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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-09-21 |
High-throughput yeast engineering in biofoundries: towards autonomous and scalable synthetic biology
2026-Jan-05, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foag003
PMID:41591451
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综述 | 本文综述了生物铸造厂中高通量酵母工程的发展,涵盖自动化、人工智能和标准化工作流程在酵母菌株开发中的应用 | 提出了从设计-构建-测试-学习(DBTL)向设计-构建-部署(DBD)循环转变的自主自优化“自驱动实验室”概念,并强调国际标准协调、数据治理和伦理保障的重要性 | 协议变异性仍然存在,人工智能工具的整合仍面临挑战,国际标准化和数据治理尚未完全实现 | 探讨生物铸造厂如何通过自动化、人工智能和标准化流程加速酵母菌株开发,并展望自主可扩展合成生物学的未来方向 | 酵母工程、生物铸造厂、合成生物学工作流程 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑、表型筛选、预测建模 | NA | 文本 | NA | NA | 酵母 | NA | 工业生物技术、医学 |
| 62 | 2026-09-21 |
Engineering yeast for sustainable bioproduction of tryptophan-derived aromatic compounds
2026-Jan-05, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foag012
PMID:41770028
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综述 | 本文综述了通过工程化酵母细胞工厂,利用代谢工程策略和合成生物学工具,实现色氨酸衍生芳香族化合物可持续生物合成的研究进展 | 系统整合了酵母中色氨酸衍生芳香族化合物生物合成的最新研究进展,综合阐述了代谢工程策略、合成生物学工具及面临的挑战 | 本文为综述性文章,未提供原始实验数据,对具体代谢工程策略的技术细节和定量比较分析有限 | 总结酵母工程化生产色氨酸衍生化合物的最新进展,探讨当前代谢工程策略、合成生物学工具及实现高效、可扩展、经济可行的生物合成所需克服的挑战 | 酵母细胞工厂及色氨酸衍生芳香族化合物 | 合成生物学 | NA | 代谢工程,合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | 酵母 | NA | 医药,食品,饲料,化妆品,聚合物 |
| 63 | 2026-09-21 |
Bacterial secondary metabolites as resistance-modifying adjuvants: microbial origins, molecular mechanisms, and translational relevance
2026, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2026.1779022
PMID:42039799
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综述 | 本文综述了2020至2025年间将细菌次生代谢产物重新定位为抗微生物耐药性干预策略重要组成部分的关键进展 | 系统整合了细菌次生代谢产物作为耐药性修饰和抗毒力剂的机制与进化分析,阐明了其相比单靶点抗生素具有更高耐药性发展屏障的原因,并讨论了基因组挖掘、多组学、合成生物学和AI辅助建模等现代发现与优化流程 | 未涉及具体实验验证数据,药代动力学和药效学约束、临床前验证及监管制造商业化等方面仍面临挑战 | 探索细菌次生代谢产物作为耐药性修饰佐剂在抗微生物耐药性干预中的潜力、机制和转化应用前景 | 细菌次生代谢产物 | 机器学习 | NA | 基因组挖掘, 多组学, 合成生物学, AI辅助结构-活性建模 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 64 | 2026-09-21 |
Algae and microbial proteins for alternative proteins: Untapped molecular resources
2026, Advances in protein chemistry and structural biology
DOI:10.1016/bs.apcsb.2026.08.003
PMID:42763115
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综述 | 本章批判性地综述了微藻、蓝细菌、酵母、丝状真菌和细菌等用于单细胞蛋白生产的平台的分类、生化和结构多样性,重点关注提取与下游加工、分子表征、营养品质、生物活性潜力、监管框架以及合成生物学和代谢工程等新兴进展 | 系统整合了藻类和微生物蛋白的分子见解、过程工程和循环生物经济原则,强调了未充分利用的分子资源在替代蛋白中的潜力 | 摘要未明确提及具体限制 | 综述藻类和微生物蛋白作为替代蛋白的未开发分子资源,探讨其生产、表征、应用及未来发展方向 | 微藻、蓝细菌、酵母、丝状真菌、细菌 | 合成生物学 | NA | 多组学 | NA | 文本 | NA | NA | 微藻, 蓝细菌, 酵母, 丝状真菌, 细菌 | NA | 食品 |
| 65 | 2026-09-20 |
Advances in the engineering of living probiotics for cancer immunotherapy
2026, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.125301
PMID:41355950
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综述 | 本文综述了用于癌症免疫治疗的工程化活益生菌的研究进展,包括细菌与肿瘤的关系、工程化改造方法及其在癌症治疗中的应用 | 系统总结了物理化学方法和合成生物学方法改造细菌的策略,并探讨了联合治疗、个性化医疗和微生物组在提高治疗效果中的潜力 | 作为综述文章,未提供原始实验数据,对具体工程化策略的疗效和安全性缺乏定量比较分析 | 概述细菌与肿瘤的复杂关系,讨论细菌改造的工程方法,并探讨其在癌症治疗中的应用前景 | 活益生菌、工程化细菌、肿瘤微环境、免疫系统 | 肿瘤免疫治疗、合成生物学 | 癌症 | 合成生物学、物理化学改造方法 | NA | 文本 | NA | NA | 细菌 | NA | 医学 |
| 66 | 2026-09-20 |
Engineered food-borne probiotics delivering checkpoint-inhibitor modulators
2026-Jan, Annals of medicine and surgery (2012)
DOI:10.1097/MS9.0000000000004399
PMID:41497008
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综述 | 该文章综述了工程化食源性益生菌作为递送检查点抑制剂调节剂的平台,结合合成生物学、营养学和癌症免疫治疗,并总结了临床前和临床证据 | 将食源性益生菌工程化以递送检查点抑制剂调节剂(如可溶性CD80、PD-L1纳米抗体、IL-2),并整合临床荟萃分析和I期试验数据,提出可食用生物制剂作为低毒性免疫治疗平台 | 仍面临定植效率和生物安全性方面的挑战 | 探讨工程化食源性益生菌递送检查点抑制剂调节剂在癌症免疫治疗中的效果和潜力 | 工程化食源性益生菌、检查点抑制剂调节剂、肿瘤模型、肠道微生物组、非小细胞肺癌患者 | 机器学习 | 肺癌 | NA | NA | 文本 | NA | NA | 益生菌 | 可控遗传回路 | 医学 |
| 67 | 2026-09-20 |
Engineered Lactobacillus expressing tumor-killing cytokines: a novel biotherapeutic
2026-Jan, Annals of medicine and surgery (2012)
DOI:10.1097/MS9.0000000000004400
PMID:41497134
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综述 | 本文综述了工程化乳酸杆菌表达肿瘤杀伤性细胞因子(如IL-12、IL-15和TRAIL)作为一种新型生物治疗策略的研究进展 | 将免疫治疗与微生物组工程相结合,利用工程化乳酸杆菌实现局部递送肿瘤杀伤性细胞因子,在保持疗效的同时规避全身性细胞因子治疗的剂量限制性毒性 | 目前主要证据来自小鼠模型,尚缺乏临床试验数据;工程菌在人体内的定植效率、长期安全性及生物安全控制仍需进一步验证 | 探讨工程化乳酸杆菌表达肿瘤杀伤性细胞因子作为新型抗肿瘤生物治疗剂的可行性与转化潜力 | 工程化乳酸杆菌(表达IL-12、IL-15、TRAIL等细胞因子),以及结直肠肿瘤、胰腺肿瘤等实体瘤模型 | 机器学习 | 肺癌 | 合成生物学、微生物组工程 | NA | 文本 | NA | NA | 乳酸杆菌 | 诱导型启动子、生物安全杀伤开关 | 医学 |
| 68 | 2026-09-20 |
Synthetic microbiomes in bioengineered rhizospheres: new frontiers for climate-resilient agriculture
2026, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2026.1780132
PMID:42039802
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综述 | 本文综述了合成微生物组与工程化根际在气候韧性农业中的应用,重点关注细菌、真菌、原生生物和古菌等多界微生物相互作用及其在工程根际系统中的胁迫特异性应用 | 强调了多界微生物相互作用(包括细菌、真菌、原生生物和古菌)在工程化根际系统中的潜力,整合了微生物生态学、基因组学和系统生物学知识,并探讨了CRISPR基因编辑和代谢途径工程等合成生物学工具在优化微生物性状中的应用 | 在多界微生物动态理解、针对特定环境条件优化合成微生物群落、以及将实验室成果转化为可靠的田间规模应用方面仍存在知识空白,同时在规模化田间应用、确保生态安全性和一致性方面仍面临挑战 | 探讨通过合成微生物组和工程化根际增强植物在环境胁迫下的韧性,推动气候韧性可持续农业系统的发展 | 合成微生物组、工程化根际、植物相关微生物群落(包括细菌、真菌、原生生物和古菌) | 合成生物学、微生物生态学、农业生物技术 | NA | CRISPR基因编辑、代谢途径工程、高通量筛选、机器学习、宏基因组分析 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | 植物 | 合成微生物群落、代谢途径 | 农业、环境 |
| 69 | 2026-09-20 |
Targeting cancer hallmarks with microbiome-derived bacteriocins and postbiotics: molecular mechanisms and translational opportunities in oncology
2026, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2026.1899156
PMID:42757169
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综述 | 本文综述了微生物组来源的细菌素和后生元代谢物作为抗癌剂的作用机制、计算辅助发现、纳米递送系统及临床转化挑战 | 系统整合了微生物组学、合成生物学、计算药物发现和纳米递送技术,全面阐述了细菌素和后生元在精准肿瘤学中的转化潜力 | 临床证据有限,实验方法未标准化,药代动力学性质差,生产制造受限,监管障碍显著 | 全面评估细菌素和后生元代谢物作为抗癌剂的研究现状,探讨其来源、结构功能特性、作用机制及临床转化挑战 | 细菌素、后生元代谢物(短链脂肪酸、吲哚衍生物、路透菌素、微生物外多糖)、产细菌素微生物 | 肿瘤学、微生物组学、计算药物发现 | 癌症(广谱) | 分子对接、分子动力学模拟、系统生物学、人工智能、纳米技术 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 70 | 2026-09-18 |
Mechanistic Perspectives From Genomics and Pangenomics of Medicinal and Aromatic Plants: Linking Genome Architecture to Phytochemical Diversity
2026, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/2966459
PMID:42746596
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综述 | 本文综述了基因组学和泛基因组学如何揭示药用与芳香植物中基因组结构与植物化学多样性之间的关联 | 从机制角度整合了基因组结构变异与次生代谢多样性的证据,并系统评估了因果关系的证据强度,同时探讨了泛基因组学、多组学、基因编辑、合成生物学和人工智能在代谢通路发现与工程化中的应用前景 | 许多基因组-代谢物关系仍缺乏直接功能验证,不同物种间证据强度差异较大,部分结论仍以关联性为主而非因果性 | 阐明基因组结构与植物化学多样性之间的机制联系,并总结功能基因组学、精准育种和代谢工程的发展方向 | 药用与芳香植物(MAPs)及其次生代谢产物 | 基因组学 | NA | 长读长测序,染色体级别基因组组装,泛基因组学,多组学整合,基因编辑,合成生物学,人工智能 | NA | 基因组,代谢组,多组学 | NA | 基因编辑(CRISPR-Cas9等) | 药用与芳香植物 | 次生代谢生物合成通路 | 医药,食品,工业生物技术 |
| 71 | 2026-09-16 |
A national framework for managing dual-use research of concern: integrating biosecurity, public health, and research governance
2026, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2026.1924238
PMID:42741075
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综述 | 本文提出一个综合性国家DURC风险管理框架,涵盖生物安全、公共卫生、研究治理和应急管理,并给出十一项跨预防与响应领域的整合建议。 | 将WHO 2022全球指南、ISO 35001:2019标准与美国DURC-PEPP政策等国家政策先例整合为一个涵盖预防与响应、强调一线工作者保护与跨部门协调的国家级DURC治理框架。 | 基于结构化叙事性政策综述而非实证研究,且所引用的美国DURC-PEPP政策实施被第14292号行政令取代,修订或替代性联邦政策在最终检索日期仍处于制定中。 | 构建一个连接生物安全、公共卫生、研究治理与应急管理的综合性国家DURC风险管理方案。 | DURC相关政策文件、治理框架、标准与国家政策先例,以及DURC治理相关的五条重叠威胁路径与利益相关者界面。 | 生物安全治理 | NA | 结构化叙事性政策综述 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 环境, 工业生物技术 |
| 72 | 2026-09-15 |
Governing synthetic biology and artificial intelligence (AI) convergence: emerging biosecurity priorities for Africa
2026, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2026.1834976
PMID:42729550
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综述 | 本文探讨了合成生物学与人工智能融合对非洲生物安全治理带来的挑战,提出了结构性暴露点的概念,并给出了适合非洲情境的治理优先事项和适应性治理方法 | 引入了结构性暴露点这一概念,将其定义为增加新兴技术能力超越监管可能性的系统性治理条件,并从监管扩展转向制度整合,提出了适合非洲情境的务实治理路径 | 文章主要为概念性和分析性讨论,缺乏实证数据验证,且未提供具体的治理实施时间表或量化评估指标 | 识别非洲生物安全治理中的结构性暴露点,并提出务实的治理优先事项和适应性治理方法,以应对生物-数字融合带来的新兴风险 | 非洲生物安全监管机构和国家框架 | 生物安全治理 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 环境 |
| 73 | 2026-09-13 |
The Landscape of Synthetic Biology and Bioengineering in Spain
2026 Jan-Dec, Engineering biology
DOI:10.1049/enb2.70011
PMID:42724222
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综述 | 本文是一篇观点文章,系统梳理了西班牙合成生物学与生物工程过去二十年的发展轨迹、核心贡献、当前优势与新兴机遇,并讨论了该领域面临的技术、监管、概念与转化挑战 | 首次以国家视角全面描绘西班牙合成生物学共同体的发展图景,突出其在欧洲合成细胞计划、全球生物铸造网络、SEVA标准化平台以及MISB硕士和SYNBIO-CSIC COFUND博士网络等高级培训项目中的角色,并聚焦物质-生命界面、生物制造和可持续生物技术等新兴方向 | 作为观点文章,未提供原始实验数据或系统性定量分析,对西班牙合成生物学发展水平的评估主要基于作者视角,可能缺乏全面的文献计量或产业调研支撑 | 梳理并评述西班牙合成生物学与生物工程的发展历程、现状与未来方向,为政策制定、科研布局和人才培养提供参考 | 西班牙合成生物学与生物工程研究共同体、相关机构、平台、培训项目及政策环境 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医药, 工业生物技术, 环境, 材料 |
| 74 | 2026-09-12 |
Metabolic Engineering of Microbial Strains for 1,2,4-Butanetriol Production: Progress and Future Perspectives
2026, Advances in biochemical engineering/biotechnology
DOI:10.1007/10_2026_322
PMID:42477129
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综述 | 本文综述了微生物菌株代谢工程生产1,2,4-丁三醇的研究进展,包括生物合成途径设计、代谢工程与工艺优化策略以及利用木质纤维素生物质作为可持续原料,并展望了结合人工智能技术提升生产效率的未来方向 | 系统整合了1,2,4-丁三醇生物合成途径设计、代谢工程与过程优化策略,并首次提出将人工智能技术与先进代谢工程和合成生物学方法相结合以提升1,2,4-丁三醇生产效率的未来方向 | 实现具有成本竞争力的1,2,4-丁三醇生产仍面临重大挑战,现有代谢工程和工艺优化策略尚未达到经济可行的生产水平 | 综述微生物代谢工程生产1,2,4-丁三醇的研究进展,并探讨未来提升生产效率的策略 | 工程化微生物菌株(细菌和酵母细胞工厂)及其1,2,4-丁三醇生物合成途径 | 工业生物技术 | NA | 代谢工程、合成生物学、过程优化、人工智能技术 | NA | 文本 | NA | NA | 细菌, 酵母 | 1,2,4-丁三醇生物合成途径 | 医药, 工业生物技术, 材料, 能源 |
| 75 | 2026-09-11 |
Molecular biology and integrated strategies for activating cryptic biosynthetic gene clusters toward next-generation antibiotic discovery
2026, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2026.1893206
PMID:42712777
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综述 | 本文综述了沉默生物合成基因簇在抗生素发现中的生物学意义、激活限制因素及多种激活策略,并探讨了多组学与合成生物学结合加速新一代抗生素发现的途径 | 系统整合了生物学、生物化学和技术驱动等多维度激活沉默生物合成基因簇的策略,并强调了多组学与合成生物学结合以及生态进化视角在下一代抗生素发现中的应用潜力 | 作为综述文章,未提供原始实验数据验证所讨论策略的实际效果;许多激活方法仍处于探索阶段,其通用性和可扩展性尚待验证 | 探讨沉默生物合成基因簇的激活策略,以加速新一代抗生素的发现,应对抗菌素耐药性危机 | 细菌和真菌基因组中的沉默或隐性生物合成基因簇及其编码的次级代谢产物 | 合成生物学 | 抗菌素耐药性 | 全基因组测序、CRISPR-Cas、启动子工程、途径重构、异源表达、基因组挖掘、微流控培养、高通量筛选、代谢组学、分子网络、人工智能与机器学习 | NA | 基因组序列、代谢组数据、文本 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 76 | 2026-09-11 |
CRISPR-Cas technologies for precision genome editing in plants: advances, applications, and future perspectives
2026, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2026.1902159
PMID:42713468
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综述 | 本文综述了CRISPR-Cas技术在植物精准基因组编辑中的最新进展、应用及未来展望 | 系统整合了CRISPR-Cas在作物遗传改良和杂交育种中的多种策略,并重点对比了稳定、瞬时和无DNA递送系统,强调RNP递送在减少脱靶和避免转基因整合方面的优势 | 组织培养依赖型转化和递送系统仍是主要瓶颈 | 总结CRISPR-Cas植物基因组编辑技术进展,探讨其在作物遗传学和杂交育种中的战略应用 | 作物植物 | 植物基因组编辑 | NA | CRISPR-Cas | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | 植物 | NA | 农业 |
| 77 | 2026-09-10 |
PanForest: predicting genes in genomes using random forests
2026-01-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag005
PMID:41512299
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研究论文 | PanForest使用随机森林分类器根据基因组中其他基因的存在与否来预测基因的存在与缺失,并分析基因共现与回避模式。 | 首次利用随机森林算法在大规模泛基因组尺度上预测基因存在与否,并提供基因重要性统计,支持并行计算以适应网络生命规模的泛基因组分析,且展示了在抗菌药物耐药性关联基因预测中的应用。 | 摘要未提及具体局限性。 | 开发一种工具以预测基因组中基因的存在与缺失,并揭示基因间的共现和回避模式,应用于进化重建和合成基因组设计。 | 基因组的基因存在与缺失数据,具体包括大肠杆菌泛基因组中的附属基因 | 机器学习 | NA | 随机森林分类 | 随机森林 | 基因组序列数据(基因注释与存在/缺失信息) | 1000个大肠杆菌基因组中的12,741个附属基因 | NA | 大肠杆菌 | NA | 生物医学, 合成生物学, 分子生态学 |
| 78 | 2026-09-10 |
Targeted phagocytosis of TNF-α by CAR macrophages restores immune homeostasis in arthritis
2026, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.132172
PMID:42708095
|
研究论文 | 本研究通过工程化巨噬细胞表达抗TNF-α嵌合抗原受体(CAR-M),增强其对可溶性TNF-α的吞噬和降解,并在关节炎模型中恢复免疫稳态,展示出优于现有疗法的治疗效果。 | 创新性地将MerTK抗原结合域替换为TNF-R1片段,构建抗TNF-α CAR-M,通过双重机制(直接清除TNF-α和重编程滑膜巨噬细胞为修复表型)纠正吞噬缺陷并缓解慢性炎症,这在类风湿关节炎治疗中尚属首次。 | 研究依赖于体外和动物模型(CIA小鼠),未进行人体临床试验;CAR-M的长期安全性、体内持久性和潜在免疫原性未评估。 | 开发一种工程化巨噬细胞疗法,通过增强TNF-α清除和恢复炎症消退功能,治疗类风湿关节炎。 | 抗TNF-α CAR-M细胞,以及关节炎患者滑液和胶原诱导关节炎(CIA)小鼠模型。 | 免疫工程,细胞工程 | 类风湿关节炎 | CAR构建,吞噬和降解分析,信号通路分析(Rho GTPase, SOCS1/3, NF-κB, MAPK),动物模型实验 | NA | 实验数据 | CIA小鼠和关节炎患者滑液样本(具体数量未提及) | NA | 小鼠和人类巨噬细胞 | 嵌合抗原受体(CAR)设计,基于MerTK结构域替换为TNF-R1片段 | 医学 |
| 79 | 2026-09-08 |
Marine-derived Bioactive Compounds: A Promising Frontier against Multidrug-resistant Microbial Infections
2026, Mini reviews in medicinal chemistry
|
综述 | 本文探讨海洋来源的生物活性化合物作为对抗多重耐药微生物感染的新型抗生素来源的潜力,并综述了相关发现、生物合成和结构优化方面的最新进展。 | 强调海洋生态系统作为未被充分利用的天然产物库,以及利用海洋生物技术、基因组学、宏基因组学和合成生物学等创新方法来发现和优化具有新作用机制的抗菌化合物。 | 海洋来源化合物存在自然丰度低、培养困难和结构复杂性等挑战,限制了其临床转化。 | 探索海洋来源的天然产物作为新型抗生素的潜力,以应对多重耐药菌感染。 | 海洋生物及其代谢产物,如海绵、被囊动物、藻类及海洋来源的细菌和真菌。 | 天然产物研究、海洋生物学 | 多重耐药菌感染(如金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌感染) | NA | NA | NA | NA | 合成生物学(未具体列出工具) | 海洋细菌和真菌 | NA | 医学 |
| 80 | 2026-09-04 |
Engineered strains as living factories: efficient biosynthesis and modification of natural products via synthetic biology and one-pot chemical tandem reactions
2026, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2026.1891602
PMID:42682720
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综述 | 本文综述了如何将工程菌株作为活体工厂,结合一锅化学串联反应,实现天然产物的高效生物合成与化学多样化修饰,并探讨了多种集成范式与工业化路径 | 提出了三种集成范式(发酵后修饰、一锅化学酶偶联、开放式无细胞制造),并系统比较了不同天然产物类别的瓶颈及一锅反应机制 | 未提供实验数据,仅基于文献总结,工业放大和监管评估仍处于概念阶段 | 探讨如何将生物合成精确性与化学多样化相结合,以克服传统代谢工程的局限性,推动可持续天然产物生产 | 工程菌株、天然产物、一锅化学串联反应 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 微生物 | NA | 工业生物技术、医药 |