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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-11-14 |
Systematic and synthetic biology insights into copper homeostasis in Escherichia coli
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113715
PMID:41210969
|
研究论文 | 通过系统与合成生物学方法研究大肠杆菌铜稳态调控机制 | 揭示了Cus系统特异性响应Cu⁺而非Cu²⁺,发现CusR存在信号串扰导致基线表达,并阐明CusS根据铜存在状态兼具激酶和磷酸酶功能 | NA | 阐明大肠杆菌铜稳态调控机制 | 大肠杆菌铜稳态调控系统(cueR和cus) | 合成生物学 | NA | 系统生物学、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | 铜稳态调控网络 | 工业生物技术 |
| 102 | 2025-11-14 |
Rational Construction of a Robust Bacillus amyloliquefaciens Cell Factory for Acid-Stable α Amylase Production
2025-Nov-12, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c04227
PMID:41165493
|
研究论文 | 本研究通过合成生物学方法构建了能够高效生产耐酸α-淀粉酶的解淀粉芽孢杆菌细胞工厂 | 建立了高效的CRISPR-nCas9编辑流程,理性删除了导致细胞自溶的前噬菌体基因簇和阻碍外源蛋白表达的次级代谢生物合成基因簇 | 研究主要针对解淀粉芽孢杆菌,结果在其他底盘细胞中的适用性需要进一步验证 | 开发高效的工业蛋白生产底盘细胞 | 解淀粉芽孢杆菌细胞工厂 | 合成生物学 | NA | CRISPR-nCas9基因编辑,分批补料发酵 | NA | NA | 5升发酵规模 | CRISPR-Cas9 | 解淀粉芽孢杆菌 | 前噬菌体基因簇删除,次级代谢生物合成基因簇优化 | 工业生物技术 |
| 103 | 2025-11-14 |
From Plants to Microbes: Harnessing Enzyme Promiscuity for Natural Product Synthesis
2025-Nov-12, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c09273
PMID:41171120
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综述 | 系统探讨酶混杂性在微生物天然产物合成中的表现及缓解策略 | 首次系统剖析酶混杂性在微生物天然产物生物合成中的双重作用并评估当代缓解策略 | 未涉及具体实验验证,主要基于文献综述 | 推进对酶混杂性机制的理解并建立高效生物合成平台基础框架 | 植物和微生物系统中的酶混杂性现象 | 合成生物学 | NA | 生物催化、生物合成、蛋白质工程 | NA | 文献数据 | NA | NA | 微生物 | 天然产物生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 104 | 2025-11-14 |
Engineering artificial biosynthetic pathways for efficient microbial production of psilocybin and psilocin
2025-Nov-05, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2025.11.002
PMID:41202968
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研究论文 | 本研究通过设计和优化人工生物合成途径,在大肠杆菌中实现了裸盖菇素和脱磷酸裸盖菇素的高效微生物生产 | 开发了绕过天然途径中CYP450羟化酶(PsiH)瓶颈的人工生物合成途径,创下了裸盖菇素生产的最高记录 | NA | 开发高效的微生物生产方法以替代从天然蘑菇中提取裸盖菇素 | 裸盖菇素和脱磷酸裸盖菇素 | 合成生物学 | 抑郁症 | 代谢工程,合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 大肠杆菌 | 人工生物合成途径,代谢途径工程 | 医药 |
| 105 | 2025-11-14 |
Biotransformation of Pesticides across Biological Systems: Molecular Mechanisms, Omics Insights, and Biotechnological Advances for Environmental Sustainability
2025-Nov-04, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.5c06484
PMID:41210834
|
综述 | 全面探讨农药在不同生物系统中的生物转化机制、关键酶类、环境影响因素及生物技术应用 | 整合组学技术和合成生物学最新进展,系统分析农药生物转化产物的环境归趋 | 存在未解决的科学问题和技术挑战,部分转化产物的环境行为尚不明确 | 阐明农药生物转化机制以减轻化学污染,促进环境可持续发展 | 有机磷、有机氯和三嗪类农药在微生物、植物和动物系统中的生物转化过程 | 环境生物技术 | NA | 组学技术(omics)、合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 微生物、植物、动物 | 增强降解能力的工程化设计 | 环境、农业 |
| 106 | 2025-11-14 |
Towards establishing functional nitrogenase activities within plants
2025-Nov, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.04.020
PMID:40441921
|
研究论文 | 本文探讨在非豆科植物中建立功能性固氮酶活性的挑战与前景 | 利用合成生物学和人工智能设计,在大肠杆菌和酵母线粒体中实现部分固氮酶重构,并通过低氧环境规避氧敏感性限制 | 尚未完全解决能量需求高和氮水平反馈调节的问题 | 开发具有自主固氮能力的非豆科作物以减少化肥依赖 | 固氮酶在非豆科植物中的功能表达 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术、人工智能辅助设计 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌, 酿酒酵母 | 固氮酶代谢通路重构 | 农业, 环境 |
| 107 | 2025-11-14 |
Leveraging gene editing to combat methane emissions in ruminant agriculture
2025-Nov, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.05.020
PMID:40518326
|
综述 | 探讨利用CRISPR基因编辑技术降低反刍动物甲烷排放的研究进展与挑战 | 提出通过同时编辑饲料作物和瘤胃产甲烷古菌基因组来减少甲烷排放的创新策略 | 存在递送方法、基因靶向特异性、生态影响和监管接受度等方面的挑战 | 开发可持续农业中减少反刍动物甲烷排放的有效解决方案 | 反刍动物、饲料作物、瘤胃产甲烷古菌 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas基因编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 饲料作物, 产甲烷古菌 | 产甲烷途径干扰、脂质和次级代谢物合成途径增强 | 农业, 环境 |
| 108 | 2025-11-14 |
Development of an intron-optimized dual base editor enables enhanced echinocandin B tolerance and regulatory circuit optimization in Aspergillus nidulans
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147955
PMID:41016690
|
研究论文 | 开发了一种内含子优化的双碱基编辑器,用于增强构巢曲霉中棘球白素B的耐受性并优化调控回路 | 采用真菌内含子策略阻断大肠杆菌中的翻译,开发了PAM-less SpRY-CABE系统,实现了高效双碱基编辑 | NA | 解决棘球白素B生产中的调控机制理解不足和产物抑制问题 | 构巢曲霉及其棘球白素B生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 双碱基编辑(CABE)、启动子诱变、发酵优化 | NA | 基因序列、表达数据、代谢产物数据 | NA | CRISPR-Cas9, 双碱基编辑器 | 构巢曲霉, 大肠杆菌 | 调控回路优化、启动子工程、β-1,3-葡聚糖合成酶进化 | 工业生物技术, 医药 |
| 109 | 2025-11-12 |
A Comprehensive Review on Engineering Lactic Acid Bacteria: Emerging Genetic Tools and Synthetic Biology Strategies
2025-Nov-10, Biotechnology and applied biochemistry
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/bab.70079
PMID:41215480
|
综述 | 本文系统综述了乳酸菌基因工程和合成生物学策略的最新进展及其在食品、医药和环境领域的应用 | 整合了CRISPR-Cas系统等新兴基因编辑工具和合成生物学方法在乳酸菌工程化中的应用前景 | 存在质粒不稳定性、代谢负担和监管障碍等技术挑战 | 探讨通过基因工程和合成生物学策略增强乳酸菌功能性的方法 | 乳酸菌(如乳酸杆菌和乳酸球菌)的基因组结构和代谢特性 | 合成生物学 | NA | 电穿孔、接合转移、CRISPR-Cas系统、基因电路、核糖开关、生物传感器 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas | 乳酸菌, Lactobacillus, Lactococcus | 基因电路、生物传感器、代谢途径优化 | 食品, 医药, 环境, 工业生物技术, 农业 |
| 110 | 2025-11-09 |
Enhancing the β-Oxidation-Like Pathway for the Optimal Production of the Immunosuppressant Mycophenolic Acid
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202508826
PMID:40788096
|
研究论文 | 本研究通过重构真菌β-氧化样酶级联反应,优化了免疫抑制剂霉酚酸的生产途径 | 首次在真菌天然产物生物合成中实现了完整β-氧化样酶级联反应的功能重构 | 研究仅针对特定真菌菌株,未验证在其他宿主中的普适性 | 优化免疫抑制剂霉酚酸的生物合成途径 | 短密青霉菌NRRL864及其β-氧化酶系统 | 合成生物学 | 免疫抑制治疗 | 体外酶活性测定、途径工程 | NA | 酶活性数据、代谢产物产量数据 | NA | 途径优化、基因过表达 | 短密青霉菌 | β-氧化样代谢途径,包含氧化、脱氢、水合、还原、异构化和逆克莱森缩合反应 | 医药 |
| 111 | 2025-11-08 |
A comprehensive review of genomic-scale genetic engineering as a strategy to improve bacterial productivity
2025-Nov, Microbiology (Reading, England)
DOI:10.1099/mic.0.001628
PMID:41182907
|
综述 | 本文系统回顾了基因组规模遗传工程作为提高细菌生产力的策略发展历程 | 首次整合多种基因组工程方法,提供统一视角来总结细菌基因组工程工具的历史里程碑和实际应用 | CRISPR/Cas等工具仍需持续改进才能完全成熟 | 总结基因组工程工具在提高细菌生产力方面的发展和应用 | 细菌基因组工程工具 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas, 随机诱变, 多重化策略 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 细菌 | NA | 工业生物技术 |
| 112 | 2025-11-07 |
Microplastic pollution in rice systems: Impacts, mechanisms and green remediation strategies
2025-Nov-10, The Science of the total environment
DOI:10.1016/j.scitotenv.2025.180734
PMID:41124903
|
综述 | 本文系统综述了稻田系统中微塑料污染的来源、分布、影响机制及绿色修复策略 | 首次全面整合了稻田微塑料污染的多维度影响机制,并系统提出了涵盖植物修复、生物修复和生物技术干预的综合性绿色修复方案 | 许多生物修复方法在控制环境中表现良好,但在实际田间条件下面临应用挑战 | 评估稻田微塑料污染的影响机制并探索绿色修复策略 | 稻田系统中的微塑料污染 | 环境科学 | NA | NA | NA | 文献综述数据 | NA | 合成生物学, 酶封装技术 | 细菌, 真菌, 藻类, 土壤大型动物 | 生物降解通路, 生物传感器 | 农业, 环境 |
| 113 | 2025-11-07 |
Leveraging synthetic biology for the commercialization of renewable fuels and chemicals aligning sustainable development goals
2025-Nov-05, Preparative biochemistry & biotechnology
IF:2.0Q3
DOI:10.1080/10826068.2025.2578270
PMID:41191734
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综述 | 探讨合成生物学在生物燃料和绿色化学品生产中的作用,重点关注可再生能源开发应用 | 利用DNA建模、代谢工程和微生物发酵等合成生物学创新方法优化生物燃料生产,特别是来自非粮原料 | 存在生物安全、知识产权和监管方面的挑战,以及合成生物学可能被滥用于生物安全和生物剽窃的担忧 | 研究合成生物学在可再生燃料和化学品商业化中的应用,以支持可持续发展目标 | 工程微生物、木质纤维素生物质、生物燃料和生物化学品 | NA | NA | DNA建模、代谢工程、微生物发酵 | NA | NA | NA | NA | 工程微生物 | 代谢途径工程 | 能源, 环境 |
| 114 | 2025-11-07 |
A minimal SufB2C2 complex functions as a [4Fe-4S] cluster scaffold in methanogenic archaea
2025-Nov-04, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.02134-25
PMID:41060016
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研究论文 | 本研究揭示了产甲烷古菌中由SufB和SufC组成的最小SUF系统作为[4Fe-4S]簇支架的功能机制 | 发现仅由两个蛋白组成的最小SUF系统,揭示SufC是主要簇结合组分,代表铁硫簇生物合成的祖先形式 | NA | 阐明专性厌氧古菌中铁硫簇的生物合成机制 | 产甲烷古菌中的SufB和SufC蛋白复合物 | 生物化学 | NA | 突变分析、进化比较、蛋白相互作用研究 | NA | 生物化学数据 | NA | NA | 产甲烷古菌 | NA | 合成生物学 |
| 115 | 2025-11-07 |
A tool for modeling gene regulatory networks (GRN_modeler) and its applications to synthetic biology
2025-Nov, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-025-00148-8
PMID:41023501
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研究论文 | 开发了一个用于基因调控网络建模的用户友好工具GRN_modeler,并展示了其在合成生物学中的应用 | 开发了具有图形界面的GRN_modeler工具,使无编程经验的用户能够创建现象学模型,同时支持命令行操作,并展示了设计具有偶数节点的振荡器家族和光检测生物传感器的新应用 | NA | 开发易用的基因调控网络建模工具以促进合成生物学研究 | 基因调控网络的建模与仿真 | 合成生物学 | NA | 基因调控网络建模与仿真 | 现象学模型 | NA | NA | GRN_modeler | 大肠杆菌 | 振荡器电路、光检测生物传感器电路 | 合成生物学 |
| 116 | 2025-11-06 |
Synthetic Biology of Terpenoid and Flavonoid Natural Food Additives: Research Progress and Future Challenges
2025-Nov-05, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c05422
PMID:41124328
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综述 | 本文总结了萜类和黄酮类天然食品添加剂的研究进展,重点介绍了合成生物学技术在生物生产中的应用 | 系统总结了提高萜类和黄酮类天然食品添加剂产量的前沿代谢工程策略 | NA | 探讨合成生物学在天然食品添加剂生产中的应用前景与挑战 | 萜类和黄酮类天然食品添加剂 | 合成生物学 | NA | 代谢工程 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | 生物传感器动态调控、微生物群落工程 | 食品,工业生物技术 |
| 117 | 2025-11-06 |
Bacteriophage-based therapies in oral cancer: A new frontier in oncology
2025-Nov, Cancer pathogenesis and therapy
DOI:10.1016/j.cpt.2025.03.003
PMID:41179940
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综述 | 探讨噬菌体在口腔癌发生机制和治疗干预中的新兴作用 | 提出噬菌体作为精准靶向致病菌和肿瘤微环境的新型治疗策略,并展示基因工程噬菌体在靶向癌症治疗中的创新应用 | 噬菌体耐药性、免疫系统清除和监管障碍等挑战尚未完全解决,噬菌体与宿主免疫及肿瘤微环境的复杂相互作用需进一步研究 | 探索噬菌体与口腔健康在口腔癌发生中的相互作用及其治疗潜力 | 口腔微生物组中的噬菌体及其与口腔癌的关联 | 肿瘤学 | 口腔癌 | 噬菌体疗法、合成生物学、基因工程 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 细菌 | 治疗性载体(抗癌肽、细胞毒性剂、免疫调节剂递送系统)、癌症疫苗载体 | 医学 |
| 118 | 2025-11-05 |
Ultrasensitive Multiplexed Detection of Protein Biomarkers via Aptamer-Driven T7 RNA Polymerase Amplification
2025-Nov-04, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.5c04805
PMID:41123957
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研究论文 | 开发了一种基于适配体驱动T7 RNA聚合酶级联放大的超灵敏蛋白质生物标志物检测系统 | 首次将适配体识别与T7 RNA聚合酶等温扩增相结合,实现蛋白质生物标志物的可视化双通道检测 | NA | 建立一种简单、高灵敏度、无干扰的蛋白质生物标志物同时检测方法 | 血清中的蛋白质生物标志物(以甲胎蛋白和人血清白蛋白为模型) | 合成生物学 | NA | 适配体识别、T7 RNA聚合酶等温扩增、荧光RNA-染料复合物检测 | NA | 荧光信号 | 加标样品和临床样品 | NA | NA | 蛋白质响应性核酸电路、信号放大系统 | 医学诊断、即时检测 |
| 119 | 2025-11-03 |
Codon usage and antibiotic resistance: A hidden evolutionary mechanism
2025-Nov, Biochimie
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.biochi.2025.07.027
PMID:40752602
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综述 | 本文综述了密码子使用在抗生素耐药性进化中的关键作用及其潜在应用价值 | 揭示了传统上被视为遗传编码沉默特征的密码子使用如何通过优化耐药基因合成成为抗生素耐药性的新型进化机制 | NA | 解析密码子使用与抗生素耐药性之间的复杂相互作用机制 | 鲍曼不动杆菌、淋病奈瑟菌和肺炎克雷伯菌等病原体 | 生物信息学 | 细菌感染性疾病 | 比较基因组分析、密码子适应指数(CAI)、有效密码子数(ENC)、相对同义密码子使用度(RSCU)、生物信息学、机器学习 | 机器学习 | 基因组数据 | NA | 合成生物学方法 | NA | NA | 医学 |
| 120 | 2025-11-03 |
Study on the adjuvant activity and mechanism of action of a novel Monophosphoryl Lipid A
2025-Nov, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2025.08.019
PMID:40907461
|
研究论文 | 本研究利用合成生物学技术开发了一种新型单磷酸脂质A佐剂,并评估其免疫活性和作用机制 | 首次通过结构修饰开发了新型单磷酸脂质A(N-MPL),发现不同剂型可分别诱导细胞免疫和体液免疫,并阐明其通过TLR4-MyD88-NF-κB信号通路调控Th1/Th2反应的机制 | NA | 开发高效、低成本且适合广泛应用的疫苗佐剂 | 新型单磷酸脂质A(N-MPL)及其两种剂型 | 合成生物学 | 传染病 | 合成生物学技术 | NA | 实验数据 | ICR小鼠 | 合成生物学 | 大肠杆菌 | 脂质A结构修饰:去除C-1位磷酸基团,在3'-次级脂肪酸链引入羟基 | 医药 |