合成生物学相关文章

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当前共找到 1806 篇文献,本页显示第 361 - 380 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 工程工具 宿主生物 回路设计 应用领域
361 2026-09-24
The Expanding Reactivity of Cobamide-Containing Proteins: From Mechanistic Understanding to Non-native Biocatalysis
2026-Jul-03, ACS catalysis IF:11.3Q1
综述 本文综述了含钴胺酰胺蛋白质的反应机制及其在天然与非天然生物催化中的应用前景。 系统总结了含钴胺酰胺蛋白质的机制理解,并提出了将其拓展至非天然生物催化反应的新兴策略。 含钴胺酰胺依赖型酶的天然反应性在生物催化中尚未被充分利用,其作为非天然反应催化剂的研究仍处于起步阶段。 总结含钴胺酰胺蛋白质功能的关键机制,并探讨利用其进行非天然生物催化的策略。 含钴胺酰胺蛋白质,包括异构酶、甲基转移酶和还原性脱卤酶。 合成生物学 NA 蛋白质工程, 合成生物学 NA 文本 NA NA NA NA 工业生物技术, 医药
362 2026-09-24
seq2ribo: structure-aware integration of machine learning and simulation to predict ribosome location profiles from RNA sequences
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出seq2ribo框架,结合结构感知的TASEP模拟与机器学习,仅从mRNA序列预测核糖体A位点分布 首个仅从序列实现与观测核糖体图谱有意义位置相关性的方法,引入结构感知TASEP(sTASEP)建模密码子等待时间及局部角度、碱基配对等结构特征,并用polisher模型精炼模拟分布 未明确说明 在不依赖核糖体印迹、RNA-seq图谱或完整基因组背景的情况下,从mRNA序列直接预测核糖体位置分布,助力mRNA疫苗等从头序列设计 mRNA序列及其对应的核糖体A位点分布,涉及iPSC、HEK293、LCL、RPE-1等多种细胞类型 机器学习 NA 核糖体印迹(Ribo-seq)、RNA-seq 结构感知TASEP(sTASEP)模拟、polisher精炼模型、机器学习 序列、核糖体图谱数据 涉及iPSC、HEK293、LCL、RPE-1等多种细胞类型的数据 NA NA NA 医学、合成生物学
363 2026-09-24
Cell-free synthesis and characterization of Salmonella, Escherichia coli, and Shigella-specific bacteriophages
2026-Jun-30, Microbial cell factories IF:4.3Q1
研究论文 该研究利用大肠杆菌无细胞基因表达系统合成了七种不同家族的噬菌体,并对其感染性、稳定性和功能进行了表征 首次在无细胞系统中成功合成并表征了五种噬菌体(LPST153、S16、SP6、Jbel和Alf5),展示了利用PHEIGES工作流从PCR片段完全体外组装和表达噬菌体LPST153,并在无内毒素系统中合成了感染性噬菌体 无细胞合成的噬菌体在多种沙门氏菌、大肠杆菌和志贺氏菌宿主上的接种效率存在显著差异,与宿主来源的噬菌体相比功能并非完全等同 评估基于大肠杆菌的无细胞基因表达平台合成多种噬菌体的能力,并比较体外合成噬菌体与宿主来源噬菌体的功能特性 七种噬菌体,包括LPST153、S16、SP6、Jbel、Alf5等,针对沙门氏菌、大肠杆菌和志贺氏菌 合成生物学 NA 无细胞基因表达(CFE)、PHEIGES工作流、PCR片段组装 NA NA 七种噬菌体 NA 大肠杆菌 NA 医学、食品安全
364 2026-09-24
Rational assembly of synthetic marine biofilm community with chitinase production
2026-Jun-04, Research square
研究论文 该文章提出了一种自顶向下的组装方法,利用天然海洋细菌构建具有几丁质酶生产功能的多物种生物膜群落,并发现多物种群落比单物种生物膜具有更高的入侵抵抗力和功能稳定性 首次采用自顶向下的组装策略,利用天然海洋细菌构建具有目标功能(几丁质酶生产)的多物种生物膜群落;发现多物种群落具有集体入侵抵抗力,而单物种生物膜在入侵后完全消失;揭示了群落合作共存机制 研究仅使用了17株初始分离株,群落多样性有限;未对群落长期稳定性进行深入评估;未解析具体的分子机制 设计具有目标功能(几丁质酶生产)的多物种生物膜群落,并探索其组装动态、入侵抵抗力和功能稳定性 天然海洋细菌(17株初始分离株)及其组装的多物种生物膜群落 合成生物学, 微生物生态学 NA 生物膜培养, 群落组装, 酶活性检测 NA 实验数据, 微生物群落组成数据, 酶活性数据 17株初始海洋细菌分离株,最终构建14成员群落 NA 海洋细菌 NA 环境, 工业生物技术
365 2026-09-24
Combinatorial and Inducible CRISPRa/i Enables Canalized hiPSC Forward Programming and Iterative Refinement via Single-Cell Genomics
2026-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 开发了一种组合诱导型CRISPRa/i平台,用于人诱导多能干细胞的正向编程和通过单细胞基因组学进行迭代优化 开发了CIRI平台,在安全港工程化的hiPSCs中实现四环素响应型sgRNA携带模块化RNA适配体,招募RNA结合蛋白和效应结构域,从单一dCas9实现多模式调控,包括正交的CRISPRa/i;优化sgRNA-适配体架构后,在hiPSCs和hiPSC衍生心脏类器官中实现稳健的CRISPRa和CRISPRi;通过激活MYOD1同时抑制MYF5、MYH9和PAX7,快速引导hiPSC正向编程为骨骼肌细胞;组合池式双导单细胞RNA测序筛选确定NR2F2为障碍,MEF2C和MYOCD为肌源性成熟的协同增强子 NA 在生理相关模型中实现合成基因调控逻辑,用于机制发现和转化工程 人诱导多能干细胞(hiPSCs)及其衍生物(如心脏类器官和骨骼肌细胞) 合成生物学 NA CRISPRa/i, 单细胞RNA测序 CRISPRa/i 单细胞RNA测序数据 NA CRISPR-Cas9 人诱导多能干细胞(hiPSCs) 四环素响应型sgRNA携带模块化RNA适配体,招募RNA结合蛋白和效应结构域,从单一dCas9实现正交CRISPR激活和干扰 医学
366 2026-09-24
Spatial Regulation of CAR Signaling Enables Logic-Gated Activity
2026-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该论文设计了一种新型的AND门控CAR受体MANTIS,利用细胞外受体尺寸差异来调控CAR信号,实现对两种抗原组合的特异性识别 提出了一种基于细胞外受体尺寸差异来调控CAR信号的全新AND门控受体MANTIS,通过空间位阻阻断和脱落机制实现逻辑门控活性 摘要中未提及该研究的局限性 设计能够识别抗原组合的AND门控CAR,提高CAR T细胞对癌细胞的特异性并扩大可靶向抗原范围 CAR T细胞、癌细胞、正常细胞 合成生物学 癌症 NA NA NA NA NA T细胞 AND门控受体MANTIS,利用细胞外受体尺寸差异和空间位阻阻断机制 医学
367 2026-09-24
Life beyond 6000 genes: from sequence to synthesis in a post-genomics era
2026-Jan-05, FEMS yeast research IF:2.4Q3
综述 本文回顾了酵母基因组测序三十年来的发展,从序列解码到合成基因组学,并展望了人工智能和生物电子学对未来酵母基因组学和工程生物学的影响 系统总结了从酵母基因组测序到Sc2.0合成基因组计划的演进历程,并前瞻性地探讨了人工智能和生物电子学在酵母工程生物学中的潜在应用 作为综述文章,未提供原始实验数据,对酵母基因组暗物质的讨论仍停留在问题提出层面,未给出具体解决方案 回顾酵母基因组学三十年发展历程,阐述从基因组测序到合成基因组学的转变,并展望未来三十年酵母基因组学和工程生物学的发展方向 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)基因组及以其为平台的合成生物学和工程生物学研究 合成生物学 NA 基因组测序、功能基因组学、系统生物学、合成基因组学、人工智能、生物电子学 NA 文本 NA NA 酿酒酵母 NA 医学, 工业生物技术, 能源, 材料
368 2026-09-23
Advances in erythritol production through synthetic biology and systems metabolic engineering
2026-Sep-21, Archives of microbiology IF:2.3Q3
综述 本文综述了通过合成生物学与系统代谢工程提升赤藓糖醇产量的研究进展,提出了一个贯穿胞内代谢到工业规模的分层约束框架 提出分层约束级联框架,将赤藓糖醇生物制造从天然菌株优化、合成生物学通路重构、辅因子平衡、模块化设计到AI整合的DBTL循环统一为跨尺度分析体系,并指出AI应用需与机理模型耦合而非仅做统计拟合 当前AI应用多为统计拟合而非机理驱动的跨尺度建模,实时传感与自适应通量调控尚未闭环,实验室设计与工业操作之间因混合和原料的尺度依赖性异质性仍存在较大差距 系统诊断赤藓糖醇生物合成中的系统性瓶颈,并勾勒糖醇类智能生物制造的原则与路径 赤藓糖醇生物合成途径及相关稀有糖(阿洛酮糖、塔格糖) 合成生物学, 代谢工程 NA 合成生物学, 系统代谢工程, 代谢建模, 自动化DBTL循环, 无细胞系统, 实时传感 AI整合设计-构建-测试-学习(DBTL)模型, 机理跨尺度模型 文本 NA NA NA 赤藓糖醇合成代谢通路, 辅因子(NADPH)平衡模块, 模块化通路设计 工业生物技术, 食品, 医药
369 2026-09-23
Marine Microalgal Genes: Unlocking a New Era of Sustainable High Value PUFA Production for Neuroprotective Applications
2026-Sep-21, Cell biochemistry and biophysics IF:1.8Q4
综述 本文综述了海洋微藻作为高价值多不饱和脂肪酸(PUFA)生物合成基因来源的遗传与生化潜力,并探讨了通过合成生物学和代谢工程提升PUFA积累的策略 系统整合了海洋微藻PUFA生物合成通路中关键去饱和酶和延长酶的功能研究,并结合组学分析、合成生物学与代谢工程,提出了在陆生油料作物和微生物宿主中异源表达微藻基因的新思路 PUFA通路调控机制复杂,菌株优化困难,且从实验室到产业化的转化可行性仍面临挑战 探讨海洋微藻PUFA生物合成基因在可持续、高值化PUFA生产及神经保护应用中的潜力与策略 海洋微藻及其PUFA生物合成基因(去饱和酶和延长酶) 合成生物学, 代谢工程 神经保护 组学分析, 合成生物学, 代谢工程, 异源表达 NA 文本 NA NA 陆生油料作物, 微生物宿主 PUFA生物合成通路 医学, 食品, 工业生物技术
370 2026-09-23
Technical limitations of CRISPR-Cas9 genome editing in bacteria: challenges and future directions
2026-Sep-21, Archives of microbiology IF:2.3Q3
综述 本文综述了CRISPR-Cas9在细菌基因组编辑中的技术局限性,包括脱靶效应、DNA修复限制、Cas核酸酶细胞毒性及宿主特异性限制修饰屏障,并讨论了当前应对策略和未来方向 系统性总结了细菌中CRISPR-Cas9编辑的主要技术障碍,并评估了改进guide RNA设计、替代Cas变体、优化递送策略和宿主适应性工程等新兴解决方案 作为综述文章,未提供原始实验数据,对各项挑战的讨论主要基于现有文献,缺乏对具体解决方案效率的定量比较 探讨CRISPR-Cas9在细菌基因组编辑中的主要技术障碍,评估现有应对策略,并展望提高编辑效率、可靠性和精确度的新兴方法 细菌中的CRISPR-Cas9基因组编辑技术 合成生物学 NA CRISPR-Cas9基因组编辑 NA 文本 NA CRISPR-Cas9 细菌 NA 医学, 工业生物技术, 合成生物学
371 2026-09-23
Developing cumate-inducible gene expression systems for application in Pseudomonas putida KT2440
2026-Sep-02, Journal of applied microbiology IF:3.2Q2
研究论文 本研究开发了两种基于cumate诱导的基因表达系统,用于恶臭假单胞菌KT2440,并应用于柠檬烯生物转化为紫苏醇 开发了两种新型cumate诱导表达系统,分别基于CuO1和CuO2操纵子,通过启动子优化和操纵子结构优化实现了高性能表达,并首次应用于紫苏醇生物合成 未提及 开发高效基因表达工具以实现恶臭假单胞菌KT2440的精准代谢调控 恶臭假单胞菌KT2440 合成生物学 NA 基因工程、启动子优化、操纵子工程、异源表达、荧光报告检测 NA 荧光强度数据、产物滴度数据 NA NA 恶臭假单胞菌KT2440 cumate诱导表达系统(基于CuO1和CuO2操纵子),异源细胞色素P450催化柠檬烯转化 工业生物技术、医药
372 2026-09-23
The Emergence of Life in the Light of Evolution
2026-Jul-12, ArXiv
PMID:42389247
综述 该文章主张生命起源研究应从化学问题扩展到进化问题,综合比较基因组学、系统发育学、生物化学和地球科学证据,强调LUCA已是复杂细胞群体,并突出群体遗传学、生态学和合成生物学在约束生命起源场景中的作用 提出生命起源研究必须纳入群体遗传学视角,从仅关注生命如何开始扩展到探索其如何从生物前系统进化而来,并整合多学科证据构建进化驱动的研究议程 文章为综述性论述,未提供新的实验数据,所提出的进化驱动假设仍需理论和实验室实验验证 重新定位生命起源研究,从化学问题扩展到进化问题,利用群体遗传学、生态学和合成生物学约束生命起源场景 生命起源过程、LUCA、前LUCA进化历史、原代谢自催化网络、原始细胞、翻译和DNA基因组的出现 进化生物学 NA 比较基因组学, 系统发育学, 生物化学, 地球科学, 群体遗传学, 生态学, 合成生物学 NA 文本 NA NA NA NA NA
373 2026-09-23
Programmable CRISPRtune dissects the transcriptional repressive activity of MeCP2
2026-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了CRISPRtune,一种将MeCP2与催化失活的dCas9融合的可编程转录抑制工具,用于在人类细胞中精细调控内源基因表达 利用MeCP2的温和抑制活性实现中间水平的转录调控,而非完全基因失活或完全转录抑制;通过全基因组CRISPR筛选定义了CRISPRtune的靶向规则;揭示了MeCP2在基因启动子处诱导的直接表观遗传变化及其遗传依赖伙伴;发现Rett综合征相关MeCP2突变因无法重塑靶基因局部表观遗传景观而导致转录抑制缺陷 未明确提及 开发一种可编程工具,在哺乳动物细胞中实现内源基因转录的中间水平调控,并利用该平台解析染色质调控因子在活细胞中的机制功能 人类细胞中的内源基因、MeCP2蛋白及其Rett综合征相关突变体 合成生物学 Rett综合征 CRISPR筛选、表观遗传学分析 dCas9-MeCP2融合蛋白 基因组规模筛选数据 NA CRISPR-Cas9 人类细胞 dCas9-MeCP2转录抑制系统 医学
374 2026-09-23
BxbI-mediated insertion of a 77kb human RET sensitive haplotype into the mouse genome to generate a humanized model of Hirschsprung disease
2026-Jul-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过Bxb1介导的重组将77kb人类RET敏感单倍型插入小鼠基因组,构建了人类化Hirschsprung病模型,并验证了非编码变异对疾病发病机制的影响 首次利用大DNA合成生物学和Bxb1介导的重组将完整77kb人类RET基因组位点(包括所有外显子、内含子和上游调控元件)插入小鼠安全港位点,构建了人类化HSCR模型,并通过CRISPR/Cas9修复保守Sox10结合位点证明非编码变异的关键作用 初始HSCR相关敏感单倍型的表达水平仅为野生型的21%,不足以挽救内源性小鼠Ret缺失导致的生存能力,且该模型可能无法完全再现人类疾病的复杂性 研究人类RET基因增强子元件中的调控变异如何导致Hirschsprung病的无神经节细胞症,并建立人类化小鼠模型来模拟人类特异性调控疾病 人类RET基因组位点、小鼠基因组、Hirschsprung病相关敏感单倍型、增强子元件中的风险SNPs 基因组学、合成生物学、疾病模型 Hirschsprung病 Nanopore测序、短读长测序、CRISPR/Cas9基因编辑、Bxb1介导的重组 人类化小鼠模型 基因组序列数据、基因表达数据 未明确提及样本数量,涉及人类RET位点和小鼠模型 CRISPR-Cas9, Bxb1重组酶 小鼠 NA 医学
375 2026-09-23
A self-replicating artificial module-genome that generates bacterial chromosome replication system in vitro
2026-Jul-03, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 该研究构建了一个53 kb的环状DNA(RCR模块基因组),编码全部26种RCR蛋白,在PURE系统中实现体外自我复制,并命名为PRIMES系统 首次实现了由自身编码的复制机器驱动的人工模块基因组在体外进行基因组规模的自我复制,支持超过28次递归自我复制 仅在体外PURE系统中验证,尚未在人工细胞或活细胞环境中实现,离真正的自主自我繁殖人工细胞仍有距离 构建能够自我复制的人工基因组,推动自下而上合成生物学中人工细胞自主自我繁殖的目标 53 kb环状DNA(RCR模块基因组)及其编码的26种RCR蛋白 合成生物学 NA PURE系统(重组元件蛋白合成系统)、RCR(复制循环反应) NA NA NA NA NA RCR模块基因组编码全部26种染色体复制蛋白,在PURE系统中表达后驱动自身DNA复制 医学,工业生物技术
376 2026-09-23
Live-cell imaging of enhancer-promoter dynamics reveals transient contact-driven gene activation
2026-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过合成生物学平台和超分辨率活细胞成像技术,同时观测增强子-启动子三维距离和新生转录,揭示了瞬时接触驱动的基因激活机制 构建了优化的合成生物学平台,利用超分辨率活细胞成像同时可视化增强子-启动子三维距离和新生转录,结合成像、三维基因组学和基因表达数据,首次估计转录激活由约25-42纳米的接触在秒级时间尺度上介导 研究主要基于细胞系,可能无法完全反映体内生理条件下的增强子-启动子相互作用;时空分辨率虽有所提升,但仍可能遗漏更快速的动态变化 探究增强子与启动子在空间上(接触 vs 远距离作用)和时间上(瞬时 vs 稳定)的相互作用机制及其与转录激活的联系 哺乳动物细胞系中的增强子-启动子相互作用及转录激活过程 三维基因组学 NA 超分辨率活细胞成像、三维基因组学、基因表达分析 NA 图像、文本 NA NA 哺乳动物细胞 NA 医学
377 2026-09-23
Coupled intracellular redox and extracellular respiration sensing for quantitative oxidative stress profiling
2026-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该文章提出了一种双荧光传感平台,结合基因编码的氧化还原生物传感器(roGFP2 Tsa2ΔC)和嵌入微孔板的光学氧传感器,用于并行、非侵入性地定量检测工业酵母系统中的细胞内活性氧(ROS)和氧消耗速率(OCR)。 首次将基因编码的氧化还原生物传感器与光学氧传感器集成于微孔板平台,实现细胞内氧化还原状态与细胞外呼吸活动的并行、非侵入性定量耦合检测;在群体、单细胞和亚细胞水平上动态监测氧化应激,并实时测量呼吸。 摘要中未明确提及研究局限性。 开发一种集成传感平台,实现细胞内氧化还原状态与细胞外呼吸活动的同步定量测量,用于细胞氧化应激的定量评估。 工业酵母系统,包括Crabtree阳性酵母和解脂耶氏酵母(需呼吸型酵母)。 合成生物学 NA 基因编码荧光生物传感器(roGFP2 Tsa2ΔC)、光学氧传感、荧光显微成像 NA 荧光图像、氧气浓度数据 NA NA 酵母(Crabtree阳性酵母和解脂耶氏酵母) NA 生物制造、合成生物学
378 2026-09-23
Nitrogenase regulation in Vibrio natriegens differs from other γ-proteobacteria
2026-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过功能基因组学、靶向突变和报告基因实验,解析了Vibrio natriegens中固氮酶调控蛋白在铵与氮气条件下的作用机制 发现V. natriegens中NtrBC对固氮酶激活并非必需,NifA单独即可激活固氮酶基因表达,且GlnB和GlnK对NtrBC的冗余抑制模式更类似于非固氮菌而非其他固氮γ-变形菌 研究主要基于遗传学和报告基因实验,未在蛋白质水平全面解析调控互作,且仅局限于特定培养条件下的表征 表征V. natriegens中注释的固氮酶调控蛋白在响应铵与氮气时的功能角色,建立其固氮酶调控框架 Vibrio natriegens(一种γ-变形菌)及其固氮酶调控蛋白NtrBC、NifA、GlnB和GlnK 合成生物学 NA 功能基因组学、靶向突变、报告基因实验 NA 实验数据 NA NA Vibrio natriegens NA 工业生物技术
379 2026-09-23
Machine learning-assisted single-cell Raman imaging for rapid, sensitive detection and intracellular mapping of carotenoids in plant cell cultures
2026-May-23, Plant cell reports IF:5.3Q1
研究论文 该研究结合拉曼成像与多层感知器神经网络,实现烟草BY-2细胞中类胡萝卜素的无标记、无损检测与胞内定位。 首次将拉曼成像与多层感知器神经网络结合,用于基于类胡萝卜素组成的烟草BY-2细胞无标记分类,并实现胞内类胡萝卜素的高灵敏度成像与定位。 需要表面增强拉曼散射技术,可能受限于金纳米星的制备和重复性;样本量未明确说明,分类模型的泛化能力有待验证。 开发一种无标记、无损的单细胞分析平台,用于快速、灵敏地检测和胞内定位植物细胞培养物中的类胡萝卜素。 烟草BY-2细胞(野生型和转基因细胞系)中的类胡萝卜素。 机器学习 NA 拉曼成像、表面增强拉曼散射、高效液相色谱 多层感知器神经网络 图像、光谱数据 NA NA 烟草BY-2细胞 NA 医药、工业生物技术
380 2026-09-23
Synthetic control of implanted engineered liver tissue growth
2026-Apr-17, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 该研究提出了一种通过植入小型工程化肝脏组织并在体内诱导其生长来规避组织工程植入物规模化限制的策略 整合合成生物学与组织工程工具,通过YAP和生长因子信号通路的合成控制,实现植入后肝脏组织的按需扩增 摘要未明确提及研究的具体局限性 克服工程化组织植入物在临床转化中规模化的障碍,通过植入小型构建体并在体内诱导其生长来生成大型器官植入物 工程化人类肝脏组织 合成生物学,组织工程 器官衰竭,肝脏疾病 合成生物学,组织工程 NA NA NA NA 人类细胞 控制YAP和生长因子信号通路的合成基因回路 医学
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