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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-01-03 |
Autophagy-Mediated Adaptation: Revealing the Role of Autophagy in Plant Responses to Abiotic Stress
2025-Dec-07, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16121461
PMID:41465134
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综述 | 本文综述了自噬在植物响应干旱、盐分、极端温度和重金属毒性等多种非生物胁迫中的作用及其调控机制 | 系统整合了自噬在非生物胁迫下超越传统营养回收功能的新角色,包括作为胁迫信号传导、激素互作和代谢重编程的核心调控因子,并提出了利用基因组编辑、多组学整合分析和合成生物学等创新策略培育高抗逆作物的新方向 | NA | 阐明自噬在植物适应非生物胁迫中的调控网络,为设计在气候胁迫下保持高产和抗逆性的新一代作物提供理论基础 | 植物自噬过程及其在非生物胁迫响应中的功能 | NA | NA | 基因组编辑、多组学整合分析、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 42 | 2026-01-02 |
Computational design of allulose-responsive biosensor toolbox for auto-inducible protein expression and CRISPRi mediated dynamic metabolic regulation
2025-Dec-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67669-6
PMID:41430049
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研究论文 | 本文通过计算设计开发了一种基于转录因子的阿洛酮糖响应生物传感器工具箱,用于自动诱导蛋白表达和CRISPRi介导的动态代谢调控 | 成功实现了结构引导的计算设计,优化了PsiR的阿洛酮糖响应性,灵敏度提高20倍,并构建了检测范围广泛的PAB盒,同时验证了其在增强LacI-IPTG生物传感器灵敏度中的普适性 | NA | 开发阿洛酮糖触发的调控电路,用于生物技术应用中的动态代谢调控和蛋白表达 | 转录因子PsiR、阿洛酮糖响应生物传感器、CRISPR干扰电路 | 合成生物学 | NA | 结构引导计算设计、CRISPRi | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 阿洛酮糖触发的CRISPR干扰电路、自动诱导蛋白表达系统 | 工业生物技术 |
| 43 | 2026-01-02 |
Advances in functional genomics of major rice pests and pathogens and their molecular interactions with the host: A comprehensive review
2025-Dec, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148965
PMID:41232877
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综述 | 本文全面综述了主要水稻病虫害的功能基因组学研究进展及其与宿主的分子互作机制 | 系统总结了水稻免疫的新机制,如效应子触发的自噬降解和环状RNA衍生的防御肽,并提出了整合人工智能、合成生物学和纳米技术的未来研究方向 | 田间应用面临效应子变异、信号串扰理解不完整以及抗性与发育权衡等挑战,许多抗性位点在感病背景下被抑制 | 阐明水稻病虫害的功能基因组学及其与宿主的分子互作机制,以促进可持续作物生产 | 水稻病虫害(害虫和病原体)及其与水稻宿主的分子互作 | 植物功能基因组学 | 水稻病虫害 | 功能基因组学、多组学方法、CRISPR编辑 | NA | 基因组学数据、转录组学数据 | NA | CRISPR | 水稻 | NA | 农业 |
| 44 | 2026-01-01 |
Trends in Customizable Single-Cell Protein Production Enabled by Synthetic Biology: Carbon-Negative Biomanufacturing and Engineered Functionalities
2025-Dec-31, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c08537
PMID:41330641
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综述 | 本文综述了合成生物学如何推动可定制单细胞蛋白生产的趋势,包括碳负生物制造和工程化功能的发展 | 探讨了从糖类到废物衍生流和C1化合物的底物演变,以及通过合成生物学实现营养定制和感官属性编程的新兴策略 | NA | 分析合成生物学在解决单细胞蛋白生产可持续性、效率和可扩展性挑战中的应用 | 单细胞蛋白生产价值链,包括底物、菌株开发、发酵过程和营养定制 | 合成生物学 | NA | 模型驱动代谢工程、数字精准控制发酵 | NA | NA | NA | NA | 工程微生物 | 优化蛋白质生物合成的代谢途径 | 农业, 食品 |
| 45 | 2026-01-01 |
Neutral theory of cooperative dynamics
2025-Dec-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2515423122
PMID:41417606
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研究论文 | 本文提出了一种基于随机中性理论的合作物种模型,探讨了合作互动在生态系统中的作用 | 模型在经典中性理论基础上引入物种间合作复制的假设,揭示了低迁移率下物种丰度分布的双峰模式及核心合作物种的作用 | NA | 研究合作物种的随机中性理论,以理解合作互动对生物多样性和生态系统稳定性的影响 | 合作物种的动力学行为,包括物种丰度分布、多样性和停留时间 | 生态学 | NA | 随机中性理论建模 | 中性理论模型 | 理论模型数据 | NA | NA | NA | NA | 微生物组研究、合成生物学、生命起源 |
| 46 | 2025-12-31 |
Protein-Based Nanostructures: Column-free Biosynthesis of Bundlemer Peptides with Programmable, Orthogonally Reactive Handles for Nanomaterial Construction
2025-Dec-24, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.5c17204
PMID:41369150
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研究论文 | 本研究开发了一种基于重组表达的、可编程的束状肽(bundlemer)作为模块化构建单元,用于构建复杂的蛋白质纳米结构 | 通过融合pH可切割的intein-inclusion body实现无痕纯化,并整合SpyTag和sortase识别基序,实现了正交反应性连接和精确组装 | NA | 开发模块化生物合成平台,用于构建具有精确结构和功能的蛋白质纳米材料 | 重组表达的束状肽及其融合构建体 | 合成生物学 | NA | 重组表达、TEM、SEC-MALS、SDS-PAGE、DLS | NA | 蛋白质序列、结构图像 | NA | SpyCatcher-SpyTag连接、sortase介导连接 | NA | 模块化束状肽作为构建单元,通过正交连接化学组装成纤维结构和多层纳米笼结构 | 生物材料工程、靶向药物递送、合成生物学 |
| 47 | 2025-12-31 |
Real-Time Monitoring of Microbial Metabolic Dynamics through a Carbon Dot-Functionalized Whole-Cell Electrochemical Biosensor
2025-Dec-24, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.5c18617
PMID:41395934
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研究论文 | 本研究开发了一种基于碳点功能化全细胞电化学生物传感器的平台,用于实时监测微生物代谢动态 | 通过将碳点工程化微生物与先进循环伏安法相结合,利用量子增强电荷传输机制实现电化学信号近20倍放大,并采用模块化生物架构设计,可跨多种微生物系统无缝适配 | NA | 开发实时监测微生物代谢动态的新型生物传感平台 | 微生物代谢网络及其动态变化 | NA | NA | 碳点工程化、循环伏安法、电化学生物传感 | NA | 电化学信号、代谢物数据 | NA | 碳点功能化、合成生物学 | 微生物(具体种类未指定) | 全细胞生物传感器、模块化生物架构 | 工业生物技术、临床诊断、生物过程优化 |
| 48 | 2025-12-30 |
[Progress in engineering design and application of electrogenetic systems]
2025-Dec-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.250322
PMID:41457542
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综述 | 本文综述了电遗传系统的组成、优势、发展历程、关键响应调控元件及其应用,并展望了该技术在合成生物学中的前景 | 整合电子设备与遗传方法控制基因表达,是合成生物学的新兴交叉领域,具有广泛的应用潜力 | 当前电遗传学存在不足,未来需进一步研究以推动进展 | 总结电遗传系统的发展与应用,为相关研究者提供参考,促进合成生物学中电遗传学研究的进步 | 电遗传系统及其关键响应调控元件(如代谢物转录因子、氧化应激转录因子、哺乳动物核因子) | 合成生物学 | NA | 电遗传技术 | NA | NA | NA | NA | NA | 基于代谢物转录因子、氧化应激转录因子、哺乳动物核因子等的电遗传调控系统 | 医学, 工业生物技术 |
| 49 | 2025-12-30 |
[Research progress in applications of iron-based materials in microbial energy conversion]
2025-Dec-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.250524
PMID:41457541
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综述 | 本文系统综述了铁基材料在微生物能源转换技术中的应用研究进展,并分析了其促进转换的关键机制 | 系统总结了铁基材料在多种微生物能源转换技术中的应用,并深入分析了其促进转换的机制,为高效耦合系统的构建提供理论支持 | NA | 为高效铁基材料-微生物耦合系统的构建、优化及实际应用提供理论支持和技术参考 | 铁基材料在微生物能源转换技术中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 酶工程 | 微生物 | NA | 能源 |
| 50 | 2025-12-30 |
[Recent advances in the application of synthetic biotechnology in production of 5-aminolevulinic acid]
2025-Dec-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.250395
PMID:41457543
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综述 | 本文综述了利用合成生物技术高效生产5-氨基乙酰丙酸的最新进展,包括代谢途径优化、关键酶工程和发酵工艺优化等策略 | 通过重构天然C4和C5途径、开发非天然合成路线,实现了对5-ALA前体代谢通量的精确调控,并结合关键酶的定向进化与理性设计显著提高了催化效率 | 5-ALA的亲脂性弱、稳定性低和生物利用度差等问题降低了其应用效率,如何提高其稳定性和亲脂性是未来需要解决的关键问题 | 构建高效的微生物细胞工厂,实现5-氨基乙酰丙酸的绿色高效工业化生产 | 5-氨基乙酰丙酸 | NA | NA | 代谢途径优化、关键酶工程、发酵工艺优化、定向进化、理性设计 | NA | NA | NA | 合成生物技术 | 大肠杆菌, 谷氨酸棒状杆菌 | 重构天然C4和C5代谢途径、开发非天然合成路线 | 生物医学, 农业, 食品工业 |
| 51 | 2025-12-29 |
Enzyme-driven triplex structure-based DNA logic circuits
2025-Dec-24, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03853-6
PMID:41444625
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研究论文 | 本研究提出了一种基于三链体结构的酶驱动DNA逻辑电路,通过简化链设计和减少信号泄漏,实现了高效、可扩展的生物计算 | 引入了输入-门级联形成三链体结构的设计,显著降低了链复杂度,并利用Bst 3.0聚合酶实现了低泄漏、高速率的运算 | 未明确讨论长期稳定性、体内应用可行性或与其他生物系统的兼容性 | 开发高性能、低泄漏的DNA逻辑电路以推动生物计算发展 | 基于三链体结构的酶驱动DNA逻辑电路 | 合成生物学 | NA | DNA逻辑电路设计、酶驱动反应 | NA | NA | NA | Bst 3.0聚合酶 | NA | 基于三链体结构的逻辑门、多级级联电路(二级/三级)、复杂逻辑电路、大规模平方根运算电路 | 生物传感、数据存储、合成生物学 |
| 52 | 2025-12-29 |
Ectopic expression to synthetic design: Deriving engineering principles of lncRNA-mediated epigenetic regulation
2025-Dec-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101478
PMID:41412114
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综述 | 本文综述了从异位表达研究到合成设计的长链非编码RNA(lncRNA)介导的表观遗传调控工程原则 | 探索了低表达lncRNA在染色质调控中的放大效应,并提出了模块化lncRNA元件可组合性策略,用于设计可编程染色质修饰系统 | NA | 推导lncRNA介导的表观遗传调控的工程原则,以实现在基因调控系统中对低水平输入的持久放大 | 长链非编码RNA(lncRNAs)及其在表观遗传调控中的作用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 可编程染色质修饰功能的理性设计系统,如基因剂量校正 | 医学 |
| 53 | 2025-12-28 |
Comprehensive Review on DNA Hydrogels and DNA Origami-Enabled Wearable and Implantable Biosensors
2025-Dec-18, Biosensors
DOI:10.3390/bios15120819
PMID:41440300
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综述 | 本文全面综述了DNA水凝胶和DNA折纸技术在可穿戴和植入式生物传感器中的应用,包括其制备方法、传感机制及设备级应用 | 系统比较了DNA水凝胶和DNA折纸两类DNA纳米材料在生物传感中的独特优势,并探讨了与柔性电子、微流控等新兴技术的集成前景,以及AI辅助设计和合成生物学材料的未来发展方向 | NA | 综述DNA纳米技术(特别是DNA水凝胶和DNA折纸)在下一代可穿戴和植入式生物传感器中的发展现状与应用前景 | DNA水凝胶和DNA折纸纳米材料及其构建的生物传感平台 | 生物传感器 | NA | DNA纳米技术、DNA折纸、水凝胶制备、电化学传感、光学传感、等离激元传感 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 54 | 2025-12-27 |
A synthetic biology toolkit for the plasmid-dependent and thermophilic methylotroph Bacillus methanolicus
2025-Dec-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116788
PMID:41447528
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研究论文 | 本研究为质粒依赖型嗜热甲基营养菌Bacillus methanolicus开发了一套全面的合成生物学工具包,并利用该工具包系统解析了其甲基营养机制,实现了菌株稳定性和L-精氨酸生产的工程化改造 | 开发了首个针对B. methanolicus的综合性合成生物学工具包,包括高效电转化方案、CRISPR-Cas9多重基因组编辑方法、多样化的基因整合位点以及云端基因组规模代谢模型iBM822,并首次将大型内源性质粒pBM19整合到染色体中以解决质粒丢失导致的菌株退化问题 | 工具包在非模式微生物中的应用可能仍存在未知限制,工程化菌株的长期稳定性和工业规模应用效果有待进一步验证 | 建立Bacillus methanolicus的合成生物学框架,促进甲基营养机制研究和一碳生物制造应用 | 质粒依赖型嗜热甲基营养菌Bacillus methanolicus及其内源性质粒pBM19 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因组编辑、电转化、基因组规模代谢建模 | 基因组规模代谢模型iBM822 | 基因组数据、代谢模型数据 | NA | CRISPR-Cas9 | Bacillus methanolicus | L-精氨酸反馈调节回路、染色体整合的甲基营养基因簇 | 工业生物技术 |
| 55 | 2025-12-27 |
Microorganism-Based Strategies for the Control of Cyanobacterial Blooms: A Review of Recent Progress
2025-Dec-17, Toxins
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/toxins17120604
PMID:41441639
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综述 | 本文系统回顾了微生物干预策略在控制蓝藻水华方面的最新进展 | 整合了直接裂解、间接抑制和综合策略,并展望了合成生物学、智能递送系统和多组学技术的应用前景 | 实际应用面临环境适应性、生态安全和监管框架等挑战 | 控制蓝藻水华,以应对富营养化和气候变化加剧的威胁 | 蓝藻水华及其对生态系统和公共健康的影响 | 环境科学 | NA | 微生物干预策略,包括直接裂解、间接抑制和综合方法 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 环境 |
| 56 | 2025-12-27 |
Advances in Microbial Remediation of Heavy Metal-Contaminated Soils: Mechanisms, Synergistic Technologies, Field Applications and Future Perspectives
2025-Dec-12, Toxics
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/toxics13121069
PMID:41441290
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综述 | 本文系统总结了重金属污染土壤微生物修复领域的进展,涵盖修复机制、协同技术、现场应用及未来展望 | 提出了构建'可预测-可控制-可持续'微生物修复平台的关键要素,并探讨了合成生物学工程菌、AI驱动微生物设计等新兴前沿 | NA | 为研究人员提供全面的知识框架,并为从业者和政策制定者提供决策指导,以推动微生物修复技术向更高效率、可靠性和可扩展性发展 | 重金属污染土壤的微生物修复技术 | 环境科学 | NA | 微生物修复、生物电化学系统(BESs)、合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 工程微生物 | NA | 环境 |
| 57 | 2025-12-27 |
Life cycle design of polyhydroxyalkanoates (PHA)
2025-Dec, National science review
IF:16.3Q1
DOI:10.1093/nsr/nwaf517
PMID:41438675
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综述 | 本文综述了聚羟基脂肪酸酯(PHA)的全生命周期设计,涵盖微生物底盘工程、海水基生物制造、低能耗下游加工以及废弃处理策略,旨在推动可持续聚合物系统的发展 | 整合合成生物学、材料科学和工业生态学,提出减少淡水使用、能源输入和工艺复杂性的PHA全生命周期设计原则 | 生产成本仍需降低,材料性能有待提升,且缺乏标准化的生物降解和循环经济框架 | 设计可持续的PHA基聚合物系统,实现从生产到废弃的全生命周期环境效益优化 | 聚羟基脂肪酸酯(PHA)及其生产微生物、制造工艺和应用产品 | NA | NA | 微生物底盘工程、海水基生物制造、低能耗下游加工、生命周期评估 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 微生物 | NA | 工业生物技术, 环境, 材料, 医药 |
| 58 | 2025-12-26 |
Orthogonal in vivo and in vitro membrane engineering enables human-like lipid remodeling of bacterial magnetosomes for functional TrkA display
2025-Dec-23, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.01710-25
PMID:41190832
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研究论文 | 本研究通过正交体内外膜工程技术,重塑细菌磁小体膜脂质组成,使其模拟人类细胞膜,成功增强了人源跨膜受体TrkA的功能性展示 | 首次结合体内磷脂酰胆碱生物合成与体外胆固醇加载技术,实现对细菌磁小体膜的双重脂质工程改造,创建了能模拟人类细胞膜环境的磁性纳米平台 | 未明确说明该技术在其他类型人类膜蛋白中的普适性验证程度,以及长期稳定性数据 | 开发能够模拟人类细胞膜环境的细菌磁小体平台,用于功能性膜蛋白展示与配体筛选 | 磁螺菌(Magnetospirillum)产生的磁小体及人源神经营养因子受体TrkA | 合成生物学 | 阿尔茨海默病、癌症 | 膜脂质工程、磷脂酰胆碱生物合成、胆固醇加载、甲基-β-环糊精处理 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 代谢工程 | 磁螺菌AMB-1 | 磷脂酰胆碱合成酶共表达系统 | 医学、工业生物技术 |
| 59 | 2025-12-26 |
Development of new Thermus thermophilus-Escherichia coli shuttle vectors
2025-Dec-23, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.02102-25
PMID:41283684
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研究论文 | 本研究开发了基于Thermus thermophilus的新型穿梭载体pIOK,并验证了其与现有载体的兼容性及稳定性 | 从日本Senami温泉分离的Thermus thermophilus菌株中鉴定了新型复制蛋白和毒素-抗毒素样模块,构建了兼容且高稳定性的穿梭载体系统 | NA | 开发适用于Thermus thermophilus的合成生物学工具,特别是多质粒系统 | Thermus thermophilus菌株及其质粒 | 合成生物学 | NA | 基因组分析、质粒构建、定量PCR、转化实验 | NA | 基因组序列数据、质粒稳定性数据 | 从日本Senami温泉分离的Thermus thermophilus菌株及其质粒 | 质粒克隆、Gibson Assembly | Thermus thermophilus, Escherichia coli | 木聚糖利用途径(约13 kbp)被分割并克隆到两个兼容质粒中,实现功能重构 | 工业生物技术 |
| 60 | 2025-12-26 |
Reprogramming the SARS-CoV-1 Neutralizing Antibody S230 to SARS-CoV-2 via Directed Evolution and Molecular Docking-Based Binding Mode Analysis
2025-Dec-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00425
PMID:41236374
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研究论文 | 本研究通过定向进化和分子对接分析,成功将SARS-CoV-1中和抗体S230重编程为可中和SARS-CoV-2的抗体 | 结合定向进化与分子对接分析,通过有限协同突变实现跨物种抗原特异性重编程,并建立了基于合成生物学原理的可进化抗体重编程平台 | 未在动物模型中进行体内验证,且仅针对RBD结构域进行改造 | 开发针对新兴病原体的抗体快速适配技术 | SARS-CoV-1中和抗体S230及其重编程变体 | 合成生物学 | COVID-19 | 定向进化、分子对接模拟、细菌展示筛选 | 分子对接模型 | 蛋白质序列与结构数据 | NA | 定向进化 | 细菌(用于展示筛选) | 抗体亲和力成熟与特异性重编程 | 医学 |