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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2026-07-17 |
A standardized workflow for kinetic metabolic model curation and dissemination
2026-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014227
PMID:42008579
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研究论文 | 提出一种用于动力学代谢模型构建、注释、可视化和分享的标准化工作流 | 整合社区标准和开源工具,确保模型的复现性、互操作性和用户可访问性 | 未提及具体限制 | 促进动力学代谢模型的可重复使用和良好文档化,推动其在代谢研究中的应用 | 动力学代谢模型 | 机器学习 | NA | NA | 动力学代谢模型 | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、代谢工程、系统生物学 |
| 262 | 2026-07-17 |
Chemical organizations as a conceptual tool: from synthetic biology to interdisciplinary systems and back
2026, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2026.1801128
PMID:42453133
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研究论文 | 提出化学组织理论(COT)作为合成生物学概念框架,并展示其跨学科应用 | 通过反应网络形式化合成生物学概念,实现跨尺度统一建模,并验证了从非生物系统到合成生物学的渐进式教学法有效性 | NA | 建立领域通用的组织理论框架以促进合成生物学教育与复杂系统素养传播 | 跨学科学生群体(设计、社会科学、数学、生态学背景) | 合成生物学 | NA | 化学组织理论(COT)、pyCOT计算平台 | 反应网络模型 | 教学实践数据 | 4年跨学科教学实践,具体样本量未说明 | NA | NA | NA | 合成生物学教育、复杂适应系统素养培养 |
| 263 | 2026-07-17 |
Advances in microbial extracellular vesicles: synthetic biology platforms and medical applications
2026, Extracellular vesicles and circulating nucleic acids
DOI:10.20517/evcna.2025.103
PMID:42454186
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综述 | 综述微生物细胞外囊泡的合成生物学平台和医学应用 | 概述如何利用合成生物学工具和平台工程化微生物细胞外囊泡,包括提高产量、修饰货物和定制表面特性 | 临床转化面临缺乏标准化、普遍适用的分离纯化方案的挑战 | 填补知识空白并促进基于微生物细胞外囊泡的治疗策略发展 | 微生物细胞外囊泡 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 细菌 | NA | 医学 |
| 264 | 2026-07-15 |
Devising a divisome for synthetic cells
2026-Jul-13, Nature reviews. Chemistry
DOI:10.1038/s41570-026-00848-1
PMID:42443379
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综述 | 本文综述了构建合成细胞分裂机制的研究进展 | 系统总结了模拟细胞分裂关键阶段(对称性破缺、膜变形缩窄、最终分裂)的现有策略,并批判性评估了各方法的成功与局限 | 当前各模块尚未实现有效整合,且缺乏完整的功能性分裂系统 | 实现合成细胞最小化功能分裂系统 | 合成细胞的分裂机制 | 合成生物学 | NA | 蛋白质体外重建 | NA | NA | NA | NA | NA | 合成分裂装置(包括对称性破缺、膜变形缩窄、最终分裂模块) | 合成生物学 |
| 265 | 2026-07-15 |
Frontiers in polysaccharide biosynthesis: Decoding the catalytic logic of enzymes for future applications
2026-Jul, Carbohydrate research
IF:2.4Q2
DOI:10.1016/j.carres.2026.109907
PMID:41931921
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综述 | 系统分析多糖生物合成的分子机制,涵盖从前体活化到修饰的全过程,并探讨动物、植物和微生物系统的共性与特性 | 整合酶学工具与合成生物学策略,揭示并重构多糖生物合成网络,强调人工智能与系统生物学驱动的创新潜力 | 未具体讨论机制解析中的技术挑战或现有合成系统在实际应用中的瓶颈 | 为理解多糖生物合成提供全面的生物学视角和理论框架,推动可控生产结构明确的多糖 | 多糖生物合成酶与生物合成系统(来自动物、植物和微生物) | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 多种宿主生物(动物、植物、微生物) | 多糖生物合成通路重构与优化 | 农业、工业生物技术、医学、材料学 |
| 266 | 2026-07-15 |
Microbial and synthetic biology solutions for waste management and biomanufacturing off Earth
2026-Jun, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2026.103491
PMID:41930789
|
综述 | 探讨利用微生物和合成生物学策略将太空废物转化为有价值的资源,以支持可持续发展和减少对地球依赖 | 创新点在于利用工程极端微生物在微重力环境下实现废物分解、生物采矿和生物制造,为建立自给自足的地外栖息地奠定基础 | 未提及具体实验验证或实际应用中的挑战与局限性 | 研究在太空中通过微生物和合成生物学解决废物管理并实现生物制造的可持续方案 | 国际空间站中的废物(包括有机废物、电子废物)以及利用的工程极端微生物 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 极端微生物 | 废物分解电路、生物采矿通路、生物制造平台 | 环境, 工业生物技术 |
| 267 | 2026-07-15 |
Current Progress of Natural Product Export by Yeast
2026-Apr-15, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c08982
PMID:41926336
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综述 | 本文综述了通过缓解代谢负担提高酵母天然产物合成的最新进展,重点关注萜类化合物的外排策略 | 系统总结了三种缓解酵母细胞内天然产物积累引起的代谢负担的策略:过表达和工程化转运蛋白、改变膜结构以及萃取方法 | 仅关注酵母物种,且主要聚焦于萜类化合物,未涉及其他微生物或天然产物类型 | 提升酵母细胞工厂中天然产物的合成效率,实现经济可行的可持续生产 | 酵母酿酒酵母中的天然产物合成,特别是萜类化合物 | 合成生物学, 微生物工程 | NA | 转运蛋白工程, 细胞膜工程 | NA | NA | NA | NA | 酿酒酵母 | 天然产物外排通路 | 工业生物技术, 医药 |
| 268 | 2026-07-15 |
A highly limited amino acid library from asteroid Bennu yields wide-ranging protein folds
2026-Apr-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71509-6
PMID:41932940
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研究论文 | 利用AI蛋白质设计软件探索古老蛋白质结构,发现小规模原始氨基酸库能产生广泛关键折叠 | 首次证明只需6种氨基酸(基于Bennu小行星数据)即可重现所有测试蛋白折叠,挑战了蛋白质复杂折叠需多样氨基酸的传统观点 | 蛋白质设计基于模拟预测,缺乏实验验证;仅关注折叠结构,未涉及功能活性 | 探究原始氨基酸库规模对蛋白质折叠多样性的影响,揭示生命起源可能性 | 小行星Bennu氨基酸数据、Miller-Urey实验及默奇森陨石数据约束的原始氨基酸库 | 蛋白质设计、人工智能 | NA | AI蛋白质设计软件、AlphaFold2 | AlphaFold2 | 氨基酸序列数据 | 6种(Bennu高丰度组)、7种(Miller-Urey与默奇森混合组)、8种氨基酸(另一实验组) | NA | NA | NA | 合成生物学、医学 |
| 269 | 2026-07-15 |
Bioactive Peptides: Production Strategies, Biological Activities, and Emerging Therapeutic Applications
2026, Protein and peptide letters
IF:1.0Q4
|
综述 | 综述了生物活性肽的生产策略、生物活性及其新兴治疗应用 | 整合了2024-2025年间分子、生物技术和信息学驱动的生物活性肽研究最新进展,涵盖生产策略、生物测定优化及治疗转化 | 纯化困难、稳定性问题和生物利用度限制影响广泛应用 | 探讨生物活性肽在营养、功能食品和治疗应用中的潜力 | 生物活性肽 | 机器学习 | NA | 酶解、微生物发酵、化学合成、重组方法、超滤、色谱、质谱、电泳 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 农业, 食品 |
| 270 | 2026-07-15 |
Oncobiotics in urinary bladder cancer. A narrative review of living cancer therapeutics
2026, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2026.1845015
PMID:42440727
|
综述 | 本文综述了活体癌症疗法在尿路上皮膀胱癌中的应用,涵盖细菌、病毒和微生物组为基础的肿瘤生物制剂的作用机制、历史发展和转化进展 | 系统总结了五种相互关联的机制(直接肿瘤破坏、免疫系统调节、工程化药物递送、溶瘤病毒疗法和微生物组驱动的免疫调节),并强调这些机制在实践中经常重叠,反映了活体治疗的多功能性 | 当前证据受限于小规模研究、异质性终点和长期随访不足;生物递送障碍、宿主免疫中和、患者间异质性、生物安全问题、监管复杂性以及缺乏晚期随机临床数据 | 绘制活体癌症疗法在膀胱癌中的机制、历史和转化进展图谱,评估其克服传统疗法局限性的潜力 | 尿路上皮膀胱癌及相关活体癌症疗法(细菌型、病毒型和微生物组型肿瘤生物制剂) | 数字化病理学 | 膀胱癌 | NA | NA | NA | NA | 遗传工程、合成生物学 | 细菌、病毒、人体微生物组 | 肿瘤精细胞编程的递送系统 | 医学 |
| 271 | 2026-07-14 |
Transposons as Tools for Future Genome Engineering in Yeasts and Filamentous Fungi
2026-Jul-13, Yeast (Chichester, England)
DOI:10.1002/yea.70036
PMID:42439777
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综述 | 总结了转座子在酵母和丝状真菌基因组工程中作为工具的研究现状和未来机遇 | 系统概述了不同类型转座子(如ITR DNA转座子、LTR及非LTR反转录转座子和CRISPR相关转座子)在真菌基因组工程中的应用潜力,特别是CASTs在低同源重组效率宿主中实现大片段定点整合的优势 | 转座子工具在非酵母属宿主中的开发仍处于早期阶段,实际应用可能受制于转座效率、靶向特异性和宿主适应性 | 探讨转座子技术在真菌基因组工程中的发展前景,加速菌株开发 | 酵母和丝状真菌 | NA | NA | 转座子技术、CRISPR相关转座子(CASTs) | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9(用于转座子整合) | 酵母属、丝状真菌 | NA | 合成生物学、代谢工程 |
| 272 | 2026-07-14 |
Enhancing the Secretion Systems: Genetic Engineering of Super Bioagents for Effective Plant Disease Control
2026-Jul-12, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.70303
PMID:42437521
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综述 | 本文综述了通过遗传工程改造微生物分泌系统以开发超级生物制剂用于植物病害控制的前景 | 提出了超级生物制剂的概念,强调利用CRISPR/Cas基因组编辑、蛋白酶工程和合成生物学精准改造分泌系统以增强病原靶向和分泌效率 | 大规模部署生物防治剂仍面临挑战,且超级生物制剂的实际应用和田间性能验证尚不充分 | 探讨通过理性定量工程化微生物分泌系统将传统生物防治剂转化为集成超级生物制剂的可能性 | 微生物分泌系统和超级生物制剂 | 机器学 | 植物病害 | CRISPR/Cas基因组编辑、蛋白酶工程、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物 | 分泌系统工程 | 农业 |
| 273 | 2026-07-14 |
Challenges and Future Directives of Synthetic Biology in Engineering Plant-Microbe Partnerships for Sustainable Agriculture
2026-Jul-12, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.70291
PMID:42437522
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综述 | 本文综述了合成生物学在工程植物-微生物共生关系中面临的挑战,并提出了未来研究方向 | 系统分析了生态、生物、技术和监管等多方面障碍,并提出了系统级整合多组学分析、预测建模和框架响应遗传设计的解决思路 | 未涉及具体实验验证或量化分析,主要基于文献综述提出观点 | 探讨合成生物学在植物-微生物工程应用中的限制因素及未来研究重点 | 植物-微生物共生体系 | 合成生物学 | NA | 多组学分析、预测建模、合成生物学工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 植物、微生物 | 框架响应遗传设计、稳健可控微生物底盘 | 农业 |
| 274 | 2026-07-14 |
Recent Progress in the Total Synthesis and Biosynthesis of Arborisidine
2026-Jul, Chirality
IF:2.8Q2
DOI:10.1002/chir.70119
PMID:42324070
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综述 | 总结了arborisidine的全合成与生物合成研究的最新进展 | 通过比较多种合成策略,为其他家族成员的合成提供科学见解,并为基于该结构骨架的药物设计提供方法论支持 | NA | 综述arborisidine的全合成与生物合成研究进展,为相关合成和药物设计提供参考 | arborisidine及其类似物的合成与生物合成途径 | NA | NA | 全合成、生物合成 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 药物设计 |
| 275 | 2026-07-14 |
Versatile 2-Oxoglutarate-Dependent Dioxygenases Catalyze Radical-Mediated Multifunctional Skeleton Reconstructions and Oxidation Modifications of Taxoids
2026-03-18, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.6c01169
PMID:41746272
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研究论文 | 本研究鉴定了两种新型2-酮戊二酸依赖性双加氧酶,它们能够催化紫杉烷类化合物从6/8/6骨架到5/7/6等骨架的重排及氧化修饰,并揭示了其自由基介导的催化机制 | 发现并表征了两种具有高度催化多样性的双加氧酶(TcOGD1和TcOGD2),它们能催化多种骨架重排和氧化反应,包括首次阐明5/7/6紫杉烷骨架形成的自由基介导C-C键断裂机制 | 紫杉烷类化合物在植物中的产量有限,且部分新骨架化合物的生物合成途径尚未完全阐明 | 探索紫杉烷二萜类化合物结构多样性的形成机制,并开发用于构建独特紫杉烷骨架的生物催化工具 | 两种新型2-酮戊二酸依赖性双加氧酶(TcOGD1和TcOGD2)及紫杉烷类底物 | 合成生物学 | 癌症 | NMR波谱学 | NA | NA | 5种新型-5/7/6紫杉烷化合物从中国红豆杉植物中分离 | NA | NA | NA | 药物 |
| 276 | 2026-07-14 |
Next generation CAR-T cells to tackle solid tumors
2026-03-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2026.114650
PMID:41570863
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综述 | 本文综述了新一代CAR-T细胞疗法应对实体瘤的挑战和创新设计 | 系统性比较了克服实体瘤障碍的先进合成生物学策略,包括逻辑门控系统、多输入CAR设计、共表达细胞因子受体和耐药性改造 | 仅讨论了体外和临床前研究,缺乏大规模临床试验验证 | 探讨提高CAR-T细胞在实体瘤中疗效的结构性和生物学障碍及创新解决方案 | CAR-T细胞设计及其在实体瘤微环境中的相互作用 | NA | 实体瘤 | NA | NA | NA | NA | 逻辑门控系统、嵌合开关受体、显性负受体 | 人类T细胞 | 逻辑门控CAR、多输入CAR、装甲CAR、共表达细胞因子受体 | 医学 |
| 277 | 2026-07-14 |
Leveraging AI for cell biology discovery
2026-Jan-08, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20253023
PMID:41502213
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综述 | 探讨人工智能在细胞生物学中的多样化应用,包括显微镜成像、药物发现和合成生物学 | 系统总结了AI在单细胞分辨率分析、复杂模式识别和细胞行为建模中的最新进展 | 未深入讨论AI模型泛化性和跨数据集验证的实际困难 | 概述AI技术如何推动细胞生物学基础研究与治疗应用 | 细胞生物学中的AI方法及数据(图像、转录组、蛋白质结构等) | 计算机视觉, 自然语言处理, 机器学习 | NA | 深度学习, 高通量技术 | 神经网络, 深度学习模型 | 图像, 文本, 蛋白质结构数据 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 278 | 2026-07-13 |
Phytomicrobiome-based approaches for sustainable crop performance and environmental resilience
2026-Oct, Microbiological research
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.micres.2026.128605
PMID:42398311
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综述 | 综述基于植物微生物组的工程策略,旨在提升作物可持续生产和环境恢复力 | 整合了基因组编辑、合成生物学、宏基因组学和AI驱动建模等先进工具,系统阐述了优化植物-微生物互作以实现精准农业的新范式 | 未明确讨论工程微生物组在实际田间应用中可能存在的生态风险和长期稳定性挑战 | 探索通过微生物组工程改善植物抗逆性、适应性和作物产量的现代方法及应用 | 植物微生物组(包括细菌、真菌、原生生物、病毒和线虫)及其与宿主植物的相互作用 | 机器学习 | NA | 宏基因组学, 合成生物学, 基因组编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 植物 | 人工微生物群落 | 农业, 环境 |
| 279 | 2026-07-13 |
In silico identification and characterisation of putative biphenyl degradation mechanism in gut-derived Pediococcus pentosaceus
2026-Sep-01, Environmental research
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.envres.2026.125000
PMID:42276346
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研究论文 | 本研究通过计算分析鉴定了从蟑螂肠道分离的片球菌QS-GN03_1中潜在的联苯降解机制 | 首次在肠道来源的片球菌中通过基因组分析发现一个可能通过水平基因转移获得的bphC基因,并揭示了其作为完整Bph操纵子退化遗存的可能性 | 预测的自由配体结合能显示PPBPHCIII与配体的结合亲和力弱于功能验证的1EIR复合物,且菌株缺乏独立的PCB矿化能力 | 探索利用益生微生物减少多氯联苯(PCBs)在牲畜肠道中吸收的策略 | 蟑螂(美洲大蠊)肠道来源的片球菌QS-GN03_1 | 计算生物学 | NA | 全基因组测序 | NA | 基因组序列 | 单一菌株QS-GN03_1 | CRISPR-Cas9, IS30家族插入序列 | 片球菌(Pediococcus pentosaceus) | 联苯降解通路(Bph操纵子) | 农业, 环境, 工业生物技术 |
| 280 | 2026-07-13 |
Targeting the phenolic A-ring unifies the toxicology and remediation of environmental estrogens in aquatic environments
2026-Sep-01, Environmental research
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.envres.2026.125044
PMID:42297271
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综述 | 综述了环境雌激素在水生环境中的毒理学机制及其修复策略,强调酚A环结构在毒性和修复中的核心作用 | 提出以酚A环结构为共同靶点统一环境雌激素的毒理学机制和修复策略,并探讨合成生物学在靶向生物降解中的潜力 | 主要基于现有文献综述,缺乏实际环境条件下修复技术的系统性实验验证,且针对复杂污染物混合物的挑战仅初步讨论 | 阐明环境雌激素基于酚A环结构的有害机制,并指导其在水生系统中的靶向消除策略 | 环境雌激素(包括类固醇和非类固醇类)及其在水生环境中的生态毒理效应 | 环境科学 | NA | 生物转化、化学转化、物理吸附、合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学工具(如CRISPR-Cas9) | NA | 靶向生物降解途径 | 环境 |