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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 581 | 2026-05-07 |
Optimizing Bispecific Antibody Expression via Multi-Omics Analysis and Vector Redesign
2026-May-06, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.70228
PMID:42089360
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研究论文 | 通过多组学分析和载体重设计优化双特异性抗体的表达 | 提出了整合序列级生物信息学和合成生物学诊断的方法,直接提高了复杂生物制品的可制造性,为解决隐蔽表达缺陷提供通用框架 | NA | 解决双特异性抗体在中国仓鼠卵巢细胞中表达效率低的问题 | 三种IgG-scFv格式的双特异性抗体 | 机器学习 | NA | RNA测序、剪接预测、密码子优化评估、基序筛选 | NA | 文本、序列数据 | 三种双特异性抗体候选物 | NA | 中国仓鼠卵巢细胞 | NA | 医学 |
| 582 | 2026-05-07 |
Genetic code expansion: Bridging synthetic biology precision and cellular complexity to decipher molecular mechanisms of diseases
2026-May-04, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2026.102690
PMID:42085977
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综述 | 本文概述了遗传密码扩展技术在生理相关背景下研究疾病生物学的进展、挑战和新兴方法 | 将GCE定位为转化合成生物学平台,用于机制性解析疾病过程,强调其在越来越接近生理环境中的应用 | 该技术广泛实施的主要挑战仍待解决,但具体局限性文中未详细说明 | 利用遗传密码扩展技术解析疾病的分子机制 | 动态蛋白质相互作用、翻译后修饰和信号事件 | 合成生物学 | NA | 遗传密码扩展 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 583 | 2026-05-07 |
Multi-Targeting Non-Specific Genome Engineering in Bacteria
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202521532
PMID:41801001
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研究论文 | 开发了一种基于多靶向整合酶系统的通用基因组工程方法MNGE,用于在多种细菌中高效整合代谢基因或途径 | 提出MNGE方法,基于多靶向整合酶系统实现多拷贝、高度随机(仅需核心TT二核苷酸)的基因整合,适用于革兰氏阳性和阴性菌,并显著提高异源宿主中化合物产量 | NA | 开发一种宿主独立的通用基因组工程方法,以高效整合和表达代谢基因或途径 | 多种细菌,包括革兰氏阳性菌(链霉菌、糖多孢菌)和革兰氏阴性菌(伯克霍尔德菌、紫色杆菌) | NA | NA | MNGE, 多靶向整合酶系统 | NA | NA | NA | NA | 链霉菌 (Streptomyces albus), 伯克霍尔德菌 (Burkholderia gladioli) | 代谢途径整合 | 代谢工程,合成生物学,工业生物技术 |
| 584 | 2026-05-07 |
STRAIGHT-IN Dual: a platform for dual single-copy integrations of DNA payloads and gene circuits into human induced pluripotent stem cells
2026-Apr-30, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-026-01677-9
PMID:42062565
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研究论文 | STRAIGHT-IN Dual平台能够在人诱导多能干细胞中高效同时进行两个DNA构建体的等位基因特异性单拷贝整合 | 开发了STRAIGHT-IN Dual平台,实现一周内同时进行两个DNA构建体的等位基因特异性单拷贝整合,并支持近无疤痕载荷整合和组件循环利用 | NA | 开发高效的双基因整合平台,加速干细胞中合成生物学的设计-构建-测试循环 | 人诱导多能干细胞(hiPSCs)及其分化产生的神经元、运动神经元和内皮细胞 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 人诱导多能干细胞, 神经元, 运动神经元, 内皮细胞 | 四环素诱导型控制与格拉佐普瑞韦诱导型合成基因开关 | 医学, 生物技术 |
| 585 | 2026-05-07 |
An in vitro approach for simulating divergent Golgi O-glycosylation of tumor-associated MUC1 from normal MUC1
2026-04-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72151-y
PMID:42020444
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研究论文 | 通过体外合成生物学方法模拟肿瘤相关MUC1与正常MUC1的差异性高尔基体O-糖基化 | 首次采用体外一锅合成生物学方法模拟癌症相关的糖基化通路差异,结合动力学和计算机反应动态模拟解析酶定位和底物特异性 | NA | 解析肿瘤相关MUC1异常糖基化的分子机制 | MUC1黏蛋白及其糖基化过程 | 合成生物学 | 肿瘤 | 体外一锅合成生物学方法,动力学模拟,计算机反应动态模拟 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 586 | 2026-05-07 |
Improving governance in the age of synthetic biology, artificial intelligence, and diverging threats
2026, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2026.1705143
PMID:42088837
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研究论文 | 探讨合成生物学和人工智能时代如何改进治理以应对生物安全威胁 | 提出了一个包含四个相互关联组件的混合治理框架,并结合专家共识制定政策建议 | 依赖于少数专家的意见,可能无法涵盖所有视角 | 在合成生物学和人工智能时代改进治理,降低生物武器开发与扩散风险 | 生物威胁优先事项及治理框架 | NA | NA | Delphi过程 | NA | 定性数据 | 13位来自不同相关领域的专家 | 合成生物学 | NA | NA | 生物安全, 治理 |
| 587 | 2026-05-06 |
L-xylulose, a new versatile rare sugar: recent biosynthetic advances and challenges
2026-Jul-01, Food research international (Ottawa, Ont.)
DOI:10.1016/j.foodres.2026.119125
PMID:42083189
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综述 | 综述了稀有糖L-木酮糖的生物合成最新进展,分析六种酶促途径并识别两条竞争性路线,同时探讨底盘细胞构建和工业发酵的核心瓶颈 | 提出AI驱动高产菌株筛选、关键酶催化优化和靶产物高效胞外转运/分泌三大突破策略,并主张合成生物学与智能制造融合是未来发展关键方向 | 未详细对比化学合成与生物合成的成本效益,且对六种酶促途径的工业化适用性缺乏定量评估 | 系统梳理L-木酮糖生物合成进展,识别核心瓶颈并展望突破策略以推动其在食品和医药工业的应用 | L-木酮糖及其生物合成途径中的酶和底盘细胞 | 合成生物学 | NA | AI导向的高通量筛选技术、关键酶催化优化技术、胞外转运工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 食品工业、制药工业、化学工业 |
| 588 | 2026-05-06 |
Plant oil body engineering: A roadmap from multiscale structures to next-generation food systems
2026-Jun-01, Food chemistry
IF:8.5Q1
DOI:10.1016/j.foodchem.2026.149010
PMID:41905230
|
综述 | 本文构建了植物油脂体的多尺度工程框架,从多尺度结构到下一代食品系统提供路线图 | 整合物理场、界面工程和合成生物学等多学科策略,建立了清晰的“分子结构-界面性质-宏观功能”关系,实现植物油脂体的可编程功能调控 | 技术转化面临规模化挑战以及技术经济和监管障碍 | 系统综述植物油脂体的多尺度工程方法,推动其从基础研究到工业应用 | 植物油脂体 | 合成生物学 | NA | 界面工程、合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 植物(种子) | NA | 食品 |
| 589 | 2026-05-06 |
Gibson Assembly of Highly Repetitive DNA
2026-May-05, Biochemistry
IF:2.9Q3
DOI:10.1021/acs.biochem.6c00002
PMID:42021475
|
研究论文 | 报道了一种基于Gibson组装的模块化质粒框架,用于可扩展和序列定义地组装高度重复DNA,并以弹性蛋白样多肽为模型验证其有效性 | 提出了一种通过Gibson消化与组装工作流实现迭代重复扩增的模块化质粒框架,能够高效构建大片段重复DNA序列,并通过全质粒测序验证序列完整性 | 仅以特定重复序列(GVGVP)为模型,未测试其他类型重复序列的适用性;表征限于NEB 5-alpha细胞,未评估在更复杂宿主中的表达效果 | 开发一种通用策略用于合成高度重复DNA序列,并编码可编程蛋白质聚合物 | 编码五肽Gly-Val-Gly-Val-Pro重复序列的弹性蛋白样多肽(ELP)质粒 | 合成生物学 | NA | Gibson组装、DNA消化与组装、全质粒测序 | NA | DNA序列数据 | 构建了最大513个GVGVP重复的质粒,并表征了257个重复的功能 | Gibson Assembly | 大肠杆菌NEB 5-alpha细胞 | 迭代重复扩增的质粒架构(通过dIII和HI消化及Gibson组装实现) | 生物技术、材料科学 |
| 590 | 2026-05-06 |
Microbial-Derived Anti-Cancer Compounds: Advances in Drug Discovery, Bioengineering, and Therapeutic Applications
2026, Anti-cancer agents in medicinal chemistry
IF:2.6Q3
|
综述 | 综述微生物来源抗癌化合物的发现、生物工程和治疗应用进展 | 整合人工智能、机器学习、分子对接与纳米技术来加速微生物代谢产物的发现和递送 | 缺乏体内验证和全面的药代动力学数据,临床转化面临挑战 | 探讨利用人工智能与合成生物学工程化微生物菌株以产生增强生物活性化合物,并利用纳米技术优化靶向递送机制 | 微生物代谢产物及其抗癌活性 | 机器学习 | 癌症 | 分子对接 | NA | 文本 | NA | 合成生物学 | 微生物 | NA | 医学 |
| 591 | 2026-05-05 |
Deep learning architectures achieve state-of-the-art (SOTA) accuracy in protein secondary structure prediction
2026-May-03, Molecular diversity
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s11030-026-11570-x
PMID:42071121
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综述 | 本文综述了深度学习架构在蛋白质二级结构预测中达到最先进精度的最新进展 | 系统总结了混合模型设计、基准数据集和评估指标的最新进展,并讨论了未来方向如跨物种验证、不确定性感知建模和异构生物数据整合 | 当前方法存在数据依赖性和数据集偏差问题 | 综述深度学习在蛋白质二级结构预测领域的进展并指出未来方向 | 蛋白质二级结构预测方法 | 深度学习 | NA | NA | CNN, RNN, Transformer, AlphaFold2 | 蛋白质序列数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 药物开发, 疾病研究 |
| 592 | 2026-05-05 |
Osmotic signaling governs sunscreen biosynthesis to safeguard desert cyanobacteria against desiccation
2026-Apr, mLife
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/mlf2.70075
PMID:42079446
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研究论文 | 揭示了渗透信号通过调控防晒霜类菌胞素样氨基酸的生物合成来保护沙漠蓝细菌免受干燥胁迫 | 首次发现类菌胞素样氨基酸在干旱条件下作为渗透保护剂的双重功能,并鉴定出Dsp1-OrrA信号通路介导渗透诱导的MAA生物合成 | 未详细探讨MAA在其他胁迫条件下的具体功能,以及该信号通路在其他生物中的保守性 | 研究类菌胞素样氨基酸在沙漠蓝细菌应对干燥胁迫中的作用及其调控机制 | 沙漠蓝细菌(一种沙漠适应性的蓝细菌) | 合成生物学, 微生物学 | 不适用 | 基因破坏、生化分析、系统发育基因组分析 | 不适用 | 基因组数据、生化实验数据 | 不适用 | 不适用 | 沙漠蓝细菌 | 不适用 | 环境生物技术, 合成生物学 |
| 593 | 2026-05-05 |
Applications of Metabolomics in the Development of Biomedicine and Biotechnology
2026, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-032-18966-0_21
PMID:42071157
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综述 | 探讨代谢组学从早期谱分析到与先进分析平台、计算生物学和精准医学整合的发展过程,并强调其在癌症、心血管疾病、糖尿病等疾病中的生物标志物发现、机制阐明和个性化治疗中的应用 | 系统阐述了代谢组学在生物医学和生物技术领域的整合应用,包括单细胞代谢组学和机器学习等新兴工具,及其在代谢流追踪和人工途径设计中的实践驱动作用 | 未明确提及具体局限性 | 概述代谢组学在生物医学和生物技术开发中的应用进展 | 代谢物和代谢途径,用于疾病机制和生物过程研究 | 生物信息学 | 癌症, 心血管疾病, 糖尿病 | 代谢组学, 单细胞代谢组学, 机器学习 | NA | 代谢物数据 | NA | NA | NA | 人工代谢途径 | 医学, 生物技术, 合成生物学 |
| 594 | 2026-05-04 |
Efficient cell factory design by combining meta-heuristic algorithm with enzyme-constrained metabolic models
2026-Aug, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.134706
PMID:42034297
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研究论文 | 提出MetaStrain框架,将酶约束代谢模型与元启发式算法结合,用于高效设计微生物细胞工厂 | 首次将元启发式算法与酶约束模型整合,通过降维预筛选和数值编码策略高效探索组合基因编辑空间,实现非直觉组合靶点的快速识别 | 未提供实验验证中脱靶效应的分析,且对大型代谢网络的计算复杂度评估不充分 | 开发一种计算框架以优化微生物细胞工厂中多基因靶点设计,提高目标产物产量 | 酿酒酵母和大肠杆菌的代谢网络模型 | NA | NA | 酶约束代谢模型 | 元启发式算法 | NA | 通过计算模拟涉及酿酒酵母的2-苯乙醇和亚精胺生物合成,实验验证使用大肠杆菌的五靶点组合菌株 | CRISPR-Cas9, 代谢工程 | 酿酒酵母, 大肠杆菌 | 组合基因编辑策略,包括敲除、过表达和酶修饰 | 工业生物技术 |
| 595 | 2026-05-04 |
The tryptophan prenyltransferase ComQ from Bacillus subtilis 168 can prenylate daptomycin at Trp1
2026-May-02, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.70578
PMID:42068243
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研究论文 | 本研究首次证明来自枯草芽孢杆菌168的色氨酸异戊二烯转移酶ComQ能够异戊二烯化环状抗菌肽达托霉素,显示出其作为合成生物学工具的潜力 | 首次发现ComQ不仅修饰线性肽,还能异戊二烯化环状肽,扩大了底物范围,为生物活性化合物的生物合成工程提供了新工具 | 未提及体内应用或工程化ComQ变体的具体效果 | 探究ComQ作为合成生物学工具异戊二烯化环状抗菌肽的可行性 | 枯草芽孢杆菌168的异戊二烯转移酶ComQ及其底物ComX和信息素和达托霉素 | 合成生物学 | NA | 克隆、蛋白纯化、AlphaFold建模 | AlphaFold | 蛋白质结构 | NA | NA | 大肠杆菌 | NA | 医学、工业生物技术 |
| 596 | 2026-05-04 |
RNA sensors and actuators for dynamic cellular regulation
2026-Apr-30, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2026.04.005
PMID:42067429
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综述 | 本文综述了用于动态细胞调控的RNA传感器和致动器的工程化进展 | 从RNA结构动力学角度强调其与蛋白质系统相比的优势,并整合了合成生物学、RNA治疗学的最新进展 | 未提及具体实验验证或量化比较与蛋白质系统的性能差异 | 推动RNA在合成细胞控制方案中的应用,提升微生物生物合成和靶向基因治疗 | RNA传感器和致动器 | 合成生物学 | NA | RNA工程 | NA | NA | NA | NA | NA | RNA传感器与致动器 | 医学, 工业生物技术 |
| 597 | 2026-05-04 |
Synthetic Biology Approaches to Enzymology in Food and Agriculture Systems
2026-Apr-29, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c16525
PMID:41962132
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综述 | 探讨合成生物学方法在食品与农业系统中酶学应用的研究进展 | 系统综述了合成生物学在酶工程领域的最新进展,重点讨论了如何将其他行业的技术改造应用于食品与农业系统 | 当前存在的局限性及监管问题,需要进一步探索合成生物学在全球食品系统中的整合方向 | 探索合成生物学在食品与农业系统中通过酶介导解决方案应对全球粮食不安全问题的应用 | 食品与农业系统中的酶及其工程化改造方法 | 合成生物学 | NA | 酶工程、生物催化、计算设计 | NA | NA | NA | NA | NA | 酶介导的代谢途径和生物催化通路 | 食品, 农业 |
| 598 | 2026-05-04 |
Decoding nucleic acid contributions to phase separation and ordering in biomolecular condensates
2026-Mar-19, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag253
PMID:41909948
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研究论文 | 研究核酸在生物分子凝聚体中调控相分离和有序化的作用 | 系统揭示了核酸长度和杂交程度对相变行为的影响,并提出生物凝聚体稳定性的评价指标,同时表征液晶有序形成的条件 | 仅关注模型系统(寡核苷酸与中度电荷无序肽的混合),未涉及天然复杂环境中的多组分相互作用 | 填补核酸在液-液相分离中作用的研究空白,指导合成含核酸凝聚体的设计 | 具有不同长度和杂交程度的寡核苷酸与中度电荷无序肽的混合体系 | 计算生物学 | NA | 分子动力学模拟 | NA | 实验数据与模拟轨迹 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 生物医学 |
| 599 | 2026-05-04 |
Programmable, target-induced fluorogenic CRISPR-tDeg platform for live-cell RNA visualization
2026-Mar-19, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag279
PMID:41909946
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研究论文 | 开发了一种名为CtDeg的模块化RNA成像平台,通过目标诱导荧光和degron介导的降解机制实现活细胞RNA的高特异性可视化 | 首次将Pepper RNA基序嵌入crRNA支架,利用degron介导的降解有效抑制背景信号,实现目标RNA识别驱动的荧光激活,显著提高信噪比 | 未提及具体的局限性 | 开发一种低背景、高特异性的活细胞RNA成像平台 | 活细胞中的RNA分子,包括paraspeckle装配动态和SARS-CoV-2基因组RNA | 合成生物学 | NA | CRISPR-dCas13, 荧光成像 | NA | 图像 | NA | CRISPR-Cas13, degron | 哺乳动物细胞 | 目标诱导荧光CRISPR-tDeg电路 | 合成生物学, RNA生物学 |
| 600 | 2026-05-03 |
The gut-tumor connection: the role of microbiota in cancer progression and treatment strategies
2026-May, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.08.038
PMID:40850681
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综述 | 探讨肠道微生物群在癌症进展和治疗策略中的作用 | 系统总结了肠道微生物群、肿瘤相关微生物群与肿瘤微环境之间的复杂相互作用,并评估其作为癌症治疗靶点的潜力 | 缺乏标准化方案、先进的测序技术和改进的动物模型,限制了微生物群-癌症相互作用研究的发展 | 探索肠道微生物群与肿瘤微环境的关系及其对个性化癌症治疗的启示 | 肠道微生物群、肿瘤相关微生物群及肿瘤微环境 | 自然语言处理 | NA | 二代测序 | NA | 综述数据 | NA | NA | NA | NA | 医学 |