biotechnology
IF:4.1Q2
DOI:10.1016/j.jbiotec.2025.08.003
PMID:40774389
|
研究论文 | 本研究开发了基于SacB的基因编辑系统,用于木葡糖酸醋杆菌的标记自由基因编辑,并探索细菌纤维素合酶功能 | 开发了pK18mobsacB系统实现高达83.33%效率的标记自由基因编辑,首次系统研究bcs操纵子对细菌纤维素合成和结构的影响 | NA | 开发高效基因编辑工具并研究细菌纤维素合酶功能 | 木葡糖酸醋杆菌CGMCC 2955及其细菌纤维素合成机制 | 合成生物学 | NA | SacB介导的基因编辑系统 | NA | 基因编辑效率数据、纤维素结构表征数据 | 木葡糖酸醋杆菌CGMCC 2955菌株 | pK18mobsacB, SacB系统 | Komagataeibacter xylinus(木葡糖酸醋杆菌) | 基因删除、插入和替换操作 | 生物技术,食品,医药,工业生物技术 |
| 6 | 2025-10-05 |
The path to biotechnological singularity: Current breakthroughs and outlook
2025-Nov, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108667
PMID:40744238
|
综述 | 探讨生物技术领域突破性进展及其向生物技术奇点发展的路径与展望 | 系统阐述基因编辑、合成生物学、人工智能等多技术融合带来的生物技术范式变革 | 未涉及具体实验数据支撑,主要基于现有技术发展的宏观分析 | 分析生物技术融合发展趋势及其社会影响 | 基因编辑、合成生物学、人工智能等前沿生物技术 | 生物技术 | 遗传疾病、癌症、退行性疾病 | CRISPR基因编辑、深度学习、干细胞技术、脑机接口 | 深度学习模型 | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 医药、环境、工业生物技术 |
| 7 | 2025-10-05 |
Microalgal bioengineering for futuristic applications in synthetic and space biology
2025-Nov, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108665
PMID:40738416
|
综述 | 探讨微藻生物工程在合成生物学和空间生物学中的前沿应用 | 整合CRISPR基因编辑与多组学、合成基因电路、人工智能等创新技术,开发适应太空环境的微藻系统 | NA | 通过合成生物学技术改造微藻,解决地球和太空环境中的生命支持资源短缺问题 | 微藻及其基因工程改造 | 合成生物学 | NA | CRISPR基因编辑、多组学技术、纳米技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 微藻 | 合成基因电路、代谢通路工程 | 环境,能源,太空探索 |
| 8 | 2025-10-05 |
Harnessing biological nitrogen fixation: Multi-scale engineering for self-sustaining agroecosystems
2025-Nov, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108687
PMID:40803658
|
综述 | 探讨通过多尺度工程方法利用生物固氮技术构建自维持农业生态系统的研究进展 | 提出从微生物底盘固氮回路设计到根际微生物组重编程,再到工程固氮作物及生态系统水平田间应用的多尺度集成工程方法 | NA | 提高固氮效率并使作物具备生物固氮能力,以替代化学氮肥 | 固氮酶活性分子机制、非固氮宿主中的固氮效率提升策略、合成生物学固氮系统 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 微生物底盘, 工程作物 | 固氮回路设计, 生物传感器, 代谢通路 | 农业 |
| 9 | 2025-10-05 |
Phage therapy against Klebsiella pneumoniae: An evolving perspective
2025-Nov, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108689
PMID:40840758
|
综述 | 本文系统探讨了针对肺炎克雷伯菌的噬菌体疗法,分析了细菌-噬菌体协同进化动态,并提出了结合计算科学的综合治疗策略 | 整合临床案例与临床前研究评估联合策略,提出利用机器学习进行噬菌体表征和宿主互作预测的计算路线图 | NA | 推动噬菌体疗法从实验性治疗向标准化干预转变,解决抗菌素耐药性问题 | 肺炎克雷伯菌及其噬菌体 | NA | 细菌感染 | 噬菌体疗法、机器学习、合成生物学 | 机器学习 | NA | NA | NA | 肺炎克雷伯菌 | NA | 医学 |
| 10 | 2025-10-05 |
Multidimensional strategies for efficient heterologous protein expression in Aspergillus niger
2025-Nov, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108690
PMID:40845950
|
综述 | 本文总结并讨论了通过多维度策略提高黑曲霉异源蛋白表达效率的最新进展 | 从表达系统、分泌途径、代谢通量、智能发酵和多组学整合五个维度系统优化黑曲霉异源蛋白生产 | 由于不同蛋白质特性各异,构建通用的黑曲霉底盘细胞仍面临挑战 | 提高黑曲霉异源蛋白表达效率 | 黑曲霉异源蛋白表达系统 | 合成生物学 | NA | 分子生物学工具、代谢工程策略、多组学整合 | NA | NA | NA | NA | 黑曲霉 | NA | 工业生物技术 |
| 11 | 2025-10-05 |
Engineering plant hosts for high-efficiency accumulation of flavonoids: Advances, challenges and perspectives
2025-Nov, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108692
PMID:40850536
|
综述 | 本文总结了利用系统和合成生物学方法改造植物宿主以实现高效黄酮类化合物积累的研究进展、挑战与前景 | 提出通过系统和合成生物学方法精确调控黄酮类化合物生物合成路径的创新策略 | 当前在构建下一代高效黄酮生物合成植物宿主方面仍存在技术限制 | 为利用系统和合成生物学方法改造植物黄酮类化合物生物合成提供理论指导 | 植物黄酮类化合物的分布、生物合成途径及调控机制 | 合成生物学 | NA | 系统生物学、合成生物学、蛋白质工程、代谢工程 | NA | NA | NA | NA | 植物 | 黄酮类化合物生物合成路径改造、代谢通量重平衡 | 农业 |
| 12 | 2025-10-05 |
Machine learning in predictive biocatalysis: A comparative review of methods and applications
2025-Nov, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108698
PMID:40885347
|
综述 | 比较分析机器学习在预测生物催化领域的方法与应用 | 系统比较了深度神经网络、卷积网络、图架构和Transformer等不同机器学习方法在生物催化预测中的优劣 | NA | 探讨机器学习在预测生物催化中的应用前景 | 酶功能预测、生物催化剂发现、反应建模和代谢途径优化 | 机器学习 | NA | 机器学习 | 神经网络, 卷积网络, 图架构, Transformer | 生化数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 代谢工程, 绿色生物催化 |
| 13 | 2025-10-05 |
Targeted metabolomics-guided rational refinement of cyanobacterial metabolism enables enhanced photosynthetic production of L-lysine
2025-Nov, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2025.07.015
PMID:40754064
|
研究论文 | 本研究通过靶向代谢组学指导蓝藻代谢工程,显著提高了光合作用驱动的L-赖氨酸产量 | 首次结合靶向代谢组学与合成生物学方法系统识别并解除蓝藻赖氨酸生物合成的限速步骤 | 研究仅针对Synechococcus sp. PCC 7002菌株,未在其他蓝藻中验证通用性 | 开发碳负排放的赖氨酸光合生物合成路线 | 聚球藻Synechococcus sp. PCC 7002 | 合成生物学 | NA | 靶向代谢组学, 合成生物学 | NA | 代谢物数据 | 工程菌株系列 | 代谢工程 | Synechococcus sp. PCC 7002 | 赖氨酸生物合成途径优化 | 工业生物技术, 能源 |
| 14 | 2025-10-05 |
Genome mining of tailoring enzymes from biosynthetic gene clusters for synthetic biology: A case study with fungal methyltransferases
2025-Nov, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2025.08.001
PMID:40774411
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研究论文 | 本研究开发了一种基于机器学习的基因组挖掘方法,用于从真菌生物合成基因簇中识别可修饰聚酮底物的甲基转移酶 | 首次将机器学习方法应用于真菌甲基转移酶的功能预测,成功实现了对未知功能酶的精准筛选 | 仅针对甲基转移酶进行了验证,方法在其他类型修饰酶中的适用性仍需进一步验证 | 开发高效的基因组挖掘方法以识别真菌生物合成基因簇中的修饰酶 | 真菌天然产物生物合成基因簇中的甲基转移酶 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、机器学习 | 机器学习 | 基因组数据 | 101,321个真菌BGCs中的16,748个推定甲基转移酶 | NA | 微生物细胞工厂 | NA | 医药、生物工业 |
| 15 | 2025-10-05 |
Advances in metabolic engineering of Vibrio natriegens as an unconventional host for biotechnology
2025-Nov, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2025.08.008
PMID:40834994
|
综述 | 本文综述了非传统生物技术宿主Vibrio natriegens在代谢工程领域的最新进展 | 利用Vibrio natriegens作为非传统生物技术宿主,具有高生长速率和天然感受态等独特优势 | NA | 总结Vibrio natriegens作为生物技术宿主的工程化进展和应用潜力 | Vibrio natriegens海洋细菌 | NA | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | Vibrio natriegens | 代谢途径、生物传感器、合成生物学回路 | 工业生物技术、环境、医药 |
| 16 | 2025-10-05 |
The future of cultured meat: focusing on multidisciplinary, digitization, and nutritional customization
2025-Nov, Food research international (Ottawa, Ont.)
DOI:10.1016/j.foodres.2025.117005
PMID:40922220
|
综述 | 本文综述了培养肉领域的前沿工程技术、生物材料应用,并探讨了通过生物工程、合成生物学和人工智能加速发展的未来趋势 | 重点关注培养肉的多学科融合、数字化技术和营养定制化发展方向 | NA | 促进智能细胞农业发展,实现定制化肉类产品生产 | 培养肉生产技术 | 生物技术 | NA | 组织工程、生物技术、生物工程、合成生物学、人工智能 | NA | NA | NA | NA | 干细胞 | NA | 食品工业 |
| 17 | 2025-10-05 |
Progress on the synthesis of bioengineered heparin as an alternative to animal-derived heparin active pharmaceutical ingredient
2025-Nov-15, Carbohydrate polymers
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.carbpol.2025.124099
PMID:40912801
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综述 | 本文综述了通过微生物发酵和酶修饰合成生物工程肝素的近期进展 | 结合合成生物学与先进生物加工技术开发结构明确的生物工程肝素,作为传统动物源肝素的可持续替代品 | 仍面临肝素聚糖分子量精确控制、硫酸化模式优化、结构功能等效性验证和工业规模工艺验证等关键挑战 | 开发安全、均质且可扩展的生物工程肝素作为动物源肝素的替代品 | 生物工程肝素活性药物成分 | 合成生物学 | NA | 微生物发酵、酶修饰、分析表征 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | 肝素聚糖生物合成途径、酶促硫酸化策略 | 医药 |
| 18 | 2025-10-05 |
Synthetic biology-driven optoelectronic biosensor for rapid and highly sensitive norovirus detection in fecal samples
2025-Nov-15, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2025.117787
PMID:40674850
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研究论文 | 开发了一种合成生物学驱动的光电生物传感器,用于快速高灵敏度检测粪便样本中的诺如病毒 | 整合诺如病毒样颗粒和高亲和力单链抗体作为生物受体,无需核酸扩增即可在45分钟内完成检测,灵敏度比传统比色生物传感器提高10-100倍 | 仅使用20例临床样本进行验证,样本规模有限 | 开发快速高灵敏度的诺如病毒检测平台 | 人类粪便样本中的诺如病毒 | 生物传感 | 诺如病毒感染 | 杆状病毒-昆虫细胞表达系统、噬菌体展示技术 | NA | 生物传感信号 | 20例人类粪便样本 | 噬菌体展示 | 昆虫细胞 | 生物传感器 | 医学诊断 |
| 19 | 2025-10-05 |
Microbial production of medium-chain-length diols: Current stage and perspectives
2025-Nov, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2025.132932
PMID:40609762
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综述 | 总结微生物合成中链长度二醇的当前进展与未来发展方向 | 提出适用于不同链长的通用生物合成途径,并整合合成生物学与AI驱动的酶设计等前沿技术 | 微生物底盘筛选优化速度较慢,限速酶活性不足,中间体和终产物存在毒性问题 | 开发可持续的中链长度二醇微生物合成方法以替代化石基生产工艺 | 中链长度α,ω-二醇(mcl-diols)的微生物生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、蛋白质工程、适应性实验室进化 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 微生物 | 基于脂肪酸生物合成或反向β-氧化途径的通用代谢途径 | 工业生物技术,材料,能源 |
| 20 | 2025-10-05 |
Advances in the biosynthesis of β-carotene and its derivatives in yeast
2025-Nov, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2025.132936
PMID:40614874
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综述 | 全面总结酵母中β-胡萝卜素及其衍生物生物合成的最新进展 | 基于结构相关性将衍生物分为叶黄素和脱辅基类胡萝卜素两大类,强调共享的生物合成逻辑 | 未涉及非酵母微生物系统的比较分析 | 开发可持续的微生物生产β-胡萝卜素及其衍生物的方法 | 酿酒酵母和解脂耶氏酵母 | 合成生物学 | NA | 代谢工程策略、发酵优化 | NA | NA | NA | NA | 酿酒酵母, 解脂耶氏酵母 | β-胡萝卜素生物合成途径及其衍生物代谢工程 | 食品补充剂, 营养保健品, 药品, 色素 |