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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-11-27 |
Innovative insights into gut microbiota modulation in colorectal cancer: From microbial dysbiosis to therapeutic strategies
2025-Nov-15, World journal of gastrointestinal oncology
IF:2.5Q3
DOI:10.4251/wjgo.v17.i11.108747
PMID:41281485
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综述 | 探讨肠道微生物群失调在结直肠癌发病机制和进展中的作用及相应治疗策略 | 系统阐述微生物代谢产物与宿主尿素循环等通路在肿瘤发生中的相互作用,并提出基于合成生物学的工程益生菌等创新疗法 | 未具体说明研究中涉及的样本规模和临床验证数据 | 解析肠道微生物群在结直肠癌中的作用机制并开发新型治疗策略 | 结直肠癌相关的肠道微生物群落及其代谢产物 | NA | 结直肠癌 | 微生物组分析、代谢组学 | NA | 微生物组数据、代谢物数据 | NA | 合成生物学 | 工程益生菌 | 微生物调控回路 | 医学 |
| 62 | 2025-11-27 |
NMR-guided rational exploration of co-factors in boosting the Pfu DNA polymerase
2025-Nov, Magnetic resonance letters
DOI:10.1016/j.mrl.2025.200218
PMID:41278258
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研究论文 | 本研究利用NMR技术指导探索能够增强Pfu DNA聚合酶性能的辅助因子 | 开发了一种不依赖结构数据或生物信息学的NMR引导方法,利用酶活性位点作为探针筛选辅助因子 | 方法验证仅使用了Tween-20作为模型系统,需要进一步在不同酶系统中验证普适性 | 优化DNA聚合酶的热稳定性和持续性,提升其性能 | Pfu DNA聚合酶及其辅助因子 | 合成生物学 | NA | 核磁共振(NMR)光谱技术 | NA | 蛋白质结构数据 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 63 | 2025-11-27 |
A pipeline for screening small molecule-enhanced protein stability in a bacterial orphan receptor
2025-Nov, Protein science : a publication of the Protein Society
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/pro.70330
PMID:41074865
|
研究论文 | 本研究开发了一种筛选小分子增强细菌孤儿受体蛋白稳定性的流程,并以CU228转录因子为模型系统进行验证 | 建立了结合生物信息学分析、差示扫描荧光法、微流控调制光谱和饱和转移差示NMR的多技术联用流程,成功识别出三种能显著提高孤儿PAS蛋白稳定性的小分子配体 | 研究仅使用了约760种化合物的片段库,可能未覆盖所有潜在配体;配体亲和力处于微摩尔级别,属于片段水平结合 | 开发筛选小分子配体的方法,用于表征和工程化孤儿PAS蛋白 | 来自Candidatus Solibacter usitatus的CU228转录因子(PAS-HTH型) | 合成生物学 | NA | 差示扫描荧光法, 微流控调制光谱, 饱和转移差示NMR, 生物信息学分析 | NA | 蛋白质结构数据, 热稳定性数据, 光谱数据 | 约760种化合物片段库,鉴定出3种有效配体 | NA | NA | NA | 生物技术, 合成生物学 |
| 64 | 2025-11-26 |
Spontaneous Formation of Oil-Rich Polymer-Only Droplet Interface Bilayers Assembled from PB-PEO Block Copolymers
2025-Nov-25, Langmuir : the ACS journal of surfaces and colloids
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acs.langmuir.5c03308
PMID:41223304
|
研究论文 | 本研究报道了由PB-PEO嵌段共聚物自发形成的纯聚合物液滴界面双层膜(pDIBs)的制备与表征 | 首次实现了无需磷脂、外部偏压或共溶剂的纯聚合物液滴界面双层膜的自发形成,其膜电阻和疏水厚度显著优于传统脂质膜 | 研究仅针对PB-PEO嵌段共聚物和两种烃类油,尚未探索更广泛的聚合物和油相体系 | 开发新型聚合物膜系统以克服传统脂质膜的机械脆弱性和组成限制 | 聚丁二烯-聚环氧乙烷(PB-PEO)两亲性嵌段共聚物在烃油中形成的界面膜 | 合成生物学 | NA | 界面张力测定法、电生理学、成像技术 | NA | 物理化学测量数据、电生理记录、图像数据 | NA | NA | NA | 仿生离子传导膜系统 | 合成生物学, 仿生材料, 组织工程 |
| 65 | 2025-11-26 |
Light-controlled synthetic communication networks via paired connexon nanopores
2025-Nov-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66621-y
PMID:41274894
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研究论文 | 本研究通过工程化连接蛋白通道在脂质体合成细胞间建立了光控通信网络 | 首次设计出UV和近红外光响应的连接蛋白通道,实现合成细胞间正交信号分子的波长依赖性传输 | 仅验证了反应性信号分子的传输,尚未测试更复杂的生物分子或体内应用 | 在基于脂质体的合成细胞中模拟生物细胞间的通信网络 | 连接蛋白43和连接蛋白32工程化通道及脂质体合成细胞 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程、脂质体组装、光控技术 | NA | 实验数据 | NA | 蛋白质工程 | 脂质体合成细胞 | 光控连接蛋白纳米孔通信网络,包含UV响应和近红外响应的正交通道 | 合成生物学、生物技术 |
| 66 | 2025-11-26 |
PIONEER: A Periplasmic Display Platform for Synthetic Biology-Based Screening of Genetically Encoded Protein Regulators
2025-Nov-20, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110967
PMID:41274507
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研究论文 | 开发了一种名为PIONEER的酵母周质展示平台,用于筛选和研究基因编码的蛋白质调控因子 | 通过优化分泌信号和展示支架,实现了稳定的配体保留和强大的自分泌信号传导,能够通过信号传导而非单纯结合来评估配体活性 | 虽然以GPCRs为例进行了演示,但平台对其他膜蛋白和可溶性蛋白靶标的适应性需要进一步验证 | 开发合成生物学筛选平台,用于研究基因编码的蛋白质调控因子 | 肽段、蛋白质、纳米抗体和人类G蛋白偶联受体 | 合成生物学 | NA | 周质展示技术、自分泌信号检测 | NA | 蛋白质活性数据、信号传导数据 | NA | 合成生物学平台 | 酿酒酵母 | 膜近端周质空间定位系统、信号传导检测系统 | 医学、工业生物技术 |
| 67 | 2025-11-26 |
Biofortified Bacteria: The Role of Selenium-Enriched Microorganisms in Enhancing Animal Selenium Uptake-A Review
2025-Nov, Journal of animal physiology and animal nutrition
IF:2.2Q1
DOI:10.1111/jpn.70001
PMID:40674621
|
综述 | 探讨富硒微生物作为新型有机硒补充策略在畜禽营养中的应用潜力 | 提出利用基因工程改造的富硒细菌作为可持续的有机硒补充新途径 | 菌株选择、发酵工艺、生物安全性、监管合规和长期饲喂试验效果验证等关键挑战尚未完全解决 | 研究富硒微生物在改善动物硒营养状况中的应用 | 家禽和反刍动物 | NA | NA | 基因工程、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 模块化遗传电路 | 细菌 | 硒响应生物传感器、可控生物转化途径 | 农业, 生物医学, 环境修复 |
| 68 | 2025-11-25 |
Unveiling the landscape of prokaryotic global regulators through deep protein language models
2025-Nov-24, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/msystems.00950-25
PMID:41283681
|
研究论文 | 利用深度蛋白质语言模型系统性地绘制了原核生物全局调控因子的全景图谱 | 开发了基于深度学习的大规模全局调控因子识别框架,能够发现传统方法无法检测的远程同源物和新型调控因子 | 研究中包含76,113个功能未知的蛋白质,其生物学意义有待进一步验证 | 系统探索原核生物全局调控因子的多样性和进化动态 | 14,800个细菌和古菌型菌株基因组中的全局调控因子 | 机器学习 | NA | 蛋白质语言模型、深度学习 | 深度学习模型 | 蛋白质序列、基因组数据 | 14,800个原核生物型菌株基因组,74,872个经过整理的全局调控因子序列 | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 69 | 2025-11-25 |
Development of new Thermus thermophilus-Escherichia coli shuttle vectors
2025-Nov-24, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.02102-25
PMID:41283684
|
研究论文 | 开发了基于温泉栖热菌新型质粒的Thermus thermophilus-Escherichia coli穿梭载体系统 | 发现了五种含新型复制蛋白的质粒,其中两个含毒素-抗毒素样模块可显著增强质粒稳定性 | NA | 开发适用于Thermus thermophilus的稳定穿梭载体系统 | Thermus thermophilus菌株及其质粒 | 合成生物学 | NA | 质粒构建、定量PCR、基因克隆 | NA | 基因组数据、质粒稳定性数据 | 从日本濑波温泉分离的Thermus thermophilus菌株中的五种质粒 | Gibson Assembly, 质粒克隆 | Therthermophilus, Escherichia coli | 木聚糖利用途径(13 kbp)分割重建 | 工业生物技术 |
| 70 | 2025-11-25 |
Photo-excited extracellular electron transfer of electroactive microorganism triggers RAFT polymerization
2025-Nov-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65119-x
PMID:41271685
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研究论文 | 本研究开发了一种利用电活性微生物触发RAFT聚合的新方法,通过希瓦氏菌分泌的黄素介导电子转移来持续产生自由基 | 首次实现了电活性微生物触发的无末端基团异质性聚合,将微生物胞外电子传递途径与光诱导电子转移相结合 | NA | 开发生物触发的高效可控聚合平台 | 希瓦氏菌及其分泌的黄素分子 | 合成生物学 | NA | RAFT聚合、光诱导电子转移、基因工程 | NA | 实验数据 | NA | 合成生物学工具 | Shewanella oneidensis | 增强黄素生物合成和运输的基因回路 | 材料科学, 工业生物技术 |
| 71 | 2025-11-25 |
Systems biology and microbiome innovations for personalized diabetic retinopathy management
2025-Nov-21, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-025-00607-w
PMID:41271801
|
综述 | 本文探讨利用系统生物学和微生物组创新技术开发糖尿病视网膜病变的个性化管理策略 | 提出通过工程化益生菌递送ACE2的创新疗法,并建立整合计算方法的个性化系统管理框架 | NA | 开发糖尿病视网膜病变的个性化管理系统 | 糖尿病视网膜病变及其与肠道微生物组的关联 | 系统生物学 | 糖尿病视网膜病变 | 合成生物学、计算技术 | NA | NA | NA | NA | 益生菌 | 递送血管紧张素转换酶2(ACE2)的工程化系统 | 医学 |
| 72 | 2025-11-24 |
Genetically Encoded Sensors for Monitoring Intracellular Redox Health of the Pathogenic Fungus Cryptococcus neoformans
2025-Nov-22, ACS sensors
IF:8.2Q1
DOI:10.1021/acssensors.5c01883
PMID:41273792
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研究论文 | 本研究开发了用于实时监测致病真菌新型隐球菌细胞内氧化还原状态的基因编码传感器 | 首次为担子菌门病原真菌开发了基因编码的氧化还原传感器,实现了对细胞内氧化还原状态的实时监测 | 该传感器系统目前仅适用于新型隐球菌,在其它真菌中的应用需要进一步验证 | 研究致病真菌在宿主免疫压力下的氧化还原调控机制 | 致病真菌新型隐球菌及其氧化还原调控系统 | 合成生物学 | 真菌感染 | 基因编码传感器、荧光监测技术 | NA | 荧光成像数据 | NA | 基因编码传感器 | Cryptococcus neoformans | 氧化还原生物传感器,与隐球菌氧化还原蛋白连接 | 医学 |
| 73 | 2025-11-24 |
Hierarchy of Hydrophobic and Electrostatic Interactions in DNA-Membrane Phase Selectivity
2025-Nov-19, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.5c13271
PMID:41217012
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研究论文 | 本研究探讨疏水锚定和静电作用如何调控DNA在液相有序和液相无序脂质域中的分配行为 | 揭示了疏水锚定和静电作用在DNA-膜相选择性中的层级调控机制,建立了以疏水锚定控制相特异性、多价性调节结合强度、离子条件作为次级调控因子的设计层级 | 未涉及复杂生物膜环境中的验证 | 理解DNA-脂质界面在相分离膜中的设计原理 | DNA纳米结构与脂质膜的相互作用 | 合成生物学 | NA | DNA纳米技术、脂质膜相分离研究 | NA | 生物物理相互作用数据 | NA | DNA纳米结构功能化 | NA | 相选择性DNA-膜界面 | 药物递送,合成生物学,仿生DNA材料 |
| 74 | 2025-11-24 |
From the bench to the reactor: engineered filamentous fungi for biochemical and biomaterial production
2025-Nov-18, Biotechnology for biofuels and bioproducts
IF:3.3Q3
DOI:10.1186/s13068-025-02712-8
PMID:41254789
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综述 | 本文综述了工程化丝状真菌在生物化学品和生物材料生产中的应用进展与前景 | 重点介绍了CRISPR-Cas9介导的菌株改良等代谢工程和蛋白质工程最新进展,并探讨了真菌生物技术在循环经济和生物基经济中的整合潜力 | 丝状真菌的系统性合成生物学应用仍处于起步阶段,需要进一步发展基因工程和工艺设计 | 探讨工程化丝状真菌在生物化学品和生物材料生产中的工业应用潜力 | 丝状真菌及其工程化菌株 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、蛋白质工程、CRISPR-Cas9 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 丝状真菌 | 代谢通路工程、蛋白质表达系统 | 工业生物技术, 材料, 食品, 环境 |
| 75 | 2025-11-24 |
Engineered natural killer cells for cancer therapy
2025-Nov-10, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.09.013
PMID:41135520
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综述 | 本文总结了工程化自然杀伤细胞在癌症治疗中的临床应用进展及合成生物学改进策略 | 系统阐述通过精准基因编辑增强CAR-NK细胞效应功能、持久性和抗肿瘤微环境能力的新方法 | 主要基于早期临床试验数据,尚未涉及大规模验证 | 推动工程化NK细胞在实体瘤治疗中的应用发展 | 嵌合抗原受体自然杀伤细胞(CAR-NK) | 合成生物学 | 癌症 | 基因编辑、高通量筛选平台 | NA | 临床试验数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 自然杀伤细胞 | 嵌合抗原受体(CAR)设计、多基因工程改造 | 医学 |
| 76 | 2025-11-24 |
Multiscale metabolic engineering in biological lignin valorization
2025-Nov-03, Innovation (Cambridge (Mass.))
DOI:10.1016/j.xinn.2025.100993
PMID:41268496
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综述 | 本文综述了合成生物学指导的多尺度代谢调控在木质素生物增值中的应用 | 提出合成生物学指导的多尺度代谢调控方法,协调木质素降解菌株的细胞内资源分配 | NA | 提高木质素生物转化效率,促进木质素基生物经济的可持续发展 | 木质素降解菌株及其代谢调控机制 | 合成生物学 | NA | 多尺度代谢调控、生物转化、基因组-表型分析、学习预测 | NA | NA | NA | NA | 木质素降解菌株 | 代谢通路网络、代谢通量平衡 | 能源, 工业生物技术, 环境 |
| 77 | 2025-11-24 |
Isolation, engineering and ecology of temperate phages from the human gut
2025-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09614-7
PMID:41094135
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研究论文 | 本研究通过培养和诱导人类肠道细菌中的温和噬菌体,揭示了前噬菌体多样性及其与宿主相互作用的机制 | 首次大规模表征人类肠道来源的可诱导前噬菌体,构建合成微生物组模型,发现人类宿主细胞产物可作为诱导剂 | 仅18%计算预测的前噬菌体能在纯培养中被诱导,培养条件可能无法完全模拟体内环境 | 理解人类肠道中温和噬菌体的生物学特性和功能 | 人类肠道细菌中的前噬菌体 | 微生物组学 | NA | 宏基因组学、数据挖掘、培养组学、共培养技术 | NA | 基因组数据、实验数据 | 252株人类肠道细菌分离株,134个可诱导前噬菌体 | 合成生物学方法 | 人类肠道细菌 | 78成员合成微生物组 | 合成生物学, 生物技术, 微生物组 |
| 78 | 2025-11-23 |
Site-Specific OaAEP1 Mediated Functional Proteins Immobilization on Magnetic Nanoparticles and the Recyclings
2025-Nov-21, Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/chem.202502540
PMID:41273006
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研究论文 | 开发基于OaAEP1肽连接酶的位点特异性蛋白质固定策略,实现功能蛋白在磁性纳米颗粒上的可控定向固定与循环利用 | 利用OaAEP1酶催化N端GL与C端NGL基序的特异性连接,实现蛋白质在纳米颗粒表面的定向固定和高效率固定 | NA | 开发精确稳定的蛋白质固定方法以推动生物催化、生物传感和合成生物学应用 | 荧光蛋白和催化活性酶(TEV蛋白酶和Taq聚合酶)在FeO和FeO@SiO磁性纳米颗粒上的固定 | 合成生物学 | NA | OaAEP1介导的肽连接技术 | NA | NA | NA | OaAEP1 | NA | 蛋白质-纳米颗粒功能界面构建 | 生物催化,生物传感,纳米生物技术,蛋白质工程 |
| 79 | 2025-11-23 |
Features and functional mechanisms of super-enhancers in cardiovascular disorders, cancer, autoimmune diseases and neurodegenerative disorders
2025-Nov-16, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112252
PMID:41253192
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综述 | 本文系统阐述超级增强子在心血管疾病、癌症、自身免疫疾病和神经退行性疾病中的特征、功能机制及靶向治疗策略 | 聚焦液-液相分离驱动的生物分子凝聚体形成机制,并系统评估针对超级增强子的创新靶向策略 | NA | 解析超级增强子在疾病中的转录调控机制并探讨靶向治疗前景 | 超级增强子的结构层次、动态组装机制及其在疾病中的作用 | 表观遗传学 | 心血管疾病,癌症,自身免疫疾病,神经退行性疾病 | CRISPR, 合成生物学, 表观遗传调控 | NA | 基因组学数据 | NA | CRISPR, 合成生物学 | NA | NA | 医学 |
| 80 | 2025-11-23 |
Potential biosafety risks of synthetic biology microorganism leakage in industry settings to drinking water: A review
2025-Nov-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.140169
PMID:41110321
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综述 | 综述工业环境中合成生物学微生物泄漏对饮用水生物安全的潜在风险 | 首次系统分析工业用合成生物学微生物通过废水排放进入自然水体后,其增强的消毒剂抗性及在饮用水系统中利用有限碳源生产生物产物的双重风险 | 未提出具体的监管框架或量化风险评估模型 | 探讨合成生物学微生物在工业应用中的生物安全风险及其对饮用水安全的影响 | 合成生物学微生物(SynBioMs)及其在工业环境中的泄漏途径 | 合成生物学 | NA | 膜工程、应激反应工程、转录因子工程 | NA | 文献资料 | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 大肠杆菌, 酿酒酵母, 枯草芽孢杆菌 | 营养缺陷型设计、遗传回路 | 工业生物技术, 环境 |