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当前共找到 164 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-10-18 |
Epigenetic landscape of Leishmania-host interactions
2025-12, Epigenomics
IF:3.0Q2
DOI:10.1080/17501911.2025.2574836
PMID:41099169
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综述 | 本文综述了利什曼原虫与宿主相互作用的表观遗传景观，包括物种特异性表观遗传变化、宿主免疫信号调控机制以及基于表观遗传和合成生物学的治疗策略 | 系统总结了利什曼原虫与宿主互作中的表观遗传修饰（如染色质重塑、组蛋白PTMs、ncRNAs），并首次提出合成基因电路可调控宿主和寄生虫表观基因组，将合成生物学与表观遗传学结合用于利什曼病控制 | 作为综述文章，未提供原始实验数据验证；合成基因电路调控表观基因组的策略仍处于概念阶段，缺乏体内验证 | 阐明利什曼原虫与宿主相互作用的表观遗传机制，并探讨表观遗传学和合成生物学策略在控制利什曼病中的未来潜力 | 利什曼原虫（不同物种）及其宿主（包括共感染和共病模型） | 表观遗传学, 合成生物学, 感染免疫学 | 利什曼病 | 结构化文献综述（Web of Science, PubMed, Scopus），涉及表观遗传修饰分析（染色质重塑、组蛋白翻译后修饰、非编码RNA） | NA | 文本 | NA | 合成基因电路 | 利什曼原虫, 哺乳动物宿主细胞 | 合成基因电路用于调控宿主和寄生虫表观基因组 | 医学 |
| 2 | 2026-09-26 |
High-throughput chemical genomic screening: a step-by-step workflow from plate to phenotype
2025-Dec-17, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/msystems.00885-25
PMID:41313179
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研究方法论文 | 本文提供了一套从平板到表型的高通量化学基因组学筛选的逐步工作流程指南，整合了实验、成像和计算步骤。 | 提出了一套可扩展的端到端标准化方案，将实验、成像和计算步骤整合为一个连贯的高通量筛选框架，适用于多种微生物物种，并提供了故障排除指导。 | 摘要中未明确指出该研究的局限性。 | 为微生物研究社区提供标准化、可重复的高通量化学基因组学筛选工作流程，以系统探索基因-环境相互作用、微生物应激反应和抗微生物耐药性。 | 微生物菌株文库（多种微生物物种） | 功能基因组学、系统生物学、微生物学 | NA | 高通量化学基因组学筛选、表型分析、成像 | NA | 图像、表型数据 | NA | NA | 多种微生物物种 | NA | 医学、工业生物技术 |
| 3 | 2026-09-26 |
Cancer Reversion Therapy: Prospects, Progress and Future Directions
2025-Dec-15, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47121049
PMID:41614813
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综述 | 本文综述了癌症逆转疗法的生物学基础、当前策略、新兴技术和未来方向，重点讨论将恶性细胞重编程为非恶性状态而非直接杀伤 | 系统整合了癌症逆转疗法的证据，强调真正逆转需要持久可遗传的表型改变，并区分了刺激依赖性可塑性与稳定表型正常化 | 许多报道的逆转现象仅为刺激依赖性可塑性或暂时性生长停滞，稳定逆转状态难以建立，实体瘤递送困难，肿瘤异质性限制疗效 | 总结癌症逆转疗法的前景、进展和未来方向，推动从杀伤肿瘤向重编程肿瘤的理念转变 | 恶性肿瘤细胞、癌症逆转现象、表观遗传重编程、微环境调控、分化治疗、癌基因成瘾 | 肿瘤学 | 急性早幼粒细胞白血病、慢性粒细胞白血病、实体瘤 | 单细胞分析、CRISPR、类器官、人工智能、表观遗传重编程、纳米递送、多组学分析、合成生物学 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 智能治疗系统 | 医学 |
| 4 | 2026-09-26 |
PyFuRNAce: an integrated design engine for RNA origami
2025-Dec-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66290-x
PMID:41326357
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研究论文 | 本文介绍了一个名为pyFuRNAce的开源Python软件包，提供图形用户界面，用于设计复杂的RNA纳米结构，特别是共转录RNA折纸结构，涵盖从基序定义、蓝图设计到序列生成和引物选择的完整工作流程 | 将RNA折纸的整个设计流程整合到单一用户友好平台中，基于基序组装范式，通过直观的Web界面和实时3D可视化实现自定义RNA纳米结构的创建和修改，并设计了迄今最大的共转录RNA折纸结构（2501个核苷酸） | 摘要中未明确提及该研究的局限性 | 开发用户友好的RNA折纸设计工具，降低RNA纳米技术门槛，加速功能性RNA折纸结构在医学、生物技术和合成生物学中的应用开发 | RNA纳米结构和RNA折纸结构，包括自组装RNA丝、RNA液滴和共转录RNA折纸 | 合成生物学 | NA | 原子力显微镜，共聚焦荧光成像 | NA | 图像 | 三种不同的RNA纳米结构（自组装RNA丝、RNA液滴和2501个核苷酸的共转录RNA折纸） | NA | NA | 基于基序的组装范式设计的RNA纳米结构，包括自组装RNA丝、RNA液滴和共转录RNA折纸 | 医学，生物技术，合成生物学 |
| 5 | 2026-09-26 |
Integrating Microbiomes for Regenerative Food Systems: Recent Insights, Implementations, and Emerging Trends
2025-Dec, Food science & nutrition
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/fsn3.71312
PMID:41341407
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综述 | 本文综述了微生物组在食品系统中的最新进展，涵盖可持续农业、发酵、食品安全和营养，并讨论了传统方法与精准微生物组工程、合成生物学和机器学习等新技术 | 整合了微生物组在食品系统中的传统与前沿应用，并考虑了社会经济背景，强调高收入国家与中低收入国家在方法上的差异 | 营养和健康效应仅作为下游后果讨论，未深入探讨；未提供具体实验数据或案例的定量分析 | 综述微生物组在食品系统中的应用，包括可持续农业、发酵、食品安全和营养，并探讨传统与先进技术的前景与挑战 | 微生物组及其在食品系统中的应用 | 机器学习 | NA | 精准微生物组工程、合成生物学、机器学习 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 食品, 农业, 医学, 环境 |
| 6 | 2026-09-26 |
On the Choice of the Right Plasmid Vector(s) in the Times of Synthetic Biology
2025-12, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.70273
PMID:41395802
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综述 | 本文综述了在合成生物学时代如何选择正确的质粒载体，重点讨论了决定质粒性能的架构和功能特征，如复制起点、拷贝数、装载容量、选择标记和稳定性系统，并探讨了广宿主范围载体、模块化架构、替代选择策略和增强稳定性的方法。 | 文章系统性地整合了质粒载体选择的多方面因素，强调了从便利性到信息选择的转变，并讨论了标准化与定制化的融合以及AI辅助质粒设计工具等新兴趋势。 | 文章指出，为了确保工程化功能在实验室、工业和环境中的稳健部署，需要对质粒-宿主相互作用有更深入的系统级理解。 | 简要说明本文的研究目的或领域：为合成生物学中质粒载体的选择提供指导，并探讨质粒工程的新兴策略。 | 质粒载体及其与宿主细菌的相互作用 | 合成生物学 | NA | DNA合成，AI辅助质粒设计，mini-transposons，recombinase-assisted platforms，CRISPR-associated transposases | NA | 文本 | NA | CRISPR-associated transposases, mini-transposons, recombinase-assisted platforms | 非模型细菌 | NA | 医学，工业生物技术，环境 |
| 7 | 2025-12-20 |
What do you most hope we will achieve with mammalian synthetic biology within the next decade?
2025-Dec-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101485
PMID:41412111
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8 | 2026-09-24 |
ChronoSort: Revealing Hidden Dynamics in AlphaFold3 Structure Predictions
2025-Dec, SynBio
DOI:10.3390/synbio3040018
PMID:42583324
|
研究论文 | 该研究开发了ChronoSort算法，从AlphaFold3的静态结构预测中提取动态构象信息，并证明其与分子动力学模拟结果高度相关。 | 首次证明AlphaFold3的结构集合包含与分子动力学模拟高度相关的动态信息，并提出ChronoSort算法将静态预测组织成时间连贯的轨迹。 | 未明确说明，可能依赖于AlphaFold3预测质量且仅在四个蛋白质靶标上验证。 | 探索从AlphaFold3结构预测中提取蛋白质动态信息的可行性，并开发相应算法。 | 四种不同的蛋白质靶标。 | 计算生物学、结构生物信息学 | NA | AlphaFold3结构预测、分子动力学模拟 | AlphaFold3 | 蛋白质结构数据 | 四种蛋白质 | NA | NA | NA | 医学、合成生物学、蛋白质工程、药物发现 |
| 9 | 2026-09-21 |
Systemic engineering and global regulation enabling high-level bilirubin biosynthesis
2025-Dec-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67804-3
PMID:41436472
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研究论文 | 本文报道了一种全体外生物合成途径，将血红素转化为胆红素，滴度达到1.7 g/L，转化率为95.8% | 首次实现全体外高效胆红素生物合成，揭示了Fe²⁺诱导中间体氧化降解的隐藏瓶颈，并通过竞争性铁螯合和质子化状态调节缓解降解，同时引入一氧化碳脱氢酶消除CO抑制，结合NADPH再生系统，使产量提高20倍 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 实现胆红素的高水平生物合成并解析其瓶颈 | 胆红素生物合成途径中的酶和中间体 | 合成生物学 | NA | 体外酶催化、DFT计算、NADPH再生 | NA | NA | NA | NA | NA | 体外多酶级联反应途径 | 医药 |
| 10 | 2026-09-20 |
Predictive design of tissue-specific mammalian enhancers that function in vivo in the mouse embryo
2025-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.22.695948
PMID:41497587
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研究论文 | 该研究提出了一种利用深度学习设计在活体小鼠胚胎中可靠发挥功能的组织特异性增强子的通用策略 | 首次证明深度学习设计的组织特异性增强子能够在哺乳动物活体组织的复杂调控环境中可靠发挥作用，并通过迁移学习在已验证的增强子上微调紧凑型CNN模型 | 研究仅在三种组织（心脏、肢体和中枢神经系统）中验证了十五个合成增强子，未涵盖更广泛的组织类型，且未评估长期稳定性和潜在的脱靶效应 | 开发一种能够在哺乳动物活体组织中可靠设计组织特异性增强子的通用策略 | 小鼠胚胎中的心脏、肢体和中枢神经系统组织特异性增强子 | 机器学习 | NA | 全基因组染色质可及性测序、深度学习、迁移学习 | CNN | 基因组序列、染色质可及性数据 | 十五个合成增强子，在心脏、肢体和中枢神经系统中验证 | NA | 小鼠 | NA | 医学, 合成生物学 |
| 11 | 2026-09-20 |
New chlorophylls designed by theoretical spectroscopy and machine learning
2025-Dec-11, Photosynthesis research
IF:2.9Q2
DOI:10.1007/s11120-025-01183-0
PMID:41379254
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研究论文 | 该文章通过理论光谱学和机器学习方法，计算探索了超过25万种叶绿素变体的光学性质，以寻找合成生物学的潜在靶点 | 利用机器学习结合TD-DFT和DFT/MRCI验证，大规模探索了超过25万种叶绿素变体的光学性质，发现Chl f是最佳单取代红移叶绿素，Chl b并非绿色区域光子捕获的最佳选择，且叶绿素T1能量可被微调 | 研究为纯计算预测，未进行实验验证，且叶绿素变体的实际应用需要找到合适的合成途径 | 计算探索扩展的叶绿素变体集合，寻找合成生物学中可用于调控产氧光合作用的潜在靶点 | 超过25万种叶绿素变体，包括Chl b、Chl d、Chl f及二乙烯基叶绿素a和b | 机器学习 | NA | 机器学习、时变密度泛函理论（TD-DFT）、多参考密度泛函理论（DFT/MRCI） | 机器学习模型 | 分子结构及光学性质数据 | 超过250,000种叶绿素变体 | NA | NA | NA | 能源、合成生物学 |
| 12 | 2026-09-20 |
Bacillus velezensis LoaP promotes antitermination by antagonizing NusA
2025-12-10, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01429-25
PMID:41147751
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研究论文 | 本研究通过纯化RNA聚合酶和转录因子，体外重构了Bacillus velezensis中difficidin操纵子的抗终止活性，发现LoaP通过特异性拮抗NusA来促进抗终止 | 首次证明LoaP类NusG旁系同源物的抗终止机制不同于RfaH范式，LoaP通过特异性拮抗NusA实现抗终止，且不需要其他因子参与；首次在革兰氏阳性菌中研究抗终止复合物 | 研究主要在体外重构系统中进行，体内验证可能有限；仅针对difficidin操纵子进行了研究，未验证其他LoaP调控的操纵子 | 探究LoaP蛋白的抗终止机制及其与NusA的相互作用 | Bacillus velezensis中的LoaP蛋白、NusA蛋白、RNA聚合酶及difficidin操纵子 | 分子生物学 | NA | 体外转录重构、RNA聚合酶和转录因子纯化 | NA | NA | NA | NA | Bacillus velezensis | NA | 医药, 工业生物技术 |
| 13 | 2026-09-20 |
Overcoming the eIF2α Brake in Human Cell-Derived Translation Systems
2025-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.16.688697
PMID:41497621
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研究论文 | 本研究系统探索了克服人细胞翻译系统中eIF2α磷酸化抑制瓶颈的互补策略，包括基因组编辑和表达型拯救 | 系统性比较了精准基因组编辑（eIF2α-S52A和PKR敲除）与piggyBac介导的GADD34/K3L表达型拯救策略，并首次在iPSC分化的心肌细胞和原代人成纤维细胞中验证了表达型拯救的可行性 | 表达型拯救策略的翻译提升效果可能不如基因组编辑优化，且Tet诱导表达系统需要持续添加诱导剂；研究主要基于Expi293F、iPSC和原代成纤维细胞，未在其他人类细胞类型中广泛验证 | 系统探索克服人细胞无细胞翻译系统中eIF2α磷酸化抑制瓶颈的互补策略，以提高翻译产量 | Expi293F悬浮细胞、KOLF2.1J iPSC及其分化的心肌细胞、原代人成纤维细胞 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑、piggyBac转座子系统、Tet诱导表达系统、无细胞翻译系统 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, piggyBac | 人细胞（Expi293F、iPSC、原代成纤维细胞） | Tet诱导型GADD34和K3L表达盒 | 医学, 工业生物技术 |
| 14 | 2026-09-20 |
Artificial polysaccharide-binding protein mediates co-assembly of nanodrug and probiotics against drug-resistant infectious enteritis
2025-Dec, Asian journal of pharmaceutical sciences
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.ajps.2025.101094
PMID:41809892
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研究论文 | 该研究通过将负载蜂毒肽的介孔二氧化硅纳米颗粒与人工多糖结合蛋白组装，再与益生菌共组装，形成纳米药物-益生菌复合体，用于治疗耐药性感染性肠炎 | 利用合成生物学技术构建人工多糖结合蛋白，实现无机纳米药物与益生菌的共组装，形成非生物/生物杂合体系，增强对耐药病原体的清除能力和益生菌的肠道定植效果 | 研究仅在小鼠模型中进行验证，尚未开展临床试验；共组装体系的长期安全性和稳定性有待进一步评估 | 开发一种基于纳米药物与益生菌共组装的新型治疗策略，用于高效治疗耐药病原体引起的感染性肠炎 | 耐药性肠道病原体（如鼠伤寒沙门氏菌、致病性大肠杆菌）、益生菌（乳酸菌、双歧杆菌）、感染性肠炎小鼠模型 | 合成生物学、纳米医学 | 感染性肠炎 | 纳米药物递送、益生菌共组装、合成生物学技术 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | 乳酸菌、双歧杆菌、小鼠 | 非生物/生物共组装体系（纳米药物-益生菌复合体） | 医学 |
| 15 | 2026-09-13 |
A Modular T7 RNA Polymerase Toolbox Linking Selective miRNA Detection to Signal Amplification and Protein Expression
2025-12-03, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c16214
PMID:41258773
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研究论文 | 本文开发了一个无泄漏的T7 RNA聚合酶工具箱，通过模块化T7-Locks将选择性miRNA检测与信号放大和蛋白质表达相连接 | 设计了模块化T7-Locks，仅在特异性寡核苷酸结合时释放活性T7启动子，实现了ON/OFF比超过100的定量和正交miRNA检测；通过C12间隔区在T7模板中引入位点特异性转录终止子，利用正反馈实现可控信号放大；在无细胞TX-TL系统中利用工程化粘性末端基因实现了miRNA触发的蛋白质表达 | 仅在无细胞TX-TL系统中验证了蛋白质表达，尚未在活细胞内测试；信号放大依赖正反馈可能引入非特异性激活；系统的长期稳定性和通用性有待进一步验证 | 构建一个模块化、无泄漏的T7 RNA聚合酶工具箱，将输入传感、信号放大和输出合成相连接，为合成生物学中DNA或RNA驱动的信息处理提供通用策略 | miRNA、T7 RNA聚合酶、T7启动子、T7-Locks、无细胞TX-TL系统 | 合成生物学 | NA | 无细胞TX-TL系统、T7 RNA聚合酶转录、化学合成寡核苷酸 | NA | NA | NA | NA | 无细胞系统 | 模块化T7-Locks介导的miRNA传感级联、正反馈信号放大电路、转录门控蛋白质表达回路 | 医学、工业生物技术 |
| 16 | 2026-09-12 |
Microbiome-driven resistance in cervical cancer therapy: from mechanistic dissection to clinical translation
2025-12-29, Expert reviews in molecular medicine
IF:4.5Q2
DOI:10.1017/erm.2025.10029
PMID:41457383
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综述 | 本文综述了微生物组驱动宫颈癌治疗耐药的机制及临床转化应用 | 系统整合了阴道微生物失调通过乳酸介导代谢重编程、免疫检查点稳定和药物代谢改变驱动耐药的机制，并提出了合成生物学驱动的精准微生物组疗法和多中心标准化试验方案 | 缺乏统一的临床试验标准，地理变异（如撒哈拉以南非洲HIV合并感染）对治疗反应的影响尚未充分阐明，机制研究向临床转化的证据仍有限 | 阐明微生物组驱动宫颈癌治疗耐药的机制并推动临床转化 | 宫颈癌患者阴道微生物组及治疗耐药 | 数字病理学 | 宫颈癌 | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 17 | 2026-09-05 |
Fluoride-Triggered Protein Activation via a Genetically Encoded Tyrosine Analogue
2025-12-10, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c13604
PMID:41296558
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研究论文 | 本文介绍了一种基于遗传编码的非天然氨基酸二甲基硫代膦酰酪氨酸（DTPY）的氟化物触发蛋白激活平台，通过位点特异性掺入实现蛋白质活性的条件控制 | 首次利用氟化物响应性非天然氨基酸实现蛋白质活性的时空控制，提供了一种正交于细胞代谢的通用激活策略 | 未明确提及具体局限性 | 开发一种氟化物触发蛋白激活的通用策略，用于合成生物学和细胞工程中的蛋白质活性时空调控 | 超折叠绿色荧光蛋白（sfGFP）和Cre重组酶 | 合成生物学 | NA | 非天然氨基酸掺入、定点突变 | NA | 蛋白质序列、荧光和重组数据 | 包括两种蛋白质（sfGFP和Cre重组酶）的多个变体 | 遗传密码扩展 | 大肠杆菌、哺乳动物细胞 | 氟化物响应型蛋白质激活开关 | 合成生物学、细胞工程、生物技术 |
| 18 | 2026-08-27 |
Receptor dimerization enables ligand discrimination through tunable response heterogeneity
2025-12, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013781
PMID:41336286
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研究论文 | 本研究通过数学模型分析配体-受体相互作用，发现受体二聚化（尤其是异源二聚化）能够通过群体水平的响应异质性编码配体身份，为配体判别提供新机制 | 首次提出配体判别可在群体层面通过响应异质性实现，引入局部缩放度量量化通路组分变异对细胞响应的影响，并揭示异源二聚体受体的功能优势 | 研究基于数学模型，缺乏实验验证；模型假设可能简化真实生物系统的复杂性 | 探究细胞如何通过受体架构在群体水平上区分不同配体信号 | 配体-受体相互作用系统，包括二聚化和异源二聚化受体，以及I型干扰素和Notch信号通路 | 系统生物学 | NA | 数学建模 | 数学模型（非特定机器学习模型） | 模拟数据 | 不适用（基于理论模型） | NA | NA | NA | 合成生物学, 医学 |
| 19 | 2026-08-26 |
Reprogramming the SARS-CoV-1 Neutralizing Antibody S230 to SARS-CoV-2 via Directed Evolution and Molecular Docking-Based Binding Mode Analysis
2025-12-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00425
PMID:41236374
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研究论文 | 通过定向进化和分子对接分析，将SARS-CoV-1中和抗体S230重新编程为针对SARS-CoV-2的抗体，并验证其功能与机制 | 结合定向进化与分子对接分析，仅通过少量协同突变（R56W和N57Y）成功将抗体特异性从SARS-CoV-1重定向至SARS-CoV-2，同时保留原有交叉反应性，展示了基于合成生物学原理的模块化抗体重编程平台 | 未提及抗体在体内模型中的中和效果及潜在免疫原性评估 | 开发一种基于合成生物学的模块化抗体重编程方法，以快速适应新出现的病原体 | SARS-CoV-1中和抗体S230及其变体IJ36和IJ36-V | 合成生物学 | COVID-19 | 定向进化、分子对接模拟、细菌表面展示、噬菌体展示 | NA | 蛋白质序列和结构数据 | 未明确样本数量，使用抗体克隆库筛选 | 易错PCR | 大肠杆菌 | 抗体工程改造，非典型合成基因线路 | 医学 |
| 20 | 2026-08-22 |
Minimal logic gates for probiotic Escherichia coli Nissle 1917 sensing and treatment of dual-bacteria intestinal infection
2025-12, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2025.2530156
PMID:40619672
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研究论文 | 本研究设计了针对益生菌大肠杆菌Nissle 1917的最小逻辑门，用于感知并治疗由两种细菌引起的肠道双重感染 | 设计并实现了针对双重细菌感染的“AND”逻辑门，使益生菌能够同时检测并杀死两种病原体，并在小鼠模型中验证了预防和治疗效果 | 尚未提及具体的局限性 | 开发一种能够感知并治疗双重细菌感染的工程益生菌策略 | 益生菌大肠杆菌Nissle 1917以及两种病原菌 | 合成生物学 | 肠道感染 | 基因工程 | 逻辑门 | 实验数据 | 小鼠模型 | NA | 大肠杆菌 | AND逻辑门 | 医学 |