合成生物学相关文章
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当前共找到 163 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-06-17 |
Discovery of a Heme-Dependent Enzyme Catalyzing Nitrogen-Nitrogen Bond Formation in Kinamycin Biosynthesis
2025-12-08, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202513778
PMID:41137433
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研究论文 | 发现了在kinamycin生物合成中催化氮-氮键形成的一种新型血红素依赖酶Alp1J | 首次发现了一种属于新家族的血红素依赖酶Alp1J催化氮-氮键形成，并揭示了其与铁氧还蛋白Alp1I形成稳定复合物保护辅因子及催化活性的机制 | 未明确提及局限性 | 揭示kinamycin生物合成中氮-氮键形成的酶学机制 | Alp1J酶及其伴侣铁氧还蛋白Alp1I | NA | NA | 诱变、生物化学研究 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学、合成生物学 |
| 2 | 2026-06-15 |
Integrative Multi-Omics and Artificial Intelligence: A New Paradigm for Systems Biology
2025-12, Omics : a journal of integrative biology
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/15578100251392371
PMID:41203247
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综述 | 综合评价多组学整合的原则、方法及应用，强调其在系统生物学中的范式转变 | 利用人工智能与单细胞组学等前沿技术解决多组学数据的高维度、异质性和特定上下文扰动等挑战 | 数据异质性、可解释性不足等当前限制 | 系统生物学中多组学整合的原则、方法及应用 | 癌症生物学、微生物工程和合成生物学中的多组学数据 | 机器学习 | 癌症 | 多组学技术（基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学） | 机器学习模型 | 多组学数据 | NA | NA | NA | NA | 医学、农业、环境、能源、材料、食品、工业生物技术 |
| 3 | 2026-06-06 |
DNABERT2-CAMP: A Hybrid Transformer-CNN Model for E. coli Promoter Recognition
2025-Dec-28, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17010027
PMID:41595447
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研究论文 | 提出一种混合Transformer-CNN模型DNABERT2-CAMP用于大肠杆菌启动子识别 | 首次将预训练DNABERT-2 Transformer与CNN-Attention-Mean Pooling模块结合，同时捕获长程基因组依赖和局部基序特征，显著提升启动子识别准确性和可解释性 | 未提及模型在其他细菌物种或长序列上的泛化能力，以及处理多类型启动子（如σ38、σ54）的表现 | 开发一种高精度、可解释的混合深度学习框架，用于大肠杆菌σ70启动子识别 | 大肠杆菌K-12菌株的σ70启动子序列 | 机器学习 | NA | DNABERT-2, CNN, Attention机制 | 混合Transformer-CNN模型（DNABERT-2 + CAMP模块） | 81-bp核苷酸序列 | 8720条经实验验证的阳性和阴性81-bp序列 | NA | E. coli | NA | 合成生物学, 基因组注释 |
| 4 | 2026-05-23 |
Cancer-associated transporters: Molecular drivers and drug delivery gateways
2025-12, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2025.117376
PMID:41046076
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综述 | 系统描述p53对膜转运蛋白的调控及其在癌症代谢、耐药和治疗中的角色 | 整合p53野生型、突变型和淀粉样构象对多种转运蛋白（糖、氨基酸、金属离子、脂质转运蛋白及ABC转运蛋白）的转录和转录后调控，并探索双重靶向p53异常和膜转运蛋白的合成生物学与精准递送策略 | p53调控转运蛋白的转录后机制和淀粉样构象的作用仍未被充分研究 | 阐明p53调控膜转运蛋白的分子机制，并探讨其在癌症代谢重编程和耐药中的治疗潜力 | p53野生型、突变型和淀粉样形式调控的膜转运蛋白（如GLUTs、MCTs、NIS、P-gp、LAT1等） | 癌症生物学 | 癌症 | CRISPR/Cas9, 小分子抑制剂, siRNA, 纳米颗粒共递送系统 | NA | 文献综述数据 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 合成生物学和精准递送途径（双靶向策略） | 医学 |
| 5 | 2026-05-21 |
The oxidative rearrangements in bacterial aromatic polyketide biosynthesis
2025-12-10, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d5np00049a
PMID:40927919
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综述 | 本文综述了细菌芳香族聚酮化合物生物合成中的氧化重排反应 | 系统总结了黄素依赖性单加氧酶催化的Baeyer-Villiger和Favorskii型氧化重排、酮还原酶和双加氧酶催化的创新碳骨架重排以及CYP450或NmrA样蛋白催化的分子间二聚化等独特反应，并揭示了相关酶的结构特征和催化机制 | 时间范围截止至2025年4月，可能未涵盖近期最新研究进展 | 阐述细菌芳香族聚酮生物合成中天然酶如何利用氧化还原化学创造新碳骨架 | 细菌芳香族聚酮化合物生物合成中的氧化重排反应和相关酶类 | 天然产物生物合成 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 芳香族聚酮生物合成途径中的氧化重排反应 | 医学 |
| 6 | 2026-05-17 |
Reprogramming the SARS-CoV-1 Neutralizing Antibody S230 to SARS-CoV-2 via Directed Evolution and Molecular Docking-Based Binding Mode Analysis
2025-12-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00425
PMID:41236374
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研究论文 | 结合定向进化和分子对接分析，将SARS-CoV-1中和抗体S230重新编程为靶向SARS-CoV-2的抗体 | 通过少量协同突变即可在进化上分化但结构保守的靶标间重建抗原识别，建立了基于合成生物学原理的模块化可进化抗体重编程平台 | 未提及抗体在体内的稳定性和免疫原性评估 | 将SARS-CoV-1中和抗体S230的抗原特异性重编程至SARS-CoV-2 | SARS-CoV-1中和抗体S230及其突变体 | 合成生物学 | COVID-19 | 定向进化、分子对接、细菌展示 | NA | 蛋白质序列和结构数据 | 一个突变文库和少数筛选出的克隆 | NA | 大肠杆菌 | NA | 医学 |
| 7 | 2026-05-16 |
Genetically Reprogramming Crops and Rhizobacteria for Nutritional Iron Biofortification
2025-12-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00614
PMID:41252749
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综述 | 本文综述了利用植物和根际细菌合成生物学方法实现作物营养铁生物强化的策略 | 提出将植物-微生物-金属效应器作为基因回路设计的模块化组件，通过跨宿主途径转移和表达调控优化铁吸收 | 未涉及具体实验验证或田间试验数据，主要基于现有文献分析潜在靶点 | 探讨通过合成生物学手段提高作物铁含量的可行性及关键靶点 | 作物与根际细菌 | 合成生物学 | 贫血 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 植物，根际细菌 | 植物-微生物-金属效应器模块化基因回路 | 农业，食品，医疗 |
| 8 | 2026-05-12 |
Repurposing the bacterial surface display technology for drug delivery
2025-12, Advanced drug delivery reviews
IF:15.2Q1
DOI:10.1016/j.addr.2025.115701
PMID:41046872
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综述 | 探讨细菌表面展示技术在药物递送中的进化与应用，并从合成生物学、免疫工程和转化医学角度提出未来路线图 | 系统阐述了细菌表面展示技术在药物递送中的独特优势（增强定位、延长治疗活性、降低全身毒性），并首次提出利用AlphaFold和计算机筛选等计算工具理性设计最佳外膜锚的路线图 | 监管障碍和微生物稳定性等挑战仍需克服 | 将细菌表面展示技术定位为靶向药物递送的一种强大且尚未充分开发的模式，桥接合成生物学、免疫工程和转化医学 | 细菌（革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌）及其表面展示系统，包括外膜蛋白、分选酶介导的锚定和孢子基系统 | 合成生物学 | 癌症 | 细菌表面展示技术、AlphaFold、计算机筛选 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 革兰氏阴性菌, 革兰氏阳性菌 | 表面展示系统（外膜蛋白锚定、分选酶介导锚定、孢子基系统） | 医学, 农业, 工业生物技术 |
| 9 | 2026-04-28 |
Advances in the microbial biosynthesis of ʟ-tryptophan and its derivatives
2025-Dec, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100046
PMID:42038707
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综述 | 综述L-色氨酸及其衍生物的微生物合成进展 | 系统总结了提高微生物L-色氨酸产量的优化策略及工程菌株在合成高价值衍生物方面的应用，并探讨了合成生物学快速进化为衍生物生产带来的变革性机遇 | 仍存在若干关键瓶颈，但未具体阐述 | 优化微生物合成途径以高效生产L-色氨酸及其衍生物 | L-色氨酸及其衍生物的微生物合成 | 合成生物学 | NA | 微生物合成 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 微生物 | 生物合成途径 | 医药, 食品 |
| 10 | 2026-04-28 |
Four enzymes from button bush enable de novo biosynthesis of spirooxindole alkaloids in yeast
2025-Dec, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100049
PMID:42038706
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研究论文 | 本文从风箱树中发现了四种酶，并在酵母中实现了螺环氧化吲哚生物碱的从头生物合成 | 首次发现并表征了四条酶的级联反应途径，能够在酵母中完全从头合成异育亨宾型氧化吲哚生物碱，阐明了氧化吲哚形成的酶学逻辑 | 未明确提及局限性 | 揭示异育亨宾型氧化吲哚生物碱的生物合成途径并实现其在酵母中的异源重建 | 风箱树中的四种酶（CoAJS、CoHYC3O、CoHYC3R、CoOIS）及相应生物碱产物 | 合成生物学 | NA | 转录组挖掘、生化验证、酶动力学分析、酵母工程改造 | NA | NA | NA | 酵母菌株工程 | 酿酒酵母 | 四酶级联途径，将鹰爪豆碱苷元转化为异育亨宾型氧化吲哚生物碱（米曲菲林、异米曲菲林、uncarine F） | 医药、工业生物技术 |
| 11 | 2026-04-28 |
DeepCodon: A deep learning codon-optimization model to enhance protein expression
2025-Dec, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100042
PMID:42038710
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研究论文 | 提出一种名为DeepCodon的深度学习密码子优化模型，用于增强蛋白质表达 | 首次在密码子优化中保留功能上重要的稀有密码子簇，采用条件概率策略保护保守稀有密码子 | 未详细说明模型的泛化能力或在不同宿主物种中的表现 | 开发一种多目标密码子优化工具，平衡宿主密码子偏好、GC含量和mRNA二级结构等因素以提高异源基因表达 | Enterobacteriaceae序列、P450和G3PDH基因 | 机器学习 | NA | 深度学习 | CNN | 序列数据 | 150万个天然肠杆菌科序列，7种低产量P450和13种AI设计的G3PDH | NA | E. coli | NA | 合成生物学、基因工程 |
| 12 | 2026-04-28 |
Protein design drives synthetic biology research of plant natural products
2025-Dec, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100048
PMID:42038708
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综述 | 本文综述了蛋白质设计技术在植物天然产物合成生物学研究中的前沿进展，探讨如何通过人工智能与合成生物学深度融合解决植物天然产物微生物生产中的关键瓶颈 | 系统阐述了蛋白质设计技术在解决植物天然产物生物合成中未知酶步骤和植物源酶功能表现不佳等难题方面的突破性进展，并强调了人工智能与合成生物学深度融合的潜力 | 未深入讨论蛋白质设计技术的具体实验验证细节及其在工业规模化生产中的实际应用挑战 | 总结蛋白质设计技术在植物天然产物生物合成中的应用，探索解决微生物生产瓶颈的方法 | 植物天然产物及其相关的植物源酶 | 合成生物学 | NA | 蛋白质设计技术 | NA | NA | NA | NA | 微生物系统 | 植物天然产物的生物合成途径 | 医药, 化妆品, 食品 |
| 13 | 2026-04-17 |
Integrating synthetic biology to understand and engineer the heart, lung, blood, and sleep systems
2025-Dec-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101446
PMID:41412113
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综述 | 本文综述了合成生物学在心脏、肺、血液和睡眠系统中的整合应用，以理解和工程化这些系统 | 将合成生物学从微生物扩展到人类系统，实现基因表达、细胞命运和组织组织的精确控制，并整合组学数据与AI引导的电路设计 | 包括递送、转基因稳定性和在生理相关模型中稳健的时空控制等关键挑战 | 理解并工程化心脏、肺、血液和睡眠系统 | 心脏、肺、血液和睡眠系统的细胞和组织 | 合成生物学 | NA | 基因组工程、动态基因电路、高维生物传感器、组学数据 | 系统级模型、AI引导的电路设计 | 组学数据 | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 人类细胞、组织 | 可调转录调节器、合成组织器、反馈电路 | 医学 |
| 14 | 2026-04-09 |
Engineered bacteria for cancer therapy: Advancements, challenges, and future directions
2025-Dec-20, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003807
PMID:41243447
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综述 | 本文综述了工程化细菌在癌症治疗中的最新进展、挑战和未来方向，重点探讨了其作为新型治疗平台的潜力 | 利用工程化细菌选择性定植肿瘤微环境，作为局部递送治疗剂和激发抗肿瘤免疫反应的创新平台 | NA | 探讨工程化细菌在癌症治疗中的应用，以克服传统疗法的局限性 | 工程化细菌及其在癌症治疗中的设计和应用 | 合成生物学 | 癌症 | 基因工程和合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 可编程生产抗癌有效载荷的合成生物电路 | 医学 |
| 15 | 2026-04-04 |
RNA triplet repeats: improved algorithms for structure prediction and interactions
2025-Dec-10, Algorithms for molecular biology : AMB
IF:1.5Q3
DOI:10.1186/s13015-025-00292-8
PMID:41372930
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研究论文 | 本文研究了由三核苷酸重复序列组成的RNA的最小自由能二级结构，并改进了计算最小自由能和配分函数的算法，同时设计了用于RNA-RNA相互作用的新算法 | 改进了计算RNA三核苷酸重复序列最小自由能和配分函数的算法，并将RNA-RNA相互作用的计算复杂度从阶乘时间优化至指数时间，提出了基于碱基集的相互作用多项式时间算法 | 在TR情况下存在计算复杂性，但通过参数化算法部分解决，未提及实验验证或实际应用限制 | 提高RNA三核苷酸重复序列结构预测和相互作用的计算效率与准确性 | 由三核苷酸重复序列组成的RNA及其相互作用 | 计算生物学 | NA | 最小自由能计算、配分函数计算、RNA-RNA相互作用算法 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 16 | 2026-03-28 |
The secret life of RNA and lipids
2025-12, RNA biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1080/15476286.2025.2526903
PMID:40613519
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综述 | 本文探讨了RNA与脂质之间的相互作用，包括其化学基础及其对合成生物学、RNA世界和现代细胞生物学的影响 | 综述了RNA与脂质相互作用的新兴领域，提出了利用这些相互作用设计合成系统中RNA传感器和调控元件的可能性 | NA | 探索RNA与脂质相互作用，以推动合成生物学、RNA治疗和细胞调控研究 | RNA和脂质 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | RNA传感器和调控元件 | 医学, 工业生物技术 |
| 17 | 2026-03-24 |
Using Embodied Artificial Intelligence Agents to Automate Biorisk Management Tasks in High-Containment Laboratories
2025-Dec, Applied biosafety : journal of the American Biological Safety Association
IF:0.5Q4
DOI:10.1089/apb.2024.0068
PMID:41868755
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研究论文 | 本文探讨了在高级别生物安全实验室中，利用人工智能代理自动化生物风险管理任务，以提升安全性和效率 | 提出了一种结合机器学习风险预测模型与具身AI代理的集成系统，用于自动化物理防护任务，减少人为错误和暴露风险 | NA | 通过AI技术增强高级别生物安全实验室的生物风险管理框架，实现安全与效率的优化 | 高级别生物安全实验室中的生物风险管理任务 | 机器学习 | NA | 机器学习、预测风险建模、异常检测 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 18 | 2026-03-13 |
Advanced microbial engineering approaches for biodegradation of pharmaceutical pollutants
2025-12-18, Biodegradation
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s10532-025-10238-x
PMID:41410736
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综述 | 本文综述了利用微生物工程策略高效降解药物污染物的最新进展 | 整合了CRISPR系统、适应性实验室进化、代谢工程、生物强化和生物反应器设计等多种先进技术，并探讨了合成生物学和宏基因组学在应对新兴污染物中的应用 | NA | 开发更有效和可持续的药物污染物生物修复策略 | 药物污染物（如抗癫痫药、抗生素、镇痛药、非甾体抗炎药、激素和防腐剂） | 环境生物技术 | NA | CRISPR系统、适应性实验室进化、代谢工程、生物强化、生物反应器设计、合成生物学、宏基因组学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物 | NA | 环境 |
| 19 | 2026-03-13 |
Bioremediation of polycyclic aromatic hydrocarbons contaminated soils/water for environmental remediation
2025-12-01, Biodegradation
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s10532-025-10229-y
PMID:41324725
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综述 | 本文综述了利用微生物进行多环芳烃（PAHs）污染土壤/水体的生物修复方法 | 系统总结了利用特定细菌（如假单胞菌、分枝杆菌等）及其酶系统降解PAHs的机制，并探讨了生物表面活性剂、生物膜、微生物群落以及基因工程、合成生物学和纳米技术等新兴工具在提升修复效率中的作用 | NA | 探讨可持续、环保的多环芳烃污染修复方法 | 多环芳烃（如萘、菲、蒽、芘）污染的土壤和水体 | NA | NA | 微生物降解、基因工程、合成生物学、纳米技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 环境 |
| 20 | 2026-02-28 |
Microbiome-driven resistance in cervical cancer therapy: from mechanistic dissection to clinical translation
2025-Dec-29, Expert reviews in molecular medicine
IF:4.5Q2
DOI:10.1017/erm.2025.10029
PMID:41457383
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综述 | 本文综述了微生物组在宫颈癌治疗耐药性中的作用，从机制解析到临床转化的最新进展 | 系统性地将阴道微生物群失调与宫颈癌治疗耐药性联系起来，并提出了基于微生物组的干预策略，包括合成生物学驱动的精准微生物组疗法 | NA | 探讨微生物组如何驱动宫颈癌治疗耐药性，并评估基于微生物组的干预策略的临床转化潜力 | 宫颈癌患者及其相关的阴道微生物组 | NA | 宫颈癌 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 | 工程细菌 | NA | 医学 |