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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-12-09 |
Engineering Protocell Networks for Prototissue Development
2025-Dec, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202500376
PMID:40177794
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综述 | 本文综述了将原始细胞组装成原始组织的方法,以模拟生物组织的层次结构和复杂功能 | 系统探讨了多种原始细胞模型的构建及其组装成具有通信、集体行为等功能的原始组织的化学与物理方法,为合成生物学和再生医学提供了设计思路 | NA | 探索原始细胞组装成原始组织的构建方法、特性及其在生物医学中的应用潜力 | 原始细胞模型(如脂质囊泡、聚合物囊泡、蛋白质体、无膜凝聚层、乳液液滴)及其组装形成的原始组织 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生物医学, 再生医学 |
| 122 | 2025-12-08 |
Directed evolution-driven reprogramming of PD-L1 for compact and tunable checkpoint modulation
2025-Dec-05, Journal of biological engineering
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13036-025-00577-x
PMID:41345880
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研究论文 | 本研究通过酵母表面展示定向进化技术,开发了一种紧凑且可调控的PD-L1变体,用于增强PD-1结合亲和力并改善免疫检查点抑制剂的治疗潜力 | 利用定向进化技术改造PD-L1,获得双突变体(DM),其PD-1结合亲和力比野生型提高173倍,同时保持低免疫原性,并通过结构建模揭示了亲和力增强的分子机制 | NA | 开发一种紧凑、可调控的PD-L1变体,以克服传统IgG类检查点抑制剂的局限性,如分子尺寸大和Fc效应介导的T细胞耗竭 | PD-L1蛋白变体及其与PD-1的相互作用 | 合成生物学 | 癌症 | 酵母表面展示定向进化、计算机免疫原性分析、结构建模、功能测定 | NA | 蛋白质序列、结构模型、细胞培养数据 | NA | 定向进化 | 酵母 | NA | 医学 |
| 123 | 2025-12-08 |
Advances in the microbial biosynthesis of therapeutic terpenoids
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103374
PMID:41161185
|
综述 | 本文综述了利用合成生物学和代谢工程在微生物中生物合成治疗性萜类化合物的最新进展 | 总结了利用自动化、机器学习和人工智能等新兴方法加速微生物生物合成研究的新兴策略 | NA | 促进治疗性萜类化合物的微生物生物合成,以实现规模化生产和经济可行的成本目标 | 天然及新型萜类化合物(如青蒿素、紫杉醇、长春花碱、QS-21和环巴胺) | NA | NA | 合成生物学,代谢工程 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌,酿酒酵母 | NA | 医药 |
| 124 | 2025-12-07 |
Expanding the quorum sensing toolbox: Promoter libraries and hybrid promoter for dynamic genetic circuits
2025-Dec-25, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2025.09.004
PMID:40945582
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研究论文 | 本文通过构建启动子库和设计新型混合启动子,扩展了群体感应工具箱,用于动态遗传电路的优化与应用 | 创建了P(LasI/LasR)和P(EsaI/EsaR)系统的启动子库,并设计了一种新型混合启动子,需要两种自诱导剂激活,实现了多阶段遗传开关的动态控制 | NA | 扩展群体感应工具箱,优化动态遗传电路的设计与调谐 | 群体感应系统、启动子库、混合启动子、遗传电路 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | NA | 多阶段遗传开关,包括生长阶段和两个顺序生产阶段,使用混合启动子实现动态控制 | 工业生物技术 |
| 125 | 2025-12-07 |
Characterization and orthogonality assessment of two quorum sensing systems for synthetic biology applications
2025-Dec-25, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2025.08.001
PMID:40835148
|
研究论文 | 本研究全面表征了LasI/LasR和EsaI/EsaR两种群体感应系统在大肠杆菌中的功能,并评估了它们的正交性以避免交叉干扰 | 首次在模型宿主大肠杆菌中全面表征这两种群体感应系统,并通过突变策略解决了系统间的交叉干扰问题,实现了功能正交 | 研究仅在大肠杆菌中进行,未在其他宿主中验证,且突变体可能影响系统在其他环境下的性能 | 优化和标准化群体感应系统以扩展合成生物学应用范围 | LasI/LasR和EsaI/EsaR两种群体感应系统 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 理性设计突变 | 大肠杆菌 | 群体感应系统,包括启动子、信号分子和合酶组件 | 工业生物技术 |
| 126 | 2025-12-07 |
Reengineering of ergosterol biosynthesis in Saccharomyces cerevisiae and its sustainable application in citrus peel processing industry
2025-Dec-25, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2025.10.002
PMID:41072655
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研究论文 | 本研究通过合成生物学策略重新工程化酿酒酵母中的麦角固醇生物合成,并探索其在柑橘皮加工工业中的可持续应用 | 首次报道了在酿酒酵母中重新工程化麦角固醇生物合成以抵抗D-柠檬烯胁迫,为柑橘皮加工工业提供可持续生物能源解决方案 | NA | 重新工程化麦角固醇生物合成并应用于柑橘皮加工工业的可持续生物能源开发 | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae) | 合成生物学 | NA | 合成生物学策略,包括MVA途径模块、后角鲨烯途径模块和麦角固醇生物合成模块 | NA | NA | 摇瓶和5升生物反应器发酵实验 | 合成生物学策略 | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae) | 麦角固醇生物合成途径的重新工程化,涉及MVA途径、后角鲨烯途径和麦角固醇生物合成模块 | 能源, 工业生物技术 |
| 127 | 2025-12-07 |
Monoclonal antibodies production in microbial systems: Current status, challenges and perspectives
2025-Dec-25, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2025.10.005
PMID:41075867
|
综述 | 本文全面综述了微生物系统生产单克隆抗体的现状、挑战与前景,重点讨论了微生物表达平台的优势、基因编辑与合成生物学技术的应用,以及AI驱动的优化策略 | 系统整合了CRISPR/Cas9基因编辑、合成生物学重建哺乳动物糖基化通路、以及AI驱动的高通量优化等前沿技术,提出微生物平台作为哺乳动物细胞系统的高效替代方案 | 微生物系统在蛋白质正确折叠、翻译后修饰(如糖基化)的精确性方面仍存在局限性,可能影响某些治疗性抗体的功能与安全性 | 探索微生物系统作为单克隆抗体工业化生产的替代平台,以解决传统哺乳动物细胞系统成本高、周期长的问题 | 单克隆抗体(mAbs) | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑、合成生物学、AI优化、高通量筛选 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物系统(具体未指定,可能包括大肠杆菌、酵母等) | 哺乳动物糖基化通路重建 | 医药、生物医学研究 |
| 128 | 2025-12-07 |
Integrating Microbiomes for Regenerative Food Systems: Recent Insights, Implementations, and Emerging Trends
2025-Dec, Food science & nutrition
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/fsn3.71312
PMID:41341407
|
综述 | 本文综述了微生物组在食品科学中的核心作用,涵盖可持续农业、发酵、食品安全和营养等领域,整合了传统方法与新技术策略 | 整合了传统微生物组方法(如自然发酵)与新兴高科技策略(如精准微生物组工程、合成生物学和机器学习),并强调了社会经济背景下的应用差异 | NA | 探讨微生物组在构建弹性和可持续食品系统中的应用,促进食品科学、农业和营养健康的整合 | 微生物组在食品系统中的角色,包括食品质量、安全、可持续性和人类健康 | NA | NA | 精准微生物组工程、合成生物学、机器学习 | NA | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 食品、农业、环境 |
| 129 | 2025-12-06 |
The evolving landscape of precise DNA insertion in plants
2025-Dec-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66715-7
PMID:41330932
|
综述 | 本文回顾了植物基因组中精确DNA插入技术的发展历程,从随机方法到基于CRISPR-Cas系统的工具,并分析了当前挑战与新兴解决方案 | 系统梳理了CRISPR-Cas系统在植物精确DNA插入中的应用演进,包括基因靶向、先导编辑及基于重组酶/转座酶的平台,并探讨了从理论到实践的转化路径 | 本文为综述性文章,未涉及原始实验数据,主要基于现有文献分析,可能未覆盖最新技术突破 | 探讨植物基因组精确DNA插入技术的演变、当前局限性与未来发展方向,以推动作物改良和合成生物学应用 | 植物基因组编辑技术,特别是CRISPR-Cas系统及相关工具 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统、基因靶向(GT)、先导编辑(PE)、重组酶/转座酶平台 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 植物 | NA | 农业, 工业生物技术 |
| 130 | 2025-12-06 |
Advances in trypsin research: sources, structural insights, applications and protein engineering for industrial use
2025-Dec, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148996
PMID:41232883
|
综述 | 本文综述了胰蛋白酶的研究进展,包括其来源、结构、应用以及为工业用途进行的蛋白质工程改造 | 系统总结了通过定点突变等蛋白质工程方法增强胰蛋白酶抗自降解能力和热稳定性的最新进展,并提出了整合AI驱动蛋白质设计与合成生物学工具的未来研究方向 | 在阐明动态酶-底物相互作用、利用天然序列多样性以及在工业规模条件下实现最佳产量方面仍存在挑战 | 综述胰蛋白酶的研究进展,并探讨通过蛋白质工程改进其工业应用性能 | 胰蛋白酶(一种丝氨酸蛋白酶) | NA | NA | 定点突变,蛋白质工程,重组蛋白表达 | NA | NA | NA | NA | 微生物重组表达系统 | NA | 工业生物技术 |
| 131 | 2025-12-05 |
Plant-derived peptides: From identification to agronomic applications
2025-Dec-01, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.11.004
PMID:41243283
|
综述 | 本文综述了植物源肽作为生物农药和生物刺激剂的潜力,并提出了一个整合肽鉴定、分子设计、生物制造和生态评估的框架 | 提出结合人工智能、纳米技术和合成生物学等新兴技术,以克服植物源肽商业化中的瓶颈 | 商业化受限,包括多样性探索不足、生产成本高、生态风险评估不完整和应用场景未定义 | 探索植物源肽作为环保型生物农药和生物刺激剂在农业中的应用潜力 | 植物源肽及其在农业中的鉴定、设计和应用 | 农业生物技术 | NA | 人工智能、纳米技术、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 132 | 2025-12-05 |
PyFuRNAce: an integrated design engine for RNA origami
2025-Dec-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66290-x
PMID:41326357
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研究论文 | 介绍了一个名为pyFuRNAce的开源、基于Python的RNA纳米结构设计软件包,专注于共转录RNA折纸设计 | 开发了首个将RNA折纸完整工作流程(从基序定义到序列生成)集成到单一用户友好平台的集成设计引擎 | NA | 开发用户友好的RNA纳米结构设计工具以推动RNA纳米技术发展 | RNA纳米结构,特别是共转录RNA折纸 | 合成生物学 | NA | 原子力显微镜,共聚焦荧光成像 | NA | NA | NA | NA | NA | RNA折纸纳米结构(包括自组装RNA丝、RNA液滴和大型共转录RNA折纸) | 医学,生物技术,合成生物学 |
| 133 | 2025-12-04 |
Engineered Commensals as Next-Generation Drug Delivery Agents for Nose-to-Brain Therapeutics in Neurological Disorders
2025-Dec-03, ACS chemical neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.1021/acschemneuro.5c00874
PMID:41268975
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综述 | 本文探讨了利用合成生物学和材料工程开发的工程化共生菌作为鼻-脑给药系统,用于治疗中枢神经系统疾病 | 提出将工程化共生菌与鼻内给药途径相结合,绕过血脑屏障,实现中枢神经系统药物的靶向递送 | NA | 开发一种基于工程化共生菌的鼻-脑给药系统,以改善中枢神经系统疾病的治疗 | 中枢神经系统疾病(如阿尔茨海默病、帕金森病、中风、胶质瘤) | 合成生物学 | 神经系统疾病 | 合成生物学、材料工程 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞、细菌、病毒 | 疾病靶向迁移、局部治疗生产、适应性递送、免疫激活、代谢调节 | 医学 |
| 134 | 2025-12-03 |
Versatile Applications of CRISPR-Based Programmable T-DNA Integration in Plants
2025-Dec, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70353
PMID:40905066
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研究论文 | 本文探索了CRISPR辅助的靶向T-DNA整合技术在植物中的应用,旨在提高转基因表达的精确性和效率 | 开发了CRISTTIN技术,利用CRISPR诱导的双链断裂实现精确T-DNA插入,相比传统Cas9,优化了基因功能研究和转基因表达控制 | NA | 研究植物中靶向T-DNA整合策略,以克服随机整合的缺点,提升转基因表达的精确性和应用范围 | 拟南芥和水稻 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9, Agrobacterium介导的T-DNA整合 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 拟南芥, 水稻 | 靶向T-DNA整合系统,用于基因敲除、原位互补、报告基因插入和转录增强 | 农业, 合成生物学 |
| 135 | 2025-12-03 |
From marsh to market: taming Vibrio natriegens for sustainable bioproduction
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103353
PMID:40945411
|
综述 | 本文探讨了利用已知最快生长的细菌——Vibrio natriegens作为生物技术底盘,开发可持续生物生产的过程 | 提出采用系统生物技术方法,结合菌株与工艺工程,指导Vibrio natriegens的理性优化,以实现可扩展的新一代生物制造 | 目前仍存在重要限制,特别是在实现高产品产量和处理难降解底物方面 | 开发Vibrio natriegens作为可持续生物生产的底盘微生物 | Vibrio natriegens细菌及其在生物生产中的应用 | 合成生物学 | NA | 基因组工程、合成生物学工具、系统水平分析 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | Vibrio natriegens | 生物传感器、代谢途径 | 工业生物技术、能源、环境 |
| 136 | 2025-12-03 |
Unearth hidden terpenoids in plants by genome mining and synthetic biology
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103365
PMID:41016367
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综述 | 本文综述了如何通过基因组挖掘与合成生物学相结合的方法,系统性发现和表征植物中隐藏的萜类化合物 | 整合基因组挖掘与合成生物学,系统性挖掘所有主要萜类(包括三萜、二萜、倍半萜等)中隐藏的新颖骨架,显著扩展了药物开发的化学空间 | NA | 探索植物中隐藏萜类化合物的发现与表征方法 | 植物萜类化合物 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘,组合生物合成 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 137 | 2025-12-03 |
Building a lignin biofoundry: a review
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103377
PMID:41172615
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综述 | 本文综述了合成生物学和生物铸造厂在木质素生物转化中的应用潜力,探讨了如何通过自动化设计-构建-测试-学习循环来开发木质素降解酶 | 提出了聚焦木质素的生物铸造厂概念,整合机器人技术、数据驱动生物学和人工智能,为木质素的高效生物转化提供创新框架 | NA | 探索利用合成生物学和生物铸造厂技术克服木质素生物转化工业应用限制的途径 | 木质素生物转化技术、生物铸造厂平台 | 合成生物学 | NA | 高通量筛选、定向进化、生物传感器引导选择 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术、环境、能源 |
| 138 | 2025-12-03 |
Architectures of emerging biofoundry platforms for synthetic biology
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103379
PMID:41177134
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综述 | 本文综述了新兴生物铸造平台的架构,这些平台通过自动化加速合成生物学应用 | 强调了机器人辅助模块(RAMs)的灵活配置,以及人工智能集成以实现预测建模和迭代学习,为自驱动实验室奠定基础 | NA | 概述生物铸造平台的架构基础,以促进高通量和可重复的生物工程 | 生物铸造平台,包括机器人系统、分析仪器和软件 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | E. coli, S. cerevisiae, B. subtilis, 哺乳动物细胞 | 切换开关、振荡器、逻辑门、生物传感器、代谢途径 | 医学、农业、环境、能源、材料、食品、工业生物技术 |
| 139 | 2025-12-03 |
Programmable probiotics as next-generation living therapeutics: bridging synthetic biology and precision medicine
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103375
PMID:41187701
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综述 | 本文综述了可编程益生菌作为下一代活体治疗剂的发展,探讨了合成生物学如何将其改造为能够靶向疾病部位、感知信号并原位递送治疗的智能药物 | 提出将合成生物学与精准医学结合,通过模块化遗传电路将益生菌改造为可编程的活体治疗剂,实现疾病原位靶向治疗 | 存在生物安全性、监管复杂性及微生物组变异性等转化瓶颈 | 探讨可编程益生菌作为活体治疗剂的开发策略与临床转化前景 | 工程化益生菌(活体治疗剂) | 合成生物学 | 炎症性肠病、代谢性疾病、癌症 | 模块化遗传电路设计 | NA | NA | NA | 合成生物学工具(未具体说明) | 益生菌(原共生细菌) | 感知-响应型遗传电路(具备疾病部位归巢、信号感知与治疗递送功能) | 医药 |
| 140 | 2025-12-03 |
Artificial intelligence-powered biofoundries for protein engineering and metabolic engineering
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103380
PMID:41192167
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综述 | 本文综述了人工智能与自动化生物铸造厂融合在蛋白质工程和代谢工程中的应用,加速了设计-构建-测试-学习循环 | 整合人工智能与自动化生物铸造厂,实现蛋白质工程和代谢工程从劳动密集型手动实验向自主实验的转变 | NA | 总结人工智能模型与生物铸造厂集成在蛋白质工程和代谢工程中的最新进展,以加速合成生物学领域的科学发现与创新 | 蛋白质工程和代谢工程的工作流程、人工智能模型及其与生物铸造厂的集成 | 合成生物学 | NA | NA | 人工智能模型 | NA | NA | 生物铸造厂 | NA | NA | 工业生物技术 |