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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 761 | 2026-08-01 |
Development, optimization, and application of an episomal plasmid system for Rhodotorula toruloides
2026-Sep, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2026.102489
PMID:42288134
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研究论文 | 本文首次为红冬孢酵母(Rhodotorula toruloides)开发了功能性附加体质粒系统,并优化了转化效率,实现了多基因途径表达和CRISPR基因组编辑。 | 首次构建了R. toruloides的附加体质粒系统,通过筛选多种来源的自主复制序列(ARS)鉴定出功能元件C63F4,并开发了Cre-loxP介导的体内再环化策略以提高转化效率,同时建立了简化的CRISPR无缝基因组编辑工具。 | 文中未提及明确的局限性,但可能包括质粒稳定性和拷贝数仍有提升空间,以及系统对其他菌株的适用性未知。 | 开发并优化红冬孢酵母的附加体质粒系统,以加速代谢工程、合成生物学和基础研究。 | 红冬孢酵母(Rhodotorula toruloides)菌株CBS14及其工程改造。 | 合成生物学 | NA | NGS(用于筛选ARS)、CRISPR-Cas9 | NA | 基因序列、质粒稳定性数据、基因表达数据 | 筛选了多种来源的候选ARS,具体样本数未提及 | CRISPR-Cas9、Cre-loxP系统 | 红冬孢酵母(Rhodotorula toruloides) | 附加体质粒系统pC63F4,包含自主复制序列(ARS)C63F4、GFP报告基因、多基因代谢途径(用于三乙酸内酯、脂肪醇和柠檬烯生产)、以及基于CRISPR的基因组编辑工具 | 工业生物技术、代谢工程 |
| 762 | 2026-08-01 |
A plug-and-play cytochrome P450 system enables de novo biosynthesis of 2-phenylethanol derivatives
2026-Sep, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2026.102493
PMID:42314827
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研究论文 | 开发了一种基于细胞色素P450的即插即用系统,通过定向进化和代谢工程,在解脂耶氏酵母中实现了2-苯乙醇衍生物的从头生物合成 | 通过结构引导的酶工程实现了P450BM3的区域发散性羟基化,具有高区域选择性和对映选择性;在5升生物反应器中实现了最高产量;意外发现糖基转移酶的混杂活性,促进了红景天苷和2-苯乙基-β-D-吡喃葡萄糖苷的创纪录生产 | 摘要中未提及明确的局限性 | 开发可扩展和适应性强的即插即用氧化生物催化系统,用于可持续生产高价值芳香族化合物 | 2-苯乙醇衍生物,包括(R)-1-苯基乙二醇、酪醇、红景天苷和2-苯乙基-β-D-吡喃葡萄糖苷 | 合成生物学 | NA | 定向酶进化、结构引导的蛋白质工程、代谢工程 | NA | 文本、实验数据 | 不适用 | CRISPR-Cas9 | 解脂耶氏酵母 | 细胞色素P450驱动的羟基化途径 | 工业生物技术 |
| 763 | 2026-08-01 |
Evolution-guided high yield production of potent Gαq/11-signalling inhibitors FR900359 and YM-254890
2026-Sep, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2026.102497
PMID:42373013
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研究论文 | 本文通过进化引导的合成生物学策略,开发了稳健的异源微生物系统,用于高产生产Gαq/11信号抑制剂FR900359和YM-254890 | 首次采用进化引导策略,利用未培养微生物来源和链霉菌强启动子,实现了FR900359和YM-254890在异源宿主中的高产生产,并开发了双拷贝BGC宿主以进一步提高产量 | 未明确提及,但可能涉及异源宿主的生产稳定性或BGC组装复杂性 | 开发高产、成本效益高的微生物生产系统,用于生产Gαq/11信号抑制剂FR900359和YM-254890,以促进其生物技术应用和药物开发 | FR900359和YM-254890的生物合成基因簇,以及异源宿主Burkholderia gladioli Δgbn::attB和Δgbn::2attB | 合成生物学 | Gα突变肿瘤 | 异源表达、基因簇组装、启动子工程 | NA | 序列数据、产量数据 | 多个BGC构建体和两种异源宿主菌株 | CRISPR-Cas9 | Burkholderia gladioli | 生物合成基因簇的异源表达和双重拷贝 | 医学、工业生物技术 |
| 764 | 2026-08-01 |
Genetic code expansion: Bridging synthetic biology precision and cellular complexity to decipher molecular mechanisms of diseases
2026-Aug, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2026.102690
PMID:42085977
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综述 | 本文综述了遗传密码扩展技术在疾病生物学研究中的最新进展,重点介绍其如何通过定点引入非天然氨基酸来解析动态蛋白互作、翻译后修饰和信号事件,并讨论该技术面临的挑战及未来发展方向 | 强调遗传密码扩展技术作为合成生物学平台,在生理相关环境中以高时空精度剖析疾病分子机制的独特优势,并展望新兴方法学 | 遗传密码扩展技术在更广泛应用中仍面临关键挑战,如效率、特异性和体内适用性等限制 | 探讨遗传密码扩展技术在疾病机制研究中的应用潜力和局限,提出其作为转化性合成生物学平台的愿景 | 疾病相关的分子通路、蛋白质相互作用、翻译后修饰和信号事件 | 合成生物学 | 多种疾病(未具体指明) | 遗传密码扩展 | NA | NA | NA | 非天然氨基酸定点掺入 | 活体系统(如细胞) | 遗传密码扩展系统 | 医学 |
| 765 | 2026-08-01 |
Discovery and engineering of polymerases and ligases for the synthesis of modified nucleic acids
2026-Aug, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2026.102697
PMID:42143538
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综述 | 本文综述了利用工程化聚合酶和连接酶合成含非天然构建块的寡核苷酸的最新进展,并提供了一个简化生物催化剂家族脚手架发现的网络应用。 | 重点关注计算工具加速核酸修饰酶的发现与工程化,并提供了一个公开的网络应用以辅助生物催化剂家族探索。 | 未提及明确局限性。 | 综述酶促寡核苷酸合成中工程化聚合酶和连接酶的最新方法,并推动该领域的工具化应用。 | 寡核苷酸、聚合酶、连接酶、非天然构建块 | 合成生物学 | NA | 酶促合成 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医疗、诊断、合成生物学 |
| 766 | 2026-08-01 |
Synthetic DNA circuits for programming cell functions
2026-Aug, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2026.102701
PMID:42214130
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综述 | 本文综述了合成DNA电路在细胞功能编程中的最新进展,重点介绍了DNA逻辑网络与细胞环境的整合,以实现对细胞功能的逻辑门控控制。 | 强调从体外演示向体内功能实施的范式转变,并探讨了将DNA电路与内源通路接口的策略。 | 未明确提及具体局限性。 | 探讨利用合成DNA电路编程细胞功能的方法,以推动精准治疗和自主生物制造的发展。 | 合成DNA电路及其在细胞环境中的集成。 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 链置换、逻辑门、放大器、神经形态架构 | 医学、工业生物技术 |
| 767 | 2026-08-01 |
Exploring halophilic microorganisms for novel antimicrobial discovery: molecular mechanisms and computational approaches
2026-Jul-31, Folia microbiologica
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12223-026-01568-1
PMID:42533221
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综述 | 本文综述了嗜盐微生物作为新型抗菌物质来源的潜力,涵盖其生态适应性、抗菌机制及组学和计算学发现方法 | 将生态适应性、非经典抗菌机制和现代组学及计算学发现流程整合为统一的抗菌物质发现框架 | 大多数已报道的化合物仍停留在体外阶段,体内验证进展有限 | 探索嗜盐微生物作为新型抗菌物质来源,以应对抗生素耐药性危机 | 嗜盐微生物及其产生的生物活性代谢物 | 微生物学 | 多重耐药菌感染 | 多组学、计算学发现流程 | NA | 文本 | NA | 合成生物学、代谢工程 | 嗜盐微生物 | 沉默生物合成通路激活 | 医学、工业生物技术 |
| 768 | 2026-08-01 |
Small Regulatory RNAs in Prokaryotes: Key Features, Identification, Environmental Roles, and Applications
2026-Jul-16, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms14071561
PMID:42514066
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综述 | 该综述整合了海洋和环境原核生物中小调控RNA的计算预测、宏组学发现和合成生物学应用,提供了从识别到功能和工程应用的多层次视角 | 区别于以往侧重模式生物的综述,本文聚焦海洋和环境原核生物,整合了计算预测、宏组学发现和合成生物学应用,并批判性评估了sRNA识别工具,强调了减少假阳性预测的策略 | 未明确说明 | 全面综述原核生物sRNA生物学,强调其在环境适应和生物技术应用中的关键作用,并为菌株工程提供资源 | 海洋和环境原核生物中的小调控RNA(sRNA) | 生物信息学 | NA | 计算预测、宏基因组学、宏转录组学 | NA | 基因组序列、转录组数据 | 未明确说明 | 合成RNA工程 | 未明确说明 | 合成sRNA调控元件 | 工业生物技术、环境科学 |
| 769 | 2026-08-01 |
Global Research Trends on Polyhydroxyalkanoate-Producing Microorganisms: A Bibliometric and Scientometric Analysis of Sustainable Bioplastic Biotechnology
2026-Jul-15, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms14071550
PMID:42514055
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研究论文 | 通过文献计量和科学计量方法,分析2014至2025年间全球关于聚羟基脂肪酸酯产生微生物及其在生物基包装中应用的研究趋势。 | 采用Scopus数据库结合Bibliometrix和VOSviewer工具,揭示研究主题从基础生理和分类学向代谢工程、合成生物学及量子建模等新兴方向的转变,并识别关键的技术空白。 | 研究存在下游加工挑战、混合微生物群落管理困难以及资金不足等限制,影响PHAs的商业可扩展性和可持续性。 | 评估全球PHA产生微生物研究的产出、合作网络及主题演变,并指出未来研究重点以克服经济和技术的瓶颈。 | 关于聚羟基脂肪酸酯产生微生物的研究文献及其在生物基包装中的应用。 | 机器学习 | 不适用 | 文献计量分析 | 不适用 | 文献数据 | 2014-2025年间发表的学术论文 | CRISPR-Cas9 | 不适用 | 不适用 | 环境, 材料 |
| 770 | 2026-08-01 |
The Genetic Transformation Mechanism and Application of Plant Hairy Roots
2026-Jul-13, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants15142160
PMID:42514528
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研究论文 | 本文综述了植物毛状根遗传转化的分子机制、递送系统开发、诱导与再生平台构建及其在遗传育种和次生代谢物提取中的应用 | 强调毛状根系统相比传统农杆菌介导方法在单步产生转基因纯合子和广泛适应性方面的优势,并系统梳理其分子机制与平台构建 | 未明确提及具体限制 | 总结毛状根遗传转化机制及其在植物育种和合成生物学中的应用,以加速基因编辑和快速驯化等前沿技术的发展 | 植物毛状根 | 植物生物技术 | NA | 农杆菌介导转化 | NA | NA | NA | NA | 植物 | 毛状根诱导与再生系统 | 农业, 工业生物技术 |
| 771 | 2026-08-01 |
The disorazole family of potent anticancer agents: structures, bioactivity, total synthesis, and heterologous biosynthesis
2026-Jul-10, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2026.07.028
PMID:42431458
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综述 | 本文对disorazole家族进行了全面系统的分析,涵盖其结构、生物活性、全合成方法以及异源生物合成途径 | 该综述提出了disorazole研究的范式转变,即从传统的全化学合成转向利用可编程的生物合成工程,并整合了异源表达、Red/ET重组工程和模块化聚酮合酶工程等关键技术 | 未明确提及局限性 | 旨在弥合复杂化学合成与现代生物合成工程之间的差距,提供对disorazole家族的全面系统分析,并展望未来整合生物合成可扩展性与化学合成精确性的临床转化策略 | disorazole家族天然产物及其相关生物合成途径 | 合成生物学 | 癌症 | 异源表达、Red/ET重组工程、聚酮合酶工程、全合成 | NA | 文本 | NA | Red/ET重组工程 | 粘细菌(Sorangium cellulosum) | NA | 医学 |
| 772 | 2026-07-31 |
Fast, Streamlined In Situ Genotyping of Bacterial Strains for Single-Cell and Subcellular Dynamics Profiling
2026-Jul-27, Chemical & biomedical imaging
DOI:10.1021/cbmi.5c00220
PMID:42529381
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研究论文 | 开发了一种快速、精简的原位基因分型方法,用于细菌菌株的单细胞和亚细胞动力学分析 | 通过表面修饰策略抑制微流控芯片中荧光探针的非特异性聚集,并结合条形码化拷贝数可调质粒,解耦活细胞成像与事后基因分型的冲突,实现了高通量、低扰动的细菌动态表型筛选 | 未明确提及,但从上下文推断可能涉及方法对特定细菌菌株的普适性或长期成像的稳定性挑战 | 克服现有技术在时间分辨率、单细胞信息与实验通量之间的权衡,实现大规模单细胞和亚细胞动力学表型筛选 | 细菌菌株(文库)中的单细胞动态表型及其对应基因型 | 机器学习和合成生物学 | NA | 活细胞延时成像、序贯荧光原位杂交、微流控芯片、基因分型 | NA | 显微图像 | NA | NA | 细菌 | 条形码化拷贝数可调质粒(用于基因分型标签) | 基础生物学, 合成生物学 |
| 773 | 2026-07-31 |
[Evaluation of the skin barrier repair function and anti-inflammatory activity of recombinant mussel mucin Mfp151]
2026-Jul-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.250750
PMID:42522623
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研究论文 | 利用合成生物学技术高效生产重组贻贝粘蛋白Mfp151,并评估其抗炎和皮肤屏障修复功能 | 首次通过合成生物学方法高效获取重组贻贝粘蛋白Mfp151,并系统验证其在体外和体内的抗炎、抗氧化及皮肤修复活性 | 未提及重组蛋白的长期安全性评估及大规模生产工艺优化 | 评估重组贻贝粘蛋白Mfp151的皮肤屏障修复功能和抗炎活性 | 重组贻贝粘蛋白Mfp151 | 合成生物学 | 皮肤老化、炎症 | 合成生物学、CCK-8检测、qPCR、跨膜电阻测量、划痕实验、ELISA、自由基清除实验 | NA | 实验数据 | 体外模型:人永生化角质形成细胞(HaCaT)、人包皮成纤维细胞(HFF-1)、人单核细胞白血病细胞(THP-1);体内模型:斑马鱼晒伤模型 | NA | NA | NA | 医学、化妆品 |
| 774 | 2026-07-31 |
Microbial remediation of recalcitrant pollutants in soil and geo-environmental engineering systems
2026, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2026.1904267
PMID:42529377
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综述 | 综述微生物修复土壤中难降解污染物的过程及其在地环境工程系统中的应用 | 综合讨论了难降解污染物类型、土壤微生物群落及关键微生物过程,并批判性地评估了地环境工程应用,如生物刺激、生物强化、根际修复、真菌修复、微生物诱导碳酸盐沉淀和渗透反应性生物屏障,同时指出了合成生物学、工程微生物菌群、纳米生物修复和人工智能等新兴创新 | 未明确提及综述的具体局限性 | 总结微生物修复难降解污染物的原理、过程及地环境工程应用,并展望未来研究方向 | 土壤中难降解污染物(如多环芳烃、石油烃、氯化化合物、农药、药物、全氟和多氟烷基物质及重金属)及微生物群落 | 机器学习和数字病理 | NA | 微生物降解、生物吸附、生物累积、生物转化、生物矿化、共代谢、生物膜介导过程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 细菌、真菌、放线菌、微生物菌群 | 生物修复途径(如降解、转化、固定化、解毒) | 环境 |
| 775 | 2026-07-30 |
Learning from nature's plant engineers: Hijacking metabolism and development beyond genetics
2026-Aug, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2026.102905
PMID:42250525
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综述 | 本文探讨了除基因工程外,利用自然界中细菌、真菌和昆虫等生物劫持植物代谢和发育的机制,为合成生物学提供新思路 | 提出超越传统基因工程视角,从物种间相互作用中学习植物代谢重编程的新策略 | NA | 研究自然界生物劫持植物代谢的机制,扩展合成生物学的概念边界 | 植物代谢网络及其与细菌、真菌、昆虫的相互作用 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 植物 | NA | 农业, 工业生物技术, 材料 |
| 776 | 2026-07-30 |
Living sensors: Engineering plants to sense and report on their environments
2026-Aug, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2026.102923
PMID:42391913
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综述 | 综述了利用合成生物学改造植物作为活体传感器,以感知和报告环境胁迫的研究进展 | 总结了三类主要策略:利用天然启动子系统、工程化蛋白基生物传感器以及构建植物-微生物跨界信号网络,并结合光学报告系统实现远程检测 | 未明确讨论现有传感器植物在田间部署中的稳定性、可扩展性及环境安全评估等具体限制 | 设计可部署于田间的工程植物传感器,用于实时环境监测和土地管理 | 工程改造的传感器植物(包括植感器或哨兵植物) | 合成生物学 | NA | 合成生物学, 基因工程 | NA | 光学信号(荧光、生物发光、色素信号等) | NA | NA | 植物 | 感知-响应模块(包括天然启动子系统、蛋白基生物传感器、植物-微生物跨界信号网络) | 环境监测, 农业 |
| 777 | 2026-07-30 |
Silkworm synthetic biology: Toolkit development, chassis engineering, and biomanufacturing applications
2026-Jul-29, Insect science
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/1744-7917.70331
PMID:42522963
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综述 | 本文综述了家蚕合成生物学在底盘特征、工程工具包、代表性应用和未来前景方面的最新进展 | 系统总结了家蚕作为昆虫合成生物学底盘的潜力,涵盖了从工具开发到生物制造应用的完整流程,并提出了利用泛基因组学、多组学和人工智能辅助设计的未来方向 | 跨品系适应性有限、调控元件标准化不完整、整合与表达行为不确定性以及生物安全问题 | 介绍家蚕合成生物学的进展并讨论其在基础研究和生物技术中的应用前景 | 家蚕(Bombyx mori)及其丝腺 | 合成生物学 | NA | 稳定转基因、定点整合、可编程基因组编辑、时空基因调控、重组酶系统、基因沉默、启动子和增强子捕获 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, 重组酶系统 | 家蚕(Bombyx mori) | 组织特异性表达系统、诱导表达系统、重组酶系统、基因沉默系统 | 医学、农业、工业生物技术 |
| 778 | 2026-07-30 |
Converting Food Waste into Value-Added Products: A Review on Current Technologies, Challenges, and Future Perspectives
2026-Jul-22, Foods (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/foods15142577
PMID:42511323
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review | 综述了将食物废弃物转化为增值产品的当前技术、挑战与未来展望 | 综合评述了绿色提取技术、生物化学、热化学、酶和微生物方法,并探讨了生物精炼、人工智能、数字生物精炼、合成生物学和碳中和生产系统等新兴进展 | 原料异质性、工艺可扩展性、监管框架、经济可行性和可持续性评估等关键挑战 | 批判性分析食物废弃物转化为增值产品的策略,支持向弹性循环生物经济系统转型 | 主要农业食品副产品,如果渣、蔬菜残渣、油籽粕、乳制品副产品和农业工业废物 | machine learning | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | food, environment, industrial biotechnology |
| 779 | 2026-07-30 |
Microbial Lignin Valorization to Protocatechuic Acid and Catechol: Biofunneling Pathways and Metabolic Engineering Strategies
2026-Jul-03, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom16070979
PMID:42509773
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综述 | 综述微生物木质素转化为原儿茶酸和儿茶酚的途径及代谢工程策略 | 系统总结微生物将木质素衍生物转化为原儿茶酸和儿茶酚的生物漏斗途径,并强调原儿茶酸脱羧酶作为关键酶桥的作用 | 许多微生物生产策略仅使用纯化的木质素衍生模型化合物,而非真实木质素原料,且面临木质素顽固性、解聚产物异质性、中间体毒性和酶效率有限等挑战 | 推动木质素生物转化为原儿茶酸和儿茶酚,以发展可持续的生物精炼和循环生物经济 | 微生物将木质素衍生芳香化合物转化为原儿茶酸和儿茶酚的途径及工程策略 | 合成生物学 | NA | 木质素解聚技术(热化学和生物方法)、代谢工程(基因删除、通路重连、转运蛋白工程、CRISPR调控) | NA | NA | NA | CRISPR | 微生物(未特指) | 生物漏斗途径(如O-去甲基化、羟基化、脱羧酶转化) | 工业生物技术、环境 |
| 780 | 2026-07-30 |
Engineering an Optogenetic pH-Modulator in Bacteria
2026-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202524319
PMID:42095488
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研究论文 | 在细菌中工程化光遗传pH调节系统,实现胞外pH的可逆调控 | 首次将光遗传学与基因工程结合,在微生物中构建可动态调控胞外pH的合成系统,并实现长达14天的持续循环 | 系统对培养基成分、补料速率和光照模式等环境因素高度依赖,离实际应用仍有差距 | 构建无需人工干预即可在高低pH状态间切换的微生物系统 | 改造的细菌细胞 | 合成生物学 | NA | 光遗传学 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 光诱导启动子控制重组脲酶表达,结合降解标签和环境优化 | 工业生物技术 |