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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1321 | 2026-05-25 |
Amalgamation of Biofilms and Synthetic Biology: A Paradigm Shift in Biotechnology
2026-Feb-17, Medical principles and practice : international journal of the Kuwait University, Health Science Centre
IF:2.9Q1
DOI:10.1159/000550994
PMID:41701651
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综述 | 本文综述了生物膜工程与合成生物学交叉领域的最新进展,重点介绍了调控生物膜行为以用于生物技术应用和解决相关挑战的策略 | 整合了噬菌体疗法、电遗传系统、微生物联合体设计、群体感应调控、遗传电路、胞外聚合物修饰和抗菌肽涂层表面等多种策略,实现了对生物膜结构、组成和代谢输出的精确调控 | 存在生物安全性、异质性、可扩展性和监管合规性等挑战 | 探讨合成生物学工具在生物膜工程中的应用,以优化生物膜在废水处理、生物修复、生物能源和诊断等领域的性能,并控制致病性生物膜 | 生物膜及其工程化系统 | 机器学习 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 遗传电路 | 环境, 能源, 医学 |
| 1322 | 2026-05-25 |
Predicting lasso peptide structure with LassoPred
2026, Methods in enzymology
DOI:10.1016/bs.mie.2026.01.037
PMID:42177065
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研究论文 | 提出LassoPred,一个基于机器学习的模块化计算流程,用于从序列预测套索肽的三维结构 | LassoPred通过整合ESM2嵌入训练的支持向量机分类器注释关键拓扑特征(异肽环和塞子残基),并采用拓扑感知的结构构建器组装和优化原子模型,实现了近实验精度,同时将预测时间缩短至分钟级,并将已知套索肽结构覆盖率从不足50个扩展至超过4000个基因组挖掘模型 | 输入标题与摘要中未明确提及局限性 | 从序列准确预测套索肽的三维结构,桥接序列发现与结构洞察的差距 | 套索肽(LaPs) | 机器学习 | NA | 机器学习、同源建模、能量最小化 | 支持向量机 | 序列数据 | 超过4000个基因组挖掘模型 | NA | NA | NA | 酶学、结构生物学、合成生物学、治疗学设计 |
| 1323 | 2026-05-24 |
Unveiling the adaptive structure-function synergy in thermophilic translation initiation factor 1: A molecular dynamics framework
2026-Aug, Biophysical chemistry
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.bpc.2026.107644
PMID:42085878
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研究论文 | 通过分子动力学模拟揭示嗜热翻译起始因子1的结构-功能协同适应性机制 | 首次通过全原子分子动力学模拟系统比较嗜热与中温翻译起始因子1的动态特性,揭示嗜热因子通过扩展氢键和盐桥网络增强结构刚性的分子机制 | 仅基于计算机模拟,缺乏体外实验验证;仅研究了单一嗜热菌株的IF1蛋白 | 阐明嗜热细菌翻译起始因子1的热稳定性分子机制,为工程化耐热蛋白建立框架 | 嗜热菌Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum的IF1蛋白(TT_IF1)与中温菌Flavobacterium kingsejongi的IF1蛋白(FK_IF1) | 分子生物学 | 不适用 | 分子动力学模拟,主成分分析 | 不适用 | 模拟轨迹数据 | 每种IF1蛋白3次独立模拟,每次1000纳秒 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 合成生物学,工业生物技术 |
| 1324 | 2026-05-23 |
Coarse-grained modeling of hydrodynamic behavior in DNA synthesis monomers
2026-May-28, The Journal of chemical physics
IF:3.1Q1
DOI:10.1063/5.0325256
PMID:42170875
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研究论文 | 提出了一种用于DNA合成单体粗粒化建模的方法,并研究了其流体动力学行为 | 首次提出DMT保护核苷酸单体的四珠粗粒化模型,并通过玻尔兹曼反演验证,计算效率提升20倍以上 | 未涉及实验验证或实际合成场景中的多因素影响 | 理解DNA合成中单体的微观动力学,优化合成参数 | DMT保护的核苷酸单体(腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鸟嘌呤) | 机器学习 | NA | 粗粒化建模、随机欧拉-拉格朗日方法 | 粗粒化模型 | 模拟数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学,DNA数据存储 |
| 1325 | 2026-05-23 |
Selective on-chip DNA synthesis using electric field-assisted PCR
2026-May-20, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d5lc01200g
PMID:42015792
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研究论文 | 本研究提出了一种基于微电极阵列的电辅助聚合酶链反应(E-PCR)系统,用于选择性片上DNA合成 | 利用电场操控实现DNA选择性固定和酶介导的单链DNA合成,达到微尺度空间控制,并优化电场模式解决电化学稳定性和DNA完整性挑战 | NA | 开发一种稳健的选择性片上DNA合成平台,用于高通量酶促合成 | DNA合成过程中的电场操控和酶反应 | 合成生物学 | NA | E-PCR(电辅助聚合酶链反应) | NA | 核酸序列 | NA | NA | NA | NA | DNA数据存储,合成生物学,分子诊断 |
| 1326 | 2026-05-23 |
Systematic investigation of double emulsion dewetting dynamics for the robust production of giant unilamellar vesicles
2026-May-20, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d6lc00098c
PMID:42018534
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研究论文 | 系统研究了双乳液去湿润动力学,以稳健制备巨单层囊泡 | 揭示了脂质组成、水相条件、液滴约束和流体动力学对去湿过程的影响,并提出了在生理盐存在下通过增加膜堆积饱和度克服盐诱导抑制的新见解 | NA | 提高基于液滴微流体的巨单层囊泡平台的可靠性和可及性,以推动生物物理学、合成生物学和药物发现领域的发展 | 双乳液去湿润动力学及巨单层囊泡的形成 | 合成生物学 | NA | 双乳液液滴微流控 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生物物理学, 合成生物学, 药物发现 |
| 1327 | 2026-05-23 |
A combinatorial screening platform for in situ gene delivery to adherent cells via digital microfluidics and flexible electrodes
2026-May-20, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d6lc00124f
PMID:42029944
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研究论文 | 开发了一种集成数字微流控与柔性电极的组合筛选平台,用于原位基因递送至贴壁细胞 | 通过数字微流控与柔性叉指电极阵列的集成,实现贴壁细胞低电压电穿孔及全自动试剂梯度生成,避免酶消化带来的生理应激 | NA | 解决传统电穿孔技术通量低、试剂消耗高及需细胞悬浮等问题,实现贴壁细胞原位高效基因递送 | 贴壁细胞(人真皮成纤维细胞) | 数字病理学 | NA | 数字微流控, 电穿孔 | NA | 图像 | NA | NA | 人真皮成纤维细胞 | NA | 再生医学, 合成生物学 |
| 1328 | 2026-05-23 |
Synthetic Biology-Based Heterologous Expression and Purification of Enterocin A: Advancing Antimicrobial Peptide Applications
2026-01, Molecular nutrition & food research
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/mnfr.70260
PMID:40936353
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研究论文 | 本研究设计并合成了编码肠球菌素A的完整遗传盒,在大肠杆菌中异源表达并纯化出具有抗菌活性的重组多肽 | 开发了从包含体中高效回收并重折叠生物活性细菌素的稳健低成本方法,为抗菌肽应用提供新途径 | 未提及该方法的长期稳定性或体内应用效果 | 开发基于合成生物学的异源表达和纯化方法,以生产抗菌肽肠球菌素A | 肠球菌素A的合成基因盒及其在大肠杆菌中的表达产物 | 合成生物学 | 抗菌耐药相关疾病 | PCR、测序、Ni-NTA亲和层析 | NA | 序列数据 | 5种多重耐药病原菌用于抗菌活性测试 | NA | 大肠杆菌 | 合成遗传盒包含entA基因、His标签及调控元件,用于表达肠球菌素A | 医学、食品 |
| 1329 | 2026-05-22 |
Breaking boundaries for PFAS surveillance in water reservoirs: CRISPR-electrochemical synergies from MXene to microfluidics- A review
2026-Sep-01, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2026.118756
PMID:42070443
|
综述 | 本文提出了一个基于MXene、CRISPR-Cas12a和微流控协同融合的下一代全氟和多氟烷基物质(PFAS)监测框架 | 首次提出将磺酸基功能化MXene、CRISPR-Cas12a和微流控自动化三者协同结合,实现PFAS的超高灵敏度、特异性和便携式检测 | 作为综述,缺乏实验验证数据和实际环境样本测试结果,且框架的实际可行性尚待进一步实验证明 | 开发超越现有方法局限的下一代PFAS监测技术,实现超灵敏、特异性强、便携且低成本的检测方法 | PFAS(全氟和多氟烷基物质) | 环境监测 | NA | CRISPR-Cas12a, 核酸适配体技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas12a | NA | PFAS特异性适配体引导的CRISPR-Cas12a检测系统 | 环境, 水处理 |
| 1330 | 2026-05-22 |
Extended Dissipative Analysis for Uncertain Delayed Genetic Regulatory Networks via Interval Type-2 T-S Fuzzy Framework
2026-Jun, IEEE transactions on cybernetics
IF:9.4Q1
DOI:10.1109/TCYB.2026.3652172
PMID:41553905
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研究论文 | 本文在区间二型T-S模糊框架下研究不确定时滞基因调控网络的扩展耗散性分析 | 首次利用区间二型模糊集捕获基因调控网络的复杂动态和参数不确定性,通过构建新Lyapunov-Krasovskii泛函导出最大允许时滞界限,并开发隶属函数依赖的稳定性准则以降低保守性 | 数值示例显示了优于现有方法的性能,但未提及其他实际约束或实验验证 | 发展不确定时滞基因调控网络的鲁棒控制策略理论分析和设计 | 不确定时滞基因调控网络 | 机器学习 | NA | NA | 区间二型T-S模糊模型 | 数值仿真数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 1331 | 2026-05-22 |
The role of fungal G protein-coupled receptors in interspecies cell-cell communication
2026-May-21, FEMS microbiology reviews
IF:10.1Q1
DOI:10.1093/femsre/fuag024
PMID:42166155
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综述 | 总结真菌G蛋白偶联受体在非自身信号感知中的角色,并提出改进的分类系统 | 提出区分已表征、假定和未表征GPCRs的细化分类系统,并强调合成生物学工具在解析真菌GPCRs生理作用中的潜力 | 多数真菌GPCRs仍是孤儿受体,配体和功能未知,限制了对其在跨物种细胞间通讯中作用的全面理解 | 阐明真菌G蛋白偶联受体在跨物种细胞间通讯中的作用 | 真菌G蛋白偶联受体及与其相互作用的非自身信号 | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 真菌 | NA | 农业, 环境, 工业生物技术 |
| 1332 | 2026-05-22 |
Recurrent neural chemical reaction networks that approximate arbitrary dynamics
2026-May-20, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2026.101572
PMID:42025162
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研究论文 | 提出一种名为“递归神经化学反应网络”(RNCRN)的模块化分子架构,用于逼近任意动力学行为 | 首次将递归人工神经网络的概念引入化学反应网络,并证明其可以系统训练以模拟任意动力学,且具有DNA链置换技术的实验可行性 | 需要足够多的化学神经元和快速反应才能实现精确逼近,且实际训练中只能使用少量神经元和中等反应速率范围 | 解决合成生物学和分子纳米技术中构建具有丰富动力学特性的新型化学系统的难题 | 递归神经化学反应网络的分子实现和动力学近似能力 | 机器学习 | NA | DNA链置换技术 | 递归神经网络 | NA | NA | DNA链置换技术 | NA | 递归神经化学反应网络(类似合成神经电路) | 合成生物学, 分子纳米技术 |
| 1333 | 2026-05-22 |
PHYCUT: Scalable Multiplex CRISPR/Cas9 Editing for Genome Engineering in the Diatom Phaeodactylum tricornutum
2026-05-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00843
PMID:41979903
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研究论文 | 开发了一种名为PHYCUT的多重CRISPR/Cas9编辑工具,用于硅藻基因工程,特别是减少免疫原性岩藻糖基化 | 首次在硅藻中实现基于质粒的多重CRISPR/Cas9编辑系统,利用Csy4核糖核酸酶处理多导向RNA阵列,可同时编辑多个基因 | 文章未明确讨论长期遗传稳定性或脱靶效应,且系统在非模式硅藻中的适用性尚未验证 | 解决硅藻多重基因组编辑效率低的问题,并实现人源化糖基化修饰以支持生物制药应用 | 三角褐指藻(Phaeodactylum tricornutum)及其α(1,3)-岩藻糖基转移酶基因 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9, Csy4核糖核酸酶处理, 多重基因编辑 | NA | NA | 三个α(1,3)-岩藻糖基转移酶基因的编辑, 多个菌株获得低岩藻糖基化 | CRISPR-Cas9 | 三角褐指藻(Phaeodactylum tricornutum) | 多导向RNA阵列处理系统,基于Csy4核糖核酸酶 | 生物制药, 藻类生物技术 |
| 1334 | 2026-05-22 |
Yeast MoClo Secretion and Surface Display Toolkit 2.0: Improvements and Applications for Analysis of protein-protein Interactions and Whole-Cell Biocatalysis
2026-05-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00085
PMID:42025218
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研究论文 | 介绍了酵母MoClo分泌和表面展示工具包2.0的改进及其在蛋白质相互作用分析和全细胞生物催化中的应用 | 通过添加基于截短Aga1的N端融合和Aga2的C端融合的锚蛋白新部件,以及GFP荧光互补检测和分泌增强蛋白部件,实现了高通量检测和表达优化 | 未提及具体局限性 | 改进和扩展酵母MoClo分泌和表面展示工具包,用于蛋白质相互作用分析和全细胞生物催化 | 酵母细胞、异源蛋白、抗GFP纳米抗体、PET降解酶、疏水蛋白1、MHETase | 合成生物学 | NA | 模块化克隆(MoClo)、流式细胞术、酵母免疫共沉淀 | NA | 蛋白质相互作用数据、酶活性数据 | NA | MoClo | 酿酒酵母 | 分泌和表面展示系统、荧光互补系统 | 工业生物技术、环境科学 |
| 1335 | 2026-05-22 |
Systematic Evaluation of Different Ribonucleoprotein Complexes as Posttranscriptional Biosensors in Cell-Free TX-TL Systems
2026-05-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00170
PMID:42086502
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研究论文 | 系统评估了三种不同核糖核蛋白复合物在无细胞转录翻译系统中作为转录后生物传感器的性能 | 首次系统比较了三种RNP电路(RISC、MS2-CNOT7和L7Ae)在不同无细胞平台(真核、原核和重组)中的表现,并展示了L7Ae电路在蛋白酶响应性病毒检测中的潜力 | IVT RNA基miRNA传感器中报告基因基线表达水平的可靠量化存在瓶颈;MS2-CNOT7电路在真核裂解液中受裂解液依赖性限制,降低了其可编程性 | 评估RNP复合物作为无细胞转录后生物传感器的可行性及平台通用性 | 三种核糖核蛋白电路(RISC、MS2-CNOT7和L7Ae)在不同无细胞转录翻译系统(真核、原核和重组)中的性能 | 合成生物学 | NA | 无细胞转录翻译系统 | NA | NA | NA | NA | NA | 转录后生物传感器电路(RISC、MS2-CNOT7和L7Ae) | 医学, 环境 |
| 1336 | 2026-05-22 |
AHR: The Overlooked Mediator in SkincareBridging Environmental Sensing and Skin Physiology
2026-May-15, Environment & health (Washington, D.C.)
DOI:10.1021/envhealth.5c00424
PMID:42164887
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综述 | 本文综述了芳香烃受体(AHR)在护肤品中作为环境传感与皮肤生理学桥梁的媒介作用,及其在化妆品生物活性物质效应中的新角色 | 挑战了AHR仅作为外源物传感器的传统观点,将其重新定义为整合环境与生物活性信号的转录因子,并探讨了AI驱动建模和合成生物学等新兴工具在AHR研究中的应用潜力 | 基于现有研究的综述性质,可能受限于已发表研究的范围;缺乏直接的实验验证;未详细讨论AHR激活的潜在副作用或个体差异 | 建立AHR在皮肤功能调节中的整合枢纽作用,并展望未来研究方向以制定更精准的护肤策略 | AHR及其在皮肤生理中的调控机制 | 数字病理学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 1337 | 2026-05-22 |
Incorporation of Cryptic Plasmid Energetics Improves Genome-Scale Metabolic Predictions in Probiotic E. coli Nissle 1917
2026-May, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.70361
PMID:42152457
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研究论文 | 本研究将隐性质粒能量代谢整合进益生菌大肠杆菌Nissle 1917的基因组规模代谢模型,以提高代谢预测的准确性 | 首次在基因组规模代谢模型中考虑隐性质粒相关的能量成本,并系统比较不同模型细化深度与预测性能之间的权衡 | 未详细说明模型在复杂体外或体内环境下验证的局限性,且依赖单一菌株和特定实验条件 | 提高益生菌大肠杆菌Nissle 1917代谢预测的定量可靠性和生理相关性,支持益生菌工程和合成生物学 | 益生菌大肠杆菌Nissle 1917(EcN)及其隐性质粒 | 机器学习 | NA | 代谢组学分析 | 基因组规模代谢模型(GEM)、可能性代谢通量分析 | 代谢组学数据 | 一种菌株(EcN)在模拟肠道培养基和厌氧条件下的代谢组学分析 | NA | 大肠杆菌(E. coli Nissle 1917) | 隐性质粒能量代谢模块 | 医学、生物技术、合成生物学 |
| 1338 | 2026-05-22 |
Transforming a fragile protein helix into an ultrastable scaffold via a hierarchical AI and chemistry framework
2026-Apr-02, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.109753
PMID:41925723
|
研究论文 | 提出一种结合AI引导设计与基础化学原理的分层框架,将脆弱的α-螺旋结构域转化为超稳定支架 | 首次将AI工具(如AlphaFold3)与化学原理(盐桥、金属配位)系统结合,实现多层级稳定化设计,使α-螺旋蛋白在热、机械和化学应力下具有前所未有的多轴稳定性 | 未说明 | 设计在同时热、机械和化学应力下保持结构完整性的蛋白质 | α-螺旋结构域 | 蛋白质工程 | NA | AI引导设计、分子动力学模拟 | AlphaFold3 | NA | 数百万个设计被筛选至最小候选集,具体样本量未说明 | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 1339 | 2026-05-21 |
Beyond tiny aquatic plants: how duckweeds serve the world as revolutionary crops for alleviating resource and energy crises
2026-Jul-01, Food chemistry
IF:8.5Q1
DOI:10.1016/j.foodchem.2026.149330
PMID:42048806
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review | 本文综述了浮萍作为革命性作物在缓解资源和能源危机方面的潜力与应用 | 全面分析了浮萍在替代蛋白、可持续生物燃料、合成生物学底盘和空间生命支持系统中的多样化应用,并进行了生命周期和技术经济评估 | NA | 评估浮萍在确保粮食安全、发展能源替代、促进生物制造和推动生态可持续性方面的核心优势与可行性 | 浮萍(水生植物) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 浮萍 | 合成生物学底盘 | 农业, 能源, 环境, 生物制造 |
| 1340 | 2026-05-19 |
Betacyanin biofortification in wheat via synthetic biology for nutritional enhancement
2026-May-06, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiag266
PMID:42148553
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |