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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-11-22 |
CTRL Enables Gene-Specific RNA Regulation Using CRISPR-Cas7-11
2025-Nov-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00658
PMID:41202215
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研究论文 | 开发了一种基于CRISPR-Cas7-11的新型基因调控工具CTRL,用于实现基因特异性RNA调控 | 利用新发现的CRISPR-Cas7-11效应子的直接重复序列处理活性,首次开发出能够位点特异性靶向合成mRNA分子的基因调控工具 | NA | 开发精确的基因表达调控技术,用于生物和生化网络的全面研究 | 合成mRNA分子和基因表达调控 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas7-11基因编辑技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas7-11 | NA | 基因表达调控系统 | 医学,工业生物技术 |
| 82 | 2025-11-22 |
Harnessing Fungal Secretion Systems for Precision Fermentation of Food Proteins
2025-Nov-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00521
PMID:41220338
|
观点文章 | 探讨利用真菌分泌系统提高精密发酵生产食品蛋白质效率的策略 | 提出通过数据驱动的分泌途径工程化改造来提高蛋白质分泌效率的创新方法 | NA | 提高精密发酵生产食品蛋白质的商业可行性和规模化生产能力 | 真菌分泌系统和食品蛋白质生产 | 合成生物学 | NA | 蛋白质分泌技术 | NA | NA | NA | 合成生物学, 蛋白质工程 | 酵母, 丝状真菌 | 蛋白质分泌途径 | 食品, 工业生物技术 |
| 83 | 2025-11-22 |
Advanced Large DNA Manipulation Technologies for Constructing Microbial Cell Factories
2025-Nov-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00539
PMID:41105858
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综述 | 系统总结大片段DNA操作技术的核心原理与最新进展及其在构建微生物细胞工厂中的应用 | 首次系统归纳四类大片段DNA操作技术,并阐述其在获取复杂生物合成基因簇、构建多基因生物合成途径等领域的创新应用 | NA | 推动大片段DNA操作技术发展并扩展其在构建高性能微生物细胞工厂中的应用 | 大片段DNA操作技术及其在微生物细胞工厂构建中的应用 | 合成生物学 | NA | 大片段DNA克隆、组装、递送和重排技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick | 微生物细胞 | 多基因生物合成途径、复杂遗传模块、代谢网络结构重连与模块化重建 | 工业生物技术 |
| 84 | 2025-11-22 |
An efficient system for plastid transformation in an edible medicinal herb
2025-Nov-20, Transgenic research
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s11248-025-00469-2
PMID:41266676
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研究论文 | 本文开发了一种针对药用植物龙葵的高效质体转化系统 | 首次为茄科重要药用植物龙葵建立了稳定可靠的质体转化体系,突破了质体转化技术主要局限于烟草等少数植物的限制 | NA | 开发适用于龙葵的质体转化技术,拓展质体工程在药用植物研究中的应用 | 龙葵(Solanum nigrum)植物叶片外植体 | 合成生物学 | NA | 质体转化、基因枪轰击、PCR、Southern印迹、共聚焦激光扫描显微镜 | NA | 分子生物学数据、荧光成像数据 | NA | 基因枪 | 龙葵 | 质体转化载体,包含壮观霉素抗性基因(aadA)和绿色荧光蛋白报告基因(gfp),整合于trnfM和trnG基因之间 | 医药、农业 |
| 85 | 2025-11-22 |
Enhancing Escherichia coli production of material proteins using circular mRNAs
2025-Nov-19, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.01579-25
PMID:41055377
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研究论文 | 本研究开发了一种环状mRNA表达系统,用于提高大肠杆菌中材料蛋白的产量 | 利用自切割核酶构建环状mRNA结构,结合绝缘RNA环提高蛋白翻译效率,显著增强重复序列蛋白的表达稳定性 | NA | 解决高分子量重复序列蛋白在微生物宿主中表达不稳定和产量低的问题 | 材料蛋白(包括蛛丝蛋白、肌联蛋白重复序列、贻贝足蛋白寡聚体和丝蛋白-淀粉样重复序列) | 合成生物学 | NA | 环状mRNA技术,逆转录DNA扩增测序 | NA | 蛋白质表达数据,质粒稳定性数据 | 多种材料蛋白(包括96-mer重复的牵引丝蛋白等) | 自切割核酶,绝缘RNA环 | 大肠杆菌 | 环状mRNA表达系统 | 工业生物技术,材料 |
| 86 | 2025-11-22 |
Illuminating the dark majority: photobiology of nonphotosynthetic bacteria
2025-Nov, Photochemical & photobiological sciences : Official journal of the European Photochemistry Association and the European Society for Photobiology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s43630-025-00789-6
PMID:41114917
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综述 | 综述非光合细菌的光生物学研究,揭示其通过光感受器介导的膜电位调节、应激反应和趋光性等生理过程 | 首次系统阐述非光合细菌利用光作为环境信号的分子机制,打破传统认为光仅与光合作用相关的认知局限 | 主要基于现有研究综述,缺乏原始实验数据支持 | 阐明非光合细菌的光感应机制及其生物学意义 | 非光合细菌及其光感受器系统 | 微生物学 | NA | NA | NA | 文献数据 | NA | NA | NA | NA | 抗菌治疗, 合成生物学, 环境生物技术 |
| 87 | 2025-11-22 |
A modular high-throughput approach for advancing synthetic biology in the chloroplast of Chlamydomonas
2025-Nov, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-025-02126-2
PMID:41184475
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研究论文 | 本研究建立了莱茵衣藻作为叶绿体合成生物学的原型平台,开发了高通量自动化工作流程和标准化遗传元件 | 建立了首个叶绿体合成生物学高通量原型平台,开发了自动化工作流程可并行处理数千个转基因株系,并扩展了选择标记和调控元件的工具箱 | 研究主要基于模式生物莱茵衣藻,在高等植物中的直接应用仍需进一步验证 | 推进叶绿体合成生物学发展,克服叶绿体工程中遗传工具稀缺和通量低的限制 | 莱茵衣藻叶绿体 | 合成生物学 | NA | 分子克隆、自动化工作流程、转基因技术 | NA | 生物分子数据、表型数据 | 数千个转基因株系,140多个调控元件 | Gibson Assembly, 分子克隆标准 | Chlamydomonas reinhardtii(莱茵衣藻) | 合成光呼吸途径、启动子设计库、调控元件 | 农业, 能源, 环境 |
| 88 | 2025-11-21 |
Microbial Remediation of Agrochemical-Contaminated Soils: Enzymatic Mechanisms, Quorum Sensing, and Emerging Opportunities
2025-Nov-19, Integrated environmental assessment and management
IF:3.0Q2
DOI:10.1093/inteam/vjaf167
PMID:41259652
|
综述 | 本文综述了微生物修复农用化学品污染土壤的酶学机制、群体感应调控及新兴生物修复策略 | 系统整合了酶降解机制与群体感应调控网络,并探讨了合成生物学和人工智能在生物修复中的新兴应用 | 面临土壤异质性、QS信号非生物抑制、酶不稳定性、工程菌株生物安全风险等挑战 | 开发生态友好且可持续的农用化学品污染土壤生物修复方法 | 土壤微生物组及其酶系统 | 环境生物技术 | NA | 酶工程、合成生物学、人工智能建模 | NA | NA | NA | 合成QS电路 | 工程菌株 | 合成群体感应电路、QS生物传感器 | 环境 |
| 89 | 2025-11-21 |
The role of extremophile microbiomes in terraforming Mars
2025-Nov-17, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08973-1
PMID:41249546
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综述 | 探讨极端微生物在火星地球化改造中的潜在作用及合成生物学应用 | 提出从单一物种研究转向复杂微生物群落协同作用的新视角,强调合成生物学在增强微生物适应性中的应用 | 缺乏对复杂微生物群落相互作用的系统研究,伦理和行星保护问题尚未完全解决 | 探索利用极端微生物实现火星地球化改造的生物策略 | 极端微生物及其群落 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法 | NA | 实验证据 | NA | NA | 极端微生物 | NA | 环境, 太空探索 |
| 90 | 2025-11-21 |
Design and pharmacodynamic study of live biotherapeutic products with efficient degradation of branched-chain amino acids
2025-Nov, Bioengineering & translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/btm2.70075
PMID:41244347
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研究论文 | 本研究利用合成生物学方法设计两种能够高效代谢支链氨基酸的工程菌株,用于治疗支链氨基酸代谢相关疾病 | 成功构建了两种具有不同支链氨基酸代谢途径的工程菌株ECN-Deg和ECN-Tra,并验证了其在体内外的治疗效果 | NA | 开发能够降解或转化过量支链氨基酸的活体生物治疗产品 | 工程改造的大肠杆菌Nissle 1917菌株 | 合成生物学 | 枫糖尿症 | 合成生物学方法 | NA | 体内外实验数据 | 高支链氨基酸小鼠模型 | 代谢途径工程 | 大肠杆菌Nissle 1917 | 支链氨基酸降解代谢模块和转化代谢模块 | 医药 |
| 91 | 2025-11-20 |
Engineered microbial sensors: providing a new paradigm for disease detection
2025-Nov-19, Journal of materials chemistry. B
DOI:10.1039/d5tb01468a
PMID:41114525
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综述 | 本文系统阐述了工程微生物传感器在疾病检测中的设计原理、研究进展和应用前景 | 提出了工程微生物传感器作为疾病检测新范式,总结了最新的封装策略和临床转化潜力 | 存在生物安全问题、信号稳定性问题以及缺乏标准化临床评估方案 | 探讨工程微生物传感器在疾病检测领域的设计原理和应用进展 | 工程微生物传感器及其封装策略 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, BioBrick, iGEM | 微生物 | 生物传感器、逻辑门 | 医学 |
| 92 | 2025-11-20 |
Development of a modified RNA circularization system to improve circRNA-based protein expression in mammalian cells
2025-Nov-17, RNA (New York, N.Y.)
DOI:10.1261/rna.080733.125
PMID:40935594
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研究论文 | 开发了一种改进的RNA环化系统,通过优化IRES与CMV启动子间距显著提高哺乳动物细胞中circRNA的蛋白表达效率 | 揭示了HRV-B3 IRES在哺乳动物细胞中的双重调控作用,并整合HIV-1 LTR截短体和WPRE元件增强转录效率 | 未明确说明改进系统对超大型RNA插入片段的环化效率提升程度 | 提高circRNA在哺乳动物细胞中的环化效率和蛋白表达水平 | circRNA环化系统和哺乳动物细胞 | 合成生物学 | NA | RNA环化技术 | NA | 分子生物学数据 | NA | Tornado系统 | 哺乳动物细胞 | 改进的RNA环化系统,包含HRV-B3 IRES、HIV-1 LTR截短体和WPRE调控元件 | 医学 |
| 93 | 2025-11-20 |
Engineering Bacteria as Living Therapeutics in Cancer Therapy
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202507820
PMID:40878391
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综述 | 本文综述了利用合成生物学技术改造细菌作为活体疗法在癌症治疗中的应用 | 将工程化细菌重新定位为能够靶向肿瘤、调节肿瘤微环境和释放抗癌药物的活体治疗剂 | NA | 探讨工程细菌在癌症治疗中的潜力和挑战 | 工程化细菌作为活体治疗剂 | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 肿瘤靶向、肿瘤微环境调节和抗癌药物释放的遗传回路 | 医学 |
| 94 | 2025-11-19 |
In silico evolutionary origin, structural properties, molecular docking, following expression analysis of the nitrate transporters in maize to explore their roles in abiotic stress tolerance
2025-Nov, Physiology and molecular biology of plants : an international journal of functional plant biology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s12298-025-01669-0
PMID:41245216
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研究论文 | 通过生物信息学分析和实验验证研究玉米硝酸盐转运蛋白的进化起源、结构特性及其在非生物胁迫耐受中的作用 | 首次系统分析玉米硝酸盐转运蛋白的进化起源、结构特性,并通过分子对接和表达分析揭示其在热胁迫、盐胁迫和干旱胁迫中的功能 | 研究主要基于生物信息学预测,实验验证相对有限,需要更多功能验证实验 | 探索玉米硝酸盐转运蛋白在养分平衡、氮积累和非生物胁迫耐受中的关键作用 | 玉米硝酸盐转运蛋白家族成员 | 生物信息学 | NA | 系统发育分析、分子对接、qRT-PCR、RNA-Seq、亚细胞定位 | NA | 基因组数据、表达数据、蛋白质结构数据 | 83个转运蛋白 | GFP标记、合成生物学方法 | 玉米 | 基于NRT的遗传回路,用于改善氮吸收、转运、动员和积累 | 农业 |
| 95 | 2025-11-18 |
Harnessing CRISPR-Cas9 for Lactobacillus improvement in silage production: current knowledge and future perspectives
2025-Nov-15, Journal of animal science and biotechnology
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s40104-025-01282-x
PMID:41239469
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综述 | 系统回顾CRISPR-Cas9基因编辑技术在乳酸杆菌改良及其在青贮饲料生产中应用的现状与前景 | 首次系统探讨如何利用CRISPR-Cas9技术定向优化乳酸杆菌特性以开发新一代青贮微生物接种剂 | 主要基于现有研究进展进行综述,缺乏实际工程化应用的详细验证数据 | 探讨合成生物学技术在青贮饲料乳酸杆菌改良中的应用潜力 | 乳酸杆菌及其在青贮发酵中的功能特性 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | 文献资料 | NA | CRISPR-Cas9 | 乳酸杆菌 | NA | 农业, 工业生物技术 |
| 96 | 2025-11-18 |
Recent advances and perspectives in biosynthesis of paclitaxel: key enzymes and intermediates
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148049
PMID:41043740
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综述 | 本文综述了紫杉醇生物合成的最新进展,重点关注关键酶和中间体的研究 | 强调合成生物学策略在紫杉醇关键中间体生物合成中的新兴趋势 | NA | 探索紫杉醇的可持续生产策略以满足市场需求 | 紫杉醇生物合成途径中的关键酶和中间体 | 合成生物学 | 癌症 | 基因工程、微生物发酵技术、生物信息学 | NA | NA | NA | NA | 异源表达系统 | 紫杉醇生物合成途径 | 医药 |
| 97 | 2025-11-16 |
M3Site: multiclass multimodal learning for protein active site identification and classification
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf590
PMID:41222559
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研究论文 | 提出一种多模态多类别学习框架M3Site,用于蛋白质活性位点的识别与分类 | 整合蛋白质序列嵌入、结构图表示和功能文本注释进行残基级多类别活性位点预测,采用功能感知交叉注意力模块和自适应加权融合机制 | NA | 开发更准确的蛋白质活性位点识别与分类方法 | 蛋白质活性位点 | 生物信息学 | NA | 蛋白质语言模型、等变图神经网络、生物医学语言模型 | 多模态深度学习框架 | 蛋白质序列、结构图、功能文本注释 | 25,883个蛋白质(来自UniProt和AlphaFold2) | NA | NA | NA | 药物设计、合成生物学 |
| 98 | 2025-11-16 |
Precision therapeutics for inflammatory bowel disease using engineered probiotics: Strategies and optimization
2025-Nov, Acta biomaterialia
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.actbio.2025.10.012
PMID:41083038
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综述 | 本文总结了工程化益生菌在炎症性肠病治疗中的研究进展,包括底盘菌株基因编辑策略、微生物多维作用、生物工程改造、递送系统优化及人工智能驱动的菌株筛选设计 | 通过基因改造和合成生物学使益生菌具备微环境响应能力和精准治疗靶向性,显著提升IBD治疗效果 | NA | 探索工程化益生菌作为IBD精准治疗策略的开发与应用 | 工程化益生菌及其在炎症性肠病治疗中的应用 | 合成生物学 | 炎症性肠病 | 基因编辑、合成生物学、人工智能驱动筛选 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 合成生物学工具 | 益生菌底盘菌株 | 微环境响应系统、精准靶向治疗电路 | 医学 |
| 99 | 2025-11-15 |
Bacteria-mediated cancer therapy (BMCT): Therapeutic applications, clinical insights, and the microbiome as an emerging hallmark of cancer
2025-Nov, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2025.118559
PMID:40967079
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综述 | 探讨微生物群在癌症治疗中的关键作用及工程菌在癌症治疗中的多维度应用 | 提出微生物组作为癌症新兴标志物,系统阐述工程菌与免疫检查点抑制剂的协同机制 | 存在安全性、递送特异性和监管问题等挑战 | 阐明细菌介导癌症疗法(BMCT)的作用机制与临床转化前景 | 共生菌与工程菌(梭菌属、双歧杆菌属、李斯特菌属、沙门氏菌属、大肠杆菌属) | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学、精准微生物组工程、粪便微生物群移植 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | NA | 医学 |
| 100 | 2025-11-15 |
Metabolic engineering of microorganisms for tailor-made biopolymer production: A review
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147922
PMID:41038478
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综述 | 本文综述了通过微生物代谢工程生产定制生物聚合物的最新进展 | 系统比较天然与工程化微生物平台的优缺点,强调代谢工程在开发下一代生物聚合物中的关键作用 | 作为综述文章,未包含原始实验数据 | 提高生物聚合物的产量、质量和功能特性 | 微生物生产的生物聚合物(细菌纤维素、透明质酸、聚羟基脂肪酸酯、聚-γ-谷氨酸等) | 合成生物学 | NA | 代谢工程、系统生物学工具(蛋白质组学、基因组学、合成生物学) | NA | 文献数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物 | 代谢通路工程 | 食品,医疗,工业生物技术 |