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当前共找到 139 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-09-21 |
The marine diatom Phaeodactylum tricornutum as a versatile bioproduction chassis: Current progress, challenges, and perspectives
2025-11-10, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2025.101519
PMID:40994005
|
综述 | 本文综述了海洋硅藻三角褐指藻作为通用型生物生产底盘的研究进展、挑战与前景，涵盖遗传工具开发、产物合成及规模化生产策略 | 系统整合了三角褐指藻在合成生物学工具（如CRISPR-Cas基因组编辑、叶绿体基因表达、DNA定点整合）和营养方式改造等方面的最新进展，并首次全面探讨了从模型硅藻到可规模化生物制造平台的转化路径，包括技术经济分析和监管政策 | 未涉及具体实验验证，主要基于现有文献的归纳分析；对某些新兴策略的实际可行性和经济性缺乏定量评估 | 总结三角褐指藻作为光合生物生产底盘的研究现状，分析关键瓶颈，并提出加速其工业化应用的潜在策略 | 海洋硅藻三角褐指藻（Phaeodactylum tricornutum） | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas基因组编辑、转基因元件优化、高效转化系统、叶绿体基因表达、DNA定点整合 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | 三角褐指藻 | NA | 医药、材料、工业生物技术、能源 |
| 2 | 2026-09-20 |
codonGPT: reinforcement learning on a generative language model enables scalable mRNA design
2025-11-26, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1345
PMID:41416521
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研究论文 | 该文章构建了首个基于生成式语言模型的mRNA设计工具codonGPT，并利用强化学习在多种生物约束下优化mRNA序列 | 首次将强化学习与生成式语言模型结合用于mRNA设计，提出了推理时掩码方法，并训练了首个仅基于mRNA序列的生成式语言模型 | 未明确说明模型泛化能力、计算资源需求以及实验验证的局限性 | 实现可扩展的mRNA设计，用于治疗、合成生物学和蛋白质工程 | mRNA序列，具体基因包括HLA-A、ACTB，以及GFP、β-内酰胺酶、促红细胞生成素等报告基因 | 机器学习 | NA | NA | 生成式语言模型，强化学习 | 文本（mRNA序列） | 338,417条来自模式生物的mRNA序列 | NA | NA | NA | 医学，合成生物学，工业生物技术 |
| 3 | 2026-09-20 |
Cellulase secretion by engineered Pseudomonas putida enables growth on cellulose oligomers
2025-Nov-25, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-025-13617-9
PMID:41291027
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研究论文 | 该研究将纤维素酶分泌到工程化恶臭假单胞菌的培养上清液中，使其能够以纤维三糖或纤维四糖作为唯一碳源和能源生长 | 鉴定了适用于恶臭假单胞菌的优选双精氨酸转运分泌信号肽，并证明了大型多结构域酶能够功能性分泌到培养上清液中以支持纤维素寡糖的胞外降解和利用 | 目前仅验证了以纤维三糖或纤维四糖等纤维素寡糖为碳源的生长，尚未证明能够直接在聚合纤维素或复杂木质纤维素原料上生长，且适用于革兰氏阴性菌的分子工具仍然有限 | 工程化恶臭假单胞菌使其能够分泌非天然酶以降解胞外聚合物，从而实现从纤维素类原料进行化学合成 | 恶臭假单胞菌（Pseudomonas putida），纤维素酶（外切纤维素酶和内切纤维素酶），纤维素寡糖（纤维三糖和纤维四糖） | 合成生物学 | NA | 蛋白质分泌工程，双精氨酸转运（Tat）途径信号肽筛选 | NA | NA | NA | NA | 恶臭假单胞菌（Pseudomonas putida） | NA | 工业生物技术，能源，环境 |
| 4 | 2026-09-20 |
Magneto-Photonic Gene Circuit for Minimally Invasive Control of Gene Expression in Mammalian Cells
2025-Nov-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.688514
PMID:41332601
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研究论文 | 开发了一种磁光基因电路，通过生物发光和磁刺激在哺乳动物细胞中微创控制基因表达 | 结合生物发光和磁敏感蛋白，构建了首个同时由光和磁刺激激活的完全遗传编码的光遗传学电路 | 仅使用50mT磁刺激，未进行体内实验，磁敏感蛋白的拆分重建效率可能有限 | 实现对哺乳动物细胞中基因表达的微创控制，解决光遗传学系统中光传递效率低的问题 | 哺乳动物细胞 | 合成生物学 | NA | 光遗传学，生物发光，磁遗传学 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞 | 光遗传学基因电路，由光敏转录因子和磁敏感蛋白驱动的荧光素酶拆分重建组成 | 医学 |
| 5 | 2026-09-19 |
Synthetic bacterium-facilitated colonization of nitrogen-fixing bacteria for remodeling the rhizosphere microbiome and improving plant yield
2025-11-29, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-025-02189-5
PMID:41318663
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研究论文 | 该研究通过基因工程改造合成细菌EcCMC表达表面展示的多糖识别蛋白Cmc，以增强固氮菌在豆科植物根部的定殖，从而重塑根际微生物组并提高植物产量 | 首次利用合成生物学方法，通过工程化细菌表达表面展示的多糖识别蛋白来增强固氮菌的根部定殖，进而调控根际微生物组以促进植物生长 | 研究仅在两种豆科植物中验证，未在其他作物或田间大规模试验中验证其广适性和长期生态安全性 | 探究合成细菌EcCMC是否能够提高固氮菌在豆科植物根部的定殖效率，并评估其对根际微生物组、生化指标和植物产量的影响 | 紫云英（Astragalus sinicus）和紫花苜蓿（Medicago sativa）及其根际微生物组 | 合成生物学 | NA | 16S rRNA基因扩增子测序、代谢组学分析、遗传工程 | NA | 序列数据、代谢物数据、生化指标数据 | 3个处理组，每组3个重复（n=3） | NA | 大肠杆菌（E. coli） | 表达表面展示的人工多糖识别蛋白Cmc的工程化细菌 | 农业 |
| 6 | 2026-09-19 |
A membrane-driven biochemical oscillator tunable by the volume to surface area ratio
2025-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.14.688573
PMID:41292784
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研究论文 | 本文提出并建模了一种基于膜磷脂浓度动态变化驱动蛋白质在膜上结合与解离的质量守恒生化振荡器，其振荡受体积与表面积比（V/A）调控 | 利用膜磷脂浓度变化和维度降低实现振荡，振荡可被体积与表面积比调控，且不依赖蛋白质翻译后修饰，可与自组装三聚体耦合影响三聚体产量 | 研究主要基于计算模拟，缺乏实验验证；振荡所需的酶动力学设计规则在低V/A时较为严格 | 设计并建模一种膜定位生化振荡器，探索其可调控性和潜在应用 | 膜驱动的生化振荡器系统，包含膜磷脂和受其调控的蛋白质 | 合成生物学 | NA | 质量作用反应动力学建模、反应-扩散模拟、随机模拟 | 确定性模型、随机模型 | 模拟数据 | NA | NA | NA | 膜定位生化振荡器、自组装三聚体耦合 | 医学、工业生物技术 |
| 7 | 2026-09-19 |
Engineered natural killer cells for cancer therapy
2025-Nov-10, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.09.013
PMID:41135520
|
综述 | 该综述总结了早期临床试验中CAR-NK细胞疗法的安全性和疗效，并讨论了合成生物学和基因编辑方法以增强NK细胞功能，以及高通量发现平台识别可操作基因靶点，为设计多工程化CAR-NK细胞克服实体瘤挑战提供路径 | 整合了早期临床试验结果、合成生物学和基因编辑技术、高通量发现平台，提出多工程化CAR-NK细胞的设计路径以克服实体瘤挑战 | 未涉及具体实验数据或原始研究，主要基于现有文献的总结和展望 | 总结NK细胞免疫疗法的临床进展，探讨工程化改造策略以提升NK细胞效力并拓展至实体瘤治疗 | NK细胞、CAR-NK细胞、肿瘤患者 | 癌症免疫治疗 | 淋巴恶性肿瘤、实体瘤 | 嵌合抗原受体（CAR）、基因编辑、合成生物学、高通量发现平台 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | 人类NK细胞 | 嵌合抗原受体（CAR） | 医学 |
| 8 | 2026-09-19 |
PIONEER: A Periplasmic Display Platform for Synthetic Biology-Based Screening of Genetically Encoded Protein Regulators
2025-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.26.684622
PMID:41280029
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为PIONEER的模块化平台，用于在酵母周质空间展示肽、蛋白质和纳米抗体，以实现对遗传编码的蛋白质调节剂的功能筛选 | PIONEER平台通过优化分泌信号和展示支架，实现了稳定的配体保留和稳健的自分泌信号传导，能够通过信号传导而非仅结合来评估配体活性，实现了功能优先的筛选 | 目前仅在人类G蛋白偶联受体上进行了验证，尚未在其他膜蛋白或可溶性蛋白靶点上广泛测试 | 开发一个基于合成生物学的周质展示平台，用于筛选和研究遗传编码的蛋白质调节剂 | 肽、蛋白质、纳米抗体、人类G蛋白偶联受体 | 合成生物学 | NA | 周质展示 | NA | NA | NA | NA | 酵母 | NA | 医学 |
| 9 | 2026-09-18 |
A comprehensive review of genomic-scale genetic engineering as a strategy to improve bacterial productivity
2025-11, Microbiology (Reading, England)
DOI:10.1099/mic.0.001628
PMID:41182907
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综述 | 本文综述了细菌基因组工程工具从随机诱变到CRISPR/Cas等精准多重编辑策略的演进，及其在提升细菌生产力中的应用。 | 针对该领域缺乏统一概述的问题，整合历史里程碑与实际应用，提供基因组工程工具演进与前景的全面视角。 | 未提及具体实验验证或数据，属于文献综述，缺乏原始实验数据支持。 | 总结基因组规模遗传工程工具在细菌中的发展历程与应用，以提升细菌生产力。 | 细菌基因组工程工具及其在细菌生产中的应用。 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | 细菌 | NA | 工业生物技术 |
| 10 | 2026-09-12 |
Efficient site-specific integration of kilobase-length DNA fragments in plant cells via Kp03 recombinase
2025-11-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116508
PMID:41187057
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研究论文 | 评估大丝氨酸重组酶Kp03在水稻和拟南芥中高效介导长达27.3 kb DNA片段位点特异性整合的能力。 | 首次系统评估Kp03重组酶在植物细胞中实现kb级DNA片段定点整合，并展示其与NM-PE基因组编辑系统联用实现内源位点靶向整合。 | 研究主要基于瞬时原生质体和水稻愈伤组织，尚未获得稳定遗传的转基因植株；整合效率随片段增大而下降。 | 开发高效植物基因组大片段定点整合工具，推动植物合成生物学发展。 | 水稻和拟南芥原生质体、水稻愈伤组织。 | 合成生物学, 植物基因组工程 | NA | 大丝氨酸重组酶介导的位点特异性整合, 原生质体瞬时转化, NM-PE基因组编辑 | NA | 分子实验数据 | 未明确说明具体样本数量 | Kp03重组酶, NM-PE | 水稻, 拟南芥 | 位点特异性重组系统 | 农业, 合成生物学 |
| 11 | 2026-08-22 |
Research progress on gut microbiota in colorectal cancer immunotherapy
2025-11, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189476
PMID:41130540
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综述 | 系统综述肠道微生物及其代谢产物在结直肠癌免疫治疗中调节免疫检查点抑制剂疗效的关键进展 | 全面总结特定菌群及代谢产物调控ICIs疗效的机制，并探讨基于合成生物学的工程菌疗法等新干预策略 | 综述基于现有文献，未包含最新未发表数据，且机制结论可能受研究异质性影响 | 为通过调节肠道微生物组优化结直肠癌免疫治疗提供理论依据 | 结直肠癌患者及肠道微生物群 | 微生物组学、肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | NA | NA | 文献数据 | NA | 合成生物学 | 肠道微生物 | 基于菌群的免疫调节通路 | 医学 |
| 12 | 2026-08-20 |
A parts list of promoters and gRNA scaffolds for mammalian genome engineering and molecular recording
2025-Nov-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02896-2
PMID:41219485
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研究论文 | 本文设计了用于哺乳动物基因组编辑和分子记录的启动子及gRNA支架的标准化部件库，并通过多重引导编辑定量其活性。 | 提供了大量现存的、祖先的、诱变的或小型化的pol III启动子和gRNA支架变体，并鉴定出数百个活性高于常用序列的部件，同时通过饱和诱变筛选增加序列多样性，并展示了在分子记录中的应用。 | 未明确提及限制，但可能涉及哺乳动物细胞中某些部件的活性差异或设计选择的局限性。 | 建立哺乳动物遗传工程的标准化部件库，以支持可预测的多重编辑和分子记录。 | 哺乳动物细胞（人类和小鼠细胞系）中的pol III启动子和gRNA支架。 | 合成生物学 | NA | 多重引导编辑 | NA | 序列数据 | 人类和小鼠细胞系中的数千个部件 | NA | 人类细胞、小鼠细胞 | 基因表达部件（启动子和gRNA支架） | 医学、工业生物技术 |
| 13 | 2026-08-20 |
A minimal SufB2C2 complex functions as a [4Fe-4S] cluster scaffold in methanogenic archaea
2025-11-04, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.02134-25
PMID:41060016
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研究论文 | 本文表征了产甲烷古菌中由SufB和SufC组成的最小双蛋白SUF系统，证明其形成稳定异源四聚体并结合[4Fe-4S]簇。 | 首次揭示产甲烷古菌中仅由SufB和SufC组成的最小双蛋白SUF系统，SufC为主要簇结合成分，且该系统代表Fe-S簇生物合成的祖先形式，拓展了Fe-S簇生物合成机制的多样性。 | 摘要中未提及研究的局限性。 | 阐明产甲烷古菌中Fe-S簇生物合成机制及其进化意义。 | 产甲烷古菌的SUF系统蛋白SufB和SufC。 | 微生物学、生物化学 | NA | 突变分析、进化比较 | NA | 蛋白质序列和结构数据 | 未在摘要中明确说明样本数量。 | NA | 产甲烷古菌 | NA | 合成生物学 |
| 14 | 2026-07-29 |
Engineered probiotics: a new era in treating inflammatory bowel disease
2025-11-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07271-y
PMID:41188868
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综述 | 总结了工程益生菌在炎症性肠病诊断和治疗中的最新研究进展，探讨其通过基因编辑工具构建以调节肠道微环境的机制 | 首次全面阐述利用CRISPR-Cas9等基因编辑工具构建的工程益生菌在IBD治疗中的多种机制，包括靶向递送抗炎因子、清除活性氧、恢复屏障完整性和调节微生物稳态，并结合智能响应系统实现实时监测和动态释放治疗分子 | 文中提及主要为临床前研究，缺乏大规模临床试验验证，可能存在的长期安全性和免疫原性问题未详细讨论 | 总结工程益生菌在炎症性肠病诊断和治疗中应用的进展，为微生物组驱动的IBD治疗干预提供见解 | 工程益生菌及其在炎症性肠病治疗中的应用 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 多种微生物（具体种类未指定） | 智能响应型工程益生菌回路，包括靶向递送抗炎因子、清除活性氧、恢复屏障功能和调节微生物稳态 | 医药 |
| 15 | 2026-07-14 |
Ultrasensitive Multiplexed Detection of Protein Biomarkers via Aptamer-Driven T7 RNA Polymerase Amplification
2025-11-04, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.5c04805
PMID:41123957
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研究论文 | 报道了一种通过适配体驱动的T7 RNA聚合酶级联扩增系统，实现血清中蛋白生物标志物的超灵敏、双通道可视化检测 | 将蛋白响应核酸电路与等温RNA转录结合，利用荧光RNA-染料复合物产生红绿荧光信号，实现免仪器的超灵敏多靶标检测，并通过红绿荧光逻辑门直观解读结果 | 未明确提及局限性，但可能涉及适配体筛选的复杂度、临床样本中基质效应及长期稳定性等潜在挑战 | 开发一种简单、高灵敏、无干扰的蛋白生物标志物多重检测方法，用于早期诊断和精准医疗 | 以甲胎蛋白和人血清白蛋白为模型蛋白的生物标志物 | 数字病理学 | 肝癌（甲胎蛋白相关） | 适配体驱动的T7 RNA聚合酶级联扩增 | NA | 荧光信号数据 | 加标和临床样本验证，回收率90%-110%，与ELISA结果高度一致 | NA | NA | 适配体驱动的T7 RNA聚合酶级联扩增电路，产生荧光RNA-染料复合物，实现逻辑门操作 | 医学 |
| 16 | 2026-06-19 |
Engineering Artificial Mitochondria with Self-Amplifying Proton Generation for Autonomous Energy Supply and Metabolic Coupling in Artificial Cells
2025-11-24, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202514980
PMID:41030094
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研究论文 | 通过将葡萄糖氧化酶和过氧化氢酶共封装于二氧化硅纳米胶囊内，构建自放大质子生成的类线粒体ATP纳米发生器，实现人工细胞自主能量供应和代谢耦合 | 首次通过定量共封装葡萄糖氧化酶和过氧化氢酶于二氧化硅纳米胶囊中，建立自增强酶级联反应放大质子生成，并结合ATP酶整合脂质体双层涂层，实现高效ATP合成 | 研究主要基于人工细胞模型（巨型单层囊泡），在更复杂细胞环境中长期稳定性和集成效率有待验证 | 构建能够自主供应能量并耦合代谢的人工线粒体，推动自下而上合成生物学发展 | 人工细胞模型中的线粒体模拟ATP纳米发生器 | 合成生物学 | NA | 酶共封装、纳米胶囊合成、ATP酶整合脂质体涂层 | NA | NA | NA | NA | NA | 自增强酶级联反应（葡萄糖氧化酶-过氧化氢酶）驱动的质子梯度，耦合ATP合酶实现ATP合成 | 合成生物学 |
| 17 | 2026-06-18 |
Genetic Surfaceome E. coli Reprogramming Enables Selective Water Oxidation
2025-11, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202508100
PMID:40817601
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研究论文 | 通过合成操纵子调控大肠杆菌表面组实现选择性水氧化 | 首次在微生物基因组层面设计合成操纵子，通过冰核蛋白锚定真菌胆红素氧化酶于细胞表面，实现接近零过电位的选择性水氧化，并完全抑制氧还原反应 | NA | 开发可再生的微生物平台用于选择性催化和人工光合作用 | 大肠杆菌表面组工程改造 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、基因工程、蛋白质表达 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌 | 合成操纵子、冰核蛋白锚定、IPTG诱导表达系统 | 能源、环境、生物催化 |
| 18 | 2026-05-23 |
Artificial cells with liquid-liquid phase separation-regulated cell-free protein synthesis
2025-Nov-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2511283122
PMID:41269793
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研究论文 | 该论文展示了利用液-液相分离调控的工程聚合物，实现对细胞自由蛋白质合成活性的可逆调控，从而构建具有可控蛋白质表达功能的人工细胞 | 提出利用液-液相分离诱导蛋白质聚集的机制，实现批量酶的抑制效果，并开发了一种微流控平台制造封装CFPS系统的人工细胞，在体内胆汁结扎小鼠模型中验证了碱性条件下蛋白质表达的显著差异 | 体内实验仅针对胆汁结扎小鼠模型，可能限制了其普适性评估 | 构建具有可调蛋白质合成能力的人工细胞，实现精确的时空蛋白质表达控制 | 液-液相分离调控的聚合物、细胞自由蛋白质合成系统、巨大单层囊泡、胆汁结扎小鼠模型 | 合成生物学 | NA | 液-液相分离、微流控技术 | NA | 实验数据 | 胆汁结扎小鼠模型（样本量未明确说明） | NA | NA | 液-液相分离调控的蛋白质聚集回路 | 生物医学 |
| 19 | 2026-05-17 |
CTRL Enables Gene-Specific RNA Regulation Using CRISPR-Cas7-11
2025-11-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00658
PMID:41202215
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研究论文 | 利用CRISPR-Cas7-11效应器开发了一种名为CTRL的基因特异性RNA调控工具，实现对mRNA和蛋白质表达的高效、可调抑制 | 首次利用CRISPR-Cas7-11的直接重复序列加工活性开发基因抑制工具，实现可调控的基因特异性RNA调控，并在多种模式系统中展示广泛适用性 | NA | 开发一种新型基因表达调控工具以实现精确的RNA靶向抑制 | 合成mRNA分子及Cas7-11效应器的多种变异体 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas7-11 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas7-11 | 多种模式系统 | CRISPR-Cas转基因可抑制元件，用于靶向合成mRNA | 医学, 生物技术 |
| 20 | 2026-05-17 |
Harnessing Fungal Secretion Systems for Precision Fermentation of Food Proteins
2025-11-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00521
PMID:41220338
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综述 | 探讨利用真菌分泌系统进行食品蛋白质精密发酵的策略与挑战 | 系统阐述了酵母和丝状真菌分泌途径在精密发酵生产食品蛋白质中的作用，并强调数据驱动的分泌效率工程是从小规模生产向工业化制造的关键 | 未提供具体实验数据支持，仅基于现有研究提出观点和未来方向 | 分析如何通过修饰分泌途径提高蛋白质分泌效率，以实现精密发酵食品蛋白质的成本效益和规模化生产 | 酵母和丝状真菌等微生物宿主及其蛋白质分泌途径 | 合成生物学, 蛋白质工程, 生物加工优化 | NA | 精密发酵, 蛋白质分泌工程 | NA | NA | NA | NA | 酵母, 丝状真菌 | 蛋白质分泌途径修饰 | 食品工业, 替代蛋白质生产 |