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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 601 | 2026-05-03 |
Advances and opportunities for computational interrogation of plant proteins
2026-May, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70899
PMID:42055456
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综述 | 综述了计算分析方法在植物蛋白质研究中的进展与机遇 | 强调了计算工具在加速植物蛋白质功能发现方面的潜力,并整合了新兴方法与传统实验手段的优势 | 植物内研究仍受限于遗传转化方法的可用性和效率 | 推动计算与实验结合,以克服植物蛋白质研究瓶颈,促进农业、生态和气候韧性进展 | 植物蛋白质 | 机器学习 | NA | 蛋白质结构预测、动力学模拟、相互作用分析 | NA | 蛋白质序列、结构数据 | NA | NA | 植物 | NA | 农业, 生态, 气候韧性 |
| 602 | 2026-05-03 |
Harnessing synthetic circuits to illuminate microbial electron transfer: a perspective on engineered metabolism
2026-Apr-30, Journal of microbiology & biology education
IF:1.6Q2
DOI:10.1128/jmbe.00290-25
PMID:41627025
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研究论文 | 该视角文章聚焦于一项利用合成基因电路促进微生物电子传递的研究,展示了通过工程化代谢生产氧化还原活性代谢物增强胞外电子传递和发电的能力 | 创新点在于通过合成生物电路控制氧化还原介质的产生,为理解微生物电子流和生物电子设计提供新视角,并作为教育案例整合多学科知识 | NA | 探讨合成电路在微生物电子传递中的应用,并强调其在教育中促进跨学科学习的潜力 | 微生物电子传递和工程化代谢 | 合成生物学 | NA | 合成基因电路 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | 合成基因电路用于生产并释放吩嗪-1-羧酸(一种氧化还原活性代谢物) | 生物技术, 教育 |
| 603 | 2026-05-03 |
From CRISPR functional genomics to synthetic interventions: engineering antiviral strategies
2026-04-21, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00057-26
PMID:41910274
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综述 | 本文综述了从CRISPR功能基因组学到合成生物学干预的进展,旨在工程化抗病毒策略 | 将CRISPR功能基因组学筛选与合成生物学设计相结合,提出可编程干预手段(如受体诱饵、基因电路和工程化免疫细胞) | 讨论从筛选机制转化为安全有效抗病毒策略时面临的约束条件 | 连接CRISPR功能基因组学与合成抗病毒设计,总结跨病毒家族通用原则 | 病毒与宿主相互作用中的宿主依赖性因子和限制因子 | 功能基因组学, 合成生物学 | 病毒相关疾病 | CRISPR扰动筛选, 单细胞测序, 成像技术, 空间表型分析, 类器官模型 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 人类细胞 | 受体诱饵及结合分子、条件性蛋白降解系统、感染感应基因电路、可调抗病毒功能免疫细胞 | 医学 |
| 604 | 2026-05-02 |
Engineering Plant-Derived P450 Enables the Efficient Production of Berberine through a Concise and Modular Enzymatic Cascade in E. coli
2026-Apr-27, JACS Au
IF:8.5Q1
DOI:10.1021/jacsau.6c00169
PMID:42063854
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研究论文 | 通过工程化植物来源的P450酶,设计模块化酶促级联反应在大肠杆菌中高效生产小檗碱 | 优化设计了绕过多个天然步骤的简明模块化途径,并结合表达优化、结构指导设计、共识突变和机器学习综合工程化CYP719A1,获得活性提高8.9倍且热稳定性改善的变体 | NA | 解决植物膜结合细胞色素P450酶催化瓶颈,实现植物天然产物小檗碱的可持续高效生产 | 植物来源的CYP719A1酶及其工程化变体 | 合成生物学、代谢工程 | NA | 蛋白质工程、机器学习、酶级联反应 | 机器学习模型 | 序列和结构数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌 | 模块化酶促级联途径(包含P450依赖步骤) | 医药、工业生物技术 |
| 605 | 2026-05-02 |
Mass spectrometry integrates protein design into structural biology method development
2026, QRB discovery
DOI:10.1017/qrd.2025.10018
PMID:42063620
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综述 | 概述了质谱如何通过验证多种设计目标来补充蛋白质设计,并探讨了工程蛋白作为方法开发测试平台的价值 | 提出将机器学习与原生质谱整合形成反馈循环的新观点,即新设计挑战分析技术,改进的方法提供更丰富数据以指导未来预测 | 未提及具体实验数据或量化分析,缺乏对整合方法实际效能的评估 | 阐述质谱在蛋白质设计验证中的作用及其与机器学习的协同关系 | 人工设计蛋白质及其结构特征(寡聚化、折叠、配体结合、动态构象变化) | 机器学习 | NA | 质谱 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 人工原细胞开发 |
| 606 | 2026-05-02 |
PSMA-directed CAR-T cell therapy for metastatic castration-resistant prostate cancer: a next-generation engineering perspective on stem cell-derived immune effectors
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1819701
PMID:42064077
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综述 | 这篇综述回顾了针对转移性去势抵抗性前列腺癌(mCRPC)的PSMA导向CAR-T细胞疗法的临床翻译现状,并提出了一种三重协同框架来克服TME免疫抑制、抗原异质性和T细胞适应性等核心挑战 | 提出了三重协同框架系统解构实体瘤障碍,并聚焦于干细胞衍生免疫效应器(如iPSC衍生CAR-T、CAR-NK、CAR-巨噬细胞)作为新一代细胞产品范式,同时纳入基于证据的等级评估提升学术严谨性 | NA | 为PSMA-CAR-T疗法提供战略蓝图,以将其推进至mCRPC的治愈性治疗,并广泛适用于新一代干细胞衍生免疫疗法 | PSMA导向CAR-T细胞疗法及其在mCRPC中的临床应用 | 数字病理学 | 前列腺癌 | CAR-T细胞疗法 | NA | NA | NA | NA | 人 | 嵌合抗原受体 | 医学 |
| 607 | 2026-05-01 |
LinkCraft: An interactive tool for the design of flexible linkers
2026-Apr-17, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2026.169814
PMID:42001978
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研究论文 | LinkCraft是一个用于设计多结构域蛋白质中柔性连接子的交互式计算工具 | 将连接子视为可调节的分子功能决定因素,支持基于理化性质的序列生成和系综建模评估 | 未明确讨论实验验证结果或与其他设计工具的性能比较 | 为多结构域蛋白质的柔性连接子提供理性设计工具 | 多结构域蛋白质中的固有结构无序连接子 | 合成生物学 | NA | 计算建模 | 系综模型 | 蛋白质序列 | NA | NA | NA | 多结构域蛋白质连接子设计 | 合成生物学, 生物技术 |
| 608 | 2026-05-01 |
Rewiring gene circuits to dissect oscillatory signaling dynamics
2026-01-05, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.353319.125
PMID:41162152
|
研究论文 | 利用合成生物学重构DELTA-NOTCH信号通路,研究分节时钟中细胞间振荡通讯的动态机制 | 首次通过合成生物学方法重建DELTA-NOTCH通路,并结合光遗传学验证配体呈现动态对细胞通讯的关键作用 | 结果主要基于小鼠PSM类器官模型,需进一步在体内验证 | 验证DELTA-NOTCH信号在分节时钟中耦合细胞间振荡的作用 | 小鼠前体节中胚层类器官中的DELTA缺陷细胞 | 合成生物学 | NA | 合成生物学构建、光遗传学激活 | NA | NA | NA | 合成DELTA-NOTCH通路 | 小鼠 | DELTA-NOTCH信号振荡回路 | 发育生物学 |
| 609 | 2026-05-01 |
Microbial response and resistance mechanisms against diverse anthropogenic pollutants
2026, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2026.1775529
PMID:42057789
|
综述 | 本文综述了微生物对人类活动产生的多种污染物的响应和抗性机制 | 整合微生物天然抗性、实验室适应性进化及组学技术,揭示污染物特异性与生物特异性适应策略 | 群落水平多组学研究不足、真菌相关数据相对有限以及混合培养研究面临的挑战 | 增强对微生物响应与抵抗人为污染物机制的理解 | 细菌、微藻、真菌等微生物 | 机器学习 | NA | 基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学 | NA | NA | NA | NA | 细菌、微藻、真菌 | NA | 环境, 生物修复, 生物监测, 合成生物学 |
| 610 | 2026-05-01 |
Biosecurity in the age of synthetic nucleic acids: modernizing the law to manage emerging threats
2026 Jan-Jun, Journal of law and the biosciences
IF:2.5Q1
DOI:10.1093/jlb/lsag005
PMID:42058498
|
综述 | 本文分析了合成核酸技术带来的生物安全挑战,并建议更新国际法以加强监管 | 提出结合具有约束力的国际义务与协调技术标准的跨国新治理方法来管理合成核酸风险 | 未提供实证研究或定量评估,主要基于法律和政策分析 | 评估当前生物安全框架对合成核酸的适用性并提出法律改革建议 | 合成核酸技术及相关的国际法律和监管框架 | NA | NA | 合成核酸技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生物安全、法律 |
| 611 | 2026-04-30 |
A Combinatorial Strategy of Semirational Screening and Rational Design for Engineering an α-1,2-Fucosyltransferase toward Efficient 2'-Fucosyllactose Biosynthesis
2026-Apr-29, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.6c00566
PMID:41983305
|
研究论文 | 通过半理性筛选和理性设计组合策略工程化α-1,2-岩藻糖基转移酶,实现高效无副产物的2'-岩藻糖基乳糖生物合成 | 结合理性计算设计(结构、进化和稳定性预测)与半理性筛选(基于L-岩藻糖响应生物传感器),首次获得五重突变体M5,实现了124.25 g/L的2'-FL产量且无副产物DFL | 未明确讨论该策略对其他岩藻糖基转移酶或不同底物的普适性,也未评估长期工业生产的稳定性 | 开发无副产物的高效2'-FL微生物合成平台 | α-1,2-岩藻糖基转移酶BKHT及其突变体 | 合成生物学 | NA | 定点饱和突变、理性计算设计、生物传感器筛选 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | L-岩藻糖响应生物传感器(FcsR-P) | 工业生物技术、食品 |
| 612 | 2026-04-30 |
Biological Detoxification of Gossypol: Enzymatic Mechanisms, System Engineering, and Prospects for Green Valorization
2026-Apr-29, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c17645
PMID:41989489
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综述 | 本文综述了棉酚的生物解毒机制,包括酶学原理、系统工程策略以及绿色高值化利用的前景 | 将棉酚活性酶分为四个功能模块(官能团修饰、芳环裂解、增溶缀合和自由基介导环化),并提出产物解析验证方法以明确定义解毒终点 | 现有解毒方法主要依据总棉酚减少而非产物解析证据,缺乏解毒转化的明确验证 | 系统阐述棉酚的生物解毒机制,并提出绿色高值化利用的策略 | 棉酚及其解毒酶与微生物系统 | NA | NA | 酶工程, 多酶级联, 人工智能辅助酶/通路挖掘, 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | 解毒代谢通路(包括棉酚活性酶的功能模块) | 农业, 食品, 工业生物技术 |
| 613 | 2026-04-30 |
Co-Immobilization of SpyTag-Cyclized Enzymes on a γPFD-SpyCatcher Hydrogel to Address Broad Specificity
2026-Apr-21, Gels (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/gels12040348
PMID:42042186
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研究论文 | 开发了一种基于自组装γPFD-SpyCatcher水凝胶的可编程蛋白质支架,用于体内共固定SpyTag环化级联酶,以解决酶广底物特异性导致的副反应和产量降低问题 | 通过SpyTag环化酶与γPFD-SpyCatcher水凝胶的共固定策略,实现级联酶的空间有序组织,显著提高产物产量 | 未明确提及,但可能包括体内支架稳定性或适用酶类型的限制 | 解决工程代谢途径中酶广底物特异性导致的副反应和产量降低问题 | SpyTag环化酶和γPFD-SpyCatcher水凝胶空间组织方法 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | SpyTag/SpyCatcher系统 | 工程微生物(未具体说明,可能是大肠杆菌或酵母) | 基于γPFD-SpyCatcher水凝胶的级联酶共固定支架 | 合成生物学, 工业生物技术 |
| 614 | 2026-04-30 |
Metabolic Engineering of Rhodotorula toruloides for Biosynthesis of Retinal
2026-Apr-02, Journal of fungi (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/jof12040258
PMID:42042353
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研究论文 | 通过代谢工程改造圆红冬孢酵母NP11以生产视黄醛 | 首次在圆红冬孢酵母中引入并优化多种来源的β-胡萝卜素15,15'-双加氧酶基因,并结合多基因过表达和发酵条件优化,实现了视黄醛的高效生物合成 | 未进行详细的代谢流分析或基因调控网络优化,产量仍有提升空间 | 实现视黄醛的微生物合成,为萜类化合物的生物制造提供细胞工厂 | 圆红冬孢酵母NP11 | 合成生物学 | NA | 代谢工程, 发酵优化 | NA | 浓度数据 | 工程菌株Rt13及多种基因改造菌株 | NA | 圆红冬孢酵母 | 视黄醛合成途径:包含β-胡萝卜素15,15'-双加氧酶基因以及IDI1、BTS1、CARRP、CARB过表达 | 医药, 食品, 化妆品 |
| 615 | 2026-04-30 |
Functional Diversity of Probiotic Effector Molecules: Insights into Their Role in Improving Gut Health
2026-Apr, Annual review of food science and technology
IF:10.6Q1
|
综述 | 本文综述了益生菌效应分子的功能多样性及其在改善肠道健康中的作用 | 系统总结了益生菌效应分子的主要类别和作用机制,并提出了高通量鉴定和合成生物学等新兴方法在解锁其治疗潜力方面的应用 | 益生菌效应分子的高通量鉴定和体内验证及有效剂量确定仍面临挑战 | 阐明益生菌效应分子的多样性及其功能,以促进靶向益生菌疗法和功能性食品的设计 | 益生菌效应分子,包括细菌多糖聚合物、表面蛋白、分泌肽和酶、细胞外囊泡及小分子代谢物 | 肠道微生物组与益生菌研究 | 肠道健康相关疾病 | 比较基因组学、合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 益生菌 | NA | 医学、食品 |
| 616 | 2026-04-30 |
Synthetic Biology Approaches in Reducing Mycotoxin Contamination and Enhancing Food System Sustainability
2026-Apr, Annual review of food science and technology
IF:10.6Q1
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综述 | 综述合成生物学在减少真菌毒素污染和增强食品系统可持续性方面的应用 | 整合人工智能与多组学技术开发识别元件、抗菌剂和降解酶,并强调CRISPR多重编辑和微生物细胞工厂等新兴技术 | NA | 探讨合成生物学在真菌毒素控制和食品副产物可持续利用中的解决方案 | 产毒真菌、真菌毒素、食品及加工副产物 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物细胞 | 微生物细胞工厂、生物传感器 | 农业, 食品, 环境 |
| 617 | 2026-04-30 |
Radiation-Responsive Promoters: Molecular Mechanisms, Screening Strategies, and Translational Applications as Radiation Biomarkers
2026-Mar-26, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb48040348
PMID:42042008
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综述 | 系统分析了辐射响应启动子的分子机制、筛选策略及其作为辐射生物标志物的转化应用 | 首次将辐射响应启动子分为五大类并系统比较其调控逻辑、剂量响应特征及临床部署证据,提出了区分生物标志物导向与工具导向的报告基因系统的双轨框架 | 缺乏临床级验证、标准化剂量响应曲线缺失、可重复性不足 | 系统梳理辐射响应启动子的分子机制与筛选策略,评估其在辐射生物标志物开发中的转化潜力 | 辐射响应启动子 | 数字病理学 | NA | 功能基因组学与转录组学、表观遗传修饰分析、合成生物学启动子工程 | NA | 文本 | NA | 合成生物学启动子工程 | NA | 辐射响应启动子回路 | 医学 |
| 618 | 2026-04-30 |
Minor groove tetrads: a potent and versatile capping interaction for i-motif structures
2026-Feb, Biophysical reviews
IF:4.9Q1
DOI:10.1007/s12551-026-01406-1
PMID:41909615
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review | 综述了小沟四联体(MGTs)作为i-motif结构封盖相互作用的强效多功能机制 | 揭示了MGT能稳定i-motif结构,使其在中性pH下折叠,并仅用两个C:C⁺对形成紧凑构型,同时可逆pH响应且不扭曲B-DNA几何结构 | 尚未提供体内应用的长期稳定性数据或在复杂生物环境中的直接验证 | 探索小沟四联体在i-motif工程中的稳定机制及其在纳米技术和合成生物学中的应用潜力 | 小沟四联体与i-motif DNA结构的相互作用 | 合成生物学 | NA | 荧光光谱、化学修饰(2'-氟取代、荧光胞苷类似物) | NA | NA | NA | NA | NA | i-motif纳米结构(含MGT封盖) | 生物传感, 纳米技术, 合成生物学 |
| 619 | 2026-04-30 |
AI-Driven De Novo Binder Design: From Structure Prediction to Closed-Loop Optimization
2026, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.34133/csbj.0070
PMID:42052042
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综述 | 总结了人工智能驱动从头设计蛋白结合物的标准化技术栈,涵盖从结构预测到闭环优化的实用工作流程 | 系统整合了结构预测、蛋白质语言模型和扩散生成建模等前沿技术,提出了从计算设计到实验反馈的完整闭环优化框架 | 面临诱导契合、负设计和数据集偏差等关键挑战,端到端复合物生成尚未实现 | 综述人工智能驱动的从头蛋白结合物设计方法,建立标准化技术栈 | 蛋白结合物(包括抗体和非抗体支架,如单抗体和设计的锚蛋白重复蛋白) | 机器学习 | NA | 结构预测、蛋白质语言模型、扩散生成建模 | 扩散模型、蛋白质语言模型 | 蛋白质序列、蛋白质结构数据 | NA | NA | NA | NA | 医学、合成生物学 |
| 620 | 2026-04-30 |
Artificial intelligence and synthetic biology in traditional Chinese medicine: revolutionizing public health applications
2026, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2026.1789960
PMID:42052276
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综述 | 探讨人工智能与合成生物学在中医药现代化中的应用,以推动公共卫生领域的革新 | 首次系统综述人工智能与合成生物学的协同作用,提出将中医药从经验实践转化为标准化、循证公共卫生干预的路径 | 综述性质缺乏实验验证,未来需增强AI可解释性、扩展生物数据库及优化跨学科协作 | 分析人工智能与合成生物学如何解决中医药面临的资源不可持续、多靶点机制模糊及标准化不足等挑战 | 中医药的活性化合物、临床诊疗体系及公共卫生应用 | 机器学习 | COVID-19 | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 制药 |