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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2026-10-10 |
The chloroplast-mitochondria interaction under water extremes: Insights into metabolic tug-of-war
2026-Oct-08, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2026.102976
PMID:42849088
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综述 | 本文综述了在水分极端条件下叶绿体与线粒体之间的代谢协调、逆行信号和能量感知网络,并探讨了通过工程化细胞器间通信提高作物抗逆性的策略 | 系统整合了叶绿体-线粒体在水分极端下的代谢协调、逆行信号与能量感知网络,并提出了基于新兴技术工程化细胞器间通信以提升作物抗逆性的新框架 | 作为综述文章,未提供原始实验数据,所提出的工程化策略仍处于概念阶段,缺乏实证验证 | 综述水分极端条件下叶绿体与线粒体代谢协调及逆行信号机制,并探讨工程化代谢互作以改良作物抗逆性的未来方向 | 植物叶绿体与线粒体在干旱和淹水条件下的代谢协调与信号网络 | 植物系统生物学 | NA | 细胞器特异性代谢组学、合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | 植物 | NA | 农业 |
| 242 | 2026-10-10 |
Constructing nucleoside deaminase-assisted orthogonal DNA replication system for continuous evolution in prokaryotes
2026-Oct-07, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2026.102563
PMID:42843617
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研究论文 | 本文开发了核苷脱氨酶辅助的正交DNA复制系统,用于在原核生物中实现连续进化 | 将核苷脱氨酶与正交DNA复制耦合,显著提高了突变率并调节突变偏好,实现了快速进化 | 未明确说明 | 构建一个高效的连续进化平台,用于加速调控元件、蛋白质功能和代谢途径的进化 | 工程化苏云金芽孢杆菌和合成大肠杆菌系统 | 合成生物学 | NA | 核苷脱氨酶辅助的正交DNA复制(NDAORep) | NA | NA | NA | NA | 苏云金芽孢杆菌, 大肠杆菌 | 正交DNA复制系统结合核苷脱氨酶 | 代谢工程, 合成生物学 |
| 243 | 2026-10-10 |
Innovations and applications in synthetic biology: a PhD researcher's perspective
2026-Sep-22, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2026.09.015
PMID:42850182
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 244 | 2026-10-10 |
De novo genes in plants: Origins, mechanisms, and functional implications
2026-Sep-10, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2026.102098
PMID:42723285
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综述 | 本文综述了植物新基因的起源、进化机制、功能以及鉴定方法,并探讨了其在作物改良和合成生物学中的应用前景 | 系统整合了植物新基因的转录优先、开放阅读框优先和并发模型等主要诞生路径,并提出了全基因组共线性比对、多组学证据和机器学习相结合的新基因鉴定改进策略 | 快速序列进化、基因组注释质量、多倍化和转座元件等因素给当前新基因鉴定方法带来了挑战,每种方法均存在重要局限性,且新基因的功能验证仍然不足 | 总结植物新基因研究的最新进展,阐明其起源与进化机制、功能意义,并探讨改进鉴定方法和未来研究方向 | 植物新基因(de novo genes) | 机器学习, 基因组学, 进化生物学 | NA | 全基因组共线性比对, 多组学分析, 机器学习 | 机器学习 | 文本, 基因组序列, 多组学数据 | NA | NA | 植物 | NA | 农业, 医学, 合成生物学 |
| 245 | 2026-10-10 |
Advances in large DNA fragment assembly for microbial cell factory engineering
2026-Sep, Quantitative biology (Beijing, China)
DOI:10.1002/qub2.70039
PMID:42845956
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综述 | 该综述总结了用于微生物细胞工厂工程的大DNA片段组装方法的最新进展,涵盖体外和体内多重基因组装及基因组规模技术 | 系统比较了大规模DNA片段组装方法在组装原理、容量和效率方面的关键特征,并强调了其在异源途径构建、宿主代谢重编程和扩展复杂生物合成网络中的应用 | 未涉及具体实验验证,主要基于文献总结,且可能未涵盖所有最新技术 | 为工程化高性能微生物细胞工厂提供理论和技术框架,推动工业生物制造的发展 | 大DNA片段组装方法及微生物细胞工厂 | 合成生物学 | NA | DNA组装技术 | NA | 文本 | NA | NA | 微生物 | 代谢途径、合成基因组、新染色体 | 工业生物技术、医学 |
| 246 | 2026-10-10 |
Editorial: Education in synthetic biology
2026, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2026.1990539
PMID:42846403
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 247 | 2026-10-09 |
Bidirectional photoriboswitch for translational regulation in mammalian cells
2026-Oct-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.117671
PMID:42840230
|
研究论文 | 该研究开发了一种双向光核糖开关平台,通过光诱导蛋白质二聚化和内含肽介导的拆分蛋白重组,实现对多种mRNA翻译的正交上调和下调调控 | 首次构建了双向光核糖开关平台,能够模拟正交RNA结合蛋白介导的多mRNA上/下调调控;创新性地利用光二聚化阻断内含肽重组构建Light-OFF系统,并与Light-ON系统正交组合,实现双向翻译调控;功能模块可灵活替换以适应不同需求 | 摘要中未明确提及该研究的局限性 | 开发一种能够在哺乳动物细胞中实现双向翻译调控的光核糖开关平台,为合成生物学提供精确、按需的翻译控制工具 | 哺乳动物细胞中的mRNA翻译过程 | 合成生物学 | NA | 光遗传学、内含肽介导的拆分蛋白重组、光诱导蛋白质二聚化 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞 | 双向光核糖开关:Light-OFF系统(光二聚化阻断内含肽重组)与Light-ON系统(光诱导不同拆分内含肽对重组)正交组合,通过光感应正交重组RNA结合蛋白来调控各自靶mRNA的翻译 | 医学、工业生物技术 |
| 248 | 2026-10-09 |
Semi-Rational Design of CpNampt Mutants for Enhanced Nicotinamide Mononucleotide (NMN) Synthesis in Saccharomyces cerevisiae
2026-Oct-07, Microbial physiology
IF:2.9Q3
DOI:10.1159/mip/adqag002
PMID:42842535
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研究论文 | 通过对酿酒酵母中NMN消耗途径基因进行双敲除,并结合AI辅助设计突变CpNampt酶,构建高效生产NMN的微生物细胞工厂 | 结合代谢工程与AI辅助酶设计,对来源于Chitinophaga pinensis的CpNampt进行半理性设计,获得高效突变体I229A,显著提高NMN产量 | 未提及 | 提高酿酒酵母中NMN的合成效率,构建绿色高效的NMN生产菌株 | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)及CpNampt酶 | 合成生物学 | 衰老相关疾病 | 代谢工程、AI辅助酶设计、基因敲除 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母 | NMN合成代谢途径 | 医药、工业生物技术 |
| 249 | 2026-10-09 |
Retention and biosynthesis of diverse nitroarenes in Escherichia coli after combinatorial nitroreductase gene deletions
2026-Oct-07, Nature chemistry
IF:19.2Q1
DOI:10.1038/s41557-026-02266-8
PMID:42844378
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研究论文 | 本文通过构建含有多达15个硝基还原酶基因敲除的大肠杆菌菌株,全面分析细菌硝基还原酶活性,并评估20多种外源硝基芳烃化合物的稳定性,进而改进或实现硝基芳烃化合物的生物合成 | 构建了含有多达15个已知和候选硝基还原酶基因敲除的大肠杆菌菌株,系统评估了20多种外源硝基芳烃化合物的稳定性,并利用这些工具实现了硝基芳烃化合物的生物合成、生物催化转化以及半合成和位点特异性掺入 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 系统研究细菌硝基还原酶活性对硝基芳烃化合物稳定性的影响,并利用工程化菌株改进或实现硝基芳烃化合物的生物合成 | 大肠杆菌菌株和20多种外源硝基芳烃化合物 | 合成生物学, 代谢工程 | NA | 基因敲除 | NA | NA | 构建了含有多达15个硝基还原酶基因敲除的大肠杆菌菌株,评估了20多种硝基芳烃化合物 | NA | 大肠杆菌 | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 250 | 2026-10-09 |
Microbial fermentation-mediated starch modification: Structural evolution, mechanistic insights, traditional application and future perspectives
2026-Oct-03, Food chemistry
IF:8.5Q1
DOI:10.1016/j.foodchem.2026.151430
PMID:42843163
|
综述 | 该综述系统总结了微生物发酵介导的淀粉改性,重点关注淀粉功能性质、多尺度结构演变及其机制,并讨论了传统应用和未来发展方向 | 不同于以往主要总结发酵介导质量变化的综述,本文整合了主要微生物、发酵策略和传统食品应用,核心聚焦于淀粉功能性质,将多尺度结构、理化性质、回生行为和消化性的变化与微生物种类、底物来源和发酵参数相关联,并基于基因工程和合成生物学探讨了未来方向 | 现有文献中存在不一致的研究发现,且发酵从经验实践向可控精准技术领域的转变仍面临挑战 | 探讨微生物发酵介导的淀粉改性机制,包括结构演变、理化性质变化、回生行为和消化性调控,并展望未来发展方向 | 天然淀粉及发酵改性后的淀粉 | 食品科学 | NA | 微生物发酵、基因工程、合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 食品 |
| 251 | 2026-10-09 |
Bioremediation processes for removing plutonium from the environment: a review
2026-Aug, Environmental science and pollution research international
DOI:10.1007/s11356-026-38278-7
PMID:42821248
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综述 | 本文综述了利用生物修复过程从环境中去除钚的机制、挑战及最新进展,重点关注整合生物、化学和技术创新以实现有效的钚去污 | 聚焦于钚这一特殊放射性污染物的生物修复,并强调合成生物学、基因工程和纳米技术与生物修复策略的整合 | 当前知识存在空白,生物修复在实际核废料管理中的可行性、效率及规模化应用仍面临挑战 | 建立生物修复作为核废料管理的可行、经济有效且环境可持续的方法 | 钚污染环境及用于生物修复的微生物和植物 | 环境生物技术 | NA | 生物修复、合成生物学、基因工程、纳米技术 | NA | 文本 | NA | NA | 微生物, 植物 | NA | 环境 |
| 252 | 2026-10-08 |
Molecular Biosensors for Screening and Regulating Hyper-Producing Cell Factory
2026-Oct-07, Advances in biochemical engineering/biotechnology
DOI:10.1007/10_2026_351
PMID:42839078
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综述 | 本文介绍了代谢物相关分子生物传感器的基本机制和设计原理,并总结了用于筛选和调控高产细胞工厂的经典应用案例 | 系统总结了分子生物传感器在创建高产细胞工厂中的筛选和调控应用,并探讨了人工智能和合成生物学方法为该领域带来的新可能性 | 文章未具体说明,但指出该领域仍面临挑战 | 介绍代谢物相关分子生物传感器的基本机制和设计原理,总结其在筛选和调控高产细胞工厂中的应用 | 微生物细胞工厂、代谢物相关分子生物传感器 | 合成生物学 | NA | 分子生物传感器 | NA | 文本 | NA | NA | 微生物 | 代谢物响应型生物传感器 | 工业生物技术, 医学 |
| 253 | 2026-10-08 |
Prophage Activation Triggers Extracellular Synthesis of DNA in Bacterial Biofilms via Rolling Circle Replication
2026-Oct-05, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.3695434
PMID:42638202
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研究论文 | 该研究展示了通过激活原噬菌体,利用滚环复制在细菌生物膜中合成可编程的胞外DNA超结构,并赋予其电化学和催化功能 | 首次揭示了原噬菌体通过滚环复制控制胞外DNA合成、结构和功能的机制,并建立了在活细菌群落中工程化功能DNA材料的新型生物技术平台 | 研究主要局限于两种环境细菌(Shewanella oneidensis和Bacillus subtilis),未在其他细菌或复杂微生物群落中验证,且未充分评估该系统的长期稳定性和生态安全性 | 探究原噬菌体在控制胞外DNA合成、结构和活性中的作用,并开发在活细菌生物膜中工程化功能DNA超结构的技术平台 | Shewanella oneidensis和Bacillus subtilis细菌及其生物膜中的原噬菌体和胞外DNA | 合成生物学 | NA | 滚环复制、荧光报告菌株实时监测、G-四链体DNA酶形成 | NA | 图像、文本 | NA | NA | Shewanella oneidensis, Bacillus subtilis | 定制环状模板引导的滚环复制,产生G-四链体多联体,自组装成球状和线状超结构 | 医学、环境、材料、工业生物技术 |
| 254 | 2026-10-08 |
Engineering quorum sensing: new directions for antimicrobial therapy
2026-Oct, Trends in microbiology
IF:14.0Q1
DOI:10.1016/j.tim.2026.05.006
PMID:42185145
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综述 | 本文综述了如何利用群体感应(QS)及其干扰机制进行QS电路工程,并将其转化为治疗性微生物等应用。 | 系统性地将QS研究从基础微生物学转向转化生物技术,强调了QS电路工程在抗微生物治疗中的新方向。 | 作为综述文章,未提供原始实验数据,可能缺乏对具体技术细节的深入验证。 | 探讨如何利用QS和QS干扰进行QS电路工程,并转化为抗微生物治疗应用。 | 细菌的群体感应系统及基于QS的合成生物学电路。 | 合成生物学 | 感染性疾病 | 群体感应(QS)电路工程 | NA | 文本 | NA | NA | NA | 基于群体感应的合成生物学电路 | 医学 |
| 255 | 2026-10-08 |
Emerging classes of copper enzymes
2026-Oct-01, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2026.102775
PMID:42822229
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综述 | 本文综述了两种新兴的双核2型铜酶家族:植物BURP结构域肽环化酶和真菌DUF3328双铜氧化酶,比较了它们的生物功能、活性位点结构、双氧还原/活化策略及催化机制 | 首次将植物BpCs和真菌DDOEs统一为双核2型铜酶框架,系统比较其催化机制并提出了DDOE命名规范,突出了基因组挖掘和结构预测在发现新铜酶中的作用 | 许多铜辅因子缺乏独特的光谱特征或动力学不稳定,限制了对其的发现和机制表征;本文为综述,未提供新的实验数据 | 总结和比较新发现的双核2型铜酶家族,建立统一的分类和机制框架,并探讨其在生物催化、生物工程和合成生物学中的应用潜力 | 植物特异性BURP结构域肽环化酶(BpCs)和真菌DUF3328双铜氧化酶(DDOEs) | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘, 异源表达, 蛋白质结构预测 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 256 | 2026-10-08 |
An advanced genome engineering platform for Komagataella phaffii enabling versatile in vivo DNA assembly and multiplex integration
2026-Jul-11, Journal of biological engineering
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13036-026-00731-z
PMID:42436509
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研究论文 | 该研究报告了一个增强同源重组的Komagataella phaffii底盘(dKR),通过删除Ku70并过表达RAD52,实现了高效的CRISPR/Cas9基因组编辑、无载体多片段组装、多重位点整合以及体内质粒组装,并利用类胡萝卜素途径进行了功能验证。 | 通过协同删除Ku70和过表达RAD52构建了HR增强型底盘,显著提高了短同源臂下的整合效率;实现了九个线性DNA片段的无载体组装(86.5%效率)、三个位点的多重整合(44.6%效率)以及十个片段的体内质粒组装(44.8%效率),绕过了大肠杆菌克隆步骤。 | 摘要中未明确提及研究的局限性。 | 开发一个先进的基因组工程平台,以加速基于甲醇的生物制造的设计-构建-测试-学习循环,推动K. phaffii从蛋白质表达宿主转变为广泛适用的生物工程底盘。 | Komagataella phaffii(毕赤酵母)及其基因组工程改造。 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9基因组编辑, tRNA-核酶CRISPR系统, 同源重组 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | Komagataella phaffii | 类胡萝卜素生物合成途径 | 医药, 工业生物技术, 能源, 材料 |
| 257 | 2026-10-08 |
Targeted delivery platforms for in vivo immune cell engineering: emerging strategies for cancer immunotherapy
2026, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2026.1936688
PMID:42835670
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综述 | 本文综述了用于体内免疫细胞工程的靶向递送平台,重点讨论了克服生物屏障的递送策略及其在癌症免疫治疗中的应用 | 系统整合了纳米医学、合成生物学、基因组工程和人工智能辅助材料科学等多学科交叉策略,全面总结了体内免疫细胞工程靶向递送平台的最新进展 | 靶向特异性、药物递送效率、治疗安全性、制造工艺和监管等方面仍存在未解决的问题 | 探讨体内免疫细胞工程中靶向递送技术的最新进展及其在癌症免疫治疗中的应用前景 | 免疫细胞(T细胞、NK细胞、巨噬细胞、树突状细胞等)及靶向递送系统 | 数字病理学 | 肺癌 | mRNA递送, CRISPR/Cas基因编辑, 细胞穿透肽递送, 抗体和受体介导递送, 脂质纳米颗粒(LNPs), 聚合物药物载体, 仿生递送系统 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | 哺乳动物细胞 | 嵌合抗原受体(CAR) | 医学 |
| 258 | 2026-10-08 |
Next-generation CRISPR systems and advanced delivery paradigms for precision crop improvement: a comparative case study in sugar beet (Beta vulgaris L.)
2026, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2026.1900057
PMID:42835755
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综述 | 本文综述了利用下一代CRISPR系统和先进递送范式生产无转基因作物的技术,并以甜菜为案例比较了各策略的适用性。 | 系统总结了利用超紧凑核酸酶、Leaper技术、基因组写入器等合成生物学与先进基因组编辑工具组合生产无转基因作物的方法,并首次以甜菜为案例对每种策略进行已实现或仅类推的分类。 | 组织培养方案仍是生产基因组编辑植物的主要障碍,许多绕过组织培养的方法在甜菜中尚未验证,仅基于模式作物和主粮作物的类推。 | 探讨如何利用下一代CRISPR系统和先进递送范式实现精准作物改良,加速气候智能型甜菜品种的开发。 | 甜菜(Beta vulgaris L.)及模式作物和主粮作物 | 植物基因组编辑 | NA | CRISPR、基因组编辑、合成生物学、基因组写入器、超紧凑核酸酶、Leaper技术 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | 甜菜、模式植物、主粮作物 | NA | 农业 |
| 259 | 2026-10-07 |
Deep learning architectures achieve state-of-the-art (SOTA) accuracy in protein secondary structure prediction
2026-Oct, Molecular diversity
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s11030-026-11570-x
PMID:42071121
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综述 | 本文综述了深度学习架构在蛋白质二级结构预测中的最新进展,涵盖混合模型设计、基准数据集和评估指标,并讨论了当前方法学局限及未来方向 | 系统总结了从早期机器学习到卷积神经网络、循环神经网络及Transformer架构(如AlphaFold2)在蛋白质二级结构预测中的演进,并提出了跨物种验证、不确定性感知建模及整合异质生物数据等未来方向 | 存在数据依赖性和数据集偏差,方法学仍有局限 | 概述蛋白质二级结构预测领域的最新进展,包括混合模型设计、基准数据集和评估指标,并讨论当前局限和未来方向 | 蛋白质二级结构预测的计算方法 | 机器学习 | NA | NA | CNN, RNN, Transformer, AlphaFold2 | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | 医学, 合成生物学, 药物开发 |
| 260 | 2026-10-07 |
Engineering defensins: Heterologous expression strategies from genetic engineering to synthetic biology
2026-Sep-29, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.109055
PMID:42810457
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综述 | 本文从整合工程学的角度综述了防御素的生产,强调表达调控、宿主生理与分子设计之间的相互作用,并建立了一个整合基因工程、合成生物学和AI驱动设计的多维工程框架 | 建立了一个整合基因工程、合成生物学和AI驱动设计策略的多维工程框架,将防御素工程从经验优化推向理性和定量化设计,并扩展优化范围超越天然序列空间 | 天然可用性有限,异源生产存在产量低、宿主毒性、折叠效率低和生物活性丧失等问题 | 改善防御素的生产、功能稳定性和可制造性,并指导可规模化生产策略的开发 | 防御素(Defensins),一类结构多样的宿主防御肽 | 合成生物学 | NA | 基因工程, 合成生物学, 人工智能驱动设计 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |