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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2026-02-28 |
Synthetic gene circuits that selectively target RAS-driven cancers
2026-Feb-24, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.104320
PMID:41733988
|
研究论文 | 本文提出了一种合成基因电路,通过整合多个RAS传感器来选择性靶向RAS驱动的癌症细胞,表达治疗性蛋白 | 结合多个RAS传感器以提高癌症选择性,实现前所未有的突变RAS细胞特异性输出蛋白表达 | NA | 开发针对RAS驱动癌症的新型合成基因电路治疗策略 | RAS驱动的癌症细胞 | 合成生物学 | 癌症 | 合成基因电路设计 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞 | 整合多个RAS传感器的合成基因电路,用于选择性表达治疗性蛋白 | 医学 |
| 202 | 2026-02-28 |
Bioorthogonal and synthetic biology-engineered bacterial outer membrane vesicles for enhanced photo-immunotherapy
2026-Feb-23, Acta biomaterialia
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.actbio.2026.02.044
PMID:41740694
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研究论文 | 本研究开发了一种结合生物正交化学与合成生物学工程改造的细菌外膜囊泡(OMV)平台,用于增强乳腺癌的光热免疫治疗 | 通过合成生物学改造细菌使其自主产生富含IL-2的OMV,并整合生物正交靶向(N3/DBCO系统)与光热治疗(ICG),实现了程序化免疫调节与肿瘤特异性递送的多功能协同 | 未明确说明临床前研究的动物模型具体类型及长期安全性评估数据 | 克服传统OMV在肿瘤免疫治疗中载药能力有限、肿瘤蓄积不足和快速清除的障碍 | 乳腺癌肿瘤模型 | 合成生物学 | 乳腺癌 | 合成生物学改造、电穿孔封装、代谢糖工程、生物正交化学 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 细菌(具体菌种未指明) | 通过基因工程使亲本细菌持续表达白细胞介素-2(mIL2)并富集于外膜囊泡 | 医学 |
| 203 | 2026-02-28 |
Research progress and applications of reverse genetics systems for infectious bronchitis virus
2026-Feb, Poultry science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.psj.2025.106312
PMID:41447763
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综述 | 本文系统回顾了传染性支气管炎病毒反向遗传学系统的发展、应用与挑战,并展望了未来整合CRISPR/Cas9等技术的方向 | 全面梳理了多种反向遗传学平台(如痘病毒支持系统、体外连接转录等)在IBV研究中的应用,并探讨了其作为多病原疫苗载体的潜力 | 存在技术障碍、安全考虑和知识缺口,具体限制未在摘要中详细说明 | 研究传染性支气管炎病毒的反向遗传学技术,以推动病原研究、疫苗设计和抗病毒靶点发现 | 传染性支气管炎病毒 | NA | NA | 反向遗传学,包括痘病毒支持系统、体外连接转录、靶向RNA重组、细菌人工染色体克隆、转化相关重组、环状聚合酶延伸反应 | NA | NA | NA | CRISPR/Cas9 | NA | NA | 医学(疫苗开发、抗病毒研究) |
| 204 | 2026-02-27 |
InsiliCoil: An Integrated Software Suite for Coiled Coil Design, Prediction, and Therapeutic Engineering
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00678
PMID:41370672
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研究论文 | 本文介绍了一个名为InsiliCoil的集成软件套件,用于卷曲螺旋的设计、预测和治疗性工程 | 将预测建模、选择性肽抑制剂发现和正交相互作用组设计统一到一个单一的可访问框架中,提供比基于结构的方法快几个数量级的通量 | NA | 开发一个用于控制螺旋介导的蛋白质-蛋白质相互作用的综合平台,以加速治疗发现和可编程生物系统的理性工程 | 卷曲螺旋(CCs)作为合成生物学中的模块化、可编程构建块以及治疗靶点 | 合成生物学 | NA | 预测建模、高通量筛选、计算设计 | NA | 蛋白质序列和结构数据 | NA | InsiliCoil软件套件 | NA | 正交卷曲螺旋网络,用于合成生物电路和生物材料 | 医学, 工业生物技术 |
| 205 | 2026-02-27 |
Multilayer Host Engineering of Saccharomyces cerevisiae to Enhance Cricket Paralysis Virus (CrPV) Internal Ribosome Entry Site Mediated Translation
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00744
PMID:41546634
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研究论文 | 本文通过多层宿主工程改造酿酒酵母,以增强蟋蟀麻痹病毒内部核糖体进入位点介导的翻译 | 提出了一种结合翻译起始、tRNA修饰和mRNA稳定性三个机制层面的宿主工程策略,显著提升CrPV IRES活性 | NA | 增强非典型翻译系统中的IRES活性,以扩展合成生物学中的RNA调控工具 | 酿酒酵母和蟋蟀麻痹病毒内部核糖体进入位点 | 合成生物学 | NA | 报告基因筛选、宿主工程改造 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母 | 内部核糖体进入位点介导的翻译系统 | 工业生物技术 |
| 206 | 2026-02-27 |
The Coli Toolkit (CTK): An Extension of the Modular Yeast Toolkit for Use in E. coli
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00489
PMID:41581077
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研究论文 | 本文介绍了Coli Toolkit (CTK),一个基于Golden Gate的模块化克隆系统,适用于大肠杆菌,旨在加速遗传电路的组装 | CTK通过将启动子部分细分为启动子、绝缘核酶和核糖体结合位点,提供了更灵活的转录和翻译控制,并整合了Cello库的20个NOT门作为预组装基本部件 | NA | 开发一个用于大肠杆菌的模块化克隆系统,以优化遗传电路的设计-构建-测试-学习循环 | 遗传电路和DNA组装工具 | 合成生物学 | NA | Golden Gate克隆 | NA | NA | NA | Golden Gate Assembly | E. coli | 遗传电路,包括启动子、绝缘核酶、核糖体结合位点和NOT门 | 生物技术 |
| 207 | 2026-02-27 |
Slowpoke: An Automated Golden Gate Cloning Workflow for Opentrons OT-2 and Flex
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00629
PMID:41642882
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研究论文 | 本文介绍了一个名为Slowpoke的自动化Golden Gate克隆工作流程,专为Opentrons OT-2和Flex液体处理平台设计 | 开发了一个用户友好、灵活且开源的自动化Golden Gate克隆工作流程,并配有免费的图形用户界面,简化了协议生成过程 | 工作流程仍需用户干预菌落挑取和平板转移步骤 | 开发一个标准化、高通量且无错误的DNA组装自动化解决方案 | Golden Gate克隆工作流程的自动化 | 合成生物学 | NA | Golden Gate克隆 | NA | NA | 使用MoClo酵母工具包和SubtiToolKit进行验证,涉及多个组装组合 | Golden Gate Assembly | 酵母, 枯草芽孢杆菌 | NA | 工业生物技术 |
| 208 | 2026-02-27 |
Engineering Basal Cognition: Minimal Genetic Circuits for Habituation, Sensitization, and Massed-Spaced Learning
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00766
PMID:41666326
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研究论文 | 本文采用合成生物学方法,探索如何利用最小遗传电路在单细胞系统中实现非关联性学习,包括习惯化、敏感化和集中-分散学习效应 | 通过设计基于理论模型和已知调控元件的合成电路,首次在单细胞水平模拟了习惯化、敏感化及集中-分散学习效应,为实验验证提供了平台 | 研究基于模拟设计,尚未进行实验验证,且电路可能受限于结构和动力学约束,与神经学习系统存在差异 | 探索基础认知功能的遗传实现机制,以理解单细胞生物的学习行为及其进化优势 | 单细胞系统和非神经生物中的学习行为,如原生生物和黏菌 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法,包括遗传电路设计和模拟 | NA | 模拟数据 | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 单细胞系统(如大肠杆菌或酵母) | 包含激活子、抑制子、荧光报告基因和群体感应分子的合成电路,用于实现习惯化、敏感化和集中-分散学习效应 | 工业生物技术,医学 |
| 209 | 2026-02-27 |
Synthesis of Plant-Inspired O-Acetylated Hemicellulose Structures in the Yeast Yarrowia lipolytica
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00595
PMID:41611228
|
研究论文 | 本研究在解脂耶氏酵母中成功重建了植物来源的半纤维素(β-葡甘露聚糖和β-葡聚糖)的生物合成途径,并实现了其O-乙酰化修饰 | 首次在酵母系统中同时合成植物来源的半纤维素骨架结构及其O-乙酰化变体,创造了自然界不存在的结构更复杂的乙酰化变体 | 未明确说明产量、规模化生产可行性及与天然植物半纤维素在高级结构上的完全一致性 | 利用合成生物学方法在微生物工厂中生产具有特定理化性质的植物源半纤维素多糖 | 半纤维素多糖(β-葡甘露聚糖和β-葡聚糖)及其O-乙酰化衍生物 | 合成生物学 | NA | 糖基转移酶表达、寡糖质谱分析、组成分析、糖苷键分析 | NA | 质谱数据、化学分析数据 | NA | 基因表达(糖基转移酶、O-乙酰转移酶) | 解脂耶氏酵母 | 重建植物半纤维素生物合成途径(骨架合成与乙酰化修饰模块) | 生物材料、制药、工业生物技术 |
| 210 | 2026-02-27 |
Yeast Stress Response to Synthetic Constructs
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00715
PMID:41615018
|
综述 | 本文综述了工程化酵母中由异源构建体引发的应激反应,并提出了应激感知的设计原则以提高其生物技术应用中的稳健性和产量 | 提出了“应激组”概念以整合多种应激通路对合成构建体的响应,并系统总结了减轻细胞负担的多种策略及新兴方法 | NA | 理解合成构建体如何与酵母应激通路相互作用,并开发更稳健、高产的工程酵母系统 | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)作为合成生物学底盘生物 | 合成生物学 | NA | CRISPR、适应性实验室进化、数据驱动的菌株工程 | NA | NA | NA | CRISPR | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae) | 合成细胞器构建、动态调控、通路区室化 | 工业生物技术 |
| 211 | 2026-02-27 |
Synthetic Biology of Plants and Microbes for Agriculture, Environment, and Future Applications
2026-Jan-28, Chemical reviews
IF:51.4Q1
DOI:10.1021/acs.chemrev.4c00687
PMID:41609588
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综述 | 本文综述了合成生物学在植物和微生物工程中的最新进展,旨在推动农业革命并拓展植物工程在制造、传感和修复等新领域的应用 | 提出将植物及其共生微生物视为整体系统进行工程化设计,并整合基因组构建工具、计算机辅助设计和人工智能等新技术 | NA | 探讨合成生物学如何通过先进基因工程技术驱动农业革命并拓展植物工程的新应用领域 | 植物及其共生微生物(真菌、细菌、古菌) | NA | NA | 基因组构建工具、计算机辅助设计、人工智能 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN | 植物、真菌、细菌、古菌 | 响应环境变化、改变形态或应对威胁的智能植物电路 | 农业, 环境, 制造业, 基础设施, 传感, 修复 |
| 212 | 2026-02-26 |
Streptomyces as a versatile host platform for heterologous production of microbial natural products
2026-Feb-25, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d5np00036j
PMID:40923873
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综述 | 本文全面回顾了2004年至2024年间利用链霉菌作为异源表达平台生产微生物天然产物的研究进展 | 首次对过去20年超过450项相关研究进行了数据驱动的定量分析,总结了表达趋势、关键影响因素及技术进展 | 作为一篇综述文章,主要基于现有文献进行分析,未提出新的实验数据或技术突破 | 评估链霉菌作为异源表达平台在挖掘微生物天然产物生物合成基因簇方面的潜力和应用 | 链霉菌宿主及其异源表达的各类生物合成基因簇 | 合成生物学 | NA | 异源表达、基因组工程、合成生物学工具、组合生物合成 | NA | 文献数据 | 超过450项同行评审研究 | 基因组工程 | 链霉菌 | 生物合成基因簇的异源表达与调控 | 药物发现 |
| 213 | 2026-02-26 |
Toward a unified pipeline for natural product discovery: tools and strategies for NRPS and PKS pathway exploration and engineering
2026-Feb-25, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d5np00041f
PMID:40719200
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综述 | 本文综述了将非核糖体肽合成酶和聚酮合酶系统转化为可理性设计平台的最新进展,涵盖基因组挖掘、高通量筛选、合成生物学工具及计算建模等方法 | 强调计算建模(如同源建模、分子对接、分子动力学模拟)与深度学习策略如何与传统技术互补,加速定制化天然产物类似物的发现与组装 | NA | 探索和改造NRPS与PKS生物合成途径,以发现和设计新型天然产物 | 非核糖体肽合成酶和聚酮合酶系统及其产生的天然产物 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、高通量筛选、去重复分析、同源建模、分子对接、分子动力学模拟、深度学习 | 深度学习模型 | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 214 | 2026-02-26 |
Lactic Acid Bacteria Bacteriocins: Classification, Biosynthesis, Health Benefits, and Strategies for Enhanced Efficacy
2026-Feb-25, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c14047
PMID:41700423
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综述 | 本文综述了乳酸菌细菌素的分类、生物合成、健康益处及增强效能的策略 | 提供了更新的细菌素分类(I-III类),并分析了产量影响因素和增强效能的策略,如代谢工程和合成生物学 | 产量优化和临床转化方面仍存在挑战 | 综述乳酸菌细菌素的研究进展,以指导其治疗开发和规模化生产 | 乳酸菌细菌素 | NA | 感染和癌症 | NA | NA | NA | NA | 代谢工程, 合成生物学 | 乳酸菌 | NA | 食品, 生物医学 |
| 215 | 2026-02-26 |
A comprehensive ruminant microbial catalog (CRMC) reveals convergent selection for key vitamin-synthesizing pathways and genes across ruminants and human
2026-Feb-25, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giag016
PMID:41738843
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研究论文 | 本研究基于反刍动物胃肠道宏基因组样本,构建了一个全面的反刍动物微生物基因组目录(CRMC),并系统揭示了维生素合成微生物的功能特征、生态角色及其在反刍动物与人类肠道中的趋同选择模式 | 构建了迄今为止最全面的反刍动物胃肠道微生物基因组目录(CRMC),并首次系统揭示了跨反刍动物宿主的维生素合成微生物在关键合成途径和基因节点上的趋同选择模式 | 研究主要基于宏基因组组装基因组(MAGs),可能无法完全覆盖低丰度或难培养的微生物类群 | 阐明反刍动物胃肠道维生素合成微生物的功能特征、生态角色及其跨宿主分布模式 | 反刍动物胃肠道微生物组,特别是维生素合成微生物 | 宏基因组学 | NA | 宏基因组测序 | NA | 宏基因组序列数据 | 2,325个宏基因组样本,来自8种反刍动物宿主 | NA | 反刍动物(8种) | NA | 农业,工业生物技术 |
| 216 | 2026-02-26 |
Precision Fermentation Processes for Producing Novel Foods and Its Sustainable Applications
2026-Feb, Journal of basic microbiology
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/jobm.70160
PMID:41735245
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综述 | 本文对精准发酵技术在可持续食品生产中的应用进行了系统综述,整合了微生物菌株设计、生物工艺工程、技术经济可行性、环境绩效和监管准备度等多个方面 | 提供了一个整合微生物菌株设计、生物工艺工程、技术经济可行性、环境绩效和监管准备度的统一框架,弥补了以往仅关注产品或特定生物的综述的不足 | 面临高资本和能源成本、放大效率低、下游处理复杂、消费者接受度以及监管不确定性等挑战 | 评估精准发酵技术在可持续食品生产中的应用、技术经济可行性和环境影响 | 精准发酵过程及其在食品生产中的应用 | NA | NA | 精准发酵、代谢途径工程 | NA | 文献数据 | 37项符合纳入标准的研究(包括实验室研究、工业案例研究、技术经济分析和生命周期评估) | 合成生物学 | 微生物宿主 | 代谢途径工程 | 食品, 工业生物技术 |
| 217 | 2026-02-26 |
The rise and future of peptide-based antimicrobials
2026-Jan-30, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.71150/jm.2510002
PMID:41736369
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综述 | 本文综述了肽类抗生素的兴起与未来,涵盖其发现、优化和应用的最新进展,包括结构分类、作用机制以及人工智能和合成生物学等新兴策略 | 整合了人工智能、合成生物学和现代递送技术等新兴策略,以应对抗菌素耐药性挑战,并系统分类肽类抗生素以指导其治疗潜力 | NA | 探讨肽类抗生素作为传统小分子药物替代品的潜力,以应对日益严重的抗菌素耐药性威胁 | 肽类抗生素,包括天然、半合成和全合成类型,以及其结构分类如α-螺旋、β-折叠、环状和延伸形式 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 218 | 2026-02-26 |
High-throughput yeast engineering in biofoundries: towards autonomous and scalable synthetic biology
2026-Jan-05, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foag003
PMID:41591451
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综述 | 本文综述了生物铸造厂如何通过整合自动化、人工智能和标准化工作流程,推动高通量酵母工程向自主化和规模化方向发展 | 探讨了从DBTL(设计-构建-测试-学习)循环向自主优化的“自动驾驶实验室”和Design-Build-Deploy(设计-构建-部署)循环的转变趋势 | 仍存在协议可变性、AI工具整合不足以及国际标准、数据治理和伦理保障需要协调等关键障碍 | 推动酵母工程的高通量、自主化和规模化发展,以实现经济、可持续的大规模生物制造 | 酵母工程、生物铸造厂及其在菌株开发中的应用 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑、表型筛选、预测建模 | 预测模型(AI驱动) | NA | NA | CRISPR-Cas9(提及基因组编辑,但未明确指定工具) | 酵母 | NA | 工业生物技术 |
| 219 | 2026-02-25 |
Exploring marine-derived compounds as potential anti-cancer agents: Mechanisms and therapeutic implications
2026-May, Cancer pathogenesis and therapy
DOI:10.1016/j.cpt.2025.08.004
PMID:41732213
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综述 | 本文全面综述了海洋来源化合物作为潜在抗癌剂的机制、治疗应用及临床发展 | 系统总结了海洋来源化合物的多样化抗癌机制,并强调了通过海洋生物技术、合成生物学及新型给药系统克服其应用限制的未来方向 | 海洋来源化合物存在产量低、结构复杂、水溶性差和生物利用度有限等挑战,阻碍了其更广泛的临床应用 | 探索海洋来源化合物作为抗癌剂的潜力,包括其作用机制、治疗应用及临床转化 | 海洋来源的化合物(如生物碱、多糖、肽类、萜类、聚酮类)及其抗癌活性 | NA | 癌症 | 基因组挖掘、合成生物学、发酵技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 220 | 2026-02-25 |
Toehold-VISTA: a machine learning approach to decipher programmable RNA sensor-target interactions
2026-Feb-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag097
PMID:41693568
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研究论文 | 提出一种名为Toehold-VISTA的机器学习框架,用于快速设计高性能RNA传感器,并成功应用于SARS-CoV-2 RNA检测 | 结合生物物理建模与机器学习(偏最小二乘判别分析),通过高通量实验数据训练预测模型,实现对RNA传感器性能关键决定因素的捕获 | 未明确说明模型在其他RNA传感器类型或更广泛靶标中的泛化能力 | 加速RNA传感器的设计与工程化,解决当前设计、生产和筛选高性能RNA传感器耗时长的挑战 | RNA传感器(以toehold switches为模型)与靶标RNA(如SARS-CoV-2 RNA)的相互作用 | 机器学习 | NA | 高通量实验测量、序列-结构特征提取 | 偏最小二乘判别分析(PLS-DA) | RNA序列与结构数据 | NA | NA | NA | RNA传感器(toehold switches) | 生物技术、诊断 |