本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['synthetic biology']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价9.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-14 |
Bacterial Cellulose for Sustainable Food Packaging: Production Pathways, Structural Design, and Functional Modification Strategies
2025-Nov-28, Polymers
IF:4.7Q1
DOI:10.3390/polym17233165
PMID:41374852
|
综述 | 本文综述了细菌纤维素在可持续食品包装领域的生产途径、结构设计及功能改性策略 | 系统总结了通过合成生物学、绿色化学和材料工程等方法对细菌纤维素进行原位和异位功能化的最新进展,以增强其机械、阻隔、抗氧化和抗菌性能 | 细菌纤维素仍面临成本高、发酵周期长以及监管不确定性等挑战 | 探索细菌纤维素作为石油基塑料替代品,在可持续食品包装中的应用潜力 | 细菌纤维素及其复合材料 | 材料工程 | NA | 微生物发酵、合成生物学、绿色化学 | NA | 文献数据 | 基于PubMed、Scopus和Web of Science数据库1960年至2025年11月期间的相关研究 | NA | 醋酸杆菌属及相关属 | NA | 食品包装 |
| 2 | 2025-12-14 |
Cellulase secretion by engineered Pseudomonas putida enables growth on cellulose oligomers
2025-Nov-25, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-025-13617-9
PMID:41291027
|
研究论文 | 本研究通过工程化改造恶臭假单胞菌,使其分泌纤维素酶,从而实现在纤维素寡聚物上的生长 | 首次在恶臭假单胞菌中实现非原生纤维素酶的功能性分泌,并识别出优选的双精氨酸转运酶分泌信号肽 | 研究仅针对纤维素寡聚物(如纤维三糖和纤维四糖),未涉及更复杂的纤维素聚合物 | 工程化恶臭假单胞菌以分泌纤维素酶,用于降解细胞外聚合物,特别是纤维素类底物 | 恶臭假单胞菌及其分泌的纤维素酶(外切和内切纤维素酶) | 合成生物学 | NA | 分子工程、双精氨酸转运酶分泌系统 | NA | 实验数据 | 未明确指定样本数量,涉及工程化恶臭假单胞菌菌株 | 合成生物学平台、双精氨酸转运酶 | 恶臭假单胞菌 | 纤维素酶分泌途径,包括信号肽选择和酶分泌机制 | 工业生物技术、能源 |
| 3 | 2025-12-14 |
Research progress on gut microbiota in colorectal cancer immunotherapy
2025-Nov, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189476
PMID:41130540
|
综述 | 本文系统回顾了肠道菌群及其代谢微环境在调节结直肠癌免疫检查点抑制剂疗效中的关键进展 | 总结了特定细菌种类和代谢物如何影响免疫治疗反应,并讨论了基于微生物组的靶向干预策略 | NA | 探讨肠道菌群在结直肠癌免疫治疗中的作用,以优化个性化治疗策略 | 肠道菌群及其代谢物在结直肠癌免疫治疗中的调控机制 | NA | 结直肠癌 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 4 | 2025-12-12 |
Exploiting Salmonella typhimurium as a novel cancer therapeutic agent: from tumor colonization to metabolic engineering
2025-Nov-27, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-025-04716-w
PMID:41307628
|
综述 | 本文综述了利用鼠伤寒沙门氏菌作为新型癌症治疗剂的机制、代谢工程进展及当前挑战 | 独特整合了鼠伤寒沙门氏菌的多种抗癌机制,并统一视角探讨工程化菌株如何通过代谢工程增强特异性与安全性 | 细菌介导的癌症疗法仅作为现有癌症治疗的补充而非替代,存在转化挑战 | 探讨细菌介导癌症疗法(BMCT)作为克服传统治疗局限性的策略 | 鼠伤寒沙门氏菌及其工程化菌株 | NA | 癌症 | 代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 鼠伤寒沙门氏菌 | NA | 医学 |
| 5 | 2025-12-12 |
Governing Synthetic Biology: A Co-Evolutionary Framework for Sustainable Innovation
2025-Nov-26, Journal of microbiology and biotechnology
IF:2.5Q3
DOI:10.4014/jmb.2508.08001
PMID:41309363
|
综述 | 本文回顾了合成生物学的发展历程,分析了其面临的监管与政策挑战,并基于经合组织的框架提出了一个促进技术与制度框架共同演化的“协同演化”治理模型 | 提出了一个基于经合组织“新兴技术预见性治理框架”的“协同演化”模型,强调研发、战略情报、社会信任构建、敏捷监管和国际合作五个关键要素的协同 | 本文是一篇综述性文章,主要进行理论分析和框架构建,未涉及具体的实验验证或案例数据 | 探讨如何通过协同治理框架,使合成生物学的技术发展与社会制度、监管及公众接受度同步,以实现可持续创新 | 合成生物学领域的整体发展、监管政策框架及社会接受度 | NA | NA | NA | 协同演化模型 | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 6 | 2025-12-12 |
A stable and antibiotic-free plasmid expression system for Salmonella typhimurium VNP20009 in tumor therapy
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113863
PMID:41362775
|
研究论文 | 本研究为鼠伤寒沙门氏菌VNP20009开发了一种稳定且无抗生素的质粒表达系统,用于肿瘤治疗 | 通过比较不同复制子、转录控制和稳定模块,构建了无抗生素依赖的质粒平台,利用axe/txe毒素-抗毒素系统实现质粒稳定保留,并实现超过100倍的基因表达动态调控 | 研究仅在鼠类肿瘤模型(LLC和B16F10)中测试,未涉及其他肿瘤类型或更广泛的体内环境 | 开发用于肿瘤基因治疗的稳定无抗生素质粒表达系统 | 鼠伤寒沙门氏菌VNP20009作为肿瘤靶向载体 | 合成生物学 | 肿瘤 | 质粒工程、毒素-抗毒素系统 | NA | NA | 鼠类肿瘤模型(LLC和B16F10) | Gibson Assembly, BioBrick | Salmonella typhimurium VNP20009 | 质粒表达系统,包含复制子、可调启动子-RBS组合和axe/txe毒素-抗毒素稳定模块 | 医学 |
| 7 | 2025-12-12 |
A Computational Framework for Optimal and Model Predictive Control of Stochastic Gene Regulatory Networks
2025 Nov-Dec, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3598449
PMID:40911462
|
研究论文 | 本文开发了一个用于随机基因调控网络的最优和模型预测控制的计算框架,旨在高效管理分子噪声并精确调控细胞群体行为 | 通过部分积分-微分方程高效近似化学主方程,实现高计算效率、精确控制概率密度函数以微调细胞群体复杂行为,并稳健处理内在分子噪声 | NA | 为合成生物学中随机生物分子系统的精确控制提供高效计算框架 | 随机基因调控网络 | 计算生物学 | NA | 部分积分-微分方程近似、伴随优化方法 | 模型预测控制 | NA | NA | NA | NA | 诱导基因调控回路 | 合成生物学 |
| 8 | 2025-12-10 |
Microalgae-based vaccines for aquaculture
2025-Nov, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.04.001
PMID:40268646
|
综述 | 本文介绍了基于微藻的口服疫苗在水产养殖中的应用,旨在通过可持续方式增强鱼类免疫力并控制疾病爆发 | 提出了基于微藻的口服疫苗的理性设计,并讨论了其口服递送和免疫益处,结合合成生物学和鱼类免疫代谢的进展推动创新 | NA | 探讨微藻基疫苗在水产养殖中的可持续应用,以增强鱼类免疫力和减少疾病 | 微藻基口服疫苗及其在水产养殖鱼类中的应用 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 微藻 | NA | 农业 |
| 9 | 2025-12-09 |
AI and mechanistic modeling for characterizing biosynthetic pathways of natural products
2025-Nov-07, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d5np00059a
PMID:41200906
|
综述 | 本文综述了2020年至2025年间,人工智能和机制建模在表征天然产物生物合成途径中的应用与进展 | 整合人工智能预测方法和机制模拟,以加速天然产物的发现、工程化及应用,特别是在药物发现和生物技术领域 | NA | 加速天然产物的发现、工程化及其在药物发现、生物技术和合成生物学中的应用 | 天然产物的生物合成途径 | 机器学习 | NA | 人工智能、机制建模 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 药物发现, 生物技术, 合成生物学 |
| 10 | 2025-12-09 |
Halogenases and dehalogenases: mechanisms, engineering, and applications
2025-Nov-03, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d5np00055f
PMID:41181914
|
综述 | 本文综述了卤化酶和脱卤酶在机制、工程改造及应用方面的最新进展,重点关注其在生物合成和生物修复中的集成应用 | 系统总结了不同类型卤化酶和脱卤酶的最新工程化进展,并探讨了将其整合到可扩展平台中的合成生物学策略 | NA | 探讨卤化酶和脱卤酶在生物催化卤化与脱卤反应中的机制、工程改造潜力及其工业与环境应用 | 卤化有机化合物、卤化酶(包括卤过氧化物酶、黄素依赖型、α-酮戊二酸依赖型、SAM依赖型等)和脱卤酶(还原型、水解型、氧化型) | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程、酶工程、生物催化 | NA | NA | NA | 蛋白质工程 | NA | NA | 医药, 农业, 环境, 材料, 工业生物技术 |
| 11 | 2025-12-07 |
Engineering lignin pathway, plant cell wall modification, and genome editing for advanced renewable bioenergy and material applications
2025-Nov-29, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108772
PMID:41325824
|
综述 | 本文综述了木质素生物合成、调控与工程化,以及植物细胞壁修饰和基因组编辑在可再生生物能源和可持续生物材料应用中的最新进展与未来方向 | 整合了CRISPR/Cas基因组编辑、合成启动子、代谢重编程等新兴工具,并提出了结合多组学、单细胞技术、机器学习和田间验证的未来研究方向 | 从实验室到田间的转化应用仍然有限,且存在单木质醇运输、代谢通量控制和物种特异性调控差异等未解决的挑战 | 通过工程化木质素和修饰植物细胞壁,为可再生生物能源、可持续生物材料和循环生物经济提供技术支持 | 木质素生物合成途径、植物细胞壁、相关遗传与代谢网络 | 合成生物学与植物生物技术 | NA | CRISPR/Cas基因组编辑、合成启动子、代谢重编程、多组学分析、单细胞技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 植物 | 木质素生物合成途径工程、代谢网络重编程 | 能源, 材料, 工业生物技术, 医药 |
| 12 | 2025-12-07 |
Automated Genetic Manipulation for the Construction of Pichia pastoris Cell Factories
2025-Nov-27, Chem & bio engineering
DOI:10.1021/cbe.5c00033
PMID:41340629
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于BioFoundry的自动化遗传操作流程,用于快速构建毕赤酵母细胞工厂 | 首次报道了针对毕赤酵母的自动化高通量遗传操作系统,实现了高效的基于热激的转化和基因组编辑,并自动化表征了96个内源启动子 | 研究主要针对毕赤酵母,其他非模式酵母的适用性有待进一步验证 | 构建和优化微生物细胞工厂,特别是用于重组蛋白表达和天然产物生物合成 | 毕赤酵母(Pichia pastoris) | 合成生物学 | NA | 自动化遗传操作、基因组编辑、启动子表征 | NA | NA | 96个内源启动子 | BioFoundry | 毕赤酵母(Pichia pastoris) | 细胞工厂构建,用于生产倍半萜α-檀香烯和α-檀香醇 | 工业生物技术 |
| 13 | 2025-12-07 |
In silico approaches for discovering microbial antiviral defense systems
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf619
PMID:41348595
|
综述 | 本文综述了用于发现微生物抗病毒防御系统的计算策略,包括序列同源性、结构引导、基因组上下文和人工智能方法 | 将计算方法分为四大策略,并讨论了新兴工具如保守基因簇发现工具和基因组基础模型,以支持合成模块的生成设计 | 序列同源性方法在检测高度分化或新系统方面有限,结构引导方法计算成本高 | 系统探索微生物免疫系统,指导理性噬菌体疗法、微生物组工程和合成生物学应用 | 原核生物的多样化抗病毒防御系统 | 生物信息学 | NA | 高通量测序 | 人工智能方法 | 基因组数据 | NA | NA | 原核生物 | NA | 医学, 农业, 环境, 工业生物技术 |
| 14 | 2025-12-06 |
Intracellular biosensors by functional nanomaterial-integrated CRISPR technologies for real-time molecular sensing
2025-Nov-24, Chemical communications (Cambridge, England)
DOI:10.1039/d5cc05016b
PMID:41277417
|
综述 | 本文综述了基于CRISPR技术和纳米材料集成的细胞内生物传感器在实时分子传感方面的最新进展 | 将CRISPR系统的可编程性和靶向特异性与纳米材料(如金纳米颗粒、量子点)相结合,以增强细胞内递送效率、信号放大和传感器稳定性,实现复杂细胞环境中的多模态传感和单细胞分辨率分析 | 当前挑战包括精确递送、生物相容性和长期监测等问题 | 开发用于实时、动态监测细胞过程和分子事件的细胞内生物传感器 | 细胞内信号,包括核酸、非编码RNA和小分子代谢物 | 合成生物学 | NA | CRISPR技术(Cas9、Cas12、Cas13)与纳米技术(金纳米颗粒、量子点、DNA纳米结构、上转换纳米颗粒)集成 | NA | 分子传感信号 | NA | CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12, CRISPR-Cas13 | 哺乳动物细胞 | 生物传感器(用于检测核酸、非编码RNA、小分子代谢物) | 医学, 合成生物学 |
| 15 | 2025-12-05 |
Geminivirus vectors: From gene silencing to synthetic biology
2025-Nov-29, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108771
PMID:41325825
|
综述 | 本文综述了双生病毒载体从基因沉默到合成生物学的应用发展 | 强调双生病毒载体在病毒诱导基因沉默和合成生物学中的突出作用,包括作为质粒样DNA支持植物合成生物学设计,以及跨王国应用的潜力 | NA | 探讨双生病毒载体在作物改良、生物制造和合成生物学中的创新应用 | 双生病毒及其衍生的功能复制子 | 合成生物学 | NA | 病毒诱导基因沉默、CRISPR/Cas基因组编辑 | NA | NA | NA | CRISPR/Cas | 植物 | 基因调控元件,如组织特异性启动子和基因表达增强序列 | 农业, 工业生物技术 |
| 16 | 2025-12-05 |
An integrated engineered microbial system for copper biosorption, real-time monitoring, and magnetic recovery in water remediation
2025-Nov-28, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2025.133732
PMID:41319880
|
研究论文 | 本研究构建了一个集铜吸附、实时监测与磁回收于一体的工程微生物系统,用于水体重金属修复 | 首次将重金属吸附肽展示、铜浓度动态监测遗传回路与SpyTag/SpyCatcher磁回收系统整合于单一工程菌株 | 未明确说明系统在长期运行中的稳定性及对其他重金属的交叉反应性 | 开发高效、可监测、可回收的合成生物学重金属修复系统 | 工程改造的大肠杆菌(E. coli)菌株 | 合成生物学 | 重金属污染相关健康风险 | 合成遗传回路设计、表面展示技术、磁纳米颗粒功能化 | NA | 实验数据(吸附容量、回收率、生物毒性测试) | 实验室及真实环境水样(具体数量未说明) | OmpA锚定系统、SpyTag/SpyCatcher系统 | 大肠杆菌(E. coli) | 铜感应遗传回路(含T RNA聚合酶级联放大与降解标签)、表面展示系统(OmpA锚定重金属结合肽、Curli纳米纤维展示SpyTag) | 环境修复 |
| 17 | 2025-12-05 |
Magneto-Photonic Gene Circuit for Minimally Invasive Control of Gene Expression in Mammalian Cells
2025-Nov-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.688514
PMID:41332601
|
研究论文 | 本文开发了一种结合磁刺激和生物发光的基因回路,用于在哺乳动物细胞中实现无创、精确的基因表达控制 | 首次报道了由光和磁刺激共同激活的基因回路,利用磁敏感蛋白构建了可被磁场(50mT)驱动的分裂型发光酶,实现了细胞内自产生光信号 | 未在深层组织或活体动物模型中验证其有效性,磁刺激的穿透深度和空间分辨率可能受限 | 开发一种无需外部光源、通过磁控生物发光实现基因表达精确调控的新方法 | 哺乳动物细胞 | 合成生物学 | NA | 蛋白工程、分子生物学、光遗传学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 哺乳动物细胞 | 光敏转录因子结合生物发光酶(磁控分裂型)的基因回路,实现磁控光激活的基因表达开关 | 医学(基因治疗) |
| 18 | 2025-12-05 |
Chimeric antigen receptor-based cellular therapy for T-cell malignancies
2025-Nov-22, Critical reviews in oncology/hematology
DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.105044
PMID:41285209
|
综述 | 本文综述了基于嵌合抗原受体(CAR)的细胞疗法在T细胞恶性肿瘤中的应用,探讨了多种免疫效应细胞、抗原靶向策略、新兴技术及最新临床试验 | 聚焦于T细胞恶性肿瘤中CAR疗法的挑战,如抗原共享导致的细胞自相残杀和T细胞发育不全,并讨论了多种免疫效应细胞(如NK细胞、NKT细胞)的应用 | NA | 改善复发或难治性T细胞恶性肿瘤的CAR基细胞疗法效果 | T细胞恶性肿瘤患者 | 合成生物学 | T细胞恶性肿瘤 | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | T细胞 | 嵌合抗原受体(CAR)设计,使用单链可变片段(scFv)识别肿瘤相关抗原 | 医学 |
| 19 | 2025-12-04 |
A deep dive into plant metabolomics: Milestones, technologies, and translational impact
2025-Nov-26, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiaf408
PMID:40991682
|
综述 | 本文综述了植物代谢组学的发展历程、技术进展及其在植物生物学和农业应用中的翻译影响 | 总结了超过500个开源计算工具,并探讨了成像质谱、单细胞代谢组学、AI驱动的代谢物识别等新兴技术 | NA | 评估植物代谢组学在功能基因组学、作物改良和合成生物学中的作用 | 植物代谢组学数据、工具和应用 | NA | NA | 代谢组学、成像质谱、单细胞代谢组学、转录组-代谢组联合分析 | NA | 代谢组学数据集 | NA | NA | NA | NA | 农业、医学、生物技术 |
| 20 | 2025-12-03 |
Architects of plant immunity: Structure-informed strategies for engineering plant nucleotide-binding leucine-rich repeat receptors
2025-Nov-30, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2025.102828
PMID:41325717
|
综述 | 本文综述了基于结构信息工程化植物NLR受体以增强植物免疫系统的策略 | 结合分子结构理解和合成生物学工具,开发了针对NLR受体的工程化方法,如整合域工程和LRR表面重塑,以扩展病原体识别能力 | NA | 工程化植物核苷酸结合富含亮氨酸重复序列(NLR)受体,以增强植物对病原体的免疫反应 | 植物NLR受体及其结构 | 合成生物学 | 植物病害 | 结构建模、合成生物学工具 | NA | 结构数据 | NA | NA | 植物 | NA | 农业 |