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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-12-29 |
Ectopic expression to synthetic design: Deriving engineering principles of lncRNA-mediated epigenetic regulation
2025-Dec-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101478
PMID:41412114
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综述 | 本文综述了从异位表达研究到合成设计的长链非编码RNA(lncRNA)介导的表观遗传调控工程原则 | 探索了低表达lncRNA在染色质调控中的放大效应,并提出了模块化lncRNA元件可组合性策略,用于设计可编程染色质修饰系统 | NA | 推导lncRNA介导的表观遗传调控的工程原则,以实现在基因调控系统中对低水平输入的持久放大 | 长链非编码RNA(lncRNAs)及其在表观遗传调控中的作用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 可编程染色质修饰功能的理性设计系统,如基因剂量校正 | 医学 |
| 62 | 2025-12-28 |
Comprehensive Review on DNA Hydrogels and DNA Origami-Enabled Wearable and Implantable Biosensors
2025-Dec-18, Biosensors
DOI:10.3390/bios15120819
PMID:41440300
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综述 | 本文全面综述了DNA水凝胶和DNA折纸技术在可穿戴和植入式生物传感器中的应用,包括其制备方法、传感机制及设备级应用 | 系统比较了DNA水凝胶和DNA折纸两类DNA纳米材料在生物传感中的独特优势,并探讨了与柔性电子、微流控等新兴技术的集成前景,以及AI辅助设计和合成生物学材料的未来发展方向 | NA | 综述DNA纳米技术(特别是DNA水凝胶和DNA折纸)在下一代可穿戴和植入式生物传感器中的发展现状与应用前景 | DNA水凝胶和DNA折纸纳米材料及其构建的生物传感平台 | 生物传感器 | NA | DNA纳米技术、DNA折纸、水凝胶制备、电化学传感、光学传感、等离激元传感 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 63 | 2025-12-27 |
A synthetic biology toolkit for the plasmid-dependent and thermophilic methylotroph Bacillus methanolicus
2025-Dec-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116788
PMID:41447528
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研究论文 | 本研究为质粒依赖型嗜热甲基营养菌Bacillus methanolicus开发了一套全面的合成生物学工具包,并利用该工具包系统解析了其甲基营养机制,实现了菌株稳定性和L-精氨酸生产的工程化改造 | 开发了首个针对B. methanolicus的综合性合成生物学工具包,包括高效电转化方案、CRISPR-Cas9多重基因组编辑方法、多样化的基因整合位点以及云端基因组规模代谢模型iBM822,并首次将大型内源性质粒pBM19整合到染色体中以解决质粒丢失导致的菌株退化问题 | 工具包在非模式微生物中的应用可能仍存在未知限制,工程化菌株的长期稳定性和工业规模应用效果有待进一步验证 | 建立Bacillus methanolicus的合成生物学框架,促进甲基营养机制研究和一碳生物制造应用 | 质粒依赖型嗜热甲基营养菌Bacillus methanolicus及其内源性质粒pBM19 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因组编辑、电转化、基因组规模代谢建模 | 基因组规模代谢模型iBM822 | 基因组数据、代谢模型数据 | NA | CRISPR-Cas9 | Bacillus methanolicus | L-精氨酸反馈调节回路、染色体整合的甲基营养基因簇 | 工业生物技术 |
| 64 | 2025-12-27 |
Microorganism-Based Strategies for the Control of Cyanobacterial Blooms: A Review of Recent Progress
2025-Dec-17, Toxins
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/toxins17120604
PMID:41441639
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综述 | 本文系统回顾了微生物干预策略在控制蓝藻水华方面的最新进展 | 整合了直接裂解、间接抑制和综合策略,并展望了合成生物学、智能递送系统和多组学技术的应用前景 | 实际应用面临环境适应性、生态安全和监管框架等挑战 | 控制蓝藻水华,以应对富营养化和气候变化加剧的威胁 | 蓝藻水华及其对生态系统和公共健康的影响 | 环境科学 | NA | 微生物干预策略,包括直接裂解、间接抑制和综合方法 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 环境 |
| 65 | 2025-12-27 |
Advances in Microbial Remediation of Heavy Metal-Contaminated Soils: Mechanisms, Synergistic Technologies, Field Applications and Future Perspectives
2025-Dec-12, Toxics
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/toxics13121069
PMID:41441290
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综述 | 本文系统总结了重金属污染土壤微生物修复领域的进展,涵盖修复机制、协同技术、现场应用及未来展望 | 提出了构建'可预测-可控制-可持续'微生物修复平台的关键要素,并探讨了合成生物学工程菌、AI驱动微生物设计等新兴前沿 | NA | 为研究人员提供全面的知识框架,并为从业者和政策制定者提供决策指导,以推动微生物修复技术向更高效率、可靠性和可扩展性发展 | 重金属污染土壤的微生物修复技术 | 环境科学 | NA | 微生物修复、生物电化学系统(BESs)、合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 工程微生物 | NA | 环境 |
| 66 | 2025-12-27 |
Life cycle design of polyhydroxyalkanoates (PHA)
2025-Dec, National science review
IF:16.3Q1
DOI:10.1093/nsr/nwaf517
PMID:41438675
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综述 | 本文综述了聚羟基脂肪酸酯(PHA)的全生命周期设计,涵盖微生物底盘工程、海水基生物制造、低能耗下游加工以及废弃处理策略,旨在推动可持续聚合物系统的发展 | 整合合成生物学、材料科学和工业生态学,提出减少淡水使用、能源输入和工艺复杂性的PHA全生命周期设计原则 | 生产成本仍需降低,材料性能有待提升,且缺乏标准化的生物降解和循环经济框架 | 设计可持续的PHA基聚合物系统,实现从生产到废弃的全生命周期环境效益优化 | 聚羟基脂肪酸酯(PHA)及其生产微生物、制造工艺和应用产品 | NA | NA | 微生物底盘工程、海水基生物制造、低能耗下游加工、生命周期评估 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 微生物 | NA | 工业生物技术, 环境, 材料, 医药 |
| 67 | 2025-12-26 |
Orthogonal in vivo and in vitro membrane engineering enables human-like lipid remodeling of bacterial magnetosomes for functional TrkA display
2025-Dec-23, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.01710-25
PMID:41190832
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研究论文 | 本研究通过正交体内外膜工程技术,重塑细菌磁小体膜脂质组成,使其模拟人类细胞膜,成功增强了人源跨膜受体TrkA的功能性展示 | 首次结合体内磷脂酰胆碱生物合成与体外胆固醇加载技术,实现对细菌磁小体膜的双重脂质工程改造,创建了能模拟人类细胞膜环境的磁性纳米平台 | 未明确说明该技术在其他类型人类膜蛋白中的普适性验证程度,以及长期稳定性数据 | 开发能够模拟人类细胞膜环境的细菌磁小体平台,用于功能性膜蛋白展示与配体筛选 | 磁螺菌(Magnetospirillum)产生的磁小体及人源神经营养因子受体TrkA | 合成生物学 | 阿尔茨海默病、癌症 | 膜脂质工程、磷脂酰胆碱生物合成、胆固醇加载、甲基-β-环糊精处理 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 代谢工程 | 磁螺菌AMB-1 | 磷脂酰胆碱合成酶共表达系统 | 医学、工业生物技术 |
| 68 | 2025-12-26 |
Development of new Thermus thermophilus-Escherichia coli shuttle vectors
2025-Dec-23, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.02102-25
PMID:41283684
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研究论文 | 本研究开发了基于Thermus thermophilus的新型穿梭载体pIOK,并验证了其与现有载体的兼容性及稳定性 | 从日本Senami温泉分离的Thermus thermophilus菌株中鉴定了新型复制蛋白和毒素-抗毒素样模块,构建了兼容且高稳定性的穿梭载体系统 | NA | 开发适用于Thermus thermophilus的合成生物学工具,特别是多质粒系统 | Thermus thermophilus菌株及其质粒 | 合成生物学 | NA | 基因组分析、质粒构建、定量PCR、转化实验 | NA | 基因组序列数据、质粒稳定性数据 | 从日本Senami温泉分离的Thermus thermophilus菌株及其质粒 | 质粒克隆、Gibson Assembly | Thermus thermophilus, Escherichia coli | 木聚糖利用途径(约13 kbp)被分割并克隆到两个兼容质粒中,实现功能重构 | 工业生物技术 |
| 69 | 2025-12-26 |
Reprogramming the SARS-CoV-1 Neutralizing Antibody S230 to SARS-CoV-2 via Directed Evolution and Molecular Docking-Based Binding Mode Analysis
2025-Dec-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00425
PMID:41236374
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研究论文 | 本研究通过定向进化和分子对接分析,成功将SARS-CoV-1中和抗体S230重编程为可中和SARS-CoV-2的抗体 | 结合定向进化与分子对接分析,通过有限协同突变实现跨物种抗原特异性重编程,并建立了基于合成生物学原理的可进化抗体重编程平台 | 未在动物模型中进行体内验证,且仅针对RBD结构域进行改造 | 开发针对新兴病原体的抗体快速适配技术 | SARS-CoV-1中和抗体S230及其重编程变体 | 合成生物学 | COVID-19 | 定向进化、分子对接模拟、细菌展示筛选 | 分子对接模型 | 蛋白质序列与结构数据 | NA | 定向进化 | 细菌(用于展示筛选) | 抗体亲和力成熟与特异性重编程 | 医学 |
| 70 | 2025-12-26 |
Genetically Reprogramming Crops and Rhizobacteria for Nutritional Iron Biofortification
2025-Dec-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00614
PMID:41252749
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综述 | 本文综述了通过合成生物学方法对作物和根际细菌进行基因重编程,以增强铁营养生物强化的策略 | 提出利用植物和细菌合成生物学精确调控铁稳态和获取机制,作为模块化组件在遗传电路设计中应用,并强调跨宿主途径转移的潜力 | NA | 通过基因工程和微生物组方法改善作物铁获取,以对抗铁缺乏和贫血,提升全球营养安全 | 作物和根际细菌 | 合成生物学 | 贫血 | 基因重编程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN | 植物, 根际细菌 | 铁稳态和获取机制,包括螯合和还原介导的土壤铁溶解途径 | 农业, 医学 |
| 71 | 2025-12-26 |
A Reporter System for Assessment of Transcription from Divergently Oriented Promoters in Pseudomonas putida
2025-Dec-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00723
PMID:41367291
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研究论文 | 本文开发了一种针对恶臭假单胞菌的质粒基双报告系统,用于同时监测含有反向启动子的启动子区域的基因表达 | 开发了优化的双报告系统,结合荧光蛋白选择、质粒骨架工程和毒素-抗毒素模块,支持无抗生素选择和动态转录评估 | 在测试条件下,基于excludon的转录抑制效率有限 | 研究恶臭假单胞菌的基因调控,开发基因表达监测工具 | 恶臭假单胞菌的启动子区域和基因表达 | 合成生物学 | NA | 质粒工程、荧光报告系统、共聚焦显微镜 | NA | 荧光图像、基因表达数据 | NA | 质粒构建、毒素-抗毒素模块 | 恶臭假单胞菌 | 双报告系统,用于监测反向启动子的转录活动 | 工业生物技术 |
| 72 | 2025-12-26 |
Site-Specific OaAEP1 Mediated Functional Proteins Immobilization on Magnetic Nanoparticles and the Recyclings
2025-Dec-17, Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/chem.202502540
PMID:41273006
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研究论文 | 本文开发了一种基于肽连接酶OaAEP1的位点特异性蛋白质固定化策略,用于在磁性纳米颗粒上实现功能蛋白质的定向高效固定 | 利用OaAEP1酶催化N端GL和C端NGL基序的连接,实现了蛋白质在纳米颗粒表面的可控定向固定,避免了传统方法的非特异性结合和活性损失 | NA | 开发一种精确稳定的蛋白质固定化方法,以推进生物催化、生物传感和合成生物学领域的应用 | 功能蛋白质和酶(如荧光蛋白、TEV蛋白酶、Taq聚合酶)在FeO和FeO@SiO磁性纳米颗粒上的固定化 | 合成生物学 | NA | 肽连接酶催化技术 | NA | NA | NA | OaAEP1 | NA | NA | 生物催化, 生物传感, 合成生物学 |
| 73 | 2025-12-26 |
Research progress on the evaluation, screening, and mechanisms of salinity tolerance in Azolla
2025-Dec, Ying yong sheng tai xue bao = The journal of applied ecology
DOI:10.13287/j.1001-9332.202512.035
PMID:41445342
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综述 | 本文综述了红萍耐盐性评价、耐盐种质筛选及其生理与分子机制的研究进展 | 系统总结了红萍-固氮蓝藻共生体系在盐碱地可持续修复中的潜力,并提出了整合基因编辑、合成生物学及共生互作等技术的未来研究方向 | 当前研究存在缺乏统一的评价标准、对耐盐遗传基础理解不完整、对复合胁迫及其机制探索有限等问题 | 筛选和培育耐盐植物,以实现盐碱地的可持续利用 | 红萍及其与固氮蓝藻形成的专性共生体系 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 基因编辑, 合成生物学 | 红萍, 固氮蓝藻 | NA | 农业, 环境 |
| 74 | 2025-12-25 |
Antisense transcription can induce expression memory via stable promoter repression
2025-Dec-20, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03875-1
PMID:41422243
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研究论文 | 本研究探讨了反义转录如何通过稳定启动子抑制诱导基因表达记忆,结合数学模型、基因组学和合成生物学方法 | 建立了定量框架预测反义介导的顺式记忆在生理相关条件下产生,并揭示干细胞在分化过程中调整记忆能力 | 未具体说明实验模型的局限性或样本量不足等问题 | 理解反义转录生成表达记忆的条件和机制 | 反义基因对、小鼠胚胎干细胞(mESCs) | 合成生物学 | NA | 数学模型、基因组学分析、合成生物学方法 | NA | 基因组数据、实验数据 | NA | 合成生物学方法 | 小鼠胚胎干细胞(mESCs) | 反义基因对形成的切换开关,涉及启动子抑制和染色质状态 | 医学 |
| 75 | 2025-12-25 |
Exploring lipid diversity and minimalism to define membrane requirements for synthetic cells
2025-Dec, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.70131
PMID:40787853
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综述 | 本文探讨了构建模拟生物细胞基本功能的合成细胞时,脂质多样性与简约性在定义膜需求方面的作用 | 对比了自下而上和自上而下两种构建合成细胞的方法,并强调了膜蛋白与其周围脂质环境之间关键相互作用的重要性 | NA | 定义自繁殖合成细胞所需的最小脂质组要求 | 合成细胞的脂质膜 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 生物技术, 环境科学 |
| 76 | 2025-12-24 |
A high-throughput heterologous expression platform for plant synthetic biology based on Arabidopsis suspension cells
2025-Dec-23, Journal of experimental botany
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/jxb/eraf545
PMID:41432110
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研究论文 | 本文开发了一种基于拟南芥悬浮细胞的高通量异源表达平台,用于植物合成生物学 | 建立了一种无需特殊设备或耗材的高通量瞬时和稳定转化系统,可快速生成大量转基因细胞并表达多个堆叠基因 | NA | 开发高效异源表达平台以促进植物合成生物学,特别是复杂多基因途径的工程化 | 拟南芥悬浮细胞 | 合成生物学 | NA | 植物细胞包渗入法 | NA | NA | NA | NA | 拟南芥悬浮细胞 | 氮酶铁钼辅因子成熟酶NifB模块组件(NifU、NifS、FdxN和NifB)的多基因表达途径 | 农业, 工业生物技术 |
| 77 | 2025-12-24 |
A Novel Salicylaldehyde Dehydrogenase from Alpine Soil Metagenome Reveals a Unique Catalytic Mechanism
2025-Dec, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-025-05445-4
PMID:41182549
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研究论文 | 本研究从高山土壤宏基因组中发现并全面表征了一种新型水杨醛脱氢酶(SALD),揭示了其独特的催化机制和生态意义 | 首次实验表征了Alphaproteobacterial来源的SALD,发现其形成独特的进化分支,并提出了涉及ASN-137等残基的非经典催化配置模型 | 高浓度金属和溶剂会抑制酶活性,且对脂肪醛的催化效率较低 | 探索高山土壤宏基因组中新型酶的催化机制及其生态和生物技术应用 | 从高山土壤宏基因组中获得的SALD酶 | NA | NA | 宏基因组学、系统发育分析、动力学分析、差示扫描荧光法、结构比对和分子对接 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生物修复、合成生物学 |
| 78 | 2025-12-22 |
CRISPR as a next-generation environmental biosurveillance tool for air, land, and water
2025-Dec-19, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.11.014
PMID:41421891
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综述 | 本文综述了基于CRISPR的环境生物监测技术(CRISPR-eBx)作为下一代前沿生物监测解决方案的潜力,涵盖其在空气、土地和水体中的应用 | 将CRISPR技术与计算科学、合成生物学和生物监测交叉融合,提出了一个战略路线图,以推动CRISPR-eBx成为便携、特异、灵敏且成本效益高的下一代环境监测平台 | 在部署CRISPR-eBx用于新型生物/基因靶标和环境来源时,仍存在关键挑战需要解决 | 探讨CRISPR-eBx作为下一代环境生物监测工具的应用前景和战略发展 | 环境核酸中的生物体,包括病原体、入侵物种和濒危物种 | 合成生物学 | NA | CRISPR技术 | NA | 环境核酸 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 生物传感器 | 环境 |
| 79 | 2025-12-22 |
Engineered Peptide Scrambling for Enhanced Drug Delivery to Resistant Breast Cancer Cells via Small Extracellular Vesicles
2025-Dec-15, ACS applied bio materials
IF:4.6Q2
DOI:10.1021/acsabm.5c00582
PMID:41321158
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研究论文 | 本研究开发了一种通过工程化肽序列扰乱来增强小细胞外囊泡靶向药物递送至耐药乳腺癌细胞的方法 | 利用双报告平台定量评估肿瘤归巢肽功能化小细胞外囊泡的结合,并通过氨基酸序列扰乱设计增强结合能力的肽变体,结合机械刺激提高药物负载效率 | 方法主要基于体外细胞实验,尚未进行体内验证;技术对小细胞外囊泡表面靶向部分的表征仍有限制 | 优化肿瘤靶向药物递送,克服耐药性 | 乳腺癌细胞(MDA-MB-231)和HEK293FT细胞 | 合成生物学 | 乳腺癌 | 生物发光测定、荧光显微镜、小细胞外囊泡工程 | NA | 体外细胞实验数据 | 24种扰乱变体肽在MDA-MB-231细胞中评估 | 细胞外囊泡表面功能化 | HEK293FT细胞 | 肿瘤归巢肽功能化的小细胞外囊泡作为靶向药物递送系统 | 医学 |
| 80 | 2025-12-22 |
DrEFO: A Fermented Oil Rich in Dihydroquercetin With High Antioxidant Activity
2025-Dec, Journal of cosmetic dermatology
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/jocd.70612
PMID:41413727
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研究论文 | 本研究通过合成生物学方法改造酿酒酵母生产二氢槲皮素,并利用其发酵制备富含二氢槲皮素的十一籽发酵油(DrEFO),评估其抗氧化及促进胶原合成的护肤功效 | 首次通过合成生物学改造酵母生产二氢槲皮素并用于植物油发酵,显著提升天然油的抗氧化活性与护肤价值,开创了利用发酵技术增强天然油护肤功效的新策略 | 研究主要基于体外化学实验和细胞模型,缺乏完整的动物实验或人体临床试验数据验证实际护肤效果 | 提升天然植物油的护肤功效,解决其因功效不足难以应对复杂皮肤问题 | 二氢槲皮素(DHQ)及其发酵制备的十一籽发酵油(DrEFO) | 合成生物学 | NA | 发酵工程、DPPH/ABTS/羟基/超氧阴离子/PTIO/ROS自由基清除实验、细胞模型 | NA | 化学实验数据、细胞实验数据 | NA | 合成生物学方法 | 酿酒酵母(S. cerevisiae) | 用于生产二氢槲皮素(DHQ)的代谢途径 | 化妆品、护肤品 |